National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
-   416                                        
?                                            
A   38                                        
C   39                                        
D   21                                        
E   12 1                                      
F   15                                        
G   39                                        
H   9                                        
I   12                                        
K   24                                        
L   24                                        
M   12                                        
N   21                                        
P   24                                        
Q   18                                        
R   6             1                          
S   18                                        
T   39                                        
V   27 1                                      
W   3                                        
Y   15                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Iran 13026 C 36 36
1 Iran 13027 T 36 36
2 Iran 13028 G 36 36
3 Iran 13029 G 36 36
4 Iran 13030 T 36 36
5 Iran 13031 A 36 36
6 Iran 13032 A 36 36
7 Iran 13033 T 36 36
8 Iran 13034 G 36 36
9 Iran 13035 C 36 36
10 Iran 13036 A 36 36
11 Iran 13037 A 36 36
12 Iran 13038 C 36 36
13 Iran 13039 A 36 36
14 Iran 13040 G 36 36
15 Iran 13041 A 36 36
16 Iran 13042 A 36 36
17 Iran 13043 G 36 36
18 Iran 13044 T 36 36
19 Iran 13045 G 36 36
20 Iran 13046 C 36 36
21 Iran 13047 C 36 36
22 Iran 13048 T 36 36
23 Iran 13049 G 36 36
24 Iran 13050 C 36 36
25 Iran 13051 C 36 36
26 Iran 13052 A 36 36
27 Iran 13053 A 36 36
28 Iran 13054 T 36 36
29 Iran 13055 T 36 36
30 Iran 13056 C 36 36
31 Iran 13057 A 36 36
32 Iran 13058 A 36 36
33 Iran 13059 C 36 36
34 Iran 13060 T 36 36
35 Iran 13061 G 36 36
36 Iran 13062 T 36 36
37 Iran 13063 A 36 36
38 Iran 13064 T 36 36
39 Iran 13065 T 36 36
40 Iran 13066 A 36 36
41 Iran 13067 T 36 36
42 Iran 13068 C 36 36
43 Iran 13069 T 36 36
44 Iran 13070 T 36 36
45 Iran 13071 T 36 36
46 Iran 13072 C 36 36
47 Iran 13073 T 36 36
48 Iran 13074 G 36 36
49 Iran 13075 T 36 36
50 Iran 13076 G 36 36
51 Iran 13077 C 36 36
52 Iran 13078 T 36 36
53 Iran 13079 T 36 36
54 Iran 13080 T 36 36
55 Iran 13081 T 36 36
56 Iran 13082 G 36 36
57 Iran 13083 C 36 36
58 Iran 13084 T 36 36
59 Iran 13085 G 36 36
60 Iran 13086 T 36 36
61 Iran 13087 A 36 36
62 Iran 13088 G 36 36
63 Iran 13089 A 36 36
64 Iran 13090 T 36 36
65 Iran 13091 G 36 36
66 Iran 13092 C 36 36
67 Iran 13093 T 36 36
68 Iran 13094 G 36 36
