National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
*                                              
-     416                                        
?                                              
A     38                                   1    
C     39                                        
D     21                                        
E     12                                        
F     15                                        
G     39                                        
H     9                                        
I     12                                        
K 1   24                                        
L     24                                        
M     12                                        
N     21                                        
P     24                                        
Q     18                                        
R     6                                        
S     18                                        
T     39               1                        
V     27                                        
W     3                                        
Y     15                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Ecuador 13026 C 204 204
1 Ecuador 13027 T 204 204
2 Ecuador 13028 G 205 205
3 Ecuador 13029 G 205 205
4 Ecuador 13030 T 205 205
5 Ecuador 13031 A 205 205
6 Ecuador 13032 A 205 205
7 Ecuador 13033 T 205 205
8 Ecuador 13034 G 205 205
9 Ecuador 13035 C 205 205
10 Ecuador 13036 A 205 205
11 Ecuador 13037 A 205 205
12 Ecuador 13038 C 205 205
13 Ecuador 13039 A 205 205
14 Ecuador 13040 G 205 205
15 Ecuador 13041 A 205 205
16 Ecuador 13042 A 205 205
17 Ecuador 13043 G 205 205
18 Ecuador 13044 T 205 205
19 Ecuador 13045 G 205 205
20 Ecuador 13046 C 205 205
21 Ecuador 13047 C 205 205
22 Ecuador 13048 T 205 205
23 Ecuador 13049 G 205 205
24 Ecuador 13050 C 205 205
25 Ecuador 13051 C 205 205
26 Ecuador 13052 A 205 205
27 Ecuador 13053 A 205 205
28 Ecuador 13054 T 205 205
29 Ecuador 13055 T 205 205
30 Ecuador 13056 C 205 205
31 Ecuador 13057 A 205 205
32 Ecuador 13058 A 205 205
33 Ecuador 13059 C 205 205
34 Ecuador 13060 T 205 205
35 Ecuador 13061 G 205 205
36 Ecuador 13062 T 205 205
37 Ecuador 13063 A 205 205
38 Ecuador 13064 T 205 205
39 Ecuador 13065 T 205 205
40 Ecuador 13066 A 205 205
41 Ecuador 13067 T 205 205
42 Ecuador 13068 C 205 205
43 Ecuador 13069 T 205 205
44 Ecuador 13070 T 205 205
45 Ecuador 13071 T 205 205
46 Ecuador 13072 C 205 205
47 Ecuador 13073 T 205 205
48 Ecuador 13074 G 205 205
49 Ecuador 13075 T 205 205
50 Ecuador 13076 G 205 205
51 Ecuador 13077 C 205 205
52 Ecuador 13078 T 205 205
53 Ecuador 13079 T 205 205
54 Ecuador 13080 T 205 205
55 Ecuador 13081 T 205 205
56 Ecuador 13082 G 205 205
57 Ecuador 13083 C 205 205
58 Ecuador 13084 T 205 205
59 Ecuador 13085 G 205 205
60 Ecuador 13086 T 205 205
61 Ecuador 13087 A 205 205
62 Ecuador 13088 G 205 205
63 Ecuador 13089 A 205 205
64 Ecuador 13090 T 205 205
65 Ecuador 13091 G 205 205
66 Ecuador 13092 C 205 205
67 Ecuador 13093 T 205 205
68 Ecuador 13094 G 205 205
69 Ecuador 13095 C 205 205
70 Ecuador 13096 T 205 205
71 Ecuador 13097 A 205 205
72 Ecuador 13098 A 205 205
73 Ecuador 13099 A 205 205
