National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
-   540                                        
?                                            
A   21                                        
C   3                                        
D   27                       1                
E   54     1 1                   1            
F   15                                        
G   66                                        
H   21                                        
I   9                                        
K   27                                        
L   63                   1                    
M   9                                        
N   18                                        
P   24                                        
Q   21                           1            
R   30                                        
S   30                       1                
T   21                       1                
V   63               1                   1    
W   3                                        
Y   15                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Uganda 266 A 133 133
1 Uganda 267 T 133 133
2 Uganda 268 G 133 133
3 Uganda 269 G 133 133
4 Uganda 270 A 133 133
5 Uganda 271 G 133 133
6 Uganda 272 A 133 133
7 Uganda 273 G 133 133
8 Uganda 274 C 133 133
9 Uganda 275 C 133 133
10 Uganda 276 T 133 133
11 Uganda 277 T 133 133
12 Uganda 278 G 133 133
13 Uganda 279 T 133 133
14 Uganda 280 C 133 133
15 Uganda 281 C 133 133
16 Uganda 282 C 133 133
17 Uganda 283 T 133 133
18 Uganda 284 G 133 133
19 Uganda 285 G 133 133
20 Uganda 286 T 133 133
21 Uganda 287 T 133 133
22 Uganda 288 T 133 133
23 Uganda 289 C 133 133
24 Uganda 290 A 133 133
25 Uganda 291 A 133 133
26 Uganda 292 C 133 133
27 Uganda 293 G 133 133
28 Uganda 294 A 133 133
29 Uganda 295 G 133 133
30 Uganda 296 A 133 133
31 Uganda 297 A 133 133
32 Uganda 298 A 133 133
33 Uganda 299 A 133 132
34 Uganda 300 C 133 133
35 Uganda 301 A 133 133
36 Uganda 302 C 133 133
37 Uganda 303 A 133 133
38 Uganda 304 C 133 133
39 Uganda 305 G 133 133
40 Uganda 306 T 133 133
41 Uganda 307 C 133 133
42 Uganda 308 C 133 133
43 Uganda 309 A 133 133
44 Uganda 310 A 133 133
45 Uganda 311 C 133 133
46 Uganda 312 T 133 133
47 Uganda 313 C 133 133
48 Uganda 314 A 133 133
49 Uganda 315 G 133 133
50 Uganda 316 T 133 133
51 Uganda 317 T 133 133
52 Uganda 318 T 133 133
53 Uganda 319 G 133 133
54 Uganda 320 C 133 133
55 Uganda 321 C 133 133
56 Uganda 322 T 133 133
57 Uganda 323 G 133 133
58 Uganda 324 T 133 133
59 Uganda 325 T 133 133
60 Uganda 326 T 133 133
61 Uganda 327 T 133 133
62 Uganda 328 A 133 132
63 Uganda 329 C 133 132
64 Uganda 330 A 133 132
65 Uganda 331 G 133 133
66 Uganda 332 G 133 133
67 Uganda 333 T 133 133
68 Uganda 334 T 133 133
69 Uganda 335 C 133 133
70 Uganda 336 G 133 133
71 Uganda 337 C 133 133
72 Uganda 338 G 133 133
73 Uganda 339 A 133 133
74 Uganda 340 C 133 133
75 Uganda 341 G 133 133
