National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
-   540                                        
?                                            
A   21                                 1      
C   3                                        
D   27                                        
E   54           1                            
F   15                                        
G   66                                        
H   21                                       1
I   9                                        
K   27                                        
L   63         1         1                    
M   9                                        
N   18                                        
P   24                                        
Q   21                                        
R   30                                        
S   30           1                            
T   21                                        
V   63               1                   1    
W   3                                        
Y   15                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Malaysia 266 A 317 317
1 Malaysia 267 T 317 317
2 Malaysia 268 G 317 317
3 Malaysia 269 G 317 317
4 Malaysia 270 A 317 317
5 Malaysia 271 G 317 317
6 Malaysia 272 A 317 317
7 Malaysia 273 G 317 317
8 Malaysia 274 C 317 317
9 Malaysia 275 C 317 317
10 Malaysia 276 T 317 317
11 Malaysia 277 T 317 317
12 Malaysia 278 G 317 317
13 Malaysia 279 T 317 317
14 Malaysia 280 C 317 317
15 Malaysia 281 C 317 317
16 Malaysia 282 C 317 317
17 Malaysia 283 T 317 317
18 Malaysia 284 G 317 317
19 Malaysia 285 G 317 317
20 Malaysia 286 T 317 317
21 Malaysia 287 T 317 317
22 Malaysia 288 T 317 317
23 Malaysia 289 C 317 317
24 Malaysia 290 A 317 317
25 Malaysia 291 A 317 317
26 Malaysia 292 C 317 317
27 Malaysia 293 G 317 317
28 Malaysia 294 A 317 317
29 Malaysia 295 G 317 317
30 Malaysia 296 A 317 317
31 Malaysia 297 A 317 317
32 Malaysia 298 A 317 317
33 Malaysia 299 A 317 317
34 Malaysia 300 C 317 317
35 Malaysia 301 A 317 317
36 Malaysia 302 C 317 317
37 Malaysia 303 A 317 317
38 Malaysia 304 C 317 317
39 Malaysia 305 G 317 317
40 Malaysia 306 T 317 317
41 Malaysia 307 C 317 317
42 Malaysia 308 C 317 317
43 Malaysia 309 A 317 317
44 Malaysia 310 A 317 317
45 Malaysia 311 C 317 317
46 Malaysia 312 T 317 317
47 Malaysia 313 C T 317 315 Leu16Leu
48 Malaysia 314 A 317 317
49 Malaysia 315 G 317 317
50 Malaysia 316 T 317 317
51 Malaysia 317 T 318 318
52 Malaysia 318 T 318 318
53 Malaysia 319 G 318 318
54 Malaysia 320 C 318 318
55 Malaysia 321 C 318 318
56 Malaysia 322 T 318 318
57 Malaysia 323 G 318 318
58 Malaysia 324 T 318 318
59 Malaysia 325 T 318 318
60 Malaysia 326 T 318 318
61 Malaysia 327 T 318 318
62 Malaysia 328 A 318 318
63 Malaysia 329 C 318 318
64 Malaysia 330 A 318 318
65 Malaysia 331 G 318 318
66 Malaysia 332 G 318 318
67 Malaysia 333 T 318 318
68 Malaysia 334 T 318 318
69 Malaysia 335 C 318 318
70 Malaysia 336 G 318 318
71 Malaysia 337 C 318 318
72 Malaysia 338 G 318 318
73 Malaysia 339 A 318 318
74 Malaysia 340 C 318 318
75 Malaysia 341 G 318 318
76 Malaysia 342 T 318 318
77 Malaysia 343 G 318 318
