National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
-   416                                        
?                                            
A   38                                        
C   39                                        
D   21                                        
E   12                                        
F   15                                        
G   39                                        
H   9                                        
I   12                                        
K   24                                        
L   24                                        
M   12                                        
N   21                                        
P   24                                        
Q   18                                        
R   6                                        
S   18                                        
T   39                                        
V   27                                        
W   3                                        
Y   15                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Malta 13026 C 10 10
1 Malta 13027 T 10 10
2 Malta 13028 G 10 10
3 Malta 13029 G 10 10
4 Malta 13030 T 10 10
5 Malta 13031 A 10 10
6 Malta 13032 A 10 10
7 Malta 13033 T 10 10
8 Malta 13034 G 10 10
9 Malta 13035 C 10 10
10 Malta 13036 A 10 10
11 Malta 13037 A 10 10
12 Malta 13038 C 10 10
13 Malta 13039 A 10 10
14 Malta 13040 G 10 10
15 Malta 13041 A 10 10
16 Malta 13042 A 10 10
17 Malta 13043 G 10 10
18 Malta 13044 T 10 10
19 Malta 13045 G 10 10
20 Malta 13046 C 10 10
21 Malta 13047 C 10 10
22 Malta 13048 T 10 10
23 Malta 13049 G 10 10
24 Malta 13050 C 10 10
25 Malta 13051 C 10 10
26 Malta 13052 A 10 10
27 Malta 13053 A 10 10
28 Malta 13054 T 10 10
29 Malta 13055 T 10 10
30 Malta 13056 C 10 10
31 Malta 13057 A 10 10
32 Malta 13058 A 10 10
33 Malta 13059 C 10 10
34 Malta 13060 T 10 10
35 Malta 13061 G 10 10
36 Malta 13062 T 10 10
37 Malta 13063 A 10 10
38 Malta 13064 T 10 10
39 Malta 13065 T 10 10
40 Malta 13066 A 10 10
41 Malta 13067 T 10 10
42 Malta 13068 C 10 10
43 Malta 13069 T 10 10
44 Malta 13070 T 10 10
45 Malta 13071 T 10 10
46 Malta 13072 C 10 10
47 Malta 13073 T 10 10
48 Malta 13074 G 10 10
49 Malta 13075 T 10 10
50 Malta 13076 G 10 10
51 Malta 13077 C 10 10
52 Malta 13078 T 10 10
53 Malta 13079 T 10 10
54 Malta 13080 T 10 10
55 Malta 13081 T 10 10
56 Malta 13082 G 10 10
57 Malta 13083 C 10 10
58 Malta 13084 T 10 10
59 Malta 13085 G 10 10
60 Malta 13086 T 10 10
61 Malta 13087 A 10 10
62 Malta 13088 G 10 10
63 Malta 13089 A 10 10
64 Malta 13090 T 10 10
65 Malta 13091 G 10 10
66 Malta 13092 C 10 10
67 Malta 13093 T 10 10
68 Malta 13094 G 10 10
69 Malta 13095 C 10 10
70 Malta 13096 T 10 10
71 Malta 13097 A 10 10
72 Malta 13098 A 10 10
73 Malta 13099 A 10 10
74 Malta 13100 G 10 10
75 Malta 13101 C 10 10
76 Malta 13102 T 10 10
77 Malta 13103 T 10 10
78 Malta 13104 A 10 10
79 Malta 13105 C 10 10
80 Malta 13106 A 10 10
81 Malta 13107 A 10 10
82 Malta 13108 A 10 10
83 Malta 13109 G 10 10
84 Malta 13110 A 10 10
85 Malta 13111 T 10 10
86 Malta 13112 T 10 10
87 Malta 13113 A 10 10
88 Malta 13114 T 10 10
89 Malta 13115 C 10 10
90 Malta 13116 T 10 10
91 Malta 13117 A 10 10
92 Malta 13118 G 10 10
93 Malta 13119 C 10 10
94 Malta 13120 T 10 10
95 Malta 13121 A 10 10
96 Malta 13122 G 10 10
97 Malta 13123 T 10 10
98 Malta 13124 G 10 10
99 Malta 13125 G 10 10
100 Malta 13126 G 10 10
101 Malta 13127 G 10 10
102 Malta 13128 G 10 10
103 Malta 13129 A 10 10
104 Malta 13130 C 10 10
105 Malta 13131 A 10 10
106 Malta 13132 A 10 10
107 Malta 13133 C 10 10
