National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
-   540                                        
?                                            
A   21                                        
C   3                                        
D   27                                        
E   54                                        
F   15                                        
G   66           1                            
H   21                             1          
I   9                                        
K   27                                        
L   63         1         2                    
M   9                                        
N   18                       1                
P   24             1                          
Q   21                             1          
R   30                                        
S   30                               1        
T   21                                        
V   63                                   1    
W   3                                        
Y   15                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Nigeria 266 A 244 244
1 Nigeria 267 T 245 245
2 Nigeria 268 G 245 245
3 Nigeria 269 G 245 245
4 Nigeria 270 A 245 245
5 Nigeria 271 G 245 245
6 Nigeria 272 A 245 245
7 Nigeria 273 G 245 245
8 Nigeria 274 C 245 245
9 Nigeria 275 C 245 244
10 Nigeria 276 T 245 244
11 Nigeria 277 T 245 244
12 Nigeria 278 G 245 245
13 Nigeria 279 T 245 245
14 Nigeria 280 C 245 245
15 Nigeria 281 C 245 245
16 Nigeria 282 C A 245 244 Pro6His
17 Nigeria 283 T 245 245
18 Nigeria 284 G 245 245
19 Nigeria 285 G 245 245
20 Nigeria 286 T 245 245
21 Nigeria 287 T 245 245
22 Nigeria 288 T 245 245
23 Nigeria 289 C 245 245
24 Nigeria 290 A 245 245
25 Nigeria 291 A 245 245
26 Nigeria 292 C 245 245
27 Nigeria 293 G 245 245
28 Nigeria 294 A 245 245
29 Nigeria 295 G 245 245
30 Nigeria 296 A 245 245
31 Nigeria 297 A 245 245
32 Nigeria 298 A 245 245
33 Nigeria 299 A 245 245
34 Nigeria 300 C 245 245
35 Nigeria 301 A 245 245
36 Nigeria 302 C 245 245
37 Nigeria 303 A 245 245
38 Nigeria 304 C 245 245
39 Nigeria 305 G 245 245
40 Nigeria 306 T 245 245
41 Nigeria 307 C 245 245
42 Nigeria 308 C 245 245
43 Nigeria 309 A 245 245
44 Nigeria 310 A 245 245
45 Nigeria 311 C 245 245
46 Nigeria 312 T 245 245
47 Nigeria 313 C T 245 241 Leu16Leu
48 Nigeria 314 A 245 245
49 Nigeria 315 G 245 245
50 Nigeria 316 T 245 245
51 Nigeria 317 T 245 245
52 Nigeria 318 T 245 245
53 Nigeria 319 G 245 245
54 Nigeria 320 C 245 245
55 Nigeria 321 C 245 245
56 Nigeria 322 T 245 245
57 Nigeria 323 G 245 245
58 Nigeria 324 T 245 245
59 Nigeria 325 T 245 245
60 Nigeria 326 T 245 245
61 Nigeria 327 T 245 245
62 Nigeria 328 A 245 245
63 Nigeria 329 C 245 245
64 Nigeria 330 A 245 244
65 Nigeria 331 G 245 244
66 Nigeria 332 G 246 245
67 Nigeria 333 T 247 246
68 Nigeria 334 T 247 246
69 Nigeria 335 C 247 246
70 Nigeria 336 G 247 246
71 Nigeria 337 C 247 246
72 Nigeria 338 G 247 246
73 Nigeria 339 A 247 246
74 Nigeria 340 C 247 246
75 Nigeria 341 G 248 247
