National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
-   416                                        
?                                            
A   38                                        
C   39                                        
D   21                                        
E   12                                        
F   15                                        
G   39                                        
H   9                                        
I   12                                        
K   24                                        
L   24                                        
M   12                                        
N   21                                        
P   24                                        
Q   18                                        
R   6                                        
S   18                                        
T   39                                        
V   27                                        
W   3                                        
Y   15                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Mali 13026 C 24 24
1 Mali 13027 T 24 24
2 Mali 13028 G 24 24
3 Mali 13029 G 24 24
4 Mali 13030 T 24 24
5 Mali 13031 A 24 24
6 Mali 13032 A 24 24
7 Mali 13033 T 24 24
8 Mali 13034 G 24 24
9 Mali 13035 C 24 24
10 Mali 13036 A 24 24
11 Mali 13037 A 24 24
12 Mali 13038 C 24 24
13 Mali 13039 A 24 24
14 Mali 13040 G 24 24
15 Mali 13041 A 24 24
16 Mali 13042 A 24 24
17 Mali 13043 G 24 24
18 Mali 13044 T 24 24
19 Mali 13045 G 24 24
20 Mali 13046 C 24 24
21 Mali 13047 C 24 24
22 Mali 13048 T 24 24
23 Mali 13049 G 24 24
24 Mali 13050 C 24 24
25 Mali 13051 C 24 24
26 Mali 13052 A 24 24
27 Mali 13053 A 24 24
28 Mali 13054 T 24 24
29 Mali 13055 T 24 24
30 Mali 13056 C 24 24
31 Mali 13057 A 24 24
32 Mali 13058 A 24 24
33 Mali 13059 C 24 24
34 Mali 13060 T 24 24
35 Mali 13061 G 24 24
36 Mali 13062 T 24 24
37 Mali 13063 A 24 24
38 Mali 13064 T 24 24
39 Mali 13065 T 24 24
40 Mali 13066 A 24 24
41 Mali 13067 T 24 24
42 Mali 13068 C 24 24
43 Mali 13069 T 24 24
44 Mali 13070 T 24 24
45 Mali 13071 T 24 24
46 Mali 13072 C 24 24
47 Mali 13073 T 24 24
48 Mali 13074 G 24 24
49 Mali 13075 T 24 24
50 Mali 13076 G 24 24
51 Mali 13077 C 24 24
52 Mali 13078 T 24 24
53 Mali 13079 T 24 24
54 Mali 13080 T 24 24
55 Mali 13081 T 24 24
56 Mali 13082 G 24 24
57 Mali 13083 C 24 24
58 Mali 13084 T 24 24
59 Mali 13085 G 24 24
60 Mali 13086 T 24 24
61 Mali 13087 A 24 24
62 Mali 13088 G 24 24
63 Mali 13089 A 24 24
64 Mali 13090 T 24 24
65 Mali 13091 G 24 24
66 Mali 13092 C 24 24
67 Mali 13093 T 24 24
68 Mali 13094 G 24 24
69 Mali 13095 C 24 24
