National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
-   540                                        
?                                            
A   21                                        
C   3                                        
D   27                                        
E   54                                        
F   15                                        
G   66                                        
H   21                                        
I   9                                        
K   27                                        
L   63                                        
M   9                                        
N   18                                        
P   24                                        
Q   21                                        
R   30                                        
S   30                                        
T   21                                        
V   63                                        
W   3                                        
Y   15                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Madagascar 266 A 6 6
1 Madagascar 267 T 6 6
2 Madagascar 268 G 6 6
3 Madagascar 269 G 6 6
4 Madagascar 270 A 6 6
5 Madagascar 271 G 6 6
6 Madagascar 272 A 6 6
7 Madagascar 273 G 6 6
8 Madagascar 274 C 6 6
9 Madagascar 275 C 6 6
10 Madagascar 276 T 6 6
11 Madagascar 277 T 6 6
12 Madagascar 278 G 6 6
13 Madagascar 279 T 6 6
14 Madagascar 280 C 6 6
15 Madagascar 281 C 6 6
16 Madagascar 282 C 6 6
17 Madagascar 283 T 6 6
18 Madagascar 284 G 6 6
19 Madagascar 285 G 6 6
20 Madagascar 286 T 6 6
21 Madagascar 287 T 6 6
22 Madagascar 288 T 6 6
23 Madagascar 289 C 6 6
24 Madagascar 290 A 6 6
25 Madagascar 291 A 6 6
26 Madagascar 292 C 6 6
27 Madagascar 293 G 6 6
28 Madagascar 294 A 6 6
29 Madagascar 295 G 6 6
30 Madagascar 296 A 6 6
31 Madagascar 297 A 6 6
32 Madagascar 298 A 6 6
33 Madagascar 299 A 6 6
34 Madagascar 300 C 6 6
35 Madagascar 301 A 6 6
36 Madagascar 302 C 6 6
37 Madagascar 303 A 6 6
38 Madagascar 304 C 6 6
39 Madagascar 305 G 6 6
40 Madagascar 306 T 6 6
41 Madagascar 307 C 6 6
42 Madagascar 308 C 6 6
43 Madagascar 309 A 6 6
44 Madagascar 310 A 6 6
45 Madagascar 311 C 6 6
46 Madagascar 312 T 6 6
47 Madagascar 313 C 6 6
48 Madagascar 314 A 6 6
49 Madagascar 315 G 6 6
50 Madagascar 316 T 6 6
51 Madagascar 317 T 6 6
52 Madagascar 318 T 6 6
53 Madagascar 319 G 6 6
54 Madagascar 320 C 6 6
55 Madagascar 321 C 6 6
56 Madagascar 322 T 6 6
57 Madagascar 323 G 6 6
58 Madagascar 324 T 6 6
59 Madagascar 325 T 6 6
60 Madagascar 326 T 6 6
61 Madagascar 327 T 6 6
62 Madagascar 328 A 6 6
63 Madagascar 329 C 6 6
