National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
-   540                                        
?                                            
A   21                                        
C   3                                        
D   27                                        
E   54                                        
F   15                                        
G   66           1                            
H   21                                        
I   9                                        
K   27                                        
L   63                                        
M   9                                        
N   18                                        
P   24                                        
Q   21                                        
R   30                                        
S   30                                        
T   21                                        
V   63               1                        
W   3                                        
Y   15                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Mali 266 A 24 24
1 Mali 267 T 24 24
2 Mali 268 G 24 24
3 Mali 269 G 24 24
4 Mali 270 A 24 24
5 Mali 271 G 24 24
6 Mali 272 A 24 24
7 Mali 273 G 24 24
8 Mali 274 C 24 24
9 Mali 275 C 24 24
10 Mali 276 T 24 24
11 Mali 277 T 24 24
12 Mali 278 G 24 24
13 Mali 279 T 24 24
14 Mali 280 C 24 24
15 Mali 281 C 24 24
16 Mali 282 C 24 24
17 Mali 283 T 24 24
18 Mali 284 G 24 24
19 Mali 285 G 24 24
20 Mali 286 T 24 24
21 Mali 287 T 24 24
22 Mali 288 T 24 24
23 Mali 289 C 24 24
24 Mali 290 A 24 24
25 Mali 291 A 24 24
26 Mali 292 C 24 24
27 Mali 293 G 24 24
28 Mali 294 A 24 24
29 Mali 295 G 24 24
30 Mali 296 A 24 24
31 Mali 297 A 24 24
32 Mali 298 A 24 24
33 Mali 299 A 24 24
34 Mali 300 C 24 24
35 Mali 301 A 24 24
36 Mali 302 C 24 24
37 Mali 303 A 24 24
38 Mali 304 C 24 24
39 Mali 305 G 24 24
40 Mali 306 T 24 24
41 Mali 307 C 24 24
42 Mali 308 C 24 24
43 Mali 309 A 24 24
44 Mali 310 A 24 24
45 Mali 311 C 24 24
46 Mali 312 T 24 24
47 Mali 313 C 24 24
48 Mali 314 A 24 24
49 Mali 315 G 24 24
50 Mali 316 T 24 24
51 Mali 317 T 24 24
52 Mali 318 T 24 24
53 Mali 319 G 24 24
54 Mali 320 C 24 24
55 Mali 321 C 24 24
56 Mali 322 T 24 24
57 Mali 323 G 24 24
58 Mali 324 T 24 24
59 Mali 325 T 24 24
60 Mali 326 T 24 24
61 Mali 327 T 24 24
62 Mali 328 A 24 24
63 Mali 329 C 24 24
64 Mali 330 A 24 24
65 Mali 331 G 24 24
66 Mali 332 G 24 24
67 Mali 333 T 24 24
68 Mali 334 T 24 24
69 Mali 335 C 24 24
70 Mali 336 G 24 24
71 Mali 337 C 24 24
72 Mali 338 G 24 24
73 Mali 339 A 24 24
