National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
-   416                                        
?                                            
A   38                                        
C   39                                        
D   21                                        
E   12                                        
F   15                                        
G   39           1                            
H   9                                        
I   12                                        
K   24                                        
L   24                                        
M   12                                        
N   21                       1                
P   24                                        
Q   18                                        
R   6                                        
S   18                                        
T   39                                        
V   27                                        
W   3                                        
Y   15                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Gambia 13026 C 404 404
1 Gambia 13027 T 404 404
2 Gambia 13028 G 404 404
3 Gambia 13029 G 404 404
4 Gambia 13030 T 404 404
5 Gambia 13031 A 404 404
6 Gambia 13032 A 404 404
7 Gambia 13033 T C 404 403 Asn4256Asn
8 Gambia 13034 G 404 404
9 Gambia 13035 C 404 404
10 Gambia 13036 A 404 404
11 Gambia 13037 A 404 404
12 Gambia 13038 C 404 404
13 Gambia 13039 A 404 404
14 Gambia 13040 G 404 404
15 Gambia 13041 A 404 404
16 Gambia 13042 A 404 404
17 Gambia 13043 G 404 404
18 Gambia 13044 T 404 404
19 Gambia 13045 G 404 404
20 Gambia 13046 C 404 404
21 Gambia 13047 C 404 404
22 Gambia 13048 T 404 404
23 Gambia 13049 G 404 404
24 Gambia 13050 C 404 404
25 Gambia 13051 C 404 404
26 Gambia 13052 A 404 404
27 Gambia 13053 A 404 404
28 Gambia 13054 T 404 404
29 Gambia 13055 T 404 404
30 Gambia 13056 C 404 404
31 Gambia 13057 A 404 404
32 Gambia 13058 A 404 404
33 Gambia 13059 C 404 404
34 Gambia 13060 T 404 404
35 Gambia 13061 G 404 404
36 Gambia 13062 T 404 404
37 Gambia 13063 A 404 404
38 Gambia 13064 T 404 404
39 Gambia 13065 T 404 404
40 Gambia 13066 A 404 404
41 Gambia 13067 T 404 404
42 Gambia 13068 C 404 403
43 Gambia 13069 T 404 404
44 Gambia 13070 T 404 404
45 Gambia 13071 T 404 404
46 Gambia 13072 C 404 404
47 Gambia 13073 T 404 404
48 Gambia 13074 G 404 404
49 Gambia 13075 T 404 404
50 Gambia 13076 G 404 404
51 Gambia 13077 C 404 404
52 Gambia 13078 T 404 404
53 Gambia 13079 T 404 404
54 Gambia 13080 T 404 404
55 Gambia 13081 T 404 404
56 Gambia 13082 G 404 404
57 Gambia 13083 C 404 404
58 Gambia 13084 T 404 404
59 Gambia 13085 G 404 404
60 Gambia 13086 T 404 404
61 Gambia 13087 A 404 404
62 Gambia 13088 G 404 404
63 Gambia 13089 A 404 404
64 Gambia 13090 T 404 404
65 Gambia 13091 G 404 404
66 Gambia 13092 C 404 404
67 Gambia 13093 T 404 404
68 Gambia 13094 G 404 404
69 Gambia 13095 C 404 404
70 Gambia 13096 T 404 404
71 Gambia 13097 A 404 404
72 Gambia 13098 A 404 404
73 Gambia 13099 A 404 404
74 Gambia 13100 G 404 404
