National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
-   416                                        
?                                            
A   38           1                       2    
C   39                                        
D   21           1                            
E   12                                        
F   15                                        
G   39                                        
H   9                                        
I   12               1                        
K   24                                        
L   24               1   2                    
M   12                                        
N   21                                        
P   24                                 1      
Q   18                                        
R   6                             2          
S   18                                        
T   39               4                 1      
V   27                                   1    
W   3                                        
Y   15                                       1

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Luxembourg 13026 C 2322 2322
1 Luxembourg 13027 T 2322 2322
2 Luxembourg 13028 G 2322 2322
3 Luxembourg 13029 G 2322 2322
4 Luxembourg 13030 T 2322 2322
5 Luxembourg 13031 A 2322 2322
6 Luxembourg 13032 A 2322 2322
7 Luxembourg 13033 T 2322 2322
8 Luxembourg 13034 G 2322 2322
9 Luxembourg 13035 C 2322 2322
10 Luxembourg 13036 A 2322 2322
11 Luxembourg 13037 A 2322 2322
12 Luxembourg 13038 C 2322 2322
13 Luxembourg 13039 A 2322 2322
14 Luxembourg 13040 G 2322 2322
15 Luxembourg 13041 A 2322 2322
16 Luxembourg 13042 A 2322 2322
17 Luxembourg 13043 G 2322 2322
18 Luxembourg 13044 T 2322 2322
19 Luxembourg 13045 G 2322 2322
20 Luxembourg 13046 C 2322 2322
21 Luxembourg 13047 C 2322 2322
22 Luxembourg 13048 T 2322 2322
23 Luxembourg 13049 G 2322 2322
24 Luxembourg 13050 C 2322 2322
25 Luxembourg 13051 C 2322 2322
26 Luxembourg 13052 A 2322 2322
27 Luxembourg 13053 A 2322 2322
28 Luxembourg 13054 T 2322 2322
29 Luxembourg 13055 T 2322 2322
30 Luxembourg 13056 C 2322 2322
31 Luxembourg 13057 A 2322 2322
32 Luxembourg 13058 A 2322 2322
33 Luxembourg 13059 C T 2322 2319 Thr4265Ile
34 Luxembourg 13060 T 2322 2322
35 Luxembourg 13061 G 2322 2322
36 Luxembourg 13062 T 2322 2322
37 Luxembourg 13063 A 2322 2322
38 Luxembourg 13064 T 2322 2322
39 Luxembourg 13065 T 2322 2322
40 Luxembourg 13066 A 2322 2322
41 Luxembourg 13067 T 2322 2322
42 Luxembourg 13068 C 2322 2322
43 Luxembourg 13069 T 2322 2322
44 Luxembourg 13070 T 2322 2322
45 Luxembourg 13071 T 2322 2322
46 Luxembourg 13072 C 2322 2322
47 Luxembourg 13073 T 2322 2322
48 Luxembourg 13074 G 2322 2322
49 Luxembourg 13075 T 2322 2322
50 Luxembourg 13076 G 2322 2322
51 Luxembourg 13077 C 2322 2322
52 Luxembourg 13078 T 2322 2322
53 Luxembourg 13079 T 2322 2322
