National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
-   416                                        
?                                            
A   38                                        
C   39   1                                    
D   21                       1                
E   12                 1                      
F   15                                        
G   39                                        
H   9                                        
I   12               1                        
K   24                                        
L   24                   1                    
M   12                                        
N   21                               1        
P   24                                        
Q   18                                        
R   6                                        
S   18                               1        
T   39               1                        
V   27                                        
W   3                                        
Y   15                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Colombia 13026 C 286 286
1 Colombia 13027 T 286 286
2 Colombia 13028 G 286 286
3 Colombia 13029 G 286 286
4 Colombia 13030 T 288 288
5 Colombia 13031 A 288 288
6 Colombia 13032 A 288 288
7 Colombia 13033 T 288 288
8 Colombia 13034 G 288 288
9 Colombia 13035 C 288 288
10 Colombia 13036 A 288 288
11 Colombia 13037 A 288 288
12 Colombia 13038 C 288 288
13 Colombia 13039 A 288 288
14 Colombia 13040 G 288 288
15 Colombia 13041 A 288 288
16 Colombia 13042 A 288 288
17 Colombia 13043 G 288 288
18 Colombia 13044 T 288 288
19 Colombia 13045 G 288 288
20 Colombia 13046 C 288 288
21 Colombia 13047 C 288 288
22 Colombia 13048 T 288 288
23 Colombia 13049 G 288 288
24 Colombia 13050 C 288 288
25 Colombia 13051 C 288 288
26 Colombia 13052 A 288 288
27 Colombia 13053 A 288 288
28 Colombia 13054 T 288 288
29 Colombia 13055 T 288 288
30 Colombia 13056 C 288 288
31 Colombia 13057 A 288 288
32 Colombia 13058 A 288 288
33 Colombia 13059 C 288 288
34 Colombia 13060 T 288 288
35 Colombia 13061 G 288 288
36 Colombia 13062 T 288 288
37 Colombia 13063 A 288 288
38 Colombia 13064 T 288 288
39 Colombia 13065 T 288 288
40 Colombia 13066 A 288 288
41 Colombia 13067 T 288 288
42 Colombia 13068 C 288 288
43 Colombia 13069 T 288 288
44 Colombia 13070 T 288 288
45 Colombia 13071 T 288 288
46 Colombia 13072 C 288 288
47 Colombia 13073 T 288 288
48 Colombia 13074 G 288 288
49 Colombia 13075 T 286 286
50 Colombia 13076 G 286 286
51 Colombia 13077 C 286 282
52 Colombia 13078 T 286 286
53 Colombia 13079 T 286 286
54 Colombia 13080 T 286 286
55 Colombia 13081 T 286 286
56 Colombia 13082 G 286 286
57 Colombia 13083 C 286 286
58 Colombia 13084 T 286 286
59 Colombia 13085 G 286 286
60 Colombia 13086 T 286 286
61 Colombia 13087 A 286 286
62 Colombia 13088 G 286 286
63 Colombia 13089 A 286 286
64 Colombia 13090 T 286 286
65 Colombia 13091 G 286 286
66 Colombia 13092 C 286 286
67 Colombia 13093 T 286 286
68 Colombia 13094 G 286 286
69 Colombia 13095 C 286 286
70 Colombia 13096 T 286 286
71 Colombia 13097 A 286 286
72 Colombia 13098 A 286 286
73 Colombia 13099 A 286 286
74 Colombia 13100 G 286 286
75 Colombia 13101 C 286 286
76 Colombia 13102 T 286 286
77 Colombia 13103 T 286 286
78 Colombia 13104 A 286 286
79 Colombia 13105 C 286 286
80 Colombia 13106 A 286 286
81 Colombia 13107 A 286 286
82 Colombia 13108 A 286 286
83 Colombia 13109 G 286 286
84 Colombia 13110 A 286 286
85 Colombia 13111 T 286 286
86 Colombia 13112 T 286 286
87 Colombia 13113 A 286 286
88 Colombia 13114 T 286 286
89 Colombia 13115 C T 286 285 Leu4284Leu
90 Colombia 13116 T 286 286
