National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
-   540                                        
?                                            
A   21                                        
C   3                                        
D   27                                        
E   54           1     1                      
F   15                                        
G   66           1                            
H   21                                        
I   9                                        
K   27                                        
L   63         1         1                    
M   9                                        
N   18                                        
P   24                         1              
Q   21                                        
R   30                                        
S   30                                        
T   21                                        
V   63                                   2    
W   3                                        
Y   15                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Tunisia 266 A 79 79
1 Tunisia 267 T 79 79
2 Tunisia 268 G 79 79
3 Tunisia 269 G 79 79
4 Tunisia 270 A 79 79
5 Tunisia 271 G 79 79
6 Tunisia 272 A 79 79
7 Tunisia 273 G 79 79
8 Tunisia 274 C 79 79
9 Tunisia 275 C 79 79
10 Tunisia 276 T 79 79
11 Tunisia 277 T 79 79
12 Tunisia 278 G 79 79
13 Tunisia 279 T 79 79
14 Tunisia 280 C 79 79
15 Tunisia 281 C 79 79
16 Tunisia 282 C 79 79
17 Tunisia 283 T 79 79
18 Tunisia 284 G 79 79
19 Tunisia 285 G 79 79
20 Tunisia 286 T 79 79
21 Tunisia 287 T 79 79
22 Tunisia 288 T 79 79
23 Tunisia 289 C 79 79
24 Tunisia 290 A 79 79
25 Tunisia 291 A 79 79
26 Tunisia 292 C 79 79
27 Tunisia 293 G 79 79
28 Tunisia 294 A 79 79
29 Tunisia 295 G 79 79
30 Tunisia 296 A 79 79
31 Tunisia 297 A 79 79
32 Tunisia 298 A 79 79
33 Tunisia 299 A 79 79
34 Tunisia 300 C 79 79
35 Tunisia 301 A 79 79
36 Tunisia 302 C 79 79
37 Tunisia 303 A 79 79
38 Tunisia 304 C 79 79
39 Tunisia 305 G 79 79
40 Tunisia 306 T 79 79
41 Tunisia 307 C 79 79
42 Tunisia 308 C 79 79
43 Tunisia 309 A 79 79
44 Tunisia 310 A 79 79
45 Tunisia 311 C T 79 78 Leu16Phe
46 Tunisia 312 T 79 79
47 Tunisia 313 C 79 79
48 Tunisia 314 A 79 79
49 Tunisia 315 G 79 79
50 Tunisia 316 T 79 79
51 Tunisia 317 T 79 79
52 Tunisia 318 T 79 79
53 Tunisia 319 G 79 79
54 Tunisia 320 C 79 79
55 Tunisia 321 C 79 79
56 Tunisia 322 T 79 79
57 Tunisia 323 G 79 79
58 Tunisia 324 T 79 79
59 Tunisia 325 T 79 79
60 Tunisia 326 T 79 79
61 Tunisia 327 T 79 79
62 Tunisia 328 A 79 79
63 Tunisia 329 C 79 79
64 Tunisia 330 A 79 79
65 Tunisia 331 G 79 79
66 Tunisia 332 G 79 79
67 Tunisia 333 T 79 79
68 Tunisia 334 T 79 79