54 Luxembourg 13080 T 2322 2322
55 Luxembourg 13081 T 2322 2322
56 Luxembourg 13082 G 2322 2322
57 Luxembourg 13083 C 2322 2322
58 Luxembourg 13084 T 2322 2322
59 Luxembourg 13085 G 2322 2322
60 Luxembourg 13086 T 2322 2322
61 Luxembourg 13087 A 2322 2322
62 Luxembourg 13088 G 2322 2322
63 Luxembourg 13089 A 2322 2322
64 Luxembourg 13090 T 2322 2322
65 Luxembourg 13091 G 2322 2322
66 Luxembourg 13092 C 2322 2322
67 Luxembourg 13093 T 2322 2322
68 Luxembourg 13094 G 2322 2322
69 Luxembourg 13095 C 2322 2322
70 Luxembourg 13096 T 2322 2322
71 Luxembourg 13097 A 2322 2322
72 Luxembourg 13098 A 2322 2322
73 Luxembourg 13099 A 2322 2322
74 Luxembourg 13100 G 2322 2322
75 Luxembourg 13101 C 2322 2322
76 Luxembourg 13102 T 2322 2322
77 Luxembourg 13103 T 2322 2322
78 Luxembourg 13104 A 2322 2322
79 Luxembourg 13105 C 2322 2322
80 Luxembourg 13106 A 2322 2322
81 Luxembourg 13107 A 2322 2322
82 Luxembourg 13108 A 2322 2322
83 Luxembourg 13109 G 2322 2322
84 Luxembourg 13110 A 2322 2322
85 Luxembourg 13111 T 2322 2322
86 Luxembourg 13112 T 2322 2322
87 Luxembourg 13113 A 2322 2322
88 Luxembourg 13114 T 2322 2322
89 Luxembourg 13115 C T 2322 2321 Leu4284Leu
90 Luxembourg 13116 T 2322 2322
91 Luxembourg 13117 A 2322 2322
92 Luxembourg 13118 G 2322 2322
93 Luxembourg 13119 C T,G 2322 2317 Ala4285Val-p.Ala4285Gly
94 Luxembourg 13120 T 2322 2322
95 Luxembourg 13121 A 2322 2322
96 Luxembourg 13122 G 2322 2322
97 Luxembourg 13123 T 2322 2322
98 Luxembourg 13124 G 2322 2322
99 Luxembourg 13125 G 2322 2322
100 Luxembourg 13126 G 2322 2322
101 Luxembourg 13127 G 2322 2322
102 Luxembourg 13128 G 2322 2322
103 Luxembourg 13129 A 2322 2322
104 Luxembourg 13130 C 2322 2322
105 Luxembourg 13131 A 2322 2322
106 Luxembourg 13132 A 2322 2322
107 Luxembourg 13133 C 2322 2322
108 Luxembourg 13134 C 2322 2322
109 Luxembourg 13135 A 2322 2322
110 Luxembourg 13136 A 2322 2322
111 Luxembourg 13137 T 2322 2322
112 Luxembourg 13138 C T 2322 2321 Ile4291Ile
113 Luxembourg 13139 A 2322 2322
114 Luxembourg 13140 C 2322 2322
115 Luxembourg 13141 T 2322 2322
116 Luxembourg 13142 A 2322 2322
117 Luxembourg 13143 A 2322 2322
118 Luxembourg 13144 T 2322 2322
119 Luxembourg 13145 T 2322 2322
120 Luxembourg 13146 G 2322 2322
121 Luxembourg 13147 T 2322 2322
122 Luxembourg 13148 G 2322 2322
123 Luxembourg 13149 T 2322 2322
124 Luxembourg 13150 T 2322 2322
125 Luxembourg 13151 A 2322 2322
126 Luxembourg 13152 A 2322 2322
127 Luxembourg 13153 G 2322 2322
128 Luxembourg 13154 A 2322 2322
129 Luxembourg 13155 T 2322 2322
130 Luxembourg 13156 G 2322 2322
131 Luxembourg 13157 T 2322 2322
132 Luxembourg 13158 T 2322 2322
133 Luxembourg 13159 G 2322 2322
134 Luxembourg 13160 T 2322 2322
135 Luxembourg 13161 G 2322 2322
136 Luxembourg 13162 T 2322 2322
137 Luxembourg 13163 A 2322 2322
138 Luxembourg 13164 C 2322 2322
139 Luxembourg 13165 A 2322 2322
140 Luxembourg 13166 C 2322 2322
