National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
-   416                                        
?                                            
A   38 1                                      
C   39                                        
D   21                                        
E   12                                        
F   15                                        
G   39           1                            
H   9                                        
I   12                   1                    
K   24                                        
L   24                                        
M   12                                        
N   21                                        
P   24                                        
Q   18                                        
R   6                                        
S   18                                        
T   39                                        
V   27                                        
W   3                                        
Y   15         1                              

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Hong_Kong 13026 C 276 276
1 Hong_Kong 13027 T 276 276
2 Hong_Kong 13028 G 276 276
3 Hong_Kong 13029 G 276 276
4 Hong_Kong 13030 T 276 276
5 Hong_Kong 13031 A 276 276
6 Hong_Kong 13032 A 276 276
7 Hong_Kong 13033 T 276 276
8 Hong_Kong 13034 G 276 276
9 Hong_Kong 13035 C 276 276
10 Hong_Kong 13036 A 276 276
11 Hong_Kong 13037 A 276 276
12 Hong_Kong 13038 C 276 276
13 Hong_Kong 13039 A 276 276
14 Hong_Kong 13040 G 276 276
15 Hong_Kong 13041 A 276 276
16 Hong_Kong 13042 A 276 276
17 Hong_Kong 13043 G 276 276
18 Hong_Kong 13044 T 276 276
19 Hong_Kong 13045 G 276 276
20 Hong_Kong 13046 C 276 276
21 Hong_Kong 13047 C 276 276
22 Hong_Kong 13048 T 276 276
23 Hong_Kong 13049 G 276 276
24 Hong_Kong 13050 C 276 276
25 Hong_Kong 13051 C T 276 270 Ala4262Ala
26 Hong_Kong 13052 A 276 276
27 Hong_Kong 13053 A 276 276
28 Hong_Kong 13054 T 276 276
29 Hong_Kong 13055 T 276 276
30 Hong_Kong 13056 C 276 276
31 Hong_Kong 13057 A 276 276
32 Hong_Kong 13058 A 276 276
33 Hong_Kong 13059 C 276 276
34 Hong_Kong 13060 T 276 276
35 Hong_Kong 13061 G 276 276
36 Hong_Kong 13062 T 276 276
37 Hong_Kong 13063 A 276 276
38 Hong_Kong 13064 T 276 276
39 Hong_Kong 13065 T 276 276
40 Hong_Kong 13066 A 276 276
41 Hong_Kong 13067 T 276 276
42 Hong_Kong 13068 C 276 276
43 Hong_Kong 13069 T 276 276
44 Hong_Kong 13070 T 276 276
45 Hong_Kong 13071 T 276 276
46 Hong_Kong 13072 C 276 276
47 Hong_Kong 13073 T 276 276
48 Hong_Kong 13074 G 276 276
49 Hong_Kong 13075 T 276 276
50 Hong_Kong 13076 G 276 276
51 Hong_Kong 13077 C 276 276
52 Hong_Kong 13078 T 276 276
53 Hong_Kong 13079 T 276 276
