National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
-   540                                        
?                                            
A   21                                        
C   3                                        
D   27       1                                
E   54                                        
F   15                                        
G   66   1                                    
H   21                                        
I   9                                   1    
K   27                                        
L   63                                        
M   9                                        
N   18                                        
P   24                                        
Q   21                                        
R   30                                        
S   30           2                            
T   21                                        
V   63         1                              
W   3                                        
Y   15                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Panama 266 A 177 177
1 Panama 267 T 177 177
2 Panama 268 G 177 177
3 Panama 269 G 177 177
4 Panama 270 A 177 177
5 Panama 271 G 177 177
6 Panama 272 A G 177 176 Ser3Gly
7 Panama 273 G 177 177
8 Panama 274 C 177 177
9 Panama 275 C 177 177
10 Panama 276 T 177 177
11 Panama 277 T 177 177
12 Panama 278 G 177 177
13 Panama 279 T 177 177
14 Panama 280 C 177 177
15 Panama 281 C 177 177
16 Panama 282 C 177 177
17 Panama 283 T 177 177
18 Panama 284 G 177 177
19 Panama 285 G 177 177
20 Panama 286 T 177 177
21 Panama 287 T 177 177
22 Panama 288 T 177 177
23 Panama 289 C 177 177
24 Panama 290 A 177 177
25 Panama 291 A 177 177
26 Panama 292 C 177 177
27 Panama 293 G 177 177
28 Panama 294 A 177 177
29 Panama 295 G 177 177
30 Panama 296 A 177 177
31 Panama 297 A 177 177
32 Panama 298 A 177 177
33 Panama 299 A 177 177
34 Panama 300 C 177 177
35 Panama 301 A 177 177
36 Panama 302 C 177 176
37 Panama 303 A 177 177
38 Panama 304 C 177 177
39 Panama 305 G 177 177
40 Panama 306 T 177 177
41 Panama 307 C 177 177
42 Panama 308 C 177 177
43 Panama 309 A 177 177
44 Panama 310 A 177 177
45 Panama 311 C 177 177
46 Panama 312 T 177 177
47 Panama 313 C 177 176
48 Panama 314 A 177 177
49 Panama 315 G 177 177
50 Panama 316 T 177 177
51 Panama 317 T 177 177
52 Panama 318 T 177 177
53 Panama 319 G 177 177
54 Panama 320 C 177 177
55 Panama 321 C 177 177
56 Panama 322 T 177 177
57 Panama 323 G 177 177
58 Panama 324 T 177 177
59 Panama 325 T 177 177
60 Panama 326 T 177 177
61 Panama 327 T 177 177
62 Panama 328 A 179 179
63 Panama 329 C 187 187
64 Panama 330 A 187 187
65 Panama 331 G 223 223
66 Panama 332 G 250 250
67 Panama 333 T 256 256
68 Panama 334 T 262 262
69 Panama 335 C 263 263
70 Panama 336 G 264 264
71 Panama 337 C 267 267
72 Panama 338 G 267 267
73 Panama 339 A 267 267
74 Panama 340 C 267 267