76 Nigeria 342 T 248 247
77 Nigeria 343 G 248 247
78 Nigeria 344 C 248 247
79 Nigeria 345 T 248 247
80 Nigeria 346 C 248 247
81 Nigeria 347 G 249 248
82 Nigeria 348 T 249 247
83 Nigeria 349 A 249 248
84 Nigeria 350 C 249 248
85 Nigeria 351 G 249 248
86 Nigeria 352 T 249 248
87 Nigeria 353 G 249 247
88 Nigeria 354 G 249 246
89 Nigeria 355 C 249 246
90 Nigeria 356 T 249 247
91 Nigeria 357 T 249 248
92 Nigeria 358 T 249 248
93 Nigeria 359 G 249 248
94 Nigeria 360 G 249 248
95 Nigeria 361 A G 249 237 Gly32Gly
96 Nigeria 362 G 249 249
97 Nigeria 363 A 249 249
98 Nigeria 364 C 249 249
99 Nigeria 365 T 249 249
100 Nigeria 366 C 249 249
101 Nigeria 367 C 249 249
102 Nigeria 368 G 249 249
103 Nigeria 369 T 249 249
104 Nigeria 370 G 249 249
105 Nigeria 371 G 249 249
106 Nigeria 372 A 249 249
107 Nigeria 373 G 249 249
108 Nigeria 374 G 249 249
109 Nigeria 375 A 249 249
110 Nigeria 376 G 249 249
111 Nigeria 377 G 249 249
112 Nigeria 378 T 249 249
113 Nigeria 379 C 249 249
114 Nigeria 380 T 249 248
115 Nigeria 381 T 249 248
116 Nigeria 382 A 249 248
117 Nigeria 383 T 250 249
118 Nigeria 384 C 250 249
119 Nigeria 385 A 250 249
120 Nigeria 386 G 250 249
121 Nigeria 387 A 250 249
122 Nigeria 388 G 250 249
123 Nigeria 389 G 250 249
124 Nigeria 390 C 250 249
125 Nigeria 391 A 250 249
126 Nigeria 392 C 250 250
127 Nigeria 393 G 250 250
128 Nigeria 394 T 250 250
129 Nigeria 395 C 250 250
130 Nigeria 396 A 250 250
131 Nigeria 397 A 250 250
132 Nigeria 398 C 250 250
133 Nigeria 399 A 250 250
134 Nigeria 400 T 250 250
135 Nigeria 401 C 250 250
136 Nigeria 402 T 250 250
137 Nigeria 403 T 250 250
138 Nigeria 404 A 250 250
139 Nigeria 405 A 250 250
140 Nigeria 406 A 250 250
141 Nigeria 407 G 250 250
142 Nigeria 408 A 250 250
143 Nigeria 409 T 250 250
144 Nigeria 410 G 250 250
145 Nigeria 411 G 250 250
146 Nigeria 412 C 250 250
147 Nigeria 413 A 250 250
148 Nigeria 414 C 250 250
149 Nigeria 415 T 250 250
150 Nigeria 416 T 250 250
151 Nigeria 417 G 250 250
152 Nigeria 418 T 250 250
153 Nigeria 419 G 250 250
154 Nigeria 420 G 250 250
155 Nigeria 421 C 250 250
156 Nigeria 422 T 250 249
157 Nigeria 423 T 250 249
158 Nigeria 424 A 250 249
159 Nigeria 425 G 250 249
160 Nigeria 426 T 250 249
161 Nigeria 427 A 250 249
162 Nigeria 428 G 250 248
163 Nigeria 429 A 250 248
164 Nigeria 430 A 250 248
165 Nigeria 431 G 250 248
166 Nigeria 432 T 250 248
167 Nigeria 433 T 250 248
168 Nigeria 434 G 250 248
169 Nigeria 435 A 250 248
170 Nigeria 436 A 250 248
171 Nigeria 437 A 250 248
172 Nigeria 438 A 250 248
173 Nigeria 439 A 250 248
174 Nigeria 440 G 250 248
175 Nigeria 441 G 250 248
176 Nigeria 442 C 250 248
177 Nigeria 443 G 250 248
178 Nigeria 444 T 250 248
179 Nigeria 445 T 250 248
180 Nigeria 446 T 249 247
181 Nigeria 447 T 249 247
182 Nigeria 448 G 249 247
183 Nigeria 449 C 249 247
184 Nigeria 450 C 249 247
185 Nigeria 451 T 249 247
186 Nigeria 452 C 249 247
187 Nigeria 453 A 249 247
188 Nigeria 454 A 249 247
189 Nigeria 455 C T 249 245 Leu64Phe
190 Nigeria 456 T 249 246
191 Nigeria 457 T 249 246
192 Nigeria 458 G 249 246