54 Hong_Kong 13080 T 276 276
55 Hong_Kong 13081 T 276 276
56 Hong_Kong 13082 G 276 276
57 Hong_Kong 13083 C 276 276
58 Hong_Kong 13084 T 276 276
59 Hong_Kong 13085 G 276 276
60 Hong_Kong 13086 T 276 276
61 Hong_Kong 13087 A 276 276
62 Hong_Kong 13088 G 276 276
63 Hong_Kong 13089 A 276 276
64 Hong_Kong 13090 T 276 276
65 Hong_Kong 13091 G 276 276
66 Hong_Kong 13092 C 276 276
67 Hong_Kong 13093 T 276 276
68 Hong_Kong 13094 G 276 276
69 Hong_Kong 13095 C 276 276
70 Hong_Kong 13096 T 276 276
71 Hong_Kong 13097 A 276 276
72 Hong_Kong 13098 A 276 276
73 Hong_Kong 13099 A 276 276
74 Hong_Kong 13100 G 276 276
75 Hong_Kong 13101 C 276 276
76 Hong_Kong 13102 T 276 276
77 Hong_Kong 13103 T 276 276
78 Hong_Kong 13104 A 276 276
79 Hong_Kong 13105 C 276 276
80 Hong_Kong 13106 A 276 276
81 Hong_Kong 13107 A 276 276
82 Hong_Kong 13108 A 276 276
83 Hong_Kong 13109 G 276 276
84 Hong_Kong 13110 A 276 276
85 Hong_Kong 13111 T 276 276
86 Hong_Kong 13112 T 276 276
87 Hong_Kong 13113 A 276 276
88 Hong_Kong 13114 T 276 276
89 Hong_Kong 13115 C 276 276
90 Hong_Kong 13116 T 276 276
91 Hong_Kong 13117 A 276 276
92 Hong_Kong 13118 G 276 276
93 Hong_Kong 13119 C 276 276
94 Hong_Kong 13120 T 276 276
95 Hong_Kong 13121 A 276 276
96 Hong_Kong 13122 G 276 276
97 Hong_Kong 13123 T 276 276
98 Hong_Kong 13124 G 276 276
99 Hong_Kong 13125 G 276 276
100 Hong_Kong 13126 G A 276 275 Gly4287Gly
101 Hong_Kong 13127 G 276 276
102 Hong_Kong 13128 G 276 276
103 Hong_Kong 13129 A 276 276
104 Hong_Kong 13130 C 276 276
105 Hong_Kong 13131 A 276 276
106 Hong_Kong 13132 A 276 276
107 Hong_Kong 13133 C 276 276
108 Hong_Kong 13134 C 276 276
109 Hong_Kong 13135 A 276 276
110 Hong_Kong 13136 A 276 276
111 Hong_Kong 13137 T 276 276
112 Hong_Kong 13138 C 276 276
113 Hong_Kong 13139 A 276 276
114 Hong_Kong 13140 C 276 276
115 Hong_Kong 13141 T 276 276
116 Hong_Kong 13142 A 276 276
117 Hong_Kong 13143 A 276 276
118 Hong_Kong 13144 T 276 276
119 Hong_Kong 13145 T 276 276
120 Hong_Kong 13146 G 276 276
121 Hong_Kong 13147 T 276 276
122 Hong_Kong 13148 G 276 276
123 Hong_Kong 13149 T 276 276
124 Hong_Kong 13150 T 276 276
125 Hong_Kong 13151 A 276 276
126 Hong_Kong 13152 A 276 276
127 Hong_Kong 13153 G 276 276
128 Hong_Kong 13154 A 276 276
129 Hong_Kong 13155 T 276 276
130 Hong_Kong 13156 G 276 276
131 Hong_Kong 13157 T 276 276
132 Hong_Kong 13158 T 276 276
133 Hong_Kong 13159 G 276 276
134 Hong_Kong 13160 T 276 276
135 Hong_Kong 13161 G 276 276
136 Hong_Kong 13162 T 276 276
137 Hong_Kong 13163 A 276 276
138 Hong_Kong 13164 C 276 276
139 Hong_Kong 13165 A 276 276
140 Hong_Kong 13166 C 276 276
141 Hong_Kong 13167 A 276 276
142 Hong_Kong 13168 C 276 276
143 Hong_Kong 13169 A 276 276
144 Hong_Kong 13170 C 276 276
145 Hong_Kong 13171 T 276 276
