National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
-   540                                        
?                                            
A   21                                        
C   3                                        
D   27     1                                  
E   54     1 1                                
F   15         1                              
G   66                                        
H   21                                        
I   9                                        
K   27                                        
L   63                   1                    
M   9                                        
N   18                       1                
P   24                                        
Q   21                                        
R   30                                        
S   30                         1     1        
T   21                                        
V   63                                   1    
W   3                                        
Y   15                                       1

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Romania 266 A 382 382
1 Romania 267 T 382 382
2 Romania 268 G 382 382
3 Romania 269 G 382 382
4 Romania 270 A 382 382
5 Romania 271 G 382 382
6 Romania 272 A 382 382
7 Romania 273 G 382 382
8 Romania 274 C 382 382
9 Romania 275 C 382 382
10 Romania 276 T 382 382
11 Romania 277 T 382 382
12 Romania 278 G 382 382
13 Romania 279 T 382 382
14 Romania 280 C 382 382
15 Romania 281 C 382 382
16 Romania 282 C 382 382
17 Romania 283 T 382 382
18 Romania 284 G 382 382
19 Romania 285 G 382 382
20 Romania 286 T 382 382
21 Romania 287 T 382 382
22 Romania 288 T 382 382
23 Romania 289 C 382 382
24 Romania 290 A 382 382
25 Romania 291 A 382 382
26 Romania 292 C 382 382
27 Romania 293 G 382 382
28 Romania 294 A 382 382
29 Romania 295 G 382 382
30 Romania 296 A 382 382
31 Romania 297 A 382 382
32 Romania 298 A 382 382
33 Romania 299 A 382 382
34 Romania 300 C 382 382
35 Romania 301 A 382 382
36 Romania 302 C 382 382
37 Romania 303 A 382 382
38 Romania 304 C 382 382
39 Romania 305 G 382 382
40 Romania 306 T 382 382
41 Romania 307 C 382 382
42 Romania 308 C 382 382
43 Romania 309 A 382 382
44 Romania 310 A 382 382
45 Romania 311 C 382 382
46 Romania 312 T 382 382
47 Romania 313 C T 382 380 Leu16Leu
48 Romania 314 A 382 382
49 Romania 315 G 382 382
50 Romania 316 T 382 382
51 Romania 317 T 382 382
52 Romania 318 T 382 382
53 Romania 319 G 382 382
54 Romania 320 C 382 382
55 Romania 321 C 382 382
56 Romania 322 T 382 382
57 Romania 323 G 382 382
58 Romania 324 T 382 382
59 Romania 325 T 382 382
60 Romania 326 T 382 382
61 Romania 327 T 382 382
62 Romania 328 A 382 382
63 Romania 329 C 382 382
64 Romania 330 A 382 382
65 Romania 331 G 382 382
66 Romania 332 G 382 382
67 Romania 333 T 382 382
68 Romania 334 T 382 382
69 Romania 335 C 382 382
70 Romania 336 G 382 382
71 Romania 337 C 382 382
72 Romania 338 G 382 382
73 Romania 339 A 382 382
74 Romania 340 C 382 382
75 Romania 341 G 382 382
76 Romania 342 T 382 382
77 Romania 343 G 382 382
78 Romania 344 C 382 382
79 Romania 345 T 382 382
80 Romania 346 C 382 382
81 Romania 347 G 382 382
82 Romania 348 T 382 382
83 Romania 349 A 382 382
84 Romania 350 C 382 382
85 Romania 351 G 382 382
86 Romania 352 T 382 382
87 Romania 353 G 382 382
88 Romania 354 G 382 382
89 Romania 355 C 382 382
90 Romania 356 T 382 382
91 Romania 357 T 382 382
92 Romania 358 T C 382 380 Phe31Phe
93 Romania 359 G 382 382
94 Romania 360 G 382 382
95 Romania 361 A 382 382