74 Ecuador 13100 G 205 205
75 Ecuador 13101 C 205 205
76 Ecuador 13102 T 205 205
77 Ecuador 13103 T 205 205
78 Ecuador 13104 A 205 205
79 Ecuador 13105 C 205 205
80 Ecuador 13106 A 205 205
81 Ecuador 13107 A 205 205
82 Ecuador 13108 A 205 205
83 Ecuador 13109 G 205 205
84 Ecuador 13110 A 205 205
85 Ecuador 13111 T 205 205
86 Ecuador 13112 T 205 205
87 Ecuador 13113 A 205 205
88 Ecuador 13114 T 205 205
89 Ecuador 13115 C 205 205
90 Ecuador 13116 T 205 205
91 Ecuador 13117 A 205 205
92 Ecuador 13118 G 205 205
93 Ecuador 13119 C 205 205
94 Ecuador 13120 T 205 205
95 Ecuador 13121 A 205 205
96 Ecuador 13122 G 205 205
97 Ecuador 13123 T 205 205
98 Ecuador 13124 G 205 205
99 Ecuador 13125 G 205 205
100 Ecuador 13126 G 205 205
101 Ecuador 13127 G 205 205
102 Ecuador 13128 G 205 205
103 Ecuador 13129 A 205 205
104 Ecuador 13130 C 205 205
105 Ecuador 13131 A 205 205
106 Ecuador 13132 A 205 205
107 Ecuador 13133 C 205 205
108 Ecuador 13134 C 205 205
109 Ecuador 13135 A 205 205
110 Ecuador 13136 A 205 205
111 Ecuador 13137 T 205 205
112 Ecuador 13138 C 205 205
113 Ecuador 13139 A 205 205
114 Ecuador 13140 C 205 205
115 Ecuador 13141 T 205 205
116 Ecuador 13142 A 205 205
117 Ecuador 13143 A 205 205
118 Ecuador 13144 T 205 205
119 Ecuador 13145 T 205 205
120 Ecuador 13146 G 205 205
121 Ecuador 13147 T 205 205
122 Ecuador 13148 G 205 205
123 Ecuador 13149 T 205 205
124 Ecuador 13150 T 205 205
125 Ecuador 13151 A 205 205
126 Ecuador 13152 A 205 205
127 Ecuador 13153 G 205 205
128 Ecuador 13154 A 205 205
129 Ecuador 13155 T 205 205
130 Ecuador 13156 G 205 205
131 Ecuador 13157 T 204 204
132 Ecuador 13158 T 204 204
133 Ecuador 13159 G 204 204
134 Ecuador 13160 T 204 204
135 Ecuador 13161 G 204 204
136 Ecuador 13162 T 204 204
137 Ecuador 13163 A 204 204
138 Ecuador 13164 C 204 204
139 Ecuador 13165 A 204 204
140 Ecuador 13166 C 204 204
141 Ecuador 13167 A 204 204
142 Ecuador 13168 C 204 204
143 Ecuador 13169 A 204 204
144 Ecuador 13170 C 204 204
145 Ecuador 13171 T 204 204
146 Ecuador 13172 G 204 204
147 Ecuador 13173 G 204 204
148 Ecuador 13174 T 204 204
149 Ecuador 13175 A 204 204
150 Ecuador 13176 C 204 204
151 Ecuador 13177 T 204 204
152 Ecuador 13178 G 204 204
153 Ecuador 13179 G 204 204
154 Ecuador 13180 T 204 204
155 Ecuador 13181 C 204 204
156 Ecuador 13182 A 204 204
157 Ecuador 13183 G 204 204
158 Ecuador 13184 G 204 204
159 Ecuador 13185 C 204 204
160 Ecuador 13186 A 204 204
161 Ecuador 13187 A 204 204
162 Ecuador 13188 T 204 204
163 Ecuador 13189 A 204 204
164 Ecuador 13190 A 204 204
165 Ecuador 13191 C 204 204
166 Ecuador 13192 A 204 204
167 Ecuador 13193 G 204 204
168 Ecuador 13194 T 204 204
169 Ecuador 13195 T 204 204
170 Ecuador 13196 A 204 204
171 Ecuador 13197 C 204 204
172 Ecuador 13198 A 204 204
173 Ecuador 13199 C 204 204
174 Ecuador 13200 C 204 204
175 Ecuador 13201 G 204 204
176 Ecuador 13202 G 204 204
177 Ecuador 13203 A 204 204
178 Ecuador 13204 A 204 204
179 Ecuador 13205 G 204 204
180 Ecuador 13206 C 204 204
181 Ecuador 13207 C 204 204
182 Ecuador 13208 A 204 204
183 Ecuador 13209 A 204 204
184 Ecuador 13210 T 204 204
185 Ecuador 13211 A 204 204
186 Ecuador 13212 T 204 204
187 Ecuador 13213 G 204 204
188 Ecuador 13214 G 204 204
