National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
-   416                                        
?                                            
A   38 1                                      
C   39                                        
D   21                                        
E   12                                        
F   15                                        
G   39           2                            
H   9                                        
I   12                                        
K   24                                        
L   24                                        
M   12                                        
N   21                                        
P   24                                        
Q   18                                        
R   6   1                                    
S   18           1                            
T   39               1                        
V   27                                        
W   3                                        
Y   15                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Malaysia 13026 C 318 318
1 Malaysia 13027 T 318 318
2 Malaysia 13028 G 318 318
3 Malaysia 13029 G 318 318
4 Malaysia 13030 T 318 318
5 Malaysia 13031 A 318 318
6 Malaysia 13032 A 318 318
7 Malaysia 13033 T 318 318
8 Malaysia 13034 G 318 318
9 Malaysia 13035 C 318 318
10 Malaysia 13036 A 318 318
11 Malaysia 13037 A 318 318
12 Malaysia 13038 C 318 318
13 Malaysia 13039 A 318 318
14 Malaysia 13040 G 318 318
15 Malaysia 13041 A 318 318
16 Malaysia 13042 A 318 318
17 Malaysia 13043 G 318 318
18 Malaysia 13044 T 318 318
19 Malaysia 13045 G 318 318
20 Malaysia 13046 C 318 318
21 Malaysia 13047 C 318 318
22 Malaysia 13048 T 318 318
23 Malaysia 13049 G 318 318
24 Malaysia 13050 C 318 318
25 Malaysia 13051 C T 318 316 Ala4262Ala
26 Malaysia 13052 A 318 318
27 Malaysia 13053 A 318 318
28 Malaysia 13054 T 318 318
29 Malaysia 13055 T 318 318
30 Malaysia 13056 C 318 318
31 Malaysia 13057 A 318 318
32 Malaysia 13058 A 318 318
33 Malaysia 13059 C 318 318
34 Malaysia 13060 T 318 318
35 Malaysia 13061 G 318 318
36 Malaysia 13062 T 318 318
37 Malaysia 13063 A 318 318
38 Malaysia 13064 T 318 318
39 Malaysia 13065 T 318 318
40 Malaysia 13066 A 318 318
41 Malaysia 13067 T 318 318
42 Malaysia 13068 C 318 318
43 Malaysia 13069 T 318 318
44 Malaysia 13070 T 318 318
45 Malaysia 13071 T 318 318
46 Malaysia 13072 C 318 318
47 Malaysia 13073 T 318 318
48 Malaysia 13074 G 318 318
49 Malaysia 13075 T 318 318
50 Malaysia 13076 G 318 318
51 Malaysia 13077 C 318 318
52 Malaysia 13078 T 318 318
53 Malaysia 13079 T 318 318
54 Malaysia 13080 T 318 318
55 Malaysia 13081 T 318 318
56 Malaysia 13082 G 318 318
57 Malaysia 13083 C 318 318
58 Malaysia 13084 T 318 318
59 Malaysia 13085 G 318 318
60 Malaysia 13086 T 318 318
61 Malaysia 13087 A 318 318
62 Malaysia 13088 G 318 318
63 Malaysia 13089 A 318 318
64 Malaysia 13090 T 318 318
65 Malaysia 13091 G 318 318
66 Malaysia 13092 C 318 318
67 Malaysia 13093 T 318 318
68 Malaysia 13094 G 318 318
69 Malaysia 13095 C 318 318
70 Malaysia 13096 T 318 318
71 Malaysia 13097 A 318 318
72 Malaysia 13098 A 318 318
73 Malaysia 13099 A 318 318
74 Malaysia 13100 G 318 318
75 Malaysia 13101 C 318 318
76 Malaysia 13102 T 318 318