75 Gambia 13101 C 404 404
76 Gambia 13102 T 404 404
77 Gambia 13103 T 404 404
78 Gambia 13104 A 404 404
79 Gambia 13105 C 404 404
80 Gambia 13106 A 404 404
81 Gambia 13107 A 404 404
82 Gambia 13108 A 404 404
83 Gambia 13109 G 404 404
84 Gambia 13110 A 404 404
85 Gambia 13111 T 404 404
86 Gambia 13112 T 404 404
87 Gambia 13113 A 404 404
88 Gambia 13114 T 404 404
89 Gambia 13115 C 404 404
90 Gambia 13116 T 404 404
91 Gambia 13117 A 404 404
92 Gambia 13118 G 404 404
93 Gambia 13119 C 404 404
94 Gambia 13120 T 404 404
95 Gambia 13121 A 404 404
96 Gambia 13122 G 404 404
97 Gambia 13123 T 404 404
98 Gambia 13124 G 404 404
99 Gambia 13125 G 404 404
100 Gambia 13126 G T 404 402 Gly4287Gly
101 Gambia 13127 G 404 404
102 Gambia 13128 G 404 404
103 Gambia 13129 A 404 404
104 Gambia 13130 C 404 404
105 Gambia 13131 A 404 404
106 Gambia 13132 A 404 404
107 Gambia 13133 C 404 404
108 Gambia 13134 C 404 404
109 Gambia 13135 A 404 404
110 Gambia 13136 A 404 404
111 Gambia 13137 T 404 404
112 Gambia 13138 C 404 404
113 Gambia 13139 A 404 404
114 Gambia 13140 C 404 404
115 Gambia 13141 T 404 404
116 Gambia 13142 A 404 404
117 Gambia 13143 A 404 404
118 Gambia 13144 T 404 404
119 Gambia 13145 T 404 404
120 Gambia 13146 G 404 404
121 Gambia 13147 T 404 404
122 Gambia 13148 G 404 404
123 Gambia 13149 T 404 404
124 Gambia 13150 T 404 404
125 Gambia 13151 A 404 404
126 Gambia 13152 A 404 404
127 Gambia 13153 G 404 404
128 Gambia 13154 A 404 404
129 Gambia 13155 T 404 404
130 Gambia 13156 G 404 404
131 Gambia 13157 T 404 403
132 Gambia 13158 T 404 404
133 Gambia 13159 G 404 404
134 Gambia 13160 T 404 404
135 Gambia 13161 G 404 404
136 Gambia 13162 T 404 404
137 Gambia 13163 A 404 404
138 Gambia 13164 C 404 404
139 Gambia 13165 A 404 404
140 Gambia 13166 C 404 404
141 Gambia 13167 A 404 404
142 Gambia 13168 C 404 404
143 Gambia 13169 A 404 404
144 Gambia 13170 C 404 404
145 Gambia 13171 T 404 404
146 Gambia 13172 G 404 404
147 Gambia 13173 G 404 404
148 Gambia 13174 T 404 404
149 Gambia 13175 A 404 404
150 Gambia 13176 C 404 404
151 Gambia 13177 T 404 404
152 Gambia 13178 G 404 404
153 Gambia 13179 G 404 404
154 Gambia 13180 T 404 404
155 Gambia 13181 C 404 404
156 Gambia 13182 A 404 404
157 Gambia 13183 G 404 404
158 Gambia 13184 G 404 404
159 Gambia 13185 C 404 404
160 Gambia 13186 A 404 404
161 Gambia 13187 A 404 404
162 Gambia 13188 T 404 404
163 Gambia 13189 A 404 404
164 Gambia 13190 A 404 404
165 Gambia 13191 C 404 404
166 Gambia 13192 A 404 404
167 Gambia 13193 G 404 404
168 Gambia 13194 T 404 404
169 Gambia 13195 T 404 404
170 Gambia 13196 A 404 404
171 Gambia 13197 C 404 404
172 Gambia 13198 A 404 404
173 Gambia 13199 C 404 404
174 Gambia 13200 C 404 404
175 Gambia 13201 G 404 404
176 Gambia 13202 G 404 404
177 Gambia 13203 A 404 404
178 Gambia 13204 A 404 404
179 Gambia 13205 G 404 404
180 Gambia 13206 C 404 404
181 Gambia 13207 C 404 404
182 Gambia 13208 A 404 404
183 Gambia 13209 A 404 404
184 Gambia 13210 T 404 404
185 Gambia 13211 A 404 404
186 Gambia 13212 T 404 404
187 Gambia 13213 G 404 404
188 Gambia 13214 G 404 404
