National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
-   540                                        
?                                            
A   21                               1 1      
C   3                                        
D   27 1     1               1                
E   54       3         1                      
F   15                                        
G   66   2       2                   1        
H   21             1                         1
I   9                                        
K   27                 1     1                
L   63                   1                    
M   9                                        
N   18                       1                
P   24                                        
Q   21                                        
R   30   1         1               1          
S   30           1                   1        
T   21                       1                
V   63 1             2                   5    
W   3                                        
Y   15                                       1

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 New_Zealand 266 A 1105 1105
1 New_Zealand 267 T 1105 1105
2 New_Zealand 268 G 1105 1105
3 New_Zealand 269 G 1105 1105
4 New_Zealand 270 A 1105 1105
5 New_Zealand 271 G A 1105 1104 Glu2Glu
6 New_Zealand 272 A 1105 1105
7 New_Zealand 273 G 1105 1105
8 New_Zealand 274 C 1105 1105
9 New_Zealand 275 C 1105 1105
10 New_Zealand 276 T 1105 1105
11 New_Zealand 277 T 1105 1105
12 New_Zealand 278 G 1105 1105
13 New_Zealand 279 T 1105 1105
14 New_Zealand 280 C 1105 1105
15 New_Zealand 281 C 1105 1105
16 New_Zealand 282 C 1105 1105
17 New_Zealand 283 T 1105 1105
18 New_Zealand 284 G 1105 1105
19 New_Zealand 285 G 1105 1105
20 New_Zealand 286 T 1105 1105
21 New_Zealand 287 T 1105 1105
22 New_Zealand 288 T 1105 1105
23 New_Zealand 289 C 1105 1105
24 New_Zealand 290 A 1105 1105
25 New_Zealand 291 A 1105 1105
26 New_Zealand 292 C 1105 1104
27 New_Zealand 293 G 1105 1105
28 New_Zealand 294 A 1105 1105
29 New_Zealand 295 G 1105 1105
30 New_Zealand 296 A 1105 1105
31 New_Zealand 297 A 1105 1105
32 New_Zealand 298 A 1105 1105
33 New_Zealand 299 A 1105 1105
34 New_Zealand 300 C 1105 1105
35 New_Zealand 301 A 1105 1105
36 New_Zealand 302 C 1105 1105
37 New_Zealand 303 A 1105 1105
38 New_Zealand 304 C 1105 1105
39 New_Zealand 305 G 1105 1105
40 New_Zealand 306 T 1105 1105
41 New_Zealand 307 C 1105 1105
42 New_Zealand 308 C 1105 1105
43 New_Zealand 309 A 1105 1105
44 New_Zealand 310 A 1105 1105
45 New_Zealand 311 C 1105 1105
46 New_Zealand 312 T 1105 1105
47 New_Zealand 313 C T 1105 1091 Leu16Leu
48 New_Zealand 314 A 1105 1105
49 New_Zealand 315 G 1105 1105
50 New_Zealand 316 T 1105 1105
51 New_Zealand 317 T 1105 1105
52 New_Zealand 318 T 1105 1105
53 New_Zealand 319 G 1105 1105
54 New_Zealand 320 C 1105 1105
55 New_Zealand 321 C 1105 1105
56 New_Zealand 322 T 1105 1105
57 New_Zealand 323 G 1105 1105
58 New_Zealand 324 T 1105 1105
59 New_Zealand 325 T 1105 1105
60 New_Zealand 326 T 1105 1105
