National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
-   416                                        
?                                            
A   38                                        
C   39                                        
D   21                                        
E   12                                        
F   15                                        
G   39                                        
H   9                                        
I   12                                        
K   24                                        
L   24                                        
M   12                                        
N   21                                        
P   24                                        
Q   18                                        
R   6                                        
S   18                                        
T   39                                        
V   27                                        
W   3                                        
Y   15                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Estonia 13026 C 20 20
1 Estonia 13027 T 20 20
2 Estonia 13028 G 20 20
3 Estonia 13029 G 20 20
4 Estonia 13030 T 20 20
5 Estonia 13031 A 20 20
6 Estonia 13032 A 20 20
7 Estonia 13033 T 20 20
8 Estonia 13034 G 20 20
9 Estonia 13035 C 20 20
10 Estonia 13036 A 20 20
11 Estonia 13037 A 20 20
12 Estonia 13038 C 20 20
13 Estonia 13039 A 20 20
14 Estonia 13040 G 20 20
15 Estonia 13041 A 20 20
16 Estonia 13042 A 20 20
17 Estonia 13043 G 20 20
18 Estonia 13044 T 20 20
19 Estonia 13045 G 20 20
20 Estonia 13046 C 20 20
21 Estonia 13047 C 20 20
22 Estonia 13048 T 20 20
23 Estonia 13049 G 20 20
24 Estonia 13050 C 20 20
25 Estonia 13051 C 20 20
26 Estonia 13052 A 20 20
27 Estonia 13053 A 20 20
28 Estonia 13054 T 20 20
29 Estonia 13055 T 20 20
30 Estonia 13056 C 20 20
31 Estonia 13057 A 20 20
32 Estonia 13058 A 20 20
33 Estonia 13059 C 20 20
34 Estonia 13060 T 20 20
35 Estonia 13061 G 20 20
36 Estonia 13062 T 20 20
37 Estonia 13063 A 20 20
38 Estonia 13064 T 20 20
39 Estonia 13065 T 20 20
40 Estonia 13066 A 20 20
41 Estonia 13067 T 20 20
42 Estonia 13068 C 20 20
43 Estonia 13069 T 20 20
44 Estonia 13070 T 20 20
45 Estonia 13071 T 20 20
46 Estonia 13072 C 20 20
47 Estonia 13073 T 20 20
48 Estonia 13074 G 20 20
49 Estonia 13075 T 20 20
50 Estonia 13076 G 20 20
51 Estonia 13077 C 20 20
52 Estonia 13078 T 20 20
53 Estonia 13079 T 20 20
54 Estonia 13080 T 20 20
55 Estonia 13081 T 20 20
56 Estonia 13082 G 20 20
57 Estonia 13083 C 20 20
58 Estonia 13084 T 20 20
59 Estonia 13085 G 20 20
60 Estonia 13086 T 20 20
61 Estonia 13087 A 20 20
62 Estonia 13088 G 20 20
63 Estonia 13089 A 20 20
64 Estonia 13090 T 20 20
65 Estonia 13091 G 20 20
66 Estonia 13092 C 20 20
67 Estonia 13093 T 20 20
68 Estonia 13094 G 20 20
69 Estonia 13095 C 20 20
70 Estonia 13096 T 20 20
71 Estonia 13097 A 20 20
72 Estonia 13098 A 20 20
73 Estonia 13099 A 20 20
