National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
-   540                                        
?                                            
A   21                                        
C   3                                        
D   27                                        
E   54                                        
F   15                                        
G   66           1                            
H   21                                        
I   9                                        
K   27                                        
L   63                                        
M   9                                        
N   18                                        
P   24                                        
Q   21                                        
R   30                                        
S   30                                        
T   21                                        
V   63                                        
W   3                                        
Y   15                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Sri_Lanka 266 A 53 53
1 Sri_Lanka 267 T 53 53
2 Sri_Lanka 268 G 53 53
3 Sri_Lanka 269 G 53 53
4 Sri_Lanka 270 A 53 53
5 Sri_Lanka 271 G 53 53
6 Sri_Lanka 272 A 53 53
7 Sri_Lanka 273 G 53 53
8 Sri_Lanka 274 C 53 53
9 Sri_Lanka 275 C 53 53
10 Sri_Lanka 276 T 53 53
11 Sri_Lanka 277 T 53 53
12 Sri_Lanka 278 G 53 53
13 Sri_Lanka 279 T 53 53
14 Sri_Lanka 280 C 53 53
15 Sri_Lanka 281 C 53 53
16 Sri_Lanka 282 C 53 53
17 Sri_Lanka 283 T 53 53
18 Sri_Lanka 284 G 53 53
19 Sri_Lanka 285 G 53 53
20 Sri_Lanka 286 T 53 53
21 Sri_Lanka 287 T 53 53
22 Sri_Lanka 288 T 53 53
23 Sri_Lanka 289 C 53 53
24 Sri_Lanka 290 A 53 41
25 Sri_Lanka 291 A 53 41
26 Sri_Lanka 292 C 53 40
27 Sri_Lanka 293 G 53 39
28 Sri_Lanka 294 A 53 39
29 Sri_Lanka 295 G 53 39
30 Sri_Lanka 296 A 53 38
31 Sri_Lanka 297 A 53 38
32 Sri_Lanka 298 A 53 38
33 Sri_Lanka 299 A 53 37
34 Sri_Lanka 300 C 53 37
35 Sri_Lanka 301 A 53 37
36 Sri_Lanka 302 C 53 36
37 Sri_Lanka 303 A 53 35
38 Sri_Lanka 304 C 53 35
39 Sri_Lanka 305 G 53 34
40 Sri_Lanka 306 T 53 34
41 Sri_Lanka 307 C 53 36
42 Sri_Lanka 308 C 53 36
43 Sri_Lanka 309 A 53 35
44 Sri_Lanka 310 A 53 36
45 Sri_Lanka 311 C 53 36
46 Sri_Lanka 312 T 53 37
47 Sri_Lanka 313 C 55 55
48 Sri_Lanka 314 A 55 55
49 Sri_Lanka 315 G 55 55
50 Sri_Lanka 316 T 55 55
51 Sri_Lanka 317 T 55 55
52 Sri_Lanka 318 T 55 55
53 Sri_Lanka 319 G 55 55
54 Sri_Lanka 320 C 55 55
55 Sri_Lanka 321 C 55 55
56 Sri_Lanka 322 T 55 55
57 Sri_Lanka 323 G 55 55
