National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
*                                              
-     540                                        
?                                              
A     21                                 2      
C     3                                        
D     27 2     1   1                            
E     54     1 2         2         1       1    
F     15                                        
G     66 3   2     1                 1 1   2    
H     21             2                         1
I     9                                        
K     27                       3                
L     63         2         3     1   1 1        
M     9               1                        
N     18                       2                
P     24                         1     1        
Q     21                           1            
R     30   1               1                    
S     30           1                 1          
T     21                                 1      
V     63         1     1     1             5    
W     3                                        
Y 1   15             1                         3

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 USA 266 A 2888 2888
1 USA 267 T 2890 2890
2 USA 268 G 2892 2892
3 USA 269 G 2892 2892
4 USA 270 A 2892 2892
5 USA 271 G 2894 2893
6 USA 272 A 2895 2895
7 USA 273 G 2900 2900
8 USA 274 C A 2902 2899 Ser3Arg
9 USA 275 C 2903 2901
10 USA 276 T 2903 2902
11 USA 277 T 2904 2904
12 USA 278 G 2905 2904
13 USA 279 T 2905 2905
14 USA 280 C T 2905 2904 Val5Val
15 USA 281 C 2905 2905
16 USA 282 C 2905 2902
17 USA 283 T 2905 2903
18 USA 284 G 2906 2904
19 USA 285 G C 2909 2906 Gly7Ala
20 USA 286 T 2910 2909
21 USA 287 T 2911 2909
22 USA 288 T 2912 2911
23 USA 289 C 2912 2910
24 USA 290 A 2912 2910
25 USA 291 A 2913 2911
26 USA 292 C 2913 2910
27 USA 293 G 2913 2910
28 USA 294 A 2915 2911
29 USA 295 G C 2918 2913 Glu10Asp
30 USA 296 A 2918 2914
31 USA 297 A 2918 2914
32 USA 298 A 2920 2916
33 USA 299 A 2921 2916
34 USA 300 C 2923 2920
35 USA 301 A 2923 2919
36 USA 302 C 2924 2920
37 USA 303 A 2925 2920
38 USA 304 C 2926 2921
39 USA 305 G 2929 2924
40 USA 306 T 2930 2924
41 USA 307 C 2934 2927
42 USA 308 C 2933 2927
43 USA 309 A 2933 2926
44 USA 310 A 2940 2933
45 USA 311 C 2941 2935
46 USA 312 T 2941 2935
47 USA 313 C T 2941 2917 Leu16Leu
48 USA 314 A 2941 2935
49 USA 315 G 2941 2934
50 USA 316 T 2941 2934
51 USA 317 T 2941 2936
52 USA 318 T 2941 2936
53 USA 319 G A 2941 2936 Leu18Leu
54 USA 320 C 2941 2937
55 USA 321 C 2944 2940
56 USA 322 T 2944 2939
57 USA 323 G 2947 2942
58 USA 324 T 2948 2943
59 USA 325 T 2948 2942
60 USA 326 T 2948 2943
61 USA 327 T C 2948 2942 Leu21Ser
62 USA 328 A 2948 2943
63 USA 329 C 2948 2943
64 USA 330 A 2948 2943
65 USA 331 G 2949 2945
66 USA 332 G T 2949 2944 Val23Phe
67 USA 333 T 2949 2944
68 USA 334 T C 2949 2944 Val23Val
69 USA 335 C T 2949 2940 Arg24Cys