64 Madagascar 330 A 6 6
65 Madagascar 331 G 6 6
66 Madagascar 332 G 6 6
67 Madagascar 333 T 6 6
68 Madagascar 334 T 6 6
69 Madagascar 335 C 6 6
70 Madagascar 336 G 6 6
71 Madagascar 337 C 6 6
72 Madagascar 338 G 6 6
73 Madagascar 339 A 6 6
74 Madagascar 340 C 6 6
75 Madagascar 341 G 6 6
76 Madagascar 342 T 6 6
77 Madagascar 343 G 6 6
78 Madagascar 344 C 6 6
79 Madagascar 345 T 6 6
80 Madagascar 346 C 6 6
81 Madagascar 347 G 6 6
82 Madagascar 348 T 6 6
83 Madagascar 349 A 6 6
84 Madagascar 350 C 6 6
85 Madagascar 351 G 6 6
86 Madagascar 352 T 6 6
87 Madagascar 353 G 6 6
88 Madagascar 354 G 6 6
89 Madagascar 355 C 6 6
90 Madagascar 356 T 6 6
91 Madagascar 357 T 6 6
92 Madagascar 358 T 6 6
93 Madagascar 359 G 6 6
94 Madagascar 360 G 6 6
95 Madagascar 361 A 6 6
96 Madagascar 362 G 6 6
97 Madagascar 363 A 6 6
98 Madagascar 364 C 6 6
99 Madagascar 365 T 6 6
100 Madagascar 366 C 6 6
101 Madagascar 367 C 6 6
102 Madagascar 368 G 6 6
103 Madagascar 369 T 6 6
104 Madagascar 370 G 6 6
105 Madagascar 371 G 6 6
106 Madagascar 372 A 6 6
107 Madagascar 373 G 6 6
108 Madagascar 374 G 6 6
109 Madagascar 375 A 6 6
110 Madagascar 376 G 6 6
111 Madagascar 377 G 6 6
112 Madagascar 378 T 6 6
113 Madagascar 379 C 6 6
114 Madagascar 380 T 6 6
115 Madagascar 381 T 6 6
116 Madagascar 382 A 6 6
117 Madagascar 383 T 6 6
118 Madagascar 384 C 6 6
119 Madagascar 385 A 6 6
120 Madagascar 386 G 6 6
121 Madagascar 387 A 6 6
122 Madagascar 388 G 6 6
123 Madagascar 389 G 6 6
124 Madagascar 390 C 6 6
125 Madagascar 391 A 6 6
126 Madagascar 392 C 6 6
127 Madagascar 393 G 6 6
128 Madagascar 394 T 6 6
129 Madagascar 395 C 6 6
130 Madagascar 396 A 6 6
131 Madagascar 397 A 6 6
132 Madagascar 398 C 6 6
133 Madagascar 399 A 6 6
134 Madagascar 400 T 6 6
135 Madagascar 401 C 6 6
136 Madagascar 402 T 6 6
137 Madagascar 403 T 6 6
138 Madagascar 404 A 6 6
139 Madagascar 405 A 6 6
140 Madagascar 406 A 6 6
141 Madagascar 407 G 6 6
142 Madagascar 408 A 6 6
143 Madagascar 409 T 6 6
144 Madagascar 410 G 6 6
145 Madagascar 411 G 6 6
146 Madagascar 412 C 6 6
147 Madagascar 413 A 6 6
148 Madagascar 414 C 6 6
149 Madagascar 415 T 6 6
150 Madagascar 416 T 6 6
151 Madagascar 417 G 6 6
152 Madagascar 418 T 6 6
153 Madagascar 419 G 6 6
154 Madagascar 420 G 6 6
155 Madagascar 421 C 6 6
156 Madagascar 422 T 6 6
157 Madagascar 423 T 6 6
158 Madagascar 424 A 6 6
159 Madagascar 425 G 6 6
160 Madagascar 426 T 6 6
161 Madagascar 427 A 6 6
162 Madagascar 428 G 6 6
163 Madagascar 429 A 6 6
164 Madagascar 430 A 6 6
165 Madagascar 431 G 6 6
166 Madagascar 432 T 6 6
167 Madagascar 433 T 6 6
168 Madagascar 434 G 6 6
169 Madagascar 435 A 6 6
170 Madagascar 436 A 6 6
171 Madagascar 437 A 6 6