70 Mali 13096 T 24 24
71 Mali 13097 A 24 24
72 Mali 13098 A 24 24
73 Mali 13099 A 24 24
74 Mali 13100 G 24 24
75 Mali 13101 C 24 24
76 Mali 13102 T 24 24
77 Mali 13103 T 24 24
78 Mali 13104 A 24 24
79 Mali 13105 C 24 24
80 Mali 13106 A 24 24
81 Mali 13107 A 24 24
82 Mali 13108 A 24 24
83 Mali 13109 G 24 24
84 Mali 13110 A 24 24
85 Mali 13111 T 24 24
86 Mali 13112 T 24 24
87 Mali 13113 A 24 24
88 Mali 13114 T 24 24
89 Mali 13115 C 24 24
90 Mali 13116 T 24 24
91 Mali 13117 A 24 24
92 Mali 13118 G 24 24
93 Mali 13119 C 24 24
94 Mali 13120 T 24 24
95 Mali 13121 A 24 24
96 Mali 13122 G 24 24
97 Mali 13123 T 24 24
98 Mali 13124 G 24 24
99 Mali 13125 G 24 24
100 Mali 13126 G 24 24
101 Mali 13127 G 24 24
102 Mali 13128 G 24 24
103 Mali 13129 A 24 24
104 Mali 13130 C 24 24
105 Mali 13131 A 24 24
106 Mali 13132 A 24 24
107 Mali 13133 C 24 24
108 Mali 13134 C 24 24
109 Mali 13135 A 24 24
110 Mali 13136 A 24 24
111 Mali 13137 T 24 24
112 Mali 13138 C 24 24
113 Mali 13139 A 24 24
114 Mali 13140 C 24 24
115 Mali 13141 T 24 24
116 Mali 13142 A 24 24
117 Mali 13143 A 24 24
118 Mali 13144 T 24 24
119 Mali 13145 T 24 24
120 Mali 13146 G 24 24
121 Mali 13147 T 24 24
122 Mali 13148 G 24 24
123 Mali 13149 T 24 24
124 Mali 13150 T 24 24
125 Mali 13151 A 24 24
126 Mali 13152 A 24 24
127 Mali 13153 G 24 24
128 Mali 13154 A 24 24
129 Mali 13155 T 24 24
130 Mali 13156 G 24 24
131 Mali 13157 T 24 24
132 Mali 13158 T 24 24
133 Mali 13159 G 24 24
134 Mali 13160 T 24 24
135 Mali 13161 G 24 24
136 Mali 13162 T 24 24
137 Mali 13163 A 24 24
138 Mali 13164 C 24 24
139 Mali 13165 A 24 24
140 Mali 13166 C 24 24
141 Mali 13167 A 24 24
142 Mali 13168 C 24 24
143 Mali 13169 A 24 24
144 Mali 13170 C 24 24
145 Mali 13171 T 24 24
146 Mali 13172 G 24 24
147 Mali 13173 G 24 24
148 Mali 13174 T 24 24
149 Mali 13175 A 24 24
150 Mali 13176 C 24 24
151 Mali 13177 T 24 24
152 Mali 13178 G 24 24
153 Mali 13179 G 24 24
154 Mali 13180 T 24 24
155 Mali 13181 C 24 24
156 Mali 13182 A 24 24
157 Mali 13183 G 24 24
158 Mali 13184 G 24 24
159 Mali 13185 C 24 24
160 Mali 13186 A 24 24
161 Mali 13187 A 24 24
162 Mali 13188 T 24 24
163 Mali 13189 A 24 24
164 Mali 13190 A 24 24
165 Mali 13191 C 24 24
166 Mali 13192 A 24 24
167 Mali 13193 G 24 24
168 Mali 13194 T 24 24
169 Mali 13195 T 24 24
170 Mali 13196 A 24 24
171 Mali 13197 C 24 24
172 Mali 13198 A 24 24
173 Mali 13199 C 24 24
174 Mali 13200 C 24 24
175 Mali 13201 G 24 24
176 Mali 13202 G 24 24
177 Mali 13203 A 24 24
178 Mali 13204 A 24 24
179 Mali 13205 G 24 24
180 Mali 13206 C 24 24
181 Mali 13207 C 24 24
182 Mali 13208 A 24 24
183 Mali 13209 A 24 24
184 Mali 13210 T 24 24
185 Mali 13211 A 24 24