189 Ecuador 13215 A 204 204
190 Ecuador 13216 T 204 204
191 Ecuador 13217 C 204 204
192 Ecuador 13218 A 204 204
193 Ecuador 13219 A 204 204
194 Ecuador 13220 G 204 204
195 Ecuador 13221 A 204 204
196 Ecuador 13222 A 204 204
197 Ecuador 13223 T 204 204
198 Ecuador 13224 C 204 204
199 Ecuador 13225 C 204 204
200 Ecuador 13226 T 204 204
201 Ecuador 13227 T 204 204
202 Ecuador 13228 T 204 204
203 Ecuador 13229 G 206 206
204 Ecuador 13230 G 206 206
205 Ecuador 13231 T 206 206
206 Ecuador 13232 G 206 206
207 Ecuador 13233 G 206 206
208 Ecuador 13234 T 206 206
209 Ecuador 13235 G 206 206
210 Ecuador 13236 C 206 206
211 Ecuador 13237 A 206 206
212 Ecuador 13238 T 206 206
213 Ecuador 13239 C 206 206
214 Ecuador 13240 G 206 206
215 Ecuador 13241 T 206 206
216 Ecuador 13242 G 206 206
217 Ecuador 13243 T 206 206
218 Ecuador 13244 T 206 206
219 Ecuador 13245 G 206 206
220 Ecuador 13246 T 206 206
221 Ecuador 13247 C 206 206
222 Ecuador 13248 T 206 206
223 Ecuador 13249 G 206 206
224 Ecuador 13250 T 206 206
225 Ecuador 13251 A 206 206
226 Ecuador 13252 C 206 206
227 Ecuador 13253 T 206 206
228 Ecuador 13254 G 206 206
229 Ecuador 13255 C 206 206
230 Ecuador 13256 C 206 206
231 Ecuador 13257 G 206 206
232 Ecuador 13258 T 206 206
233 Ecuador 13259 T 206 206
234 Ecuador 13260 G 206 206
235 Ecuador 13261 C 206 206
236 Ecuador 13262 C 206 206
237 Ecuador 13263 A 206 206
238 Ecuador 13264 C 206 206
239 Ecuador 13265 A 206 206
240 Ecuador 13266 T 206 206
241 Ecuador 13267 A 206 206
242 Ecuador 13268 G 206 206
243 Ecuador 13269 A 206 206
244 Ecuador 13270 T 206 206
245 Ecuador 13271 C 206 206
246 Ecuador 13272 A 206 206
247 Ecuador 13273 T 206 206
248 Ecuador 13274 C 206 206
249 Ecuador 13275 C 206 206
250 Ecuador 13276 A 206 206
251 Ecuador 13277 A 206 206
252 Ecuador 13278 A 206 206
253 Ecuador 13279 T 206 206
254 Ecuador 13280 C 206 206
255 Ecuador 13281 C 206 206
256 Ecuador 13282 T 206 206
257 Ecuador 13283 A 206 206
258 Ecuador 13284 A 206 206
259 Ecuador 13285 A 206 206
260 Ecuador 13286 G 206 206
261 Ecuador 13287 G 206 206
262 Ecuador 13288 A 206 206
263 Ecuador 13289 T 206 206
264 Ecuador 13290 T 206 206
265 Ecuador 13291 T 206 206
266 Ecuador 13292 T 206 206
267 Ecuador 13293 G 206 206
268 Ecuador 13294 T 206 206
269 Ecuador 13295 G 206 206
270 Ecuador 13296 A 206 206
271 Ecuador 13297 C 206 206
272 Ecuador 13298 T 206 206
273 Ecuador 13299 T 206 206
274 Ecuador 13300 A 206 206
275 Ecuador 13301 A 206 206
276 Ecuador 13302 A 206 206
277 Ecuador 13303 A 206 206
278 Ecuador 13304 G 206 206
279 Ecuador 13305 G 206 206
280 Ecuador 13306 T 206 206
281 Ecuador 13307 A 206 206
282 Ecuador 13308 A 206 206
283 Ecuador 13309 G 206 206
284 Ecuador 13310 T 206 206
285 Ecuador 13311 A 206 206
286 Ecuador 13312 T 206 206
287 Ecuador 13313 G 207 207
288 Ecuador 13314 T 207 207
289 Ecuador 13315 A 207 207
290 Ecuador 13316 C 207 207
291 Ecuador 13317 A 207 207
292 Ecuador 13318 A 207 207
293 Ecuador 13319 A 207 207
294 Ecuador 13320 T 207 207
295 Ecuador 13321 A 207 207
296 Ecuador 13322 C 207 207
297 Ecuador 13323 C 207 207
298 Ecuador 13324 T 207 207
299 Ecuador 13325 A 207 207
300 Ecuador 13326 C 207 207
301 Ecuador 13327 A 206 205
302 Ecuador 13328 A 206 205
