National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
-   540                                        
?                                            
A   21 1                                      
C   3                                        
D   27                                        
E   54                                        
F   15                                        
G   66 1 1                                    
H   21                                        
I   9                                        
K   27                                        
L   63                   1                    
M   9               1                        
N   18                                        
P   24                   1                    
Q   21                             1          
R   30                                        
S   30                                        
T   21                                        
V   63                                   2    
W   3                                        
Y   15                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Latvia 266 A 233 233
1 Latvia 267 T 233 233
2 Latvia 268 G 233 233
3 Latvia 269 G 233 233
4 Latvia 270 A 233 233
5 Latvia 271 G 233 233
6 Latvia 272 A 233 233
7 Latvia 273 G 233 233
8 Latvia 274 C 233 233
9 Latvia 275 C 233 233
10 Latvia 276 T 233 233
11 Latvia 277 T 233 233
12 Latvia 278 G 233 233
13 Latvia 279 T 233 233
14 Latvia 280 C 233 233
15 Latvia 281 C 233 233
16 Latvia 282 C 233 233
17 Latvia 283 T 233 233
18 Latvia 284 G 233 233
19 Latvia 285 G 233 233
20 Latvia 286 T 233 233
21 Latvia 287 T 233 233
22 Latvia 288 T 233 233
23 Latvia 289 C 233 233
24 Latvia 290 A 233 233
25 Latvia 291 A 233 233
26 Latvia 292 C 233 233
27 Latvia 293 G 233 233
28 Latvia 294 A 233 233
29 Latvia 295 G 233 233
30 Latvia 296 A 233 233
31 Latvia 297 A 233 233
32 Latvia 298 A 233 233
33 Latvia 299 A 233 233
34 Latvia 300 C 233 233
35 Latvia 301 A 233 233
36 Latvia 302 C 233 233
37 Latvia 303 A 233 233
38 Latvia 304 C 233 233
39 Latvia 305 G 233 233
40 Latvia 306 T 233 233
41 Latvia 307 C 233 233
42 Latvia 308 C 233 233
43 Latvia 309 A G 233 230 Gln15Arg
44 Latvia 310 A 233 233
45 Latvia 311 C 233 233
46 Latvia 312 T 233 233
47 Latvia 313 C T 233 218 Leu16Leu
48 Latvia 314 A 233 233
49 Latvia 315 G 233 233
50 Latvia 316 T 233 233
51 Latvia 317 T 233 233
52 Latvia 318 T 233 233
53 Latvia 319 G 233 233
54 Latvia 320 C 233 233
55 Latvia 321 C 233 233
56 Latvia 322 T 233 233
57 Latvia 323 G 233 233
58 Latvia 324 T 233 233
59 Latvia 325 T 233 233
60 Latvia 326 T 233 233
61 Latvia 327 T 233 233
62 Latvia 328 A 233 233
63 Latvia 329 C 233 233
64 Latvia 330 A 233 233
65 Latvia 331 G 233 233
66 Latvia 332 G 233 233
67 Latvia 333 T 233 233
68 Latvia 334 T 233 233
69 Latvia 335 C 233 233
70 Latvia 336 G 233 233
71 Latvia 337 C 233 233
72 Latvia 338 G 233 233
73 Latvia 339 A 233 233
74 Latvia 340 C 233 233