91 Colombia 13117 A 286 286
92 Colombia 13118 G 286 286
93 Colombia 13119 C 286 286
94 Colombia 13120 T 286 286
95 Colombia 13121 A 286 286
96 Colombia 13122 G 286 286
97 Colombia 13123 T 286 286
98 Colombia 13124 G 286 286
99 Colombia 13125 G 286 286
100 Colombia 13126 G 286 286
101 Colombia 13127 G 286 286
102 Colombia 13128 G 286 286
103 Colombia 13129 A 286 286
104 Colombia 13130 C 286 286
105 Colombia 13131 A 286 286
106 Colombia 13132 A 286 286
107 Colombia 13133 C 286 286
108 Colombia 13134 C 286 286
109 Colombia 13135 A 286 286
110 Colombia 13136 A 286 286
111 Colombia 13137 T 286 286
112 Colombia 13138 C 286 286
113 Colombia 13139 A 286 286
114 Colombia 13140 C 286 286
115 Colombia 13141 T 286 286
116 Colombia 13142 A 286 286
117 Colombia 13143 A G 286 285 Asn4293Ser
118 Colombia 13144 T 286 286
119 Colombia 13145 T 286 286
120 Colombia 13146 G 286 286
121 Colombia 13147 T 286 286
122 Colombia 13148 G 286 286
123 Colombia 13149 T 286 286
124 Colombia 13150 T 286 286
125 Colombia 13151 A 286 286
126 Colombia 13152 A 286 286
127 Colombia 13153 G 286 286
128 Colombia 13154 A 286 286
129 Colombia 13155 T 286 286
130 Colombia 13156 G 286 286
131 Colombia 13157 T 286 286
132 Colombia 13158 T 286 286
133 Colombia 13159 G 286 286
134 Colombia 13160 T 286 286
135 Colombia 13161 G 286 286
136 Colombia 13162 T 286 286
137 Colombia 13163 A 286 286
138 Colombia 13164 C 286 286
139 Colombia 13165 A 286 286
140 Colombia 13166 C 286 286
141 Colombia 13167 A 286 286
142 Colombia 13168 C 286 286
143 Colombia 13169 A 286 286
144 Colombia 13170 C 286 286
145 Colombia 13171 T 286 286
146 Colombia 13172 G 286 286
147 Colombia 13173 G 286 286
148 Colombia 13174 T 286 286
149 Colombia 13175 A 286 286
150 Colombia 13176 C 286 286
151 Colombia 13177 T 286 286
152 Colombia 13178 G 286 286
153 Colombia 13179 G 286 286
154 Colombia 13180 T 286 286
155 Colombia 13181 C 286 286
156 Colombia 13182 A 286 286
157 Colombia 13183 G 286 286
158 Colombia 13184 G 286 286
159 Colombia 13185 C 286 286
160 Colombia 13186 A 286 286
161 Colombia 13187 A 286 286
162 Colombia 13188 T 286 286
163 Colombia 13189 A T 286 285 Ile4308Ile
164 Colombia 13190 A 286 286
165 Colombia 13191 C 286 286
166 Colombia 13192 A 286 286
167 Colombia 13193 G 286 286
168 Colombia 13194 T 286 286
169 Colombia 13195 T 286 286
170 Colombia 13196 A 286 286
171 Colombia 13197 C 286 286
172 Colombia 13198 A 286 286
173 Colombia 13199 C 286 286
174 Colombia 13200 C 286 286
175 Colombia 13201 G 286 286
176 Colombia 13202 G 286 286
177 Colombia 13203 A 286 286
178 Colombia 13204 A 286 286
179 Colombia 13205 G 286 286
180 Colombia 13206 C 286 286
181 Colombia 13207 C 286 286
182 Colombia 13208 A 286 286
183 Colombia 13209 A 286 286
184 Colombia 13210 T 286 286
185 Colombia 13211 A 286 286
186 Colombia 13212 T 286 286
187 Colombia 13213 G 286 286
188 Colombia 13214 G 286 286
189 Colombia 13215 A 286 286
190 Colombia 13216 T 286 286
191 Colombia 13217 C 286 286
192 Colombia 13218 A 286 286
193 Colombia 13219 A 286 286
194 Colombia 13220 G A 286 285 Glu4319Lys
195 Colombia 13221 A 286 286
196 Colombia 13222 A 286 286
197 Colombia 13223 T 286 286
198 Colombia 13224 C 286 286
199 Colombia 13225 C 286 286
200 Colombia 13226 T 286 286
201 Colombia 13227 T 286 286
202 Colombia 13228 T 286 286
203 Colombia 13229 G 286 286
204 Colombia 13230 G 286 286
205 Colombia 13231 T 286 286
206 Colombia 13232 G 286 286
207 Colombia 13233 G 286 286
208 Colombia 13234 T 286 286
209 Colombia 13235 G 286 286
210 Colombia 13236 C 286 286
211 Colombia 13237 A 286 286
212 Colombia 13238 T 286 286
213 Colombia 13239 C 286 286
214 Colombia 13240 G A 286 285 Ser4325Ser
215 Colombia 13241 T 286 286
