National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
-   540                                        
?                                            
A   21                                        
C   3                                        
D   27       1                                
E   54                                        
F   15                                        
G   66     1                                  
H   21             1                          
I   9                                        
K   27                                        
L   63                   1                    
M   9                                        
N   18                                        
P   24                                        
Q   21                                        
R   30   1                                    
S   30                                        
T   21                                        
V   63               1                   2    
W   3                                        
Y   15                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Taiwan 266 A 149 149
1 Taiwan 267 T 149 149
2 Taiwan 268 G 149 149
3 Taiwan 269 G 149 149
4 Taiwan 270 A 149 149
5 Taiwan 271 G 149 149
6 Taiwan 272 A 149 149
7 Taiwan 273 G 149 149
8 Taiwan 274 C 149 149
9 Taiwan 275 C 149 149
10 Taiwan 276 T 149 149
11 Taiwan 277 T 149 149
12 Taiwan 278 G 149 149
13 Taiwan 279 T 149 149
14 Taiwan 280 C 149 149
15 Taiwan 281 C 149 149
16 Taiwan 282 C 149 149
17 Taiwan 283 T 149 149
18 Taiwan 284 G 149 149
19 Taiwan 285 G 149 149
20 Taiwan 286 T 149 149
21 Taiwan 287 T 149 149
22 Taiwan 288 T 149 149
23 Taiwan 289 C 149 149
24 Taiwan 290 A 149 149
25 Taiwan 291 A 149 149
26 Taiwan 292 C 149 149
27 Taiwan 293 G 149 149
28 Taiwan 294 A 149 149
29 Taiwan 295 G 149 149
30 Taiwan 296 A 149 149
31 Taiwan 297 A 149 149
32 Taiwan 298 A 149 149
33 Taiwan 299 A 149 149
34 Taiwan 300 C 149 149
35 Taiwan 301 A 149 149
36 Taiwan 302 C 149 149
37 Taiwan 303 A 149 149
38 Taiwan 304 C 149 149
39 Taiwan 305 G 149 149
40 Taiwan 306 T 149 149
41 Taiwan 307 C 149 149
42 Taiwan 308 C 149 149
43 Taiwan 309 A 149 149
44 Taiwan 310 A 149 149
45 Taiwan 311 C 149 149
46 Taiwan 312 T 149 149
47 Taiwan 313 C 149 149
48 Taiwan 314 A 149 149
49 Taiwan 315 G 149 149
50 Taiwan 316 T 149 149
51 Taiwan 317 T 149 149
52 Taiwan 318 T 149 149
53 Taiwan 319 G 149 149
54 Taiwan 320 C 149 149
55 Taiwan 321 C 149 149
56 Taiwan 322 T 149 149
57 Taiwan 323 G 149 149
58 Taiwan 324 T 149 149
59 Taiwan 325 T 149 149
60 Taiwan 326 T 149 149
61 Taiwan 327 T 149 149
62 Taiwan 328 A 149 149
63 Taiwan 329 C 149 149
64 Taiwan 330 A 149 149
65 Taiwan 331 G 149 149