193 Nigeria 459 A 249 246
194 Nigeria 460 A 249 246
195 Nigeria 461 C 249 246
196 Nigeria 462 A G 249 245 Gln66Arg
197 Nigeria 463 G 249 246
198 Nigeria 464 C 249 246
199 Nigeria 465 C 249 246
200 Nigeria 466 C 249 246
201 Nigeria 467 T 249 246
202 Nigeria 468 A 249 246
203 Nigeria 469 T 249 246
204 Nigeria 470 G 249 247
205 Nigeria 471 T 248 246
206 Nigeria 472 G 248 246
207 Nigeria 473 T 248 246
208 Nigeria 474 T 248 246
209 Nigeria 475 C 248 246
210 Nigeria 476 A 248 246
211 Nigeria 477 T 248 246
212 Nigeria 478 C 248 246
213 Nigeria 479 A 248 246
214 Nigeria 480 A 248 246
215 Nigeria 481 A 248 245
216 Nigeria 482 C 248 246
217 Nigeria 483 G 248 247
218 Nigeria 484 T 247 246
219 Nigeria 485 T 247 246
220 Nigeria 486 C 247 246
221 Nigeria 487 G A 247 246 Ser74Ser
222 Nigeria 488 G 247 247
223 Nigeria 489 A 247 247
224 Nigeria 490 T 247 247
225 Nigeria 491 G 247 247
226 Nigeria 492 C 247 247
227 Nigeria 493 T 247 247
228 Nigeria 494 C 247 247
229 Nigeria 495 G 247 247
230 Nigeria 496 A 247 247
231 Nigeria 497 A 247 247
232 Nigeria 498 C 247 247
233 Nigeria 499 T 247 246
234 Nigeria 500 G 247 246
235 Nigeria 501 C 247 246
236 Nigeria 502 A 247 246
237 Nigeria 503 C 247 246
238 Nigeria 504 C 247 246
239 Nigeria 505 T 246 245
240 Nigeria 506 C 246 245
241 Nigeria 507 A 246 245
242 Nigeria 508 T 246 245
243 Nigeria 509 G 246 245
244 Nigeria 510 G 246 245
245 Nigeria 511 T 246 245
246 Nigeria 512 C 246 245
247 Nigeria 513 A 245 244
248 Nigeria 514 T 245 244
249 Nigeria 515 G 245 243
250 Nigeria 516 T 245 243
251 Nigeria 517 T 245 243
252 Nigeria 518 A 245 243
253 Nigeria 519 T 245 243
254 Nigeria 520 G 245 243
255 Nigeria 521 G 245 244
256 Nigeria 522 T 245 244
257 Nigeria 523 T 245 244
258 Nigeria 524 G 245 244
259 Nigeria 525 A 245 244
260 Nigeria 526 G 245 244
261 Nigeria 527 C 245 244
262 Nigeria 528 T 245 244
263 Nigeria 529 G 245 244
264 Nigeria 530 G 245 244
265 Nigeria 531 T 245 244
266 Nigeria 532 A 245 244
267 Nigeria 533 G 245 244
268 Nigeria 534 C 245 244
269 Nigeria 535 A 245 244
270 Nigeria 536 G 245 244
271 Nigeria 537 A 245 244
272 Nigeria 538 A 245 244
273 Nigeria 539 C 245 244
274 Nigeria 540 T 245 244
275 Nigeria 541 C 245 244
276 Nigeria 542 G 245 244
277 Nigeria 543 A 245 244
278 Nigeria 544 A 245 244
279 Nigeria 545 G 245 244
280 Nigeria 546 G 245 244
281 Nigeria 547 C 245 243
282 Nigeria 548 A 246 245
283 Nigeria 549 T 246 245
284 Nigeria 550 T 246 245
285 Nigeria 551 C 246 245
286 Nigeria 552 A 246 246
287 Nigeria 553 G 246 246
288 Nigeria 554 T 246 246
289 Nigeria 555 A 246 246
290 Nigeria 556 C 246 246
291 Nigeria 557 G 246 246
292 Nigeria 558 G 246 246
293 Nigeria 559 T 246 246
294 Nigeria 560 C 246 246
295 Nigeria 561 G 246 246
296 Nigeria 562 T 246 246
297 Nigeria 563 A 246 246
298 Nigeria 564 G 246 245
299 Nigeria 565 T 247 246
300 Nigeria 566 G 247 246
301 Nigeria 567 G 247 246
302 Nigeria 568 T 247 246
303 Nigeria 569 G 247 246
304 Nigeria 570 A 246 245
305 Nigeria 571 G 246 245
306 Nigeria 572 A 246 245
307 Nigeria 573 C 246 245
308 Nigeria 574 A 246 245