146 Hong_Kong 13172 G 276 276
147 Hong_Kong 13173 G 276 276
148 Hong_Kong 13174 T 276 276
149 Hong_Kong 13175 A 276 276
150 Hong_Kong 13176 C 276 276
151 Hong_Kong 13177 T 276 276
152 Hong_Kong 13178 G 276 276
153 Hong_Kong 13179 G 276 276
154 Hong_Kong 13180 T 276 276
155 Hong_Kong 13181 C 276 276
156 Hong_Kong 13182 A 276 276
157 Hong_Kong 13183 G 276 276
158 Hong_Kong 13184 G 276 276
159 Hong_Kong 13185 C 276 276
160 Hong_Kong 13186 A 276 276
161 Hong_Kong 13187 A 276 276
162 Hong_Kong 13188 T 276 276
163 Hong_Kong 13189 A 276 276
164 Hong_Kong 13190 A 276 276
165 Hong_Kong 13191 C 276 276
166 Hong_Kong 13192 A 276 276
167 Hong_Kong 13193 G 276 276
168 Hong_Kong 13194 T 276 276
169 Hong_Kong 13195 T 276 276
170 Hong_Kong 13196 A 276 276
171 Hong_Kong 13197 C 276 276
172 Hong_Kong 13198 A 276 276
173 Hong_Kong 13199 C 276 276
174 Hong_Kong 13200 C 276 276
175 Hong_Kong 13201 G 276 276
176 Hong_Kong 13202 G 276 276
177 Hong_Kong 13203 A 276 276
178 Hong_Kong 13204 A 276 276
179 Hong_Kong 13205 G 276 276
180 Hong_Kong 13206 C 276 276
181 Hong_Kong 13207 C 276 276
182 Hong_Kong 13208 A 276 276
183 Hong_Kong 13209 A 276 276
184 Hong_Kong 13210 T 276 276
185 Hong_Kong 13211 A 276 276
186 Hong_Kong 13212 T 276 276
187 Hong_Kong 13213 G 276 276
188 Hong_Kong 13214 G 276 276
189 Hong_Kong 13215 A 276 276
190 Hong_Kong 13216 T 276 276
191 Hong_Kong 13217 C 276 276
192 Hong_Kong 13218 A 276 276
193 Hong_Kong 13219 A 276 276
194 Hong_Kong 13220 G 276 276
195 Hong_Kong 13221 A 276 276
196 Hong_Kong 13222 A 276 276
197 Hong_Kong 13223 T 276 276
198 Hong_Kong 13224 C 276 276
199 Hong_Kong 13225 C 276 276
200 Hong_Kong 13226 T 276 276
201 Hong_Kong 13227 T 276 276
202 Hong_Kong 13228 T 276 276
203 Hong_Kong 13229 G 276 276
204 Hong_Kong 13230 G 276 276
205 Hong_Kong 13231 T 276 276
206 Hong_Kong 13232 G 276 276
207 Hong_Kong 13233 G 276 276
208 Hong_Kong 13234 T 276 276
209 Hong_Kong 13235 G 276 276
210 Hong_Kong 13236 C 276 276
211 Hong_Kong 13237 A 276 276
212 Hong_Kong 13238 T 276 276
213 Hong_Kong 13239 C 276 276
214 Hong_Kong 13240 G 276 276
215 Hong_Kong 13241 T 276 276
216 Hong_Kong 13242 G 276 276
217 Hong_Kong 13243 T 276 276
218 Hong_Kong 13244 T 276 276
219 Hong_Kong 13245 G 276 276
220 Hong_Kong 13246 T 276 276
221 Hong_Kong 13247 C 276 276
222 Hong_Kong 13248 T 276 276
223 Hong_Kong 13249 G 276 276
224 Hong_Kong 13250 T 276 276
225 Hong_Kong 13251 A 276 276
226 Hong_Kong 13252 C 276 276
227 Hong_Kong 13253 T 276 276
228 Hong_Kong 13254 G 276 276
229 Hong_Kong 13255 C 276 276
230 Hong_Kong 13256 C 276 276
231 Hong_Kong 13257 G 276 276
232 Hong_Kong 13258 T 276 276
233 Hong_Kong 13259 T 276 276
234 Hong_Kong 13260 G 276 276
235 Hong_Kong 13261 C 276 276