61 New_Zealand 327 T 1105 1105
62 New_Zealand 328 A 1105 1105
63 New_Zealand 329 C 1105 1105
64 New_Zealand 330 A 1105 1105
65 New_Zealand 331 G 1105 1105
66 New_Zealand 332 G 1105 1105
67 New_Zealand 333 T 1105 1105
68 New_Zealand 334 T 1105 1105
69 New_Zealand 335 C 1105 1105
70 New_Zealand 336 G 1105 1105
71 New_Zealand 337 C T 1105 1103 Arg24Arg
72 New_Zealand 338 G 1105 1105
73 New_Zealand 339 A 1105 1105
74 New_Zealand 340 C 1105 1105
75 New_Zealand 341 G 1105 1104
76 New_Zealand 342 T 1105 1105
77 New_Zealand 343 G 1111 1111
78 New_Zealand 344 C 1111 1111
79 New_Zealand 345 T 1111 1111
80 New_Zealand 346 C 1111 1111
81 New_Zealand 347 G A 1111 1110 Val28Ile
82 New_Zealand 348 T 1111 1111
83 New_Zealand 349 A 1111 1111
84 New_Zealand 350 C 1111 1111
85 New_Zealand 351 G 1111 1111
86 New_Zealand 352 T 1111 1111
87 New_Zealand 353 G 1111 1111
88 New_Zealand 354 G 1111 1111
89 New_Zealand 355 C 1111 1111
90 New_Zealand 356 T 1111 1111
91 New_Zealand 357 T 1111 1111
92 New_Zealand 358 T 1111 1111
93 New_Zealand 359 G 1111 1111
94 New_Zealand 360 G 1111 1111
95 New_Zealand 361 A 1111 1111
96 New_Zealand 362 G 1111 1111
97 New_Zealand 363 A 1111 1111
98 New_Zealand 364 C 1111 1111
99 New_Zealand 365 T 1111 1111
100 New_Zealand 366 C 1111 1111
101 New_Zealand 367 C T 1111 1110 Ser34Ser
102 New_Zealand 368 G 1111 1111
103 New_Zealand 369 T C 1111 1110 Val35Ala
104 New_Zealand 370 G A 1111 1110 Val35Val
105 New_Zealand 371 G 1111 1111
106 New_Zealand 372 A 1111 1111
107 New_Zealand 373 G 1111 1111
108 New_Zealand 374 G 1111 1111
109 New_Zealand 375 A 1111 1111
110 New_Zealand 376 G 1111 1111
111 New_Zealand 377 G 1111 1110
112 New_Zealand 378 T 1111 1111
113 New_Zealand 379 C A 1111 1110 Val38Val
114 New_Zealand 380 T 1111 1111
115 New_Zealand 381 T 1111 1111
116 New_Zealand 382 A 1111 1111
117 New_Zealand 383 T 1111 1111
118 New_Zealand 384 C 1111 1111
119 New_Zealand 385 A 1111 1111
120 New_Zealand 386 G 1111 1111
121 New_Zealand 387 A 1111 1111
122 New_Zealand 388 G A 1111 1109 Glu41Glu
123 New_Zealand 389 G 1111 1111
124 New_Zealand 390 C 1111 1111
125 New_Zealand 391 A 1111 1111
126 New_Zealand 392 C T 1111 1109 Arg43Cys
127 New_Zealand 393 G A 1111 1109 Arg43His
128 New_Zealand 394 T 1111 1111
129 New_Zealand 395 C 1111 1111
130 New_Zealand 396 A 1111 1111
131 New_Zealand 397 A 1111 1111
132 New_Zealand 398 C 1111 1111
133 New_Zealand 399 A 1111 1111
134 New_Zealand 400 T 1111 1111
135 New_Zealand 401 C 1111 1111
136 New_Zealand 402 T 1111 1111
137 New_Zealand 403 T 1111 1111
138 New_Zealand 404 A 1111 1111
139 New_Zealand 405 A 1111 1111
140 New_Zealand 406 A G 1111 1110 Lys47Lys
141 New_Zealand 407 G 1111 1111
142 New_Zealand 408 A 1111 1111
143 New_Zealand 409 T 1111 1111
144 New_Zealand 410 G T 1111 1109 Gly49Cys
145 New_Zealand 411 G 1111 1111
146 New_Zealand 412 C 1111 1111
147 New_Zealand 413 A 1111 1111
148 New_Zealand 414 C A 1111 1110 Thr50Asn
149 New_Zealand 415 T 1111 1111
150 New_Zealand 416 T 1111 1111
151 New_Zealand 417 G 1111 1111
152 New_Zealand 418 T 1111 1111
153 New_Zealand 419 G 1111 1111