58 Sri_Lanka 324 T 55 55
59 Sri_Lanka 325 T 55 55
60 Sri_Lanka 326 T 55 55
61 Sri_Lanka 327 T 55 55
62 Sri_Lanka 328 A 55 55
63 Sri_Lanka 329 C 55 55
64 Sri_Lanka 330 A 55 55
65 Sri_Lanka 331 G 55 55
66 Sri_Lanka 332 G 55 55
67 Sri_Lanka 333 T 55 55
68 Sri_Lanka 334 T 55 55
69 Sri_Lanka 335 C 55 55
70 Sri_Lanka 336 G 55 55
71 Sri_Lanka 337 C 55 55
72 Sri_Lanka 338 G 55 55
73 Sri_Lanka 339 A 55 55
74 Sri_Lanka 340 C 55 55
75 Sri_Lanka 341 G 55 55
76 Sri_Lanka 342 T 55 55
77 Sri_Lanka 343 G 55 55
78 Sri_Lanka 344 C 55 55
79 Sri_Lanka 345 T 55 55
80 Sri_Lanka 346 C 55 55
81 Sri_Lanka 347 G 55 55
82 Sri_Lanka 348 T 55 55
83 Sri_Lanka 349 A 55 55
84 Sri_Lanka 350 C 55 55
85 Sri_Lanka 351 G 55 55
86 Sri_Lanka 352 T 55 55
87 Sri_Lanka 353 G 55 55
88 Sri_Lanka 354 G 55 55
89 Sri_Lanka 355 C 55 55
90 Sri_Lanka 356 T 55 55
91 Sri_Lanka 357 T 55 55
92 Sri_Lanka 358 T 55 55
93 Sri_Lanka 359 G 55 55
94 Sri_Lanka 360 G 55 55
95 Sri_Lanka 361 A 55 55
96 Sri_Lanka 362 G 55 55
97 Sri_Lanka 363 A 55 55
98 Sri_Lanka 364 C 55 55
99 Sri_Lanka 365 T 55 55
100 Sri_Lanka 366 C 55 55
101 Sri_Lanka 367 C 55 55
102 Sri_Lanka 368 G 55 55
103 Sri_Lanka 369 T 55 55
104 Sri_Lanka 370 G 55 55
105 Sri_Lanka 371 G 55 55
106 Sri_Lanka 372 A 55 55
107 Sri_Lanka 373 G 55 55
108 Sri_Lanka 374 G 55 55
109 Sri_Lanka 375 A 55 55
110 Sri_Lanka 376 G 55 55
111 Sri_Lanka 377 G 55 55
112 Sri_Lanka 378 T 55 55
113 Sri_Lanka 379 C 55 55
114 Sri_Lanka 380 T 55 55
115 Sri_Lanka 381 T 55 55
116 Sri_Lanka 382 A 55 55
117 Sri_Lanka 383 T 55 55
118 Sri_Lanka 384 C 55 55
119 Sri_Lanka 385 A 55 55
120 Sri_Lanka 386 G 56 56
121 Sri_Lanka 387 A 56 56
122 Sri_Lanka 388 G 56 56
123 Sri_Lanka 389 G 56 56
124 Sri_Lanka 390 C 56 56
125 Sri_Lanka 391 A 56 56
126 Sri_Lanka 392 C 56 56
127 Sri_Lanka 393 G 56 56
128 Sri_Lanka 394 T 56 56
129 Sri_Lanka 395 C 56 56
130 Sri_Lanka 396 A 56 56
131 Sri_Lanka 397 A 56 56
132 Sri_Lanka 398 C 56 56
133 Sri_Lanka 399 A 56 56
134 Sri_Lanka 400 T 56 56
135 Sri_Lanka 401 C 56 55
136 Sri_Lanka 402 T 56 55
137 Sri_Lanka 403 T 56 55
138 Sri_Lanka 404 A 56 55
139 Sri_Lanka 405 A 56 55
140 Sri_Lanka 406 A 56 55
141 Sri_Lanka 407 G 56 55
142 Sri_Lanka 408 A 56 55
143 Sri_Lanka 409 T 56 55
144 Sri_Lanka 410 G 56 55
145 Sri_Lanka 411 G 56 55
146 Sri_Lanka 412 C T 56 55 Gly49Gly
147 Sri_Lanka 413 A 56 55
148 Sri_Lanka 414 C 56 56
149 Sri_Lanka 415 T 56 56
150 Sri_Lanka 416 T 56 56
151 Sri_Lanka 417 G 56 56
152 Sri_Lanka 418 T 56 56
153 Sri_Lanka 419 G 56 56
154 Sri_Lanka 420 G 56 56
155 Sri_Lanka 421 C 56 56
156 Sri_Lanka 422 T 56 56
