National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
-   416                                        
?                                            
A   38                                        
C   39                                        
D   21                                        
E   12                                        
F   15                                        
G   39                                        
H   9                                        
I   12                                        
K   24                                        
L   24                                        
M   12                                        
N   21                                        
P   24                                        
Q   18                                        
R   6                                        
S   18                                        
T   39                                        
V   27                                        
W   3                                        
Y   15                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Madagascar 13026 C 6 6
1 Madagascar 13027 T 6 6
2 Madagascar 13028 G 6 6
3 Madagascar 13029 G 6 6
4 Madagascar 13030 T 6 6
5 Madagascar 13031 A 6 6
6 Madagascar 13032 A 6 6
7 Madagascar 13033 T 6 6
8 Madagascar 13034 G 6 6
9 Madagascar 13035 C 6 6
10 Madagascar 13036 A 6 6
11 Madagascar 13037 A 6 6
12 Madagascar 13038 C 6 6
13 Madagascar 13039 A 6 6
14 Madagascar 13040 G 6 6
15 Madagascar 13041 A 6 6
16 Madagascar 13042 A 6 6
17 Madagascar 13043 G 6 6
18 Madagascar 13044 T 6 6
19 Madagascar 13045 G 6 6
20 Madagascar 13046 C 6 6
21 Madagascar 13047 C 6 6
22 Madagascar 13048 T 6 6
23 Madagascar 13049 G 6 6
24 Madagascar 13050 C 6 6
25 Madagascar 13051 C 6 6
26 Madagascar 13052 A 6 6
27 Madagascar 13053 A 6 6
28 Madagascar 13054 T 6 6
29 Madagascar 13055 T 6 6
30 Madagascar 13056 C 6 6
31 Madagascar 13057 A 6 6
32 Madagascar 13058 A 6 6
33 Madagascar 13059 C 6 6
34 Madagascar 13060 T 6 6
35 Madagascar 13061 G 6 6
36 Madagascar 13062 T 6 6
37 Madagascar 13063 A 6 6
38 Madagascar 13064 T 6 6
39 Madagascar 13065 T 6 6
40 Madagascar 13066 A 6 6
41 Madagascar 13067 T 6 6
42 Madagascar 13068 C 6 6
43 Madagascar 13069 T 6 6
44 Madagascar 13070 T 6 6
45 Madagascar 13071 T 6 6
46 Madagascar 13072 C 6 6
47 Madagascar 13073 T 6 6
48 Madagascar 13074 G 6 6
49 Madagascar 13075 T 6 6
50 Madagascar 13076 G 6 6
51 Madagascar 13077 C 6 6
52 Madagascar 13078 T 6 6
53 Madagascar 13079 T 6 6
54 Madagascar 13080 T 6 6
55 Madagascar 13081 T 6 6
56 Madagascar 13082 G 6 6
57 Madagascar 13083 C 6 6
58 Madagascar 13084 T 6 6
59 Madagascar 13085 G 6 6
60 Madagascar 13086 T 6 6
61 Madagascar 13087 A 6 6
62 Madagascar 13088 G 6 6
63 Madagascar 13089 A 6 6
64 Madagascar 13090 T 6 6
65 Madagascar 13091 G 6 6
66 Madagascar 13092 C 6 6
67 Madagascar 13093 T 6 6
68 Madagascar 13094 G 6 6
69 Madagascar 13095 C 6 6
70 Madagascar 13096 T 6 6
71 Madagascar 13097 A 6 6
72 Madagascar 13098 A 6 6
73 Madagascar 13099 A 6 6
74 Madagascar 13100 G 6 6
