National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
-   540                                        
?                                            
A   21                                        
C   3                                        
D   27                                        
E   54                                        
F   15                                        
G   66                                        
H   21                                        
I   9                                        
K   27                                        
L   63                                        
M   9                                        
N   18                                        
P   24                                        
Q   21                                        
R   30                                        
S   30                                        
T   21                                        
V   63                                        
W   3                                        
Y   15                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Qatar 266 A 16 16
1 Qatar 267 T 16 16
2 Qatar 268 G 16 16
3 Qatar 269 G 16 16
4 Qatar 270 A 16 16
5 Qatar 271 G 16 16
6 Qatar 272 A 16 16
7 Qatar 273 G 16 16
8 Qatar 274 C 16 16
9 Qatar 275 C 16 16
10 Qatar 276 T 16 16
11 Qatar 277 T 16 16
12 Qatar 278 G 16 16
13 Qatar 279 T 16 16
14 Qatar 280 C 16 16
15 Qatar 281 C 16 16
16 Qatar 282 C 16 16
17 Qatar 283 T 16 16
18 Qatar 284 G 16 16
19 Qatar 285 G 16 16
20 Qatar 286 T 16 16
21 Qatar 287 T 16 16
22 Qatar 288 T 16 16
23 Qatar 289 C 16 16
24 Qatar 290 A 16 16
25 Qatar 291 A 16 16
26 Qatar 292 C 16 16
27 Qatar 293 G 16 16
28 Qatar 294 A 16 16
29 Qatar 295 G 16 16
30 Qatar 296 A 16 16
31 Qatar 297 A 16 16
32 Qatar 298 A 16 16
33 Qatar 299 A 16 16
34 Qatar 300 C 16 16
35 Qatar 301 A 16 16
36 Qatar 302 C 16 16
37 Qatar 303 A 16 16
38 Qatar 304 C 16 16
39 Qatar 305 G 16 16
40 Qatar 306 T 16 16
41 Qatar 307 C 16 16
42 Qatar 308 C 16 16
43 Qatar 309 A 16 16
44 Qatar 310 A 16 16
45 Qatar 311 C 16 16
46 Qatar 312 T 16 16
47 Qatar 313 C 16 16
48 Qatar 314 A 16 16
49 Qatar 315 G 16 16
50 Qatar 316 T 16 16
51 Qatar 317 T 16 16
52 Qatar 318 T 16 16
53 Qatar 319 G 16 16
54 Qatar 320 C 16 16
55 Qatar 321 C 16 16
56 Qatar 322 T 16 12
57 Qatar 323 G 16 12
58 Qatar 324 T 16 14
59 Qatar 325 T 16 16
60 Qatar 326 T 16 16
61 Qatar 327 T 16 16
62 Qatar 328 A 16 16
63 Qatar 329 C 16 16
64 Qatar 330 A 16 16
65 Qatar 331 G 16 16
66 Qatar 332 G 16 16
67 Qatar 333 T 16 16
68 Qatar 334 T 16 16
69 Qatar 335 C 16 16
70 Qatar 336 G 16 16