157 Sri_Lanka 423 T 56 56
158 Sri_Lanka 424 A 56 56
159 Sri_Lanka 425 G 56 55
160 Sri_Lanka 426 T 56 55
161 Sri_Lanka 427 A 56 55
162 Sri_Lanka 428 G 56 55
163 Sri_Lanka 429 A 56 55
164 Sri_Lanka 430 A 56 55
165 Sri_Lanka 431 G 56 55
166 Sri_Lanka 432 T 56 56
167 Sri_Lanka 433 T 56 56
168 Sri_Lanka 434 G 56 56
169 Sri_Lanka 435 A 56 56
170 Sri_Lanka 436 A 56 56
171 Sri_Lanka 437 A 56 56
172 Sri_Lanka 438 A 56 56
173 Sri_Lanka 439 A 56 56
174 Sri_Lanka 440 G 56 56
175 Sri_Lanka 441 G 56 56
176 Sri_Lanka 442 C 56 56
177 Sri_Lanka 443 G 56 56
178 Sri_Lanka 444 T 56 56
179 Sri_Lanka 445 T 56 56
180 Sri_Lanka 446 T 56 56
181 Sri_Lanka 447 T 56 56
182 Sri_Lanka 448 G 56 56
183 Sri_Lanka 449 C 56 56
184 Sri_Lanka 450 C 56 56
185 Sri_Lanka 451 T 56 56
186 Sri_Lanka 452 C 56 56
187 Sri_Lanka 453 A 56 56
188 Sri_Lanka 454 A 56 56
189 Sri_Lanka 455 C 56 56
190 Sri_Lanka 456 T 56 56
191 Sri_Lanka 457 T 56 56
192 Sri_Lanka 458 G 56 56
193 Sri_Lanka 459 A 56 56
194 Sri_Lanka 460 A 56 56
195 Sri_Lanka 461 C 56 56
196 Sri_Lanka 462 A 56 56
197 Sri_Lanka 463 G 56 56
198 Sri_Lanka 464 C 56 55
199 Sri_Lanka 465 C 56 55
200 Sri_Lanka 466 C 56 55
201 Sri_Lanka 467 T 56 55
202 Sri_Lanka 468 A 56 55
203 Sri_Lanka 469 T 56 55
204 Sri_Lanka 470 G 56 55
205 Sri_Lanka 471 T 56 55
206 Sri_Lanka 472 G 56 55
207 Sri_Lanka 473 T 56 55
208 Sri_Lanka 474 T 56 55
209 Sri_Lanka 475 C 56 55
210 Sri_Lanka 476 A 56 55
211 Sri_Lanka 477 T 56 55
212 Sri_Lanka 478 C 56 55
213 Sri_Lanka 479 A 56 55
214 Sri_Lanka 480 A 56 55
215 Sri_Lanka 481 A 56 55
216 Sri_Lanka 482 C 56 55
217 Sri_Lanka 483 G 56 55
218 Sri_Lanka 484 T 56 55
219 Sri_Lanka 485 T 56 55
220 Sri_Lanka 486 C 56 55
221 Sri_Lanka 487 G 56 55
222 Sri_Lanka 488 G 56 55
223 Sri_Lanka 489 A 56 48
224 Sri_Lanka 490 T 56 49
225 Sri_Lanka 491 G 56 49
226 Sri_Lanka 492 C 56 49
227 Sri_Lanka 493 T 56 50
228 Sri_Lanka 494 C 56 50
229 Sri_Lanka 495 G 56 50
230 Sri_Lanka 496 A 56 50
231 Sri_Lanka 497 A 56 50
232 Sri_Lanka 498 C 56 50
233 Sri_Lanka 499 T 56 50
234 Sri_Lanka 500 G 56 55
235 Sri_Lanka 501 C 56 55
236 Sri_Lanka 502 A 56 55
237 Sri_Lanka 503 C 56 55
238 Sri_Lanka 504 C 56 55
239 Sri_Lanka 505 T 56 55
240 Sri_Lanka 506 C 56 55
241 Sri_Lanka 507 A 56 55
242 Sri_Lanka 508 T 56 56
243 Sri_Lanka 509 G 56 56
244 Sri_Lanka 510 G 56 56
245 Sri_Lanka 511 T 57 57
246 Sri_Lanka 512 C 58 58
247 Sri_Lanka 513 A 58 58
248 Sri_Lanka 514 T 58 58
249 Sri_Lanka 515 G 58 58
250 Sri_Lanka 516 T 58 57
251 Sri_Lanka 517 T 58 57
252 Sri_Lanka 518 A 58 57
253 Sri_Lanka 519 T 58 57
254 Sri_Lanka 520 G 58 57
