National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
-   540                                        
?                                            
A   21 1                                      
C   3                                        
D   27                                        
E   54                                        
F   15                                        
G   66                                        
H   21                                        
I   9                                        
K   27                                        
L   63                                        
M   9                                        
N   18                                        
P   24                                        
Q   21                                        
R   30                                        
S   30                                        
T   21                                        
V   63                                        
W   3                                        
Y   15                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Malta 266 A 10 10
1 Malta 267 T 10 10
2 Malta 268 G 10 10
3 Malta 269 G 10 10
4 Malta 270 A 10 10
5 Malta 271 G 10 10
6 Malta 272 A 10 10
7 Malta 273 G 10 10
8 Malta 274 C 10 10
9 Malta 275 C 10 10
10 Malta 276 T 10 10
11 Malta 277 T 10 10
12 Malta 278 G 10 10
13 Malta 279 T 10 10
14 Malta 280 C 10 10
15 Malta 281 C 10 10
16 Malta 282 C 10 10
17 Malta 283 T 10 10
18 Malta 284 G 10 10
19 Malta 285 G 10 10
20 Malta 286 T 10 10
21 Malta 287 T 10 10
22 Malta 288 T 10 10
23 Malta 289 C 10 10
24 Malta 290 A 10 10
25 Malta 291 A 10 10
26 Malta 292 C 10 10
27 Malta 293 G 10 10
28 Malta 294 A 10 10
29 Malta 295 G 10 10
30 Malta 296 A 10 10
31 Malta 297 A 10 10
32 Malta 298 A 10 10
33 Malta 299 A 10 10
34 Malta 300 C 10 10
35 Malta 301 A 10 10
36 Malta 302 C 10 10
37 Malta 303 A 10 10
38 Malta 304 C 10 10
39 Malta 305 G 10 10
40 Malta 306 T 10 10
41 Malta 307 C 10 10
42 Malta 308 C 10 10
43 Malta 309 A 10 10
44 Malta 310 A 10 10
45 Malta 311 C 10 10
46 Malta 312 T 10 10
47 Malta 313 C 10 10
48 Malta 314 A 10 10
49 Malta 315 G 10 10
50 Malta 316 T 10 10
51 Malta 317 T 10 10
52 Malta 318 T 10 10
53 Malta 319 G 10 10
54 Malta 320 C 10 10
55 Malta 321 C 10 10
56 Malta 322 T 10 10
57 Malta 323 G 10 10
58 Malta 324 T 10 10
59 Malta 325 T 10 10
60 Malta 326 T 10 10
61 Malta 327 T 10 10
62 Malta 328 A 10 10
63 Malta 329 C 10 10
64 Malta 330 A 10 10
65 Malta 331 G 10 10
66 Malta 332 G 10 10
67 Malta 333 T 10 10
68 Malta 334 T 10 10
69 Malta 335 C 10 10
