National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
-   416                                        
?                                            
A   38                                        
C   39                                        
D   21                                        
E   12                                        
F   15                                        
G   39                                        
H   9                                        
I   12                                        
K   24                                        
L   24                                        
M   12                                        
N   21                                        
P   24                                        
Q   18                                        
R   6                                        
S   18                                        
T   39                                        
V   27                                   1    
W   3                                        
Y   15                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Nigeria 13026 C 248 248
1 Nigeria 13027 T 248 248
2 Nigeria 13028 G 248 248
3 Nigeria 13029 G 248 248
4 Nigeria 13030 T 248 248
5 Nigeria 13031 A 248 248
6 Nigeria 13032 A 248 248
7 Nigeria 13033 T 249 249
8 Nigeria 13034 G 249 249
9 Nigeria 13035 C 249 249
10 Nigeria 13036 A 249 249
11 Nigeria 13037 A 249 249
12 Nigeria 13038 C 249 249
13 Nigeria 13039 A 249 249
14 Nigeria 13040 G 249 249
15 Nigeria 13041 A 249 249
16 Nigeria 13042 A 249 249
17 Nigeria 13043 G 249 249
18 Nigeria 13044 T 249 249
19 Nigeria 13045 G 249 249
20 Nigeria 13046 C 249 248
21 Nigeria 13047 C 249 247
22 Nigeria 13048 T 249 247
23 Nigeria 13049 G 249 248
24 Nigeria 13050 C 249 248
25 Nigeria 13051 C 249 247
26 Nigeria 13052 A 249 247
27 Nigeria 13053 A 249 247
28 Nigeria 13054 T 249 248
29 Nigeria 13055 T 249 248
30 Nigeria 13056 C 249 248
31 Nigeria 13057 A 249 248
32 Nigeria 13058 A 249 248
33 Nigeria 13059 C 249 248
34 Nigeria 13060 T 249 248
35 Nigeria 13061 G 249 248
36 Nigeria 13062 T 249 248
37 Nigeria 13063 A G 249 247 Val4266Val
38 Nigeria 13064 T 249 247
39 Nigeria 13065 T 249 247
40 Nigeria 13066 A 251 249
41 Nigeria 13067 T 251 249
42 Nigeria 13068 C 251 249
43 Nigeria 13069 T 251 248
44 Nigeria 13070 T 251 249
45 Nigeria 13071 T 251 249
46 Nigeria 13072 C 251 249
47 Nigeria 13073 T 251 249
48 Nigeria 13074 G 251 247
49 Nigeria 13075 T 250 246
50 Nigeria 13076 G 250 247
51 Nigeria 13077 C 250 247
52 Nigeria 13078 T 250 247
53 Nigeria 13079 T 250 246
54 Nigeria 13080 T 250 247
55 Nigeria 13081 T 250 247
56 Nigeria 13082 G 250 248
57 Nigeria 13083 C 250 248
58 Nigeria 13084 T 250 248
59 Nigeria 13085 G 250 248
60 Nigeria 13086 T 250 248
61 Nigeria 13087 A 250 248
62 Nigeria 13088 G 250 248
63 Nigeria 13089 A 250 248
64 Nigeria 13090 T 250 248
65 Nigeria 13091 G 250 248
66 Nigeria 13092 C 250 248
67 Nigeria 13093 T 250 248
68 Nigeria 13094 G 250 248
69 Nigeria 13095 C 250 248
70 Nigeria 13096 T 251 249
71 Nigeria 13097 A 251 249
72 Nigeria 13098 A 251 249
73 Nigeria 13099 A 251 250
74 Nigeria 13100 G 251 250
75 Nigeria 13101 C 251 250