74 Estonia 13100 G 20 20
75 Estonia 13101 C 20 20
76 Estonia 13102 T 20 20
77 Estonia 13103 T 20 20
78 Estonia 13104 A 20 20
79 Estonia 13105 C 20 20
80 Estonia 13106 A 20 20
81 Estonia 13107 A 20 20
82 Estonia 13108 A 20 20
83 Estonia 13109 G 20 20
84 Estonia 13110 A 20 20
85 Estonia 13111 T 20 20
86 Estonia 13112 T 20 20
87 Estonia 13113 A 20 20
88 Estonia 13114 T 20 20
89 Estonia 13115 C 20 20
90 Estonia 13116 T 20 20
91 Estonia 13117 A 20 20
92 Estonia 13118 G 20 20
93 Estonia 13119 C 20 20
94 Estonia 13120 T 20 20
95 Estonia 13121 A 20 20
96 Estonia 13122 G 20 20
97 Estonia 13123 T 20 20
98 Estonia 13124 G 20 20
99 Estonia 13125 G 20 20
100 Estonia 13126 G 20 20
101 Estonia 13127 G 20 20
102 Estonia 13128 G 20 20
103 Estonia 13129 A 20 20
104 Estonia 13130 C 20 20
105 Estonia 13131 A 20 20
106 Estonia 13132 A 20 20
107 Estonia 13133 C 20 20
108 Estonia 13134 C 20 20
109 Estonia 13135 A 20 20
110 Estonia 13136 A 20 20
111 Estonia 13137 T 20 20
112 Estonia 13138 C 20 20
113 Estonia 13139 A 20 20
114 Estonia 13140 C 20 20
115 Estonia 13141 T 20 20
116 Estonia 13142 A 20 20
117 Estonia 13143 A 20 20
118 Estonia 13144 T 20 20
119 Estonia 13145 T 20 20
120 Estonia 13146 G 20 20
121 Estonia 13147 T 20 20
122 Estonia 13148 G 20 20
123 Estonia 13149 T 20 20
124 Estonia 13150 T 20 20
125 Estonia 13151 A 20 20
126 Estonia 13152 A 20 20
127 Estonia 13153 G 20 20
128 Estonia 13154 A 20 20
129 Estonia 13155 T 20 20
130 Estonia 13156 G 20 20
131 Estonia 13157 T 20 20
132 Estonia 13158 T 20 20
133 Estonia 13159 G 20 20
134 Estonia 13160 T 20 20
135 Estonia 13161 G 20 20
136 Estonia 13162 T 20 20
137 Estonia 13163 A 20 20
138 Estonia 13164 C 20 20
139 Estonia 13165 A 20 20
140 Estonia 13166 C 20 20
141 Estonia 13167 A 20 20
142 Estonia 13168 C 20 20
143 Estonia 13169 A 20 20
144 Estonia 13170 C 20 20
145 Estonia 13171 T 20 20
146 Estonia 13172 G 20 20
147 Estonia 13173 G 20 20
148 Estonia 13174 T 20 20
149 Estonia 13175 A 20 20
150 Estonia 13176 C 20 20
151 Estonia 13177 T 20 20
152 Estonia 13178 G 20 20
153 Estonia 13179 G 20 20
154 Estonia 13180 T 20 20
155 Estonia 13181 C 20 20
156 Estonia 13182 A 20 20
157 Estonia 13183 G 20 20
158 Estonia 13184 G 20 20
159 Estonia 13185 C 20 20
160 Estonia 13186 A 20 20
161 Estonia 13187 A 20 20
162 Estonia 13188 T 20 20
163 Estonia 13189 A 20 20
164 Estonia 13190 A 20 20
165 Estonia 13191 C 20 20
166 Estonia 13192 A 20 20
167 Estonia 13193 G 20 20
168 Estonia 13194 T 20 20
169 Estonia 13195 T 20 20
170 Estonia 13196 A 20 20
171 Estonia 13197 C 20 20
172 Estonia 13198 A 20 20
173 Estonia 13199 C 20 20
174 Estonia 13200 C 20 20
175 Estonia 13201 G 20 20
176 Estonia 13202 G 20 20
177 Estonia 13203 A 20 20
178 Estonia 13204 A 20 20
179 Estonia 13205 G 20 20
180 Estonia 13206 C 20 20
181 Estonia 13207 C 20 20
182 Estonia 13208 A 20 20
183 Estonia 13209 A 20 20
184 Estonia 13210 T 20 20
185 Estonia 13211 A 20 20
186 Estonia 13212 T 20 20
187 Estonia 13213 G 20 20
188 Estonia 13214 G 20 20
