National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
-   416                                        
?                                            
A   38                                        
C   39                                        
D   21                                        
E   12                                        
F   15                                        
G   39                                        
H   9                                        
I   12                                        
K   24                                        
L   24                                        
M   12                                        
N   21                                        
P   24                                        
Q   18                                        
R   6                                        
S   18                                        
T   39               1                        
V   27                                        
W   3                                        
Y   15                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Costa_Rica 13026 C 180 180
1 Costa_Rica 13027 T 180 180
2 Costa_Rica 13028 G 181 181
3 Costa_Rica 13029 G 181 181
4 Costa_Rica 13030 T 181 180
5 Costa_Rica 13031 A 181 180
6 Costa_Rica 13032 A 181 181
7 Costa_Rica 13033 T 181 181
8 Costa_Rica 13034 G 181 181
9 Costa_Rica 13035 C 181 181
10 Costa_Rica 13036 A 181 181
11 Costa_Rica 13037 A 181 181
12 Costa_Rica 13038 C 181 181
13 Costa_Rica 13039 A 181 181
14 Costa_Rica 13040 G 181 181
15 Costa_Rica 13041 A 181 180
16 Costa_Rica 13042 A 181 181
17 Costa_Rica 13043 G 181 181
18 Costa_Rica 13044 T 181 181
19 Costa_Rica 13045 G 181 181
20 Costa_Rica 13046 C 181 181
21 Costa_Rica 13047 C 181 181
22 Costa_Rica 13048 T 181 181
23 Costa_Rica 13049 G 181 181
24 Costa_Rica 13050 C 181 181
25 Costa_Rica 13051 C 181 181
26 Costa_Rica 13052 A 181 181
27 Costa_Rica 13053 A 181 180
28 Costa_Rica 13054 T 181 181
29 Costa_Rica 13055 T 181 181
30 Costa_Rica 13056 C 181 181
31 Costa_Rica 13057 A 181 181
32 Costa_Rica 13058 A 181 181
33 Costa_Rica 13059 C 181 181
34 Costa_Rica 13060 T 181 181
35 Costa_Rica 13061 G 181 181
36 Costa_Rica 13062 T 181 181
37 Costa_Rica 13063 A 181 181
38 Costa_Rica 13064 T 181 181
39 Costa_Rica 13065 T 181 181
40 Costa_Rica 13066 A 181 181
41 Costa_Rica 13067 T 181 181
42 Costa_Rica 13068 C 181 181
43 Costa_Rica 13069 T 181 181
44 Costa_Rica 13070 T 181 181
45 Costa_Rica 13071 T 181 181
46 Costa_Rica 13072 C 181 181
47 Costa_Rica 13073 T 181 181
48 Costa_Rica 13074 G 181 181
49 Costa_Rica 13075 T 181 181
50 Costa_Rica 13076 G 181 181
51 Costa_Rica 13077 C 181 181
52 Costa_Rica 13078 T 181 181
53 Costa_Rica 13079 T 181 181
54 Costa_Rica 13080 T 181 181
55 Costa_Rica 13081 T 181 181
56 Costa_Rica 13082 G 181 181
57 Costa_Rica 13083 C 181 181
58 Costa_Rica 13084 T 181 181
59 Costa_Rica 13085 G 181 181
60 Costa_Rica 13086 T 181 181
61 Costa_Rica 13087 A 181 181
62 Costa_Rica 13088 G 181 181
63 Costa_Rica 13089 A 181 181
64 Costa_Rica 13090 T 181 181
65 Costa_Rica 13091 G 181 181
66 Costa_Rica 13092 C 181 181
67 Costa_Rica 13093 T 181 181
68 Costa_Rica 13094 G 181 181
69 Costa_Rica 13095 C 181 181
70 Costa_Rica 13096 T 181 181
71 Costa_Rica 13097 A 181 181
72 Costa_Rica 13098 A 181 181