75 Madagascar 13101 C 6 6
76 Madagascar 13102 T 6 6
77 Madagascar 13103 T 6 6
78 Madagascar 13104 A 6 6
79 Madagascar 13105 C 6 6
80 Madagascar 13106 A 6 6
81 Madagascar 13107 A 6 6
82 Madagascar 13108 A 6 6
83 Madagascar 13109 G 6 6
84 Madagascar 13110 A 6 6
85 Madagascar 13111 T 6 6
86 Madagascar 13112 T 6 6
87 Madagascar 13113 A 6 6
88 Madagascar 13114 T 6 6
89 Madagascar 13115 C 6 6
90 Madagascar 13116 T 6 6
91 Madagascar 13117 A 6 6
92 Madagascar 13118 G 6 6
93 Madagascar 13119 C 6 6
94 Madagascar 13120 T 6 6
95 Madagascar 13121 A 6 6
96 Madagascar 13122 G 6 6
97 Madagascar 13123 T 6 6
98 Madagascar 13124 G 6 6
99 Madagascar 13125 G 6 6
100 Madagascar 13126 G 6 6
101 Madagascar 13127 G 6 6
102 Madagascar 13128 G 6 6
103 Madagascar 13129 A 6 6
104 Madagascar 13130 C 6 6
105 Madagascar 13131 A 6 6
106 Madagascar 13132 A 6 6
107 Madagascar 13133 C 6 6
108 Madagascar 13134 C 6 6
109 Madagascar 13135 A 6 6
110 Madagascar 13136 A 6 6
111 Madagascar 13137 T 6 6
112 Madagascar 13138 C 6 6
113 Madagascar 13139 A 6 6
114 Madagascar 13140 C 6 6
115 Madagascar 13141 T 6 6
116 Madagascar 13142 A 6 6
117 Madagascar 13143 A 6 6
118 Madagascar 13144 T 6 6
119 Madagascar 13145 T 6 6
120 Madagascar 13146 G 6 6
121 Madagascar 13147 T 6 6
122 Madagascar 13148 G 6 6
123 Madagascar 13149 T 6 6
124 Madagascar 13150 T 6 6
125 Madagascar 13151 A 6 6
126 Madagascar 13152 A 6 6
127 Madagascar 13153 G 6 6
128 Madagascar 13154 A 6 6
129 Madagascar 13155 T 6 6
130 Madagascar 13156 G 6 6
131 Madagascar 13157 T 6 6
132 Madagascar 13158 T 6 6
133 Madagascar 13159 G 6 6
134 Madagascar 13160 T 6 6
135 Madagascar 13161 G 6 6
136 Madagascar 13162 T 6 6
137 Madagascar 13163 A 6 6
138 Madagascar 13164 C 6 6
139 Madagascar 13165 A 6 6
140 Madagascar 13166 C 6 6
141 Madagascar 13167 A 6 6
142 Madagascar 13168 C 6 6
143 Madagascar 13169 A 6 6
144 Madagascar 13170 C 6 6
145 Madagascar 13171 T 6 6
146 Madagascar 13172 G 6 6
147 Madagascar 13173 G 6 6
148 Madagascar 13174 T 6 6
149 Madagascar 13175 A 6 6
150 Madagascar 13176 C 6 6
151 Madagascar 13177 T 6 6
152 Madagascar 13178 G 6 6
153 Madagascar 13179 G 6 6
154 Madagascar 13180 T 6 6
155 Madagascar 13181 C 6 6
156 Madagascar 13182 A 6 6
157 Madagascar 13183 G 6 6
158 Madagascar 13184 G 6 6
159 Madagascar 13185 C 6 6
160 Madagascar 13186 A 6 6
161 Madagascar 13187 A 6 6
162 Madagascar 13188 T 6 6
163 Madagascar 13189 A 6 6
164 Madagascar 13190 A 6 6
165 Madagascar 13191 C 6 6
166 Madagascar 13192 A 6 6
167 Madagascar 13193 G 6 6
168 Madagascar 13194 T 6 6
169 Madagascar 13195 T 6 6
170 Madagascar 13196 A 6 6
171 Madagascar 13197 C 6 6
172 Madagascar 13198 A 6 6
173 Madagascar 13199 C 6 6
174 Madagascar 13200 C 6 6
175 Madagascar 13201 G 6 6
176 Madagascar 13202 G 6 6
177 Madagascar 13203 A 6 6
178 Madagascar 13204 A 6 6
179 Madagascar 13205 G 6 6
180 Madagascar 13206 C 6 6
181 Madagascar 13207 C 6 6
182 Madagascar 13208 A 6 6
183 Madagascar 13209 A 6 6
184 Madagascar 13210 T 6 6
185 Madagascar 13211 A 6 6
186 Madagascar 13212 T 6 6
187 Madagascar 13213 G 6 6
188 Madagascar 13214 G 6 6