76 Uganda 342 T 133 133
77 Uganda 343 G 133 133
78 Uganda 344 C 133 133
79 Uganda 345 T 133 133
80 Uganda 346 C 133 133
81 Uganda 347 G 133 133
82 Uganda 348 T 133 133
83 Uganda 349 A 133 133
84 Uganda 350 C 133 133
85 Uganda 351 G 133 133
86 Uganda 352 T 133 133
87 Uganda 353 G 133 133
88 Uganda 354 G 133 133
89 Uganda 355 C 133 133
90 Uganda 356 T 133 133
91 Uganda 357 T 133 133
92 Uganda 358 T 133 133
93 Uganda 359 G 133 133
94 Uganda 360 G 133 133
95 Uganda 361 A 133 133
96 Uganda 362 G 133 133
97 Uganda 363 A 133 133
98 Uganda 364 C 133 133
99 Uganda 365 T 133 133
100 Uganda 366 C 133 133
101 Uganda 367 C 133 133
102 Uganda 368 G 133 133
103 Uganda 369 T 133 133
104 Uganda 370 G 133 133
105 Uganda 371 G 133 133
106 Uganda 372 A 133 133
107 Uganda 373 G 133 133
108 Uganda 374 G 133 133
109 Uganda 375 A 133 133
110 Uganda 376 G A,T 133 126 Glu37Asp-p.Glu37Glu
111 Uganda 377 G 133 133
112 Uganda 378 T 133 133
113 Uganda 379 C 133 133
114 Uganda 380 T 133 133
115 Uganda 381 T 133 133
116 Uganda 382 A 133 133
117 Uganda 383 T 133 133
118 Uganda 384 C 133 133
119 Uganda 385 A 133 133
120 Uganda 386 G 133 133
121 Uganda 387 A 133 133
122 Uganda 388 G 133 133
123 Uganda 389 G 133 133
124 Uganda 390 C 133 133
125 Uganda 391 A 133 133
126 Uganda 392 C 133 133
127 Uganda 393 G 133 133
128 Uganda 394 T 133 133
129 Uganda 395 C 133 133
130 Uganda 396 A 133 133
131 Uganda 397 A 133 133
132 Uganda 398 C 133 133
133 Uganda 399 A 133 133
134 Uganda 400 T 133 133
135 Uganda 401 C 133 133
136 Uganda 402 T 133 133
137 Uganda 403 T 133 132
138 Uganda 404 A 133 132
139 Uganda 405 A 133 132
140 Uganda 406 A 133 132
141 Uganda 407 G 133 132
142 Uganda 408 A 133 132
143 Uganda 409 T 133 132
144 Uganda 410 G 133 132
145 Uganda 411 G 133 132
146 Uganda 412 C 133 132
147 Uganda 413 A 133 132
148 Uganda 414 C A 133 130 Thr50Asn
149 Uganda 415 T 133 132
150 Uganda 416 T 133 132
151 Uganda 417 G 133 132
152 Uganda 418 T 133 132
153 Uganda 419 G 133 132
154 Uganda 420 G 133 132
155 Uganda 421 C 133 132
156 Uganda 422 T 133 132
157 Uganda 423 T 133 132
158 Uganda 424 A 133 132
159 Uganda 425 G 133 132
160 Uganda 426 T 133 132
161 Uganda 427 A 133 132
162 Uganda 428 G 133 132
163 Uganda 429 A 133 132
164 Uganda 430 A 133 132
165 Uganda 431 G 133 132
166 Uganda 432 T 133 132
167 Uganda 433 T 133 132
168 Uganda 434 G 133 132
169 Uganda 435 A 133 132
170 Uganda 436 A 133 132
171 Uganda 437 A 133 132
172 Uganda 438 A 133 132
173 Uganda 439 A 133 132
174 Uganda 440 G 133 132
175 Uganda 441 G 133 132
176 Uganda 442 C 133 132
177 Uganda 443 G A 133 126 Val60Ile
178 Uganda 444 T 133 132
179 Uganda 445 T 133 132
180 Uganda 446 T 133 132
181 Uganda 447 T 133 132
182 Uganda 448 G 133 132
183 Uganda 449 C 133 133
184 Uganda 450 C 133 133
185 Uganda 451 T 133 133
186 Uganda 452 C 133 133
187 Uganda 453 A 133 133
188 Uganda 454 A G 133 131 Gln63Gln
189 Uganda 455 C 133 132
190 Uganda 456 T 133 132
