National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
-   540                                        
?                                            
A   21                                        
C   3                                        
D   27                                        
E   54                                        
F   15                                        
G   66           1                            
H   21                                        
I   9                                        
K   27                                        
L   63                                        
M   9                                        
N   18                                        
P   24                                        
Q   21                                        
R   30                                        
S   30                                        
T   21 1                                      
V   63                                   1    
W   3                                        
Y   15                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Rwanda 266 A 24 24
1 Rwanda 267 T 24 24
2 Rwanda 268 G 24 24
3 Rwanda 269 G 24 24
4 Rwanda 270 A 24 24
5 Rwanda 271 G 24 24
6 Rwanda 272 A 24 24
7 Rwanda 273 G 24 24
8 Rwanda 274 C 24 24
9 Rwanda 275 C 24 24
10 Rwanda 276 T 24 24
11 Rwanda 277 T 24 24
12 Rwanda 278 G 24 24
13 Rwanda 279 T 24 24
14 Rwanda 280 C 24 24
15 Rwanda 281 C 24 24
16 Rwanda 282 C 24 24
17 Rwanda 283 T 24 24
18 Rwanda 284 G 24 24
19 Rwanda 285 G 24 24
20 Rwanda 286 T 24 24
21 Rwanda 287 T 24 24
22 Rwanda 288 T 24 24
23 Rwanda 289 C 24 24
24 Rwanda 290 A 24 24
25 Rwanda 291 A 24 24
26 Rwanda 292 C 24 24
27 Rwanda 293 G 24 24
28 Rwanda 294 A 24 24
29 Rwanda 295 G 24 24
30 Rwanda 296 A 24 24
31 Rwanda 297 A 24 24
32 Rwanda 298 A 24 24
33 Rwanda 299 A 24 24
34 Rwanda 300 C 24 24
35 Rwanda 301 A 24 24
36 Rwanda 302 C 24 24
37 Rwanda 303 A 24 24
38 Rwanda 304 C 24 24
39 Rwanda 305 G 24 24
40 Rwanda 306 T 24 24
41 Rwanda 307 C 24 24
42 Rwanda 308 C 24 24
43 Rwanda 309 A 24 24
44 Rwanda 310 A 24 24
45 Rwanda 311 C 24 24
46 Rwanda 312 T 24 24
47 Rwanda 313 C 24 24
48 Rwanda 314 A 24 24
49 Rwanda 315 G 24 24
50 Rwanda 316 T 24 24
51 Rwanda 317 T 24 24
52 Rwanda 318 T 24 24
53 Rwanda 319 G 24 24
54 Rwanda 320 C 24 24
55 Rwanda 321 C 24 24
56 Rwanda 322 T 24 24
57 Rwanda 323 G 24 24
58 Rwanda 324 T 24 24
59 Rwanda 325 T 24 24
60 Rwanda 326 T 24 24
61 Rwanda 327 T 24 24
62 Rwanda 328 A 24 24
63 Rwanda 329 C 24 24
64 Rwanda 330 A 24 24
65 Rwanda 331 G 24 24
66 Rwanda 332 G 24 24
67 Rwanda 333 T 24 24
68 Rwanda 334 T 24 24