172 Madagascar 438 A 6 6
173 Madagascar 439 A 6 6
174 Madagascar 440 G 6 6
175 Madagascar 441 G 6 6
176 Madagascar 442 C 6 6
177 Madagascar 443 G 6 6
178 Madagascar 444 T 6 6
179 Madagascar 445 T 6 6
180 Madagascar 446 T 6 6
181 Madagascar 447 T 6 6
182 Madagascar 448 G 6 6
183 Madagascar 449 C 6 6
184 Madagascar 450 C 6 6
185 Madagascar 451 T 6 6
186 Madagascar 452 C 6 6
187 Madagascar 453 A 6 6
188 Madagascar 454 A 6 6
189 Madagascar 455 C 6 6
190 Madagascar 456 T 6 6
191 Madagascar 457 T 6 6
192 Madagascar 458 G 6 6
193 Madagascar 459 A 6 6
194 Madagascar 460 A 6 6
195 Madagascar 461 C 6 6
196 Madagascar 462 A 6 6
197 Madagascar 463 G 6 6
198 Madagascar 464 C 6 6
199 Madagascar 465 C 6 6
200 Madagascar 466 C 6 6
201 Madagascar 467 T 6 6
202 Madagascar 468 A 6 6
203 Madagascar 469 T 6 6
204 Madagascar 470 G 6 6
205 Madagascar 471 T 6 6
206 Madagascar 472 G 6 6
207 Madagascar 473 T 6 6
208 Madagascar 474 T 6 6
209 Madagascar 475 C 6 6
210 Madagascar 476 A 6 6
211 Madagascar 477 T 6 6
212 Madagascar 478 C 6 6
213 Madagascar 479 A 6 6
214 Madagascar 480 A 6 6
215 Madagascar 481 A 6 6
216 Madagascar 482 C 6 6
217 Madagascar 483 G 6 6
218 Madagascar 484 T 6 6
219 Madagascar 485 T 6 6
220 Madagascar 486 C 6 6
221 Madagascar 487 G 6 6
222 Madagascar 488 G 6 6
223 Madagascar 489 A 6 6
224 Madagascar 490 T 6 6
225 Madagascar 491 G 6 6
226 Madagascar 492 C 6 6
227 Madagascar 493 T 6 6
228 Madagascar 494 C 6 6
229 Madagascar 495 G 6 6
230 Madagascar 496 A 6 6
231 Madagascar 497 A 6 6
232 Madagascar 498 C 6 6
233 Madagascar 499 T 6 6
234 Madagascar 500 G 6 6
235 Madagascar 501 C 6 6
236 Madagascar 502 A 6 6
237 Madagascar 503 C 6 6
238 Madagascar 504 C 6 6
239 Madagascar 505 T 6 6
240 Madagascar 506 C 6 6
241 Madagascar 507 A 6 6
242 Madagascar 508 T 6 6
243 Madagascar 509 G 6 6
244 Madagascar 510 G 6 6
245 Madagascar 511 T 6 6
246 Madagascar 512 C 6 6
247 Madagascar 513 A 6 6
248 Madagascar 514 T 6 6
249 Madagascar 515 G 6 6
250 Madagascar 516 T 6 6
251 Madagascar 517 T 6 6
252 Madagascar 518 A 6 6
253 Madagascar 519 T 6 6
254 Madagascar 520 G 6 6
255 Madagascar 521 G 6 6
256 Madagascar 522 T 6 6
257 Madagascar 523 T 6 6
258 Madagascar 524 G 6 6
259 Madagascar 525 A 6 6
260 Madagascar 526 G 6 6
261 Madagascar 527 C 6 6
262 Madagascar 528 T 6 6
263 Madagascar 529 G 6 6
264 Madagascar 530 G 6 6
265 Madagascar 531 T 6 6
266 Madagascar 532 A 6 6
267 Madagascar 533 G 6 6
268 Madagascar 534 C 6 6
269 Madagascar 535 A 6 6
270 Madagascar 536 G 6 6
271 Madagascar 537 A 6 6
272 Madagascar 538 A 6 6
273 Madagascar 539 C 6 6
274 Madagascar 540 T 6 6
275 Madagascar 541 C 6 6
276 Madagascar 542 G 6 6
277 Madagascar 543 A 6 6