255 Sri_Lanka 521 G 58 57
256 Sri_Lanka 522 T 58 57
257 Sri_Lanka 523 T 58 58
258 Sri_Lanka 524 G 58 58
259 Sri_Lanka 525 A 58 58
260 Sri_Lanka 526 G 58 58
261 Sri_Lanka 527 C 58 58
262 Sri_Lanka 528 T 58 58
263 Sri_Lanka 529 G 58 58
264 Sri_Lanka 530 G 58 58
265 Sri_Lanka 531 T 58 58
266 Sri_Lanka 532 A 58 58
267 Sri_Lanka 533 G 58 58
268 Sri_Lanka 534 C 58 58
269 Sri_Lanka 535 A 58 58
270 Sri_Lanka 536 G 58 58
271 Sri_Lanka 537 A 57 57
272 Sri_Lanka 538 A 57 57
273 Sri_Lanka 539 C 57 57
274 Sri_Lanka 540 T 57 57
275 Sri_Lanka 541 C 57 57
276 Sri_Lanka 542 G 57 57
277 Sri_Lanka 543 A 57 57
278 Sri_Lanka 544 A 57 57
279 Sri_Lanka 545 G 57 57
280 Sri_Lanka 546 G 57 57
281 Sri_Lanka 547 C 57 57
282 Sri_Lanka 548 A 57 56
283 Sri_Lanka 549 T 57 56
284 Sri_Lanka 550 T 57 56
285 Sri_Lanka 551 C 57 56
286 Sri_Lanka 552 A 57 56
287 Sri_Lanka 553 G 57 56
288 Sri_Lanka 554 T 57 57
289 Sri_Lanka 555 A 57 57
290 Sri_Lanka 556 C 57 57
291 Sri_Lanka 557 G 57 57
292 Sri_Lanka 558 G 57 57
293 Sri_Lanka 559 T 57 57
294 Sri_Lanka 560 C 57 57
295 Sri_Lanka 561 G 57 57
296 Sri_Lanka 562 T 57 57
297 Sri_Lanka 563 A 57 57
298 Sri_Lanka 564 G 57 57
299 Sri_Lanka 565 T 57 57
300 Sri_Lanka 566 G 57 57
301 Sri_Lanka 567 G 57 57
302 Sri_Lanka 568 T 57 57
303 Sri_Lanka 569 G 57 57
304 Sri_Lanka 570 A 57 57
305 Sri_Lanka 571 G 57 57
306 Sri_Lanka 572 A 57 57
307 Sri_Lanka 573 C 57 57
308 Sri_Lanka 574 A 57 57
309 Sri_Lanka 575 C 57 57
310 Sri_Lanka 576 T 57 57
311 Sri_Lanka 577 T 57 57
312 Sri_Lanka 578 G 57 57
313 Sri_Lanka 579 G 57 57
314 Sri_Lanka 580 T 57 57
315 Sri_Lanka 581 G 57 57
316 Sri_Lanka 582 T 57 57
317 Sri_Lanka 583 C 57 57
318 Sri_Lanka 584 C 57 57
319 Sri_Lanka 585 T 57 57
320 Sri_Lanka 586 T 57 57
321 Sri_Lanka 587 G 57 57
322 Sri_Lanka 588 T 57 57
323 Sri_Lanka 589 C 57 57
324 Sri_Lanka 590 C 57 57
325 Sri_Lanka 591 C 57 57
326 Sri_Lanka 592 T 57 57
327 Sri_Lanka 593 C 57 57
328 Sri_Lanka 594 A 57 57
329 Sri_Lanka 595 T 57 57
330 Sri_Lanka 596 G 57 57
331 Sri_Lanka 597 T 57 57
332 Sri_Lanka 598 G 57 57
333 Sri_Lanka 599 G 57 57
334 Sri_Lanka 600 G 57 57
335 Sri_Lanka 601 C 57 57
336 Sri_Lanka 602 G 57 57
337 Sri_Lanka 603 A 57 57
338 Sri_Lanka 604 A 57 57
339 Sri_Lanka 605 A 57 57
340 Sri_Lanka 606 T 57 57
341 Sri_Lanka 607 A 57 57
342 Sri_Lanka 608 C 57 57
343 Sri_Lanka 609 C 57 57
344 Sri_Lanka 610 A 57 57
345 Sri_Lanka 611 G 57 57
346 Sri_Lanka 612 T 57 57
347 Sri_Lanka 613 G 57 57
348 Sri_Lanka 614 G 57 57
349 Sri_Lanka 615 C 57 57
350 Sri_Lanka 616 T 57 57
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