108 Malta 13134 C 10 10
109 Malta 13135 A 10 10
110 Malta 13136 A 10 10
111 Malta 13137 T 10 10
112 Malta 13138 C 10 10
113 Malta 13139 A 10 10
114 Malta 13140 C 10 10
115 Malta 13141 T 10 10
116 Malta 13142 A 10 10
117 Malta 13143 A 10 10
118 Malta 13144 T 10 10
119 Malta 13145 T 10 10
120 Malta 13146 G 10 10
121 Malta 13147 T 10 10
122 Malta 13148 G 10 10
123 Malta 13149 T 10 10
124 Malta 13150 T 10 10
125 Malta 13151 A 10 10
126 Malta 13152 A 10 10
127 Malta 13153 G 10 10
128 Malta 13154 A 10 10
129 Malta 13155 T 10 10
130 Malta 13156 G 10 10
131 Malta 13157 T 10 10
132 Malta 13158 T 10 10
133 Malta 13159 G 10 10
134 Malta 13160 T 10 10
135 Malta 13161 G 10 10
136 Malta 13162 T 10 10
137 Malta 13163 A 10 10
138 Malta 13164 C 10 10
139 Malta 13165 A 10 10
140 Malta 13166 C 10 10
141 Malta 13167 A 10 10
142 Malta 13168 C 10 10
143 Malta 13169 A 10 10
144 Malta 13170 C 10 10
145 Malta 13171 T 10 10
146 Malta 13172 G 10 10
147 Malta 13173 G 10 10
148 Malta 13174 T 10 10
149 Malta 13175 A 10 10
150 Malta 13176 C 10 10
151 Malta 13177 T 10 10
152 Malta 13178 G 10 10
153 Malta 13179 G 10 10
154 Malta 13180 T 10 10
155 Malta 13181 C 10 10
156 Malta 13182 A 10 10
157 Malta 13183 G 10 10
158 Malta 13184 G 10 10
159 Malta 13185 C 10 10
160 Malta 13186 A 10 10
161 Malta 13187 A 10 10
162 Malta 13188 T 10 10
163 Malta 13189 A 10 10
164 Malta 13190 A 10 10
165 Malta 13191 C 10 10
166 Malta 13192 A 10 10
167 Malta 13193 G 10 10
168 Malta 13194 T 10 10
169 Malta 13195 T 10 10
170 Malta 13196 A 10 10
171 Malta 13197 C 10 10
172 Malta 13198 A 10 10
173 Malta 13199 C 10 10
174 Malta 13200 C 10 10
175 Malta 13201 G 10 10
176 Malta 13202 G 10 10
177 Malta 13203 A 10 10
178 Malta 13204 A 10 10
179 Malta 13205 G 10 10
180 Malta 13206 C 10 10
181 Malta 13207 C 10 10
182 Malta 13208 A 10 10
183 Malta 13209 A 10 10
184 Malta 13210 T 10 10
185 Malta 13211 A 10 10
186 Malta 13212 T 10 10
187 Malta 13213 G 10 10
188 Malta 13214 G 10 10
189 Malta 13215 A 10 10
190 Malta 13216 T 10 10
191 Malta 13217 C 10 10
192 Malta 13218 A 10 10
193 Malta 13219 A 10 10
194 Malta 13220 G 10 10
195 Malta 13221 A 10 10
196 Malta 13222 A 10 10
197 Malta 13223 T 10 10
198 Malta 13224 C 10 10
199 Malta 13225 C 10 10
200 Malta 13226 T 10 10
201 Malta 13227 T 10 10
202 Malta 13228 T 10 10
203 Malta 13229 G 10 10
204 Malta 13230 G 10 10
205 Malta 13231 T 10 10
206 Malta 13232 G 10 10
207 Malta 13233 G 10 10
208 Malta 13234 T 10 10
209 Malta 13235 G 10 10
210 Malta 13236 C 10 10
211 Malta 13237 A 10 10
212 Malta 13238 T 10 10
213 Malta 13239 C 10 10
214 Malta 13240 G 10 10
215 Malta 13241 T 10 10
216 Malta 13242 G 10 10
217 Malta 13243 T 10 10
218 Malta 13244 T 10 10
219 Malta 13245 G 10 10
220 Malta 13246 T 10 10
221 Malta 13247 C 10 10
222 Malta 13248 T 10 10
223 Malta 13249 G 10 10
224 Malta 13250 T 10 10
225 Malta 13251 A 10 10
226 Malta 13252 C 10 10
227 Malta 13253 T 10 10
228 Malta 13254 G 10 10
229 Malta 13255 C 10 10
230 Malta 13256 C 10 10
231 Malta 13257 G 10 10
232 Malta 13258 T 10 10
233 Malta 13259 T 10 10
234 Malta 13260 G 10 10
235 Malta 13261 C 10 10
236 Malta 13262 C 10 10
237 Malta 13263 A 10 10
238 Malta 13264 C 10 10
239 Malta 13265 A 10 10
240 Malta 13266 T 10 10
241 Malta 13267 A 10 10
242 Malta 13268 G 10 10
243 Malta 13269 A 10 10
244 Malta 13270 T 10 10
245 Malta 13271 C 10 10
246 Malta 13272 A 10 10
247 Malta 13273 T 10 10
248 Malta 13274 C 10 10
249 Malta 13275 C 10 10
250 Malta 13276 A 10 10
251 Malta 13277 A 10 10
252 Malta 13278 A 10 10
253 Malta 13279 T 10 10
254 Malta 13280 C 10 10
255 Malta 13281 C 10 10
256 Malta 13282 T 10 10