69 Iran 13095 C 36 36
70 Iran 13096 T 36 36
71 Iran 13097 A 36 36
72 Iran 13098 A 36 36
73 Iran 13099 A 36 36
74 Iran 13100 G 36 36
75 Iran 13101 C 36 36
76 Iran 13102 T 36 36
77 Iran 13103 T 36 36
78 Iran 13104 A 36 36
79 Iran 13105 C 36 36
80 Iran 13106 A 36 36
81 Iran 13107 A 36 36
82 Iran 13108 A 36 36
83 Iran 13109 G 36 36
84 Iran 13110 A 36 36
85 Iran 13111 T 36 36
86 Iran 13112 T 36 36
87 Iran 13113 A 36 36
88 Iran 13114 T 36 36
89 Iran 13115 C 36 36
90 Iran 13116 T 36 36
91 Iran 13117 A 36 36
92 Iran 13118 G 36 36
93 Iran 13119 C 36 36
94 Iran 13120 T 36 36
95 Iran 13121 A 36 36
96 Iran 13122 G 36 36
97 Iran 13123 T 36 36
98 Iran 13124 G 36 36
99 Iran 13125 G 36 36
100 Iran 13126 G 36 36
101 Iran 13127 G 36 36
102 Iran 13128 G 36 36
103 Iran 13129 A 36 36
104 Iran 13130 C 36 36
105 Iran 13131 A 36 36
106 Iran 13132 A 36 36
107 Iran 13133 C 36 36
108 Iran 13134 C 36 36
109 Iran 13135 A 36 36
110 Iran 13136 A 36 36
111 Iran 13137 T 36 36
112 Iran 13138 C 36 36
113 Iran 13139 A 36 36
114 Iran 13140 C 36 36
115 Iran 13141 T 36 36
116 Iran 13142 A 36 36
117 Iran 13143 A 36 36
118 Iran 13144 T 36 36
119 Iran 13145 T 36 36
120 Iran 13146 G 36 36
121 Iran 13147 T 36 36
122 Iran 13148 G 36 36
123 Iran 13149 T 36 36
124 Iran 13150 T 36 36
125 Iran 13151 A 36 36
126 Iran 13152 A 36 36
127 Iran 13153 G 36 36
128 Iran 13154 A 36 36
129 Iran 13155 T 36 36
130 Iran 13156 G 36 36
131 Iran 13157 T 36 36
132 Iran 13158 T 36 36
133 Iran 13159 G 36 36
134 Iran 13160 T 36 36
135 Iran 13161 G 36 36
136 Iran 13162 T 36 36
137 Iran 13163 A 36 36
138 Iran 13164 C 36 36
139 Iran 13165 A 36 36
140 Iran 13166 C 36 36
141 Iran 13167 A 36 36
142 Iran 13168 C 36 36
143 Iran 13169 A 36 36
144 Iran 13170 C 36 36
145 Iran 13171 T 36 36
146 Iran 13172 G 36 36
147 Iran 13173 G 36 36
148 Iran 13174 T 36 36
149 Iran 13175 A 36 36
150 Iran 13176 C 36 36
151 Iran 13177 T 36 36
152 Iran 13178 G 36 36
153 Iran 13179 G 36 36
154 Iran 13180 T 36 36
155 Iran 13181 C 36 36
156 Iran 13182 A 36 36
157 Iran 13183 G 36 36
158 Iran 13184 G 36 36
159 Iran 13185 C 36 36
160 Iran 13186 A 36 36
161 Iran 13187 A 36 36
162 Iran 13188 T 36 36
163 Iran 13189 A 36 36
164 Iran 13190 A 36 36
165 Iran 13191 C 36 36
166 Iran 13192 A 36 36
167 Iran 13193 G 36 36
168 Iran 13194 T 36 36
169 Iran 13195 T 36 36
170 Iran 13196 A 36 36
171 Iran 13197 C 36 36
172 Iran 13198 A 36 36
173 Iran 13199 C 36 36
174 Iran 13200 C 36 36
175 Iran 13201 G 36 36
176 Iran 13202 G 36 36
177 Iran 13203 A 36 36
178 Iran 13204 A 36 36
179 Iran 13205 G 36 36
180 Iran 13206 C 36 36
181 Iran 13207 C 36 36
182 Iran 13208 A 36 36
183 Iran 13209 A 36 36
184 Iran 13210 T 36 36