69 Tunisia 335 C 79 79
70 Tunisia 336 G 79 79
71 Tunisia 337 C 79 79
72 Tunisia 338 G 79 79
73 Tunisia 339 A 79 79
74 Tunisia 340 C 79 79
75 Tunisia 341 G 79 79
76 Tunisia 342 T 79 79
77 Tunisia 343 G 79 79
78 Tunisia 344 C 79 79
79 Tunisia 345 T 79 79
80 Tunisia 346 C 79 79
81 Tunisia 347 G 79 79
82 Tunisia 348 T 79 79
83 Tunisia 349 A 79 79
84 Tunisia 350 C 79 79
85 Tunisia 351 G 79 79
86 Tunisia 352 T 79 79
87 Tunisia 353 G 79 79
88 Tunisia 354 G 79 79
89 Tunisia 355 C 79 79
90 Tunisia 356 T 79 79
91 Tunisia 357 T 79 79
92 Tunisia 358 T 79 79
93 Tunisia 359 G 79 79
94 Tunisia 360 G 79 79
95 Tunisia 361 A G 79 77 Gly32Gly
96 Tunisia 362 G 79 79
97 Tunisia 363 A 79 79
98 Tunisia 364 C 79 79
99 Tunisia 365 T 79 79
100 Tunisia 366 C 79 79
101 Tunisia 367 C 79 79
102 Tunisia 368 G 79 79
103 Tunisia 369 T 79 79
104 Tunisia 370 G T 79 78 Val35Val
105 Tunisia 371 G 79 79
106 Tunisia 372 A 79 79
107 Tunisia 373 G 79 79
108 Tunisia 374 G 79 79
109 Tunisia 375 A G 79 78 Glu37Gly
110 Tunisia 376 G 79 79
111 Tunisia 377 G 79 79
112 Tunisia 378 T 79 79
113 Tunisia 379 C 79 79
114 Tunisia 380 T 79 79
115 Tunisia 381 T 79 79
116 Tunisia 382 A 79 79
117 Tunisia 383 T 79 79
118 Tunisia 384 C 79 79
119 Tunisia 385 A 79 79
120 Tunisia 386 G 79 79
121 Tunisia 387 A 79 79
122 Tunisia 388 G 79 79
123 Tunisia 389 G 79 79
124 Tunisia 390 C 79 79
125 Tunisia 391 A 79 79
126 Tunisia 392 C 79 79
127 Tunisia 393 G 79 79
128 Tunisia 394 T 79 79
129 Tunisia 395 C 79 79
130 Tunisia 396 A 79 79
131 Tunisia 397 A 79 79
132 Tunisia 398 C 79 79
133 Tunisia 399 A 79 79
134 Tunisia 400 T 79 79
135 Tunisia 401 C 79 79
136 Tunisia 402 T 79 79
137 Tunisia 403 T 79 79
138 Tunisia 404 A 79 79
139 Tunisia 405 A 79 79
140 Tunisia 406 A 79 79
141 Tunisia 407 G 79 79
142 Tunisia 408 A 79 79
143 Tunisia 409 T 79 79
144 Tunisia 410 G 79 79
145 Tunisia 411 G 79 79
146 Tunisia 412 C 79 79
147 Tunisia 413 A 79 79
148 Tunisia 414 C 79 79
149 Tunisia 415 T 79 79
150 Tunisia 416 T 79 79
151 Tunisia 417 G 79 79
152 Tunisia 418 T 79 79
153 Tunisia 419 G 79 79
154 Tunisia 420 G 79 79
155 Tunisia 421 C 79 79
156 Tunisia 422 T 79 79
157 Tunisia 423 T 79 79
158 Tunisia 424 A 79 79
159 Tunisia 425 G 79 79
160 Tunisia 426 T 79 79
161 Tunisia 427 A 79 79
162 Tunisia 428 G 79 79
163 Tunisia 429 A 79 79
164 Tunisia 430 A 79 79
165 Tunisia 431 G 79 79
166 Tunisia 432 T 79 79
167 Tunisia 433 T 79 79
168 Tunisia 434 G 79 79
169 Tunisia 435 A 79 79
170 Tunisia 436 A 79 79
171 Tunisia 437 A 79 79
172 Tunisia 438 A 79 79
173 Tunisia 439 A 79 79
174 Tunisia 440 G 79 79
175 Tunisia 441 G 79 79
176 Tunisia 442 C 79 79
177 Tunisia 443 G 79 79
178 Tunisia 444 T 79 79
179 Tunisia 445 T C 79 57 Val60Val
180 Tunisia 446 T 79 79
181 Tunisia 447 T 79 79
