National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
*                                              
-     416                                        
?                                              
A     38 1                                 1    
C 1   39                                        
D     21     3                                  
E     12                                        
F     15                                        
G     39                                        
H     9                                        
I     12                                        
K     24                 1                      
L     24         1         1                    
M     12                                        
N     21                                        
P     24                               1        
Q     18                                        
R     6                                        
S     18                                        
T     39               1                        
V     27                                        
W     3                                        
Y     15                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Indonesia 13026 C 299 299
1 Indonesia 13027 T 299 299
2 Indonesia 13028 G 299 299
3 Indonesia 13029 G 299 299
4 Indonesia 13030 T 299 299
5 Indonesia 13031 A 299 299
6 Indonesia 13032 A 299 299
7 Indonesia 13033 T 300 300
8 Indonesia 13034 G 301 301
9 Indonesia 13035 C 301 301
10 Indonesia 13036 A 301 301
11 Indonesia 13037 A 301 301
12 Indonesia 13038 C 301 301
13 Indonesia 13039 A 301 301
14 Indonesia 13040 G 301 301
15 Indonesia 13041 A 301 301
16 Indonesia 13042 A 301 301
17 Indonesia 13043 G 301 301
18 Indonesia 13044 T 301 301
19 Indonesia 13045 G 301 301
20 Indonesia 13046 C T 301 296 Pro4261Ser
21 Indonesia 13047 C 301 301
22 Indonesia 13048 T 301 301
23 Indonesia 13049 G 301 301
24 Indonesia 13050 C 301 301
25 Indonesia 13051 C 301 301
26 Indonesia 13052 A 301 301
27 Indonesia 13053 A 301 301
28 Indonesia 13054 T 301 301
29 Indonesia 13055 T 301 301
30 Indonesia 13056 C 301 301
31 Indonesia 13057 A 301 301
32 Indonesia 13058 A 301 301
33 Indonesia 13059 C 301 301
34 Indonesia 13060 T 301 301
35 Indonesia 13061 G 301 301
36 Indonesia 13062 T 301 301
37 Indonesia 13063 A 301 301
38 Indonesia 13064 T 301 301
39 Indonesia 13065 T 301 301
40 Indonesia 13066 A 301 300
41 Indonesia 13067 T 301 300
42 Indonesia 13068 C 301 300
43 Indonesia 13069 T 301 300
44 Indonesia 13070 T 301 300
45 Indonesia 13071 T 301 300
46 Indonesia 13072 C 301 300
47 Indonesia 13073 T 301 300
48 Indonesia 13074 G 301 300
49 Indonesia 13075 T 301 300
50 Indonesia 13076 G 301 300
51 Indonesia 13077 C 301 300
52 Indonesia 13078 T 301 300
53 Indonesia 13079 T 301 299
54 Indonesia 13080 T 301 299
55 Indonesia 13081 T 301 299
56 Indonesia 13082 G 301 299
57 Indonesia 13083 C 301 299
58 Indonesia 13084 T 301 299
59 Indonesia 13085 G 301 299
60 Indonesia 13086 T 301 300
61 Indonesia 13087 A 301 300
62 Indonesia 13088 G 301 300
63 Indonesia 13089 A 301 300
64 Indonesia 13090 T 301 301
65 Indonesia 13091 G 302 302
66 Indonesia 13092 C 302 302
67 Indonesia 13093 T 302 302
68 Indonesia 13094 G 302 302
69 Indonesia 13095 C 302 302
70 Indonesia 13096 T 302 302
71 Indonesia 13097 A 302 302
72 Indonesia 13098 A 302 302
73 Indonesia 13099 A G 302 301 Lys4278Lys
74 Indonesia 13100 G 302 302
75 Indonesia 13101 C 302 302