78 Malaysia 344 C 318 318
79 Malaysia 345 T 318 318
80 Malaysia 346 C 318 318
81 Malaysia 347 G 318 318
82 Malaysia 348 T 318 318
83 Malaysia 349 A 318 318
84 Malaysia 350 C 318 318
85 Malaysia 351 G 318 318
86 Malaysia 352 T 318 318
87 Malaysia 353 G 318 318
88 Malaysia 354 G 318 318
89 Malaysia 355 C 318 318
90 Malaysia 356 T 318 318
91 Malaysia 357 T 318 318
92 Malaysia 358 T 318 318
93 Malaysia 359 G 318 318
94 Malaysia 360 G 318 318
95 Malaysia 361 A 318 318
96 Malaysia 362 G 318 318
97 Malaysia 363 A 318 318
98 Malaysia 364 C 318 318
99 Malaysia 365 T 318 318
100 Malaysia 366 C 318 318
101 Malaysia 367 C 318 318
102 Malaysia 368 G 318 318
103 Malaysia 369 T 318 318
104 Malaysia 370 G 318 318
105 Malaysia 371 G 318 318
106 Malaysia 372 A 318 318
107 Malaysia 373 G 318 318
108 Malaysia 374 G 318 318
109 Malaysia 375 A 318 318
110 Malaysia 376 G 318 318
111 Malaysia 377 G 318 318
112 Malaysia 378 T 318 318
113 Malaysia 379 C 318 318
114 Malaysia 380 T 318 318
115 Malaysia 381 T 318 318
116 Malaysia 382 A 318 318
117 Malaysia 383 T 318 318
118 Malaysia 384 C 318 318
119 Malaysia 385 A 318 318
120 Malaysia 386 G 318 318
121 Malaysia 387 A 318 318
122 Malaysia 388 G 318 318
123 Malaysia 389 G 318 318
124 Malaysia 390 C 318 318
125 Malaysia 391 A 318 318
126 Malaysia 392 C 318 318
127 Malaysia 393 G 318 318
128 Malaysia 394 T 318 318
129 Malaysia 395 C 318 318
130 Malaysia 396 A 318 318
131 Malaysia 397 A 318 318
132 Malaysia 398 C T 318 317 His45Tyr
133 Malaysia 399 A 318 318
134 Malaysia 400 T 318 318
135 Malaysia 401 C T 318 316 Leu46Phe
136 Malaysia 402 T 318 318
137 Malaysia 403 T 318 318
138 Malaysia 404 A 318 318
139 Malaysia 405 A 318 318
140 Malaysia 406 A 318 318
141 Malaysia 407 G 318 318
142 Malaysia 408 A 318 318
143 Malaysia 409 T 318 318
144 Malaysia 410 G 318 318
145 Malaysia 411 G 318 318
146 Malaysia 412 C 318 318
147 Malaysia 413 A 318 318
148 Malaysia 414 C 318 318
149 Malaysia 415 T 318 318
150 Malaysia 416 T 318 318
151 Malaysia 417 G 318 318
152 Malaysia 418 T 318 318
153 Malaysia 419 G 318 318
154 Malaysia 420 G 318 318
155 Malaysia 421 C 318 318
156 Malaysia 422 T 318 318
157 Malaysia 423 T 318 318
158 Malaysia 424 A 318 318
159 Malaysia 425 G 318 318
160 Malaysia 426 T 318 318
161 Malaysia 427 A 318 318
162 Malaysia 428 G 318 318
163 Malaysia 429 A 318 318
164 Malaysia 430 A 318 318
165 Malaysia 431 G 318 318
166 Malaysia 432 T 318 318
167 Malaysia 433 T 318 318
168 Malaysia 434 G 318 318
169 Malaysia 435 A G 318 317 Glu57Gly
170 Malaysia 436 A 318 318
171 Malaysia 437 A 318 318
172 Malaysia 438 A 318 318
173 Malaysia 439 A 318 318
174 Malaysia 440 G 318 318
175 Malaysia 441 G 318 318
176 Malaysia 442 C 318 318
177 Malaysia 443 G 318 318
178 Malaysia 444 T 318 318
179 Malaysia 445 T C 318 317 Val60Val
180 Malaysia 446 T 318 318
181 Malaysia 447 T 318 318
182 Malaysia 448 G 318 318
183 Malaysia 449 C 318 318
184 Malaysia 450 C 318 318
185 Malaysia 451 T 318 318
186 Malaysia 452 C 318 318
187 Malaysia 453 A 318 318
188 Malaysia 454 A 318 318
189 Malaysia 455 C 318 318
190 Malaysia 456 T 318 318
191 Malaysia 457 T 318 318
192 Malaysia 458 G 318 318