70 Malta 336 G 10 10
71 Malta 337 C 10 10
72 Malta 338 G 10 10
73 Malta 339 A 10 10
74 Malta 340 C 10 10
75 Malta 341 G 10 10
76 Malta 342 T 10 10
77 Malta 343 G 10 10
78 Malta 344 C 10 10
79 Malta 345 T 10 10
80 Malta 346 C 10 10
81 Malta 347 G 10 10
82 Malta 348 T 10 10
83 Malta 349 A 10 10
84 Malta 350 C 10 10
85 Malta 351 G 10 10
86 Malta 352 T 10 10
87 Malta 353 G 10 10
88 Malta 354 G 10 10
89 Malta 355 C 10 10
90 Malta 356 T 10 10
91 Malta 357 T 10 10
92 Malta 358 T 10 10
93 Malta 359 G 10 10
94 Malta 360 G 10 10
95 Malta 361 A 10 10
96 Malta 362 G 10 10
97 Malta 363 A 10 10
98 Malta 364 C 10 10
99 Malta 365 T 10 10
100 Malta 366 C 10 10
101 Malta 367 C 10 10
102 Malta 368 G 10 10
103 Malta 369 T 10 10
104 Malta 370 G 10 10
105 Malta 371 G 10 10
106 Malta 372 A 10 10
107 Malta 373 G 10 10
108 Malta 374 G 10 10
109 Malta 375 A 10 10
110 Malta 376 G 10 10
111 Malta 377 G 10 10
112 Malta 378 T 10 10
113 Malta 379 C 10 10
114 Malta 380 T 10 10
115 Malta 381 T 10 10
116 Malta 382 A 10 10
117 Malta 383 T 10 10
118 Malta 384 C 10 10
119 Malta 385 A 10 10
120 Malta 386 G 10 10
121 Malta 387 A 10 10
122 Malta 388 G 10 10
123 Malta 389 G 10 10
124 Malta 390 C 10 10
125 Malta 391 A 10 10
126 Malta 392 C 10 10
127 Malta 393 G 10 10
128 Malta 394 T 10 10
129 Malta 395 C 10 10
130 Malta 396 A 10 10
131 Malta 397 A 10 10
132 Malta 398 C 10 10
133 Malta 399 A 10 10
134 Malta 400 T 10 10
135 Malta 401 C 10 10
136 Malta 402 T 10 10
137 Malta 403 T 10 10
138 Malta 404 A 10 10
139 Malta 405 A 10 10
140 Malta 406 A 10 10
141 Malta 407 G 10 10
142 Malta 408 A 10 10
143 Malta 409 T 10 10
144 Malta 410 G 10 10
145 Malta 411 G 10 10
146 Malta 412 C 10 10
147 Malta 413 A 10 10
148 Malta 414 C 10 10
149 Malta 415 T 10 10
150 Malta 416 T 10 10
151 Malta 417 G 10 10
152 Malta 418 T 10 10
153 Malta 419 G 10 10
154 Malta 420 G 10 10
155 Malta 421 C 10 10
156 Malta 422 T 10 10
157 Malta 423 T 10 10
158 Malta 424 A 10 10
159 Malta 425 G 10 10
160 Malta 426 T 10 10
161 Malta 427 A 10 10
162 Malta 428 G 10 10
163 Malta 429 A 10 10
164 Malta 430 A 10 10
165 Malta 431 G 10 10
166 Malta 432 T 10 10
167 Malta 433 T 10 10
168 Malta 434 G 10 10
169 Malta 435 A 10 10
170 Malta 436 A 10 10
171 Malta 437 A 10 10
172 Malta 438 A 10 10
173 Malta 439 A 10 10
174 Malta 440 G 10 10
175 Malta 441 G 10 10
176 Malta 442 C 10 10
177 Malta 443 G 10 10
178 Malta 444 T 10 10
179 Malta 445 T 10 10
180 Malta 446 T 10 10
181 Malta 447 T 10 10
182 Malta 448 G 10 10
183 Malta 449 C 10 10
184 Malta 450 C 10 10
185 Malta 451 T 10 10
186 Malta 452 C 10 10
187 Malta 453 A 10 10
188 Malta 454 A 10 10
