National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
-   416                                        
?                                            
A   38                                        
C   39                                        
D   21                                        
E   12                                        
F   15                                        
G   39                                        
H   9                                        
I   12                                        
K   24                                        
L   24                                        
M   12                                        
N   21                                        
P   24                                        
Q   18                                        
R   6                                        
S   18                                        
T   39                                        
V   27                                        
W   3                                        
Y   15                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Cuba 13026 C 2 2
1 Cuba 13027 T 2 2
2 Cuba 13028 G 2 2
3 Cuba 13029 G 2 2
4 Cuba 13030 T 2 2
5 Cuba 13031 A 2 2
6 Cuba 13032 A 2 2
7 Cuba 13033 T 2 2
8 Cuba 13034 G 2 2
9 Cuba 13035 C 2 2
10 Cuba 13036 A 2 2
11 Cuba 13037 A 2 2
12 Cuba 13038 C 2 2
13 Cuba 13039 A 2 2
14 Cuba 13040 G 2 2
15 Cuba 13041 A 2 2
16 Cuba 13042 A 2 2
17 Cuba 13043 G 2 2
18 Cuba 13044 T 2 2
19 Cuba 13045 G 2 2
20 Cuba 13046 C 2 2
21 Cuba 13047 C 2 2
22 Cuba 13048 T 2 2
23 Cuba 13049 G 2 2
24 Cuba 13050 C 2 2
25 Cuba 13051 C 2 2
26 Cuba 13052 A 2 2
27 Cuba 13053 A 2 2
28 Cuba 13054 T 2 2
29 Cuba 13055 T 2 2
30 Cuba 13056 C 2 2
31 Cuba 13057 A 2 2
32 Cuba 13058 A 2 2
33 Cuba 13059 C 2 2
34 Cuba 13060 T 2 2
35 Cuba 13061 G 2 2
36 Cuba 13062 T 2 2
37 Cuba 13063 A 2 2
38 Cuba 13064 T 2 2
39 Cuba 13065 T 2 2
40 Cuba 13066 A 2 2
41 Cuba 13067 T 2 2
42 Cuba 13068 C 2 2
43 Cuba 13069 T 2 2
44 Cuba 13070 T 2 2
45 Cuba 13071 T 2 2
46 Cuba 13072 C 2 2
47 Cuba 13073 T 2 2
48 Cuba 13074 G 2 2
49 Cuba 13075 T 2 2
50 Cuba 13076 G 2 2
51 Cuba 13077 C 2 2
52 Cuba 13078 T 2 2
53 Cuba 13079 T 2 2
54 Cuba 13080 T 2 2
55 Cuba 13081 T 2 2
56 Cuba 13082 G 2 2
57 Cuba 13083 C 2 2
58 Cuba 13084 T 2 2
59 Cuba 13085 G 2 2
60 Cuba 13086 T 2 2
61 Cuba 13087 A 2 2
62 Cuba 13088 G 2 2
63 Cuba 13089 A 2 2
64 Cuba 13090 T 2 2
65 Cuba 13091 G 2 2