154 New_Zealand 420 G 1111 1111
155 New_Zealand 421 C 1111 1111
156 New_Zealand 422 T 1111 1111
157 New_Zealand 423 T 1111 1111
158 New_Zealand 424 A 1111 1111
159 New_Zealand 425 G 1111 1111
160 New_Zealand 426 T 1111 1111
161 New_Zealand 427 A 1111 1111
162 New_Zealand 428 G 1111 1111
163 New_Zealand 429 A 1111 1111
164 New_Zealand 430 A 1111 1111
165 New_Zealand 431 G A 1111 1109 Val56Ile
166 New_Zealand 432 T 1111 1111
167 New_Zealand 433 T 1111 1111
168 New_Zealand 434 G A 1111 1109 Glu57Lys
169 New_Zealand 435 A 1111 1111
170 New_Zealand 436 A 1111 1111
171 New_Zealand 437 A 1111 1111
172 New_Zealand 438 A 1111 1111
173 New_Zealand 439 A 1111 1111
174 New_Zealand 440 G 1111 1111
175 New_Zealand 441 G 1111 1111
176 New_Zealand 442 C 1111 1111
177 New_Zealand 443 G 1111 1111
178 New_Zealand 444 T 1111 1111
179 New_Zealand 445 T C 1111 1071 Val60Val
180 New_Zealand 446 T 1111 1111
181 New_Zealand 447 T 1111 1111
182 New_Zealand 448 G 1111 1110
183 New_Zealand 449 C 1111 1111
184 New_Zealand 450 C 1111 1111
185 New_Zealand 451 T 1111 1111
186 New_Zealand 452 C 1111 1111
187 New_Zealand 453 A 1111 1111
188 New_Zealand 454 A 1111 1111
189 New_Zealand 455 C 1111 1111
190 New_Zealand 456 T 1111 1111
191 New_Zealand 457 T 1111 1111
192 New_Zealand 458 G 1111 1111
193 New_Zealand 459 A 1111 1111
194 New_Zealand 460 A 1111 1111
195 New_Zealand 461 C 1111 1111
196 New_Zealand 462 A 1111 1111
197 New_Zealand 463 G 1111 1111
198 New_Zealand 464 C 1111 1111
199 New_Zealand 465 C 1111 1111
200 New_Zealand 466 C 1111 1111
201 New_Zealand 467 T 1111 1111
202 New_Zealand 468 A 1111 1111
203 New_Zealand 469 T 1111 1111
204 New_Zealand 470 G 1111 1111
205 New_Zealand 471 T 1111 1111
206 New_Zealand 472 G 1111 1111
207 New_Zealand 473 T 1111 1111
208 New_Zealand 474 T 1111 1111
209 New_Zealand 475 C 1111 1111
210 New_Zealand 476 A 1111 1111
211 New_Zealand 477 T 1111 1111
212 New_Zealand 478 C 1111 1111
213 New_Zealand 479 A 1111 1111
214 New_Zealand 480 A 1111 1111
215 New_Zealand 481 A 1111 1111
216 New_Zealand 482 C 1111 1111
217 New_Zealand 483 G 1111 1111
218 New_Zealand 484 T 1111 1111
219 New_Zealand 485 T 1111 1111
220 New_Zealand 486 C 1111 1111
221 New_Zealand 487 G 1111 1111
222 New_Zealand 488 G 1111 1111
223 New_Zealand 489 A 1111 1111
224 New_Zealand 490 T A 1111 1106 Asp75Glu
225 New_Zealand 491 G T,A 1111 1106 Ala76Ser-p.Ala76Thr
226 New_Zealand 492 C 1111 1111
227 New_Zealand 493 T 1111 1111
228 New_Zealand 494 C 1111 1111
229 New_Zealand 495 G 1111 1111
230 New_Zealand 496 A 1111 1111
231 New_Zealand 497 A 1111 1111
232 New_Zealand 498 C 1111 1111
233 New_Zealand 499 T 1111 1111
234 New_Zealand 500 G 1111 1111
235 New_Zealand 501 C 1111 1111
236 New_Zealand 502 A 1111 1111
237 New_Zealand 503 C 1111 1111
238 New_Zealand 504 C 1111 1111
239 New_Zealand 505 T 1109 1109
240 New_Zealand 506 C 1109 1109
241 New_Zealand 507 A 1109 1109
242 New_Zealand 508 T 1109 1109
243 New_Zealand 509 G 1109 1109
244 New_Zealand 510 G 1109 1108
245 New_Zealand 511 T 1109 1108
246 New_Zealand 512 C 1109 1108
247 New_Zealand 513 A 1109 1107