76 Indonesia 13102 T 302 302
77 Indonesia 13103 T 302 302
78 Indonesia 13104 A 302 302
79 Indonesia 13105 C 302 302
80 Indonesia 13106 A 302 302
81 Indonesia 13107 A 302 302
82 Indonesia 13108 A 302 302
83 Indonesia 13109 G 302 302
84 Indonesia 13110 A 302 302
85 Indonesia 13111 T 302 302
86 Indonesia 13112 T 302 302
87 Indonesia 13113 A 302 302
88 Indonesia 13114 T 302 302
89 Indonesia 13115 C 302 302
90 Indonesia 13116 T 302 302
91 Indonesia 13117 A 302 302
92 Indonesia 13118 G 302 302
93 Indonesia 13119 C T 302 301 Ala4285Val
94 Indonesia 13120 T 302 302
95 Indonesia 13121 A 302 302
96 Indonesia 13122 G 302 302
97 Indonesia 13123 T 302 302
98 Indonesia 13124 G 302 302
99 Indonesia 13125 G 302 302
100 Indonesia 13126 G 302 302
101 Indonesia 13127 G 302 302
102 Indonesia 13128 G 302 302
103 Indonesia 13129 A 302 302
104 Indonesia 13130 C 302 302
105 Indonesia 13131 A 302 302
106 Indonesia 13132 A 302 302
107 Indonesia 13133 C 302 302
108 Indonesia 13134 C 302 302
109 Indonesia 13135 A 302 302
110 Indonesia 13136 A 302 302
111 Indonesia 13137 T 302 302
112 Indonesia 13138 C 302 302
113 Indonesia 13139 A 302 302
114 Indonesia 13140 C 302 302
115 Indonesia 13141 T 302 302
116 Indonesia 13142 A 302 302
117 Indonesia 13143 A 302 302
118 Indonesia 13144 T 302 302
119 Indonesia 13145 T 302 302
120 Indonesia 13146 G 302 302
121 Indonesia 13147 T 302 302
122 Indonesia 13148 G 302 302
123 Indonesia 13149 T 302 302
124 Indonesia 13150 T 302 302
125 Indonesia 13151 A 302 302
126 Indonesia 13152 A 302 302
127 Indonesia 13153 G 302 302
128 Indonesia 13154 A 302 302
129 Indonesia 13155 T 302 302
130 Indonesia 13156 G 302 302
131 Indonesia 13157 T 302 302
132 Indonesia 13158 T 302 302
133 Indonesia 13159 G 302 302
134 Indonesia 13160 T 302 302
135 Indonesia 13161 G 302 302
136 Indonesia 13162 T 302 302
137 Indonesia 13163 A 302 302
138 Indonesia 13164 C 302 302
139 Indonesia 13165 A 302 302
140 Indonesia 13166 C 302 301
141 Indonesia 13167 A 302 302
142 Indonesia 13168 C 302 302
143 Indonesia 13169 A 302 302
144 Indonesia 13170 C 302 302
145 Indonesia 13171 T 302 302
146 Indonesia 13172 G 302 302
147 Indonesia 13173 G 302 302
148 Indonesia 13174 T 302 302
149 Indonesia 13175 A 302 302
150 Indonesia 13176 C 302 301
151 Indonesia 13177 T 302 301
152 Indonesia 13178 G 302 300
153 Indonesia 13179 G 302 301
154 Indonesia 13180 T 302 302
155 Indonesia 13181 C 302 302
156 Indonesia 13182 A 302 302
157 Indonesia 13183 G 302 302
158 Indonesia 13184 G 302 302
159 Indonesia 13185 C 302 302
160 Indonesia 13186 A 302 301
161 Indonesia 13187 A 302 301
162 Indonesia 13188 T 302 301
163 Indonesia 13189 A 302 301
164 Indonesia 13190 A 302 301
165 Indonesia 13191 C 302 301
166 Indonesia 13192 A 302 301
167 Indonesia 13193 G 302 301
168 Indonesia 13194 T 302 301
169 Indonesia 13195 T 302 301
170 Indonesia 13196 A 302 301
171 Indonesia 13197 C 302 301
172 Indonesia 13198 A 302 301
173 Indonesia 13199 C 302 302
174 Indonesia 13200 C 302 302
175 Indonesia 13201 G 302 302
176 Indonesia 13202 G 302 302
177 Indonesia 13203 A 302 302
178 Indonesia 13204 A 302 302
179 Indonesia 13205 G 302 302
180 Indonesia 13206 C 302 302
181 Indonesia 13207 C T 302 300 Ala4314Ala
182 Indonesia 13208 A 302 302
183 Indonesia 13209 A 302 302
184 Indonesia 13210 T 302 302
185 Indonesia 13211 A 302 302
186 Indonesia 13212 T 302 302
187 Indonesia 13213 G 302 302
188 Indonesia 13214 G 302 302
189 Indonesia 13215 A 302 302