278 Madagascar 544 A 6 6
279 Madagascar 545 G 6 6
280 Madagascar 546 G 6 6
281 Madagascar 547 C 6 6
282 Madagascar 548 A 6 6
283 Madagascar 549 T 6 6
284 Madagascar 550 T 6 6
285 Madagascar 551 C 6 6
286 Madagascar 552 A 6 6
287 Madagascar 553 G 6 6
288 Madagascar 554 T 6 6
289 Madagascar 555 A 6 6
290 Madagascar 556 C 6 6
291 Madagascar 557 G 6 6
292 Madagascar 558 G 6 6
293 Madagascar 559 T 6 6
294 Madagascar 560 C 6 6
295 Madagascar 561 G 6 6
296 Madagascar 562 T 6 6
297 Madagascar 563 A 6 6
298 Madagascar 564 G 6 6
299 Madagascar 565 T 6 6
300 Madagascar 566 G 6 6
301 Madagascar 567 G 6 6
302 Madagascar 568 T 6 6
303 Madagascar 569 G 6 6
304 Madagascar 570 A 6 6
305 Madagascar 571 G 6 6
306 Madagascar 572 A 6 6
307 Madagascar 573 C 6 6
308 Madagascar 574 A 6 6
309 Madagascar 575 C 6 6
310 Madagascar 576 T 6 6
311 Madagascar 577 T 6 6
312 Madagascar 578 G 6 6
313 Madagascar 579 G 6 6
314 Madagascar 580 T 6 6
315 Madagascar 581 G 6 6
316 Madagascar 582 T 6 6
317 Madagascar 583 C 6 6
318 Madagascar 584 C 6 6
319 Madagascar 585 T 6 6
320 Madagascar 586 T 6 6
321 Madagascar 587 G 6 6
322 Madagascar 588 T 6 6
323 Madagascar 589 C 6 6
324 Madagascar 590 C 6 6
325 Madagascar 591 C 6 6
326 Madagascar 592 T 6 6
327 Madagascar 593 C 6 6
328 Madagascar 594 A 6 6
329 Madagascar 595 T 6 6
330 Madagascar 596 G 6 6
331 Madagascar 597 T 6 6
332 Madagascar 598 G 6 6
333 Madagascar 599 G 6 6
334 Madagascar 600 G 6 6
335 Madagascar 601 C 6 6
336 Madagascar 602 G 6 6
337 Madagascar 603 A 6 6
338 Madagascar 604 A 6 6
339 Madagascar 605 A 6 6
340 Madagascar 606 T 6 6
341 Madagascar 607 A 6 6
342 Madagascar 608 C 6 6
343 Madagascar 609 C 6 6
344 Madagascar 610 A 6 6
345 Madagascar 611 G 6 6
346 Madagascar 612 T 6 6
347 Madagascar 613 G 6 6
348 Madagascar 614 G 6 6
349 Madagascar 615 C 6 6
350 Madagascar 616 T 6 6
351 Madagascar 617 T 6 6
352 Madagascar 618 A 6 6
353 Madagascar 619 C 6 6
354 Madagascar 620 C 6 6
355 Madagascar 621 G 6 6
356 Madagascar 622 C 6 6
357 Madagascar 623 A 6 6
358 Madagascar 624 A 6 6
359 Madagascar 625 G 6 6
360 Madagascar 626 G 6 6
361 Madagascar 627 T 6 6
362 Madagascar 628 T 6 6
363 Madagascar 629 C 6 6
364 Madagascar 630 T 6 6
365 Madagascar 631 T 6 6
366 Madagascar 632 C 6 6
367 Madagascar 633 T 6 6
368 Madagascar 634 T 6 6
369 Madagascar 635 C 6 6
370 Madagascar 636 G 6 6
371 Madagascar 637 T 6 6
372 Madagascar 638 A 6 6
373 Madagascar 639 A 6 6
374 Madagascar 640 G 6 6
375 Madagascar 641 A 6 6
376 Madagascar 642 A 6 6
377 Madagascar 643 C 6 6
378 Madagascar 644 G 6 6
379 Madagascar 645 G 6 6
380 Madagascar 646 T 6 6
381 Madagascar 647 A 6 6
382 Madagascar 648 A 6 6