191 Uganda 457 T 133 132
192 Uganda 458 G 133 133
193 Uganda 459 A 133 133
194 Uganda 460 A 133 133
195 Uganda 461 C 133 133
196 Uganda 462 A 133 133
197 Uganda 463 G 133 133
198 Uganda 464 C 133 133
199 Uganda 465 C 133 132
200 Uganda 466 C 133 132
201 Uganda 467 T 133 132
202 Uganda 468 A 133 132
203 Uganda 469 T 133 133
204 Uganda 470 G 133 133
205 Uganda 471 T 133 133
206 Uganda 472 G 133 133
207 Uganda 473 T 133 133
208 Uganda 474 T 133 133
209 Uganda 475 C 133 133
210 Uganda 476 A 133 133
211 Uganda 477 T 133 133
212 Uganda 478 C 133 133
213 Uganda 479 A 133 133
214 Uganda 480 A 133 133
215 Uganda 481 A 133 132
216 Uganda 482 C 133 133
217 Uganda 483 G 133 133
218 Uganda 484 T 133 133
219 Uganda 485 T 133 133
220 Uganda 486 C 133 133
221 Uganda 487 G 133 133
222 Uganda 488 G 133 132
223 Uganda 489 A 133 133
224 Uganda 490 T 133 133
225 Uganda 491 G 133 133
226 Uganda 492 C 133 132
227 Uganda 493 T 133 133
228 Uganda 494 C 133 133
229 Uganda 495 G 133 133
230 Uganda 496 A 133 133
231 Uganda 497 A 133 133
232 Uganda 498 C 133 133
233 Uganda 499 T 133 133
234 Uganda 500 G 133 133
235 Uganda 501 C 133 133
236 Uganda 502 A 133 133
237 Uganda 503 C 133 133
238 Uganda 504 C 133 133
239 Uganda 505 T 133 133
240 Uganda 506 C 133 133
241 Uganda 507 A 133 133
242 Uganda 508 T 133 133
243 Uganda 509 G 133 133
244 Uganda 510 G 133 133
245 Uganda 511 T 133 133
246 Uganda 512 C 133 133
247 Uganda 513 A 133 133
248 Uganda 514 T 133 133
249 Uganda 515 G 133 133
250 Uganda 516 T 133 133
251 Uganda 517 T 133 132
252 Uganda 518 A 133 132
253 Uganda 519 T 133 132
254 Uganda 520 G 133 133
255 Uganda 521 G 133 133
256 Uganda 522 T 133 133
257 Uganda 523 T 133 133
258 Uganda 524 G 133 133
259 Uganda 525 A 133 133
260 Uganda 526 G 133 133
261 Uganda 527 C 133 133
262 Uganda 528 T 133 133
263 Uganda 529 G 133 133
264 Uganda 530 G 133 133
265 Uganda 531 T 133 133
266 Uganda 532 A G 133 132 Val89Val
267 Uganda 533 G 133 133
268 Uganda 534 C 133 133
269 Uganda 535 A 133 133
270 Uganda 536 G 133 133
271 Uganda 537 A 133 133
272 Uganda 538 A 133 133
273 Uganda 539 C 133 133
274 Uganda 540 T 133 132
275 Uganda 541 C T 133 132 Leu92Leu
276 Uganda 542 G 133 133
277 Uganda 543 A 133 133
278 Uganda 544 A 133 133
279 Uganda 545 G 133 133
280 Uganda 546 G 133 133
281 Uganda 547 C 133 132
282 Uganda 548 A 133 133
283 Uganda 549 T 133 133
284 Uganda 550 T 133 133
285 Uganda 551 C 133 133
286 Uganda 552 A 133 133
287 Uganda 553 G 133 133
288 Uganda 554 T 133 133
289 Uganda 555 A 133 133
290 Uganda 556 C 133 133
291 Uganda 557 G 133 133
292 Uganda 558 G 133 133
293 Uganda 559 T 133 133
294 Uganda 560 C 133 133
295 Uganda 561 G 133 133
296 Uganda 562 T 133 133
297 Uganda 563 A 133 133
298 Uganda 564 G 133 133
299 Uganda 565 T 133 133
300 Uganda 566 G 133 133
301 Uganda 567 G 133 133
302 Uganda 568 T 133 133
303 Uganda 569 G C 133 132 Glu102Gln
304 Uganda 570 A 133 133
305 Uganda 571 G 133 132
306 Uganda 572 A 133 133