189 Madagascar 13215 A 6 6
190 Madagascar 13216 T 6 6
191 Madagascar 13217 C 6 6
192 Madagascar 13218 A 6 6
193 Madagascar 13219 A 6 6
194 Madagascar 13220 G 6 6
195 Madagascar 13221 A 6 6
196 Madagascar 13222 A 6 6
197 Madagascar 13223 T 6 6
198 Madagascar 13224 C 6 6
199 Madagascar 13225 C 6 6
200 Madagascar 13226 T 6 6
201 Madagascar 13227 T 6 6
202 Madagascar 13228 T 6 6
203 Madagascar 13229 G 6 6
204 Madagascar 13230 G 6 6
205 Madagascar 13231 T 6 6
206 Madagascar 13232 G 6 6
207 Madagascar 13233 G 6 6
208 Madagascar 13234 T 6 6
209 Madagascar 13235 G 6 6
210 Madagascar 13236 C 6 6
211 Madagascar 13237 A 6 6
212 Madagascar 13238 T 6 6
213 Madagascar 13239 C 6 6
214 Madagascar 13240 G 6 6
215 Madagascar 13241 T 6 6
216 Madagascar 13242 G 6 6
217 Madagascar 13243 T 6 6
218 Madagascar 13244 T 6 6
219 Madagascar 13245 G 6 6
220 Madagascar 13246 T 6 6
221 Madagascar 13247 C 6 6
222 Madagascar 13248 T 6 6
223 Madagascar 13249 G 6 6
224 Madagascar 13250 T 6 6
225 Madagascar 13251 A 6 6
226 Madagascar 13252 C 6 6
227 Madagascar 13253 T 6 6
228 Madagascar 13254 G 6 6
229 Madagascar 13255 C 6 6
230 Madagascar 13256 C 6 6
231 Madagascar 13257 G 6 6
232 Madagascar 13258 T 6 6
233 Madagascar 13259 T 6 6
234 Madagascar 13260 G 6 6
235 Madagascar 13261 C 6 6
236 Madagascar 13262 C 6 6
237 Madagascar 13263 A 6 6
238 Madagascar 13264 C 6 6
239 Madagascar 13265 A 6 6
240 Madagascar 13266 T 6 6
241 Madagascar 13267 A 6 6
242 Madagascar 13268 G 6 6
243 Madagascar 13269 A 6 6
244 Madagascar 13270 T 6 6
245 Madagascar 13271 C 6 6
246 Madagascar 13272 A 6 6
247 Madagascar 13273 T 6 6
248 Madagascar 13274 C 6 6
249 Madagascar 13275 C 6 6
250 Madagascar 13276 A 6 6
251 Madagascar 13277 A 6 6
252 Madagascar 13278 A 6 6
253 Madagascar 13279 T 6 6
254 Madagascar 13280 C 6 6
255 Madagascar 13281 C 6 6
256 Madagascar 13282 T 6 6
257 Madagascar 13283 A 6 6
258 Madagascar 13284 A 6 6
259 Madagascar 13285 A 6 6
260 Madagascar 13286 G 6 6
261 Madagascar 13287 G 6 6
262 Madagascar 13288 A 6 6
263 Madagascar 13289 T 6 6
264 Madagascar 13290 T 6 6
265 Madagascar 13291 T 6 6
266 Madagascar 13292 T 6 6
267 Madagascar 13293 G 6 6
268 Madagascar 13294 T 6 6
269 Madagascar 13295 G 6 6
270 Madagascar 13296 A 6 6
271 Madagascar 13297 C 6 6
272 Madagascar 13298 T 6 6
273 Madagascar 13299 T 6 6
274 Madagascar 13300 A 6 6
275 Madagascar 13301 A 6 6
276 Madagascar 13302 A 6 6
277 Madagascar 13303 A 6 6
278 Madagascar 13304 G 6 6
279 Madagascar 13305 G 6 6
280 Madagascar 13306 T 6 6
281 Madagascar 13307 A 6 6
282 Madagascar 13308 A 6 6
283 Madagascar 13309 G 6 6
284 Madagascar 13310 T 6 6
285 Madagascar 13311 A 6 6
286 Madagascar 13312 T 6 6
287 Madagascar 13313 G 6 6
288 Madagascar 13314 T 6 6
289 Madagascar 13315 A 6 6
290 Madagascar 13316 C 6 6
291 Madagascar 13317 A 6 6
292 Madagascar 13318 A 6 6
293 Madagascar 13319 A 6 6
294 Madagascar 13320 T 6 6
295 Madagascar 13321 A 6 6
296 Madagascar 13322 C 6 6
297 Madagascar 13323 C 6 6
298 Madagascar 13324 T 6 6
299 Madagascar 13325 A 6 6
300 Madagascar 13326 C 6 6
301 Madagascar 13327 A 6 6
302 Madagascar 13328 A 6 6