71 Qatar 337 C 16 16
72 Qatar 338 G 16 16
73 Qatar 339 A 16 16
74 Qatar 340 C 16 16
75 Qatar 341 G 16 16
76 Qatar 342 T 16 16
77 Qatar 343 G 16 16
78 Qatar 344 C 16 16
79 Qatar 345 T 16 16
80 Qatar 346 C 16 16
81 Qatar 347 G 16 16
82 Qatar 348 T 16 16
83 Qatar 349 A 16 16
84 Qatar 350 C 16 16
85 Qatar 351 G 16 16
86 Qatar 352 T 16 16
87 Qatar 353 G 16 16
88 Qatar 354 G 16 16
89 Qatar 355 C 16 16
90 Qatar 356 T 16 13
91 Qatar 357 T 16 16
92 Qatar 358 T 16 16
93 Qatar 359 G 16 16
94 Qatar 360 G 16 16
95 Qatar 361 A 16 16
96 Qatar 362 G 16 16
97 Qatar 363 A 16 16
98 Qatar 364 C 16 16
99 Qatar 365 T 16 16
100 Qatar 366 C 16 16
101 Qatar 367 C 16 16
102 Qatar 368 G 16 16
103 Qatar 369 T 16 16
104 Qatar 370 G 16 16
105 Qatar 371 G 16 16
106 Qatar 372 A 16 16
107 Qatar 373 G 16 16
108 Qatar 374 G 16 16
109 Qatar 375 A 16 16
110 Qatar 376 G 16 16
111 Qatar 377 G 16 16
112 Qatar 378 T 16 16
113 Qatar 379 C 16 16
114 Qatar 380 T 16 16
115 Qatar 381 T 16 16
116 Qatar 382 A 16 16
117 Qatar 383 T 16 16
118 Qatar 384 C 16 16
119 Qatar 385 A 16 16
120 Qatar 386 G 16 16
121 Qatar 387 A 16 16
122 Qatar 388 G 16 16
123 Qatar 389 G 16 16
124 Qatar 390 C 16 16
125 Qatar 391 A 16 16
126 Qatar 392 C 16 16
127 Qatar 393 G 16 16
128 Qatar 394 T 16 16
129 Qatar 395 C 16 16
130 Qatar 396 A 16 16
131 Qatar 397 A 16 16
132 Qatar 398 C 16 16
133 Qatar 399 A 16 16
134 Qatar 400 T 16 16
135 Qatar 401 C 16 16
136 Qatar 402 T 16 16
137 Qatar 403 T 16 16
138 Qatar 404 A 16 16
139 Qatar 405 A 16 16
140 Qatar 406 A 16 16
141 Qatar 407 G 16 16
142 Qatar 408 A 16 16
143 Qatar 409 T 16 16
144 Qatar 410 G 16 16
145 Qatar 411 G 16 16
146 Qatar 412 C 16 16
147 Qatar 413 A 16 16
148 Qatar 414 C 16 16
149 Qatar 415 T 16 16
150 Qatar 416 T 16 16
151 Qatar 417 G 16 16
152 Qatar 418 T 16 16
153 Qatar 419 G 16 16
154 Qatar 420 G 16 16
155 Qatar 421 C 16 16
156 Qatar 422 T 16 16
157 Qatar 423 T 16 16
158 Qatar 424 A 16 16
159 Qatar 425 G 16 16
160 Qatar 426 T 16 16
161 Qatar 427 A 16 16
162 Qatar 428 G 16 16
163 Qatar 429 A 16 16
164 Qatar 430 A 16 16
165 Qatar 431 G 16 16
166 Qatar 432 T 16 16
167 Qatar 433 T 16 16
168 Qatar 434 G 16 16
169 Qatar 435 A 16 16
170 Qatar 436 A 16 16
171 Qatar 437 A 16 16
172 Qatar 438 A 16 16
173 Qatar 439 A 16 16
174 Qatar 440 G 16 16
175 Qatar 441 G 16 16
176 Qatar 442 C 16 16
177 Qatar 443 G 16 16
178 Qatar 444 T 16 16
179 Qatar 445 T 16 16
180 Qatar 446 T 16 16
181 Qatar 447 T 16 16
182 Qatar 448 G 16 16
183 Qatar 449 C 16 16
184 Qatar 450 C 16 16
185 Qatar 451 T 16 16
186 Qatar 452 C 16 16
187 Qatar 453 A 16 16
188 Qatar 454 A 16 16
189 Qatar 455 C 16 16
190 Qatar 456 T 16 16
