National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
-   540                                        
?                                            
A   21                                        
C   3                                        
D   27     1                                  
E   54     1 1                                
F   15         1                              
G   66                                        
H   21                                        
I   9                                        
K   27                 1                      
L   63                   1                    
M   9                                        
N   18                       1                
P   24                                        
Q   21                                        
R   30   2                                    
S   30                         1     1        
T   21                                        
V   63         1                         1    
W   3                                        
Y   15                                       1

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Oman 266 A 394 394
1 Oman 267 T 394 394
2 Oman 268 G 394 394
3 Oman 269 G 394 394
4 Oman 270 A 394 394
5 Oman 271 G 394 394
6 Oman 272 A 394 394
7 Oman 273 G 394 394
8 Oman 274 C 394 394
9 Oman 275 C 394 394
10 Oman 276 T 394 394
11 Oman 277 T 394 394
12 Oman 278 G 394 394
13 Oman 279 T 394 394
14 Oman 280 C 394 394
15 Oman 281 C 394 394
16 Oman 282 C 394 394
17 Oman 283 T 394 394
18 Oman 284 G 394 394
19 Oman 285 G 394 394
20 Oman 286 T 394 394
21 Oman 287 T 394 394
22 Oman 288 T 394 394
23 Oman 289 C 394 394
24 Oman 290 A 394 394
25 Oman 291 A 394 394
26 Oman 292 C 394 394
27 Oman 293 G 394 394
28 Oman 294 A 394 394
29 Oman 295 G 394 394
30 Oman 296 A 394 394
31 Oman 297 A 394 394
32 Oman 298 A 394 394
33 Oman 299 A 394 394
34 Oman 300 C 394 394
35 Oman 301 A 394 394
36 Oman 302 C 394 394
37 Oman 303 A 394 394
38 Oman 304 C 394 394
39 Oman 305 G 394 394
40 Oman 306 T 394 394
41 Oman 307 C 394 394
42 Oman 308 C 394 394
43 Oman 309 A 394 394
44 Oman 310 A 394 394
45 Oman 311 C 394 394
46 Oman 312 T 394 394
47 Oman 313 C T 394 391 Leu16Leu
48 Oman 314 A 394 394
49 Oman 315 G 394 394
50 Oman 316 T 394 394
51 Oman 317 T 394 394
52 Oman 318 T 394 394
53 Oman 319 G 394 394
54 Oman 320 C 394 394
55 Oman 321 C 394 394
56 Oman 322 T 394 394
57 Oman 323 G 394 394
58 Oman 324 T 394 394
59 Oman 325 T 394 394
60 Oman 326 T 394 394
61 Oman 327 T 394 394
62 Oman 328 A 394 394
63 Oman 329 C 394 394
64 Oman 330 A 394 394
65 Oman 331 G 394 394
66 Oman 332 G 394 394
67 Oman 333 T 394 394
68 Oman 334 T 394 394
69 Oman 335 C 394 394
70 Oman 336 G 394 394
71 Oman 337 C 394 394