70 USA 336 G 2950 2944
71 USA 337 C 2950 2945
72 USA 338 G 2951 2946
73 USA 339 A 2951 2945
74 USA 340 C 2951 2946
75 USA 341 G 2951 2946
76 USA 342 T 2951 2947
77 USA 343 G 2957 2953
78 USA 344 C 2959 2956
79 USA 345 T G 2960 2955 Leu27Arg
80 USA 346 C 2960 2957
81 USA 347 G 2960 2957
82 USA 348 T 2961 2956
83 USA 349 A 2961 2955
84 USA 350 C 2961 2955
85 USA 351 G 2961 2955
86 USA 352 T 2961 2957
87 USA 353 G 2964 2959
88 USA 354 G A 2964 2957 Gly30Asp
89 USA 355 C 2966 2961
90 USA 356 T 2969 2963
91 USA 357 T 2970 2965
92 USA 358 T 2970 2965
93 USA 359 G 2970 2965
94 USA 360 G 2970 2965
95 USA 361 A G 2970 2963 Gly32Gly
96 USA 362 G 2971 2965
97 USA 363 A 2971 2965
98 USA 364 C 2973 2968
99 USA 365 T 2974 2969
100 USA 366 C 2976 2971
101 USA 367 C 2977 2971
102 USA 368 G A 2978 2972 Val35Met
103 USA 369 T 2978 2973
104 USA 370 G 2977 2971
105 USA 371 G 2978 2973
106 USA 372 A 2980 2973
107 USA 373 G A 2980 2971 Glu36Glu
108 USA 374 G 2980 2973
109 USA 375 A 2980 2971
110 USA 376 G 2982 2976
111 USA 377 G 2982 2977
112 USA 378 T 2982 2978
113 USA 379 C A 2984 2936 Val38Val
114 USA 380 T 2984 2981
115 USA 381 T 2985 2983
116 USA 382 A 2986 2984
117 USA 383 T 2986 2984
118 USA 384 C 2986 2984
119 USA 385 A 2986 2981
120 USA 386 G A 2986 2980 Glu41Lys
121 USA 387 A 2986 2979
122 USA 388 G 2986 2979
123 USA 389 G 2986 2981
124 USA 390 C 2986 2980
125 USA 391 A 2986 2980
126 USA 392 C 2988 2983
127 USA 393 G T 2988 2982 Arg43Leu
128 USA 394 T 2988 2984
129 USA 395 C 2989 2985
130 USA 396 A 2991 2987
131 USA 397 A 2991 2987
132 USA 398 C 2991 2986
133 USA 399 A 2994 2990
134 USA 400 T C 2996 2991 His45His
135 USA 401 C 2996 2991
136 USA 402 T C 2996 2990 Leu46Pro
137 USA 403 T G 2996 2991 Leu46Leu
138 USA 404 A 2996 2993
139 USA 405 A 2996 2993
140 USA 406 A T 2997 2992 Lys47Asn
141 USA 407 G 2997 2994
142 USA 408 A 2997 2993
143 USA 409 T 2997 2993
144 USA 410 G 2997 2993
145 USA 411 G A 2997 2992 Gly49Asp
146 USA 412 C 2997 2993
147 USA 413 A 2997 2992
148 USA 414 C 2998 2996
149 USA 415 T 2998 2996
150 USA 416 T 2998 2995
151 USA 417 G 2998 2995
152 USA 418 T 2998 2994
153 USA 419 G 2998 2994
154 USA 420 G 3001 2997
155 USA 421 C 3001 2998
156 USA 422 T 3001 2997
157 USA 423 T 3001 2997
158 USA 424 A 3001 2997
159 USA 425 G 3002 2998
160 USA 426 T 3002 2998
161 USA 427 A 3003 2998
162 USA 428 G A 3003 2998 Glu55Lys
163 USA 429 A 3003 2999
164 USA 430 A 3003 2999
165 USA 431 G 3003 3000
166 USA 432 T 3003 3000
167 USA 433 T 3005 3001
168 USA 434 G 3005 3001
169 USA 435 A 3005 2998
170 USA 436 A 3005 2999
171 USA 437 A 3005 2999
172 USA 438 A 3005 2999
173 USA 439 A 3005 2999
174 USA 440 G 3005 2996
175 USA 441 G 3005 2996
176 USA 442 C 3005 2995
177 USA 443 G A 3005 2994 Val60Ile
178 USA 444 T 3005 2995
179 USA 445 T 3005 2995
180 USA 446 T 3005 2995
181 USA 447 T 3005 2995
182 USA 448 G 3005 2997
183 USA 449 C 3005 2997
184 USA 450 C 3005 2996
185 USA 451 T 3005 2996
186 USA 452 C 3005 2998
187 USA 453 A 3006 3001