77 Malaysia 13103 T 318 318
78 Malaysia 13104 A 318 318
79 Malaysia 13105 C 318 318
80 Malaysia 13106 A 318 318
81 Malaysia 13107 A 318 318
82 Malaysia 13108 A 318 318
83 Malaysia 13109 G 318 318
84 Malaysia 13110 A 318 318
85 Malaysia 13111 T 318 318
86 Malaysia 13112 T 318 318
87 Malaysia 13113 A 318 318
88 Malaysia 13114 T 318 318
89 Malaysia 13115 C 318 318
90 Malaysia 13116 T 318 318
91 Malaysia 13117 A 318 318
92 Malaysia 13118 G 318 318
93 Malaysia 13119 C 318 318
94 Malaysia 13120 T 318 318
95 Malaysia 13121 A 318 318
96 Malaysia 13122 G 318 318
97 Malaysia 13123 T 318 318
98 Malaysia 13124 G 318 318
99 Malaysia 13125 G 318 318
100 Malaysia 13126 G A 318 315 Gly4287Gly
101 Malaysia 13127 G 318 318
102 Malaysia 13128 G 318 318
103 Malaysia 13129 A 318 318
104 Malaysia 13130 C 318 318
105 Malaysia 13131 A 318 318
106 Malaysia 13132 A 318 318
107 Malaysia 13133 C 318 318
108 Malaysia 13134 C 318 318
109 Malaysia 13135 A 318 318
110 Malaysia 13136 A 318 318
111 Malaysia 13137 T 318 318
112 Malaysia 13138 C 318 318
113 Malaysia 13139 A 318 318
114 Malaysia 13140 C 318 318
115 Malaysia 13141 T 318 318
116 Malaysia 13142 A 318 318
117 Malaysia 13143 A 318 318
118 Malaysia 13144 T 318 318
119 Malaysia 13145 T 318 318
120 Malaysia 13146 G 318 318
121 Malaysia 13147 T 318 318
122 Malaysia 13148 G 318 318
123 Malaysia 13149 T 318 318
124 Malaysia 13150 T 318 318
125 Malaysia 13151 A 318 318
126 Malaysia 13152 A 318 318
127 Malaysia 13153 G 318 318
128 Malaysia 13154 A 318 318
129 Malaysia 13155 T 318 318
130 Malaysia 13156 G 318 318
131 Malaysia 13157 T 318 318
132 Malaysia 13158 T 318 318
133 Malaysia 13159 G 318 318
134 Malaysia 13160 T 318 318
135 Malaysia 13161 G 318 318
136 Malaysia 13162 T 318 318
137 Malaysia 13163 A 318 318
138 Malaysia 13164 C 318 318
139 Malaysia 13165 A 318 318
140 Malaysia 13166 C 318 318
141 Malaysia 13167 A 318 318
142 Malaysia 13168 C 318 318
143 Malaysia 13169 A 318 318
144 Malaysia 13170 C 318 318
145 Malaysia 13171 T 318 318
146 Malaysia 13172 G 318 318
147 Malaysia 13173 G 318 318
148 Malaysia 13174 T 318 318
149 Malaysia 13175 A 318 318
150 Malaysia 13176 C 318 318
151 Malaysia 13177 T 318 318
152 Malaysia 13178 G 318 318
153 Malaysia 13179 G 318 318
154 Malaysia 13180 T 318 318
155 Malaysia 13181 C 318 318
156 Malaysia 13182 A 318 318
157 Malaysia 13183 G 318 318
158 Malaysia 13184 G 318 318
159 Malaysia 13185 C 318 318
160 Malaysia 13186 A 318 318
161 Malaysia 13187 A 318 318
162 Malaysia 13188 T 318 318
163 Malaysia 13189 A 318 318
164 Malaysia 13190 A 318 318
165 Malaysia 13191 C 318 318
166 Malaysia 13192 A 318 318
167 Malaysia 13193 G 318 318
168 Malaysia 13194 T 318 318
169 Malaysia 13195 T 318 318
170 Malaysia 13196 A 318 318
171 Malaysia 13197 C 318 318
172 Malaysia 13198 A 318 318
173 Malaysia 13199 C 318 318
174 Malaysia 13200 C 318 318
175 Malaysia 13201 G 318 318
176 Malaysia 13202 G 318 318
177 Malaysia 13203 A 318 318
178 Malaysia 13204 A 318 318
179 Malaysia 13205 G 318 318
180 Malaysia 13206 C 318 318
181 Malaysia 13207 C 318 318
182 Malaysia 13208 A 318 318
183 Malaysia 13209 A 318 318
184 Malaysia 13210 T 318 318
185 Malaysia 13211 A 318 318
186 Malaysia 13212 T 318 318
187 Malaysia 13213 G 318 318
188 Malaysia 13214 G 318 318
189 Malaysia 13215 A 318 318
190 Malaysia 13216 T 318 318