72 Oman 338 G 394 394
73 Oman 339 A 394 394
74 Oman 340 C 394 394
75 Oman 341 G 394 394
76 Oman 342 T 394 394
77 Oman 343 G 394 394
78 Oman 344 C 394 394
79 Oman 345 T 394 394
80 Oman 346 C 394 394
81 Oman 347 G 394 394
82 Oman 348 T 394 394
83 Oman 349 A 394 394
84 Oman 350 C 394 394
85 Oman 351 G 394 394
86 Oman 352 T 394 394
87 Oman 353 G 394 394
88 Oman 354 G 394 394
89 Oman 355 C 394 394
90 Oman 356 T 394 394
91 Oman 357 T 394 394
92 Oman 358 T C 394 393 Phe31Phe
93 Oman 359 G 394 394
94 Oman 360 G 394 394
95 Oman 361 A 394 394
96 Oman 362 G 394 394
97 Oman 363 A 394 394
98 Oman 364 C 394 394
99 Oman 365 T 394 394
100 Oman 366 C 394 394
101 Oman 367 C T 394 393 Ser34Ser
102 Oman 368 G 394 394
103 Oman 369 T 394 394
104 Oman 370 G 394 394
105 Oman 371 G 394 394
106 Oman 372 A 394 394
107 Oman 373 G 394 394
108 Oman 374 G 394 394
109 Oman 375 A 394 394
110 Oman 376 G A 394 393 Glu37Glu
111 Oman 377 G 394 394
112 Oman 378 T 394 394
113 Oman 379 C 394 394
114 Oman 380 T 394 394
115 Oman 381 T 394 394
116 Oman 382 A 394 394
117 Oman 383 T 394 394
118 Oman 384 C 394 394
119 Oman 385 A 394 394
120 Oman 386 G 394 394
121 Oman 387 A 394 394
122 Oman 388 G 394 394
123 Oman 389 G 394 394
124 Oman 390 C 394 394
125 Oman 391 A 394 394
126 Oman 392 C T 394 393 Arg43Cys
127 Oman 393 G 394 394
128 Oman 394 T 394 394
129 Oman 395 C 394 394
130 Oman 396 A 394 394
131 Oman 397 A 394 394
132 Oman 398 C 394 394
133 Oman 399 A 394 394
134 Oman 400 T 394 394
135 Oman 401 C 394 394
136 Oman 402 T 394 394
137 Oman 403 T 394 394
138 Oman 404 A 394 394
139 Oman 405 A 394 394
140 Oman 406 A 394 394
141 Oman 407 G 394 394
142 Oman 408 A 394 394
143 Oman 409 T 394 394
144 Oman 410 G 394 394
145 Oman 411 G 394 394
146 Oman 412 C 394 394
147 Oman 413 A 394 394
148 Oman 414 C 394 394
149 Oman 415 T 394 394
150 Oman 416 T 394 394
151 Oman 417 G 394 394
152 Oman 418 T 394 394
153 Oman 419 G 394 394
154 Oman 420 G 394 394
155 Oman 421 C 394 394
156 Oman 422 T 394 394
157 Oman 423 T 394 394
158 Oman 424 A 394 394
159 Oman 425 G 394 394
160 Oman 426 T 394 394
161 Oman 427 A 394 394
162 Oman 428 G 394 394
163 Oman 429 A 394 394
164 Oman 430 A 394 394
165 Oman 431 G 394 394
166 Oman 432 T 394 394
167 Oman 433 T 394 394
168 Oman 434 G 394 394
169 Oman 435 A 394 394
170 Oman 436 A 394 394
171 Oman 437 A 394 394
172 Oman 438 A 394 394
173 Oman 439 A 394 394
174 Oman 440 G 394 394
175 Oman 441 G 394 394
176 Oman 442 C 394 394
177 Oman 443 G 394 394
178 Oman 444 T 394 394
179 Oman 445 T C 394 393 Val60Val
180 Oman 446 T 394 394
181 Oman 447 T 394 394
182 Oman 448 G 394 394
183 Oman 449 C 394 394
184 Oman 450 C 394 394
185 Oman 451 T 394 394
186 Oman 452 C 394 394
187 Oman 453 A 394 394
188 Oman 454 A 394 394