190 Indonesia 13216 T C 302 301 Asp4317Asp
191 Indonesia 13217 C 302 302
192 Indonesia 13218 A 302 302
193 Indonesia 13219 A 302 302
194 Indonesia 13220 G 302 302
195 Indonesia 13221 A 302 302
196 Indonesia 13222 A 302 302
197 Indonesia 13223 T 302 302
198 Indonesia 13224 C 302 302
199 Indonesia 13225 C 302 302
200 Indonesia 13226 T 302 302
201 Indonesia 13227 T 302 302
202 Indonesia 13228 T 302 302
203 Indonesia 13229 G 302 302
204 Indonesia 13230 G 302 302
205 Indonesia 13231 T 302 302
206 Indonesia 13232 G 302 302
207 Indonesia 13233 G 302 302
208 Indonesia 13234 T 302 302
209 Indonesia 13235 G 302 302
210 Indonesia 13236 C 302 302
211 Indonesia 13237 A 302 301
212 Indonesia 13238 T 302 301
213 Indonesia 13239 C 302 301
214 Indonesia 13240 G 302 301
215 Indonesia 13241 T 302 301
216 Indonesia 13242 G 302 300
217 Indonesia 13243 T A 302 299 Cys4326*
218 Indonesia 13244 T 302 300
219 Indonesia 13245 G 302 300
220 Indonesia 13246 T 302 300
221 Indonesia 13247 C 302 300
222 Indonesia 13248 T 302 300
223 Indonesia 13249 G 302 300
224 Indonesia 13250 T 302 300
225 Indonesia 13251 A 302 299
226 Indonesia 13252 C 302 298
227 Indonesia 13253 T 302 298
228 Indonesia 13254 G 302 298
229 Indonesia 13255 C 302 298
230 Indonesia 13256 C 302 298
231 Indonesia 13257 G 302 298
232 Indonesia 13258 T 302 298
233 Indonesia 13259 T 302 298
234 Indonesia 13260 G 302 299
235 Indonesia 13261 C 302 299
236 Indonesia 13262 C 302 299
237 Indonesia 13263 A 302 299
238 Indonesia 13264 C 302 299
239 Indonesia 13265 A 302 299
240 Indonesia 13266 T 302 299
241 Indonesia 13267 A 302 299
242 Indonesia 13268 G 302 299
243 Indonesia 13269 A 302 299
244 Indonesia 13270 T C 302 298 Asp4335Asp
245 Indonesia 13271 C 302 300
246 Indonesia 13272 A 302 300
247 Indonesia 13273 T 302 300
248 Indonesia 13274 C 302 300
249 Indonesia 13275 C 302 300
250 Indonesia 13276 A 302 300
251 Indonesia 13277 A 302 300
252 Indonesia 13278 A 302 300
253 Indonesia 13279 T 302 300
254 Indonesia 13280 C 302 300
255 Indonesia 13281 C 302 300
256 Indonesia 13282 T 302 300
257 Indonesia 13283 A 302 302
258 Indonesia 13284 A 302 302
259 Indonesia 13285 A 302 302
260 Indonesia 13286 G 302 302
261 Indonesia 13287 G 302 302
262 Indonesia 13288 A 302 302
263 Indonesia 13289 T 302 302
264 Indonesia 13290 T 302 302
265 Indonesia 13291 T 302 301
266 Indonesia 13292 T 302 302
267 Indonesia 13293 G 302 302
268 Indonesia 13294 T 302 302
269 Indonesia 13295 G 302 302
270 Indonesia 13296 A 302 302
271 Indonesia 13297 C T 302 301 Asp4344Asp
272 Indonesia 13298 T C 302 300 Leu4345Leu
273 Indonesia 13299 T 302 302
274 Indonesia 13300 A 302 302
275 Indonesia 13301 A 302 302
276 Indonesia 13302 A 302 302
277 Indonesia 13303 A 302 302
278 Indonesia 13304 G 302 302
279 Indonesia 13305 G 302 302
280 Indonesia 13306 T 301 301
281 Indonesia 13307 A 301 301
282 Indonesia 13308 A 301 301
283 Indonesia 13309 G 301 301
284 Indonesia 13310 T 301 301
285 Indonesia 13311 A 301 301
286 Indonesia 13312 T 301 301
287 Indonesia 13313 G 301 301
288 Indonesia 13314 T 301 301
289 Indonesia 13315 A 301 301
290 Indonesia 13316 C 301 301
291 Indonesia 13317 A 301 301
292 Indonesia 13318 A 301 301
293 Indonesia 13319 A 301 301
294 Indonesia 13320 T 301 301
295 Indonesia 13321 A 301 301
296 Indonesia 13322 C 301 301
297 Indonesia 13323 C 301 301
298 Indonesia 13324 T 301 301
299 Indonesia 13325 A 301 301
300 Indonesia 13326 C 301 301
301 Indonesia 13327 A 301 301