74 Mali 340 C 24 24
75 Mali 341 G 24 24
76 Mali 342 T 24 24
77 Mali 343 G 24 24
78 Mali 344 C 24 24
79 Mali 345 T 24 24
80 Mali 346 C 24 24
81 Mali 347 G 24 24
82 Mali 348 T 24 24
83 Mali 349 A 24 24
84 Mali 350 C 24 24
85 Mali 351 G 24 24
86 Mali 352 T 24 24
87 Mali 353 G 24 24
88 Mali 354 G 24 24
89 Mali 355 C 24 24
90 Mali 356 T 24 24
91 Mali 357 T 24 24
92 Mali 358 T 24 24
93 Mali 359 G 24 24
94 Mali 360 G 24 24
95 Mali 361 A G 24 23 Gly32Gly
96 Mali 362 G 24 24
97 Mali 363 A 24 24
98 Mali 364 C 24 24
99 Mali 365 T 24 24
100 Mali 366 C 24 24
101 Mali 367 C 24 24
102 Mali 368 G 24 24
103 Mali 369 T 24 24
104 Mali 370 G 24 24
105 Mali 371 G 24 24
106 Mali 372 A 24 24
107 Mali 373 G 24 24
108 Mali 374 G 24 24
109 Mali 375 A 24 24
110 Mali 376 G 24 24
111 Mali 377 G 24 24
112 Mali 378 T 24 24
113 Mali 379 C 24 24
114 Mali 380 T 24 24
115 Mali 381 T 24 24
116 Mali 382 A 24 24
117 Mali 383 T 24 24
118 Mali 384 C 24 24
119 Mali 385 A 24 24
120 Mali 386 G 24 24
121 Mali 387 A 24 24
122 Mali 388 G 24 24
123 Mali 389 G 24 24
124 Mali 390 C 24 24
125 Mali 391 A 24 24
126 Mali 392 C 24 24
127 Mali 393 G 24 24
128 Mali 394 T 24 24
129 Mali 395 C 24 24
130 Mali 396 A 24 24
131 Mali 397 A 24 24
132 Mali 398 C 24 24
133 Mali 399 A 24 24
134 Mali 400 T 24 24
135 Mali 401 C 24 24
136 Mali 402 T 24 24
137 Mali 403 T 24 24
138 Mali 404 A 24 24
139 Mali 405 A 24 24
140 Mali 406 A 24 24
141 Mali 407 G 24 24
142 Mali 408 A 24 24
143 Mali 409 T 24 24
144 Mali 410 G 24 24
145 Mali 411 G 24 24
146 Mali 412 C 24 24
147 Mali 413 A 24 24
148 Mali 414 C 24 24
149 Mali 415 T 24 24
150 Mali 416 T 24 24
151 Mali 417 G 24 24
152 Mali 418 T 24 24
153 Mali 419 G 24 24
154 Mali 420 G 24 24
155 Mali 421 C 24 24
156 Mali 422 T 24 24
157 Mali 423 T 24 24
158 Mali 424 A 24 24
159 Mali 425 G 24 24
160 Mali 426 T 24 24
161 Mali 427 A 24 24
162 Mali 428 G 24 24
163 Mali 429 A 24 24
164 Mali 430 A 24 24
165 Mali 431 G 24 24
166 Mali 432 T 24 24
167 Mali 433 T 24 24
168 Mali 434 G 24 24
169 Mali 435 A 24 24
170 Mali 436 A 24 24
171 Mali 437 A 24 24
172 Mali 438 A 24 24
173 Mali 439 A 24 24
174 Mali 440 G 24 24
175 Mali 441 G 24 24
176 Mali 442 C 24 24
177 Mali 443 G 24 24
178 Mali 444 T 24 24
179 Mali 445 T 24 24
180 Mali 446 T 24 24
181 Mali 447 T 24 24
182 Mali 448 G 24 24
183 Mali 449 C 24 24
184 Mali 450 C 24 24
185 Mali 451 T 24 24
186 Mali 452 C 24 24
187 Mali 453 A 24 24
188 Mali 454 A 24 24
189 Mali 455 C 24 24
190 Mali 456 T 24 24
191 Mali 457 T 24 24
192 Mali 458 G 24 24
193 Mali 459 A 24 24
194 Mali 460 A 24 24
195 Mali 461 C 24 24
196 Mali 462 A 24 24
197 Mali 463 G 24 24
198 Mali 464 C 24 24