66 Cuba 13092 C 2 2
67 Cuba 13093 T 2 2
68 Cuba 13094 G 2 2
69 Cuba 13095 C 2 2
70 Cuba 13096 T 2 2
71 Cuba 13097 A 2 2
72 Cuba 13098 A 2 2
73 Cuba 13099 A 2 2
74 Cuba 13100 G 2 2
75 Cuba 13101 C 2 2
76 Cuba 13102 T 2 2
77 Cuba 13103 T 2 2
78 Cuba 13104 A 2 2
79 Cuba 13105 C 2 2
80 Cuba 13106 A 2 2
81 Cuba 13107 A 2 2
82 Cuba 13108 A 2 2
83 Cuba 13109 G 2 2
84 Cuba 13110 A 2 2
85 Cuba 13111 T 2 2
86 Cuba 13112 T 2 2
87 Cuba 13113 A 2 2
88 Cuba 13114 T 2 2
89 Cuba 13115 C 2 2
90 Cuba 13116 T 2 2
91 Cuba 13117 A 2 2
92 Cuba 13118 G 2 2
93 Cuba 13119 C 2 2
94 Cuba 13120 T 2 2
95 Cuba 13121 A 2 2
96 Cuba 13122 G 2 2
97 Cuba 13123 T 2 2
98 Cuba 13124 G 2 2
99 Cuba 13125 G 2 2
100 Cuba 13126 G 2 2
101 Cuba 13127 G 2 2
102 Cuba 13128 G 2 2
103 Cuba 13129 A 2 2
104 Cuba 13130 C 2 2
105 Cuba 13131 A 2 2
106 Cuba 13132 A 2 2
107 Cuba 13133 C 2 2
108 Cuba 13134 C 2 2
109 Cuba 13135 A 2 2
110 Cuba 13136 A 2 2
111 Cuba 13137 T 2 2
112 Cuba 13138 C 2 2
113 Cuba 13139 A 2 2
114 Cuba 13140 C 2 2
115 Cuba 13141 T 2 2
116 Cuba 13142 A 2 2
117 Cuba 13143 A 2 2
118 Cuba 13144 T 2 2
119 Cuba 13145 T 2 2
120 Cuba 13146 G 2 2
121 Cuba 13147 T 2 2
122 Cuba 13148 G 2 2
123 Cuba 13149 T 2 2
124 Cuba 13150 T 2 2
125 Cuba 13151 A 2 2
126 Cuba 13152 A 2 2
127 Cuba 13153 G 2 2
128 Cuba 13154 A 2 2
129 Cuba 13155 T 2 2
130 Cuba 13156 G 2 2
131 Cuba 13157 T 2 2
132 Cuba 13158 T 2 2
133 Cuba 13159 G 2 2
134 Cuba 13160 T 2 2
135 Cuba 13161 G 2 2
136 Cuba 13162 T 2 2
137 Cuba 13163 A 2 2
138 Cuba 13164 C 2 2
139 Cuba 13165 A 2 2
140 Cuba 13166 C 2 2
141 Cuba 13167 A 2 2
142 Cuba 13168 C 2 2
143 Cuba 13169 A 2 2
144 Cuba 13170 C 2 2
145 Cuba 13171 T 2 2
146 Cuba 13172 G 2 2
147 Cuba 13173 G 2 2
148 Cuba 13174 T 2 2
149 Cuba 13175 A 2 2
150 Cuba 13176 C 2 2
151 Cuba 13177 T 2 2
152 Cuba 13178 G 2 2
153 Cuba 13179 G 2 2
154 Cuba 13180 T 2 2
155 Cuba 13181 C 2 2
156 Cuba 13182 A 2 2
157 Cuba 13183 G 2 2
158 Cuba 13184 G 2 2
159 Cuba 13185 C 2 2
160 Cuba 13186 A 2 2
161 Cuba 13187 A 2 2
162 Cuba 13188 T 2 2
163 Cuba 13189 A 2 2
164 Cuba 13190 A 2 2
165 Cuba 13191 C 2 2
166 Cuba 13192 A 2 2
167 Cuba 13193 G 2 2
168 Cuba 13194 T 2 2
169 Cuba 13195 T 2 2
170 Cuba 13196 A 2 2
171 Cuba 13197 C 2 2
172 Cuba 13198 A 2 2
173 Cuba 13199 C 2 2
174 Cuba 13200 C 2 2
175 Cuba 13201 G 2 2
176 Cuba 13202 G 2 2
177 Cuba 13203 A 2 2
178 Cuba 13204 A 2 2
179 Cuba 13205 G 2 2
180 Cuba 13206 C 2 2
181 Cuba 13207 C 2 2
182 Cuba 13208 A 2 2
183 Cuba 13209 A 2 2
