National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
-   416                                        
?                                            
A   38                                        
C   39                                        
D   21                                        
E   12                                        
F   15                                        
G   39                                        
H   9                                        
I   12                                        
K   24                                        
L   24                                        
M   12                                        
N   21                               1        
P   24                                 1      
Q   18                                        
R   6                                        
S   18                                        
T   39               2                        
V   27                                   1    
W   3                                        
Y   15                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Oman 13026 C 396 396
1 Oman 13027 T 396 396
2 Oman 13028 G 396 396
3 Oman 13029 G 396 396
4 Oman 13030 T 396 396
5 Oman 13031 A 396 396
6 Oman 13032 A 396 396
7 Oman 13033 T 396 396
8 Oman 13034 G 396 396
9 Oman 13035 C 396 396
10 Oman 13036 A 396 396
11 Oman 13037 A 396 396
12 Oman 13038 C 396 396
13 Oman 13039 A 396 396
14 Oman 13040 G 396 396
15 Oman 13041 A 396 396
16 Oman 13042 A 396 396
17 Oman 13043 G 396 396
18 Oman 13044 T 396 396
19 Oman 13045 G 396 396
20 Oman 13046 C A 396 395 Pro4261Thr
21 Oman 13047 C 396 396
22 Oman 13048 T 396 396
23 Oman 13049 G 396 396
24 Oman 13050 C 396 396
25 Oman 13051 C 396 396
26 Oman 13052 A 396 396
27 Oman 13053 A 396 396
28 Oman 13054 T 396 396
29 Oman 13055 T 396 396
30 Oman 13056 C 396 396
31 Oman 13057 A 396 396
32 Oman 13058 A 396 396
33 Oman 13059 C T 396 395 Thr4265Ile
34 Oman 13060 T 396 396
35 Oman 13061 G 396 396
36 Oman 13062 T 396 396
37 Oman 13063 A 396 396
38 Oman 13064 T 396 396
39 Oman 13065 T 396 396
40 Oman 13066 A 396 396
41 Oman 13067 T 396 396
42 Oman 13068 C 396 396
43 Oman 13069 T 396 396
44 Oman 13070 T 396 396
45 Oman 13071 T 396 396
46 Oman 13072 C 396 396
47 Oman 13073 T 396 396
48 Oman 13074 G 396 396
49 Oman 13075 T 396 396
50 Oman 13076 G 396 396
51 Oman 13077 C 396 396
52 Oman 13078 T 396 396
53 Oman 13079 T 396 396
54 Oman 13080 T 396 396
55 Oman 13081 T 396 396
56 Oman 13082 G 396 396
57 Oman 13083 C 396 396
58 Oman 13084 T 396 396
59 Oman 13085 G 396 396
60 Oman 13086 T 396 396
61 Oman 13087 A 396 396
62 Oman 13088 G 396 396
63 Oman 13089 A 396 396
64 Oman 13090 T 396 396
65 Oman 13091 G 396 396
66 Oman 13092 C 396 396
67 Oman 13093 T 396 396
68 Oman 13094 G 396 396
69 Oman 13095 C 396 396
70 Oman 13096 T 396 396
71 Oman 13097 A 396 396