216 Colombia 13242 G 286 286
217 Colombia 13243 T 286 286
218 Colombia 13244 T 286 286
219 Colombia 13245 G 286 286
220 Colombia 13246 T 286 286
221 Colombia 13247 C 286 286
222 Colombia 13248 T 286 286
223 Colombia 13249 G 286 286
224 Colombia 13250 T 286 286
225 Colombia 13251 A 286 286
226 Colombia 13252 C 286 286
227 Colombia 13253 T 286 286
228 Colombia 13254 G 286 286
229 Colombia 13255 C 286 286
230 Colombia 13256 C 285 285
231 Colombia 13257 G 285 285
232 Colombia 13258 T 285 285
233 Colombia 13259 T 285 285
234 Colombia 13260 G 285 285
235 Colombia 13261 C 285 285
236 Colombia 13262 C 285 285
237 Colombia 13263 A 285 285
238 Colombia 13264 C 285 285
239 Colombia 13265 A 285 285
240 Colombia 13266 T 285 285
241 Colombia 13267 A 285 285
242 Colombia 13268 G A 285 284 Asp4335Asn
243 Colombia 13269 A 285 285
244 Colombia 13270 T 285 285
245 Colombia 13271 C 285 285
246 Colombia 13272 A 285 285
247 Colombia 13273 T 285 285
248 Colombia 13274 C 285 285
249 Colombia 13275 C 285 285
250 Colombia 13276 A 285 285
251 Colombia 13277 A 285 285
252 Colombia 13278 A 285 285
253 Colombia 13279 T 285 285
254 Colombia 13280 C 285 285
255 Colombia 13281 C 285 285
256 Colombia 13282 T 285 285
257 Colombia 13283 A 285 285
258 Colombia 13284 A 285 285
259 Colombia 13285 A 285 285
260 Colombia 13286 G 285 285
261 Colombia 13287 G 285 285
262 Colombia 13288 A 284 284
263 Colombia 13289 T 284 284
264 Colombia 13290 T 284 284
265 Colombia 13291 T 284 284
266 Colombia 13292 T 284 284
267 Colombia 13293 G 284 284
268 Colombia 13294 T 284 284
269 Colombia 13295 G 284 284
270 Colombia 13296 A 284 284
271 Colombia 13297 C 284 284
272 Colombia 13298 T 284 284
273 Colombia 13299 T 284 283
274 Colombia 13300 A 284 284
275 Colombia 13301 A 284 284
276 Colombia 13302 A 284 284
277 Colombia 13303 A 284 284
278 Colombia 13304 G 284 284
279 Colombia 13305 G 284 284
280 Colombia 13306 T 284 284
281 Colombia 13307 A 284 284
282 Colombia 13308 A 284 284
283 Colombia 13309 G 284 284
284 Colombia 13310 T 284 284
285 Colombia 13311 A 284 284
286 Colombia 13312 T 284 284
287 Colombia 13313 G 284 284
288 Colombia 13314 T 284 284
289 Colombia 13315 A 284 284
290 Colombia 13316 C 284 284
291 Colombia 13317 A 284 284
292 Colombia 13318 A 284 284
293 Colombia 13319 A 284 284
294 Colombia 13320 T 284 284
295 Colombia 13321 A 284 284
296 Colombia 13322 C 284 284
297 Colombia 13323 C 284 284
298 Colombia 13324 T 284 284
299 Colombia 13325 A 284 284
300 Colombia 13326 C 284 284
301 Colombia 13327 A 284 284
302 Colombia 13328 A 284 284
303 Colombia 13329 C 284 284
304 Colombia 13330 T 284 284
305 Colombia 13331 T 284 284
306 Colombia 13332 G 284 284
307 Colombia 13333 T 284 284
308 Colombia 13334 G 284 284
309 Colombia 13335 C 284 284
310 Colombia 13336 T 284 284
311 Colombia 13337 A 284 284
312 Colombia 13338 A 284 284
313 Colombia 13339 T 284 284
314 Colombia 13340 G 284 284
315 Colombia 13341 A 284 284
316 Colombia 13342 C 284 284
317 Colombia 13343 C 284 284
318 Colombia 13344 C 284 284
319 Colombia 13345 T 284 284
320 Colombia 13346 G 284 284
321 Colombia 13347 T 284 284
322 Colombia 13348 G 284 284
323 Colombia 13349 G 284 284
324 Colombia 13350 G 284 284
325 Colombia 13351 T 284 284
326 Colombia 13352 T 284 284
327 Colombia 13353 T 284 284
328 Colombia 13354 T 284 284
329 Colombia 13355 A 284 284
330 Colombia 13356 C T 284 283 Thr4364Ile
331 Colombia 13357 A 284 284
332 Colombia 13358 C 284 284
333 Colombia 13359 T 284 284
334 Colombia 13360 T 284 284
335 Colombia 13361 A 284 284
336 Colombia 13362 A 284 284
337 Colombia 13363 A 284 284
338 Colombia 13364 A 228 228
339 Colombia 13365 A 228 228
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