307 Uganda 573 C 133 133
308 Uganda 574 A 133 132
309 Uganda 575 C 133 132
310 Uganda 576 T 133 132
311 Uganda 577 T 133 132
312 Uganda 578 G 133 133
313 Uganda 579 G 133 132
314 Uganda 580 T 133 133
315 Uganda 581 G 133 133
316 Uganda 582 T 133 133
317 Uganda 583 C 133 133
318 Uganda 584 C 133 133
319 Uganda 585 T 133 133
320 Uganda 586 T 133 133
321 Uganda 587 G 133 133
322 Uganda 588 T 133 133
323 Uganda 589 C 133 133
324 Uganda 590 C 133 133
325 Uganda 591 C 133 133
326 Uganda 592 T 133 133
327 Uganda 593 C 133 133
328 Uganda 594 A 133 133
329 Uganda 595 T 133 132
330 Uganda 596 G 133 132
331 Uganda 597 T 133 133
332 Uganda 598 G 133 132
333 Uganda 599 G 133 132
334 Uganda 600 G 133 132
335 Uganda 601 C 133 133
336 Uganda 602 G 133 133
337 Uganda 603 A 133 133
338 Uganda 604 A 133 133
339 Uganda 605 A 133 133
340 Uganda 606 T 133 132
341 Uganda 607 A 133 133
342 Uganda 608 C 133 133
343 Uganda 609 C 133 132
344 Uganda 610 A 133 132
345 Uganda 611 G 133 133
346 Uganda 612 T 133 133
347 Uganda 613 G 133 133
348 Uganda 614 G 133 133
349 Uganda 615 C 133 133
350 Uganda 616 T 133 133
351 Uganda 617 T 133 133
352 Uganda 618 A 133 133
353 Uganda 619 C 133 133
354 Uganda 620 C 133 133
355 Uganda 621 G 133 132
356 Uganda 622 C 133 133
357 Uganda 623 A 133 132
358 Uganda 624 A 133 132
359 Uganda 625 G 133 132
360 Uganda 626 G 133 133
361 Uganda 627 T 133 132
362 Uganda 628 T 133 133
363 Uganda 629 C 133 133
364 Uganda 630 T 133 133
365 Uganda 631 T 133 133
366 Uganda 632 C 133 132
367 Uganda 633 T 133 132
368 Uganda 634 T 133 132
369 Uganda 635 C 133 132
370 Uganda 636 G 133 132
371 Uganda 637 T 133 132
372 Uganda 638 A 133 133
373 Uganda 639 A 133 133
374 Uganda 640 G 133 133
375 Uganda 641 A 133 133
376 Uganda 642 A 133 133
377 Uganda 643 C 133 133
378 Uganda 644 G 133 133
379 Uganda 645 G 133 132
380 Uganda 646 T 133 133
381 Uganda 647 A 133 133
382 Uganda 648 A 133 132
383 Uganda 649 T 133 133
384 Uganda 650 A 133 133
385 Uganda 651 A 133 133
386 Uganda 652 A 133 133
387 Uganda 653 G 133 133
388 Uganda 654 G 133 133
389 Uganda 655 A 133 133
390 Uganda 656 G 133 133
391 Uganda 657 C 133 133
392 Uganda 658 T 133 133
393 Uganda 659 G 133 133
394 Uganda 660 G 133 133
395 Uganda 661 T 133 133
396 Uganda 662 G 133 133
397 Uganda 663 G 133 133
398 Uganda 664 C 133 133
399 Uganda 665 C 133 133
400 Uganda 666 A 133 133
401 Uganda 667 T 133 133
402 Uganda 668 A 133 133
403 Uganda 669 G A 133 132 Ser135Asn
404 Uganda 670 T 133 133
405 Uganda 671 T 133 133
406 Uganda 672 A 133 133
407 Uganda 673 C 133 133
408 Uganda 674 G 133 133
409 Uganda 675 G 133 133
410 Uganda 676 C 133 133
411 Uganda 677 G 133 133
412 Uganda 678 C 133 133
413 Uganda 679 C 133 133
414 Uganda 680 G A 133 132 Asp139Asn
415 Uganda 681 A 133 133
416 Uganda 682 T 133 133
417 Uganda 683 C 133 133
418 Uganda 684 T 133 133
419 Uganda 685 A 133 133
420 Uganda 686 A 133 133
421 Uganda 687 A 133 133
422 Uganda 688 G 133 133