76 Nigeria 13102 T 252 252
77 Nigeria 13103 T 252 252
78 Nigeria 13104 A 252 252
79 Nigeria 13105 C 252 252
80 Nigeria 13106 A 252 252
81 Nigeria 13107 A 252 252
82 Nigeria 13108 A 252 252
83 Nigeria 13109 G 252 252
84 Nigeria 13110 A 251 251
85 Nigeria 13111 T 251 251
86 Nigeria 13112 T 251 251
87 Nigeria 13113 A 252 252
88 Nigeria 13114 T 252 252
89 Nigeria 13115 C 252 252
90 Nigeria 13116 T 252 252
91 Nigeria 13117 A 252 252
92 Nigeria 13118 G 252 252
93 Nigeria 13119 C 252 252
94 Nigeria 13120 T 252 252
95 Nigeria 13121 A 252 252
96 Nigeria 13122 G 252 252
97 Nigeria 13123 T 252 252
98 Nigeria 13124 G 252 252
99 Nigeria 13125 G 252 252
100 Nigeria 13126 G 252 252
101 Nigeria 13127 G 252 252
102 Nigeria 13128 G 251 251
103 Nigeria 13129 A 251 251
104 Nigeria 13130 C 251 251
105 Nigeria 13131 A 251 251
106 Nigeria 13132 A 251 251
107 Nigeria 13133 C 251 251
108 Nigeria 13134 C 251 251
109 Nigeria 13135 A 251 251
110 Nigeria 13136 A 252 252
111 Nigeria 13137 T 252 252
112 Nigeria 13138 C 252 252
113 Nigeria 13139 A 252 252
114 Nigeria 13140 C 252 252
115 Nigeria 13141 T 252 252
116 Nigeria 13142 A 252 252
117 Nigeria 13143 A 252 252
118 Nigeria 13144 T 252 252
119 Nigeria 13145 T 252 252
120 Nigeria 13146 G 252 252
121 Nigeria 13147 T 252 252
122 Nigeria 13148 G 252 252
123 Nigeria 13149 T 252 252
124 Nigeria 13150 T 252 252
125 Nigeria 13151 A 252 252
126 Nigeria 13152 A 252 252
127 Nigeria 13153 G 252 252
128 Nigeria 13154 A 252 252
129 Nigeria 13155 T 252 251
130 Nigeria 13156 G 252 252
131 Nigeria 13157 T 252 252
132 Nigeria 13158 T 252 252
133 Nigeria 13159 G 252 252
134 Nigeria 13160 T 252 252
135 Nigeria 13161 G 252 252
136 Nigeria 13162 T 252 252
137 Nigeria 13163 A 252 252
138 Nigeria 13164 C 252 252
139 Nigeria 13165 A 252 252
140 Nigeria 13166 C 252 252
141 Nigeria 13167 A 252 252
142 Nigeria 13168 C 253 253
143 Nigeria 13169 A 253 253
144 Nigeria 13170 C 253 253
145 Nigeria 13171 T 253 253
146 Nigeria 13172 G 253 253
147 Nigeria 13173 G 253 253
148 Nigeria 13174 T 253 253
149 Nigeria 13175 A 253 253
150 Nigeria 13176 C 253 253
151 Nigeria 13177 T 253 252
152 Nigeria 13178 G 253 253
153 Nigeria 13179 G 253 253
154 Nigeria 13180 T 253 253
155 Nigeria 13181 C 253 253
156 Nigeria 13182 A 253 253
157 Nigeria 13183 G 253 253
158 Nigeria 13184 G 253 253
159 Nigeria 13185 C 253 253
160 Nigeria 13186 A 253 253
161 Nigeria 13187 A 253 251
162 Nigeria 13188 T 253 252
163 Nigeria 13189 A 253 252
164 Nigeria 13190 A 253 252
165 Nigeria 13191 C 253 252
166 Nigeria 13192 A 253 252
167 Nigeria 13193 G 253 252
168 Nigeria 13194 T 253 252
169 Nigeria 13195 T 253 252
170 Nigeria 13196 A 253 252
171 Nigeria 13197 C 253 252
172 Nigeria 13198 A 253 252
173 Nigeria 13199 C 253 252
174 Nigeria 13200 C 253 252
175 Nigeria 13201 G 253 252
176 Nigeria 13202 G 253 252
177 Nigeria 13203 A 253 252
178 Nigeria 13204 A 253 252
179 Nigeria 13205 G 253 252
180 Nigeria 13206 C 253 252
181 Nigeria 13207 C 253 252
182 Nigeria 13208 A 253 252
183 Nigeria 13209 A 253 252
184 Nigeria 13210 T 253 252
185 Nigeria 13211 A 253 252
186 Nigeria 13212 T 253 252
187 Nigeria 13213 G 253 252
188 Nigeria 13214 G 253 253
189 Nigeria 13215 A 253 253