182 Tunisia 448 G 79 79
183 Tunisia 449 C 79 79
184 Tunisia 450 C 79 79
185 Tunisia 451 T 79 79
186 Tunisia 452 C 79 79
187 Tunisia 453 A 79 79
188 Tunisia 454 A 79 79
189 Tunisia 455 C 79 79
190 Tunisia 456 T 79 79
191 Tunisia 457 T 79 79
192 Tunisia 458 G 79 79
193 Tunisia 459 A 79 79
194 Tunisia 460 A 79 79
195 Tunisia 461 C 79 79
196 Tunisia 462 A 79 79
197 Tunisia 463 G 79 79
198 Tunisia 464 C 79 79
199 Tunisia 465 C 79 79
200 Tunisia 466 C 79 79
201 Tunisia 467 T 79 79
202 Tunisia 468 A 79 79
203 Tunisia 469 T 79 79
204 Tunisia 470 G 79 79
205 Tunisia 471 T 79 79
206 Tunisia 472 G 79 79
207 Tunisia 473 T 79 79
208 Tunisia 474 T 79 79
209 Tunisia 475 C 79 79
210 Tunisia 476 A 79 79
211 Tunisia 477 T 79 79
212 Tunisia 478 C 79 79
213 Tunisia 479 A 79 79
214 Tunisia 480 A 79 79
215 Tunisia 481 A 79 79
216 Tunisia 482 C 79 79
217 Tunisia 483 G 79 79
218 Tunisia 484 T 79 79
219 Tunisia 485 T 79 79
220 Tunisia 486 C 79 79
221 Tunisia 487 G 79 79
222 Tunisia 488 G 79 79
223 Tunisia 489 A 79 79
224 Tunisia 490 T 79 79
225 Tunisia 491 G 79 79
226 Tunisia 492 C 79 79
227 Tunisia 493 T 79 79
228 Tunisia 494 C 82 82
229 Tunisia 495 G 82 82
230 Tunisia 496 A 82 82
231 Tunisia 497 A 82 82
232 Tunisia 498 C 82 79
233 Tunisia 499 T 82 82
234 Tunisia 500 G 82 82
235 Tunisia 501 C 82 82
236 Tunisia 502 A 82 82
237 Tunisia 503 C 82 82
238 Tunisia 504 C 82 82
239 Tunisia 505 T C 82 78 Pro80Pro
240 Tunisia 506 C 82 82
241 Tunisia 507 A 82 82
242 Tunisia 508 T 82 82
243 Tunisia 509 G 82 82
244 Tunisia 510 G 82 82
245 Tunisia 511 T 82 82
246 Tunisia 512 C 82 82
247 Tunisia 513 A 82 81
248 Tunisia 514 T 82 81
249 Tunisia 515 G 82 81
250 Tunisia 516 T 82 81
251 Tunisia 517 T 82 81
252 Tunisia 518 A 82 81
253 Tunisia 519 T 82 81
254 Tunisia 520 G 82 81
255 Tunisia 521 G 82 81
256 Tunisia 522 T 82 82
257 Tunisia 523 T 82 82
258 Tunisia 524 G 82 82
259 Tunisia 525 A 82 82
260 Tunisia 526 G 82 82
261 Tunisia 527 C 82 82
262 Tunisia 528 T 82 82
263 Tunisia 529 G 82 82
264 Tunisia 530 G 82 82
265 Tunisia 531 T 82 82
266 Tunisia 532 A 82 82
267 Tunisia 533 G 82 82
268 Tunisia 534 C 82 82
269 Tunisia 535 A 82 82
270 Tunisia 536 G 82 82
271 Tunisia 537 A 82 82
272 Tunisia 538 A 82 82
273 Tunisia 539 C 82 82
274 Tunisia 540 T 82 82
275 Tunisia 541 C 82 82
276 Tunisia 542 G A 82 81 Glu93Lys
277 Tunisia 543 A 82 82
278 Tunisia 544 A 82 82
279 Tunisia 545 G 82 82
280 Tunisia 546 G 82 82
281 Tunisia 547 C 82 82
282 Tunisia 548 A 82 82
283 Tunisia 549 T 82 82
284 Tunisia 550 T 82 82
285 Tunisia 551 C 82 82
286 Tunisia 552 A 82 82
287 Tunisia 553 G 82 82
288 Tunisia 554 T 82 82
289 Tunisia 555 A 82 82
290 Tunisia 556 C 82 82
291 Tunisia 557 G 82 82
292 Tunisia 558 G 82 82
293 Tunisia 559 T 82 82