193 Malaysia 459 A 318 318
194 Malaysia 460 A 318 318
195 Malaysia 461 C 318 318
196 Malaysia 462 A 318 318
197 Malaysia 463 G 318 318
198 Malaysia 464 C 318 318
199 Malaysia 465 C 318 318
200 Malaysia 466 C 318 318
201 Malaysia 467 T 318 318
202 Malaysia 468 A 318 318
203 Malaysia 469 T 318 318
204 Malaysia 470 G 318 318
205 Malaysia 471 T 318 318
206 Malaysia 472 G 318 318
207 Malaysia 473 T 318 318
208 Malaysia 474 T 318 318
209 Malaysia 475 C 318 318
210 Malaysia 476 A 318 318
211 Malaysia 477 T 318 318
212 Malaysia 478 C 318 318
213 Malaysia 479 A 318 318
214 Malaysia 480 A 318 318
215 Malaysia 481 A 318 318
216 Malaysia 482 C 318 318
217 Malaysia 483 G 318 318
218 Malaysia 484 T 318 318
219 Malaysia 485 T 318 318
220 Malaysia 486 C 318 318
221 Malaysia 487 G 318 318
222 Malaysia 488 G 318 318
223 Malaysia 489 A 318 318
224 Malaysia 490 T 318 318
225 Malaysia 491 G 318 318
226 Malaysia 492 C 318 318
227 Malaysia 493 T 318 318
228 Malaysia 494 C 318 318
229 Malaysia 495 G 318 318
230 Malaysia 496 A 318 318
231 Malaysia 497 A 318 318
232 Malaysia 498 C 318 318
233 Malaysia 499 T 318 318
234 Malaysia 500 G 318 318
235 Malaysia 501 C 318 318
236 Malaysia 502 A 318 318
237 Malaysia 503 C 318 318
238 Malaysia 504 C 318 318
239 Malaysia 505 T 317 317
240 Malaysia 506 C 317 317
241 Malaysia 507 A 317 317
242 Malaysia 508 T 317 317
243 Malaysia 509 G 317 317
244 Malaysia 510 G 317 317
245 Malaysia 511 T 317 317
246 Malaysia 512 C 317 317
247 Malaysia 513 A 317 317
248 Malaysia 514 T 317 317
249 Malaysia 515 G 317 317
250 Malaysia 516 T 317 317
251 Malaysia 517 T 317 317
252 Malaysia 518 A 317 317
253 Malaysia 519 T 317 317
254 Malaysia 520 G 317 317
255 Malaysia 521 G 317 317
256 Malaysia 522 T 317 317
257 Malaysia 523 T 317 317
258 Malaysia 524 G 317 317
259 Malaysia 525 A 317 317
260 Malaysia 526 G 317 317
261 Malaysia 527 C 317 317
262 Malaysia 528 T 317 317
263 Malaysia 529 G 317 317
264 Malaysia 530 G 317 317
265 Malaysia 531 T 317 317
266 Malaysia 532 A 317 317
267 Malaysia 533 G 317 317
268 Malaysia 534 C 317 317
269 Malaysia 535 A 317 317
270 Malaysia 536 G 317 317
271 Malaysia 537 A 317 317
272 Malaysia 538 A 317 317
273 Malaysia 539 C 317 317
274 Malaysia 540 T 317 317
275 Malaysia 541 C 317 317
276 Malaysia 542 G 317 317
277 Malaysia 543 A 317 317
278 Malaysia 544 A 317 317
279 Malaysia 545 G 317 317
280 Malaysia 546 G 317 317
281 Malaysia 547 C 317 317
282 Malaysia 548 A 317 317
283 Malaysia 549 T 317 317
284 Malaysia 550 T 317 317
285 Malaysia 551 C 317 317
286 Malaysia 552 A 317 317
287 Malaysia 553 G 317 317
288 Malaysia 554 T 317 317
289 Malaysia 555 A 317 317
290 Malaysia 556 C 317 317
291 Malaysia 557 G 317 317
292 Malaysia 558 G 317 317
293 Malaysia 559 T 317 317
294 Malaysia 560 C 317 317
295 Malaysia 561 G 317 317
296 Malaysia 562 T 317 317
297 Malaysia 563 A 317 317
298 Malaysia 564 G 317 317
299 Malaysia 565 T 318 318
300 Malaysia 566 G 318 318
301 Malaysia 567 G 318 318
302 Malaysia 568 T 318 318
303 Malaysia 569 G 318 318
304 Malaysia 570 A 318 318
305 Malaysia 571 G 318 318
306 Malaysia 572 A 318 318
307 Malaysia 573 C 318 318
308 Malaysia 574 A 318 318