189 Oman 455 C 394 394
190 Oman 456 T 394 394
191 Oman 457 T 394 394
192 Oman 458 G 394 394
193 Oman 459 A 394 394
194 Oman 460 A 394 394
195 Oman 461 C 394 394
196 Oman 462 A 394 394
197 Oman 463 G 394 394
198 Oman 464 C 394 394
199 Oman 465 C 394 394
200 Oman 466 C 394 394
201 Oman 467 T 394 394
202 Oman 468 A 394 394
203 Oman 469 T C 394 390 Tyr68Tyr
204 Oman 470 G 394 394
205 Oman 471 T 394 394
206 Oman 472 G 394 394
207 Oman 473 T 394 394
208 Oman 474 T 394 394
209 Oman 475 C 394 394
210 Oman 476 A 394 394
211 Oman 477 T 394 394
212 Oman 478 C 394 394
213 Oman 479 A 394 394
214 Oman 480 A 394 394
215 Oman 481 A G 394 393 Lys72Lys
216 Oman 482 C 394 394
217 Oman 483 G 394 394
218 Oman 484 T 394 394
219 Oman 485 T 394 394
220 Oman 486 C 394 394
221 Oman 487 G 394 394
222 Oman 488 G 394 394
223 Oman 489 A 394 394
224 Oman 490 T 394 394
225 Oman 491 G 394 394
226 Oman 492 C 394 394
227 Oman 493 T 394 394
228 Oman 494 C 394 394
229 Oman 495 G 394 394
230 Oman 496 A 394 394
231 Oman 497 A 394 394
232 Oman 498 C 394 394
233 Oman 499 T 394 394
234 Oman 500 G 394 394
235 Oman 501 C 394 394
236 Oman 502 A 394 394
237 Oman 503 C 394 394
238 Oman 504 C 394 394
239 Oman 505 T 392 392
240 Oman 506 C 392 392
241 Oman 507 A 392 392
242 Oman 508 T 392 392
243 Oman 509 G 392 392
244 Oman 510 G 392 392
245 Oman 511 T 392 392
246 Oman 512 C 392 392
247 Oman 513 A 392 392
248 Oman 514 T 392 392
249 Oman 515 G 392 392
250 Oman 516 T 392 392
251 Oman 517 T 392 392
252 Oman 518 A 392 392
253 Oman 519 T 392 392
254 Oman 520 G 392 392
255 Oman 521 G T 392 391 Val86Phe
256 Oman 522 T 392 392
257 Oman 523 T 392 392
258 Oman 524 G 392 392
259 Oman 525 A 392 392
260 Oman 526 G T 392 390 Glu87Asp
261 Oman 527 C 392 392
262 Oman 528 T 392 392
263 Oman 529 G 392 392
264 Oman 530 G 392 392
265 Oman 531 T 392 392
266 Oman 532 A 392 392
267 Oman 533 G 392 392
268 Oman 534 C 392 392
269 Oman 535 A 392 392
270 Oman 536 G 392 392
271 Oman 537 A 392 392
272 Oman 538 A 392 392
273 Oman 539 C 392 392
274 Oman 540 T 392 392
275 Oman 541 C 392 392
276 Oman 542 G 392 392
277 Oman 543 A 392 392
278 Oman 544 A 392 392
279 Oman 545 G 392 392
280 Oman 546 G 392 392
281 Oman 547 C 392 392
282 Oman 548 A 392 392
283 Oman 549 T 392 392
284 Oman 550 T 392 392
285 Oman 551 C 392 392
286 Oman 552 A 392 392
287 Oman 553 G 392 392
288 Oman 554 T 392 392
289 Oman 555 A 392 392
290 Oman 556 C 392 392
291 Oman 557 G 392 392
292 Oman 558 G 392 392
293 Oman 559 T 392 392
294 Oman 560 C 392 392
295 Oman 561 G 392 392
296 Oman 562 T 392 392
297 Oman 563 A 392 392
298 Oman 564 G 392 392
299 Oman 565 T 394 394
300 Oman 566 G 394 394
301 Oman 567 G 394 394
302 Oman 568 T 394 394
303 Oman 569 G 394 394
304 Oman 570 A 394 394