189 Malta 455 C 10 10
190 Malta 456 T 10 10
191 Malta 457 T 10 10
192 Malta 458 G 10 10
193 Malta 459 A 10 10
194 Malta 460 A 10 10
195 Malta 461 C 10 10
196 Malta 462 A 10 10
197 Malta 463 G 10 10
198 Malta 464 C 10 10
199 Malta 465 C 10 10
200 Malta 466 C 10 10
201 Malta 467 T 10 10
202 Malta 468 A 10 10
203 Malta 469 T 10 10
204 Malta 470 G 10 10
205 Malta 471 T 10 10
206 Malta 472 G 10 10
207 Malta 473 T 10 10
208 Malta 474 T 10 10
209 Malta 475 C 10 10
210 Malta 476 A 10 10
211 Malta 477 T 10 10
212 Malta 478 C 10 10
213 Malta 479 A 10 10
214 Malta 480 A 10 10
215 Malta 481 A 10 10
216 Malta 482 C 10 10
217 Malta 483 G 10 10
218 Malta 484 T 10 10
219 Malta 485 T 10 10
220 Malta 486 C 10 10
221 Malta 487 G 10 10
222 Malta 488 G 10 10
223 Malta 489 A 10 10
224 Malta 490 T 10 10
225 Malta 491 G 10 10
226 Malta 492 C 10 10
227 Malta 493 T 10 10
228 Malta 494 C 10 10
229 Malta 495 G 10 10
230 Malta 496 A 10 10
231 Malta 497 A 10 10
232 Malta 498 C 10 10
233 Malta 499 T 10 10
234 Malta 500 G 10 10
235 Malta 501 C 10 10
236 Malta 502 A 10 10
237 Malta 503 C 10 10
238 Malta 504 C 10 10
239 Malta 505 T 10 10
240 Malta 506 C 10 10
241 Malta 507 A 10 10
242 Malta 508 T 10 10
243 Malta 509 G 10 10
244 Malta 510 G 10 10
245 Malta 511 T 10 10
246 Malta 512 C 10 10
247 Malta 513 A 10 10
248 Malta 514 T 10 10
249 Malta 515 G 10 10
250 Malta 516 T 10 10
251 Malta 517 T 10 10
252 Malta 518 A 10 10
253 Malta 519 T 10 10
254 Malta 520 G 10 10
255 Malta 521 G 10 10
256 Malta 522 T 10 10
257 Malta 523 T 10 10
258 Malta 524 G 10 10
259 Malta 525 A 10 10
260 Malta 526 G 10 10
261 Malta 527 C 10 10
262 Malta 528 T 10 10
263 Malta 529 G 10 10
264 Malta 530 G 10 10
265 Malta 531 T 10 10
266 Malta 532 A 10 10
267 Malta 533 G 10 10
268 Malta 534 C 10 10
269 Malta 535 A 10 10
270 Malta 536 G 10 10
271 Malta 537 A 10 10
272 Malta 538 A 10 10
273 Malta 539 C 10 10
274 Malta 540 T 10 10
275 Malta 541 C 10 10
276 Malta 542 G 10 10
277 Malta 543 A 10 10
278 Malta 544 A 10 10
279 Malta 545 G 10 10
280 Malta 546 G 10 10
281 Malta 547 C 10 10
282 Malta 548 A 10 10
283 Malta 549 T 10 10
284 Malta 550 T 10 10
285 Malta 551 C 10 10
286 Malta 552 A 10 10
287 Malta 553 G 10 10
288 Malta 554 T 10 10
289 Malta 555 A 10 10
290 Malta 556 C 10 10
291 Malta 557 G 10 10
292 Malta 558 G 10 10
293 Malta 559 T 10 10
294 Malta 560 C 10 10
295 Malta 561 G 10 10
296 Malta 562 T 10 10
297 Malta 563 A 10 10
298 Malta 564 G 10 10
299 Malta 565 T 10 10
300 Malta 566 G 10 10
301 Malta 567 G 10 10
302 Malta 568 T 10 10
303 Malta 569 G 10 10
304 Malta 570 A 10 10
305 Malta 571 G 10 10