185 Iran 13211 A 36 36
186 Iran 13212 T 36 36
187 Iran 13213 G 36 36
188 Iran 13214 G 36 36
189 Iran 13215 A 36 36
190 Iran 13216 T 36 36
191 Iran 13217 C 36 36
192 Iran 13218 A 36 36
193 Iran 13219 A 36 36
194 Iran 13220 G 36 36
195 Iran 13221 A 36 36
196 Iran 13222 A 36 36
197 Iran 13223 T 36 36
198 Iran 13224 C 36 36
199 Iran 13225 C 36 36
200 Iran 13226 T 36 36
201 Iran 13227 T 36 36
202 Iran 13228 T 36 36
203 Iran 13229 G 36 36
204 Iran 13230 G 36 36
205 Iran 13231 T 36 36
206 Iran 13232 G 36 36
207 Iran 13233 G 36 36
208 Iran 13234 T 36 36
209 Iran 13235 G 36 36
210 Iran 13236 C 36 36
211 Iran 13237 A 36 36
212 Iran 13238 T 36 36
213 Iran 13239 C 36 36
214 Iran 13240 G 36 36
215 Iran 13241 T 36 36
216 Iran 13242 G 36 36
217 Iran 13243 T 36 36
218 Iran 13244 T 36 36
219 Iran 13245 G 36 36
220 Iran 13246 T 36 36
221 Iran 13247 C 36 36
222 Iran 13248 T 36 36
223 Iran 13249 G 36 36
224 Iran 13250 T 36 36
225 Iran 13251 A 36 36
226 Iran 13252 C 36 36
227 Iran 13253 T 36 36
228 Iran 13254 G 36 36
229 Iran 13255 C 36 36
230 Iran 13256 C 36 36
231 Iran 13257 G 36 36
232 Iran 13258 T 36 36
233 Iran 13259 T 36 36
234 Iran 13260 G 36 36
235 Iran 13261 C 36 36
236 Iran 13262 C 36 36
237 Iran 13263 A 36 36
238 Iran 13264 C 36 36
239 Iran 13265 A 36 36
240 Iran 13266 T 36 36
241 Iran 13267 A 36 36
242 Iran 13268 G 36 36
243 Iran 13269 A 36 36
244 Iran 13270 T 36 36
245 Iran 13271 C 36 36
246 Iran 13272 A 36 36
247 Iran 13273 T 36 36
248 Iran 13274 C 36 36
249 Iran 13275 C 36 36
250 Iran 13276 A 36 36
251 Iran 13277 A 36 36
252 Iran 13278 A 36 36
253 Iran 13279 T 36 36
254 Iran 13280 C 36 36
255 Iran 13281 C 36 36
256 Iran 13282 T 36 36
257 Iran 13283 A 36 36
258 Iran 13284 A 36 36
259 Iran 13285 A 36 36
260 Iran 13286 G 36 36
261 Iran 13287 G 36 36
262 Iran 13288 A 36 36
263 Iran 13289 T 36 36
264 Iran 13290 T 36 36
265 Iran 13291 T 36 36
266 Iran 13292 T 36 36
267 Iran 13293 G 36 36
268 Iran 13294 T 36 36
269 Iran 13295 G 36 36
270 Iran 13296 A 36 36
271 Iran 13297 C 36 36
272 Iran 13298 T 36 36
273 Iran 13299 T 36 36
274 Iran 13300 A 36 36
275 Iran 13301 A 36 36
276 Iran 13302 A 36 36
277 Iran 13303 A 36 36
278 Iran 13304 G 36 36
279 Iran 13305 G 36 36
280 Iran 13306 T 36 36
281 Iran 13307 A 36 36
282 Iran 13308 A 36 36
283 Iran 13309 G 36 36
284 Iran 13310 T 36 36
285 Iran 13311 A 36 36
286 Iran 13312 T 36 36
287 Iran 13313 G 36 36
288 Iran 13314 T 36 36
289 Iran 13315 A 36 36
290 Iran 13316 C 36 36
291 Iran 13317 A 36 36
292 Iran 13318 A 36 36
293 Iran 13319 A 36 36
294 Iran 13320 T 36 36
295 Iran 13321 A 36 36
296 Iran 13322 C 36 36
297 Iran 13323 C 36 36
298 Iran 13324 T 36 36
299 Iran 13325 A 36 36