96 Romania 362 G 382 382
97 Romania 363 A 382 382
98 Romania 364 C 382 382
99 Romania 365 T 382 382
100 Romania 366 C 382 382
101 Romania 367 C T 382 380 Ser34Ser
102 Romania 368 G 382 382
103 Romania 369 T 382 382
104 Romania 370 G 382 382
105 Romania 371 G 382 382
106 Romania 372 A 382 382
107 Romania 373 G 382 382
108 Romania 374 G 382 382
109 Romania 375 A 382 382
110 Romania 376 G A 382 380 Glu37Glu
111 Romania 377 G 382 382
112 Romania 378 T 382 382
113 Romania 379 C 382 382
114 Romania 380 T 382 382
115 Romania 381 T 382 382
116 Romania 382 A 382 382
117 Romania 383 T 382 382
118 Romania 384 C 382 382
119 Romania 385 A 382 382
120 Romania 386 G 382 382
121 Romania 387 A 382 382
122 Romania 388 G 382 382
123 Romania 389 G 382 382
124 Romania 390 C 382 382
125 Romania 391 A 382 382
126 Romania 392 C 382 382
127 Romania 393 G 382 382
128 Romania 394 T 382 382
129 Romania 395 C 382 382
130 Romania 396 A 382 382
131 Romania 397 A 382 382
132 Romania 398 C 382 382
133 Romania 399 A 382 382
134 Romania 400 T 382 382
135 Romania 401 C 382 382
136 Romania 402 T 382 382
137 Romania 403 T 382 382
138 Romania 404 A 382 382
139 Romania 405 A 382 382
140 Romania 406 A 382 382
141 Romania 407 G 382 382
142 Romania 408 A 382 382
143 Romania 409 T 382 382
144 Romania 410 G 382 382
145 Romania 411 G 382 382
146 Romania 412 C 382 382
147 Romania 413 A 382 382
148 Romania 414 C 382 382
149 Romania 415 T 382 382
150 Romania 416 T 382 382
151 Romania 417 G 382 382
152 Romania 418 T 382 382
153 Romania 419 G 382 382
154 Romania 420 G 382 382
155 Romania 421 C 382 382
156 Romania 422 T 382 382
157 Romania 423 T 382 382
158 Romania 424 A 382 382
159 Romania 425 G 382 382
160 Romania 426 T 382 382
161 Romania 427 A 382 382
162 Romania 428 G 382 382
163 Romania 429 A 382 382
164 Romania 430 A 382 382
165 Romania 431 G 382 382
166 Romania 432 T 382 382
167 Romania 433 T 382 382
168 Romania 434 G 382 382
169 Romania 435 A 382 382
170 Romania 436 A 382 382
171 Romania 437 A 382 382
172 Romania 438 A 382 382
173 Romania 439 A 382 382
174 Romania 440 G 382 382
175 Romania 441 G 382 382
176 Romania 442 C 382 382
177 Romania 443 G 382 382
178 Romania 444 T 382 382
179 Romania 445 T C 382 380 Val60Val
180 Romania 446 T 382 382
181 Romania 447 T 382 382
182 Romania 448 G 382 382
183 Romania 449 C 382 382
184 Romania 450 C 382 382
185 Romania 451 T 382 382
186 Romania 452 C 382 382
187 Romania 453 A 382 382
188 Romania 454 A 382 382
189 Romania 455 C 382 382
190 Romania 456 T 382 382
191 Romania 457 T 382 382
192 Romania 458 G 382 382
193 Romania 459 A 382 382
194 Romania 460 A 382 382
195 Romania 461 C 382 382
196 Romania 462 A 382 382
197 Romania 463 G 382 382
198 Romania 464 C 382 382
199 Romania 465 C 382 382
200 Romania 466 C 382 382
201 Romania 467 T 382 382
202 Romania 468 A 382 382
203 Romania 469 T C 382 374 Tyr68Tyr
204 Romania 470 G 382 382
205 Romania 471 T 382 382
206 Romania 472 G 382 382
207 Romania 473 T 382 382
208 Romania 474 T 382 382
209 Romania 475 C 382 382
210 Romania 476 A 382 382
211 Romania 477 T 382 382
212 Romania 478 C 382 382
213 Romania 479 A 382 382
214 Romania 480 A 382 382
215 Romania 481 A 382 382
216 Romania 482 C 382 382
217 Romania 483 G 382 382
218 Romania 484 T 382 382
219 Romania 485 T 382 382
220 Romania 486 C 382 382
221 Romania 487 G 382 382
222 Romania 488 G 382 382
223 Romania 489 A 382 382
224 Romania 490 T 382 382
225 Romania 491 G 382 382
226 Romania 492 C 382 382
227 Romania 493 T 382 382
228 Romania 494 C 382 382
229 Romania 495 G 382 382
230 Romania 496 A 382 382
231 Romania 497 A 382 382
