National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
-   416                                        
?                                            
A   38                                        
C   39                                        
D   21                                        
E   12                                        
F   15                                        
G   39                                        
H   9                                        
I   12                                        
K   24                                        
L   24                                        
M   12                                        
N   21                                        
P   24                                        
Q   18                                        
R   6                                        
S   18                                        
T   39                                        
V   27               1                        
W   3                                        
Y   15                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Gabon 13026 C 4 4
1 Gabon 13027 T 4 4
2 Gabon 13028 G 4 4
3 Gabon 13029 G 4 4
4 Gabon 13030 T 4 4
5 Gabon 13031 A 4 4
6 Gabon 13032 A 4 4
7 Gabon 13033 T 4 4
8 Gabon 13034 G 4 4
9 Gabon 13035 C 4 4
10 Gabon 13036 A 4 4
11 Gabon 13037 A 4 4
12 Gabon 13038 C 4 4
13 Gabon 13039 A 4 4
14 Gabon 13040 G 4 4
15 Gabon 13041 A 4 4
16 Gabon 13042 A 4 4
17 Gabon 13043 G 4 4
18 Gabon 13044 T 4 4
19 Gabon 13045 G 4 4
20 Gabon 13046 C 4 4
21 Gabon 13047 C 4 4
22 Gabon 13048 T 4 4
23 Gabon 13049 G 4 4
24 Gabon 13050 C 4 4
25 Gabon 13051 C 4 4
26 Gabon 13052 A 4 4
27 Gabon 13053 A 4 4
28 Gabon 13054 T 4 4
29 Gabon 13055 T 4 4
30 Gabon 13056 C 4 4
31 Gabon 13057 A 4 4
32 Gabon 13058 A 4 4
33 Gabon 13059 C 4 4
34 Gabon 13060 T 4 4
35 Gabon 13061 G 4 4
36 Gabon 13062 T 4 4
37 Gabon 13063 A 4 4
38 Gabon 13064 T 4 4
39 Gabon 13065 T 4 4
40 Gabon 13066 A 4 4
41 Gabon 13067 T 4 4
42 Gabon 13068 C 4 4
43 Gabon 13069 T 4 4
44 Gabon 13070 T 4 4
45 Gabon 13071 T 4 4
46 Gabon 13072 C 4 4
47 Gabon 13073 T 4 4
48 Gabon 13074 G 4 4
49 Gabon 13075 T 4 4
50 Gabon 13076 G 4 4
51 Gabon 13077 C 4 4
52 Gabon 13078 T 4 4
53 Gabon 13079 T 4 4
54 Gabon 13080 T 4 4
55 Gabon 13081 T 4 4
56 Gabon 13082 G 4 4
57 Gabon 13083 C 4 4
58 Gabon 13084 T 4 4
59 Gabon 13085 G 4 4
60 Gabon 13086 T 4 4
61 Gabon 13087 A 4 4
62 Gabon 13088 G 4 4
63 Gabon 13089 A 4 4
64 Gabon 13090 T 4 4
65 Gabon 13091 G 4 4
66 Gabon 13092 C 4 4
67 Gabon 13093 T 4 4