141 Luxembourg 13167 A 2322 2322
142 Luxembourg 13168 C 2322 2322
143 Luxembourg 13169 A 2322 2322
144 Luxembourg 13170 C 2322 2322
145 Luxembourg 13171 T 2322 2322
146 Luxembourg 13172 G 2322 2322
147 Luxembourg 13173 G 2322 2322
148 Luxembourg 13174 T 2322 2322
149 Luxembourg 13175 A 2322 2322
150 Luxembourg 13176 C T 2322 2321 Thr4304Ile
151 Luxembourg 13177 T 2322 2322
152 Luxembourg 13178 G 2322 2322
153 Luxembourg 13179 G 2322 2322
154 Luxembourg 13180 T 2322 2322
155 Luxembourg 13181 C 2322 2322
156 Luxembourg 13182 A 2322 2322
157 Luxembourg 13183 G 2322 2322
158 Luxembourg 13184 G 2322 2322
159 Luxembourg 13185 C 2322 2322
160 Luxembourg 13186 A 2322 2322
161 Luxembourg 13187 A 2322 2322
162 Luxembourg 13188 T 2322 2322
163 Luxembourg 13189 A 2322 2322
164 Luxembourg 13190 A 2322 2322
165 Luxembourg 13191 C 2322 2322
166 Luxembourg 13192 A 2322 2322
167 Luxembourg 13193 G 2322 2322
168 Luxembourg 13194 T 2322 2322
169 Luxembourg 13195 T 2322 2322
170 Luxembourg 13196 A 2322 2322
171 Luxembourg 13197 C T 2322 2321 Thr4311Ile
172 Luxembourg 13198 A 2322 2322
173 Luxembourg 13199 C 2322 2322
174 Luxembourg 13200 C 2322 2322
175 Luxembourg 13201 G 2322 2322
176 Luxembourg 13202 G 2322 2322
177 Luxembourg 13203 A 2322 2322
178 Luxembourg 13204 A 2322 2322
179 Luxembourg 13205 G 2322 2322
180 Luxembourg 13206 C 2322 2322
181 Luxembourg 13207 C 2322 2322
182 Luxembourg 13208 A 2322 2322
183 Luxembourg 13209 A 2322 2322
184 Luxembourg 13210 T 2322 2322
185 Luxembourg 13211 A 2322 2322
186 Luxembourg 13212 T 2322 2322
187 Luxembourg 13213 G 2322 2322
188 Luxembourg 13214 G 2322 2322
189 Luxembourg 13215 A 2322 2322
190 Luxembourg 13216 T 2322 2322
191 Luxembourg 13217 C 2322 2322
192 Luxembourg 13218 A 2322 2322
193 Luxembourg 13219 A 2322 2322
194 Luxembourg 13220 G 2322 2322
195 Luxembourg 13221 A 2322 2322
196 Luxembourg 13222 A 2322 2322
197 Luxembourg 13223 T 2322 2322
198 Luxembourg 13224 C 2323 2323
199 Luxembourg 13225 C 2323 2323
200 Luxembourg 13226 T 2323 2323
201 Luxembourg 13227 T 2323 2323
202 Luxembourg 13228 T 2323 2323
203 Luxembourg 13229 G 2323 2323
204 Luxembourg 13230 G 2323 2323
205 Luxembourg 13231 T 2323 2323
206 Luxembourg 13232 G 2323 2323
207 Luxembourg 13233 G 2323 2323
208 Luxembourg 13234 T 2323 2323
209 Luxembourg 13235 G 2323 2323
210 Luxembourg 13236 C 2323 2323
211 Luxembourg 13237 A 2323 2323
212 Luxembourg 13238 T 2323 2323
213 Luxembourg 13239 C 2323 2323
214 Luxembourg 13240 G 2323 2323
215 Luxembourg 13241 T 2323 2323
216 Luxembourg 13242 G 2323 2323
217 Luxembourg 13243 T 2323 2323
218 Luxembourg 13244 T 2323 2323
219 Luxembourg 13245 G 2323 2323
220 Luxembourg 13246 T 2323 2323
221 Luxembourg 13247 C 2323 2323
222 Luxembourg 13248 T 2323 2323
223 Luxembourg 13249 G 2323 2323
224 Luxembourg 13250 T 2323 2323
225 Luxembourg 13251 A 2323 2323
226 Luxembourg 13252 C T 2323 2321 Tyr4329Tyr