257 Malta 13283 A 10 10
258 Malta 13284 A 10 10
259 Malta 13285 A 10 10
260 Malta 13286 G 10 10
261 Malta 13287 G 10 10
262 Malta 13288 A 10 10
263 Malta 13289 T 10 10
264 Malta 13290 T 10 10
265 Malta 13291 T 10 10
266 Malta 13292 T 10 10
267 Malta 13293 G 10 10
268 Malta 13294 T 10 10
269 Malta 13295 G 10 10
270 Malta 13296 A 10 10
271 Malta 13297 C 10 10
272 Malta 13298 T 10 10
273 Malta 13299 T 10 10
274 Malta 13300 A 10 10
275 Malta 13301 A 10 10
276 Malta 13302 A 10 10
277 Malta 13303 A 10 10
278 Malta 13304 G 10 10
279 Malta 13305 G 10 10
280 Malta 13306 T 10 10
281 Malta 13307 A 10 10
282 Malta 13308 A 10 10
283 Malta 13309 G 10 10
284 Malta 13310 T 10 10
285 Malta 13311 A 10 10
286 Malta 13312 T 10 10
287 Malta 13313 G 10 10
288 Malta 13314 T 10 10
289 Malta 13315 A 10 10
290 Malta 13316 C 10 10
291 Malta 13317 A 10 10
292 Malta 13318 A 10 10
293 Malta 13319 A 10 10
294 Malta 13320 T 10 10
295 Malta 13321 A 10 10
296 Malta 13322 C 10 10
297 Malta 13323 C 10 10
298 Malta 13324 T 10 10
299 Malta 13325 A 10 10
300 Malta 13326 C 10 10
301 Malta 13327 A 10 10
302 Malta 13328 A 10 10
303 Malta 13329 C 10 10
304 Malta 13330 T 10 10
305 Malta 13331 T 10 10
306 Malta 13332 G 10 10
307 Malta 13333 T 10 10
308 Malta 13334 G 10 10
309 Malta 13335 C 10 10
310 Malta 13336 T 10 10
311 Malta 13337 A 10 10
312 Malta 13338 A 10 10
313 Malta 13339 T 10 10
314 Malta 13340 G 10 10
315 Malta 13341 A 10 10
316 Malta 13342 C 10 10
317 Malta 13343 C 10 10
318 Malta 13344 C 10 10
319 Malta 13345 T 10 10
320 Malta 13346 G 10 10
321 Malta 13347 T 10 10
322 Malta 13348 G 10 10
323 Malta 13349 G 10 10
324 Malta 13350 G 10 10
325 Malta 13351 T 10 10
326 Malta 13352 T 10 10
327 Malta 13353 T 10 10
328 Malta 13354 T 10 10
329 Malta 13355 A 10 10
330 Malta 13356 C 10 10
331 Malta 13357 A 10 10
332 Malta 13358 C 10 10
333 Malta 13359 T 10 10
334 Malta 13360 T 10 10
335 Malta 13361 A 10 10
336 Malta 13362 A 10 10
337 Malta 13363 A 10 10
338 Malta 13364 A 10 10
339 Malta 13365 A 10 10
340 Malta 13366 C 10 10
341 Malta 13367 A 10 10
342 Malta 13368 C 10 10
343 Malta 13369 A 10 10
344 Malta 13370 G 10 10
345 Malta 13371 T 10 10
346 Malta 13372 C 10 10
347 Malta 13373 T 10 10
348 Malta 13374 G 10 10
349 Malta 13375 T 10 10
350 Malta 13376 A 10 10
351 Malta 13377 C 10 10
352 Malta 13378 C 10 10
353 Malta 13379 G 10 10
354 Malta 13380 T 10 10
355 Malta 13381 C 10 10
356 Malta 13382 T 10 10
357 Malta 13383 G 10 10
358 Malta 13384 C 10 10
359 Malta 13385 G 10 10
360 Malta 13386 G 10 10
361 Malta 13387 T 10 10
362 Malta 13388 A 10 10
363 Malta 13389 T 10 10
364 Malta 13390 G 10 10
365 Malta 13391 T 10 10
366 Malta 13392 G 10 10
367 Malta 13393 G 10 10
368 Malta 13394 A 10 10
369 Malta 13395 A 10 10
370 Malta 13396 A 10 10
371 Malta 13397 G 10 10
372 Malta 13398 G 10 10
373 Malta 13399 T 10 10
374 Malta 13400 T 10 10
375 Malta 13401 A 10 10
376 Malta 13402 T 10 10
377 Malta 13403 G 10 10
378 Malta 13404 G 10 10
379 Malta 13405 C 10 10
380 Malta 13406 T 10 10
381 Malta 13407 G 10 10
382 Malta 13408 T 10 10
383 Malta 13409 A 10 10
384 Malta 13410 G 10 10
385 Malta 13411 T 10 10
386 Malta 13412 T 10 10
387 Malta 13413 G 10 10
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396 Malta 13422 T 10 10
397 Malta 13423 C 10 10
398 Malta 13424 C 10 10
399 Malta 13425 G 10 10
400 Malta 13426 C 10 10
401 Malta 13427 G 10 10
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403 Malta 13429 A 10 10
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406 Malta 13432 C 10 10
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414 Malta 13440 A 10 10
415 Malta 13441 G 10 10