309 Malaysia 575 C 318 318
310 Malaysia 576 T 318 318
311 Malaysia 577 T 318 318
312 Malaysia 578 G 318 318
313 Malaysia 579 G 318 318
314 Malaysia 580 T 318 318
315 Malaysia 581 G A 318 317 Val106Ile
316 Malaysia 582 T 318 318
317 Malaysia 583 C 318 318
318 Malaysia 584 C 318 318
319 Malaysia 585 T 318 318
320 Malaysia 586 T 318 318
321 Malaysia 587 G 318 318
322 Malaysia 588 T 318 318
323 Malaysia 589 C 318 318
324 Malaysia 590 C 318 318
325 Malaysia 591 C 318 318
326 Malaysia 592 T 318 318
327 Malaysia 593 C 318 318
328 Malaysia 594 A 318 318
329 Malaysia 595 T 318 318
330 Malaysia 596 G 318 318
331 Malaysia 597 T 318 318
332 Malaysia 598 G 318 318
333 Malaysia 599 G 318 318
334 Malaysia 600 G 318 318
335 Malaysia 601 C 318 318
336 Malaysia 602 G 318 318
337 Malaysia 603 A 318 318
338 Malaysia 604 A 318 318
339 Malaysia 605 A 318 318
340 Malaysia 606 T 318 318
341 Malaysia 607 A 318 318
342 Malaysia 608 C 318 318
343 Malaysia 609 C 318 318
344 Malaysia 610 A 318 318
345 Malaysia 611 G 318 318
346 Malaysia 612 T 318 318
347 Malaysia 613 G 318 318
348 Malaysia 614 G 318 318
349 Malaysia 615 C 318 318
350 Malaysia 616 T 318 318
351 Malaysia 617 T 318 318
352 Malaysia 618 A 318 318
353 Malaysia 619 C 318 318
354 Malaysia 620 C 318 318
355 Malaysia 621 G 318 318
356 Malaysia 622 C 318 318
357 Malaysia 623 A 318 318
358 Malaysia 624 A 318 318
359 Malaysia 625 G 318 318
360 Malaysia 626 G 318 318
361 Malaysia 627 T 318 318
362 Malaysia 628 T 318 318
363 Malaysia 629 C 318 318
364 Malaysia 630 T 318 318
365 Malaysia 631 T 318 318
366 Malaysia 632 C 318 318
367 Malaysia 633 T 318 318
368 Malaysia 634 T 318 318
369 Malaysia 635 C 318 318
370 Malaysia 636 G 318 318
371 Malaysia 637 T 318 318
372 Malaysia 638 A 318 318
373 Malaysia 639 A 318 318
374 Malaysia 640 G 318 318
375 Malaysia 641 A 318 318
376 Malaysia 642 A 318 318
377 Malaysia 643 C 318 318
378 Malaysia 644 G 318 318
379 Malaysia 645 G 318 318
380 Malaysia 646 T 318 318
381 Malaysia 647 A 318 318
382 Malaysia 648 A 318 318
383 Malaysia 649 T 318 318
384 Malaysia 650 A 318 318
385 Malaysia 651 A 318 318
386 Malaysia 652 A 318 318
387 Malaysia 653 G 318 318
388 Malaysia 654 G 318 318
389 Malaysia 655 A 318 318
390 Malaysia 656 G 318 318
391 Malaysia 657 C 318 318
392 Malaysia 658 T 318 318
393 Malaysia 659 G 318 318
394 Malaysia 660 G 318 318
395 Malaysia 661 T 318 318
396 Malaysia 662 G 318 318
397 Malaysia 663 G 318 318
398 Malaysia 664 C 318 318
399 Malaysia 665 C 318 318
400 Malaysia 666 A 318 318
401 Malaysia 667 T 318 318
402 Malaysia 668 A 318 318
403 Malaysia 669 G 318 318
404 Malaysia 670 T 318 318
405 Malaysia 671 T 318 318
406 Malaysia 672 A 318 318
407 Malaysia 673 C 318 318
408 Malaysia 674 G 318 318
409 Malaysia 675 G 318 318
410 Malaysia 676 C 318 318
411 Malaysia 677 G A 318 317 Ala138Thr
412 Malaysia 678 C 318 318
413 Malaysia 679 C 318 318
414 Malaysia 680 G 318 318
415 Malaysia 681 A 318 318
416 Malaysia 682 T 318 318
417 Malaysia 683 C 318 318
418 Malaysia 684 T 318 318
419 Malaysia 685 A 318 318
420 Malaysia 686 A 312 312
421 Malaysia 687 A 312 312
422 Malaysia 688 G 312 312
423 Malaysia 689 T 312 312