189 Gambia 13215 A 404 404
190 Gambia 13216 T 404 404
191 Gambia 13217 C 404 404
192 Gambia 13218 A 404 404
193 Gambia 13219 A 404 404
194 Gambia 13220 G 404 404
195 Gambia 13221 A 404 404
196 Gambia 13222 A 404 404
197 Gambia 13223 T 404 404
198 Gambia 13224 C 404 404
199 Gambia 13225 C 404 404
200 Gambia 13226 T 404 404
201 Gambia 13227 T 404 404
202 Gambia 13228 T 404 404
203 Gambia 13229 G 404 404
204 Gambia 13230 G 404 404
205 Gambia 13231 T 404 404
206 Gambia 13232 G 404 404
207 Gambia 13233 G 404 404
208 Gambia 13234 T 404 404
209 Gambia 13235 G 404 404
210 Gambia 13236 C 404 404
211 Gambia 13237 A 404 404
212 Gambia 13238 T 404 404
213 Gambia 13239 C 404 404
214 Gambia 13240 G 404 404
215 Gambia 13241 T 404 404
216 Gambia 13242 G 404 404
217 Gambia 13243 T 404 404
218 Gambia 13244 T 404 404
219 Gambia 13245 G 404 404
220 Gambia 13246 T 404 404
221 Gambia 13247 C 404 404
222 Gambia 13248 T 404 404
223 Gambia 13249 G 404 404
224 Gambia 13250 T 404 404
225 Gambia 13251 A 404 404
226 Gambia 13252 C 404 404
227 Gambia 13253 T 404 404
228 Gambia 13254 G 404 404
229 Gambia 13255 C 404 404
230 Gambia 13256 C 404 404
231 Gambia 13257 G 404 404
232 Gambia 13258 T 404 404
233 Gambia 13259 T 404 404
234 Gambia 13260 G 404 404
235 Gambia 13261 C 404 404
236 Gambia 13262 C 404 404
237 Gambia 13263 A 404 404
238 Gambia 13264 C 404 404
239 Gambia 13265 A 404 404
240 Gambia 13266 T 404 404
241 Gambia 13267 A 404 404
242 Gambia 13268 G 404 404
243 Gambia 13269 A 404 404
244 Gambia 13270 T 404 404
245 Gambia 13271 C 404 404
246 Gambia 13272 A 404 404
247 Gambia 13273 T 404 404
248 Gambia 13274 C 404 404
249 Gambia 13275 C 404 404
250 Gambia 13276 A 404 404
251 Gambia 13277 A 404 404
252 Gambia 13278 A 404 404
253 Gambia 13279 T 404 404
254 Gambia 13280 C 404 404
255 Gambia 13281 C 404 404
256 Gambia 13282 T 404 404
257 Gambia 13283 A 404 404
258 Gambia 13284 A 404 404
259 Gambia 13285 A 404 404
260 Gambia 13286 G 404 404
261 Gambia 13287 G 404 404
262 Gambia 13288 A 404 404
263 Gambia 13289 T 404 404
264 Gambia 13290 T 404 404
265 Gambia 13291 T 404 404
266 Gambia 13292 T 404 404
267 Gambia 13293 G 404 404
268 Gambia 13294 T 404 404
269 Gambia 13295 G 404 404
270 Gambia 13296 A 404 404
271 Gambia 13297 C 404 404
272 Gambia 13298 T 404 404
273 Gambia 13299 T 404 404
274 Gambia 13300 A 404 404
275 Gambia 13301 A 404 404
276 Gambia 13302 A 404 404
277 Gambia 13303 A 404 404
278 Gambia 13304 G 404 404
279 Gambia 13305 G 404 404
280 Gambia 13306 T 404 404
281 Gambia 13307 A 404 404
282 Gambia 13308 A 404 404
283 Gambia 13309 G 404 404
284 Gambia 13310 T 404 404
285 Gambia 13311 A 404 404
286 Gambia 13312 T 404 404
287 Gambia 13313 G 404 404
288 Gambia 13314 T 404 404
289 Gambia 13315 A 404 404
290 Gambia 13316 C 404 404
291 Gambia 13317 A 404 404
292 Gambia 13318 A 404 404
293 Gambia 13319 A 404 404
294 Gambia 13320 T 404 404
295 Gambia 13321 A 404 404
296 Gambia 13322 C 404 404
297 Gambia 13323 C 404 404
298 Gambia 13324 T 404 404
299 Gambia 13325 A 404 404
300 Gambia 13326 C 404 404
301 Gambia 13327 A 404 404