72 Oman 13098 A 396 396
73 Oman 13099 A 396 396
74 Oman 13100 G 396 396
75 Oman 13101 C 396 396
76 Oman 13102 T 396 396
77 Oman 13103 T 396 396
78 Oman 13104 A 396 396
79 Oman 13105 C 396 396
80 Oman 13106 A 396 396
81 Oman 13107 A 396 396
82 Oman 13108 A 396 396
83 Oman 13109 G 396 396
84 Oman 13110 A 396 396
85 Oman 13111 T 396 396
86 Oman 13112 T 396 396
87 Oman 13113 A 396 396
88 Oman 13114 T 396 396
89 Oman 13115 C 396 396
90 Oman 13116 T 396 396
91 Oman 13117 A 396 396
92 Oman 13118 G 396 396
93 Oman 13119 C 396 396
94 Oman 13120 T 396 396
95 Oman 13121 A 396 396
96 Oman 13122 G 396 396
97 Oman 13123 T 396 396
98 Oman 13124 G 396 396
99 Oman 13125 G 396 396
100 Oman 13126 G 396 396
101 Oman 13127 G 396 396
102 Oman 13128 G 396 396
103 Oman 13129 A 396 396
104 Oman 13130 C 396 396
105 Oman 13131 A 396 396
106 Oman 13132 A 396 396
107 Oman 13133 C 396 396
108 Oman 13134 C 396 396
109 Oman 13135 A 396 396
110 Oman 13136 A 396 396
111 Oman 13137 T 396 396
112 Oman 13138 C 396 396
113 Oman 13139 A 396 396
114 Oman 13140 C 396 396
115 Oman 13141 T 396 396
116 Oman 13142 A 396 396
117 Oman 13143 A 396 396
118 Oman 13144 T 396 396
119 Oman 13145 T 396 396
120 Oman 13146 G 396 396
121 Oman 13147 T 396 396
122 Oman 13148 G 396 396
123 Oman 13149 T 396 396
124 Oman 13150 T 396 396
125 Oman 13151 A 396 396
126 Oman 13152 A 396 396
127 Oman 13153 G 396 396
128 Oman 13154 A 396 396
129 Oman 13155 T 396 396
130 Oman 13156 G 396 396
131 Oman 13157 T 396 396
132 Oman 13158 T 396 396
133 Oman 13159 G 396 396
134 Oman 13160 T 396 396
135 Oman 13161 G 396 396
136 Oman 13162 T 396 396
137 Oman 13163 A 396 396
138 Oman 13164 C 396 396
139 Oman 13165 A 396 396
140 Oman 13166 C 396 396
141 Oman 13167 A 396 396
142 Oman 13168 C 396 396
143 Oman 13169 A 396 396
144 Oman 13170 C T 396 395 Thr4302Ile
145 Oman 13171 T 396 396
146 Oman 13172 G 396 396
147 Oman 13173 G 396 396
148 Oman 13174 T 396 396
149 Oman 13175 A 396 396
150 Oman 13176 C 396 396
151 Oman 13177 T 396 396
152 Oman 13178 G 396 396
153 Oman 13179 G 396 396
154 Oman 13180 T 396 396
155 Oman 13181 C 396 396
156 Oman 13182 A 396 396
157 Oman 13183 G 396 396
158 Oman 13184 G 396 396
159 Oman 13185 C 396 396
160 Oman 13186 A 396 396
161 Oman 13187 A 396 396
162 Oman 13188 T 396 396
163 Oman 13189 A 396 396
164 Oman 13190 A 396 396
165 Oman 13191 C 396 396
166 Oman 13192 A 396 396
167 Oman 13193 G 396 396
168 Oman 13194 T 396 396
169 Oman 13195 T 396 396
170 Oman 13196 A 396 396
171 Oman 13197 C 396 396
172 Oman 13198 A 396 396
173 Oman 13199 C 396 396
174 Oman 13200 C 396 396
175 Oman 13201 G 396 396
176 Oman 13202 G 396 396
177 Oman 13203 A 396 396
178 Oman 13204 A 396 396
179 Oman 13205 G 396 396
180 Oman 13206 C 396 396
181 Oman 13207 C 396 396
182 Oman 13208 A 396 396
183 Oman 13209 A 396 396
184 Oman 13210 T 396 396
185 Oman 13211 A 396 396
186 Oman 13212 T 396 396
187 Oman 13213 G 396 396