68 Gabon 13094 G 4 4
69 Gabon 13095 C 4 4
70 Gabon 13096 T 4 4
71 Gabon 13097 A 4 4
72 Gabon 13098 A 4 4
73 Gabon 13099 A 4 4
74 Gabon 13100 G 4 4
75 Gabon 13101 C 4 4
76 Gabon 13102 T 4 4
77 Gabon 13103 T 4 4
78 Gabon 13104 A 4 4
79 Gabon 13105 C 4 4
80 Gabon 13106 A 4 4
81 Gabon 13107 A 4 4
82 Gabon 13108 A 4 4
83 Gabon 13109 G 4 4
84 Gabon 13110 A 4 4
85 Gabon 13111 T 4 4
86 Gabon 13112 T 4 4
87 Gabon 13113 A 4 4
88 Gabon 13114 T 4 4
89 Gabon 13115 C 4 4
90 Gabon 13116 T 4 4
91 Gabon 13117 A 4 4
92 Gabon 13118 G 4 4
93 Gabon 13119 C 4 4
94 Gabon 13120 T 4 4
95 Gabon 13121 A 4 4
96 Gabon 13122 G 4 4
97 Gabon 13123 T 4 4
98 Gabon 13124 G 4 4
99 Gabon 13125 G 4 4
100 Gabon 13126 G 4 4
101 Gabon 13127 G 4 4
102 Gabon 13128 G 4 4
103 Gabon 13129 A 4 4
104 Gabon 13130 C 4 4
105 Gabon 13131 A 4 4
106 Gabon 13132 A 4 4
107 Gabon 13133 C 4 4
108 Gabon 13134 C 4 4
109 Gabon 13135 A 4 4
110 Gabon 13136 A 4 4
111 Gabon 13137 T 4 4
112 Gabon 13138 C 4 4
113 Gabon 13139 A 4 4
114 Gabon 13140 C 4 4
115 Gabon 13141 T 4 4
116 Gabon 13142 A 4 4
117 Gabon 13143 A 4 4
118 Gabon 13144 T 4 4
119 Gabon 13145 T 4 4
120 Gabon 13146 G 4 4
121 Gabon 13147 T 4 4
122 Gabon 13148 G A 4 3 Val4295Ile
123 Gabon 13149 T 4 4
124 Gabon 13150 T 4 4
125 Gabon 13151 A 4 4
126 Gabon 13152 A 4 4
127 Gabon 13153 G 4 4
128 Gabon 13154 A 4 4
129 Gabon 13155 T 4 4
130 Gabon 13156 G 4 4
131 Gabon 13157 T 4 4
132 Gabon 13158 T 4 4
133 Gabon 13159 G 4 4
134 Gabon 13160 T 4 4
135 Gabon 13161 G 4 4
136 Gabon 13162 T 4 4
137 Gabon 13163 A 4 4
138 Gabon 13164 C 4 4
139 Gabon 13165 A 4 4
140 Gabon 13166 C 4 4
141 Gabon 13167 A 4 4
142 Gabon 13168 C 4 4
143 Gabon 13169 A 4 4
144 Gabon 13170 C 4 4
145 Gabon 13171 T 4 4
146 Gabon 13172 G 4 4
147 Gabon 13173 G 4 4
148 Gabon 13174 T 4 4
149 Gabon 13175 A 4 4
150 Gabon 13176 C 4 4
151 Gabon 13177 T 4 4
152 Gabon 13178 G 4 4
153 Gabon 13179 G 4 4
154 Gabon 13180 T 4 4
155 Gabon 13181 C 4 4
156 Gabon 13182 A 4 4
157 Gabon 13183 G 4 4
158 Gabon 13184 G 4 4
159 Gabon 13185 C 4 4
160 Gabon 13186 A 4 4
161 Gabon 13187 A 4 4
162 Gabon 13188 T 4 4
163 Gabon 13189 A 4 4
164 Gabon 13190 A 4 4
165 Gabon 13191 C 4 4
166 Gabon 13192 A 4 4
167 Gabon 13193 G 4 4
168 Gabon 13194 T 4 4
169 Gabon 13195 T 4 4
170 Gabon 13196 A 4 4
171 Gabon 13197 C 4 4
172 Gabon 13198 A 4 4
173 Gabon 13199 C 4 4
174 Gabon 13200 C 4 4
175 Gabon 13201 G 4 4
176 Gabon 13202 G 4 4
177 Gabon 13203 A 4 4
178 Gabon 13204 A 4 4
179 Gabon 13205 G 4 4
180 Gabon 13206 C 4 4
181 Gabon 13207 C 4 4
182 Gabon 13208 A 4 4
183 Gabon 13209 A 4 4
184 Gabon 13210 T 4 4