66 Taiwan 332 G 149 149
67 Taiwan 333 T 149 149
68 Taiwan 334 T 149 149
69 Taiwan 335 C 149 149
70 Taiwan 336 G 149 149
71 Taiwan 337 C 149 149
72 Taiwan 338 G 150 150
73 Taiwan 339 A 150 150
74 Taiwan 340 C 150 150
75 Taiwan 341 G 150 150
76 Taiwan 342 T 150 150
77 Taiwan 343 G 150 150
78 Taiwan 344 C 150 150
79 Taiwan 345 T 150 150
80 Taiwan 346 C 150 150
81 Taiwan 347 G 150 150
82 Taiwan 348 T 150 150
83 Taiwan 349 A 150 150
84 Taiwan 350 C 150 150
85 Taiwan 351 G 150 150
86 Taiwan 352 T 150 150
87 Taiwan 353 G 150 150
88 Taiwan 354 G 150 150
89 Taiwan 355 C 150 150
90 Taiwan 356 T 150 150
91 Taiwan 357 T 150 150
92 Taiwan 358 T 150 150
93 Taiwan 359 G 150 150
94 Taiwan 360 G 150 150
95 Taiwan 361 A 150 150
96 Taiwan 362 G 150 150
97 Taiwan 363 A 150 150
98 Taiwan 364 C 150 150
99 Taiwan 365 T 150 150
100 Taiwan 366 C 150 150
101 Taiwan 367 C 150 150
102 Taiwan 368 G 150 150
103 Taiwan 369 T 150 150
104 Taiwan 370 G 150 150
105 Taiwan 371 G 150 150
106 Taiwan 372 A 150 150
107 Taiwan 373 G 150 150
108 Taiwan 374 G 150 150
109 Taiwan 375 A 150 150
110 Taiwan 376 G 150 150
111 Taiwan 377 G 150 150
112 Taiwan 378 T 150 150
113 Taiwan 379 C A 150 148 Val38Val
114 Taiwan 380 T 150 150
115 Taiwan 381 T 150 150
116 Taiwan 382 A 150 150
117 Taiwan 383 T 150 150
118 Taiwan 384 C 150 150
119 Taiwan 385 A 150 150
120 Taiwan 386 G 150 150
121 Taiwan 387 A 150 150
122 Taiwan 388 G 150 150
123 Taiwan 389 G 150 150
124 Taiwan 390 C 150 150
125 Taiwan 391 A 150 150
126 Taiwan 392 C 150 150
127 Taiwan 393 G 150 150
128 Taiwan 394 T 150 150
129 Taiwan 395 C 150 150
130 Taiwan 396 A 150 150
131 Taiwan 397 A 150 150
132 Taiwan 398 C 150 150
133 Taiwan 399 A 150 150
134 Taiwan 400 T 150 150
135 Taiwan 401 C 150 150
136 Taiwan 402 T 150 150
137 Taiwan 403 T 150 150
138 Taiwan 404 A 150 150
139 Taiwan 405 A 150 150
140 Taiwan 406 A 150 150
141 Taiwan 407 G 150 150
142 Taiwan 408 A 150 150
143 Taiwan 409 T 150 150
144 Taiwan 410 G 150 150
145 Taiwan 411 G 150 150
146 Taiwan 412 C 150 150
147 Taiwan 413 A 150 150
148 Taiwan 414 C 150 150
149 Taiwan 415 T 150 150
150 Taiwan 416 T 150 150
151 Taiwan 417 G 150 150
152 Taiwan 418 T 150 150
153 Taiwan 419 G 150 150
154 Taiwan 420 G 150 150
155 Taiwan 421 C 150 150
156 Taiwan 422 T 150 150
157 Taiwan 423 T 150 150
158 Taiwan 424 A 150 150
159 Taiwan 425 G 150 150
160 Taiwan 426 T 150 150
161 Taiwan 427 A 150 150
162 Taiwan 428 G 150 150
163 Taiwan 429 A 150 150
164 Taiwan 430 A 150 150
165 Taiwan 431 G 150 150
166 Taiwan 432 T 150 150
167 Taiwan 433 T 150 150
168 Taiwan 434 G 150 150
169 Taiwan 435 A 150 150
170 Taiwan 436 A 150 150
171 Taiwan 437 A 150 150
172 Taiwan 438 A 150 150
173 Taiwan 439 A 150 150