186 Mali 13212 T 24 24
187 Mali 13213 G 24 24
188 Mali 13214 G 24 24
189 Mali 13215 A 24 24
190 Mali 13216 T 24 24
191 Mali 13217 C 24 24
192 Mali 13218 A 24 24
193 Mali 13219 A 24 24
194 Mali 13220 G 24 24
195 Mali 13221 A 24 24
196 Mali 13222 A 24 24
197 Mali 13223 T 24 24
198 Mali 13224 C 24 24
199 Mali 13225 C 24 24
200 Mali 13226 T 24 24
201 Mali 13227 T 24 24
202 Mali 13228 T 24 24
203 Mali 13229 G 24 24
204 Mali 13230 G 24 24
205 Mali 13231 T 24 24
206 Mali 13232 G 24 24
207 Mali 13233 G 24 24
208 Mali 13234 T 24 24
209 Mali 13235 G 24 24
210 Mali 13236 C 24 24
211 Mali 13237 A 24 24
212 Mali 13238 T 24 24
213 Mali 13239 C 24 24
214 Mali 13240 G 24 24
215 Mali 13241 T 24 24
216 Mali 13242 G 24 24
217 Mali 13243 T 24 24
218 Mali 13244 T 24 24
219 Mali 13245 G 24 24
220 Mali 13246 T 24 24
221 Mali 13247 C 24 24
222 Mali 13248 T 24 24
223 Mali 13249 G 24 24
224 Mali 13250 T 24 24
225 Mali 13251 A 24 24
226 Mali 13252 C 24 24
227 Mali 13253 T 24 24
228 Mali 13254 G 24 24
229 Mali 13255 C 24 24
230 Mali 13256 C 24 24
231 Mali 13257 G 24 24
232 Mali 13258 T 24 24
233 Mali 13259 T 24 24
234 Mali 13260 G 24 24
235 Mali 13261 C 24 24
236 Mali 13262 C 24 24
237 Mali 13263 A 24 24
238 Mali 13264 C 24 24
239 Mali 13265 A 24 24
240 Mali 13266 T 24 24
241 Mali 13267 A 24 24
242 Mali 13268 G 24 24
243 Mali 13269 A 24 24
244 Mali 13270 T 24 24
245 Mali 13271 C 24 24
246 Mali 13272 A 24 24
247 Mali 13273 T 24 24
248 Mali 13274 C 24 24
249 Mali 13275 C 24 24
250 Mali 13276 A 24 24
251 Mali 13277 A 24 24
252 Mali 13278 A 24 24
253 Mali 13279 T 24 24
254 Mali 13280 C 24 24
255 Mali 13281 C 24 24
256 Mali 13282 T 24 24
257 Mali 13283 A 24 24
258 Mali 13284 A 24 24
259 Mali 13285 A 24 24
260 Mali 13286 G 24 24
261 Mali 13287 G 24 24
262 Mali 13288 A 24 24
263 Mali 13289 T 24 24
264 Mali 13290 T 24 24
265 Mali 13291 T 24 24
266 Mali 13292 T 24 24
267 Mali 13293 G 24 24
268 Mali 13294 T 24 24
269 Mali 13295 G 24 24
270 Mali 13296 A 24 24
271 Mali 13297 C 24 24
272 Mali 13298 T 24 24
273 Mali 13299 T 24 24
274 Mali 13300 A 24 24
275 Mali 13301 A 24 24
276 Mali 13302 A 24 24
277 Mali 13303 A 24 24
278 Mali 13304 G 24 24
279 Mali 13305 G 24 24
280 Mali 13306 T 24 24
281 Mali 13307 A 24 24
282 Mali 13308 A 24 24
283 Mali 13309 G 24 24
284 Mali 13310 T 24 24
285 Mali 13311 A 24 24
286 Mali 13312 T 24 24
287 Mali 13313 G 24 24
288 Mali 13314 T 24 24
289 Mali 13315 A 24 24
290 Mali 13316 C 24 24
291 Mali 13317 A 24 24
292 Mali 13318 A 24 24
293 Mali 13319 A 24 24
294 Mali 13320 T 24 24
295 Mali 13321 A 24 24
296 Mali 13322 C 24 24
297 Mali 13323 C 24 24
298 Mali 13324 T 24 24
299 Mali 13325 A 24 24
300 Mali 13326 C 24 24