69 Rwanda 335 C 24 24
70 Rwanda 336 G 24 24
71 Rwanda 337 C 24 24
72 Rwanda 338 G 24 24
73 Rwanda 339 A 24 24
74 Rwanda 340 C 24 24
75 Rwanda 341 G 24 24
76 Rwanda 342 T 24 24
77 Rwanda 343 G A 24 23 Val26Val
78 Rwanda 344 C 24 24
79 Rwanda 345 T 24 24
80 Rwanda 346 C 24 24
81 Rwanda 347 G 24 24
82 Rwanda 348 T 24 24
83 Rwanda 349 A 24 24
84 Rwanda 350 C 24 24
85 Rwanda 351 G 24 24
86 Rwanda 352 T 24 24
87 Rwanda 353 G 24 24
88 Rwanda 354 G 24 24
89 Rwanda 355 C 24 24
90 Rwanda 356 T 24 24
91 Rwanda 357 T 24 24
92 Rwanda 358 T 24 24
93 Rwanda 359 G 24 24
94 Rwanda 360 G 24 24
95 Rwanda 361 A 24 24
96 Rwanda 362 G 24 24
97 Rwanda 363 A 24 24
98 Rwanda 364 C 24 24
99 Rwanda 365 T 24 24
100 Rwanda 366 C 24 24
101 Rwanda 367 C 24 24
102 Rwanda 368 G 24 24
103 Rwanda 369 T 24 24
104 Rwanda 370 G 24 24
105 Rwanda 371 G 24 24
106 Rwanda 372 A 24 24
107 Rwanda 373 G 24 24
108 Rwanda 374 G 24 24
109 Rwanda 375 A 24 24
110 Rwanda 376 G 24 24
111 Rwanda 377 G 24 24
112 Rwanda 378 T 24 24
113 Rwanda 379 C 24 24
114 Rwanda 380 T 24 24
115 Rwanda 381 T 24 24
116 Rwanda 382 A 24 24
117 Rwanda 383 T 24 24
118 Rwanda 384 C 24 24
119 Rwanda 385 A 24 24
120 Rwanda 386 G 23 23
121 Rwanda 387 A 23 23
122 Rwanda 388 G 23 23
123 Rwanda 389 G 23 23
124 Rwanda 390 C 23 23
125 Rwanda 391 A 23 23
126 Rwanda 392 C 23 23
127 Rwanda 393 G 23 23
128 Rwanda 394 T 23 23
129 Rwanda 395 C 23 23
130 Rwanda 396 A 23 23
131 Rwanda 397 A 23 23
132 Rwanda 398 C 23 23
133 Rwanda 399 A 23 23
134 Rwanda 400 T 23 23
135 Rwanda 401 C 23 23
136 Rwanda 402 T 23 23
137 Rwanda 403 T 23 23
138 Rwanda 404 A 23 23
139 Rwanda 405 A 23 23
140 Rwanda 406 A 23 23
141 Rwanda 407 G 23 23
142 Rwanda 408 A 23 23
143 Rwanda 409 T 23 23
144 Rwanda 410 G 23 23
145 Rwanda 411 G 23 23
146 Rwanda 412 C 23 23
147 Rwanda 413 A 23 23
148 Rwanda 414 C 23 23
149 Rwanda 415 T 23 23
150 Rwanda 416 T 23 23
151 Rwanda 417 G 23 23
152 Rwanda 418 T 23 23
153 Rwanda 419 G 23 23
154 Rwanda 420 G 23 23
155 Rwanda 421 C 23 23
156 Rwanda 422 T 23 23
157 Rwanda 423 T 23 23
158 Rwanda 424 A 23 23
159 Rwanda 425 G 23 23
160 Rwanda 426 T 23 23
161 Rwanda 427 A 23 23
162 Rwanda 428 G 23 23
163 Rwanda 429 A 23 23
164 Rwanda 430 A 23 23
165 Rwanda 431 G 23 23
166 Rwanda 432 T 23 23
167 Rwanda 433 T 23 23
168 Rwanda 434 G 23 23
169 Rwanda 435 A 23 23
170 Rwanda 436 A 23 23
171 Rwanda 437 A 23 23
172 Rwanda 438 A 23 23
173 Rwanda 439 A 23 23
174 Rwanda 440 G 23 23
175 Rwanda 441 G 23 23
176 Rwanda 442 C 23 23
177 Rwanda 443 G 23 23
178 Rwanda 444 T 23 23
179 Rwanda 445 T 23 23
180 Rwanda 446 T 23 23
181 Rwanda 447 T 23 23
182 Rwanda 448 G 23 23