190 Nigeria 13216 T 252 252
191 Nigeria 13217 C 252 252
192 Nigeria 13218 A 252 252
193 Nigeria 13219 A 252 252
194 Nigeria 13220 G 252 252
195 Nigeria 13221 A 252 252
196 Nigeria 13222 A 252 252
197 Nigeria 13223 T 252 252
198 Nigeria 13224 C 252 252
199 Nigeria 13225 C 252 252
200 Nigeria 13226 T 252 252
201 Nigeria 13227 T 252 252
202 Nigeria 13228 T 252 252
203 Nigeria 13229 G 252 252
204 Nigeria 13230 G 252 252
205 Nigeria 13231 T 252 252
206 Nigeria 13232 G 252 252
207 Nigeria 13233 G 252 251
208 Nigeria 13234 T 252 250
209 Nigeria 13235 G 252 250
210 Nigeria 13236 C 252 250
211 Nigeria 13237 A 252 250
212 Nigeria 13238 T 252 250
213 Nigeria 13239 C 252 249
214 Nigeria 13240 G 252 249
215 Nigeria 13241 T 252 249
216 Nigeria 13242 G 252 250
217 Nigeria 13243 T 252 249
218 Nigeria 13244 T 252 250
219 Nigeria 13245 G 252 250
220 Nigeria 13246 T 252 250
221 Nigeria 13247 C 252 250
222 Nigeria 13248 T 252 250
223 Nigeria 13249 G 252 250
224 Nigeria 13250 T 252 250
225 Nigeria 13251 A 252 250
226 Nigeria 13252 C 252 250
227 Nigeria 13253 T 252 250
228 Nigeria 13254 G 252 250
229 Nigeria 13255 C 252 251
230 Nigeria 13256 C 252 250
231 Nigeria 13257 G 252 250
232 Nigeria 13258 T 252 249
233 Nigeria 13259 T 252 249
234 Nigeria 13260 G 252 249
235 Nigeria 13261 C 252 249
236 Nigeria 13262 C 252 249
237 Nigeria 13263 A 252 248
238 Nigeria 13264 C 252 248
239 Nigeria 13265 A 252 248
240 Nigeria 13266 T 252 248
241 Nigeria 13267 A 252 248
242 Nigeria 13268 G 252 248
243 Nigeria 13269 A 252 247
244 Nigeria 13270 T 252 247
245 Nigeria 13271 C 252 247
246 Nigeria 13272 A 252 247
247 Nigeria 13273 T 252 248
248 Nigeria 13274 C 252 248
249 Nigeria 13275 C 252 248
250 Nigeria 13276 A 252 248
251 Nigeria 13277 A 252 248
252 Nigeria 13278 A 252 248
253 Nigeria 13279 T 251 247
254 Nigeria 13280 C 251 247
255 Nigeria 13281 C 251 247
256 Nigeria 13282 T 251 246
257 Nigeria 13283 A 251 246
258 Nigeria 13284 A 251 246
259 Nigeria 13285 A 251 247
260 Nigeria 13286 G 251 247
261 Nigeria 13287 G 251 247
262 Nigeria 13288 A 251 247
263 Nigeria 13289 T 251 247
264 Nigeria 13290 T 251 247
265 Nigeria 13291 T 251 248
266 Nigeria 13292 T 251 249
267 Nigeria 13293 G 251 249
268 Nigeria 13294 T 251 249
269 Nigeria 13295 G 251 249
270 Nigeria 13296 A 251 249
271 Nigeria 13297 C 251 249
272 Nigeria 13298 T 251 250
273 Nigeria 13299 T 251 250
274 Nigeria 13300 A 251 250
275 Nigeria 13301 A 251 250
276 Nigeria 13302 A 251 250
277 Nigeria 13303 A 251 250
278 Nigeria 13304 G 251 250
279 Nigeria 13305 G 251 250
280 Nigeria 13306 T 251 250
281 Nigeria 13307 A 251 250
282 Nigeria 13308 A 251 250
283 Nigeria 13309 G 251 250
284 Nigeria 13310 T 251 250
285 Nigeria 13311 A 251 250
286 Nigeria 13312 T 251 250
287 Nigeria 13313 G 251 251
288 Nigeria 13314 T 251 251
289 Nigeria 13315 A 251 251
290 Nigeria 13316 C 251 251
291 Nigeria 13317 A 251 251
292 Nigeria 13318 A 251 251
293 Nigeria 13319 A 251 251
294 Nigeria 13320 T 251 251
295 Nigeria 13321 A 251 251
296 Nigeria 13322 C 251 251
297 Nigeria 13323 C 251 251
298 Nigeria 13324 T 251 251
299 Nigeria 13325 A 251 251
300 Nigeria 13326 C 251 251
301 Nigeria 13327 A 251 251
302 Nigeria 13328 A 251 251