75 Panama 341 G 267 267
76 Panama 342 T 268 268
77 Panama 343 G 269 269
78 Panama 344 C 270 270
79 Panama 345 T 270 270
80 Panama 346 C 273 273
81 Panama 347 G 273 273
82 Panama 348 T 273 273
83 Panama 349 A 274 274
84 Panama 350 C 275 275
85 Panama 351 G 275 275
86 Panama 352 T 275 275
87 Panama 353 G 275 275
88 Panama 354 G 275 275
89 Panama 355 C 279 279
90 Panama 356 T 280 280
91 Panama 357 T 280 280
92 Panama 358 T 281 281
93 Panama 359 G 281 281
94 Panama 360 G 282 282
95 Panama 361 A 282 282
96 Panama 362 G 282 282
97 Panama 363 A 282 282
98 Panama 364 C 282 282
99 Panama 365 T 282 282
100 Panama 366 C 282 282
101 Panama 367 C 283 283
102 Panama 368 G 283 283
103 Panama 369 T 283 283
104 Panama 370 G 284 283
105 Panama 371 G 285 285
106 Panama 372 A 285 285
107 Panama 373 G 285 285
108 Panama 374 G 286 286
109 Panama 375 A 286 286
110 Panama 376 G 287 287
111 Panama 377 G 288 288
112 Panama 378 T 288 288
113 Panama 379 C 288 288
114 Panama 380 T 288 288
115 Panama 381 T 288 288
116 Panama 382 A 289 289
117 Panama 383 T 289 289
118 Panama 384 C 289 289
119 Panama 385 A 290 290
120 Panama 386 G 290 290
121 Panama 387 A 290 290
122 Panama 388 G 291 291
123 Panama 389 G 291 291
124 Panama 390 C 291 291
125 Panama 391 A 291 291
126 Panama 392 C 291 291
127 Panama 393 G 291 291
128 Panama 394 T 292 292
129 Panama 395 C 292 292
130 Panama 396 A 292 292
131 Panama 397 A 292 292
132 Panama 398 C 292 292
133 Panama 399 A 292 292
134 Panama 400 T 293 293
135 Panama 401 C 293 293
136 Panama 402 T 294 294
137 Panama 403 T 294 294
138 Panama 404 A 294 294
139 Panama 405 A 294 294
140 Panama 406 A 294 294
141 Panama 407 G 294 294
142 Panama 408 A 294 294
143 Panama 409 T 295 295
144 Panama 410 G 295 295
145 Panama 411 G 295 295
146 Panama 412 C 295 295
147 Panama 413 A 295 295
148 Panama 414 C 295 295
149 Panama 415 T 295 295
150 Panama 416 T 295 295
151 Panama 417 G 295 295
152 Panama 418 T 295 295
153 Panama 419 G 295 295
154 Panama 420 G 295 295
155 Panama 421 C 296 296
156 Panama 422 T 296 296
157 Panama 423 T 296 296
158 Panama 424 A 296 296
159 Panama 425 G 296 296
160 Panama 426 T 296 296
161 Panama 427 A 296 296
162 Panama 428 G 296 296
163 Panama 429 A 296 296
164 Panama 430 A 296 296
165 Panama 431 G 296 296
166 Panama 432 T 296 296
167 Panama 433 T 296 296
168 Panama 434 G 296 296
169 Panama 435 A 296 296
170 Panama 436 A 297 297
171 Panama 437 A 297 297
172 Panama 438 A 297 297
173 Panama 439 A 297 297
174 Panama 440 G 297 297
175 Panama 441 G 297 297
176 Panama 442 C 297 297
177 Panama 443 G 297 297
178 Panama 444 T 297 297
179 Panama 445 T 297 297
180 Panama 446 T 297 297
181 Panama 447 T 297 297
182 Panama 448 G 297 297
183 Panama 449 C 297 297
184 Panama 450 C 297 297
185 Panama 451 T 297 297
186 Panama 452 C 297 297
187 Panama 453 A 297 297
188 Panama 454 A 298 298
189 Panama 455 C 298 298
190 Panama 456 T 298 298
191 Panama 457 T 298 298