184 Cuba 13210 T 2 2
185 Cuba 13211 A 2 2
186 Cuba 13212 T 2 2
187 Cuba 13213 G 2 2
188 Cuba 13214 G 2 2
189 Cuba 13215 A 2 2
190 Cuba 13216 T 2 2
191 Cuba 13217 C 2 2
192 Cuba 13218 A 2 2
193 Cuba 13219 A 2 2
194 Cuba 13220 G 2 2
195 Cuba 13221 A 2 2
196 Cuba 13222 A 2 2
197 Cuba 13223 T 2 2
198 Cuba 13224 C 2 2
199 Cuba 13225 C 2 2
200 Cuba 13226 T 2 2
201 Cuba 13227 T 2 2
202 Cuba 13228 T 2 2
203 Cuba 13229 G 2 2
204 Cuba 13230 G 2 2
205 Cuba 13231 T 2 2
206 Cuba 13232 G 2 2
207 Cuba 13233 G 2 2
208 Cuba 13234 T 2 2
209 Cuba 13235 G 2 2
210 Cuba 13236 C 2 2
211 Cuba 13237 A 2 2
212 Cuba 13238 T 2 2
213 Cuba 13239 C 2 2
214 Cuba 13240 G 2 2
215 Cuba 13241 T 2 2
216 Cuba 13242 G 2 2
217 Cuba 13243 T 2 2
218 Cuba 13244 T 2 2
219 Cuba 13245 G 2 2
220 Cuba 13246 T 2 2
221 Cuba 13247 C 2 2
222 Cuba 13248 T 2 2
223 Cuba 13249 G 2 2
224 Cuba 13250 T 2 2
225 Cuba 13251 A 2 2
226 Cuba 13252 C 2 2
227 Cuba 13253 T 2 2
228 Cuba 13254 G 2 2
229 Cuba 13255 C 2 2
230 Cuba 13256 C 2 2
231 Cuba 13257 G 2 2
232 Cuba 13258 T 2 2
233 Cuba 13259 T 2 2
234 Cuba 13260 G 2 2
235 Cuba 13261 C 2 2
236 Cuba 13262 C 2 2
237 Cuba 13263 A 2 2
238 Cuba 13264 C 2 2
239 Cuba 13265 A 2 2
240 Cuba 13266 T 2 2
241 Cuba 13267 A 2 2
242 Cuba 13268 G 2 2
243 Cuba 13269 A 2 2
244 Cuba 13270 T 2 2
245 Cuba 13271 C 2 2
246 Cuba 13272 A 2 2
247 Cuba 13273 T 2 2
248 Cuba 13274 C 2 2
249 Cuba 13275 C 2 2
250 Cuba 13276 A 2 2
251 Cuba 13277 A 2 2
252 Cuba 13278 A 2 2
253 Cuba 13279 T 2 2
254 Cuba 13280 C 2 2
255 Cuba 13281 C 2 2
256 Cuba 13282 T 2 2
257 Cuba 13283 A 2 2
258 Cuba 13284 A 2 2
259 Cuba 13285 A 2 2
260 Cuba 13286 G 2 2
261 Cuba 13287 G 2 2
262 Cuba 13288 A 2 2
263 Cuba 13289 T 2 2
264 Cuba 13290 T 2 2
265 Cuba 13291 T 2 2
266 Cuba 13292 T 2 2
267 Cuba 13293 G 2 2
268 Cuba 13294 T 2 2
269 Cuba 13295 G 2 2
270 Cuba 13296 A 2 2
271 Cuba 13297 C 2 2
272 Cuba 13298 T 2 2
273 Cuba 13299 T 2 2
274 Cuba 13300 A 2 2
275 Cuba 13301 A 2 2
276 Cuba 13302 A 2 2
277 Cuba 13303 A 2 2
278 Cuba 13304 G 2 2
279 Cuba 13305 G 2 2
280 Cuba 13306 T 2 2
281 Cuba 13307 A 2 2
282 Cuba 13308 A 2 2
283 Cuba 13309 G 2 2
284 Cuba 13310 T 2 2
285 Cuba 13311 A 2 2
286 Cuba 13312 T 2 2
287 Cuba 13313 G 2 2
288 Cuba 13314 T 2 2
289 Cuba 13315 A 2 2
290 Cuba 13316 C 2 2
291 Cuba 13317 A 2 2
292 Cuba 13318 A 2 2
293 Cuba 13319 A 2 2
294 Cuba 13320 T 2 2
295 Cuba 13321 A 2 2
296 Cuba 13322 C 2 2
297 Cuba 13323 C 2 2
298 Cuba 13324 T 2 2
299 Cuba 13325 A 2 2