309 Nigeria 575 C 246 245
310 Nigeria 576 T 246 245
311 Nigeria 577 T 246 245
312 Nigeria 578 G 246 245
313 Nigeria 579 G 246 245
314 Nigeria 580 T 246 245
315 Nigeria 581 G 246 245
316 Nigeria 582 T 246 245
317 Nigeria 583 C 246 245
318 Nigeria 584 C 246 245
319 Nigeria 585 T 246 245
320 Nigeria 586 T 246 245
321 Nigeria 587 G 246 245
322 Nigeria 588 T 246 245
323 Nigeria 589 C 246 245
324 Nigeria 590 C 246 245
325 Nigeria 591 C 246 245
326 Nigeria 592 T 246 245
327 Nigeria 593 C 246 245
328 Nigeria 594 A G 246 244 His110Arg
329 Nigeria 595 T 246 245
330 Nigeria 596 G 246 245
331 Nigeria 597 T 246 245
332 Nigeria 598 G A 246 244 Val111Val
333 Nigeria 599 G 246 245
334 Nigeria 600 G 246 245
335 Nigeria 601 C 246 245
336 Nigeria 602 G 246 245
337 Nigeria 603 A 246 245
338 Nigeria 604 A 246 245
339 Nigeria 605 A 246 245
340 Nigeria 606 T 246 245
341 Nigeria 607 A 246 245
342 Nigeria 608 C 246 245
343 Nigeria 609 C 246 245
344 Nigeria 610 A 246 245
345 Nigeria 611 G 246 245
346 Nigeria 612 T 246 245
347 Nigeria 613 G 246 245
348 Nigeria 614 G 246 245
349 Nigeria 615 C 246 246
350 Nigeria 616 T 246 246
351 Nigeria 617 T 246 246
352 Nigeria 618 A 246 246
353 Nigeria 619 C 246 246
354 Nigeria 620 C 246 246
355 Nigeria 621 G 246 246
356 Nigeria 622 C 246 246
357 Nigeria 623 A 246 246
358 Nigeria 624 A 246 246
359 Nigeria 625 G 246 246
360 Nigeria 626 G 246 246
361 Nigeria 627 T 246 246
362 Nigeria 628 T 246 246
363 Nigeria 629 C 246 246
364 Nigeria 630 T 246 246
365 Nigeria 631 T 246 246
366 Nigeria 632 C 246 246
367 Nigeria 633 T 246 245
368 Nigeria 634 T 246 245
369 Nigeria 635 C 246 243
370 Nigeria 636 G 246 243
371 Nigeria 637 T 246 244
372 Nigeria 638 A 246 244
373 Nigeria 639 A 246 244
374 Nigeria 640 G 246 244
375 Nigeria 641 A 246 243
376 Nigeria 642 A 246 243
377 Nigeria 643 C 246 245
378 Nigeria 644 G 246 244
379 Nigeria 645 G 246 244
380 Nigeria 646 T 246 244
381 Nigeria 647 A 246 244
382 Nigeria 648 A 246 245
383 Nigeria 649 T 246 245
384 Nigeria 650 A 246 245
385 Nigeria 651 A 246 245
386 Nigeria 652 A 246 245
387 Nigeria 653 G 246 244
388 Nigeria 654 G 246 244
389 Nigeria 655 A 246 244
390 Nigeria 656 G 246 244
391 Nigeria 657 C 246 244
392 Nigeria 658 T 246 244
393 Nigeria 659 G 246 245
394 Nigeria 660 G 246 245
395 Nigeria 661 T 246 245
396 Nigeria 662 G 246 245
397 Nigeria 663 G 246 246
398 Nigeria 664 C 246 246
399 Nigeria 665 C 252 252
400 Nigeria 666 A 252 252
401 Nigeria 667 T 252 252
402 Nigeria 668 A 252 252
403 Nigeria 669 G 252 252
404 Nigeria 670 T 252 252
405 Nigeria 671 T 252 252
406 Nigeria 672 A 252 252
407 Nigeria 673 C 252 252
408 Nigeria 674 G 252 252
409 Nigeria 675 G 252 252
410 Nigeria 676 C 252 252
411 Nigeria 677 G 252 252
412 Nigeria 678 C 252 252
413 Nigeria 679 C 252 252
414 Nigeria 680 G 252 252
415 Nigeria 681 A 252 252
416 Nigeria 682 T 252 252
417 Nigeria 683 C T 252 251 Leu140Leu
418 Nigeria 684 T 252 251
419 Nigeria 685 A 252 251
420 Nigeria 686 A 246 245
421 Nigeria 687 A 246 245
422 Nigeria 688 G 246 246
423 Nigeria 689 T 246 245