185 Gabon 13211 A 4 4
186 Gabon 13212 T 4 4
187 Gabon 13213 G 4 4
188 Gabon 13214 G 4 4
189 Gabon 13215 A 4 4
190 Gabon 13216 T 4 4
191 Gabon 13217 C 4 4
192 Gabon 13218 A 4 4
193 Gabon 13219 A 4 4
194 Gabon 13220 G 4 4
195 Gabon 13221 A 4 4
196 Gabon 13222 A 4 4
197 Gabon 13223 T 4 4
198 Gabon 13224 C 4 4
199 Gabon 13225 C 4 4
200 Gabon 13226 T 4 4
201 Gabon 13227 T 4 4
202 Gabon 13228 T 4 4
203 Gabon 13229 G 4 4
204 Gabon 13230 G 4 4
205 Gabon 13231 T 4 4
206 Gabon 13232 G 4 4
207 Gabon 13233 G 4 4
208 Gabon 13234 T 4 4
209 Gabon 13235 G 4 4
210 Gabon 13236 C 4 4
211 Gabon 13237 A 4 4
212 Gabon 13238 T 4 4
213 Gabon 13239 C 4 4
214 Gabon 13240 G 4 4
215 Gabon 13241 T 4 4
216 Gabon 13242 G 4 4
217 Gabon 13243 T 4 4
218 Gabon 13244 T 4 4
219 Gabon 13245 G 4 4
220 Gabon 13246 T 4 4
221 Gabon 13247 C 4 4
222 Gabon 13248 T 4 4
223 Gabon 13249 G 4 4
224 Gabon 13250 T 4 4
225 Gabon 13251 A 4 4
226 Gabon 13252 C 4 4
227 Gabon 13253 T 4 4
228 Gabon 13254 G 4 4
229 Gabon 13255 C 4 4
230 Gabon 13256 C 4 4
231 Gabon 13257 G 4 4
232 Gabon 13258 T 4 4
233 Gabon 13259 T 4 4
234 Gabon 13260 G 4 4
235 Gabon 13261 C 4 4
236 Gabon 13262 C 4 4
237 Gabon 13263 A 4 4
238 Gabon 13264 C 4 4
239 Gabon 13265 A 4 4
240 Gabon 13266 T 4 4
241 Gabon 13267 A 4 4
242 Gabon 13268 G 4 4
243 Gabon 13269 A 4 4
244 Gabon 13270 T 4 4
245 Gabon 13271 C 4 4
246 Gabon 13272 A 4 4
247 Gabon 13273 T 4 4
248 Gabon 13274 C 4 4
249 Gabon 13275 C 4 4
250 Gabon 13276 A 4 4
251 Gabon 13277 A 4 4
252 Gabon 13278 A 4 4
253 Gabon 13279 T 4 4
254 Gabon 13280 C 4 4
255 Gabon 13281 C 4 4
256 Gabon 13282 T 4 4
257 Gabon 13283 A 4 4
258 Gabon 13284 A 4 4
259 Gabon 13285 A 4 4
260 Gabon 13286 G 4 4
261 Gabon 13287 G 4 4
262 Gabon 13288 A 4 4
263 Gabon 13289 T 4 4
264 Gabon 13290 T 4 4
265 Gabon 13291 T 4 4
266 Gabon 13292 T 4 4
267 Gabon 13293 G 4 4
268 Gabon 13294 T 4 4
269 Gabon 13295 G 4 4
270 Gabon 13296 A 4 4
271 Gabon 13297 C 4 4
272 Gabon 13298 T 4 4
273 Gabon 13299 T 4 4
274 Gabon 13300 A 4 4
275 Gabon 13301 A 4 4
276 Gabon 13302 A 4 4
277 Gabon 13303 A 4 4
278 Gabon 13304 G 4 4
279 Gabon 13305 G 4 4
280 Gabon 13306 T 4 4
281 Gabon 13307 A 4 4
282 Gabon 13308 A 4 4
283 Gabon 13309 G 4 4
284 Gabon 13310 T 4 4
285 Gabon 13311 A 4 4
286 Gabon 13312 T 4 4
287 Gabon 13313 G 4 4
288 Gabon 13314 T 4 4
289 Gabon 13315 A 4 4
290 Gabon 13316 C 4 4
291 Gabon 13317 A 4 4
292 Gabon 13318 A 4 4
293 Gabon 13319 A 4 4
294 Gabon 13320 T 4 4
295 Gabon 13321 A 4 4
296 Gabon 13322 C 4 4
297 Gabon 13323 C 4 4
298 Gabon 13324 T 4 4
299 Gabon 13325 A 4 4