300 Cuba 13326 C 2 2
301 Cuba 13327 A 2 2
302 Cuba 13328 A 2 2
303 Cuba 13329 C 2 2
304 Cuba 13330 T 2 2
305 Cuba 13331 T 2 2
306 Cuba 13332 G 2 2
307 Cuba 13333 T 2 2
308 Cuba 13334 G 2 2
309 Cuba 13335 C 2 2
310 Cuba 13336 T 2 2
311 Cuba 13337 A 2 2
312 Cuba 13338 A 2 2
313 Cuba 13339 T 2 2
314 Cuba 13340 G 2 2
315 Cuba 13341 A 2 2
316 Cuba 13342 C 2 2
317 Cuba 13343 C 2 2
318 Cuba 13344 C 2 2
319 Cuba 13345 T 2 2
320 Cuba 13346 G 2 2
321 Cuba 13347 T 2 2
322 Cuba 13348 G 2 2
323 Cuba 13349 G 2 2
324 Cuba 13350 G 2 2
325 Cuba 13351 T 2 2
326 Cuba 13352 T 2 2
327 Cuba 13353 T 2 2
328 Cuba 13354 T 2 2
329 Cuba 13355 A 2 2
330 Cuba 13356 C 2 2
331 Cuba 13357 A 2 2
332 Cuba 13358 C 2 2
333 Cuba 13359 T 2 2
334 Cuba 13360 T 2 2
335 Cuba 13361 A 2 2
336 Cuba 13362 A 2 2
337 Cuba 13363 A 2 2
338 Cuba 13364 A 2 2
339 Cuba 13365 A 2 2
340 Cuba 13366 C 2 2
341 Cuba 13367 A 2 2
342 Cuba 13368 C 2 2
343 Cuba 13369 A 2 2
344 Cuba 13370 G 2 2
345 Cuba 13371 T 2 2
346 Cuba 13372 C 2 2
347 Cuba 13373 T 2 2
348 Cuba 13374 G 2 2
349 Cuba 13375 T 2 2
350 Cuba 13376 A 2 2
351 Cuba 13377 C 2 2
352 Cuba 13378 C 2 2
353 Cuba 13379 G 2 2
354 Cuba 13380 T 2 2
355 Cuba 13381 C 2 2
356 Cuba 13382 T 2 2
357 Cuba 13383 G 2 2
358 Cuba 13384 C 2 2
359 Cuba 13385 G 2 2
360 Cuba 13386 G 2 2
361 Cuba 13387 T 2 2
362 Cuba 13388 A 2 2
363 Cuba 13389 T 2 2
364 Cuba 13390 G 2 2
365 Cuba 13391 T 2 2
366 Cuba 13392 G 2 2
367 Cuba 13393 G 2 2
368 Cuba 13394 A 2 2
369 Cuba 13395 A 2 2
370 Cuba 13396 A 2 2
371 Cuba 13397 G 2 2
372 Cuba 13398 G 2 2
373 Cuba 13399 T 2 2
374 Cuba 13400 T 2 2
375 Cuba 13401 A 2 2
376 Cuba 13402 T 2 2
377 Cuba 13403 G 2 2
378 Cuba 13404 G 2 2
379 Cuba 13405 C 2 2
380 Cuba 13406 T 2 2
381 Cuba 13407 G 2 2
382 Cuba 13408 T 2 2
383 Cuba 13409 A 2 2
384 Cuba 13410 G 2 2
385 Cuba 13411 T 2 2
386 Cuba 13412 T 2 2
387 Cuba 13413 G 2 2
388 Cuba 13414 T 2 2
389 Cuba 13415 G 2 2
390 Cuba 13416 A 2 2
391 Cuba 13417 T 2 2
392 Cuba 13418 C 2 2
393 Cuba 13419 A 2 2
394 Cuba 13420 A 2 2
395 Cuba 13421 C 2 2
396 Cuba 13422 T 2 2
397 Cuba 13423 C 2 2
398 Cuba 13424 C 2 2
399 Cuba 13425 G 2 2
400 Cuba 13426 C 2 2
401 Cuba 13427 G 2 2
402 Cuba 13428 A 2 2
403 Cuba 13429 A 2 2
404 Cuba 13430 C 2 2
405 Cuba 13431 C 2 2
406 Cuba 13432 C 2 2
407 Cuba 13433 A 2 2
408 Cuba 13434 T 2 2
409 Cuba 13435 G 2 2
410 Cuba 13436 C 2 2
411 Cuba 13437 T 2 2
412 Cuba 13438 T 2 2
413 Cuba 13439 C 2 2
414 Cuba 13440 A 2 2
415 Cuba 13441 G 2 2