188 USA 454 A 3006 3001
189 USA 455 C 3006 3001
190 USA 456 T 3006 3001
191 USA 457 T 3006 3002
192 USA 458 G C 3007 3001 Glu65Gln
193 USA 459 A T 3007 3000 Glu65Val
194 USA 460 A G 3007 3000 Glu65Glu
195 USA 461 C 3007 3001
196 USA 462 A 3007 2999
197 USA 463 G 3009 3004
198 USA 464 C 3010 3005
199 USA 465 C 3010 3005
200 USA 466 C A 3010 3003 Pro67Pro
201 USA 467 T C 3010 3005 Tyr68His
202 USA 468 A 3011 3007
203 USA 469 T A 3011 3006 Tyr68*
204 USA 470 G 3011 3007
205 USA 471 T 3012 3007
206 USA 472 G 3012 3007
207 USA 473 T 3012 3007
208 USA 474 T 3012 3004
209 USA 475 C 3012 3004
210 USA 476 A 3012 3004
211 USA 477 T 3012 3005
212 USA 478 C 3012 3005
213 USA 479 A 3012 3005
214 USA 480 A 3011 3004
215 USA 481 A 3011 3005
216 USA 482 C 3011 3004
217 USA 483 G 3011 3005
218 USA 484 T 3012 3006
219 USA 485 T 3012 3006
220 USA 486 C 3013 3008
221 USA 487 G 3013 3008
222 USA 488 G 3013 3008
223 USA 489 A 3013 3006
224 USA 490 T A 3013 2956 Asp75Glu
225 USA 491 G 3013 3005
226 USA 492 C 3013 3007
227 USA 493 T 3013 3008
228 USA 494 C 3012 3007
229 USA 495 G 3012 3006
230 USA 496 A 3013 3008
231 USA 497 A 3013 3008
232 USA 498 C 3013 3008
233 USA 499 T 3013 3007
234 USA 500 G 3013 3007
235 USA 501 C 3015 3009
236 USA 502 A 3015 3008
237 USA 503 C T 3016 3009 Pro80Ser
238 USA 504 C 3016 3010
239 USA 505 T 3001 2996
240 USA 506 C 3000 2994
241 USA 507 A 3000 2995
242 USA 508 T 3000 2995
243 USA 509 G 3000 2996
244 USA 510 G 3000 2995
245 USA 511 T 3000 2995
246 USA 512 C T 3000 2994 His83Tyr
247 USA 513 A 3000 2993
248 USA 514 T C 3000 2990 His83His
249 USA 515 G 3000 2996
250 USA 516 T 3000 2994
251 USA 517 T 3000 2992
252 USA 518 A 3000 2989
253 USA 519 T 3001 2992
254 USA 520 G A 3001 2990 Met85Ile
255 USA 521 G 3001 2991
256 USA 522 T 3001 2989
257 USA 523 T 3002 2990
258 USA 524 G 3002 2992
259 USA 525 A 3002 2991
260 USA 526 G 3004 2993
261 USA 527 C 3004 2993
262 USA 528 T 3004 2993
263 USA 529 G 3004 2993
264 USA 530 G 3004 2993
265 USA 531 T 3004 2992
266 USA 532 A G 3004 2993 Val89Val
267 USA 533 G 3004 2995
268 USA 534 C 3004 2996
269 USA 535 A 3004 2995
270 USA 536 G 3004 2995
271 USA 537 A 3005 2998
272 USA 538 A 3005 2998
273 USA 539 C T 3006 2998 Leu92Phe
274 USA 540 T 3007 3000
275 USA 541 C 3007 3000
276 USA 542 G 3007 3000
277 USA 543 A 3007 3001
278 USA 544 A 3006 3000
279 USA 545 G 3007 3000
280 USA 546 G 3007 3000
281 USA 547 C 3007 3000
282 USA 548 A 3007 2999
283 USA 549 T 3007 2999
284 USA 550 T 3007 2999
285 USA 551 C 3007 2999
286 USA 552 A 3006 2996
287 USA 553 G 3006 2998
288 USA 554 T 3007 3000
289 USA 555 A 3007 3000
290 USA 556 C T 3007 2997 Tyr97Tyr
291 USA 557 G 3007 2998
292 USA 558 G T 3007 2998 Gly98Val
293 USA 559 T 3007 2998
294 USA 560 C 3009 3005
295 USA 561 G 3010 3006
296 USA 562 T 3010 3006
297 USA 563 A 3010 3006
298 USA 564 G 3011 3007
299 USA 565 T 3026 3020
300 USA 566 G 3026 3020
301 USA 567 G 3026 3020
302 USA 568 T 3027 3020
303 USA 569 G 3027 3022