191 Malaysia 13217 C 318 318
192 Malaysia 13218 A 318 318
193 Malaysia 13219 A 318 318
194 Malaysia 13220 G 318 318
195 Malaysia 13221 A 318 318
196 Malaysia 13222 A 318 318
197 Malaysia 13223 T 318 318
198 Malaysia 13224 C 318 318
199 Malaysia 13225 C 318 318
200 Malaysia 13226 T 318 318
201 Malaysia 13227 T 318 318
202 Malaysia 13228 T 318 318
203 Malaysia 13229 G 318 318
204 Malaysia 13230 G 318 318
205 Malaysia 13231 T 318 318
206 Malaysia 13232 G 318 318
207 Malaysia 13233 G 318 318
208 Malaysia 13234 T 318 318
209 Malaysia 13235 G 318 318
210 Malaysia 13236 C 318 318
211 Malaysia 13237 A 318 318
212 Malaysia 13238 T 318 318
213 Malaysia 13239 C 318 318
214 Malaysia 13240 G 318 318
215 Malaysia 13241 T 318 318
216 Malaysia 13242 G 318 318
217 Malaysia 13243 T 318 318
218 Malaysia 13244 T 318 318
219 Malaysia 13245 G 318 318
220 Malaysia 13246 T 318 318
221 Malaysia 13247 C 318 318
222 Malaysia 13248 T 318 318
223 Malaysia 13249 G 318 318
224 Malaysia 13250 T 318 318
225 Malaysia 13251 A 318 318
226 Malaysia 13252 C 318 318
227 Malaysia 13253 T 318 318
228 Malaysia 13254 G 318 318
229 Malaysia 13255 C 318 318
230 Malaysia 13256 C 318 318
231 Malaysia 13257 G 318 318
232 Malaysia 13258 T 318 318
233 Malaysia 13259 T 318 318
234 Malaysia 13260 G 318 318
235 Malaysia 13261 C 318 318
236 Malaysia 13262 C 318 318
237 Malaysia 13263 A 318 318
238 Malaysia 13264 C 318 318
239 Malaysia 13265 A 318 318
240 Malaysia 13266 T 318 318
241 Malaysia 13267 A 318 318
242 Malaysia 13268 G 318 318
243 Malaysia 13269 A 318 318
244 Malaysia 13270 T 318 318
245 Malaysia 13271 C 318 318
246 Malaysia 13272 A 318 318
247 Malaysia 13273 T 318 318
248 Malaysia 13274 C 318 318
249 Malaysia 13275 C 318 318
250 Malaysia 13276 A 318 318
251 Malaysia 13277 A 318 318
252 Malaysia 13278 A 318 318
253 Malaysia 13279 T 318 318
254 Malaysia 13280 C 318 318
255 Malaysia 13281 C 318 318
256 Malaysia 13282 T 318 318
257 Malaysia 13283 A 318 318
258 Malaysia 13284 A 318 318
259 Malaysia 13285 A 318 318
260 Malaysia 13286 G 318 318
261 Malaysia 13287 G 318 318
262 Malaysia 13288 A 318 318
263 Malaysia 13289 T 318 318
264 Malaysia 13290 T 318 318
265 Malaysia 13291 T 318 318
266 Malaysia 13292 T 318 318
267 Malaysia 13293 G 318 318
268 Malaysia 13294 T 318 318
269 Malaysia 13295 G 318 318
270 Malaysia 13296 A 318 318
271 Malaysia 13297 C 318 318
272 Malaysia 13298 T 318 318
273 Malaysia 13299 T 318 318
274 Malaysia 13300 A 318 318
275 Malaysia 13301 A 318 318
276 Malaysia 13302 A 318 318
277 Malaysia 13303 A 318 318
278 Malaysia 13304 G 318 318
279 Malaysia 13305 G 318 318
280 Malaysia 13306 T 318 318
281 Malaysia 13307 A 318 318
282 Malaysia 13308 A 318 318
283 Malaysia 13309 G 318 318
284 Malaysia 13310 T 318 318
285 Malaysia 13311 A 318 318
286 Malaysia 13312 T 318 318
287 Malaysia 13313 G 318 318
288 Malaysia 13314 T 318 318
289 Malaysia 13315 A 318 318
290 Malaysia 13316 C 318 318
291 Malaysia 13317 A 318 318
292 Malaysia 13318 A 318 318
293 Malaysia 13319 A 318 318
294 Malaysia 13320 T 318 318
295 Malaysia 13321 A 318 318
296 Malaysia 13322 C 318 318
297 Malaysia 13323 C 318 318
298 Malaysia 13324 T 318 318
299 Malaysia 13325 A 318 318
300 Malaysia 13326 C 318 318
301 Malaysia 13327 A 318 318
302 Malaysia 13328 A 318 318
303 Malaysia 13329 C T 318 304 Thr4355Ile