199 Mali 465 C 24 24
200 Mali 466 C 24 24
201 Mali 467 T 24 24
202 Mali 468 A 24 24
203 Mali 469 T 24 24
204 Mali 470 G 24 24
205 Mali 471 T 24 24
206 Mali 472 G 24 24
207 Mali 473 T 24 24
208 Mali 474 T 24 24
209 Mali 475 C 24 24
210 Mali 476 A 24 24
211 Mali 477 T 24 24
212 Mali 478 C 24 24
213 Mali 479 A 24 24
214 Mali 480 A 24 24
215 Mali 481 A 24 24
216 Mali 482 C 24 24
217 Mali 483 G 24 24
218 Mali 484 T 24 24
219 Mali 485 T 24 24
220 Mali 486 C 24 24
221 Mali 487 G 24 24
222 Mali 488 G 24 24
223 Mali 489 A 24 24
224 Mali 490 T 24 24
225 Mali 491 G 24 24
226 Mali 492 C 24 24
227 Mali 493 T 24 24
228 Mali 494 C 24 24
229 Mali 495 G 24 24
230 Mali 496 A 24 24
231 Mali 497 A 24 24
232 Mali 498 C 24 24
233 Mali 499 T 24 24
234 Mali 500 G 24 24
235 Mali 501 C 24 24
236 Mali 502 A 24 24
237 Mali 503 C 24 24
238 Mali 504 C 24 24
239 Mali 505 T 24 24
240 Mali 506 C 24 24
241 Mali 507 A 24 24
242 Mali 508 T 24 24
243 Mali 509 G 24 24
244 Mali 510 G 24 24
245 Mali 511 T 24 24
246 Mali 512 C 24 24
247 Mali 513 A 24 24
248 Mali 514 T 24 24
249 Mali 515 G 24 24
250 Mali 516 T 24 24
251 Mali 517 T 24 24
252 Mali 518 A 24 24
253 Mali 519 T 24 24
254 Mali 520 G 24 24
255 Mali 521 G 24 24
256 Mali 522 T 24 24
257 Mali 523 T 24 24
258 Mali 524 G 24 24
259 Mali 525 A 24 24
260 Mali 526 G 24 24
261 Mali 527 C 24 24
262 Mali 528 T 24 24
263 Mali 529 G 24 24
264 Mali 530 G 24 24
265 Mali 531 T 24 24
266 Mali 532 A 24 24
267 Mali 533 G 24 24
268 Mali 534 C 24 24
269 Mali 535 A 24 24
270 Mali 536 G 24 24
271 Mali 537 A 24 24
272 Mali 538 A 24 24
273 Mali 539 C 24 24
274 Mali 540 T 24 24
275 Mali 541 C 24 24
276 Mali 542 G 24 24
277 Mali 543 A 24 24
278 Mali 544 A 24 24
279 Mali 545 G 24 24
280 Mali 546 G 24 24
281 Mali 547 C 24 24
282 Mali 548 A 24 24
283 Mali 549 T 24 24
284 Mali 550 T 24 24
285 Mali 551 C 24 24
286 Mali 552 A 24 24
287 Mali 553 G 24 24
288 Mali 554 T 24 24
289 Mali 555 A 24 24
290 Mali 556 C 24 24
291 Mali 557 G 24 24
292 Mali 558 G 24 24
293 Mali 559 T 24 24
294 Mali 560 C 24 24
295 Mali 561 G 24 24
296 Mali 562 T 24 24
297 Mali 563 A 24 24
298 Mali 564 G 24 24
299 Mali 565 T 24 24
300 Mali 566 G 24 24
301 Mali 567 G 24 24
302 Mali 568 T 24 24
303 Mali 569 G 24 24
304 Mali 570 A 24 24
305 Mali 571 G 24 24
306 Mali 572 A 24 24
307 Mali 573 C 24 24
308 Mali 574 A 24 24
309 Mali 575 C 24 24
310 Mali 576 T 24 24
311 Mali 577 T 24 24
312 Mali 578 G 24 24
313 Mali 579 G 24 24
314 Mali 580 T 24 24
315 Mali 581 G A 24 23 Val106Ile
316 Mali 582 T 24 24
317 Mali 583 C 24 24
318 Mali 584 C 24 24
319 Mali 585 T 24 24
320 Mali 586 T 24 24
321 Mali 587 G 24 24