383 Madagascar 649 T 6 6
384 Madagascar 650 A 6 6
385 Madagascar 651 A 6 6
386 Madagascar 652 A 6 6
387 Madagascar 653 G 6 6
388 Madagascar 654 G 6 6
389 Madagascar 655 A 6 6
390 Madagascar 656 G 6 6
391 Madagascar 657 C 6 6
392 Madagascar 658 T 6 6
393 Madagascar 659 G 6 6
394 Madagascar 660 G 6 6
395 Madagascar 661 T 6 6
396 Madagascar 662 G 6 6
397 Madagascar 663 G 6 6
398 Madagascar 664 C 6 6
399 Madagascar 665 C 6 6
400 Madagascar 666 A 6 6
401 Madagascar 667 T 6 6
402 Madagascar 668 A 6 6
403 Madagascar 669 G 6 6
404 Madagascar 670 T 6 6
405 Madagascar 671 T 6 6
406 Madagascar 672 A 6 6
407 Madagascar 673 C 6 6
408 Madagascar 674 G 6 6
409 Madagascar 675 G 6 6
410 Madagascar 676 C 6 6
411 Madagascar 677 G 6 6
412 Madagascar 678 C 6 6
413 Madagascar 679 C 6 6
414 Madagascar 680 G 6 6
415 Madagascar 681 A 6 6
416 Madagascar 682 T 6 6
417 Madagascar 683 C 6 6
418 Madagascar 684 T 6 6
419 Madagascar 685 A 6 6
420 Madagascar 686 A 6 6
421 Madagascar 687 A 6 6
422 Madagascar 688 G 6 6
423 Madagascar 689 T 6 6
424 Madagascar 690 C 6 6
425 Madagascar 691 A 6 6
426 Madagascar 692 T 6 6
427 Madagascar 693 T 6 6
428 Madagascar 694 T 6 6
429 Madagascar 695 G 6 6
430 Madagascar 696 A 6 6
431 Madagascar 697 C 6 6
432 Madagascar 698 T 6 6
433 Madagascar 699 T 6 6
434 Madagascar 700 A 6 6
435 Madagascar 701 G 6 6
436 Madagascar 702 G 6 6
437 Madagascar 703 C 6 6
438 Madagascar 704 G 6 6
439 Madagascar 705 A 6 6
440 Madagascar 706 C 6 6
441 Madagascar 707 G 6 6
442 Madagascar 708 A 6 6
443 Madagascar 709 G 6 6
444 Madagascar 710 C 6 6
445 Madagascar 711 T 6 6
446 Madagascar 712 T 6 6
447 Madagascar 713 G 6 6
448 Madagascar 714 G 6 6
449 Madagascar 715 C 6 6
450 Madagascar 716 A 6 6
451 Madagascar 717 C 6 6
452 Madagascar 718 T 6 6
453 Madagascar 719 G 6 6
454 Madagascar 720 A 6 6
455 Madagascar 721 T 6 6
456 Madagascar 722 C 6 6
457 Madagascar 723 C 6 6
458 Madagascar 724 T 6 6
459 Madagascar 725 T 6 6
460 Madagascar 726 A 6 6
461 Madagascar 727 T 6 6
462 Madagascar 728 G 6 6
463 Madagascar 729 A 6 6
464 Madagascar 730 A 6 6
465 Madagascar 731 G 6 6
466 Madagascar 732 A 6 6
467 Madagascar 733 T 6 6
468 Madagascar 734 T 6 6
469 Madagascar 735 T 6 6
470 Madagascar 736 T 6 6
471 Madagascar 737 C 6 6
472 Madagascar 738 A 6 6
473 Madagascar 739 A 6 6
474 Madagascar 740 G 6 6
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477 Madagascar 743 A 6 6
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480 Madagascar 746 T 6 6
481 Madagascar 747 G 6 6
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500 Madagascar 766 T 6 6
501 Madagascar 767 G 6 6
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539 Madagascar 805 G 6 6