75 Latvia 341 G 233 233
76 Latvia 342 T 233 233
77 Latvia 343 G 233 233
78 Latvia 344 C 233 233
79 Latvia 345 T 233 233
80 Latvia 346 C 233 233
81 Latvia 347 G 233 233
82 Latvia 348 T 233 233
83 Latvia 349 A 233 233
84 Latvia 350 C 233 233
85 Latvia 351 G 233 233
86 Latvia 352 T 233 233
87 Latvia 353 G 233 233
88 Latvia 354 G C 233 232 Gly30Ala
89 Latvia 355 C 233 233
90 Latvia 356 T 233 233
91 Latvia 357 T 233 233
92 Latvia 358 T 233 233
93 Latvia 359 G 233 233
94 Latvia 360 G 233 233
95 Latvia 361 A 233 233
96 Latvia 362 G 233 233
97 Latvia 363 A 233 233
98 Latvia 364 C 233 233
99 Latvia 365 T 233 233
100 Latvia 366 C 233 233
101 Latvia 367 C 233 233
102 Latvia 368 G 233 233
103 Latvia 369 T 233 233
104 Latvia 370 G 233 233
105 Latvia 371 G 233 233
106 Latvia 372 A 233 233
107 Latvia 373 G 233 233
108 Latvia 374 G 233 233
109 Latvia 375 A 233 233
110 Latvia 376 G 233 233
111 Latvia 377 G 233 233
112 Latvia 378 T 233 233
113 Latvia 379 C 233 233
114 Latvia 380 T 233 233
115 Latvia 381 T 233 233
116 Latvia 382 A 233 233
117 Latvia 383 T 233 233
118 Latvia 384 C 233 233
119 Latvia 385 A 233 233
120 Latvia 386 G 233 233
121 Latvia 387 A 233 233
122 Latvia 388 G 233 233
123 Latvia 389 G 233 233
124 Latvia 390 C 233 233
125 Latvia 391 A 233 233
126 Latvia 392 C 233 233
127 Latvia 393 G 233 233
128 Latvia 394 T 233 233
129 Latvia 395 C 233 233
130 Latvia 396 A 233 233
131 Latvia 397 A 233 233
132 Latvia 398 C 233 233
133 Latvia 399 A 233 233
134 Latvia 400 T 233 233
135 Latvia 401 C 233 233
136 Latvia 402 T 233 233
137 Latvia 403 T 233 233
138 Latvia 404 A 233 233
139 Latvia 405 A 233 233
140 Latvia 406 A 233 233
141 Latvia 407 G 233 233
142 Latvia 408 A 233 233
143 Latvia 409 T 233 233
144 Latvia 410 G 233 233
145 Latvia 411 G 233 233
146 Latvia 412 C 233 233
147 Latvia 413 A 233 233
148 Latvia 414 C 233 233
149 Latvia 415 T 233 233
150 Latvia 416 T 233 233
151 Latvia 417 G 233 233
152 Latvia 418 T 233 233
153 Latvia 419 G 233 233
154 Latvia 420 G 233 233
155 Latvia 421 C 233 233
156 Latvia 422 T 233 233
157 Latvia 423 T 233 233
158 Latvia 424 A 233 233
159 Latvia 425 G 233 233
160 Latvia 426 T 233 233
161 Latvia 427 A 233 233
162 Latvia 428 G 233 233
163 Latvia 429 A 233 233
164 Latvia 430 A 233 233
165 Latvia 431 G 233 233
166 Latvia 432 T 233 233
167 Latvia 433 T 233 233
168 Latvia 434 G 233 233
169 Latvia 435 A 233 233
170 Latvia 436 A 233 233
171 Latvia 437 A 233 233
172 Latvia 438 A 233 233
173 Latvia 439 A 233 233
174 Latvia 440 G 233 233
175 Latvia 441 G 233 233
176 Latvia 442 C 233 233
177 Latvia 443 G 233 233
178 Latvia 444 T 233 233
179 Latvia 445 T C 233 212 Val60Val
180 Latvia 446 T 233 233
181 Latvia 447 T 233 233
182 Latvia 448 G 233 233
183 Latvia 449 C 233 233
184 Latvia 450 C 233 233
185 Latvia 451 T 233 233
186 Latvia 452 C 233 233
187 Latvia 453 A 233 233
188 Latvia 454 A 233 233
189 Latvia 455 C 233 233
190 Latvia 456 T 233 233
191 Latvia 457 T 233 233
