National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
-   416                                        
?                                            
A   38                                        
C   39   2                                    
D   21                                        
E   12                                        
F   15                                        
G   39                                        
H   9             1                          
I   12                                        
K   24                                        
L   24                   2                    
M   12                                        
N   21                                        
P   24                         2              
Q   18                                        
R   6                                        
S   18                                        
T   39               2         1              
V   27               1   1                    
W   3                                        
Y   15                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Argentina 13026 C 661 661
1 Argentina 13027 T 661 661
2 Argentina 13028 G 661 661
3 Argentina 13029 G 661 661
4 Argentina 13030 T 661 661
5 Argentina 13031 A 661 661
6 Argentina 13032 A 661 661
7 Argentina 13033 T 661 661
8 Argentina 13034 G 661 661
9 Argentina 13035 C 661 661
10 Argentina 13036 A 661 661
11 Argentina 13037 A 661 661
12 Argentina 13038 C 661 661
13 Argentina 13039 A 661 661
14 Argentina 13040 G 661 661
15 Argentina 13041 A 661 661
16 Argentina 13042 A 661 661
17 Argentina 13043 G T 661 660 Val4260Leu
18 Argentina 13044 T 661 661
19 Argentina 13045 G 661 661
20 Argentina 13046 C 661 661
21 Argentina 13047 C 661 661
22 Argentina 13048 T 661 661
23 Argentina 13049 G 661 661
24 Argentina 13050 C 661 661
25 Argentina 13051 C 661 661
26 Argentina 13052 A 661 661
27 Argentina 13053 A 661 661
28 Argentina 13054 T 661 661
29 Argentina 13055 T 661 661
30 Argentina 13056 C 661 661
31 Argentina 13057 A 661 661
32 Argentina 13058 A 661 661
33 Argentina 13059 C T 661 660 Thr4265Ile
34 Argentina 13060 T 661 661
35 Argentina 13061 G 661 661
36 Argentina 13062 T 661 661
37 Argentina 13063 A 661 661
38 Argentina 13064 T 661 661
39 Argentina 13065 T 661 661
40 Argentina 13066 A 661 661
41 Argentina 13067 T 661 661
42 Argentina 13068 C 661 661
43 Argentina 13069 T 661 661
44 Argentina 13070 T 661 661
45 Argentina 13071 T 661 661
46 Argentina 13072 C 661 661
47 Argentina 13073 T 661 661
48 Argentina 13074 G 661 661
49 Argentina 13075 T 661 661
50 Argentina 13076 G 661 661
51 Argentina 13077 C 661 661
52 Argentina 13078 T 661 661
53 Argentina 13079 T 661 661
54 Argentina 13080 T 661 661
55 Argentina 13081 T 661 661
56 Argentina 13082 G 661 661
57 Argentina 13083 C 661 661
58 Argentina 13084 T 661 661
59 Argentina 13085 G 661 661
60 Argentina 13086 T 661 661
61 Argentina 13087 A 661 661
62 Argentina 13088 G 661 661
63 Argentina 13089 A 661 661
64 Argentina 13090 T 661 661
65 Argentina 13091 G 661 661
66 Argentina 13092 C 661 661
67 Argentina 13093 T 661 661
68 Argentina 13094 G 661 661
69 Argentina 13095 C 661 661
70 Argentina 13096 T 661 661
71 Argentina 13097 A 661 661
72 Argentina 13098 A 661 661
73 Argentina 13099 A 661 661
74 Argentina 13100 G 661 661
75 Argentina 13101 C 661 661
76 Argentina 13102 T 661 661
77 Argentina 13103 T 661 661