302 Indonesia 13328 A 301 301
303 Indonesia 13329 C 301 301
304 Indonesia 13330 T 301 301
305 Indonesia 13331 T 301 301
306 Indonesia 13332 G 301 300
307 Indonesia 13333 T 301 301
308 Indonesia 13334 G 301 301
309 Indonesia 13335 C 301 301
310 Indonesia 13336 T 301 301
311 Indonesia 13337 A 301 300
312 Indonesia 13338 A 301 300
313 Indonesia 13339 T 301 300
314 Indonesia 13340 G 301 299
315 Indonesia 13341 A 301 300
316 Indonesia 13342 C 301 300
317 Indonesia 13343 C 301 300
318 Indonesia 13344 C 301 300
319 Indonesia 13345 T 301 300
320 Indonesia 13346 G 301 300
321 Indonesia 13347 T 301 300
322 Indonesia 13348 G 301 301
323 Indonesia 13349 G 301 301
324 Indonesia 13350 G 301 301
325 Indonesia 13351 T 301 301
326 Indonesia 13352 T 301 301
327 Indonesia 13353 T 301 301
328 Indonesia 13354 T 301 301
329 Indonesia 13355 A 301 301
330 Indonesia 13356 C T 301 300 Thr4364Ile
331 Indonesia 13357 A 301 301
332 Indonesia 13358 C 301 301
333 Indonesia 13359 T 301 301
334 Indonesia 13360 T 301 301
335 Indonesia 13361 A 301 301
336 Indonesia 13362 A 301 301
337 Indonesia 13363 A 301 301
338 Indonesia 13364 A 300 300
339 Indonesia 13365 A 300 300
340 Indonesia 13366 C 300 300
341 Indonesia 13367 A 300 300
342 Indonesia 13368 C 300 300
343 Indonesia 13369 A 300 300
344 Indonesia 13370 G 300 300
345 Indonesia 13371 T 300 300
346 Indonesia 13372 C 300 300
347 Indonesia 13373 T 300 300
348 Indonesia 13374 G 300 300
349 Indonesia 13375 T 300 300
350 Indonesia 13376 A 300 300
351 Indonesia 13377 C 300 300
352 Indonesia 13378 C 300 300
353 Indonesia 13379 G 299 299
354 Indonesia 13380 T 299 299
355 Indonesia 13381 C 299 299
356 Indonesia 13382 T 299 299
357 Indonesia 13383 G 299 299
358 Indonesia 13384 C 299 299
359 Indonesia 13385 G 299 299
360 Indonesia 13386 G 299 299
361 Indonesia 13387 T 299 299
362 Indonesia 13388 A 299 299
363 Indonesia 13389 T 299 299
364 Indonesia 13390 G 299 299
365 Indonesia 13391 T 299 299
366 Indonesia 13392 G 299 299
367 Indonesia 13393 G 299 299
368 Indonesia 13394 A 299 299
369 Indonesia 13395 A 299 299
370 Indonesia 13396 A 299 299
371 Indonesia 13397 G 299 299
372 Indonesia 13398 G 299 299
373 Indonesia 13399 T 299 299
374 Indonesia 13400 T 299 299
375 Indonesia 13401 A 299 299
376 Indonesia 13402 T 299 299
377 Indonesia 13403 G 299 299
378 Indonesia 13404 G 299 299
379 Indonesia 13405 C 299 299
380 Indonesia 13406 T 299 299
381 Indonesia 13407 G 299 299
382 Indonesia 13408 T 299 299
383 Indonesia 13409 A 299 299
384 Indonesia 13410 G 299 299
385 Indonesia 13411 T 299 299
386 Indonesia 13412 T 299 299
387 Indonesia 13413 G 299 299
388 Indonesia 13414 T 299 299
389 Indonesia 13415 G 299 299
390 Indonesia 13416 A 299 299
391 Indonesia 13417 T 299 299
392 Indonesia 13418 C 299 299
393 Indonesia 13419 A 299 298
394 Indonesia 13420 A 299 298
395 Indonesia 13421 C 299 298
396 Indonesia 13422 T 299 298
397 Indonesia 13423 C 299 298
398 Indonesia 13424 C 299 298
399 Indonesia 13425 G 299 298
400 Indonesia 13426 C 299 298
401 Indonesia 13427 G 299 298
402 Indonesia 13428 A 299 299
403 Indonesia 13429 A 299 299
404 Indonesia 13430 C 299 299
405 Indonesia 13431 C 299 299
406 Indonesia 13432 C 299 299
407 Indonesia 13433 A 299 299
408 Indonesia 13434 T 299 299
409 Indonesia 13435 G 299 299
410 Indonesia 13436 C T 299 298 Leu4391Phe
411 Indonesia 13437 T 299 299
412 Indonesia 13438 T 299 298
413 Indonesia 13439 C 299 299
414 Indonesia 13440 A 299 299
415 Indonesia 13441 G 299 299