248 New_Zealand 514 T C 1109 1104 His83His
249 New_Zealand 515 G 1109 1107
250 New_Zealand 516 T 1109 1107
251 New_Zealand 517 T 1109 1107
252 New_Zealand 518 A 1109 1106
253 New_Zealand 519 T 1109 1106
254 New_Zealand 520 G 1109 1108
255 New_Zealand 521 G 1109 1109
256 New_Zealand 522 T 1109 1109
257 New_Zealand 523 T 1109 1109
258 New_Zealand 524 G 1109 1109
259 New_Zealand 525 A 1109 1109
260 New_Zealand 526 G 1109 1109
261 New_Zealand 527 C 1109 1109
262 New_Zealand 528 T 1109 1109
263 New_Zealand 529 G 1109 1109
264 New_Zealand 530 G 1109 1109
265 New_Zealand 531 T 1109 1109
266 New_Zealand 532 A 1109 1109
267 New_Zealand 533 G 1109 1109
268 New_Zealand 534 C 1109 1109
269 New_Zealand 535 A 1109 1109
270 New_Zealand 536 G 1109 1109
271 New_Zealand 537 A 1109 1109
272 New_Zealand 538 A 1109 1109
273 New_Zealand 539 C 1109 1108
274 New_Zealand 540 T 1109 1109
275 New_Zealand 541 C 1109 1109
276 New_Zealand 542 G 1109 1109
277 New_Zealand 543 A 1109 1109
278 New_Zealand 544 A 1109 1109
279 New_Zealand 545 G 1109 1109
280 New_Zealand 546 G 1109 1109
281 New_Zealand 547 C 1109 1109
282 New_Zealand 548 A 1109 1109
283 New_Zealand 549 T 1109 1109
284 New_Zealand 550 T 1109 1109
285 New_Zealand 551 C 1109 1109
286 New_Zealand 552 A 1109 1109
287 New_Zealand 553 G 1109 1109
288 New_Zealand 554 T 1109 1109
289 New_Zealand 555 A 1109 1109
290 New_Zealand 556 C T 1109 1108 Tyr97Tyr
291 New_Zealand 557 G 1109 1109
292 New_Zealand 558 G 1109 1109
293 New_Zealand 559 T 1109 1109
294 New_Zealand 560 C 1109 1109
295 New_Zealand 561 G 1109 1109
296 New_Zealand 562 T 1109 1109
297 New_Zealand 563 A 1109 1109
298 New_Zealand 564 G 1109 1109
299 New_Zealand 565 T 1111 1111
300 New_Zealand 566 G 1111 1111
301 New_Zealand 567 G 1111 1111
302 New_Zealand 568 T 1111 1111
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367 New_Zealand 633 T 1111 1111
368 New_Zealand 634 T 1111 1111
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386 New_Zealand 652 A 1111 1111
387 New_Zealand 653 G 1111 1111
388 New_Zealand 654 G 1111 1111
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423 New_Zealand 689 T 1108 1104
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426 New_Zealand 692 T 1108 1104
427 New_Zealand 693 T 1108 1107
428 New_Zealand 694 T 1108 1107
429 New_Zealand 695 G 1108 1108
430 New_Zealand 696 A C 1108 1106 Asp144Ala
431 New_Zealand 697 C 1108 1108
432 New_Zealand 698 T 1108 1108
433 New_Zealand 699 T 1108 1108
434 New_Zealand 700 A 1108 1108
435 New_Zealand 701 G 1108 1108
436 New_Zealand 702 G 1108 1108
437 New_Zealand 703 C 1108 1108
438 New_Zealand 704 G 1108 1108
439 New_Zealand 705 A 1108 1108
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441 New_Zealand 707 G 1108 1108
442 New_Zealand 708 A 1108 1108
443 New_Zealand 709 G 1108 1108
444 New_Zealand 710 C 1108 1108
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458 New_Zealand 724 T 1108 1108
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505 New_Zealand 771 T 1111 1111
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