78 Argentina 13104 A 661 661
79 Argentina 13105 C 661 661
80 Argentina 13106 A 661 661
81 Argentina 13107 A 661 661
82 Argentina 13108 A 661 661
83 Argentina 13109 G 661 661
84 Argentina 13110 A 661 661
85 Argentina 13111 T 661 660
86 Argentina 13112 T 661 660
87 Argentina 13113 A 661 660
88 Argentina 13114 T 661 660
89 Argentina 13115 C T 661 658 Leu4284Leu
90 Argentina 13116 T 661 660
91 Argentina 13117 A 661 660
92 Argentina 13118 G 661 660
93 Argentina 13119 C 661 660
94 Argentina 13120 T 661 660
95 Argentina 13121 A 661 660
96 Argentina 13122 G 661 660
97 Argentina 13123 T 661 660
98 Argentina 13124 G 661 660
99 Argentina 13125 G 661 660
100 Argentina 13126 G 661 660
101 Argentina 13127 G 661 660
102 Argentina 13128 G 661 660
103 Argentina 13129 A 661 660
104 Argentina 13130 C 661 660
105 Argentina 13131 A 661 660
106 Argentina 13132 A 661 660
107 Argentina 13133 C 661 660
108 Argentina 13134 C 661 660
109 Argentina 13135 A 661 660
110 Argentina 13136 A 661 660
111 Argentina 13137 T 661 660
112 Argentina 13138 C 661 660
113 Argentina 13139 A 661 660
114 Argentina 13140 C 661 660
115 Argentina 13141 T 661 660
116 Argentina 13142 A 661 660
117 Argentina 13143 A 661 660
118 Argentina 13144 T 661 660
119 Argentina 13145 T 661 660
120 Argentina 13146 G 661 660
121 Argentina 13147 T 661 661
122 Argentina 13148 G 661 661
123 Argentina 13149 T 661 661
124 Argentina 13150 T 661 661
125 Argentina 13151 A 661 661
126 Argentina 13152 A 661 661
127 Argentina 13153 G 661 661
128 Argentina 13154 A 661 661
129 Argentina 13155 T 661 661
130 Argentina 13156 G 661 661
131 Argentina 13157 T 661 661
132 Argentina 13158 T 661 661
133 Argentina 13159 G 661 661
134 Argentina 13160 T 661 661
135 Argentina 13161 G 661 661
136 Argentina 13162 T C 661 660 Cys4299Cys
137 Argentina 13163 A 661 661
138 Argentina 13164 C 661 661
139 Argentina 13165 A 661 661
140 Argentina 13166 C 661 661
141 Argentina 13167 A 661 661
142 Argentina 13168 C T 661 660 His4301His
143 Argentina 13169 A 661 661
144 Argentina 13170 C 661 661
145 Argentina 13171 T 661 661
146 Argentina 13172 G 661 661
147 Argentina 13173 G 661 661
148 Argentina 13174 T 661 661
149 Argentina 13175 A 661 661
150 Argentina 13176 C 661 661
151 Argentina 13177 T 661 661
152 Argentina 13178 G 661 661
153 Argentina 13179 G 661 661
154 Argentina 13180 T 661 661
155 Argentina 13181 C 661 661
156 Argentina 13182 A 661 661
157 Argentina 13183 G 661 660
158 Argentina 13184 G 661 660
159 Argentina 13185 C 661 660
160 Argentina 13186 A 661 660
161 Argentina 13187 A 661 660
162 Argentina 13188 T 661 660
163 Argentina 13189 A 661 660
164 Argentina 13190 A 661 660
165 Argentina 13191 C 661 660
166 Argentina 13192 A 661 660
167 Argentina 13193 G 661 660
168 Argentina 13194 T 661 660
169 Argentina 13195 T 661 660
170 Argentina 13196 A 661 660
171 Argentina 13197 C 661 660
172 Argentina 13198 A 661 660
173 Argentina 13199 C 661 660
174 Argentina 13200 C 661 660
175 Argentina 13201 G A,T 661 655 Pro4312Pro-p.Pro4312Pro
176 Argentina 13202 G 661 660
177 Argentina 13203 A 661 660
178 Argentina 13204 A 661 660
179 Argentina 13205 G 661 660
180 Argentina 13206 C 661 660
181 Argentina 13207 C 661 660
182 Argentina 13208 A 661 660
183 Argentina 13209 A 661 660
184 Argentina 13210 T 661 660
185 Argentina 13211 A 661 660
186 Argentina 13212 T 661 660
187 Argentina 13213 G 661 660
188 Argentina 13214 G 661 660
189 Argentina 13215 A 661 660
190 Argentina 13216 T 661 660