306 Malta 572 A 10 10
307 Malta 573 C 10 10
308 Malta 574 A 10 10
309 Malta 575 C 10 10
310 Malta 576 T 10 10
311 Malta 577 T 10 10
312 Malta 578 G 10 10
313 Malta 579 G 10 10
314 Malta 580 T 10 10
315 Malta 581 G 10 10
316 Malta 582 T 10 10
317 Malta 583 C 10 10
318 Malta 584 C 10 10
319 Malta 585 T 10 10
320 Malta 586 T 10 10
321 Malta 587 G 10 10
322 Malta 588 T 10 10
323 Malta 589 C 10 10
324 Malta 590 C 10 10
325 Malta 591 C 10 10
326 Malta 592 T 10 10
327 Malta 593 C 10 10
328 Malta 594 A 10 10
329 Malta 595 T 10 10
330 Malta 596 G 10 10
331 Malta 597 T 10 10
332 Malta 598 G 10 10
333 Malta 599 G 10 10
334 Malta 600 G 10 10
335 Malta 601 C 10 10
336 Malta 602 G 10 10
337 Malta 603 A 10 10
338 Malta 604 A 10 10
339 Malta 605 A 10 10
340 Malta 606 T 10 10
341 Malta 607 A 10 10
342 Malta 608 C 10 10
343 Malta 609 C 10 10
344 Malta 610 A 10 10
345 Malta 611 G 10 10
346 Malta 612 T 10 10
347 Malta 613 G 10 10
348 Malta 614 G 10 10
349 Malta 615 C 10 10
350 Malta 616 T 10 10
351 Malta 617 T 10 10
352 Malta 618 A 10 10
353 Malta 619 C 10 10
354 Malta 620 C 10 10
355 Malta 621 G 10 10
356 Malta 622 C 10 10
357 Malta 623 A 10 10
358 Malta 624 A 10 10
359 Malta 625 G 10 10
360 Malta 626 G 10 10
361 Malta 627 T 10 10
362 Malta 628 T 10 10
363 Malta 629 C 10 10
364 Malta 630 T 10 10
365 Malta 631 T 10 10
366 Malta 632 C 10 10
367 Malta 633 T 10 10
368 Malta 634 T 10 10
369 Malta 635 C 10 10
370 Malta 636 G 10 10
371 Malta 637 T 10 10
372 Malta 638 A 10 10
373 Malta 639 A 10 10
374 Malta 640 G 10 10
375 Malta 641 A 10 10
376 Malta 642 A 10 10
377 Malta 643 C 10 10
378 Malta 644 G 10 10
379 Malta 645 G 10 10
380 Malta 646 T 10 10
381 Malta 647 A 10 10
382 Malta 648 A 10 10
383 Malta 649 T 10 10
384 Malta 650 A 10 10
385 Malta 651 A 10 10
386 Malta 652 A 10 10
387 Malta 653 G 10 10
388 Malta 654 G 10 10
389 Malta 655 A 10 10
390 Malta 656 G 10 10
391 Malta 657 C 10 10
392 Malta 658 T 10 10
393 Malta 659 G 10 10
394 Malta 660 G 10 10
395 Malta 661 T 10 10
396 Malta 662 G 10 10
397 Malta 663 G 10 10
398 Malta 664 C 10 10
399 Malta 665 C 10 10
400 Malta 666 A 10 10
401 Malta 667 T 10 10
402 Malta 668 A 10 10
403 Malta 669 G 10 10
404 Malta 670 T 10 10
405 Malta 671 T 10 10
406 Malta 672 A 10 10
407 Malta 673 C 10 10
408 Malta 674 G 10 10
409 Malta 675 G 10 10
410 Malta 676 C 10 10
411 Malta 677 G 10 10
412 Malta 678 C 10 10
413 Malta 679 C A 10 6 Ala138Ala
414 Malta 680 G 10 10
415 Malta 681 A 10 10
416 Malta 682 T 10 10
417 Malta 683 C 10 10
418 Malta 684 T 10 10
419 Malta 685 A 10 10
420 Malta 686 A 10 10
421 Malta 687 A 10 10
422 Malta 688 G 10 10
