National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
*                                              
-     540                                        
?                                              
A     21                                   1    
C     3                                        
D     27                       1                
E     54 1   1                                  
F     15         1                              
G     66                                        
H     21                                       1
I     9                     1                  
K 1   27                                        
L     63                   3         1          
M     9                                        
N     18                       1       1        
P     24                                        
Q     21                                        
R     30   1                         2          
S     30           1                            
T     21                                 1      
V     63                                        
W     3                                        
Y     15                                       1

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Indonesia 266 A 296 296
1 Indonesia 267 T 296 296
2 Indonesia 268 G 296 296
3 Indonesia 269 G 296 296
4 Indonesia 270 A 296 296
5 Indonesia 271 G 296 296
6 Indonesia 272 A 296 296
7 Indonesia 273 G 296 296
8 Indonesia 274 C 296 296
9 Indonesia 275 C 296 296
10 Indonesia 276 T 296 296
11 Indonesia 277 T 296 296
12 Indonesia 278 G 296 296
13 Indonesia 279 T 296 295
14 Indonesia 280 C 296 296
15 Indonesia 281 C 296 296
16 Indonesia 282 C 296 296
17 Indonesia 283 T 296 296
18 Indonesia 284 G 296 296
19 Indonesia 285 G 296 296
20 Indonesia 286 T 296 296
21 Indonesia 287 T 296 296
22 Indonesia 288 T 296 296
23 Indonesia 289 C 296 296
24 Indonesia 290 A 296 294
25 Indonesia 291 A 296 294
26 Indonesia 292 C 296 294
27 Indonesia 293 G 296 294
28 Indonesia 294 A 296 294
29 Indonesia 295 G 296 294
30 Indonesia 296 A 296 294
31 Indonesia 297 A 296 294
32 Indonesia 298 A 296 294
33 Indonesia 299 A 296 294
34 Indonesia 300 C 296 294
35 Indonesia 301 A 296 294
36 Indonesia 302 C 296 294
37 Indonesia 303 A 296 294
38 Indonesia 304 C 296 294
39 Indonesia 305 G 296 294
40 Indonesia 306 T 296 294
41 Indonesia 307 C 296 295
42 Indonesia 308 C 296 295
43 Indonesia 309 A 296 295
44 Indonesia 310 A 296 295
45 Indonesia 311 C 296 295
46 Indonesia 312 T 296 295
47 Indonesia 313 C T 298 296 Leu16Leu
48 Indonesia 314 A 298 298
49 Indonesia 315 G 298 298
50 Indonesia 316 T 298 298
51 Indonesia 317 T 298 298
52 Indonesia 318 T 298 298
53 Indonesia 319 G 298 298
54 Indonesia 320 C 298 298
55 Indonesia 321 C 298 298
56 Indonesia 322 T 298 298
57 Indonesia 323 G 298 298
58 Indonesia 324 T 298 298
59 Indonesia 325 T 298 298
60 Indonesia 326 T 298 298
61 Indonesia 327 T 298 298
62 Indonesia 328 A 298 298
63 Indonesia 329 C 298 298
64 Indonesia 330 A 298 298
65 Indonesia 331 G 298 298
66 Indonesia 332 G 298 298
67 Indonesia 333 T 298 298
68 Indonesia 334 T 298 298
69 Indonesia 335 C T 298 297 Arg24Cys
70 Indonesia 336 G 298 298
71 Indonesia 337 C T 298 297 Arg24Arg
72 Indonesia 338 G 298 298
73 Indonesia 339 A 298 298
74 Indonesia 340 C 298 298
75 Indonesia 341 G 298 298
76 Indonesia 342 T 298 298
77 Indonesia 343 G 298 298
78 Indonesia 344 C 298 298
79 Indonesia 345 T 298 298
80 Indonesia 346 C 298 298
81 Indonesia 347 G 298 298
82 Indonesia 348 T 298 298
83 Indonesia 349 A 298 298
84 Indonesia 350 C 298 298
85 Indonesia 351 G 298 298
86 Indonesia 352 T C 298 297 Arg29Arg
87 Indonesia 353 G 298 298
88 Indonesia 354 G 298 298
89 Indonesia 355 C 298 298
90 Indonesia 356 T 298 298
91 Indonesia 357 T 298 298
92 Indonesia 358 T 298 298
93 Indonesia 359 G 298 298
94 Indonesia 360 G 298 298
95 Indonesia 361 A 298 298
96 Indonesia 362 G 298 298
97 Indonesia 363 A 298 298
98 Indonesia 364 C 298 298
99 Indonesia 365 T 298 298
100 Indonesia 366 C 298 298
101 Indonesia 367 C 298 298
102 Indonesia 368 G 298 298
103 Indonesia 369 T 298 298
104 Indonesia 370 G 298 298
105 Indonesia 371 G 298 298
106 Indonesia 372 A 298 298
107 Indonesia 373 G 298 298
108 Indonesia 374 G 298 298
109 Indonesia 375 A 298 298
110 Indonesia 376 G 298 298
111 Indonesia 377 G 298 298
112 Indonesia 378 T 298 298
113 Indonesia 379 C 298 298
114 Indonesia 380 T 298 298