191 Qatar 457 T 16 16
192 Qatar 458 G 16 16
193 Qatar 459 A 16 16
194 Qatar 460 A 16 16
195 Qatar 461 C 16 16
196 Qatar 462 A 16 16
197 Qatar 463 G 16 16
198 Qatar 464 C 16 16
199 Qatar 465 C 16 16
200 Qatar 466 C 16 16
201 Qatar 467 T 16 16
202 Qatar 468 A 16 16
203 Qatar 469 T 16 16
204 Qatar 470 G 16 16
205 Qatar 471 T 16 16
206 Qatar 472 G 16 16
207 Qatar 473 T 16 16
208 Qatar 474 T 16 16
209 Qatar 475 C 16 16
210 Qatar 476 A 16 16
211 Qatar 477 T 16 16
212 Qatar 478 C 16 16
213 Qatar 479 A 16 16
214 Qatar 480 A 16 16
215 Qatar 481 A 16 16
216 Qatar 482 C 16 16
217 Qatar 483 G 16 16
218 Qatar 484 T 16 16
219 Qatar 485 T 16 16
220 Qatar 486 C 16 16
221 Qatar 487 G 16 16
222 Qatar 488 G 16 16
223 Qatar 489 A 16 16
224 Qatar 490 T 16 16
225 Qatar 491 G 16 16
226 Qatar 492 C 16 16
227 Qatar 493 T 16 16
228 Qatar 494 C 16 16
229 Qatar 495 G 16 16
230 Qatar 496 A 16 16
231 Qatar 497 A 16 16
232 Qatar 498 C 16 16
233 Qatar 499 T 16 16
234 Qatar 500 G 16 16
235 Qatar 501 C 16 16
236 Qatar 502 A 16 16
237 Qatar 503 C 16 16
238 Qatar 504 C 16 16
239 Qatar 505 T 16 16
240 Qatar 506 C 16 16
241 Qatar 507 A 16 16
242 Qatar 508 T 16 16
243 Qatar 509 G 16 16
244 Qatar 510 G 16 16
245 Qatar 511 T 16 16
246 Qatar 512 C 16 16
247 Qatar 513 A 16 16
248 Qatar 514 T 16 16
249 Qatar 515 G 16 16
250 Qatar 516 T 16 16
251 Qatar 517 T 16 16
252 Qatar 518 A 16 16
253 Qatar 519 T 16 16
254 Qatar 520 G 16 16
255 Qatar 521 G 16 16
256 Qatar 522 T 16 16
257 Qatar 523 T 16 16
258 Qatar 524 G 16 16
259 Qatar 525 A 16 16
260 Qatar 526 G 16 16
261 Qatar 527 C 16 16
262 Qatar 528 T 16 16
263 Qatar 529 G 16 16
264 Qatar 530 G 16 16
265 Qatar 531 T 16 16
266 Qatar 532 A 16 16
267 Qatar 533 G 16 16
268 Qatar 534 C 16 16
269 Qatar 535 A 16 16
270 Qatar 536 G 16 16
271 Qatar 537 A 16 16
272 Qatar 538 A 16 16
273 Qatar 539 C 16 16
274 Qatar 540 T 16 16
275 Qatar 541 C 16 16
276 Qatar 542 G 16 16
277 Qatar 543 A 16 16
278 Qatar 544 A 16 16
279 Qatar 545 G 16 16
280 Qatar 546 G 16 16
281 Qatar 547 C 16 16
282 Qatar 548 A 16 16
283 Qatar 549 T 16 16
284 Qatar 550 T 16 16
285 Qatar 551 C 16 16
286 Qatar 552 A 16 16
287 Qatar 553 G 16 16
288 Qatar 554 T 16 16
289 Qatar 555 A 16 16
290 Qatar 556 C 16 16
291 Qatar 557 G 16 16
292 Qatar 558 G 16 16
293 Qatar 559 T 16 16
294 Qatar 560 C 16 16
295 Qatar 561 G 16 16
296 Qatar 562 T 16 16
297 Qatar 563 A 16 16
298 Qatar 564 G 16 16
299 Qatar 565 T 16 16
300 Qatar 566 G 16 16
301 Qatar 567 G 16 16
302 Qatar 568 T 16 16
303 Qatar 569 G 16 16
304 Qatar 570 A 16 16
305 Qatar 571 G 16 16
306 Qatar 572 A 16 16
307 Qatar 573 C 16 16
308 Qatar 574 A 16 16