73 Costa_Rica 13099 A 181 181
74 Costa_Rica 13100 G 181 181
75 Costa_Rica 13101 C 181 181
76 Costa_Rica 13102 T 181 181
77 Costa_Rica 13103 T 181 180
78 Costa_Rica 13104 A 181 180
79 Costa_Rica 13105 C 181 181
80 Costa_Rica 13106 A 181 181
81 Costa_Rica 13107 A 181 181
82 Costa_Rica 13108 A 181 181
83 Costa_Rica 13109 G 181 181
84 Costa_Rica 13110 A 181 181
85 Costa_Rica 13111 T 181 181
86 Costa_Rica 13112 T 181 181
87 Costa_Rica 13113 A 181 181
88 Costa_Rica 13114 T 181 181
89 Costa_Rica 13115 C 181 181
90 Costa_Rica 13116 T 181 181
91 Costa_Rica 13117 A 181 181
92 Costa_Rica 13118 G 181 181
93 Costa_Rica 13119 C 181 181
94 Costa_Rica 13120 T 181 181
95 Costa_Rica 13121 A 181 181
96 Costa_Rica 13122 G 181 181
97 Costa_Rica 13123 T 181 180
98 Costa_Rica 13124 G 181 181
99 Costa_Rica 13125 G 181 181
100 Costa_Rica 13126 G 181 181
101 Costa_Rica 13127 G 181 181
102 Costa_Rica 13128 G 181 181
103 Costa_Rica 13129 A 181 181
104 Costa_Rica 13130 C 181 181
105 Costa_Rica 13131 A 181 181
106 Costa_Rica 13132 A 181 181
107 Costa_Rica 13133 C 181 181
108 Costa_Rica 13134 C 181 181
109 Costa_Rica 13135 A 181 181
110 Costa_Rica 13136 A 181 180
111 Costa_Rica 13137 T 181 180
112 Costa_Rica 13138 C 181 181
113 Costa_Rica 13139 A 181 181
114 Costa_Rica 13140 C T 181 180 Thr4292Ile
115 Costa_Rica 13141 T 181 181
116 Costa_Rica 13142 A 181 181
117 Costa_Rica 13143 A 181 181
118 Costa_Rica 13144 T 181 181
119 Costa_Rica 13145 T 181 181
120 Costa_Rica 13146 G 181 181
121 Costa_Rica 13147 T 181 181
122 Costa_Rica 13148 G 181 181
123 Costa_Rica 13149 T 181 181
124 Costa_Rica 13150 T 181 181
125 Costa_Rica 13151 A 181 180
126 Costa_Rica 13152 A 181 181
127 Costa_Rica 13153 G 181 181
128 Costa_Rica 13154 A 181 181
129 Costa_Rica 13155 T 181 181
130 Costa_Rica 13156 G 181 181
131 Costa_Rica 13157 T 181 181
132 Costa_Rica 13158 T 181 181
133 Costa_Rica 13159 G 181 181
134 Costa_Rica 13160 T 181 181
135 Costa_Rica 13161 G 181 181
136 Costa_Rica 13162 T 181 181
137 Costa_Rica 13163 A 181 181
138 Costa_Rica 13164 C 181 181
139 Costa_Rica 13165 A 181 181
140 Costa_Rica 13166 C 181 181
141 Costa_Rica 13167 A 181 180
142 Costa_Rica 13168 C 181 181
143 Costa_Rica 13169 A 181 181
144 Costa_Rica 13170 C 181 181
145 Costa_Rica 13171 T 181 181
146 Costa_Rica 13172 G 181 181
147 Costa_Rica 13173 G 181 181
148 Costa_Rica 13174 T 181 181
149 Costa_Rica 13175 A 181 181
150 Costa_Rica 13176 C 181 181
151 Costa_Rica 13177 T 181 181
152 Costa_Rica 13178 G 181 181
153 Costa_Rica 13179 G 181 181
154 Costa_Rica 13180 T 181 181
155 Costa_Rica 13181 C 181 181
156 Costa_Rica 13182 A 181 181
157 Costa_Rica 13183 G 181 181
158 Costa_Rica 13184 G 181 181
159 Costa_Rica 13185 C 181 181
160 Costa_Rica 13186 A 181 181
161 Costa_Rica 13187 A 181 181
162 Costa_Rica 13188 T 181 181
163 Costa_Rica 13189 A 181 181
164 Costa_Rica 13190 A 181 181
165 Costa_Rica 13191 C 181 181
166 Costa_Rica 13192 A 181 181
167 Costa_Rica 13193 G 181 181
168 Costa_Rica 13194 T 181 181
169 Costa_Rica 13195 T 181 180
170 Costa_Rica 13196 A 181 181
171 Costa_Rica 13197 C 181 180
172 Costa_Rica 13198 A 181 180
173 Costa_Rica 13199 C 181 181
174 Costa_Rica 13200 C 181 181
175 Costa_Rica 13201 G 181 181
176 Costa_Rica 13202 G 181 181
177 Costa_Rica 13203 A 181 181
178 Costa_Rica 13204 A 181 181
179 Costa_Rica 13205 G 181 181
180 Costa_Rica 13206 C 181 181