305 Oman 571 G 394 394
306 Oman 572 A 394 394
307 Oman 573 C 394 394
308 Oman 574 A 394 394
309 Oman 575 C 394 394
310 Oman 576 T 394 394
311 Oman 577 T 394 394
312 Oman 578 G 394 394
313 Oman 579 G 394 394
314 Oman 580 T 394 394
315 Oman 581 G 394 394
316 Oman 582 T 394 394
317 Oman 583 C 394 394
318 Oman 584 C 394 394
319 Oman 585 T 394 394
320 Oman 586 T 394 394
321 Oman 587 G 394 394
322 Oman 588 T 394 394
323 Oman 589 C 394 394
324 Oman 590 C 394 394
325 Oman 591 C 394 394
326 Oman 592 T 394 394
327 Oman 593 C 394 394
328 Oman 594 A 394 394
329 Oman 595 T 394 394
330 Oman 596 G 394 394
331 Oman 597 T 394 394
332 Oman 598 G 394 394
333 Oman 599 G 394 394
334 Oman 600 G 394 394
335 Oman 601 C 394 394
336 Oman 602 G 394 394
337 Oman 603 A 394 394
338 Oman 604 A 394 394
339 Oman 605 A 394 394
340 Oman 606 T 394 394
341 Oman 607 A 394 394
342 Oman 608 C 394 394
343 Oman 609 C 394 394
344 Oman 610 A 394 394
345 Oman 611 G 394 394
346 Oman 612 T 394 394
347 Oman 613 G 394 394
348 Oman 614 G 394 394
349 Oman 615 C 394 394
350 Oman 616 T 394 394
351 Oman 617 T 394 394
352 Oman 618 A 394 394
353 Oman 619 C 394 394
354 Oman 620 C 394 394
355 Oman 621 G 394 394
356 Oman 622 C 394 394
357 Oman 623 A 394 394
358 Oman 624 A 394 394
359 Oman 625 G 394 394
360 Oman 626 G 393 393
361 Oman 627 T 393 393
362 Oman 628 T 393 393
363 Oman 629 C 393 393
364 Oman 630 T 393 393
365 Oman 631 T 393 393
366 Oman 632 C 393 393
367 Oman 633 T 393 393
368 Oman 634 T 393 393
369 Oman 635 C T 393 392 Arg124Cys
370 Oman 636 G 393 393
371 Oman 637 T 393 393
372 Oman 638 A 393 393
373 Oman 639 A 393 393
374 Oman 640 G 393 393
375 Oman 641 A 393 393
376 Oman 642 A 393 393
377 Oman 643 C 393 393
378 Oman 644 G 393 393
379 Oman 645 G 393 393
380 Oman 646 T 393 393
381 Oman 647 A 393 393
382 Oman 648 A 393 393
383 Oman 649 T 393 393
384 Oman 650 A 393 393
385 Oman 651 A 393 393
386 Oman 652 A 393 393
387 Oman 653 G 393 393
388 Oman 654 G 393 393
389 Oman 655 A 393 393
390 Oman 656 G 393 393
391 Oman 657 C 393 393
392 Oman 658 T 393 393
393 Oman 659 G 393 393
394 Oman 660 G 393 393
395 Oman 661 T 393 393
396 Oman 662 G 393 393
397 Oman 663 G 393 393
398 Oman 664 C 393 393
399 Oman 665 C 393 393
400 Oman 666 A 393 393
401 Oman 667 T 393 393
402 Oman 668 A 393 393
403 Oman 669 G 393 393
404 Oman 670 T 393 393
405 Oman 671 T 393 393
406 Oman 672 A 393 393
407 Oman 673 C 393 393
408 Oman 674 G 393 393
409 Oman 675 G 393 393
410 Oman 676 C 393 393
411 Oman 677 G 393 393
412 Oman 678 C 393 393
413 Oman 679 C 393 393
414 Oman 680 G 393 393
415 Oman 681 A 393 393
416 Oman 682 T 393 393
417 Oman 683 C 393 393
418 Oman 684 T 393 393
419 Oman 685 A 393 393
420 Oman 686 A 393 393
421 Oman 687 A 393 393
422 Oman 688 G 393 393