189 Estonia 13215 A 20 20
190 Estonia 13216 T 20 20
191 Estonia 13217 C 20 20
192 Estonia 13218 A 20 20
193 Estonia 13219 A 20 20
194 Estonia 13220 G 20 20
195 Estonia 13221 A 20 20
196 Estonia 13222 A 20 20
197 Estonia 13223 T 20 20
198 Estonia 13224 C 20 20
199 Estonia 13225 C 20 20
200 Estonia 13226 T 20 20
201 Estonia 13227 T 20 20
202 Estonia 13228 T 20 20
203 Estonia 13229 G 20 20
204 Estonia 13230 G 20 20
205 Estonia 13231 T 20 20
206 Estonia 13232 G 20 20
207 Estonia 13233 G 20 20
208 Estonia 13234 T 20 20
209 Estonia 13235 G 20 20
210 Estonia 13236 C 20 20
211 Estonia 13237 A 20 20
212 Estonia 13238 T 20 20
213 Estonia 13239 C 20 20
214 Estonia 13240 G 20 20
215 Estonia 13241 T 20 20
216 Estonia 13242 G 20 20
217 Estonia 13243 T 20 20
218 Estonia 13244 T 20 20
219 Estonia 13245 G 20 20
220 Estonia 13246 T 20 20
221 Estonia 13247 C 20 20
222 Estonia 13248 T 20 20
223 Estonia 13249 G 20 20
224 Estonia 13250 T 20 20
225 Estonia 13251 A 20 20
226 Estonia 13252 C 20 20
227 Estonia 13253 T 20 20
228 Estonia 13254 G 20 20
229 Estonia 13255 C 20 20
230 Estonia 13256 C 20 20
231 Estonia 13257 G 20 20
232 Estonia 13258 T 20 20
233 Estonia 13259 T 20 20
234 Estonia 13260 G 20 20
235 Estonia 13261 C 20 20
236 Estonia 13262 C 20 20
237 Estonia 13263 A 20 20
238 Estonia 13264 C 20 20
239 Estonia 13265 A 20 20
240 Estonia 13266 T 20 20
241 Estonia 13267 A 20 20
242 Estonia 13268 G 20 20
243 Estonia 13269 A 20 20
244 Estonia 13270 T 20 20
245 Estonia 13271 C 20 20
246 Estonia 13272 A 20 20
247 Estonia 13273 T 20 20
248 Estonia 13274 C 20 20
249 Estonia 13275 C 20 20
250 Estonia 13276 A 20 20
251 Estonia 13277 A 20 20
252 Estonia 13278 A 20 20
253 Estonia 13279 T 20 20
254 Estonia 13280 C 20 20
255 Estonia 13281 C 20 20
256 Estonia 13282 T 20 20
257 Estonia 13283 A 20 20
258 Estonia 13284 A 20 20
259 Estonia 13285 A 20 20
260 Estonia 13286 G 20 20
261 Estonia 13287 G 20 20
262 Estonia 13288 A 20 20
263 Estonia 13289 T 20 20
264 Estonia 13290 T 20 20
265 Estonia 13291 T 20 20
266 Estonia 13292 T 20 20
267 Estonia 13293 G 20 20
268 Estonia 13294 T 20 20
269 Estonia 13295 G 20 20
270 Estonia 13296 A 20 20
271 Estonia 13297 C 20 20
272 Estonia 13298 T 20 20
273 Estonia 13299 T 20 20
274 Estonia 13300 A 20 20
275 Estonia 13301 A 20 20
276 Estonia 13302 A 20 20
277 Estonia 13303 A 20 20
278 Estonia 13304 G 20 20
279 Estonia 13305 G 20 20
280 Estonia 13306 T 20 20
281 Estonia 13307 A 20 20
282 Estonia 13308 A 20 20
283 Estonia 13309 G 20 20
284 Estonia 13310 T 20 20
285 Estonia 13311 A 20 20
286 Estonia 13312 T 20 20
287 Estonia 13313 G 20 20
288 Estonia 13314 T 20 20
289 Estonia 13315 A 20 20
290 Estonia 13316 C 20 20
291 Estonia 13317 A 20 20
292 Estonia 13318 A 20 20
293 Estonia 13319 A 20 20
294 Estonia 13320 T 20 20
295 Estonia 13321 A 20 20
296 Estonia 13322 C 20 20
297 Estonia 13323 C 20 20
298 Estonia 13324 T 20 20
299 Estonia 13325 A 20 20
300 Estonia 13326 C 20 20
301 Estonia 13327 A 20 20