424 Malaysia 690 C 312 312
425 Malaysia 691 A 312 312
426 Malaysia 692 T 312 312
427 Malaysia 693 T 312 312
428 Malaysia 694 T 312 312
429 Malaysia 695 G 312 312
430 Malaysia 696 A 312 312
431 Malaysia 697 C 312 312
432 Malaysia 698 T 312 312
433 Malaysia 699 T 312 312
434 Malaysia 700 A 312 312
435 Malaysia 701 G 312 312
436 Malaysia 702 G 312 312
437 Malaysia 703 C 312 312
438 Malaysia 704 G 312 312
439 Malaysia 705 A 312 312
440 Malaysia 706 C 312 312
441 Malaysia 707 G 312 312
442 Malaysia 708 A 312 312
443 Malaysia 709 G 312 312
444 Malaysia 710 C 312 312
445 Malaysia 711 T 312 312
446 Malaysia 712 T 312 312
447 Malaysia 713 G 312 312
448 Malaysia 714 G 312 312
449 Malaysia 715 C 312 312
450 Malaysia 716 A 312 312
451 Malaysia 717 C 312 312
452 Malaysia 718 T 312 312
453 Malaysia 719 G 312 312
454 Malaysia 720 A 312 312
455 Malaysia 721 T 312 312
456 Malaysia 722 C 312 312
457 Malaysia 723 C 312 312
458 Malaysia 724 T 312 312
459 Malaysia 725 T 312 312
460 Malaysia 726 A 312 312
461 Malaysia 727 T 311 311
462 Malaysia 728 G 311 311
463 Malaysia 729 A 311 311
464 Malaysia 730 A 311 311
465 Malaysia 731 G 311 311
466 Malaysia 732 A 311 311
467 Malaysia 733 T 311 311
468 Malaysia 734 T 311 311
469 Malaysia 735 T 311 311
470 Malaysia 736 T 311 311
471 Malaysia 737 C 311 311
472 Malaysia 738 A 311 311
473 Malaysia 739 A 311 311
474 Malaysia 740 G 311 311
475 Malaysia 741 A 311 311
476 Malaysia 742 A 311 311
477 Malaysia 743 A 311 311
478 Malaysia 744 A 311 311
479 Malaysia 745 C 311 311
480 Malaysia 746 T 317 317
481 Malaysia 747 G 317 317
482 Malaysia 748 G 317 317
483 Malaysia 749 A 317 317
484 Malaysia 750 A 317 317
485 Malaysia 751 C 317 317
486 Malaysia 752 A 317 317
487 Malaysia 753 C 317 317
488 Malaysia 754 T 317 317
489 Malaysia 755 A 317 317
490 Malaysia 756 A 317 317
491 Malaysia 757 A 317 317
492 Malaysia 758 C 317 317
493 Malaysia 759 A 317 317
494 Malaysia 760 T 317 317
495 Malaysia 761 A G 317 316 Ser166Gly
496 Malaysia 762 G 317 317
497 Malaysia 763 C 317 317
498 Malaysia 764 A 317 317
499 Malaysia 765 G 317 317
500 Malaysia 766 T 317 317
501 Malaysia 767 G 317 317
502 Malaysia 768 G 317 317
503 Malaysia 769 T 317 317
504 Malaysia 770 G 317 317
505 Malaysia 771 T 317 317
506 Malaysia 772 T 317 317
507 Malaysia 773 A 317 317
508 Malaysia 774 C 317 317
509 Malaysia 775 C 317 317
510 Malaysia 776 C 317 317
511 Malaysia 777 G 317 317
512 Malaysia 778 T 317 317
513 Malaysia 779 G 317 317
514 Malaysia 780 A 317 317
515 Malaysia 781 A 317 317
516 Malaysia 782 C 317 317
517 Malaysia 783 T 317 317
518 Malaysia 784 C 317 317
519 Malaysia 785 A 317 317
520 Malaysia 786 T 317 317
521 Malaysia 787 G 317 317
522 Malaysia 788 C 317 317
523 Malaysia 789 G 317 317
524 Malaysia 790 T 317 317
525 Malaysia 791 G 317 317
526 Malaysia 792 A 317 317
527 Malaysia 793 G 317 317
528 Malaysia 794 C 317 317
529 Malaysia 795 T 317 317
530 Malaysia 796 T 317 317
531 Malaysia 797 A 317 317
532 Malaysia 798 A 317 317
533 Malaysia 799 C 317 317
534 Malaysia 800 G 317 317
535 Malaysia 801 G 317 317
536 Malaysia 802 A 317 317
537 Malaysia 803 G 317 317
538 Malaysia 804 G 317 317
539 Malaysia 805 G 317 317