294 Tunisia 560 C 82 82
295 Tunisia 561 G 82 82
296 Tunisia 562 T 82 82
297 Tunisia 563 A 82 82
298 Tunisia 564 G 82 82
299 Tunisia 565 T 82 82
300 Tunisia 566 G 82 82
301 Tunisia 567 G 82 82
302 Tunisia 568 T 82 82
303 Tunisia 569 G 82 82
304 Tunisia 570 A 82 82
305 Tunisia 571 G 82 82
306 Tunisia 572 A 82 82
307 Tunisia 573 C 82 82
308 Tunisia 574 A 82 82
309 Tunisia 575 C 82 82
310 Tunisia 576 T 82 82
311 Tunisia 577 T 82 82
312 Tunisia 578 G 82 82
313 Tunisia 579 G 82 82
314 Tunisia 580 T 82 82
315 Tunisia 581 G 82 82
316 Tunisia 582 T 82 82
317 Tunisia 583 C 82 82
318 Tunisia 584 C 82 82
319 Tunisia 585 T 82 82
320 Tunisia 586 T 82 82
321 Tunisia 587 G 82 82
322 Tunisia 588 T 82 82
323 Tunisia 589 C 82 82
324 Tunisia 590 C 82 82
325 Tunisia 591 C 82 82
326 Tunisia 592 T 82 82
327 Tunisia 593 C 82 82
328 Tunisia 594 A 82 82
329 Tunisia 595 T 82 82
330 Tunisia 596 G 82 82
331 Tunisia 597 T 82 82
332 Tunisia 598 G 82 82
333 Tunisia 599 G 82 82
334 Tunisia 600 G 82 82
335 Tunisia 601 C 82 82
336 Tunisia 602 G 82 82
337 Tunisia 603 A 82 82
338 Tunisia 604 A 82 82
339 Tunisia 605 A 82 82
340 Tunisia 606 T 82 82
341 Tunisia 607 A 82 82
342 Tunisia 608 C 82 82
343 Tunisia 609 C 82 82
344 Tunisia 610 A 82 82
345 Tunisia 611 G 82 82
346 Tunisia 612 T 82 82
347 Tunisia 613 G 82 82
348 Tunisia 614 G 82 82
349 Tunisia 615 C 82 82
350 Tunisia 616 T 82 82
351 Tunisia 617 T 82 82
352 Tunisia 618 A 82 82
353 Tunisia 619 C 82 82
354 Tunisia 620 C 82 82
355 Tunisia 621 G 82 82
356 Tunisia 622 C 82 82
357 Tunisia 623 A 82 82
358 Tunisia 624 A 82 82
359 Tunisia 625 G 82 82
360 Tunisia 626 G 82 82
361 Tunisia 627 T 82 82
362 Tunisia 628 T 82 82
363 Tunisia 629 C 82 82
364 Tunisia 630 T 82 82
365 Tunisia 631 T 82 82
366 Tunisia 632 C 82 82
367 Tunisia 633 T 82 82
368 Tunisia 634 T 82 82
369 Tunisia 635 C 82 82
370 Tunisia 636 G 82 82
371 Tunisia 637 T 82 82
372 Tunisia 638 A 82 82
373 Tunisia 639 A 82 82
374 Tunisia 640 G 82 82
375 Tunisia 641 A 82 82
376 Tunisia 642 A 82 82
377 Tunisia 643 C 82 82
378 Tunisia 644 G 82 82
379 Tunisia 645 G 82 82
380 Tunisia 646 T 82 82
381 Tunisia 647 A 82 82
382 Tunisia 648 A 82 82
383 Tunisia 649 T 82 82
384 Tunisia 650 A 82 82
385 Tunisia 651 A 82 82
386 Tunisia 652 A 82 82
387 Tunisia 653 G 82 82
388 Tunisia 654 G 82 82
389 Tunisia 655 A 82 82
390 Tunisia 656 G 82 82
391 Tunisia 657 C 82 82
392 Tunisia 658 T 82 82
393 Tunisia 659 G 82 82
394 Tunisia 660 G 82 82
395 Tunisia 661 T 82 82
396 Tunisia 662 G 82 82
397 Tunisia 663 G 82 82
398 Tunisia 664 C 82 82
399 Tunisia 665 C 82 82
400 Tunisia 666 A 82 82
401 Tunisia 667 T 82 82
402 Tunisia 668 A 82 82
403 Tunisia 669 G 82 82
404 Tunisia 670 T 82 82
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