322 Mali 588 T 24 24
323 Mali 589 C 24 24
324 Mali 590 C 24 24
325 Mali 591 C 24 24
326 Mali 592 T 24 24
327 Mali 593 C 24 24
328 Mali 594 A 24 24
329 Mali 595 T 24 24
330 Mali 596 G 24 24
331 Mali 597 T 24 24
332 Mali 598 G 24 24
333 Mali 599 G 24 24
334 Mali 600 G 24 24
335 Mali 601 C 24 24
336 Mali 602 G 24 24
337 Mali 603 A 24 24
338 Mali 604 A 24 24
339 Mali 605 A 24 24
340 Mali 606 T 24 24
341 Mali 607 A 24 24
342 Mali 608 C 24 24
343 Mali 609 C 24 24
344 Mali 610 A 24 24
345 Mali 611 G 24 24
346 Mali 612 T 24 24
347 Mali 613 G 24 24
348 Mali 614 G 24 24
349 Mali 615 C 24 24
350 Mali 616 T 24 24
351 Mali 617 T 24 24
352 Mali 618 A 24 24
353 Mali 619 C 24 24
354 Mali 620 C 24 24
355 Mali 621 G 24 24
356 Mali 622 C 24 24
357 Mali 623 A 24 24
358 Mali 624 A 24 24
359 Mali 625 G 24 24
360 Mali 626 G 24 24
361 Mali 627 T 24 24
362 Mali 628 T 24 24
363 Mali 629 C 24 24
364 Mali 630 T 24 24
365 Mali 631 T 24 24
366 Mali 632 C 24 24
367 Mali 633 T 24 24
368 Mali 634 T 24 24
369 Mali 635 C 24 24
370 Mali 636 G 24 24
371 Mali 637 T 24 24
372 Mali 638 A 24 24
373 Mali 639 A 24 24
374 Mali 640 G 24 24
375 Mali 641 A 24 24
376 Mali 642 A 24 24
377 Mali 643 C 24 24
378 Mali 644 G 24 24
379 Mali 645 G 24 24
380 Mali 646 T 24 24
381 Mali 647 A 24 24
382 Mali 648 A 24 24
383 Mali 649 T 24 24
384 Mali 650 A 24 24
385 Mali 651 A 24 24
386 Mali 652 A 24 24
387 Mali 653 G 24 24
388 Mali 654 G 24 24
389 Mali 655 A 24 24
390 Mali 656 G 24 24
391 Mali 657 C 24 24
392 Mali 658 T 24 24
393 Mali 659 G 24 24
394 Mali 660 G 24 24
395 Mali 661 T 24 24
396 Mali 662 G 24 24
397 Mali 663 G 24 24
398 Mali 664 C 24 24
399 Mali 665 C 24 24
400 Mali 666 A 24 24
401 Mali 667 T 24 24
402 Mali 668 A 24 24
403 Mali 669 G 24 24
404 Mali 670 T 24 24
405 Mali 671 T 24 24
406 Mali 672 A 24 24
407 Mali 673 C 24 24
408 Mali 674 G 24 24
409 Mali 675 G 24 24
410 Mali 676 C 24 24
411 Mali 677 G 24 24
412 Mali 678 C 24 24
413 Mali 679 C 24 24
414 Mali 680 G 24 24
415 Mali 681 A 24 24
416 Mali 682 T 24 24
417 Mali 683 C 24 24
418 Mali 684 T 24 24
419 Mali 685 A 24 24
420 Mali 686 A 23 23
421 Mali 687 A 23 23
422 Mali 688 G 23 23
423 Mali 689 T 23 23
424 Mali 690 C 23 23
425 Mali 691 A 23 23
426 Mali 692 T 23 23
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428 Mali 694 T 23 23
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433 Mali 699 T 23 23
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438 Mali 704 G 23 23
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442 Mali 708 A 23 23
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538 Mali 804 G 24 24
539 Mali 805 G 24 24