192 Latvia 458 G 233 233
193 Latvia 459 A 233 233
194 Latvia 460 A 233 233
195 Latvia 461 C 233 233
196 Latvia 462 A 233 233
197 Latvia 463 G 233 233
198 Latvia 464 C 233 233
199 Latvia 465 C 233 233
200 Latvia 466 C 233 233
201 Latvia 467 T 233 233
202 Latvia 468 A 233 233
203 Latvia 469 T 233 233
204 Latvia 470 G 233 233
205 Latvia 471 T 233 233
206 Latvia 472 G 233 233
207 Latvia 473 T 233 233
208 Latvia 474 T 233 233
209 Latvia 475 C 233 233
210 Latvia 476 A 233 233
211 Latvia 477 T 233 233
212 Latvia 478 C 233 233
213 Latvia 479 A 233 233
214 Latvia 480 A 233 233
215 Latvia 481 A 233 233
216 Latvia 482 C 233 233
217 Latvia 483 G 233 233
218 Latvia 484 T 233 233
219 Latvia 485 T 233 233
220 Latvia 486 C 233 233
221 Latvia 487 G 233 233
222 Latvia 488 G 233 233
223 Latvia 489 A 233 233
224 Latvia 490 T 233 233
225 Latvia 491 G 233 233
226 Latvia 492 C 233 233
227 Latvia 493 T 233 233
228 Latvia 494 C 233 233
229 Latvia 495 G 233 233
230 Latvia 496 A 233 233
231 Latvia 497 A 233 233
232 Latvia 498 C 233 233
233 Latvia 499 T 233 233
234 Latvia 500 G 233 233
235 Latvia 501 C 233 233
236 Latvia 502 A 233 233
237 Latvia 503 C 233 233
238 Latvia 504 C T 233 232 Pro80Leu
239 Latvia 505 T 233 233
240 Latvia 506 C 233 233
241 Latvia 507 A 233 233
242 Latvia 508 T 233 233
243 Latvia 509 G 233 233
244 Latvia 510 G 233 233
245 Latvia 511 T 233 233
246 Latvia 512 C 233 233
247 Latvia 513 A 233 233
248 Latvia 514 T 233 233
249 Latvia 515 G 233 233
250 Latvia 516 T 233 233
251 Latvia 517 T 233 233
252 Latvia 518 A 233 233
253 Latvia 519 T 233 233
254 Latvia 520 G T 233 232 Met85Ile
255 Latvia 521 G 233 233
256 Latvia 522 T 233 233
257 Latvia 523 T 233 233
258 Latvia 524 G 233 233
259 Latvia 525 A 233 233
260 Latvia 526 G 233 233
261 Latvia 527 C 233 233
262 Latvia 528 T 233 233
263 Latvia 529 G 233 233
264 Latvia 530 G 233 233
265 Latvia 531 T 233 233
266 Latvia 532 A 233 233
267 Latvia 533 G 233 233
268 Latvia 534 C 233 233
269 Latvia 535 A 233 233
270 Latvia 536 G 233 233
271 Latvia 537 A 233 233
272 Latvia 538 A 233 233
273 Latvia 539 C 233 233
274 Latvia 540 T 233 233
275 Latvia 541 C 233 233
276 Latvia 542 G 233 233
277 Latvia 543 A 233 233
278 Latvia 544 A 233 233
279 Latvia 545 G 233 233
280 Latvia 546 G 233 233
281 Latvia 547 C 233 233
282 Latvia 548 A 233 233
283 Latvia 549 T 233 233
284 Latvia 550 T 233 233
285 Latvia 551 C 233 233
286 Latvia 552 A 233 233
287 Latvia 553 G 233 233
288 Latvia 554 T 233 233
289 Latvia 555 A 233 233
290 Latvia 556 C 233 233
291 Latvia 557 G 233 233
292 Latvia 558 G 233 233
293 Latvia 559 T 233 233
294 Latvia 560 C 233 233
295 Latvia 561 G 233 233
296 Latvia 562 T 233 233
297 Latvia 563 A 233 233
298 Latvia 564 G 233 233
299 Latvia 565 T 233 233
300 Latvia 566 G 233 233
301 Latvia 567 G 233 233
302 Latvia 568 T 233 233
303 Latvia 569 G 233 233
304 Latvia 570 A 233 233
305 Latvia 571 G 233 233
306 Latvia 572 A 233 233
307 Latvia 573 C 233 233