188 Oman 13214 G 396 396
189 Oman 13215 A 396 396
190 Oman 13216 T 396 396
191 Oman 13217 C 396 396
192 Oman 13218 A 396 396
193 Oman 13219 A 396 396
194 Oman 13220 G 396 396
195 Oman 13221 A 396 396
196 Oman 13222 A 396 396
197 Oman 13223 T 396 396
198 Oman 13224 C 396 396
199 Oman 13225 C 396 396
200 Oman 13226 T 396 396
201 Oman 13227 T 396 396
202 Oman 13228 T 396 396
203 Oman 13229 G 396 396
204 Oman 13230 G 396 396
205 Oman 13231 T 396 396
206 Oman 13232 G 396 396
207 Oman 13233 G 396 396
208 Oman 13234 T 396 396
209 Oman 13235 G 396 396
210 Oman 13236 C 396 396
211 Oman 13237 A 396 396
212 Oman 13238 T 396 396
213 Oman 13239 C 396 396
214 Oman 13240 G 396 396
215 Oman 13241 T 396 396
216 Oman 13242 G 396 396
217 Oman 13243 T 396 396
218 Oman 13244 T 396 396
219 Oman 13245 G 396 396
220 Oman 13246 T 396 396
221 Oman 13247 C 396 396
222 Oman 13248 T 396 396
223 Oman 13249 G 396 396
224 Oman 13250 T 396 396
225 Oman 13251 A 396 396
226 Oman 13252 C 396 396
227 Oman 13253 T 396 396
228 Oman 13254 G 396 396
229 Oman 13255 C 396 396
230 Oman 13256 C 396 396
231 Oman 13257 G 396 396
232 Oman 13258 T 396 396
233 Oman 13259 T 396 396
234 Oman 13260 G 396 396
235 Oman 13261 C 396 396
236 Oman 13262 C 396 396
237 Oman 13263 A 396 396
238 Oman 13264 C 396 396
239 Oman 13265 A 396 396
240 Oman 13266 T 396 396
241 Oman 13267 A 396 396
242 Oman 13268 G 396 396
243 Oman 13269 A 396 396
244 Oman 13270 T 396 396
245 Oman 13271 C 396 396
246 Oman 13272 A 396 396
247 Oman 13273 T 396 396
248 Oman 13274 C 396 396
249 Oman 13275 C 396 396
250 Oman 13276 A 396 396
251 Oman 13277 A 396 396
252 Oman 13278 A 396 396
253 Oman 13279 T 396 396
254 Oman 13280 C 396 396
255 Oman 13281 C 396 396
256 Oman 13282 T 396 396
257 Oman 13283 A 396 396
258 Oman 13284 A 396 396
259 Oman 13285 A 396 396
260 Oman 13286 G 396 396
261 Oman 13287 G 396 396
262 Oman 13288 A 396 396
263 Oman 13289 T 396 396
264 Oman 13290 T 396 396
265 Oman 13291 T 396 396
266 Oman 13292 T 396 396
267 Oman 13293 G 396 396
268 Oman 13294 T 396 396
269 Oman 13295 G 396 396
270 Oman 13296 A 396 396
271 Oman 13297 C 396 396
272 Oman 13298 T 396 396
273 Oman 13299 T 396 396
274 Oman 13300 A 396 396
275 Oman 13301 A 396 396
276 Oman 13302 A 396 396
277 Oman 13303 A 396 396
278 Oman 13304 G 396 396
279 Oman 13305 G 396 396
280 Oman 13306 T 396 396
281 Oman 13307 A 396 396
282 Oman 13308 A 396 396
283 Oman 13309 G 396 396
284 Oman 13310 T 396 396
285 Oman 13311 A 396 396
286 Oman 13312 T 396 396
287 Oman 13313 G 396 396
288 Oman 13314 T 396 396
289 Oman 13315 A 396 396
290 Oman 13316 C 396 396
291 Oman 13317 A 396 396
292 Oman 13318 A 396 396
293 Oman 13319 A 396 396
294 Oman 13320 T 396 396
295 Oman 13321 A 396 396
296 Oman 13322 C 396 396
297 Oman 13323 C 396 396
298 Oman 13324 T 396 396
299 Oman 13325 A 396 396
300 Oman 13326 C 396 396
301 Oman 13327 A 396 396