304 Malaysia 13330 T 318 318
305 Malaysia 13331 T 318 318
306 Malaysia 13332 G 318 318
307 Malaysia 13333 T 318 318
308 Malaysia 13334 G 318 318
309 Malaysia 13335 C 318 318
310 Malaysia 13336 T 318 318
311 Malaysia 13337 A 318 318
312 Malaysia 13338 A 318 318
313 Malaysia 13339 T 318 318
314 Malaysia 13340 G 318 318
315 Malaysia 13341 A 318 318
316 Malaysia 13342 C 318 318
317 Malaysia 13343 C 318 318
318 Malaysia 13344 C 318 318
319 Malaysia 13345 T 318 318
320 Malaysia 13346 G 318 318
321 Malaysia 13347 T 318 318
322 Malaysia 13348 G 318 318
323 Malaysia 13349 G 318 318
324 Malaysia 13350 G 318 318
325 Malaysia 13351 T 318 318
326 Malaysia 13352 T 318 318
327 Malaysia 13353 T 318 318
328 Malaysia 13354 T 318 318
329 Malaysia 13355 A 318 318
330 Malaysia 13356 C 318 318
331 Malaysia 13357 A 318 318
332 Malaysia 13358 C 318 318
333 Malaysia 13359 T 318 318
334 Malaysia 13360 T 318 318
335 Malaysia 13361 A 318 318
336 Malaysia 13362 A 318 318
337 Malaysia 13363 A 318 318
338 Malaysia 13364 A 318 318
339 Malaysia 13365 A 318 318
340 Malaysia 13366 C 318 318
341 Malaysia 13367 A 318 318
342 Malaysia 13368 C 318 318
343 Malaysia 13369 A 318 318
344 Malaysia 13370 G 318 318
345 Malaysia 13371 T 318 318
346 Malaysia 13372 C 318 318
347 Malaysia 13373 T 318 318
348 Malaysia 13374 G 318 318
349 Malaysia 13375 T 318 318
350 Malaysia 13376 A 318 318
351 Malaysia 13377 C 318 318
352 Malaysia 13378 C 318 318
353 Malaysia 13379 G 318 318
354 Malaysia 13380 T 318 318
355 Malaysia 13381 C 318 318
356 Malaysia 13382 T 318 318
357 Malaysia 13383 G 318 318
358 Malaysia 13384 C 318 318
359 Malaysia 13385 G 318 318
360 Malaysia 13386 G 318 318
361 Malaysia 13387 T 318 318
362 Malaysia 13388 A 318 318
363 Malaysia 13389 T 318 318
364 Malaysia 13390 G 318 318
365 Malaysia 13391 T 318 318
366 Malaysia 13392 G 318 318
367 Malaysia 13393 G 318 318
368 Malaysia 13394 A 318 317
369 Malaysia 13395 A 318 318
370 Malaysia 13396 A 318 318
371 Malaysia 13397 G 318 318
372 Malaysia 13398 G 318 317
373 Malaysia 13399 T C 318 317 Gly4378Gly
374 Malaysia 13400 T 318 318
375 Malaysia 13401 A 318 318
376 Malaysia 13402 T 318 317
377 Malaysia 13403 G 318 318
378 Malaysia 13404 G 318 318
379 Malaysia 13405 C 318 318
380 Malaysia 13406 T 318 318
381 Malaysia 13407 G 318 318
382 Malaysia 13408 T 318 318
383 Malaysia 13409 A G 318 317 Ser4382Gly
384 Malaysia 13410 G 318 318
385 Malaysia 13411 T 318 318
386 Malaysia 13412 T 318 318
387 Malaysia 13413 G 318 318
388 Malaysia 13414 T 318 318
389 Malaysia 13415 G 318 318
390 Malaysia 13416 A 318 318
391 Malaysia 13417 T 318 318
392 Malaysia 13418 C 318 318
393 Malaysia 13419 A 318 318
394 Malaysia 13420 A 318 318
395 Malaysia 13421 C 318 318
396 Malaysia 13422 T 318 318
397 Malaysia 13423 C 318 318
398 Malaysia 13424 C T 318 317 Arg4387Cys
399 Malaysia 13425 G 318 318
400 Malaysia 13426 C 318 318
401 Malaysia 13427 G 318 318
402 Malaysia 13428 A 318 318
403 Malaysia 13429 A 318 318
404 Malaysia 13430 C 318 318
405 Malaysia 13431 C 318 318
406 Malaysia 13432 C 318 318
407 Malaysia 13433 A 318 318
408 Malaysia 13434 T 318 318
409 Malaysia 13435 G 318 318
410 Malaysia 13436 C 318 318
411 Malaysia 13437 T 318 318
412 Malaysia 13438 T 318 318
413 Malaysia 13439 C 318 318
414 Malaysia 13440 A 318 318
415 Malaysia 13441 G 318 318