183 Rwanda 449 C 23 23
184 Rwanda 450 C 23 23
185 Rwanda 451 T 23 23
186 Rwanda 452 C 23 23
187 Rwanda 453 A 23 23
188 Rwanda 454 A 23 23
189 Rwanda 455 C 24 24
190 Rwanda 456 T 24 24
191 Rwanda 457 T 24 24
192 Rwanda 458 G 24 24
193 Rwanda 459 A 24 24
194 Rwanda 460 A 24 24
195 Rwanda 461 C 24 24
196 Rwanda 462 A 24 24
197 Rwanda 463 G 24 24
198 Rwanda 464 C 24 24
199 Rwanda 465 C 24 24
200 Rwanda 466 C 24 24
201 Rwanda 467 T 24 24
202 Rwanda 468 A 24 24
203 Rwanda 469 T 24 24
204 Rwanda 470 G 24 24
205 Rwanda 471 T 24 24
206 Rwanda 472 G 24 24
207 Rwanda 473 T 24 24
208 Rwanda 474 T 24 24
209 Rwanda 475 C 24 24
210 Rwanda 476 A 24 24
211 Rwanda 477 T 24 24
212 Rwanda 478 C 24 24
213 Rwanda 479 A 24 24
214 Rwanda 480 A 24 24
215 Rwanda 481 A 24 24
216 Rwanda 482 C 24 24
217 Rwanda 483 G 24 24
218 Rwanda 484 T 24 24
219 Rwanda 485 T 24 24
220 Rwanda 486 C 24 24
221 Rwanda 487 G 24 24
222 Rwanda 488 G 24 24
223 Rwanda 489 A 24 24
224 Rwanda 490 T 24 24
225 Rwanda 491 G 24 24
226 Rwanda 492 C 24 24
227 Rwanda 493 T 24 24
228 Rwanda 494 C 24 24
229 Rwanda 495 G 24 24
230 Rwanda 496 A 24 24
231 Rwanda 497 A 24 24
232 Rwanda 498 C 24 24
233 Rwanda 499 T 24 24
234 Rwanda 500 G 24 24
235 Rwanda 501 C 24 24
236 Rwanda 502 A 24 24
237 Rwanda 503 C 24 24
238 Rwanda 504 C 24 24
239 Rwanda 505 T 22 22
240 Rwanda 506 C 22 22
241 Rwanda 507 A 22 22
242 Rwanda 508 T 22 22
243 Rwanda 509 G 22 22
244 Rwanda 510 G 22 22
245 Rwanda 511 T 22 22
246 Rwanda 512 C 22 22
247 Rwanda 513 A 22 22
248 Rwanda 514 T 22 22
249 Rwanda 515 G 22 22
250 Rwanda 516 T 22 22
251 Rwanda 517 T 22 22
252 Rwanda 518 A 22 22
253 Rwanda 519 T 22 22
254 Rwanda 520 G 22 22
255 Rwanda 521 G 22 22
256 Rwanda 522 T 22 22
257 Rwanda 523 T 22 22
258 Rwanda 524 G 22 22
259 Rwanda 525 A 22 22
260 Rwanda 526 G 22 22
261 Rwanda 527 C 22 22
262 Rwanda 528 T 22 22
263 Rwanda 529 G 22 22
264 Rwanda 530 G 22 22
265 Rwanda 531 T 22 22
266 Rwanda 532 A 22 22
267 Rwanda 533 G 22 22
268 Rwanda 534 C 22 22
269 Rwanda 535 A 22 22
270 Rwanda 536 G 22 22
271 Rwanda 537 A 22 22
272 Rwanda 538 A 22 22
273 Rwanda 539 C 22 22
274 Rwanda 540 T 22 22
275 Rwanda 541 C 22 22
276 Rwanda 542 G 22 22
277 Rwanda 543 A 22 22
278 Rwanda 544 A 22 22
279 Rwanda 545 G 22 22
280 Rwanda 546 G 22 22
281 Rwanda 547 C 22 22
282 Rwanda 548 A 22 22
283 Rwanda 549 T 22 22
284 Rwanda 550 T 22 22
285 Rwanda 551 C 22 22
286 Rwanda 552 A 22 22
287 Rwanda 553 G 22 22
288 Rwanda 554 T 22 22
289 Rwanda 555 A 22 22
290 Rwanda 556 C 22 22
291 Rwanda 557 G 22 22
292 Rwanda 558 G 22 22
293 Rwanda 559 T 22 22
294 Rwanda 560 C 22 22
295 Rwanda 561 G 22 22
296 Rwanda 562 T 22 22