302 Oman 13328 A 396 396
303 Oman 13329 C 396 396
304 Oman 13330 T 396 396
305 Oman 13331 T 396 396
306 Oman 13332 G 396 396
307 Oman 13333 T 396 396
308 Oman 13334 G 396 396
309 Oman 13335 C 396 396
310 Oman 13336 T 396 396
311 Oman 13337 A 396 396
312 Oman 13338 A G 396 395 Asn4358Ser
313 Oman 13339 T 396 396
314 Oman 13340 G 396 396
315 Oman 13341 A 396 396
316 Oman 13342 C 396 396
317 Oman 13343 C 396 396
318 Oman 13344 C 396 396
319 Oman 13345 T 396 396
320 Oman 13346 G 396 396
321 Oman 13347 T 396 396
322 Oman 13348 G 396 396
323 Oman 13349 G 396 396
324 Oman 13350 G 396 396
325 Oman 13351 T 396 396
326 Oman 13352 T 396 396
327 Oman 13353 T 396 396
328 Oman 13354 T 396 396
329 Oman 13355 A 396 396
330 Oman 13356 C 396 396
331 Oman 13357 A 396 396
332 Oman 13358 C 396 396
333 Oman 13359 T 396 396
334 Oman 13360 T 396 396
335 Oman 13361 A 396 396
336 Oman 13362 A 396 396
337 Oman 13363 A 396 396
338 Oman 13364 A 396 396
339 Oman 13365 A 396 396
340 Oman 13366 C 396 396
341 Oman 13367 A 396 396
342 Oman 13368 C 396 396
343 Oman 13369 A 396 396
344 Oman 13370 G 396 396
345 Oman 13371 T 396 396
346 Oman 13372 C T 396 389 Val4369Val
347 Oman 13373 T 396 396
348 Oman 13374 G 396 396
349 Oman 13375 T 396 396
350 Oman 13376 A 396 396
351 Oman 13377 C 396 396
352 Oman 13378 C 396 396
353 Oman 13379 G 396 396
354 Oman 13380 T 396 396
355 Oman 13381 C 396 396
356 Oman 13382 T 396 396
357 Oman 13383 G 396 396
358 Oman 13384 C 396 396
359 Oman 13385 G 396 396
360 Oman 13386 G 396 396
361 Oman 13387 T 396 396
362 Oman 13388 A 396 396
363 Oman 13389 T 396 396
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367 Oman 13393 G 396 396
368 Oman 13394 A 396 396
369 Oman 13395 A 396 396
370 Oman 13396 A 396 396
371 Oman 13397 G 396 396
372 Oman 13398 G 396 396
373 Oman 13399 T 396 396
374 Oman 13400 T 396 396
375 Oman 13401 A 396 396
376 Oman 13402 T 396 396
377 Oman 13403 G 396 396
378 Oman 13404 G 396 396
379 Oman 13405 C 396 396
380 Oman 13406 T 396 396
381 Oman 13407 G 396 396
382 Oman 13408 T 396 396
383 Oman 13409 A 396 396
384 Oman 13410 G 396 396
385 Oman 13411 T 396 396
386 Oman 13412 T 396 396
387 Oman 13413 G 396 396
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389 Oman 13415 G 396 396
390 Oman 13416 A 396 396
391 Oman 13417 T 396 396
392 Oman 13418 C 396 396
393 Oman 13419 A 396 396
394 Oman 13420 A 396 396
395 Oman 13421 C 396 396
396 Oman 13422 T 396 396
397 Oman 13423 C 396 396
398 Oman 13424 C 396 396
399 Oman 13425 G 396 396
400 Oman 13426 C 396 396
401 Oman 13427 G 396 396
402 Oman 13428 A 396 396
403 Oman 13429 A 396 396
404 Oman 13430 C 396 396
405 Oman 13431 C 396 396
406 Oman 13432 C 396 396
407 Oman 13433 A 396 396
408 Oman 13434 T 396 396
409 Oman 13435 G 396 396
410 Oman 13436 C 396 396
411 Oman 13437 T 396 396
412 Oman 13438 T 396 396
413 Oman 13439 C 396 396
414 Oman 13440 A 396 396
415 Oman 13441 G 396 396