191 Argentina 13217 C 661 660
192 Argentina 13218 A 661 660
193 Argentina 13219 A 661 660
194 Argentina 13220 G 661 660
195 Argentina 13221 A 661 660
196 Argentina 13222 A 661 660
197 Argentina 13223 T 661 660
198 Argentina 13224 C 661 660
199 Argentina 13225 C 661 660
200 Argentina 13226 T 661 660
201 Argentina 13227 T 661 661
202 Argentina 13228 T 661 661
203 Argentina 13229 G 661 661
204 Argentina 13230 G 661 661
205 Argentina 13231 T 661 661
206 Argentina 13232 G 661 661
207 Argentina 13233 G 661 661
208 Argentina 13234 T 661 661
209 Argentina 13235 G 661 661
210 Argentina 13236 C 661 661
211 Argentina 13237 A 661 661
212 Argentina 13238 T 661 661
213 Argentina 13239 C 661 661
214 Argentina 13240 G 661 661
215 Argentina 13241 T 661 661
216 Argentina 13242 G 661 661
217 Argentina 13243 T 661 661
218 Argentina 13244 T 661 661
219 Argentina 13245 G 661 661
220 Argentina 13246 T 661 661
221 Argentina 13247 C T 661 660 Leu4328Leu
222 Argentina 13248 T 661 661
223 Argentina 13249 G 661 661
224 Argentina 13250 T 661 661
225 Argentina 13251 A 661 661
226 Argentina 13252 C 661 661
227 Argentina 13253 T 661 661
228 Argentina 13254 G 661 661
229 Argentina 13255 C 661 661
230 Argentina 13256 C 661 661
231 Argentina 13257 G 661 661
232 Argentina 13258 T 661 661
233 Argentina 13259 T 661 661
234 Argentina 13260 G 661 661
235 Argentina 13261 C 661 661
236 Argentina 13262 C 661 661
237 Argentina 13263 A 661 661
238 Argentina 13264 C 661 661
239 Argentina 13265 A 661 661
240 Argentina 13266 T 661 661
241 Argentina 13267 A 661 661
242 Argentina 13268 G 661 661
243 Argentina 13269 A 661 661
244 Argentina 13270 T 661 661
245 Argentina 13271 C 661 661
246 Argentina 13272 A 661 661
247 Argentina 13273 T 661 661
248 Argentina 13274 C 661 661
249 Argentina 13275 C 661 661
250 Argentina 13276 A 661 661
251 Argentina 13277 A 661 661
252 Argentina 13278 A 661 661
253 Argentina 13279 T 661 661
254 Argentina 13280 C 661 661
255 Argentina 13281 C 661 661
256 Argentina 13282 T 661 661
257 Argentina 13283 A 661 661
258 Argentina 13284 A 661 661
259 Argentina 13285 A 661 661
260 Argentina 13286 G 661 661
261 Argentina 13287 G 661 661
262 Argentina 13288 A 661 661
263 Argentina 13289 T 661 661
264 Argentina 13290 T 661 661
265 Argentina 13291 T 661 661
266 Argentina 13292 T 661 661
267 Argentina 13293 G 661 661
268 Argentina 13294 T 661 661
269 Argentina 13295 G 661 661
270 Argentina 13296 A 661 661
271 Argentina 13297 C 661 661
272 Argentina 13298 T 661 661
273 Argentina 13299 T 661 661
274 Argentina 13300 A 661 661
275 Argentina 13301 A 661 661
276 Argentina 13302 A 661 661
277 Argentina 13303 A 661 661
278 Argentina 13304 G 661 661
279 Argentina 13305 G 661 661
280 Argentina 13306 T 661 661
281 Argentina 13307 A 661 661
282 Argentina 13308 A 661 661
283 Argentina 13309 G 661 661
284 Argentina 13310 T 661 661
285 Argentina 13311 A 661 661
286 Argentina 13312 T 661 661
287 Argentina 13313 G 661 661
288 Argentina 13314 T 661 661
289 Argentina 13315 A 661 661
290 Argentina 13316 C 661 661
291 Argentina 13317 A 661 661
292 Argentina 13318 A 661 661
293 Argentina 13319 A 661 661
294 Argentina 13320 T 661 661
295 Argentina 13321 A 661 661
296 Argentina 13322 C 661 661
297 Argentina 13323 C 661 661
298 Argentina 13324 T 661 661
299 Argentina 13325 A 661 661
300 Argentina 13326 C 661 661
301 Argentina 13327 A 661 661
302 Argentina 13328 A C 661 660 Thr4355Pro