227 Luxembourg 13253 T 2323 2323
228 Luxembourg 13254 G 2323 2323
229 Luxembourg 13255 C 2323 2323
230 Luxembourg 13256 C 2323 2323
231 Luxembourg 13257 G 2323 2323
232 Luxembourg 13258 T C 2323 2299 Arg4331Arg
233 Luxembourg 13259 T 2323 2323
234 Luxembourg 13260 G 2323 2323
235 Luxembourg 13261 C 2323 2323
236 Luxembourg 13262 C 2323 2323
237 Luxembourg 13263 A 2323 2323
238 Luxembourg 13264 C 2323 2323
239 Luxembourg 13265 A 2323 2323
240 Luxembourg 13266 T 2323 2323
241 Luxembourg 13267 A 2323 2323
242 Luxembourg 13268 G 2323 2323
243 Luxembourg 13269 A 2323 2323
244 Luxembourg 13270 T 2323 2323
245 Luxembourg 13271 C 2323 2323
246 Luxembourg 13272 A 2323 2323
247 Luxembourg 13273 T 2323 2323
248 Luxembourg 13274 C 2323 2323
249 Luxembourg 13275 C 2323 2323
250 Luxembourg 13276 A 2323 2323
251 Luxembourg 13277 A 2323 2323
252 Luxembourg 13278 A 2323 2323
253 Luxembourg 13279 T 2323 2323
254 Luxembourg 13280 C A 2323 2320 Pro4339Thr
255 Luxembourg 13281 C 2323 2323
256 Luxembourg 13282 T 2323 2323
257 Luxembourg 13283 A 2323 2323
258 Luxembourg 13284 A 2323 2323
259 Luxembourg 13285 A 2323 2323
260 Luxembourg 13286 G 2323 2323
261 Luxembourg 13287 G 2323 2323
262 Luxembourg 13288 A 2323 2323
263 Luxembourg 13289 T 2323 2323
264 Luxembourg 13290 T 2323 2323
265 Luxembourg 13291 T 2323 2323
266 Luxembourg 13292 T 2323 2323
267 Luxembourg 13293 G 2323 2323
268 Luxembourg 13294 T 2323 2323
269 Luxembourg 13295 G 2323 2323
270 Luxembourg 13296 A 2323 2323
271 Luxembourg 13297 C 2323 2323
272 Luxembourg 13298 T 2323 2323
273 Luxembourg 13299 T 2323 2323
274 Luxembourg 13300 A 2323 2323
275 Luxembourg 13301 A 2323 2323
276 Luxembourg 13302 A 2323 2323
277 Luxembourg 13303 A 2323 2323
278 Luxembourg 13304 G 2323 2323
279 Luxembourg 13305 G 2323 2323
280 Luxembourg 13306 T 2323 2323
281 Luxembourg 13307 A 2323 2323
282 Luxembourg 13308 A 2323 2323
283 Luxembourg 13309 G 2323 2323
284 Luxembourg 13310 T 2323 2323
285 Luxembourg 13311 A 2323 2323
286 Luxembourg 13312 T 2323 2323
287 Luxembourg 13313 G 2323 2323
288 Luxembourg 13314 T 2323 2323
289 Luxembourg 13315 A 2323 2323
290 Luxembourg 13316 C 2323 2323
291 Luxembourg 13317 A 2323 2323
292 Luxembourg 13318 A 2323 2323
293 Luxembourg 13319 A 2323 2323
294 Luxembourg 13320 T 2323 2323
295 Luxembourg 13321 A 2323 2323
296 Luxembourg 13322 C 2323 2323
297 Luxembourg 13323 C 2323 2323
298 Luxembourg 13324 T 2323 2323
299 Luxembourg 13325 A 2323 2323
300 Luxembourg 13326 C 2323 2323
301 Luxembourg 13327 A 2323 2323
302 Luxembourg 13328 A 2323 2323
303 Luxembourg 13329 C 2323 2323
304 Luxembourg 13330 T 2323 2323
305 Luxembourg 13331 T 2323 2323
306 Luxembourg 13332 G 2325 2325
307 Luxembourg 13333 T 2325 2325
308 Luxembourg 13334 G 2325 2325
309 Luxembourg 13335 C T 2325 2324 Ala4357Val
310 Luxembourg 13336 T 2325 2325
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