303 Madagascar 13329 C 6 6
304 Madagascar 13330 T 6 6
305 Madagascar 13331 T 6 6
306 Madagascar 13332 G 6 6
307 Madagascar 13333 T 6 6
308 Madagascar 13334 G 6 6
309 Madagascar 13335 C 6 6
310 Madagascar 13336 T 6 6
311 Madagascar 13337 A 6 6
312 Madagascar 13338 A 6 6
313 Madagascar 13339 T 6 6
314 Madagascar 13340 G 6 6
315 Madagascar 13341 A 6 6
316 Madagascar 13342 C 6 6
317 Madagascar 13343 C 6 6
318 Madagascar 13344 C 6 6
319 Madagascar 13345 T 6 6
320 Madagascar 13346 G 6 6
321 Madagascar 13347 T 6 6
322 Madagascar 13348 G 6 6
323 Madagascar 13349 G 6 6
324 Madagascar 13350 G 6 6
325 Madagascar 13351 T 6 6
326 Madagascar 13352 T 6 6
327 Madagascar 13353 T 6 6
328 Madagascar 13354 T 6 6
329 Madagascar 13355 A 6 6
330 Madagascar 13356 C 6 6
331 Madagascar 13357 A 6 6
332 Madagascar 13358 C 6 6
333 Madagascar 13359 T 6 6
334 Madagascar 13360 T 6 6
335 Madagascar 13361 A 6 6
336 Madagascar 13362 A 6 6
337 Madagascar 13363 A 6 6
338 Madagascar 13364 A 6 6
339 Madagascar 13365 A 6 6
340 Madagascar 13366 C 6 6
341 Madagascar 13367 A 6 6
342 Madagascar 13368 C 6 6
343 Madagascar 13369 A 6 6
344 Madagascar 13370 G 6 6
345 Madagascar 13371 T 6 6
346 Madagascar 13372 C 6 6
347 Madagascar 13373 T 6 6
348 Madagascar 13374 G 6 6
349 Madagascar 13375 T 6 6
350 Madagascar 13376 A 6 6
351 Madagascar 13377 C 6 6
352 Madagascar 13378 C 6 6
353 Madagascar 13379 G 6 6
354 Madagascar 13380 T 6 6
355 Madagascar 13381 C 6 6
356 Madagascar 13382 T 6 6
357 Madagascar 13383 G 6 6
358 Madagascar 13384 C 6 6
359 Madagascar 13385 G 6 6
360 Madagascar 13386 G 6 6
361 Madagascar 13387 T 6 6
362 Madagascar 13388 A 6 6
363 Madagascar 13389 T 6 6
364 Madagascar 13390 G 6 6
365 Madagascar 13391 T 6 6
366 Madagascar 13392 G 6 6
367 Madagascar 13393 G 6 6
368 Madagascar 13394 A 6 6
369 Madagascar 13395 A 6 6
370 Madagascar 13396 A 6 6
371 Madagascar 13397 G 6 6
372 Madagascar 13398 G 6 6
373 Madagascar 13399 T 6 6
374 Madagascar 13400 T 6 6
375 Madagascar 13401 A 6 6
376 Madagascar 13402 T 6 6
377 Madagascar 13403 G 6 6
378 Madagascar 13404 G 6 6
379 Madagascar 13405 C 6 6
380 Madagascar 13406 T 6 6
381 Madagascar 13407 G 6 6
382 Madagascar 13408 T 6 6
383 Madagascar 13409 A 6 6
384 Madagascar 13410 G 6 6
385 Madagascar 13411 T 6 6
386 Madagascar 13412 T 6 6
387 Madagascar 13413 G 6 6
388 Madagascar 13414 T 6 6
389 Madagascar 13415 G 6 6
390 Madagascar 13416 A 6 6
391 Madagascar 13417 T 6 6
392 Madagascar 13418 C 6 6
393 Madagascar 13419 A 6 6
394 Madagascar 13420 A 6 6
395 Madagascar 13421 C 6 6
396 Madagascar 13422 T 6 6
397 Madagascar 13423 C 6 6
398 Madagascar 13424 C 6 6
399 Madagascar 13425 G 6 6
400 Madagascar 13426 C 6 6
401 Madagascar 13427 G 6 6
402 Madagascar 13428 A 6 6
403 Madagascar 13429 A 6 6
404 Madagascar 13430 C 6 6
405 Madagascar 13431 C 6 6
406 Madagascar 13432 C 6 6
407 Madagascar 13433 A 6 6
408 Madagascar 13434 T 6 6
409 Madagascar 13435 G 6 6
410 Madagascar 13436 C 6 6
411 Madagascar 13437 T 6 6
412 Madagascar 13438 T 6 6
413 Madagascar 13439 C 6 6
414 Madagascar 13440 A 6 6
415 Madagascar 13441 G 6 6