424 Nigeria 690 C 246 245
425 Nigeria 691 A 246 245
426 Nigeria 692 T 246 245
427 Nigeria 693 T 246 245
428 Nigeria 694 T 246 245
429 Nigeria 695 G 246 245
430 Nigeria 696 A 246 245
431 Nigeria 697 C 246 245
432 Nigeria 698 T 246 245
433 Nigeria 699 T 246 245
434 Nigeria 700 A 246 245
435 Nigeria 701 G 246 246
436 Nigeria 702 G 246 246
437 Nigeria 703 C 246 246
438 Nigeria 704 G 246 246
439 Nigeria 705 A 246 246
440 Nigeria 706 C 246 246
441 Nigeria 707 G 246 246
442 Nigeria 708 A 245 245
443 Nigeria 709 G 245 245
444 Nigeria 710 C 245 245
445 Nigeria 711 T 245 245
446 Nigeria 712 T 245 245
447 Nigeria 713 G 245 245
448 Nigeria 714 G 245 245
449 Nigeria 715 C 245 245
450 Nigeria 716 A 245 245
451 Nigeria 717 C 245 245
452 Nigeria 718 T 245 244
453 Nigeria 719 G 245 244
454 Nigeria 720 A 245 245
455 Nigeria 721 T 245 245
456 Nigeria 722 C 245 245
457 Nigeria 723 C 245 245
458 Nigeria 724 T 245 245
459 Nigeria 725 T 245 245
460 Nigeria 726 A 245 245
461 Nigeria 727 T 245 245
462 Nigeria 728 G 245 245
463 Nigeria 729 A 245 245
464 Nigeria 730 A 245 245
465 Nigeria 731 G 245 245
466 Nigeria 732 A 245 245
467 Nigeria 733 T 245 245
468 Nigeria 734 T 244 244
469 Nigeria 735 T 244 244
470 Nigeria 736 T 244 244
471 Nigeria 737 C 244 243
472 Nigeria 738 A 244 243
473 Nigeria 739 A 244 243
474 Nigeria 740 G 244 243
475 Nigeria 741 A 244 243
476 Nigeria 742 A 244 242
477 Nigeria 743 A 244 242
478 Nigeria 744 A 244 242
479 Nigeria 745 C T 244 242 Asn160Asn
480 Nigeria 746 T 249 247
481 Nigeria 747 G 249 247
482 Nigeria 748 G 249 247
483 Nigeria 749 A 249 247
484 Nigeria 750 A 249 248
485 Nigeria 751 C 249 248
486 Nigeria 752 A 249 247
487 Nigeria 753 C 249 248
488 Nigeria 754 T 249 248
489 Nigeria 755 A 249 249
490 Nigeria 756 A 249 249
491 Nigeria 757 A 249 249
492 Nigeria 758 C 249 249
493 Nigeria 759 A 249 249
494 Nigeria 760 T 249 249
495 Nigeria 761 A 249 249
496 Nigeria 762 G 249 249
497 Nigeria 763 C 249 249
498 Nigeria 764 A 248 248
499 Nigeria 765 G 248 248
500 Nigeria 766 T 248 247
501 Nigeria 767 G 248 247
502 Nigeria 768 G 248 247
503 Nigeria 769 T 248 247
504 Nigeria 770 G 248 247
505 Nigeria 771 T 248 247
506 Nigeria 772 T 248 247
507 Nigeria 773 A 248 247
508 Nigeria 774 C 248 247
509 Nigeria 775 C 248 247
510 Nigeria 776 C 248 247
511 Nigeria 777 G 248 247
512 Nigeria 778 T 248 247
513 Nigeria 779 G 248 247
514 Nigeria 780 A 248 247
515 Nigeria 781 A 248 247
516 Nigeria 782 C 248 247
517 Nigeria 783 T 248 248
518 Nigeria 784 C 248 248
519 Nigeria 785 A 248 248
520 Nigeria 786 T 248 248
521 Nigeria 787 G 248 248
522 Nigeria 788 C 248 248
523 Nigeria 789 G 248 248
524 Nigeria 790 T 248 248
525 Nigeria 791 G 248 248
526 Nigeria 792 A 248 248
527 Nigeria 793 G 248 248
528 Nigeria 794 C 247 247
529 Nigeria 795 T 247 247
530 Nigeria 796 T 247 247
531 Nigeria 797 A 247 247
532 Nigeria 798 A 247 247
533 Nigeria 799 C 247 247
534 Nigeria 800 G 247 247
535 Nigeria 801 G 247 247
536 Nigeria 802 A 247 247
537 Nigeria 803 G 247 247
538 Nigeria 804 G 247 247
539 Nigeria 805 G 247 247