174 Taiwan 440 G 150 150
175 Taiwan 441 G 150 150
176 Taiwan 442 C 150 150
177 Taiwan 443 G 150 150
178 Taiwan 444 T 150 150
179 Taiwan 445 T C 150 149 Val60Val
180 Taiwan 446 T 150 150
181 Taiwan 447 T 150 150
182 Taiwan 448 G 150 150
183 Taiwan 449 C 150 150
184 Taiwan 450 C 150 150
185 Taiwan 451 T 150 150
186 Taiwan 452 C 150 150
187 Taiwan 453 A 150 150
188 Taiwan 454 A 150 150
189 Taiwan 455 C 150 150
190 Taiwan 456 T 150 150
191 Taiwan 457 T 150 150
192 Taiwan 458 G 150 150
193 Taiwan 459 A 150 150
194 Taiwan 460 A 150 150
195 Taiwan 461 C 150 150
196 Taiwan 462 A 150 150
197 Taiwan 463 G 150 150
198 Taiwan 464 C 150 150
199 Taiwan 465 C 150 150
200 Taiwan 466 C 150 150
201 Taiwan 467 T 150 150
202 Taiwan 468 A 150 150
203 Taiwan 469 T 150 150
204 Taiwan 470 G 150 150
205 Taiwan 471 T 150 150
206 Taiwan 472 G 150 150
207 Taiwan 473 T 150 150
208 Taiwan 474 T 150 150
209 Taiwan 475 C 150 150
210 Taiwan 476 A 150 150
211 Taiwan 477 T 150 150
212 Taiwan 478 C 150 150
213 Taiwan 479 A 150 150
214 Taiwan 480 A 150 150
215 Taiwan 481 A 150 150
216 Taiwan 482 C 150 150
217 Taiwan 483 G 150 150
218 Taiwan 484 T 150 150
219 Taiwan 485 T 150 150
220 Taiwan 486 C 150 150
221 Taiwan 487 G 150 150
222 Taiwan 488 G 150 150
223 Taiwan 489 A 150 150
224 Taiwan 490 T A 150 145 Asp75Glu
225 Taiwan 491 G 150 150
226 Taiwan 492 C 150 150
227 Taiwan 493 T 150 150
228 Taiwan 494 C 150 150
229 Taiwan 495 G 150 150
230 Taiwan 496 A 150 150
231 Taiwan 497 A 150 150
232 Taiwan 498 C 150 150
233 Taiwan 499 T 150 150
234 Taiwan 500 G 150 150
235 Taiwan 501 C 150 150
236 Taiwan 502 A 150 150
237 Taiwan 503 C 150 150
238 Taiwan 504 C 150 150
239 Taiwan 505 T 150 150
240 Taiwan 506 C 150 150
241 Taiwan 507 A 150 150
242 Taiwan 508 T 150 150
243 Taiwan 509 G 150 150
244 Taiwan 510 G A 150 149 Gly82Asp
245 Taiwan 511 T 150 150
246 Taiwan 512 C 150 150
247 Taiwan 513 A 150 150
248 Taiwan 514 T C 150 148 His83His
249 Taiwan 515 G A 150 149 Val84Ile
250 Taiwan 516 T 150 150
251 Taiwan 517 T 150 150
252 Taiwan 518 A 150 150
253 Taiwan 519 T 150 150
254 Taiwan 520 G 150 150
255 Taiwan 521 G 150 150
256 Taiwan 522 T 150 150
257 Taiwan 523 T 150 150
258 Taiwan 524 G 150 150
259 Taiwan 525 A 150 150
260 Taiwan 526 G 150 150
261 Taiwan 527 C 150 150
262 Taiwan 528 T 150 150
263 Taiwan 529 G 150 150
264 Taiwan 530 G 150 150
265 Taiwan 531 T 150 150
266 Taiwan 532 A 150 150
267 Taiwan 533 G 150 150
268 Taiwan 534 C 150 150
269 Taiwan 535 A 150 150
270 Taiwan 536 G 150 150
271 Taiwan 537 A 150 150
272 Taiwan 538 A 150 150
273 Taiwan 539 C 150 150
274 Taiwan 540 T 150 150
275 Taiwan 541 C 150 150
276 Taiwan 542 G 150 150
277 Taiwan 543 A 150 150
278 Taiwan 544 A 150 150