300 Iran 13326 C 36 36
301 Iran 13327 A 36 36
302 Iran 13328 A 36 36
303 Iran 13329 C 36 36
304 Iran 13330 T 36 36
305 Iran 13331 T 36 36
306 Iran 13332 G 36 36
307 Iran 13333 T 36 36
308 Iran 13334 G 36 36
309 Iran 13335 C 36 36
310 Iran 13336 T 36 36
311 Iran 13337 A 36 36
312 Iran 13338 A 36 36
313 Iran 13339 T 36 36
314 Iran 13340 G 36 36
315 Iran 13341 A 36 36
316 Iran 13342 C 36 36
317 Iran 13343 C 36 36
318 Iran 13344 C 36 36
319 Iran 13345 T 36 36
320 Iran 13346 G 36 36
321 Iran 13347 T 36 36
322 Iran 13348 G 36 36
323 Iran 13349 G 36 36
324 Iran 13350 G 36 36
325 Iran 13351 T 36 36
326 Iran 13352 T 36 36
327 Iran 13353 T 36 36
328 Iran 13354 T 36 36
329 Iran 13355 A 36 36
330 Iran 13356 C 36 36
331 Iran 13357 A 36 36
332 Iran 13358 C 36 36
333 Iran 13359 T 36 36
334 Iran 13360 T 36 36
335 Iran 13361 A 36 36
336 Iran 13362 A 36 36
337 Iran 13363 A 36 36
338 Iran 13364 A 36 36
339 Iran 13365 A 36 36
340 Iran 13366 C 36 36
341 Iran 13367 A 36 36
342 Iran 13368 C 36 36
343 Iran 13369 A 36 36
344 Iran 13370 G 36 36
345 Iran 13371 T 36 36
346 Iran 13372 C 36 36
347 Iran 13373 T 36 36
348 Iran 13374 G 36 36
349 Iran 13375 T 36 36
350 Iran 13376 A 36 36
351 Iran 13377 C 36 36
352 Iran 13378 C 36 36
353 Iran 13379 G 36 36
354 Iran 13380 T C 36 35 Val4372Ala
355 Iran 13381 C 36 36
356 Iran 13382 T 36 36
357 Iran 13383 G 36 36
358 Iran 13384 C 36 36
359 Iran 13385 G 36 36
360 Iran 13386 G 36 36
361 Iran 13387 T 36 36
362 Iran 13388 A 36 36
363 Iran 13389 T 36 36
364 Iran 13390 G 36 36
365 Iran 13391 T 36 36
366 Iran 13392 G 36 36
367 Iran 13393 G 36 36
368 Iran 13394 A 36 36
369 Iran 13395 A 36 36
370 Iran 13396 A 36 36
371 Iran 13397 G 36 36
372 Iran 13398 G 36 36
373 Iran 13399 T 36 36
374 Iran 13400 T 36 36
375 Iran 13401 A 36 36
376 Iran 13402 T 36 36
377 Iran 13403 G 36 36
378 Iran 13404 G 36 36
379 Iran 13405 C 36 36
380 Iran 13406 T 36 36
381 Iran 13407 G 36 36
382 Iran 13408 T 36 36
383 Iran 13409 A 36 36
384 Iran 13410 G 36 36
385 Iran 13411 T 36 36
386 Iran 13412 T 36 36
387 Iran 13413 G 36 36
388 Iran 13414 T 36 36
389 Iran 13415 G 36 36
390 Iran 13416 A 36 36
391 Iran 13417 T 36 36
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394 Iran 13420 A 36 36
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399 Iran 13425 G A 36 35 Arg4387His
400 Iran 13426 C 36 36
401 Iran 13427 G 36 36
402 Iran 13428 A C 36 35 Glu4388Ala
403 Iran 13429 A 36 36
404 Iran 13430 C 36 36
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410 Iran 13436 C 36 36
411 Iran 13437 T 36 36
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413 Iran 13439 C 36 36
414 Iran 13440 A 36 36
415 Iran 13441 G 36 36