308 Latvia 574 A 233 233
309 Latvia 575 C 233 233
310 Latvia 576 T 233 233
311 Latvia 577 T 233 233
312 Latvia 578 G 233 233
313 Latvia 579 G 233 233
314 Latvia 580 T 233 233
315 Latvia 581 G 233 233
316 Latvia 582 T 233 233
317 Latvia 583 C 233 233
318 Latvia 584 C 233 233
319 Latvia 585 T 233 233
320 Latvia 586 T 233 233
321 Latvia 587 G 233 233
322 Latvia 588 T 233 233
323 Latvia 589 C 233 233
324 Latvia 590 C 233 233
325 Latvia 591 C 233 233
326 Latvia 592 T 233 233
327 Latvia 593 C 233 233
328 Latvia 594 A 233 233
329 Latvia 595 T 233 233
330 Latvia 596 G 233 233
331 Latvia 597 T 233 233
332 Latvia 598 G 233 233
333 Latvia 599 G 233 233
334 Latvia 600 G 233 233
335 Latvia 601 C 233 233
336 Latvia 602 G 233 233
337 Latvia 603 A 233 233
338 Latvia 604 A 233 233
339 Latvia 605 A 233 233
340 Latvia 606 T 233 233
341 Latvia 607 A 233 233
342 Latvia 608 C 233 233
343 Latvia 609 C 233 233
344 Latvia 610 A 233 233
345 Latvia 611 G 233 233
346 Latvia 612 T 233 233
347 Latvia 613 G 233 233
348 Latvia 614 G 233 233
349 Latvia 615 C 233 233
350 Latvia 616 T 233 233
351 Latvia 617 T 233 233
352 Latvia 618 A 233 233
353 Latvia 619 C 233 233
354 Latvia 620 C 233 233
355 Latvia 621 G 233 233
356 Latvia 622 C 233 233
357 Latvia 623 A 233 233
358 Latvia 624 A 233 233
359 Latvia 625 G 233 233
360 Latvia 626 G 233 233
361 Latvia 627 T 233 233
362 Latvia 628 T 233 233
363 Latvia 629 C 233 233
364 Latvia 630 T 233 233
365 Latvia 631 T 233 233
366 Latvia 632 C 233 233
367 Latvia 633 T 233 233
368 Latvia 634 T 233 233
369 Latvia 635 C 233 233
370 Latvia 636 G 233 233
371 Latvia 637 T 233 233
372 Latvia 638 A 233 233
373 Latvia 639 A 233 233
374 Latvia 640 G 233 233
375 Latvia 641 A 233 233
376 Latvia 642 A 233 233
377 Latvia 643 C 233 233
378 Latvia 644 G 233 233
379 Latvia 645 G 233 233
380 Latvia 646 T 233 233
381 Latvia 647 A 233 233
382 Latvia 648 A 233 233
383 Latvia 649 T 233 233
384 Latvia 650 A 233 233
385 Latvia 651 A 233 233
386 Latvia 652 A 233 233
387 Latvia 653 G 233 233
388 Latvia 654 G 233 233
389 Latvia 655 A 233 233
390 Latvia 656 G 233 233
391 Latvia 657 C 233 233
392 Latvia 658 T C 233 232 Ala131Ala
393 Latvia 659 G 233 233
394 Latvia 660 G 233 233
395 Latvia 661 T 233 233
396 Latvia 662 G 233 233
397 Latvia 663 G 233 233
398 Latvia 664 C 233 233
399 Latvia 665 C 233 233
400 Latvia 666 A 233 233
401 Latvia 667 T 233 233
402 Latvia 668 A 233 233
403 Latvia 669 G 233 233
404 Latvia 670 T 233 233
405 Latvia 671 T 233 233
406 Latvia 672 A 233 233
407 Latvia 673 C 233 233
408 Latvia 674 G 233 233
409 Latvia 675 G 233 233
410 Latvia 676 C 233 233
411 Latvia 677 G 233 233
412 Latvia 678 C 233 233
413 Latvia 679 C 233 233
414 Latvia 680 G 233 233
415 Latvia 681 A 233 233
416 Latvia 682 T 233 233
417 Latvia 683 C 233 233
418 Latvia 684 T 233 233
419 Latvia 685 A 233 233
420 Latvia 686 A 233 233
421 Latvia 687 A 233 233
422 Latvia 688 G 233 233
423 Latvia 689 T 233 233