304 USA 570 A 3027 3022
305 USA 571 G 3027 3022
306 USA 572 A 3027 3020
307 USA 573 C 3027 3020
308 USA 574 A 3027 3020
309 USA 575 C 3027 3021
310 USA 576 T 3027 3021
311 USA 577 T 3027 3021
312 USA 578 G A 3027 3021 Gly105Ser
313 USA 579 G 3028 3023
314 USA 580 T 3028 3023
315 USA 581 G 3029 3023
316 USA 582 T 3029 3024
317 USA 583 C 3029 3023
318 USA 584 C T 3029 3022 Leu107Phe
319 USA 585 T 3030 3023
320 USA 586 T 3030 3024
321 USA 587 G 3030 3025
322 USA 588 T 3030 3024
323 USA 589 C 3030 3023
324 USA 590 C 3030 3023
325 USA 591 C 3031 3024
326 USA 592 T 3031 3024
327 USA 593 C 3030 3025
328 USA 594 A 3030 3024
329 USA 595 T 3030 3024
330 USA 596 G 3030 3023
331 USA 597 T 3030 3023
332 USA 598 G T 3030 3022 Val111Val
333 USA 599 G 3030 3025
334 USA 600 G 3030 3025
335 USA 601 C 3030 3025
336 USA 602 G 3031 3026
337 USA 603 A 3032 3029
338 USA 604 A 3032 3029
339 USA 605 A 3032 3030
340 USA 606 T 3032 3030
341 USA 607 A 3032 3031
342 USA 608 C 3032 3029
343 USA 609 C 3032 3029
344 USA 610 A 3032 3029
345 USA 611 G 3032 3029
346 USA 612 T 3032 3029
347 USA 613 G 3032 3029
348 USA 614 G A 3032 3027 Ala117Thr
349 USA 615 C 3032 3029
350 USA 616 T 3032 3029
351 USA 617 T 3033 3028
352 USA 618 A 3033 3029
353 USA 619 C T 3033 3017 Tyr118Tyr
354 USA 620 C 3033 3028
355 USA 621 G 3033 3028
356 USA 622 C 3033 3028
357 USA 623 A 3033 3029
358 USA 624 A 3033 3029
359 USA 625 G T 3033 3028 Lys120Asn
360 USA 626 G 3028 3024
361 USA 627 T 3028 3024
362 USA 628 T 3028 3024
363 USA 629 C 3028 3024
364 USA 630 T 3028 3024
365 USA 631 T 3029 3025
366 USA 632 C 3029 3025
367 USA 633 T 3029 3025
368 USA 634 T 3029 3025
369 USA 635 C 3029 3024
370 USA 636 G 3029 3024
371 USA 637 T 3029 3023
372 USA 638 A 3029 3023
373 USA 639 A 3029 3023
374 USA 640 G 3030 3025
375 USA 641 A 3030 3024
376 USA 642 A 3029 3022
377 USA 643 C T 3029 3021 Asn126Asn
378 USA 644 G 3029 3023
379 USA 645 G 3030 3026
380 USA 646 T 3030 3026
381 USA 647 A 3030 3025
382 USA 648 A 3030 3026
383 USA 649 T 3030 3027
384 USA 650 A 3030 3027
385 USA 651 A 3030 3027
386 USA 652 A T 3030 3025 Lys129Asn
387 USA 653 G 3030 3028
388 USA 654 G 3030 3027
389 USA 655 A 3029 3026
390 USA 656 G 3029 3026
391 USA 657 C 3029 3026
392 USA 658 T 3029 3026
393 USA 659 G 3029 3025
394 USA 660 G 3029 3026
395 USA 661 T 3029 3025
396 USA 662 G 3029 3026
397 USA 663 G 3029 3026
398 USA 664 C 3029 3025
399 USA 665 C 3029 3026
400 USA 666 A 3029 3026
401 USA 667 T 3029 3027
402 USA 668 A 3029 3027
403 USA 669 G 3029 3027
404 USA 670 T 3028 3026
405 USA 671 T 3028 3026
406 USA 672 A 3028 3026
407 USA 673 C T 3028 3025 Tyr136Tyr
408 USA 674 G 3028 3026
409 USA 675 G C 3028 3025 Gly137Ala
410 USA 676 C 3028 3024
411 USA 677 G A 3028 3025 Ala138Thr
412 USA 678 C 3028 3026
413 USA 679 C 3028 3024
414 USA 680 G 3028 3026
415 USA 681 A 3028 3026
416 USA 682 T 3028 3026
417 USA 683 C 3028 3025
418 USA 684 T 3028 3026
419 USA 685 A 3028 3026
420 USA 686 A 3017 3014
421 USA 687 A 3017 3014