423 Oman 689 T C 393 391 Ser142Pro
424 Oman 690 C 393 393
425 Oman 691 A 393 393
426 Oman 692 T 393 393
427 Oman 693 T 393 393
428 Oman 694 T 393 393
429 Oman 695 G 393 393
430 Oman 696 A 393 393
431 Oman 697 C 393 393
432 Oman 698 T 393 393
433 Oman 699 T 393 393
434 Oman 700 A 393 393
435 Oman 701 G 393 393
436 Oman 702 G 393 393
437 Oman 703 C 393 393
438 Oman 704 G 393 393
439 Oman 705 A 393 393
440 Oman 706 C T 393 392 Asp147Asp
441 Oman 707 G 393 393
442 Oman 708 A 393 393
443 Oman 709 G 393 393
444 Oman 710 C 393 393
445 Oman 711 T 393 393
446 Oman 712 T 393 393
447 Oman 713 G 393 393
448 Oman 714 G 393 393
449 Oman 715 C 393 393
450 Oman 716 A 393 393
451 Oman 717 C 393 393
452 Oman 718 T 393 393
453 Oman 719 G 393 393
454 Oman 720 A 393 393
455 Oman 721 T 393 393
456 Oman 722 C 393 393
457 Oman 723 C 393 393
458 Oman 724 T 393 393
459 Oman 725 T 393 393
460 Oman 726 A 393 393
461 Oman 727 T 393 393
462 Oman 728 G 393 393
463 Oman 729 A 393 393
464 Oman 730 A 393 393
465 Oman 731 G 393 393
466 Oman 732 A 393 393
467 Oman 733 T 393 393
468 Oman 734 T 393 393
469 Oman 735 T 393 393
470 Oman 736 T 393 393
471 Oman 737 C 393 393
472 Oman 738 A 393 393
473 Oman 739 A 393 393
474 Oman 740 G 393 393
475 Oman 741 A 393 393
476 Oman 742 A 393 393
477 Oman 743 A 393 393
478 Oman 744 A 393 393
479 Oman 745 C 393 393
480 Oman 746 T 394 394
481 Oman 747 G 394 394
482 Oman 748 G 394 394
483 Oman 749 A 394 394
484 Oman 750 A 394 394
485 Oman 751 C 394 394
486 Oman 752 A 394 394
487 Oman 753 C 394 394
488 Oman 754 T 394 394
489 Oman 755 A 394 394
490 Oman 756 A 394 394
491 Oman 757 A 394 394
492 Oman 758 C 394 394
493 Oman 759 A 394 394
494 Oman 760 T 394 394
495 Oman 761 A 394 394
496 Oman 762 G 394 394
497 Oman 763 C 394 394
498 Oman 764 A 394 394
499 Oman 765 G 394 394
500 Oman 766 T 394 394
501 Oman 767 G 394 394
502 Oman 768 G 394 394
503 Oman 769 T 394 394
504 Oman 770 G 394 394
505 Oman 771 T 394 394
506 Oman 772 T 394 394
507 Oman 773 A 394 394
508 Oman 774 C 394 394
509 Oman 775 C 394 394
510 Oman 776 C 394 394
511 Oman 777 G 394 394
512 Oman 778 T 394 394
513 Oman 779 G 394 394
514 Oman 780 A 394 394
515 Oman 781 A 394 394
516 Oman 782 C 394 394
517 Oman 783 T 394 394
518 Oman 784 C 394 394
519 Oman 785 A 394 394
520 Oman 786 T 394 394
521 Oman 787 G 394 394
522 Oman 788 C 394 394
523 Oman 789 G 394 394
524 Oman 790 T 394 394
525 Oman 791 G 394 394
526 Oman 792 A 394 394
527 Oman 793 G 394 394
528 Oman 794 C 394 394
529 Oman 795 T 394 394
530 Oman 796 T 394 394
531 Oman 797 A 394 394
532 Oman 798 A 394 394
533 Oman 799 C T 394 393 Asn178Asn
534 Oman 800 G 394 394
535 Oman 801 G 394 394
536 Oman 802 A 394 394
537 Oman 803 G 394 394
538 Oman 804 G 393 393
539 Oman 805 G 393 393