301 Mali 13327 A 24 24
302 Mali 13328 A 24 24
303 Mali 13329 C 24 24
304 Mali 13330 T 24 24
305 Mali 13331 T 24 24
306 Mali 13332 G 24 24
307 Mali 13333 T 24 24
308 Mali 13334 G 24 24
309 Mali 13335 C 24 24
310 Mali 13336 T 24 24
311 Mali 13337 A 24 24
312 Mali 13338 A 24 24
313 Mali 13339 T 24 24
314 Mali 13340 G 24 24
315 Mali 13341 A 24 24
316 Mali 13342 C 24 24
317 Mali 13343 C 24 24
318 Mali 13344 C 24 24
319 Mali 13345 T 24 24
320 Mali 13346 G 24 24
321 Mali 13347 T 24 24
322 Mali 13348 G 24 24
323 Mali 13349 G 24 24
324 Mali 13350 G 24 24
325 Mali 13351 T 24 24
326 Mali 13352 T 24 24
327 Mali 13353 T 24 24
328 Mali 13354 T 24 24
329 Mali 13355 A 24 24
330 Mali 13356 C 24 24
331 Mali 13357 A 24 24
332 Mali 13358 C 24 24
333 Mali 13359 T 24 24
334 Mali 13360 T 24 24
335 Mali 13361 A 24 24
336 Mali 13362 A 24 24
337 Mali 13363 A 24 24
338 Mali 13364 A 24 24
339 Mali 13365 A 24 24
340 Mali 13366 C 24 24
341 Mali 13367 A 24 24
342 Mali 13368 C 24 24
343 Mali 13369 A 24 24
344 Mali 13370 G 24 24
345 Mali 13371 T 24 24
346 Mali 13372 C 24 24
347 Mali 13373 T 24 24
348 Mali 13374 G 24 24
349 Mali 13375 T 24 24
350 Mali 13376 A 24 24
351 Mali 13377 C 24 24
352 Mali 13378 C 24 24
353 Mali 13379 G 24 24
354 Mali 13380 T 24 24
355 Mali 13381 C 24 24
356 Mali 13382 T 24 24
357 Mali 13383 G 24 24
358 Mali 13384 C 24 24
359 Mali 13385 G 24 24
360 Mali 13386 G 24 24
361 Mali 13387 T 24 24
362 Mali 13388 A 24 24
363 Mali 13389 T 24 24
364 Mali 13390 G 24 24
365 Mali 13391 T 24 24
366 Mali 13392 G 24 24
367 Mali 13393 G 24 24
368 Mali 13394 A 24 24
369 Mali 13395 A 24 24
370 Mali 13396 A 24 24
371 Mali 13397 G 24 24
372 Mali 13398 G 24 24
373 Mali 13399 T 24 24
374 Mali 13400 T 24 24
375 Mali 13401 A 24 24
376 Mali 13402 T 24 24
377 Mali 13403 G 24 24
378 Mali 13404 G 24 24
379 Mali 13405 C 24 24
380 Mali 13406 T 24 24
381 Mali 13407 G 24 24
382 Mali 13408 T 24 24
383 Mali 13409 A 24 24
384 Mali 13410 G 24 24
385 Mali 13411 T 24 24
386 Mali 13412 T 24 24
387 Mali 13413 G 24 24
388 Mali 13414 T 24 24
389 Mali 13415 G 24 24
390 Mali 13416 A 24 24
391 Mali 13417 T 24 24
392 Mali 13418 C 24 24
393 Mali 13419 A 24 24
394 Mali 13420 A 24 24
395 Mali 13421 C 24 24
396 Mali 13422 T 24 24
397 Mali 13423 C 24 24
398 Mali 13424 C 24 24
399 Mali 13425 G 24 24
400 Mali 13426 C 24 24
401 Mali 13427 G 24 24
402 Mali 13428 A 24 24
403 Mali 13429 A 24 24
404 Mali 13430 C 24 24
405 Mali 13431 C 24 24
406 Mali 13432 C 24 24
407 Mali 13433 A 24 24
408 Mali 13434 T 24 24
409 Mali 13435 G 24 24
410 Mali 13436 C 24 24
411 Mali 13437 T 24 24
412 Mali 13438 T 24 24
413 Mali 13439 C 24 24
414 Mali 13440 A 24 24
415 Mali 13441 G 24 24