181 Costa_Rica 13207 C 181 181
182 Costa_Rica 13208 A 181 181
183 Costa_Rica 13209 A 181 181
184 Costa_Rica 13210 T 181 181
185 Costa_Rica 13211 A 181 181
186 Costa_Rica 13212 T 181 181
187 Costa_Rica 13213 G 181 181
188 Costa_Rica 13214 G 181 181
189 Costa_Rica 13215 A 181 181
190 Costa_Rica 13216 T 181 181
191 Costa_Rica 13217 C 181 181
192 Costa_Rica 13218 A 181 181
193 Costa_Rica 13219 A 181 181
194 Costa_Rica 13220 G 181 181
195 Costa_Rica 13221 A 181 181
196 Costa_Rica 13222 A 181 181
197 Costa_Rica 13223 T 181 181
198 Costa_Rica 13224 C 181 181
199 Costa_Rica 13225 C 181 181
200 Costa_Rica 13226 T 181 181
201 Costa_Rica 13227 T 181 181
202 Costa_Rica 13228 T 181 181
203 Costa_Rica 13229 G 181 181
204 Costa_Rica 13230 G 181 181
205 Costa_Rica 13231 T 181 180
206 Costa_Rica 13232 G 181 181
207 Costa_Rica 13233 G 181 181
208 Costa_Rica 13234 T 181 181
209 Costa_Rica 13235 G 181 181
210 Costa_Rica 13236 C 181 181
211 Costa_Rica 13237 A 181 181
212 Costa_Rica 13238 T 181 181
213 Costa_Rica 13239 C 181 181
214 Costa_Rica 13240 G 181 181
215 Costa_Rica 13241 T 181 181
216 Costa_Rica 13242 G 181 181
217 Costa_Rica 13243 T 181 181
218 Costa_Rica 13244 T 181 181
219 Costa_Rica 13245 G 181 181
220 Costa_Rica 13246 T 181 181
221 Costa_Rica 13247 C 181 181
222 Costa_Rica 13248 T 181 181
223 Costa_Rica 13249 G 181 181
224 Costa_Rica 13250 T 181 181
225 Costa_Rica 13251 A 181 181
226 Costa_Rica 13252 C 181 181
227 Costa_Rica 13253 T 181 181
228 Costa_Rica 13254 G 181 181
229 Costa_Rica 13255 C 181 181
230 Costa_Rica 13256 C 181 181
231 Costa_Rica 13257 G 181 181
232 Costa_Rica 13258 T 181 181
233 Costa_Rica 13259 T 181 181
234 Costa_Rica 13260 G 181 181
235 Costa_Rica 13261 C 181 181
236 Costa_Rica 13262 C 181 181
237 Costa_Rica 13263 A 181 181
238 Costa_Rica 13264 C 181 181
239 Costa_Rica 13265 A 181 181
240 Costa_Rica 13266 T 181 181
241 Costa_Rica 13267 A 181 181
242 Costa_Rica 13268 G 181 181
243 Costa_Rica 13269 A 181 181
244 Costa_Rica 13270 T 181 181
245 Costa_Rica 13271 C 181 181
246 Costa_Rica 13272 A 181 181
247 Costa_Rica 13273 T 181 181
248 Costa_Rica 13274 C 181 181
249 Costa_Rica 13275 C 181 181
250 Costa_Rica 13276 A 181 181
251 Costa_Rica 13277 A 181 181
252 Costa_Rica 13278 A 181 181
253 Costa_Rica 13279 T 181 181
254 Costa_Rica 13280 C 181 180
255 Costa_Rica 13281 C 181 181
256 Costa_Rica 13282 T 181 181
257 Costa_Rica 13283 A 181 181
258 Costa_Rica 13284 A 181 181
259 Costa_Rica 13285 A 181 181
260 Costa_Rica 13286 G 181 181
261 Costa_Rica 13287 G 181 181
262 Costa_Rica 13288 A 181 181
263 Costa_Rica 13289 T 181 181
264 Costa_Rica 13290 T 181 181
265 Costa_Rica 13291 T 181 181
266 Costa_Rica 13292 T 181 181
267 Costa_Rica 13293 G 181 181
268 Costa_Rica 13294 T 181 181
269 Costa_Rica 13295 G 181 181
270 Costa_Rica 13296 A 181 181
271 Costa_Rica 13297 C 181 181
272 Costa_Rica 13298 T 181 181
273 Costa_Rica 13299 T 181 181
274 Costa_Rica 13300 A 181 181
275 Costa_Rica 13301 A 181 181
276 Costa_Rica 13302 A 181 181
277 Costa_Rica 13303 A 181 181
278 Costa_Rica 13304 G 181 181
279 Costa_Rica 13305 G 181 181
280 Costa_Rica 13306 T 181 180
281 Costa_Rica 13307 A 181 181
282 Costa_Rica 13308 A 181 181
283 Costa_Rica 13309 G 181 181
284 Costa_Rica 13310 T 181 181
285 Costa_Rica 13311 A 181 181
286 Costa_Rica 13312 T 181 181
287 Costa_Rica 13313 G 181 181