424 Latvia 690 C 233 233
425 Latvia 691 A 233 233
426 Latvia 692 T 233 233
427 Latvia 693 T 233 233
428 Latvia 694 T 233 233
429 Latvia 695 G 233 233
430 Latvia 696 A 233 233
431 Latvia 697 C 233 233
432 Latvia 698 T 233 233
433 Latvia 699 T 233 233
434 Latvia 700 A 233 233
435 Latvia 701 G T 233 232 Gly146Cys
436 Latvia 702 G 233 233
437 Latvia 703 C 233 233
438 Latvia 704 G 233 233
439 Latvia 705 A 233 233
440 Latvia 706 C 233 233
441 Latvia 707 G 233 233
442 Latvia 708 A 233 233
443 Latvia 709 G 233 233
444 Latvia 710 C 233 233
445 Latvia 711 T 233 233
446 Latvia 712 T 233 233
447 Latvia 713 G 233 233
448 Latvia 714 G 233 233
449 Latvia 715 C 233 233
450 Latvia 716 A 233 233
451 Latvia 717 C 233 233
452 Latvia 718 T 233 233
453 Latvia 719 G 233 233
454 Latvia 720 A 233 233
455 Latvia 721 T 233 233
456 Latvia 722 C 233 233
457 Latvia 723 C 233 233
458 Latvia 724 T 233 233
459 Latvia 725 T 233 233
460 Latvia 726 A 233 233
461 Latvia 727 T 233 233
462 Latvia 728 G 233 233
463 Latvia 729 A 233 233
464 Latvia 730 A 233 233
465 Latvia 731 G 233 233
466 Latvia 732 A 233 233
467 Latvia 733 T 233 233
468 Latvia 734 T 233 233
469 Latvia 735 T 233 233
470 Latvia 736 T 233 233
471 Latvia 737 C 233 233
472 Latvia 738 A 233 233
473 Latvia 739 A 233 233
474 Latvia 740 G 233 233
475 Latvia 741 A 233 233
476 Latvia 742 A 233 233
477 Latvia 743 A 233 233
478 Latvia 744 A 233 233
479 Latvia 745 C 233 233
480 Latvia 746 T 233 233
481 Latvia 747 G 233 233
482 Latvia 748 G 233 233
483 Latvia 749 A 233 233
484 Latvia 750 A 233 233
485 Latvia 751 C 233 233
486 Latvia 752 A 233 233
487 Latvia 753 C 233 233
488 Latvia 754 T 233 233
489 Latvia 755 A 233 233
490 Latvia 756 A 233 233
491 Latvia 757 A 233 233
492 Latvia 758 C 233 233
493 Latvia 759 A 233 233
494 Latvia 760 T 233 233
495 Latvia 761 A 233 233
496 Latvia 762 G 233 233
497 Latvia 763 C 233 233
498 Latvia 764 A 233 233
499 Latvia 765 G 233 233
500 Latvia 766 T 233 233
501 Latvia 767 G 233 233
502 Latvia 768 G 233 233
503 Latvia 769 T 233 233
504 Latvia 770 G 233 233
505 Latvia 771 T 233 233
506 Latvia 772 T C 233 231 Val169Val
507 Latvia 773 A 233 233
508 Latvia 774 C 233 233
509 Latvia 775 C 233 233
510 Latvia 776 C 233 233
511 Latvia 777 G 233 233
512 Latvia 778 T 233 233
513 Latvia 779 G 233 233
514 Latvia 780 A 233 233
515 Latvia 781 A 233 233
516 Latvia 782 C 233 233
517 Latvia 783 T 233 233
518 Latvia 784 C 233 233
519 Latvia 785 A 233 233
520 Latvia 786 T 233 233
521 Latvia 787 G 233 233
522 Latvia 788 C 233 233
523 Latvia 789 G 233 233
524 Latvia 790 T 233 233
525 Latvia 791 G 233 233
526 Latvia 792 A 233 233
527 Latvia 793 G 233 233
528 Latvia 794 C 233 233
529 Latvia 795 T 233 233
530 Latvia 796 T 233 233
531 Latvia 797 A 233 233
532 Latvia 798 A 233 233
533 Latvia 799 C 233 233
534 Latvia 800 G 233 233
535 Latvia 801 G 233 233
536 Latvia 802 A 233 233
537 Latvia 803 G 233 233
538 Latvia 804 G 233 233
539 Latvia 805 G 233 233