236 Hong_Kong 13262 C 276 276
237 Hong_Kong 13263 A 276 276
238 Hong_Kong 13264 C 276 276
239 Hong_Kong 13265 A 276 276
240 Hong_Kong 13266 T 276 276
241 Hong_Kong 13267 A 276 276
242 Hong_Kong 13268 G 276 276
243 Hong_Kong 13269 A 276 276
244 Hong_Kong 13270 T 276 276
245 Hong_Kong 13271 C 276 276
246 Hong_Kong 13272 A 276 276
247 Hong_Kong 13273 T 276 276
248 Hong_Kong 13274 C 276 276
249 Hong_Kong 13275 C 276 276
250 Hong_Kong 13276 A 276 276
251 Hong_Kong 13277 A 276 276
252 Hong_Kong 13278 A 276 276
253 Hong_Kong 13279 T 276 276
254 Hong_Kong 13280 C 276 276
255 Hong_Kong 13281 C 276 276
256 Hong_Kong 13282 T 276 276
257 Hong_Kong 13283 A 276 276
258 Hong_Kong 13284 A 276 276
259 Hong_Kong 13285 A 276 276
260 Hong_Kong 13286 G 276 276
261 Hong_Kong 13287 G 276 276
262 Hong_Kong 13288 A 276 276
263 Hong_Kong 13289 T 276 276
264 Hong_Kong 13290 T 276 276
265 Hong_Kong 13291 T 276 276
266 Hong_Kong 13292 T 276 276
267 Hong_Kong 13293 G 276 276
268 Hong_Kong 13294 T 276 276
269 Hong_Kong 13295 G 276 276
270 Hong_Kong 13296 A 276 276
271 Hong_Kong 13297 C 276 276
272 Hong_Kong 13298 T 276 276
273 Hong_Kong 13299 T 276 276
274 Hong_Kong 13300 A 276 276
275 Hong_Kong 13301 A 276 276
276 Hong_Kong 13302 A 276 276
277 Hong_Kong 13303 A 276 276
278 Hong_Kong 13304 G 276 276
279 Hong_Kong 13305 G 276 276
280 Hong_Kong 13306 T 276 276
281 Hong_Kong 13307 A 276 276
282 Hong_Kong 13308 A 276 276
283 Hong_Kong 13309 G 276 276
284 Hong_Kong 13310 T 276 276
285 Hong_Kong 13311 A 276 276
286 Hong_Kong 13312 T 276 276
287 Hong_Kong 13313 G 276 276
288 Hong_Kong 13314 T 276 276
289 Hong_Kong 13315 A 276 276
290 Hong_Kong 13316 C 276 276
291 Hong_Kong 13317 A 276 276
292 Hong_Kong 13318 A 276 276
293 Hong_Kong 13319 A T 276 275 Ile4352Leu
294 Hong_Kong 13320 T 276 276
295 Hong_Kong 13321 A 276 276
296 Hong_Kong 13322 C 276 276
297 Hong_Kong 13323 C 276 276
298 Hong_Kong 13324 T 276 276
299 Hong_Kong 13325 A 276 276
300 Hong_Kong 13326 C 276 276
301 Hong_Kong 13327 A 276 276
302 Hong_Kong 13328 A 276 276
303 Hong_Kong 13329 C 276 276
304 Hong_Kong 13330 T 276 276
305 Hong_Kong 13331 T 276 276
306 Hong_Kong 13332 G 276 276
307 Hong_Kong 13333 T 276 276
308 Hong_Kong 13334 G 276 276
309 Hong_Kong 13335 C 276 276
310 Hong_Kong 13336 T 276 276
311 Hong_Kong 13337 A 276 276
312 Hong_Kong 13338 A 276 276
313 Hong_Kong 13339 T 276 276
314 Hong_Kong 13340 G 276 276
315 Hong_Kong 13341 A 276 276
316 Hong_Kong 13342 C 276 276
317 Hong_Kong 13343 C 276 276
318 Hong_Kong 13344 C 276 276
319 Hong_Kong 13345 T 276 276
320 Hong_Kong 13346 G 276 276
321 Hong_Kong 13347 T 276 276
322 Hong_Kong 13348 G 276 276
323 Hong_Kong 13349 G 276 276
324 Hong_Kong 13350 G 276 276
325 Hong_Kong 13351 T 276 276