192 Panama 458 G 298 298
193 Panama 459 A 298 298
194 Panama 460 A 298 298
195 Panama 461 C 298 298
196 Panama 462 A 298 298
197 Panama 463 G 298 298
198 Panama 464 C 298 298
199 Panama 465 C 298 298
200 Panama 466 C 298 298
201 Panama 467 T 298 298
202 Panama 468 A 298 298
203 Panama 469 T 298 298
204 Panama 470 G 298 298
205 Panama 471 T 298 298
206 Panama 472 G 298 298
207 Panama 473 T 298 298
208 Panama 474 T 298 298
209 Panama 475 C 298 298
210 Panama 476 A G 298 296 Ile71Val
211 Panama 477 T 298 298
212 Panama 478 C 298 298
213 Panama 479 A 298 298
214 Panama 480 A 298 298
215 Panama 481 A 298 298
216 Panama 482 C 298 298
217 Panama 483 G 298 298
218 Panama 484 T 298 298
219 Panama 485 T 298 298
220 Panama 486 C 298 298
221 Panama 487 G 298 298
222 Panama 488 G 298 298
223 Panama 489 A 298 298
224 Panama 490 T A 298 281 Asp75Glu
225 Panama 491 G 298 298
226 Panama 492 C 298 298
227 Panama 493 T 298 298
228 Panama 494 C 298 298
229 Panama 495 G 298 298
230 Panama 496 A 298 298
231 Panama 497 A 298 298
232 Panama 498 C 298 298
233 Panama 499 T 298 298
234 Panama 500 G 298 298
235 Panama 501 C 298 298
236 Panama 502 A 298 298
237 Panama 503 C 298 298
238 Panama 504 C 298 298
239 Panama 505 T 298 298
240 Panama 506 C 298 298
241 Panama 507 A 298 298
242 Panama 508 T 298 298
243 Panama 509 G 298 297
244 Panama 510 G 298 298
245 Panama 511 T 298 298
246 Panama 512 C 298 298
247 Panama 513 A 298 298
248 Panama 514 T 298 298
249 Panama 515 G 298 298
250 Panama 516 T 298 298
251 Panama 517 T 298 298
252 Panama 518 A 298 298
253 Panama 519 T 298 298
254 Panama 520 G 298 298
255 Panama 521 G 298 298
256 Panama 522 T 298 298
257 Panama 523 T 298 298
258 Panama 524 G 298 298
259 Panama 525 A 298 298
260 Panama 526 G 298 298
261 Panama 527 C 298 298
262 Panama 528 T 298 298
263 Panama 529 G 298 298
264 Panama 530 G 298 298
265 Panama 531 T 298 298
266 Panama 532 A 298 298
267 Panama 533 G 298 298
268 Panama 534 C 298 298
269 Panama 535 A 298 298
270 Panama 536 G 298 298
271 Panama 537 A 298 298
272 Panama 538 A 298 298
273 Panama 539 C 298 298
274 Panama 540 T 298 298
275 Panama 541 C 298 298
276 Panama 542 G 298 298
277 Panama 543 A 298 298
278 Panama 544 A 298 298
279 Panama 545 G 298 298
280 Panama 546 G 298 298
281 Panama 547 C 298 298
282 Panama 548 A 298 298
283 Panama 549 T 298 298
284 Panama 550 T 298 298
285 Panama 551 C 298 298
286 Panama 552 A 298 298
287 Panama 553 G 298 298
288 Panama 554 T 298 298
289 Panama 555 A 298 298
290 Panama 556 C 298 298
291 Panama 557 G 298 298
292 Panama 558 G 298 298
293 Panama 559 T 298 298
294 Panama 560 C 298 298
295 Panama 561 G 298 298
296 Panama 562 T 298 298
297 Panama 563 A 298 298
298 Panama 564 G 298 298
299 Panama 565 T 298 298
300 Panama 566 G 298 298
301 Panama 567 G 298 298
302 Panama 568 T 298 298
303 Panama 569 G 298 298
304 Panama 570 A 298 298
305 Panama 571 G 298 298
306 Panama 572 A 298 298
307 Panama 573 C 298 298