423 Malta 689 T 10 10
424 Malta 690 C 10 10
425 Malta 691 A 10 10
426 Malta 692 T 10 10
427 Malta 693 T 10 10
428 Malta 694 T 10 10
429 Malta 695 G 10 10
430 Malta 696 A 10 10
431 Malta 697 C 10 10
432 Malta 698 T 10 10
433 Malta 699 T 10 10
434 Malta 700 A 10 10
435 Malta 701 G 10 10
436 Malta 702 G 10 10
437 Malta 703 C 10 10
438 Malta 704 G 10 10
439 Malta 705 A 10 10
440 Malta 706 C 10 10
441 Malta 707 G 10 10
442 Malta 708 A 10 10
443 Malta 709 G 10 10
444 Malta 710 C 10 10
445 Malta 711 T 10 10
446 Malta 712 T 10 10
447 Malta 713 G 10 10
448 Malta 714 G 10 10
449 Malta 715 C 10 10
450 Malta 716 A 10 10
451 Malta 717 C 10 10
452 Malta 718 T 10 10
453 Malta 719 G 10 10
454 Malta 720 A 10 10
455 Malta 721 T 10 10
456 Malta 722 C 10 10
457 Malta 723 C 10 10
458 Malta 724 T 10 10
459 Malta 725 T 10 10
460 Malta 726 A 10 10
461 Malta 727 T 10 10
462 Malta 728 G 10 10
463 Malta 729 A 10 10
464 Malta 730 A 10 10
465 Malta 731 G 10 10
466 Malta 732 A 10 10
467 Malta 733 T 10 10
468 Malta 734 T 10 10
469 Malta 735 T 10 10
470 Malta 736 T 10 10
471 Malta 737 C 10 10
472 Malta 738 A 10 10
473 Malta 739 A 10 10
474 Malta 740 G 10 10
475 Malta 741 A 10 10
476 Malta 742 A 10 10
477 Malta 743 A 10 10
478 Malta 744 A 10 10
479 Malta 745 C 10 10
480 Malta 746 T 10 10
481 Malta 747 G 10 10
482 Malta 748 G 10 10
483 Malta 749 A 10 10
484 Malta 750 A 10 10
485 Malta 751 C 10 10
486 Malta 752 A 10 10
487 Malta 753 C 10 10
488 Malta 754 T 10 10
489 Malta 755 A 10 10
490 Malta 756 A 10 10
491 Malta 757 A 10 10
492 Malta 758 C 10 10
493 Malta 759 A 10 10
494 Malta 760 T 10 10
495 Malta 761 A 10 10
496 Malta 762 G 10 10
497 Malta 763 C 10 10
498 Malta 764 A 10 10
499 Malta 765 G 10 10
500 Malta 766 T 10 10
501 Malta 767 G 10 10
502 Malta 768 G 10 10
503 Malta 769 T 10 10
504 Malta 770 G 10 10
505 Malta 771 T 10 10
506 Malta 772 T 10 10
507 Malta 773 A 10 10
508 Malta 774 C 10 10
509 Malta 775 C 10 10
510 Malta 776 C 10 10
511 Malta 777 G 10 10
512 Malta 778 T 10 10
513 Malta 779 G 10 10
514 Malta 780 A 10 10
515 Malta 781 A 10 10
516 Malta 782 C 10 10
517 Malta 783 T 10 10
518 Malta 784 C 10 10
519 Malta 785 A 10 10
520 Malta 786 T 10 10
521 Malta 787 G 10 10
522 Malta 788 C 10 10
523 Malta 789 G 10 10
524 Malta 790 T 10 10
525 Malta 791 G 10 10
526 Malta 792 A 10 10
527 Malta 793 G 10 10
528 Malta 794 C 10 10
529 Malta 795 T 10 10
530 Malta 796 T 10 10
531 Malta 797 A 10 10
532 Malta 798 A 10 10
533 Malta 799 C 10 10
534 Malta 800 G 10 10
535 Malta 801 G 10 10
536 Malta 802 A 10 10
537 Malta 803 G 10 10
538 Malta 804 G 10 10
539 Malta 805 G 10 10