303 Ecuador 13329 C 206 205
304 Ecuador 13330 T 206 205
305 Ecuador 13331 T 206 205
306 Ecuador 13332 G 206 205
307 Ecuador 13333 T 206 205
308 Ecuador 13334 G 206 205
309 Ecuador 13335 C T 206 204 Ala4357Val
310 Ecuador 13336 T 206 205
311 Ecuador 13337 A 206 205
312 Ecuador 13338 A 206 205
313 Ecuador 13339 T 206 205
314 Ecuador 13340 G 206 205
315 Ecuador 13341 A 206 205
316 Ecuador 13342 C 206 205
317 Ecuador 13343 C 206 205
318 Ecuador 13344 C 206 205
319 Ecuador 13345 T 206 205
320 Ecuador 13346 G 206 205
321 Ecuador 13347 T 206 205
322 Ecuador 13348 G 206 205
323 Ecuador 13349 G 206 205
324 Ecuador 13350 G 206 205
325 Ecuador 13351 T 206 205
326 Ecuador 13352 T 206 205
327 Ecuador 13353 T 206 205
328 Ecuador 13354 T 206 205
329 Ecuador 13355 A 206 205
330 Ecuador 13356 C T 206 204 Thr4364Ile
331 Ecuador 13357 A 206 205
332 Ecuador 13358 C 206 205
333 Ecuador 13359 T 206 205
334 Ecuador 13360 T 206 205
335 Ecuador 13361 A T 206 204 Lys4366*
336 Ecuador 13362 A 206 205
337 Ecuador 13363 A 206 205
338 Ecuador 13364 A 206 205
339 Ecuador 13365 A 206 205
340 Ecuador 13366 C 206 205
341 Ecuador 13367 A 206 205
342 Ecuador 13368 C 206 205
343 Ecuador 13369 A 206 205
344 Ecuador 13370 G 206 205
345 Ecuador 13371 T 206 205
346 Ecuador 13372 C 206 205
347 Ecuador 13373 T 206 205
348 Ecuador 13374 G 206 205
349 Ecuador 13375 T 206 205
350 Ecuador 13376 A 206 205
351 Ecuador 13377 C 206 205
352 Ecuador 13378 C 206 205
353 Ecuador 13379 G 206 206
354 Ecuador 13380 T 206 206
355 Ecuador 13381 C 206 206
356 Ecuador 13382 T 206 206
357 Ecuador 13383 G 206 206
358 Ecuador 13384 C 206 206
359 Ecuador 13385 G 206 206
360 Ecuador 13386 G 206 206
361 Ecuador 13387 T 206 206
362 Ecuador 13388 A 206 206
363 Ecuador 13389 T 206 206
364 Ecuador 13390 G 206 206
365 Ecuador 13391 T 206 206
366 Ecuador 13392 G 206 206
367 Ecuador 13393 G 206 206
368 Ecuador 13394 A 206 206
369 Ecuador 13395 A 206 206
370 Ecuador 13396 A 206 206
371 Ecuador 13397 G 206 206
372 Ecuador 13398 G 206 206
373 Ecuador 13399 T 206 206
374 Ecuador 13400 T 206 206
375 Ecuador 13401 A 206 206
376 Ecuador 13402 T 206 206
377 Ecuador 13403 G 206 206
378 Ecuador 13404 G 206 206
379 Ecuador 13405 C 206 206
380 Ecuador 13406 T 206 206
381 Ecuador 13407 G 206 206
382 Ecuador 13408 T 206 206
383 Ecuador 13409 A 206 206
384 Ecuador 13410 G 206 206
385 Ecuador 13411 T 206 206
386 Ecuador 13412 T 206 206
387 Ecuador 13413 G 206 206
388 Ecuador 13414 T 206 206
389 Ecuador 13415 G 206 206
390 Ecuador 13416 A 206 206
391 Ecuador 13417 T 206 206
392 Ecuador 13418 C 206 206
393 Ecuador 13419 A 206 206
394 Ecuador 13420 A 206 206
395 Ecuador 13421 C 206 206
396 Ecuador 13422 T 206 206
397 Ecuador 13423 C 206 206
398 Ecuador 13424 C 206 206
399 Ecuador 13425 G 206 206
400 Ecuador 13426 C 206 206
401 Ecuador 13427 G 206 206
402 Ecuador 13428 A 206 206
403 Ecuador 13429 A 206 206
404 Ecuador 13430 C 206 206
405 Ecuador 13431 C 206 206
406 Ecuador 13432 C 206 206
407 Ecuador 13433 A 206 206
408 Ecuador 13434 T 206 206
409 Ecuador 13435 G 206 206
410 Ecuador 13436 C 206 206
411 Ecuador 13437 T 206 206
412 Ecuador 13438 T 206 206
413 Ecuador 13439 C 206 206
414 Ecuador 13440 A 206 206
415 Ecuador 13441 G 206 206