303 Argentina 13329 C T 661 659 Thr4355Ile
304 Argentina 13330 T 661 661
305 Argentina 13331 T 661 661
306 Argentina 13332 G 661 661
307 Argentina 13333 T 661 661
308 Argentina 13334 G 661 661
309 Argentina 13335 C 661 661
310 Argentina 13336 T 661 661
311 Argentina 13337 A 661 661
312 Argentina 13338 A 661 661
313 Argentina 13339 T 661 661
314 Argentina 13340 G 661 661
315 Argentina 13341 A 661 661
316 Argentina 13342 C 661 661
317 Argentina 13343 C 661 661
318 Argentina 13344 C 661 661
319 Argentina 13345 T 661 661
320 Argentina 13346 G 661 661
321 Argentina 13347 T 661 661
322 Argentina 13348 G 661 661
323 Argentina 13349 G 660 660
324 Argentina 13350 G 660 660
325 Argentina 13351 T 660 660
326 Argentina 13352 T 660 660
327 Argentina 13353 T 660 660
328 Argentina 13354 T 660 660
329 Argentina 13355 A 660 660
330 Argentina 13356 C 661 661
331 Argentina 13357 A 661 661
332 Argentina 13358 C 661 661
333 Argentina 13359 T 661 661
334 Argentina 13360 T 661 661
335 Argentina 13361 A 661 661
336 Argentina 13362 A 661 661
337 Argentina 13363 A 661 661
338 Argentina 13364 A 661 661
339 Argentina 13365 A 661 661
340 Argentina 13366 C 661 661
341 Argentina 13367 A 661 661
342 Argentina 13368 C 661 661
343 Argentina 13369 A 661 661
344 Argentina 13370 G A 661 660 Val4369Ile
345 Argentina 13371 T 661 661
346 Argentina 13372 C 661 661
347 Argentina 13373 T 661 661
348 Argentina 13374 G 660 660
349 Argentina 13375 T 660 659
350 Argentina 13376 A 659 659
351 Argentina 13377 C 659 659
352 Argentina 13378 C 659 658
353 Argentina 13379 G 659 659
354 Argentina 13380 T 658 658
355 Argentina 13381 C 658 658
356 Argentina 13382 T 658 658
357 Argentina 13383 G 658 658
358 Argentina 13384 C T 658 654 Cys4373Cys
359 Argentina 13385 G 657 657
360 Argentina 13386 G 657 657
361 Argentina 13387 T 657 657
362 Argentina 13388 A 657 657
363 Argentina 13389 T 657 657
364 Argentina 13390 G 657 657
365 Argentina 13391 T 657 657
366 Argentina 13392 G 657 657
367 Argentina 13393 G 657 657
368 Argentina 13394 A 657 657
369 Argentina 13395 A 657 657
370 Argentina 13396 A 657 657
371 Argentina 13397 G 657 657
372 Argentina 13398 G 657 657
373 Argentina 13399 T 657 657
374 Argentina 13400 T 657 657
375 Argentina 13401 A 657 657
376 Argentina 13402 T 657 657
377 Argentina 13403 G 657 657
378 Argentina 13404 G 657 657
379 Argentina 13405 C 657 657
380 Argentina 13406 T 657 657
381 Argentina 13407 G 656 656
382 Argentina 13408 T 656 656
383 Argentina 13409 A 656 656
384 Argentina 13410 G 656 656
385 Argentina 13411 T 656 656
386 Argentina 13412 T 656 656
387 Argentina 13413 G 656 656
388 Argentina 13414 T 656 656
389 Argentina 13415 G 656 656
390 Argentina 13416 A 656 656
391 Argentina 13417 T 656 656
392 Argentina 13418 C 656 656
393 Argentina 13419 A 656 656
394 Argentina 13420 A 656 656
395 Argentina 13421 C 656 656
396 Argentina 13422 T 656 656
397 Argentina 13423 C 656 656
398 Argentina 13424 C 656 656
399 Argentina 13425 G 656 655
400 Argentina 13426 C 656 655
401 Argentina 13427 G 656 656
402 Argentina 13428 A 656 656
403 Argentina 13429 A 656 656
404 Argentina 13430 C 656 656
405 Argentina 13431 C 656 656
406 Argentina 13432 C 656 656
407 Argentina 13433 A 656 656
408 Argentina 13434 T 656 656
409 Argentina 13435 G 656 656
410 Argentina 13436 C 656 656
411 Argentina 13437 T 656 656
412 Argentina 13438 T 656 656
413 Argentina 13439 C 656 656
414 Argentina 13440 A 656 656
415 Argentina 13441 G 656 656