297 Rwanda 563 A 22 22
298 Rwanda 564 G 22 22
299 Rwanda 565 T 24 24
300 Rwanda 566 G 24 24
301 Rwanda 567 G 24 24
302 Rwanda 568 T 24 24
303 Rwanda 569 G 24 24
304 Rwanda 570 A 24 24
305 Rwanda 571 G 24 24
306 Rwanda 572 A 24 24
307 Rwanda 573 C 24 24
308 Rwanda 574 A 24 24
309 Rwanda 575 C 24 24
310 Rwanda 576 T 24 24
311 Rwanda 577 T 24 24
312 Rwanda 578 G 24 24
313 Rwanda 579 G 24 24
314 Rwanda 580 T 24 24
315 Rwanda 581 G 24 24
316 Rwanda 582 T 24 24
317 Rwanda 583 C 24 24
318 Rwanda 584 C 24 24
319 Rwanda 585 T 24 24
320 Rwanda 586 T 24 24
321 Rwanda 587 G 24 24
322 Rwanda 588 T 24 24
323 Rwanda 589 C 24 24
324 Rwanda 590 C 24 24
325 Rwanda 591 C 24 24
326 Rwanda 592 T 24 24
327 Rwanda 593 C 24 24
328 Rwanda 594 A 24 24
329 Rwanda 595 T 24 24
330 Rwanda 596 G 24 24
331 Rwanda 597 T 24 24
332 Rwanda 598 G 24 24
333 Rwanda 599 G 24 24
334 Rwanda 600 G 24 24
335 Rwanda 601 C 24 24
336 Rwanda 602 G 24 24
337 Rwanda 603 A 24 24
338 Rwanda 604 A 24 24
339 Rwanda 605 A 24 24
340 Rwanda 606 T 24 24
341 Rwanda 607 A 24 24
342 Rwanda 608 C 24 24
343 Rwanda 609 C 24 24
344 Rwanda 610 A 24 24
345 Rwanda 611 G 24 24
346 Rwanda 612 T 24 24
347 Rwanda 613 G 24 24
348 Rwanda 614 G 24 24
349 Rwanda 615 C 24 24
350 Rwanda 616 T 24 24
351 Rwanda 617 T 24 24
352 Rwanda 618 A 24 24
353 Rwanda 619 C 24 24
354 Rwanda 620 C 24 24
355 Rwanda 621 G 24 24
356 Rwanda 622 C 24 24
357 Rwanda 623 A 24 24
358 Rwanda 624 A 24 24
359 Rwanda 625 G 24 24
360 Rwanda 626 G 24 24
361 Rwanda 627 T 24 24
362 Rwanda 628 T 24 24
363 Rwanda 629 C 24 24
364 Rwanda 630 T 24 24
365 Rwanda 631 T 24 24
366 Rwanda 632 C 24 24
367 Rwanda 633 T 23 23
368 Rwanda 634 T 23 23
369 Rwanda 635 C 23 23
370 Rwanda 636 G 23 23
371 Rwanda 637 T 23 23
372 Rwanda 638 A 23 23
373 Rwanda 639 A 23 23
374 Rwanda 640 G 23 23
375 Rwanda 641 A 23 23
376 Rwanda 642 A 23 23
377 Rwanda 643 C 23 23
378 Rwanda 644 G 23 23
379 Rwanda 645 G 23 23
380 Rwanda 646 T 23 23
381 Rwanda 647 A 23 23
382 Rwanda 648 A 23 23
383 Rwanda 649 T 23 23
384 Rwanda 650 A 23 23
385 Rwanda 651 A 23 23
386 Rwanda 652 A 23 23
387 Rwanda 653 G 23 23
388 Rwanda 654 G 23 23
389 Rwanda 655 A 23 23
390 Rwanda 656 G 23 23
391 Rwanda 657 C 23 23
392 Rwanda 658 T 23 23
393 Rwanda 659 G 23 23
394 Rwanda 660 G 23 23
395 Rwanda 661 T 23 23
396 Rwanda 662 G 23 23
397 Rwanda 663 G 23 23
398 Rwanda 664 C 23 23
399 Rwanda 665 C 31 31
400 Rwanda 666 A 31 31
401 Rwanda 667 T 31 31
402 Rwanda 668 A 31 31
403 Rwanda 669 G 31 31
404 Rwanda 670 T 31 31
405 Rwanda 671 T 31 31
406 Rwanda 672 A 31 31
407 Rwanda 673 C 31 31
408 Rwanda 674 G 31 31
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