302 Estonia 13328 A 20 20
303 Estonia 13329 C 20 20
304 Estonia 13330 T 20 20
305 Estonia 13331 T 20 20
306 Estonia 13332 G 20 20
307 Estonia 13333 T 20 20
308 Estonia 13334 G 20 20
309 Estonia 13335 C 20 20
310 Estonia 13336 T 20 20
311 Estonia 13337 A 20 20
312 Estonia 13338 A 20 20
313 Estonia 13339 T 20 20
314 Estonia 13340 G 20 20
315 Estonia 13341 A 20 20
316 Estonia 13342 C 20 20
317 Estonia 13343 C 20 20
318 Estonia 13344 C 20 20
319 Estonia 13345 T 20 20
320 Estonia 13346 G 20 20
321 Estonia 13347 T 20 20
322 Estonia 13348 G 20 20
323 Estonia 13349 G 20 20
324 Estonia 13350 G 20 20
325 Estonia 13351 T 20 20
326 Estonia 13352 T 20 20
327 Estonia 13353 T 20 20
328 Estonia 13354 T 20 20
329 Estonia 13355 A 20 20
330 Estonia 13356 C 20 20
331 Estonia 13357 A 20 20
332 Estonia 13358 C 20 20
333 Estonia 13359 T 20 20
334 Estonia 13360 T 20 20
335 Estonia 13361 A 20 20
336 Estonia 13362 A 20 20
337 Estonia 13363 A 20 20
338 Estonia 13364 A 20 20
339 Estonia 13365 A 20 20
340 Estonia 13366 C 20 20
341 Estonia 13367 A 20 20
342 Estonia 13368 C 20 20
343 Estonia 13369 A 20 20
344 Estonia 13370 G 20 20
345 Estonia 13371 T 20 20
346 Estonia 13372 C 20 20
347 Estonia 13373 T 20 20
348 Estonia 13374 G 20 20
349 Estonia 13375 T 20 20
350 Estonia 13376 A 20 20
351 Estonia 13377 C 20 20
352 Estonia 13378 C 20 20
353 Estonia 13379 G 20 20
354 Estonia 13380 T 20 20
355 Estonia 13381 C 20 20
356 Estonia 13382 T 20 20
357 Estonia 13383 G 20 20
358 Estonia 13384 C 20 20
359 Estonia 13385 G 20 20
360 Estonia 13386 G 20 20
361 Estonia 13387 T 20 20
362 Estonia 13388 A 20 20
363 Estonia 13389 T 20 20
364 Estonia 13390 G 20 20
365 Estonia 13391 T 20 20
366 Estonia 13392 G 20 20
367 Estonia 13393 G 20 20
368 Estonia 13394 A 20 20
369 Estonia 13395 A 20 20
370 Estonia 13396 A 20 20
371 Estonia 13397 G 20 20
372 Estonia 13398 G 20 20
373 Estonia 13399 T 20 20
374 Estonia 13400 T 20 20
375 Estonia 13401 A 20 20
376 Estonia 13402 T 20 20
377 Estonia 13403 G 20 20
378 Estonia 13404 G 20 20
379 Estonia 13405 C 20 20
380 Estonia 13406 T 20 20
381 Estonia 13407 G 20 20
382 Estonia 13408 T 20 20
383 Estonia 13409 A 20 20
384 Estonia 13410 G 20 20
385 Estonia 13411 T 20 20
386 Estonia 13412 T 20 20
387 Estonia 13413 G 20 20
388 Estonia 13414 T 20 20
389 Estonia 13415 G 20 20
390 Estonia 13416 A 20 20
391 Estonia 13417 T 20 20
392 Estonia 13418 C 20 20
393 Estonia 13419 A 20 20
394 Estonia 13420 A 20 20
395 Estonia 13421 C 20 20
396 Estonia 13422 T 20 20
397 Estonia 13423 C 20 20
398 Estonia 13424 C 20 20
399 Estonia 13425 G 20 20
400 Estonia 13426 C 20 20
401 Estonia 13427 G 20 20
402 Estonia 13428 A 20 20
403 Estonia 13429 A 20 20
404 Estonia 13430 C 20 20
405 Estonia 13431 C 20 20
406 Estonia 13432 C 20 20
407 Estonia 13433 A 20 20
408 Estonia 13434 T 20 20
409 Estonia 13435 G 20 20
410 Estonia 13436 C 20 20
411 Estonia 13437 T 20 20
412 Estonia 13438 T 20 20
413 Estonia 13439 C 20 20
414 Estonia 13440 A 20 20
415 Estonia 13441 G 20 20