303 Nigeria 13329 C 251 251
304 Nigeria 13330 T 251 251
305 Nigeria 13331 T 251 251
306 Nigeria 13332 G 251 251
307 Nigeria 13333 T 251 251
308 Nigeria 13334 G 251 251
309 Nigeria 13335 C 251 251
310 Nigeria 13336 T 251 251
311 Nigeria 13337 A 251 251
312 Nigeria 13338 A 251 251
313 Nigeria 13339 T 251 251
314 Nigeria 13340 G 251 251
315 Nigeria 13341 A 251 251
316 Nigeria 13342 C 251 251
317 Nigeria 13343 C 251 251
318 Nigeria 13344 C 251 251
319 Nigeria 13345 T 250 250
320 Nigeria 13346 G 250 250
321 Nigeria 13347 T 250 250
322 Nigeria 13348 G 250 250
323 Nigeria 13349 G 250 250
324 Nigeria 13350 G 250 250
325 Nigeria 13351 T 250 249
326 Nigeria 13352 T 250 249
327 Nigeria 13353 T 250 249
328 Nigeria 13354 T 250 249
329 Nigeria 13355 A 250 249
330 Nigeria 13356 C 250 249
331 Nigeria 13357 A 250 249
332 Nigeria 13358 C 250 250
333 Nigeria 13359 T 250 250
334 Nigeria 13360 T 250 250
335 Nigeria 13361 A 250 250
336 Nigeria 13362 A 250 250
337 Nigeria 13363 A 250 250
338 Nigeria 13364 A 247 247
339 Nigeria 13365 A 247 247
340 Nigeria 13366 C 247 247
341 Nigeria 13367 A 247 247
342 Nigeria 13368 C 247 247
343 Nigeria 13369 A 247 247
344 Nigeria 13370 G 247 247
345 Nigeria 13371 T 247 247
346 Nigeria 13372 C 247 247
347 Nigeria 13373 T 247 247
348 Nigeria 13374 G 247 247
349 Nigeria 13375 T 247 247
350 Nigeria 13376 A 247 247
351 Nigeria 13377 C 247 247
352 Nigeria 13378 C 247 246
353 Nigeria 13379 G 245 244
354 Nigeria 13380 T 244 243
355 Nigeria 13381 C 244 243
356 Nigeria 13382 T 244 243
357 Nigeria 13383 G 244 243
358 Nigeria 13384 C 244 243
359 Nigeria 13385 G 244 243
360 Nigeria 13386 G 244 243
361 Nigeria 13387 T 244 243
362 Nigeria 13388 A 244 243
363 Nigeria 13389 T 244 243
364 Nigeria 13390 G 244 243
365 Nigeria 13391 T 243 242
366 Nigeria 13392 G 243 241
367 Nigeria 13393 G 243 241
368 Nigeria 13394 A 243 241
369 Nigeria 13395 A 243 240
370 Nigeria 13396 A 243 240
371 Nigeria 13397 G 243 240
372 Nigeria 13398 G 243 240
373 Nigeria 13399 T 243 240
374 Nigeria 13400 T 243 240
375 Nigeria 13401 A 243 241
376 Nigeria 13402 T 243 241
377 Nigeria 13403 G 243 241
378 Nigeria 13404 G 243 241
379 Nigeria 13405 C 243 242
380 Nigeria 13406 T 243 242
381 Nigeria 13407 G 243 242
382 Nigeria 13408 T 243 242
383 Nigeria 13409 A 243 242
384 Nigeria 13410 G 242 241
385 Nigeria 13411 T 242 241
386 Nigeria 13412 T 242 241
387 Nigeria 13413 G 242 241
388 Nigeria 13414 T 241 240
389 Nigeria 13415 G 241 240
390 Nigeria 13416 A 241 240
391 Nigeria 13417 T 241 240
392 Nigeria 13418 C 241 240
393 Nigeria 13419 A 239 238
394 Nigeria 13420 A 239 238
395 Nigeria 13421 C 239 238
396 Nigeria 13422 T 239 238
397 Nigeria 13423 C 239 238
398 Nigeria 13424 C 239 237
399 Nigeria 13425 G 239 237
400 Nigeria 13426 C 239 237
401 Nigeria 13427 G 238 238
402 Nigeria 13428 A 238 238
403 Nigeria 13429 A 238 238
404 Nigeria 13430 C 238 238
405 Nigeria 13431 C 238 238
406 Nigeria 13432 C 237 237
407 Nigeria 13433 A 236 236
408 Nigeria 13434 T 236 236
409 Nigeria 13435 G 236 236
410 Nigeria 13436 C 236 236
411 Nigeria 13437 T 236 236
412 Nigeria 13438 T 236 236
413 Nigeria 13439 C 235 235
414 Nigeria 13440 A 235 235
415 Nigeria 13441 G 235 235