288 Costa_Rica 13314 T 181 181
289 Costa_Rica 13315 A 181 181
290 Costa_Rica 13316 C 181 181
291 Costa_Rica 13317 A 181 181
292 Costa_Rica 13318 A 181 181
293 Costa_Rica 13319 A 181 181
294 Costa_Rica 13320 T 181 181
295 Costa_Rica 13321 A 181 181
296 Costa_Rica 13322 C 181 181
297 Costa_Rica 13323 C 181 181
298 Costa_Rica 13324 T 181 180
299 Costa_Rica 13325 A 181 181
300 Costa_Rica 13326 C 181 181
301 Costa_Rica 13327 A 181 181
302 Costa_Rica 13328 A 181 181
303 Costa_Rica 13329 C 181 181
304 Costa_Rica 13330 T 181 181
305 Costa_Rica 13331 T 181 181
306 Costa_Rica 13332 G 181 181
307 Costa_Rica 13333 T 181 181
308 Costa_Rica 13334 G 181 180
309 Costa_Rica 13335 C 181 181
310 Costa_Rica 13336 T 181 181
311 Costa_Rica 13337 A 181 181
312 Costa_Rica 13338 A 181 181
313 Costa_Rica 13339 T 181 181
314 Costa_Rica 13340 G 181 181
315 Costa_Rica 13341 A 181 181
316 Costa_Rica 13342 C 181 180
317 Costa_Rica 13343 C 181 181
318 Costa_Rica 13344 C 181 181
319 Costa_Rica 13345 T 181 181
320 Costa_Rica 13346 G 181 181
321 Costa_Rica 13347 T 181 181
322 Costa_Rica 13348 G 181 181
323 Costa_Rica 13349 G 181 181
324 Costa_Rica 13350 G 181 181
325 Costa_Rica 13351 T 181 181
326 Costa_Rica 13352 T 181 181
327 Costa_Rica 13353 T 181 181
328 Costa_Rica 13354 T 181 181
329 Costa_Rica 13355 A 181 181
330 Costa_Rica 13356 C 181 181
331 Costa_Rica 13357 A 181 181
332 Costa_Rica 13358 C 181 181
333 Costa_Rica 13359 T 181 181
334 Costa_Rica 13360 T 181 181
335 Costa_Rica 13361 A 181 181
336 Costa_Rica 13362 A 181 181
337 Costa_Rica 13363 A 181 181
338 Costa_Rica 13364 A 181 181
339 Costa_Rica 13365 A 181 181
340 Costa_Rica 13366 C 181 181
341 Costa_Rica 13367 A 181 181
342 Costa_Rica 13368 C 181 181
343 Costa_Rica 13369 A 181 181
344 Costa_Rica 13370 G 181 181
345 Costa_Rica 13371 T 181 181
346 Costa_Rica 13372 C 181 181
347 Costa_Rica 13373 T 181 181
348 Costa_Rica 13374 G 181 181
349 Costa_Rica 13375 T 181 181
350 Costa_Rica 13376 A 181 180
351 Costa_Rica 13377 C 181 181
352 Costa_Rica 13378 C 181 181
353 Costa_Rica 13379 G 181 180
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355 Costa_Rica 13381 C 181 181
356 Costa_Rica 13382 T 181 180
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359 Costa_Rica 13385 G 181 181
360 Costa_Rica 13386 G 181 181
361 Costa_Rica 13387 T 181 181
362 Costa_Rica 13388 A 181 181
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369 Costa_Rica 13395 A 181 181
370 Costa_Rica 13396 A 181 181
371 Costa_Rica 13397 G 181 181
372 Costa_Rica 13398 G 181 181
373 Costa_Rica 13399 T 181 181
374 Costa_Rica 13400 T 181 181
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376 Costa_Rica 13402 T 164 164
377 Costa_Rica 13403 G 164 164
378 Costa_Rica 13404 G 164 164
379 Costa_Rica 13405 C 164 164
380 Costa_Rica 13406 T 164 164
381 Costa_Rica 13407 G 164 164
382 Costa_Rica 13408 T 164 164
383 Costa_Rica 13409 A 164 164
384 Costa_Rica 13410 G 164 164
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386 Costa_Rica 13412 T 164 164
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391 Costa_Rica 13417 T 164 164
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394 Costa_Rica 13420 A 164 164
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400 Costa_Rica 13426 C 164 164
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