308 Panama 574 A 298 298
309 Panama 575 C 298 298
310 Panama 576 T 298 298
311 Panama 577 T 298 298
312 Panama 578 G 298 298
313 Panama 579 G 298 298
314 Panama 580 T 298 298
315 Panama 581 G 298 298
316 Panama 582 T 298 298
317 Panama 583 C 298 298
318 Panama 584 C 298 298
319 Panama 585 T 298 298
320 Panama 586 T 298 298
321 Panama 587 G 298 298
322 Panama 588 T 298 298
323 Panama 589 C 298 298
324 Panama 590 C 298 298
325 Panama 591 C 298 298
326 Panama 592 T 298 298
327 Panama 593 C 298 298
328 Panama 594 A 298 298
329 Panama 595 T 298 298
330 Panama 596 G 298 298
331 Panama 597 T 298 298
332 Panama 598 G 298 298
333 Panama 599 G 298 298
334 Panama 600 G 298 298
335 Panama 601 C 298 298
336 Panama 602 G 298 298
337 Panama 603 A 298 298
338 Panama 604 A 298 298
339 Panama 605 A 298 298
340 Panama 606 T 298 298
341 Panama 607 A 298 298
342 Panama 608 C 298 298
343 Panama 609 C 298 298
344 Panama 610 A 298 298
345 Panama 611 G 298 298
346 Panama 612 T 298 298
347 Panama 613 G 298 298
348 Panama 614 G 298 298
349 Panama 615 C 298 298
350 Panama 616 T 298 298
351 Panama 617 T 298 298
352 Panama 618 A 298 298
353 Panama 619 C 298 298
354 Panama 620 C 298 298
355 Panama 621 G 298 298
356 Panama 622 C 298 298
357 Panama 623 A 298 298
358 Panama 624 A 298 298
359 Panama 625 G 298 298
360 Panama 626 G T 298 296 Val121Phe
361 Panama 627 T 298 298
362 Panama 628 T 298 298
363 Panama 629 C 298 298
364 Panama 630 T 298 298
365 Panama 631 T 298 298
366 Panama 632 C 298 298
367 Panama 633 T 298 298
368 Panama 634 T 298 298
369 Panama 635 C 298 298
370 Panama 636 G 298 298
371 Panama 637 T 298 298
372 Panama 638 A 298 298
373 Panama 639 A 298 298
374 Panama 640 G 298 298
375 Panama 641 A 298 298
376 Panama 642 A 298 298
377 Panama 643 C 298 298
378 Panama 644 G 298 298
379 Panama 645 G 298 298
380 Panama 646 T 298 298
381 Panama 647 A 298 298
382 Panama 648 A 298 298
383 Panama 649 T 298 298
384 Panama 650 A 298 298
385 Panama 651 A 298 298
386 Panama 652 A 298 298
387 Panama 653 G 298 298
388 Panama 654 G 298 298
389 Panama 655 A 298 298
390 Panama 656 G 298 298
391 Panama 657 C 298 298
392 Panama 658 T 298 298
393 Panama 659 G 298 298
394 Panama 660 G 298 298
395 Panama 661 T 298 298
396 Panama 662 G 298 298
397 Panama 663 G 298 298
398 Panama 664 C 298 298
399 Panama 665 C 298 298
400 Panama 666 A 298 298
401 Panama 667 T 299 299
402 Panama 668 A 300 300
403 Panama 669 G 300 300
404 Panama 670 T 300 300
405 Panama 671 T 300 300
406 Panama 672 A 300 300
407 Panama 673 C 300 300
408 Panama 674 G 300 300
409 Panama 675 G 300 300
410 Panama 676 C 300 300
411 Panama 677 G 300 300
412 Panama 678 C 300 300
413 Panama 679 C 300 300
414 Panama 680 G 300 300
415 Panama 681 A 300 300
416 Panama 682 T 300 300
417 Panama 683 C 300 300
418 Panama 684 T 300 300
419 Panama 685 A 300 300
420 Panama 686 A 300 300
421 Panama 687 A 300 300
422 Panama 688 G 300 300
423 Panama 689 T 300 300