422 USA 688 G 3017 3012
423 USA 689 T 3017 3012
424 USA 690 C 3017 3012
425 USA 691 A 3018 3013
426 USA 692 T 3018 3013
427 USA 693 T 3018 3015
428 USA 694 T 3019 3016
429 USA 695 G 3019 3017
430 USA 696 A C 3019 3013 Asp144Ala
431 USA 697 C 3019 3017
432 USA 698 T 3019 3017
433 USA 699 T 3019 3017
434 USA 700 A 3019 3017
435 USA 701 G 3019 3017
436 USA 702 G 3020 3018
437 USA 703 C 3020 3018
438 USA 704 G 3020 3018
439 USA 705 A 3020 3017
440 USA 706 C 3020 3017
441 USA 707 G 3020 3017
442 USA 708 A 3020 3017
443 USA 709 G 3020 3019
444 USA 710 C 3019 3018
445 USA 711 T 3019 3018
446 USA 712 T 3020 3019
447 USA 713 G 3020 3019
448 USA 714 G C 3021 3019 Gly150Ala
449 USA 715 C 3020 3019
450 USA 716 A 3020 3019
451 USA 717 C 3019 3018
452 USA 718 T A 3019 3017 Thr151Thr
453 USA 719 G 3018 3017
454 USA 720 A G,C 3018 3015 Asp152Gly-p.Asp152Ala
455 USA 721 T 3018 3017
456 USA 722 C 3018 3017
457 USA 723 C 3018 3016
458 USA 724 T 3018 3016
459 USA 725 T 3018 3016
460 USA 726 A 3018 3017
461 USA 727 T 3018 3018
462 USA 728 G 3018 3017
463 USA 729 A 3018 3017
464 USA 730 A 3017 3014
465 USA 731 G 3017 3014
466 USA 732 A 3017 3015
467 USA 733 T 3017 3015
468 USA 734 T 3017 3016
469 USA 735 T 3017 3016
470 USA 736 T 3017 3016
471 USA 737 C 3017 3016
472 USA 738 A 3016 3014
473 USA 739 A G 3016 3009 Gln158Gln
474 USA 740 G 3016 3014
475 USA 741 A 3016 3013
476 USA 742 A 3016 3013
477 USA 743 A 3017 3015
478 USA 744 A 3017 3015
479 USA 745 C 3017 3015
480 USA 746 T 3033 3032
481 USA 747 G 3033 3032
482 USA 748 G 3033 3031
483 USA 749 A 3032 3030
484 USA 750 A 3032 3030
485 USA 751 C 3032 3028
486 USA 752 A 3031 3027
487 USA 753 C 3031 3026
488 USA 754 T 3031 3028
489 USA 755 A 3030 3026
490 USA 756 A 3030 3026
491 USA 757 A 3030 3027
492 USA 758 C 3030 3027
493 USA 759 A 3030 3026
494 USA 760 T 3030 3027
495 USA 761 A G 3030 3025 Ser166Gly
496 USA 762 G 3030 3027
497 USA 763 C 3030 3027
498 USA 764 A 3030 3027
499 USA 765 G 3030 3027
500 USA 766 T 3030 3028
501 USA 767 G 3030 3028
502 USA 768 G T 3030 3028 Gly168Val
503 USA 769 T 3030 3029
504 USA 770 G 3029 3028
505 USA 771 T 3029 3028
506 USA 772 T 3028 3027
507 USA 773 A 3028 3027
508 USA 774 C 3027 3026
509 USA 775 C 3027 3027
510 USA 776 C 3027 3026
511 USA 777 G 3027 3025
512 USA 778 T 3027 3025
513 USA 779 G 3027 3026
514 USA 780 A 3027 3026
515 USA 781 A 3027 3026
516 USA 782 C 3027 3027
517 USA 783 T 3027 3027
518 USA 784 C 3027 3027
519 USA 785 A 3027 3027
520 USA 786 T 3027 3027
521 USA 787 G 3027 3027
522 USA 788 C 3027 3027
523 USA 789 G 3027 3027
524 USA 790 T 3027 3027
525 USA 791 G 3027 3027
526 USA 792 A 3027 3027
527 USA 793 G 3027 3027
528 USA 794 C 3027 3027
529 USA 795 T 3026 3026
530 USA 796 T 3026 3026
531 USA 797 A 3025 3025
532 USA 798 A 3025 3025
533 USA 799 C T 3025 3024 Asn178Asn
534 USA 800 G A 3025 3024 Gly179Arg
535 USA 801 G 3025 3025
536 USA 802 A 3025 3025
537 USA 803 G 3025 3025
538 USA 804 G 3025 3025
539 USA 805 G 3025 3025