302 Gambia 13328 A 404 404
303 Gambia 13329 C 404 404
304 Gambia 13330 T 404 404
305 Gambia 13331 T 404 404
306 Gambia 13332 G 404 404
307 Gambia 13333 T 404 404
308 Gambia 13334 G 404 404
309 Gambia 13335 C 404 404
310 Gambia 13336 T 404 404
311 Gambia 13337 A 404 404
312 Gambia 13338 A 404 404
313 Gambia 13339 T 404 404
314 Gambia 13340 G 404 404
315 Gambia 13341 A 404 404
316 Gambia 13342 C 404 404
317 Gambia 13343 C 404 404
318 Gambia 13344 C 404 404
319 Gambia 13345 T 427 427
320 Gambia 13346 G 427 427
321 Gambia 13347 T 427 427
322 Gambia 13348 G 427 427
323 Gambia 13349 G 427 427
324 Gambia 13350 G 427 427
325 Gambia 13351 T 427 427
326 Gambia 13352 T 427 427
327 Gambia 13353 T 427 427
328 Gambia 13354 T 427 427
329 Gambia 13355 A 427 427
330 Gambia 13356 C 427 427
331 Gambia 13357 A 427 427
332 Gambia 13358 C 427 427
333 Gambia 13359 T 427 427
334 Gambia 13360 T 427 427
335 Gambia 13361 A 427 427
336 Gambia 13362 A 427 427
337 Gambia 13363 A 427 427
338 Gambia 13364 A 427 427
339 Gambia 13365 A 427 427
340 Gambia 13366 C 427 427
341 Gambia 13367 A 427 427
342 Gambia 13368 C 427 427
343 Gambia 13369 A 427 427
344 Gambia 13370 G 427 427
345 Gambia 13371 T 427 427
346 Gambia 13372 C 427 427
347 Gambia 13373 T 427 427
348 Gambia 13374 G 427 427
349 Gambia 13375 T 427 427
350 Gambia 13376 A 427 427
351 Gambia 13377 C 427 427
352 Gambia 13378 C 427 427
353 Gambia 13379 G 427 427
354 Gambia 13380 T 427 427
355 Gambia 13381 C 427 427
356 Gambia 13382 T 427 427
357 Gambia 13383 G 427 427
358 Gambia 13384 C 427 427
359 Gambia 13385 G 427 427
360 Gambia 13386 G 427 427
361 Gambia 13387 T 427 427
362 Gambia 13388 A 427 427
363 Gambia 13389 T 427 427
364 Gambia 13390 G 427 427
365 Gambia 13391 T 427 427
366 Gambia 13392 G 427 427
367 Gambia 13393 G 427 427
368 Gambia 13394 A 427 427
369 Gambia 13395 A 427 427
370 Gambia 13396 A 427 427
371 Gambia 13397 G 427 427
372 Gambia 13398 G 427 427
373 Gambia 13399 T 427 427
374 Gambia 13400 T 427 427
375 Gambia 13401 A 427 427
376 Gambia 13402 T 427 427
377 Gambia 13403 G 427 427
378 Gambia 13404 G 427 427
379 Gambia 13405 C 427 427
380 Gambia 13406 T 427 427
381 Gambia 13407 G 427 427
382 Gambia 13408 T 427 427
383 Gambia 13409 A 427 427
384 Gambia 13410 G 427 427
385 Gambia 13411 T 427 427
386 Gambia 13412 T 427 427
387 Gambia 13413 G 427 427
388 Gambia 13414 T 427 427
389 Gambia 13415 G 427 427
390 Gambia 13416 A 427 427
391 Gambia 13417 T 427 427
392 Gambia 13418 C 427 427
393 Gambia 13419 A 427 427
394 Gambia 13420 A 427 427
395 Gambia 13421 C 427 427
396 Gambia 13422 T 427 427
397 Gambia 13423 C 427 427
398 Gambia 13424 C 427 427
399 Gambia 13425 G 427 427
400 Gambia 13426 C 427 427
401 Gambia 13427 G 427 427
402 Gambia 13428 A 427 427
403 Gambia 13429 A 427 427
404 Gambia 13430 C 427 427
405 Gambia 13431 C 427 427
406 Gambia 13432 C 427 427
407 Gambia 13433 A 427 427
408 Gambia 13434 T 427 427
409 Gambia 13435 G 427 427
410 Gambia 13436 C 427 427
411 Gambia 13437 T 427 427
412 Gambia 13438 T 427 427
413 Gambia 13439 C 427 427
414 Gambia 13440 A 427 427
415 Gambia 13441 G 427 427