424 Panama 690 C 300 300
425 Panama 691 A 301 301
426 Panama 692 T 301 301
427 Panama 693 T 301 301
428 Panama 694 T 301 301
429 Panama 695 G 301 301
430 Panama 696 A 301 301
431 Panama 697 C 301 301
432 Panama 698 T 301 301
433 Panama 699 T 301 301
434 Panama 700 A 301 301
435 Panama 701 G T 301 300 Gly146Cys
436 Panama 702 G 301 301
437 Panama 703 C 301 301
438 Panama 704 G 301 301
439 Panama 705 A 301 301
440 Panama 706 C 301 301
441 Panama 707 G 301 301
442 Panama 708 A 301 301
443 Panama 709 G 302 302
444 Panama 710 C 302 302
445 Panama 711 T 302 302
446 Panama 712 T 302 302
447 Panama 713 G 302 302
448 Panama 714 G 302 302
449 Panama 715 C 302 302
450 Panama 716 A 302 302
451 Panama 717 C 302 302
452 Panama 718 T 302 302
453 Panama 719 G 302 302
454 Panama 720 A 302 302
455 Panama 721 T 302 302
456 Panama 722 C 302 302
457 Panama 723 C 302 302
458 Panama 724 T 302 302
459 Panama 725 T 302 302
460 Panama 726 A 302 302
461 Panama 727 T 302 302
462 Panama 728 G 302 302
463 Panama 729 A 302 302
464 Panama 730 A 302 302
465 Panama 731 G 302 302
466 Panama 732 A 302 302
467 Panama 733 T 302 302
468 Panama 734 T 302 302
469 Panama 735 T 302 302
470 Panama 736 T 302 302
471 Panama 737 C 302 302
472 Panama 738 A 302 302
473 Panama 739 A 302 302
474 Panama 740 G 302 302
475 Panama 741 A 302 302
476 Panama 742 A 302 302
477 Panama 743 A 302 302
478 Panama 744 A 302 302
479 Panama 745 C 302 302
480 Panama 746 T 302 302
481 Panama 747 G 302 302
482 Panama 748 G 302 302
483 Panama 749 A 302 302
484 Panama 750 A 302 302
485 Panama 751 C 302 302
486 Panama 752 A 302 302
487 Panama 753 C 302 302
488 Panama 754 T 302 302
489 Panama 755 A 302 302
490 Panama 756 A 302 302
491 Panama 757 A 304 304
492 Panama 758 C 304 304
493 Panama 759 A 304 304
494 Panama 760 T 304 304
495 Panama 761 A G 304 303 Ser166Gly
496 Panama 762 G 304 304
497 Panama 763 C 304 304
498 Panama 764 A 304 304
499 Panama 765 G 304 304
500 Panama 766 T 304 304
501 Panama 767 G 305 305
502 Panama 768 G 305 305
503 Panama 769 T 305 305
504 Panama 770 G 305 305
505 Panama 771 T 305 305
506 Panama 772 T 305 305
507 Panama 773 A 305 305
508 Panama 774 C 305 305
509 Panama 775 C 305 305
510 Panama 776 C 305 305
511 Panama 777 G 305 305
512 Panama 778 T 305 305
513 Panama 779 G 305 305
514 Panama 780 A 305 305
515 Panama 781 A 305 305
516 Panama 782 C 305 305
517 Panama 783 T 305 305
518 Panama 784 C 305 305
519 Panama 785 A 305 305
520 Panama 786 T 305 305
521 Panama 787 G 305 305
522 Panama 788 C 305 305
523 Panama 789 G 305 305
524 Panama 790 T 305 305
525 Panama 791 G 305 305
526 Panama 792 A 305 305
527 Panama 793 G 305 305
528 Panama 794 C 305 305
529 Panama 795 T 305 305
530 Panama 796 T 305 305
531 Panama 797 A 305 305
532 Panama 798 A 305 305
533 Panama 799 C 305 305
534 Panama 800 G 305 305
535 Panama 801 G 305 305
536 Panama 802 A 305 305
537 Panama 803 G 305 305
538 Panama 804 G 305 305
539 Panama 805 G 304 304