423 Uganda 689 T 133 133
424 Uganda 690 C 133 133
425 Uganda 691 A 133 133
426 Uganda 692 T 133 133
427 Uganda 693 T 133 133
428 Uganda 694 T 133 133
429 Uganda 695 G 133 133
430 Uganda 696 A 133 133
431 Uganda 697 C 133 133
432 Uganda 698 T 133 133
433 Uganda 699 T 133 133
434 Uganda 700 A 133 133
435 Uganda 701 G 133 133
436 Uganda 702 G 133 133
437 Uganda 703 C 133 133
438 Uganda 704 G 133 133
439 Uganda 705 A 133 133
440 Uganda 706 C 133 133
441 Uganda 707 G 133 133
442 Uganda 708 A 133 133
443 Uganda 709 G 133 133
444 Uganda 710 C 133 133
445 Uganda 711 T 133 133
446 Uganda 712 T 133 133
447 Uganda 713 G 133 133
448 Uganda 714 G 133 133
449 Uganda 715 C 133 133
450 Uganda 716 A 133 133
451 Uganda 717 C 133 133
452 Uganda 718 T 133 133
453 Uganda 719 G 133 133
454 Uganda 720 A 133 133
455 Uganda 721 T 133 133
456 Uganda 722 C 133 133
457 Uganda 723 C 133 133
458 Uganda 724 T 133 133
459 Uganda 725 T 133 133
460 Uganda 726 A 133 133
461 Uganda 727 T 133 133
462 Uganda 728 G 133 133
463 Uganda 729 A 133 133
464 Uganda 730 A 133 133
465 Uganda 731 G 133 133
466 Uganda 732 A 133 133
467 Uganda 733 T 133 133
468 Uganda 734 T 133 133
469 Uganda 735 T 133 133
470 Uganda 736 T 133 133
471 Uganda 737 C 133 133
472 Uganda 738 A 133 133
473 Uganda 739 A 133 133
474 Uganda 740 G 133 133
475 Uganda 741 A 133 133
476 Uganda 742 A 133 133
477 Uganda 743 A 133 133
478 Uganda 744 A 133 133
479 Uganda 745 C 133 133
480 Uganda 746 T 133 133
481 Uganda 747 G 133 133
482 Uganda 748 G 133 133
483 Uganda 749 A 133 133
484 Uganda 750 A 133 133
485 Uganda 751 C 133 133
486 Uganda 752 A 133 133
487 Uganda 753 C 133 133
488 Uganda 754 T 133 133
489 Uganda 755 A 133 133
490 Uganda 756 A 133 133
491 Uganda 757 A 133 133
492 Uganda 758 C 133 133
493 Uganda 759 A 133 133
494 Uganda 760 T 133 133
495 Uganda 761 A 133 133
496 Uganda 762 G 133 133
497 Uganda 763 C 133 133
498 Uganda 764 A 133 133
499 Uganda 765 G 133 133
500 Uganda 766 T 133 133
501 Uganda 767 G 133 133
502 Uganda 768 G 133 133
503 Uganda 769 T 133 133
504 Uganda 770 G 133 133
505 Uganda 771 T 133 133
506 Uganda 772 T 133 133
507 Uganda 773 A 133 133
508 Uganda 774 C 133 133
509 Uganda 775 C 133 133
510 Uganda 776 C 133 133
511 Uganda 777 G 133 133
512 Uganda 778 T 133 133
513 Uganda 779 G 133 133
514 Uganda 780 A 133 133
515 Uganda 781 A 133 133
516 Uganda 782 C 133 133
517 Uganda 783 T 133 133
518 Uganda 784 C 133 133
519 Uganda 785 A 133 133
520 Uganda 786 T 133 133
521 Uganda 787 G 133 133
522 Uganda 788 C 133 133
523 Uganda 789 G 133 133
524 Uganda 790 T 133 133
525 Uganda 791 G 133 133
526 Uganda 792 A 133 133
527 Uganda 793 G 133 133
528 Uganda 794 C 133 133
529 Uganda 795 T 133 133
530 Uganda 796 T 133 133
531 Uganda 797 A 133 133
532 Uganda 798 A 133 133
533 Uganda 799 C 133 133
534 Uganda 800 G 133 133
535 Uganda 801 G 133 133
536 Uganda 802 A 133 133
537 Uganda 803 G 133 133
538 Uganda 804 G 133 133
539 Uganda 805 G 133 133