300 Gabon 13326 C 4 4
301 Gabon 13327 A 4 4
302 Gabon 13328 A 4 4
303 Gabon 13329 C 4 4
304 Gabon 13330 T 4 4
305 Gabon 13331 T 4 4
306 Gabon 13332 G 4 4
307 Gabon 13333 T 4 4
308 Gabon 13334 G 4 4
309 Gabon 13335 C 4 4
310 Gabon 13336 T 4 4
311 Gabon 13337 A 4 4
312 Gabon 13338 A 4 4
313 Gabon 13339 T 4 4
314 Gabon 13340 G 4 4
315 Gabon 13341 A 4 4
316 Gabon 13342 C 4 4
317 Gabon 13343 C 4 4
318 Gabon 13344 C 4 4
319 Gabon 13345 T 4 4
320 Gabon 13346 G 4 4
321 Gabon 13347 T 4 4
322 Gabon 13348 G 4 4
323 Gabon 13349 G 4 4
324 Gabon 13350 G 4 4
325 Gabon 13351 T 4 4
326 Gabon 13352 T 4 4
327 Gabon 13353 T 4 4
328 Gabon 13354 T 4 4
329 Gabon 13355 A 4 4
330 Gabon 13356 C 4 4
331 Gabon 13357 A 4 4
332 Gabon 13358 C 4 4
333 Gabon 13359 T 4 4
334 Gabon 13360 T 4 4
335 Gabon 13361 A 4 4
336 Gabon 13362 A 4 4
337 Gabon 13363 A 4 4
338 Gabon 13364 A 4 4
339 Gabon 13365 A 4 4
340 Gabon 13366 C 4 4
341 Gabon 13367 A 4 4
342 Gabon 13368 C 4 4
343 Gabon 13369 A 4 4
344 Gabon 13370 G 4 4
345 Gabon 13371 T 4 4
346 Gabon 13372 C 4 4
347 Gabon 13373 T 4 4
348 Gabon 13374 G 4 4
349 Gabon 13375 T 4 4
350 Gabon 13376 A 4 4
351 Gabon 13377 C 4 4
352 Gabon 13378 C 4 4
353 Gabon 13379 G 4 4
354 Gabon 13380 T 4 4
355 Gabon 13381 C 4 4
356 Gabon 13382 T 4 4
357 Gabon 13383 G 4 4
358 Gabon 13384 C 4 4
359 Gabon 13385 G 4 4
360 Gabon 13386 G 4 4
361 Gabon 13387 T 4 4
362 Gabon 13388 A 4 4
363 Gabon 13389 T 4 4
364 Gabon 13390 G 4 4
365 Gabon 13391 T 4 4
366 Gabon 13392 G 4 4
367 Gabon 13393 G 4 4
368 Gabon 13394 A 4 4
369 Gabon 13395 A 4 4
370 Gabon 13396 A 4 4
371 Gabon 13397 G 4 4
372 Gabon 13398 G 4 4
373 Gabon 13399 T 4 4
374 Gabon 13400 T 4 4
375 Gabon 13401 A 4 4
376 Gabon 13402 T 4 4
377 Gabon 13403 G 4 4
378 Gabon 13404 G 4 4
379 Gabon 13405 C 4 4
380 Gabon 13406 T 4 4
381 Gabon 13407 G 4 4
382 Gabon 13408 T 4 4
383 Gabon 13409 A 4 4
384 Gabon 13410 G 4 4
385 Gabon 13411 T 4 4
386 Gabon 13412 T 4 4
387 Gabon 13413 G 4 4
388 Gabon 13414 T 4 4
389 Gabon 13415 G 4 4
390 Gabon 13416 A 4 4
391 Gabon 13417 T 4 4
392 Gabon 13418 C 4 4
393 Gabon 13419 A 4 4
394 Gabon 13420 A 4 4
395 Gabon 13421 C 4 4
396 Gabon 13422 T 4 4
397 Gabon 13423 C 4 4
398 Gabon 13424 C 4 4
399 Gabon 13425 G 4 4
400 Gabon 13426 C 4 4
401 Gabon 13427 G 4 4
402 Gabon 13428 A 4 4
403 Gabon 13429 A 4 4
404 Gabon 13430 C 4 4
405 Gabon 13431 C 4 4
406 Gabon 13432 C 4 4
407 Gabon 13433 A 4 4
408 Gabon 13434 T 4 4
409 Gabon 13435 G 4 4
410 Gabon 13436 C 4 4
411 Gabon 13437 T 4 4
412 Gabon 13438 T 4 4
413 Gabon 13439 C 4 4
414 Gabon 13440 A 4 4
415 Gabon 13441 G 4 4