326 Hong_Kong 13352 T 276 276
327 Hong_Kong 13353 T 276 276
328 Hong_Kong 13354 T 276 276
329 Hong_Kong 13355 A 276 276
330 Hong_Kong 13356 C 276 276
331 Hong_Kong 13357 A 276 276
332 Hong_Kong 13358 C 276 276
333 Hong_Kong 13359 T 276 276
334 Hong_Kong 13360 T 276 276
335 Hong_Kong 13361 A 276 276
336 Hong_Kong 13362 A 276 276
337 Hong_Kong 13363 A 276 276
338 Hong_Kong 13364 A 276 276
339 Hong_Kong 13365 A 276 276
340 Hong_Kong 13366 C 276 276
341 Hong_Kong 13367 A 276 276
342 Hong_Kong 13368 C 276 276
343 Hong_Kong 13369 A 276 276
344 Hong_Kong 13370 G 276 276
345 Hong_Kong 13371 T 276 276
346 Hong_Kong 13372 C 276 276
347 Hong_Kong 13373 T 276 276
348 Hong_Kong 13374 G 276 276
349 Hong_Kong 13375 T 276 276
350 Hong_Kong 13376 A 276 276
351 Hong_Kong 13377 C 276 276
352 Hong_Kong 13378 C 276 276
353 Hong_Kong 13379 G 272 272
354 Hong_Kong 13380 T 272 272
355 Hong_Kong 13381 C 272 272
356 Hong_Kong 13382 T 272 272
357 Hong_Kong 13383 G 272 272
358 Hong_Kong 13384 C 272 272
359 Hong_Kong 13385 G 272 272
360 Hong_Kong 13386 G 272 272
361 Hong_Kong 13387 T 272 272
362 Hong_Kong 13388 A 272 272
363 Hong_Kong 13389 T 272 272
364 Hong_Kong 13390 G 272 271
365 Hong_Kong 13391 T 272 272
366 Hong_Kong 13392 G 272 270
367 Hong_Kong 13393 G 272 272
368 Hong_Kong 13394 A 272 270
369 Hong_Kong 13395 A 272 272
370 Hong_Kong 13396 A 272 272
371 Hong_Kong 13397 G 272 272
372 Hong_Kong 13398 G 272 272
373 Hong_Kong 13399 T 272 272
374 Hong_Kong 13400 T 272 272
375 Hong_Kong 13401 A T 272 270 Tyr4379Phe
376 Hong_Kong 13402 T 272 272
377 Hong_Kong 13403 G 272 271
378 Hong_Kong 13404 G 272 272
379 Hong_Kong 13405 C 272 272
380 Hong_Kong 13406 T 272 272
381 Hong_Kong 13407 G 272 272
382 Hong_Kong 13408 T 272 271
383 Hong_Kong 13409 A 272 270
384 Hong_Kong 13410 G 272 272
385 Hong_Kong 13411 T 272 272
386 Hong_Kong 13412 T 272 272
387 Hong_Kong 13413 G 272 272
388 Hong_Kong 13414 T 272 272
389 Hong_Kong 13415 G 272 272
390 Hong_Kong 13416 A 272 272
391 Hong_Kong 13417 T 272 272
392 Hong_Kong 13418 C 272 272
393 Hong_Kong 13419 A 272 271
394 Hong_Kong 13420 A 272 272
395 Hong_Kong 13421 C 272 272
396 Hong_Kong 13422 T 272 271
397 Hong_Kong 13423 C 272 270
398 Hong_Kong 13424 C 272 272
399 Hong_Kong 13425 G 272 272
400 Hong_Kong 13426 C 272 272
401 Hong_Kong 13427 G 272 272
402 Hong_Kong 13428 A 272 272
403 Hong_Kong 13429 A 272 272
404 Hong_Kong 13430 C 272 272
405 Hong_Kong 13431 C 272 272
406 Hong_Kong 13432 C 272 272
407 Hong_Kong 13433 A 272 272
408 Hong_Kong 13434 T 272 272
409 Hong_Kong 13435 G 272 272
410 Hong_Kong 13436 C 272 272
411 Hong_Kong 13437 T 272 272
412 Hong_Kong 13438 T 272 272
413 Hong_Kong 13439 C 272 272
414 Hong_Kong 13440 A 272 272
415 Hong_Kong 13441 G 272 272