279 Taiwan 545 G 150 150
280 Taiwan 546 G 150 150
281 Taiwan 547 C 150 150
282 Taiwan 548 A 150 150
283 Taiwan 549 T 150 150
284 Taiwan 550 T 150 150
285 Taiwan 551 C 150 150
286 Taiwan 552 A 150 150
287 Taiwan 553 G 150 150
288 Taiwan 554 T 150 150
289 Taiwan 555 A 150 150
290 Taiwan 556 C 150 150
291 Taiwan 557 G 150 150
292 Taiwan 558 G 150 150
293 Taiwan 559 T 150 150
294 Taiwan 560 C 150 150
295 Taiwan 561 G 150 150
296 Taiwan 562 T 150 150
297 Taiwan 563 A 150 150
298 Taiwan 564 G 150 150
299 Taiwan 565 T 150 150
300 Taiwan 566 G 150 150
301 Taiwan 567 G 150 150
302 Taiwan 568 T 150 150
303 Taiwan 569 G 150 150
304 Taiwan 570 A 150 150
305 Taiwan 571 G 150 150
306 Taiwan 572 A 150 150
307 Taiwan 573 C 150 150
308 Taiwan 574 A 150 150
309 Taiwan 575 C 150 150
310 Taiwan 576 T 150 150
311 Taiwan 577 T A 150 149 Leu104Leu
312 Taiwan 578 G 150 150
313 Taiwan 579 G 150 150
314 Taiwan 580 T 150 150
315 Taiwan 581 G 150 150
316 Taiwan 582 T 150 150
317 Taiwan 583 C 150 150
318 Taiwan 584 C 150 150
319 Taiwan 585 T 150 150
320 Taiwan 586 T 150 150
321 Taiwan 587 G 150 150
322 Taiwan 588 T 150 150
323 Taiwan 589 C 150 150
324 Taiwan 590 C 150 150
325 Taiwan 591 C 150 150
326 Taiwan 592 T 150 150
327 Taiwan 593 C 150 150
328 Taiwan 594 A 150 150
329 Taiwan 595 T 150 150
330 Taiwan 596 G 150 150
331 Taiwan 597 T 150 150
332 Taiwan 598 G 150 150
333 Taiwan 599 G 150 150
334 Taiwan 600 G 150 150
335 Taiwan 601 C 150 150
336 Taiwan 602 G 150 150
337 Taiwan 603 A 150 150
338 Taiwan 604 A 150 150
339 Taiwan 605 A 150 150
340 Taiwan 606 T 150 150
341 Taiwan 607 A 150 150
342 Taiwan 608 C 150 150
343 Taiwan 609 C 150 150
344 Taiwan 610 A 150 150
345 Taiwan 611 G 150 150
346 Taiwan 612 T 150 150
347 Taiwan 613 G 150 150
348 Taiwan 614 G 150 150
349 Taiwan 615 C 150 150
350 Taiwan 616 T 150 150
351 Taiwan 617 T 150 150
352 Taiwan 618 A 150 150
353 Taiwan 619 C 150 150
354 Taiwan 620 C 150 150
355 Taiwan 621 G 150 150
356 Taiwan 622 C 150 150
357 Taiwan 623 A 150 150
358 Taiwan 624 A 150 150
359 Taiwan 625 G 150 150
360 Taiwan 626 G 150 150
361 Taiwan 627 T 150 150
362 Taiwan 628 T 150 150
363 Taiwan 629 C 150 150
364 Taiwan 630 T 150 150
365 Taiwan 631 T 150 150
366 Taiwan 632 C 150 150
367 Taiwan 633 T 150 150
368 Taiwan 634 T 150 150
369 Taiwan 635 C T 150 149 Arg124Cys
370 Taiwan 636 G 150 150
371 Taiwan 637 T 150 150
372 Taiwan 638 A 150 150
373 Taiwan 639 A 150 150
374 Taiwan 640 G 150 150
375 Taiwan 641 A 150 150
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377 Taiwan 643 C 150 150
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379 Taiwan 645 G 150 150
380 Taiwan 646 T 150 150
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