232 Romania 498 C 382 382
233 Romania 499 T 382 382
234 Romania 500 G 382 382
235 Romania 501 C 382 382
236 Romania 502 A 382 382
237 Romania 503 C 382 382
238 Romania 504 C 382 382
239 Romania 505 T 382 382
240 Romania 506 C 382 382
241 Romania 507 A 382 382
242 Romania 508 T 382 382
243 Romania 509 G 382 382
244 Romania 510 G 382 382
245 Romania 511 T 382 382
246 Romania 512 C 382 382
247 Romania 513 A 382 382
248 Romania 514 T 382 382
249 Romania 515 G 382 382
250 Romania 516 T 382 382
251 Romania 517 T 382 382
252 Romania 518 A 382 382
253 Romania 519 T 382 382
254 Romania 520 G 382 382
255 Romania 521 G 382 382
256 Romania 522 T 382 382
257 Romania 523 T 382 382
258 Romania 524 G 382 382
259 Romania 525 A 382 382
260 Romania 526 G T 382 378 Glu87Asp
261 Romania 527 C 382 382
262 Romania 528 T 382 382
263 Romania 529 G 382 382
264 Romania 530 G 382 382
265 Romania 531 T 382 382
266 Romania 532 A 382 382
267 Romania 533 G 382 382
268 Romania 534 C 382 382
269 Romania 535 A 382 382
270 Romania 536 G 382 382
271 Romania 537 A 382 382
272 Romania 538 A 382 382
273 Romania 539 C 382 382
274 Romania 540 T 382 382
275 Romania 541 C 382 382
276 Romania 542 G 382 382
277 Romania 543 A 382 382
278 Romania 544 A 382 382
279 Romania 545 G 382 382
280 Romania 546 G 382 382
281 Romania 547 C 382 382
282 Romania 548 A 382 382
283 Romania 549 T 382 382
284 Romania 550 T 382 382
285 Romania 551 C 382 382
286 Romania 552 A 382 382
287 Romania 553 G 382 382
288 Romania 554 T 382 382
289 Romania 555 A 382 382
290 Romania 556 C 382 382
291 Romania 557 G 382 382
292 Romania 558 G 382 382
293 Romania 559 T 382 382
294 Romania 560 C 382 382
295 Romania 561 G 382 382
296 Romania 562 T 382 382
297 Romania 563 A 382 382
298 Romania 564 G 382 382
299 Romania 565 T 382 382
300 Romania 566 G 382 382
301 Romania 567 G 382 382
302 Romania 568 T 382 382
303 Romania 569 G 382 382
304 Romania 570 A 382 382
305 Romania 571 G 382 382
306 Romania 572 A 382 382
307 Romania 573 C 382 382
308 Romania 574 A 382 382
309 Romania 575 C 382 382
310 Romania 576 T 382 382
311 Romania 577 T 382 382
312 Romania 578 G 382 382
313 Romania 579 G 382 382
314 Romania 580 T 382 382
315 Romania 581 G 382 382
316 Romania 582 T 382 382
317 Romania 583 C 382 382
318 Romania 584 C 382 382
319 Romania 585 T 382 382
320 Romania 586 T 382 382
321 Romania 587 G 382 382
322 Romania 588 T 382 382
323 Romania 589 C 382 382
324 Romania 590 C 382 382
325 Romania 591 C 382 382
326 Romania 592 T 382 382
327 Romania 593 C 382 382
328 Romania 594 A 382 382
329 Romania 595 T 382 382
330 Romania 596 G 382 382
331 Romania 597 T 382 382
332 Romania 598 G 382 382
333 Romania 599 G 382 382
334 Romania 600 G 382 382
335 Romania 601 C 382 382
336 Romania 602 G 382 382
337 Romania 603 A 382 382
338 Romania 604 A 382 382
339 Romania 605 A 382 382
340 Romania 606 T 382 382
341 Romania 607 A 382 382
342 Romania 608 C 382 382
343 Romania 609 C 382 382
344 Romania 610 A 382 382
345 Romania 611 G 382 382
346 Romania 612 T 382 382
347 Romania 613 G 382 382
348 Romania 614 G 382 382
349 Romania 615 C 382 382
350 Romania 616 T 382 382
351 Romania 617 T 382 382
352 Romania 618 A 382 382
353 Romania 619 C 382 382
354 Romania 620 C 382 382
355 Romania 621 G 382 382
356 Romania 622 C 382 382
357 Romania 623 A 382 382
358 Romania 624 A 382 382
359 Romania 625 G 382 382
360 Romania 626 G 380 380
361 Romania 627 T 380 380
362 Romania 628 T 380 380
363 Romania 629 C 380 380
364 Romania 630 T 380 380
365 Romania 631 T 380 380
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