309 Qatar 575 C 16 16
310 Qatar 576 T 16 16
311 Qatar 577 T 16 16
312 Qatar 578 G 16 16
313 Qatar 579 G 16 16
314 Qatar 580 T 16 16
315 Qatar 581 G 16 16
316 Qatar 582 T 16 16
317 Qatar 583 C 16 16
318 Qatar 584 C 16 16
319 Qatar 585 T 16 16
320 Qatar 586 T 16 16
321 Qatar 587 G 16 16
322 Qatar 588 T 16 16
323 Qatar 589 C 16 16
324 Qatar 590 C 16 16
325 Qatar 591 C 16 16
326 Qatar 592 T 16 16
327 Qatar 593 C 16 16
328 Qatar 594 A 16 16
329 Qatar 595 T 16 16
330 Qatar 596 G 16 16
331 Qatar 597 T 16 16
332 Qatar 598 G 16 16
333 Qatar 599 G 16 16
334 Qatar 600 G 16 16
335 Qatar 601 C 16 16
336 Qatar 602 G 16 16
337 Qatar 603 A 16 16
338 Qatar 604 A 16 16
339 Qatar 605 A 16 16
340 Qatar 606 T 16 16
341 Qatar 607 A 16 16
342 Qatar 608 C 16 16
343 Qatar 609 C 16 16
344 Qatar 610 A 16 16
345 Qatar 611 G 16 16
346 Qatar 612 T 16 16
347 Qatar 613 G 16 16
348 Qatar 614 G 16 16
349 Qatar 615 C 16 16
350 Qatar 616 T 16 16
351 Qatar 617 T 16 16
352 Qatar 618 A 16 16
353 Qatar 619 C 16 16
354 Qatar 620 C 16 16
355 Qatar 621 G 16 16
356 Qatar 622 C 16 16
357 Qatar 623 A 16 16
358 Qatar 624 A 16 16
359 Qatar 625 G 16 16
360 Qatar 626 G 16 16
361 Qatar 627 T 16 16
362 Qatar 628 T 16 16
363 Qatar 629 C 16 16
364 Qatar 630 T 16 16
365 Qatar 631 T 16 16
366 Qatar 632 C 16 16
367 Qatar 633 T 16 16
368 Qatar 634 T 16 16
369 Qatar 635 C 16 16
370 Qatar 636 G 16 16
371 Qatar 637 T 16 16
372 Qatar 638 A 16 16
373 Qatar 639 A 16 16
374 Qatar 640 G 16 16
375 Qatar 641 A 16 16
376 Qatar 642 A 16 16
377 Qatar 643 C 16 16
378 Qatar 644 G 16 16
379 Qatar 645 G 16 16
380 Qatar 646 T 16 16
381 Qatar 647 A 16 16
382 Qatar 648 A 16 16
383 Qatar 649 T 16 16
384 Qatar 650 A 16 16
385 Qatar 651 A 16 16
386 Qatar 652 A 16 16
387 Qatar 653 G 16 16
388 Qatar 654 G 16 16
389 Qatar 655 A 16 16
390 Qatar 656 G 16 16
391 Qatar 657 C 16 16
392 Qatar 658 T 16 16
393 Qatar 659 G 16 16
394 Qatar 660 G 16 16
395 Qatar 661 T 16 16
396 Qatar 662 G 16 16
397 Qatar 663 G 16 16
398 Qatar 664 C 16 16
399 Qatar 665 C 16 16
400 Qatar 666 A 16 16
401 Qatar 667 T 16 16
402 Qatar 668 A 16 16
403 Qatar 669 G 16 16
404 Qatar 670 T 16 16
405 Qatar 671 T 16 16
406 Qatar 672 A 16 16
407 Qatar 673 C 16 16
408 Qatar 674 G 16 16
409 Qatar 675 G 16 16
410 Qatar 676 C 16 16
411 Qatar 677 G 16 16
412 Qatar 678 C 16 16
413 Qatar 679 C 16 16
414 Qatar 680 G 16 16
415 Qatar 681 A 16 16
416 Qatar 682 T 16 16
417 Qatar 683 C 16 16
418 Qatar 684 T 16 16
419 Qatar 685 A 16 16
420 Qatar 686 A 16 16
421 Qatar 687 A 16 16
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423 Qatar 689 T 16 16
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