115 Indonesia 381 T 298 298
116 Indonesia 382 A 298 298
117 Indonesia 383 T 298 298
118 Indonesia 384 C 298 298
119 Indonesia 385 A 298 298
120 Indonesia 386 G 298 298
121 Indonesia 387 A 298 298
122 Indonesia 388 G 298 298
123 Indonesia 389 G 298 297
124 Indonesia 390 C 298 298
125 Indonesia 391 A 298 298
126 Indonesia 392 C 298 298
127 Indonesia 393 G 298 298
128 Indonesia 394 T 298 298
129 Indonesia 395 C 298 298
130 Indonesia 396 A 298 298
131 Indonesia 397 A 298 298
132 Indonesia 398 C 298 298
133 Indonesia 399 A 298 298
134 Indonesia 400 T 298 298
135 Indonesia 401 C 298 298
136 Indonesia 402 T 298 298
137 Indonesia 403 T 298 298
138 Indonesia 404 A 298 298
139 Indonesia 405 A 298 298
140 Indonesia 406 A 298 298
141 Indonesia 407 G 298 298
142 Indonesia 408 A 298 297
143 Indonesia 409 T 298 298
144 Indonesia 410 G 298 297
145 Indonesia 411 G 298 298
146 Indonesia 412 C 298 298
147 Indonesia 413 A 298 298
148 Indonesia 414 C 298 298
149 Indonesia 415 T 298 298
150 Indonesia 416 T 298 298
151 Indonesia 417 G 298 298
152 Indonesia 418 T 298 298
153 Indonesia 419 G 298 298
154 Indonesia 420 G 298 298
155 Indonesia 421 C 298 298
156 Indonesia 422 T 298 298
157 Indonesia 423 T 298 298
158 Indonesia 424 A 298 298
159 Indonesia 425 G 298 298
160 Indonesia 426 T 298 298
161 Indonesia 427 A 298 298
162 Indonesia 428 G 298 298
163 Indonesia 429 A 298 298
164 Indonesia 430 A 298 298
165 Indonesia 431 G 298 298
166 Indonesia 432 T 298 298
167 Indonesia 433 T 298 298
168 Indonesia 434 G 298 298
169 Indonesia 435 A 298 298
170 Indonesia 436 A 298 298
171 Indonesia 437 A 298 298
172 Indonesia 438 A 298 298
173 Indonesia 439 A 298 298
174 Indonesia 440 G 298 298
175 Indonesia 441 G 298 298
176 Indonesia 442 C 298 298
177 Indonesia 443 G 298 298
178 Indonesia 444 T 298 298
179 Indonesia 445 T 298 298
180 Indonesia 446 T 298 298
181 Indonesia 447 T 298 298
182 Indonesia 448 G 298 298
183 Indonesia 449 C 298 298
184 Indonesia 450 C 298 298
185 Indonesia 451 T 298 298
186 Indonesia 452 C 298 298
187 Indonesia 453 A 298 298
188 Indonesia 454 A 298 298
189 Indonesia 455 C 298 298
190 Indonesia 456 T 298 298
191 Indonesia 457 T 298 298
192 Indonesia 458 G 298 298
193 Indonesia 459 A 298 298
194 Indonesia 460 A 298 298
195 Indonesia 461 C 298 298
196 Indonesia 462 A 298 298
197 Indonesia 463 G 298 297
198 Indonesia 464 C 298 298
199 Indonesia 465 C 298 298
200 Indonesia 466 C 298 298
201 Indonesia 467 T 298 298
202 Indonesia 468 A 298 298
203 Indonesia 469 T 298 298
204 Indonesia 470 G 298 298
205 Indonesia 471 T 298 298
206 Indonesia 472 G 298 298
207 Indonesia 473 T 298 298
208 Indonesia 474 T 299 299
209 Indonesia 475 C T 299 296 Phe70Phe
210 Indonesia 476 A 299 299
211 Indonesia 477 T 299 299
212 Indonesia 478 C 299 299
213 Indonesia 479 A 299 299
214 Indonesia 480 A 299 299
215 Indonesia 481 A 299 299
216 Indonesia 482 C 299 299
217 Indonesia 483 G 299 299
218 Indonesia 484 T 299 299
219 Indonesia 485 T 299 299
220 Indonesia 486 C 299 299
221 Indonesia 487 G 299 299
222 Indonesia 488 G 299 299
223 Indonesia 489 A 298 298
224 Indonesia 490 T 298 298
225 Indonesia 491 G 298 298
226 Indonesia 492 C 298 298
227 Indonesia 493 T 298 298
228 Indonesia 494 C 298 298
229 Indonesia 495 G 298 298
230 Indonesia 496 A 298 298
231 Indonesia 497 A 298 298
232 Indonesia 498 C 298 298
233 Indonesia 499 T 298 298
234 Indonesia 500 G 298 298
235 Indonesia 501 C 298 298
236 Indonesia 502 A 298 298
237 Indonesia 503 C 298 298
238 Indonesia 504 C 298 298
239 Indonesia 505 T 298 298
240 Indonesia 506 C 298 298
241 Indonesia 507 A 298 298
242 Indonesia 508 T 298 298
243 Indonesia 509 G 298 298
244 Indonesia 510 G 298 298
245 Indonesia 511 T 298 298
246 Indonesia 512 C 298 298
247 Indonesia 513 A 298 298
248 Indonesia 514 T 298 298
249 Indonesia 515 G 298 298
250 Indonesia 516 T 298 298
251 Indonesia 517 T 298 298
252 Indonesia 518 A 299 299
253 Indonesia 519 T 299 299
254 Indonesia 520 G 299 299
255 Indonesia 521 G 299 299
256 Indonesia 522 T 299 299
257 Indonesia 523 T 299 299
258 Indonesia 524 G 300 300
259 Indonesia 525 A 300 300
260 Indonesia 526 G 300 300
261 Indonesia 527 C 300 299
262 Indonesia 528 T 300 300
263 Indonesia 529 G T 300 299 Leu88Leu
264 Indonesia 530 G 300 300
265 Indonesia 531 T 300 300
266 Indonesia 532 A 300 300
267 Indonesia 533 G 300 300
268 Indonesia 534 C 300 300
269 Indonesia 535 A 300 300
270 Indonesia 536 G 300 300
271 Indonesia 537 A C 300 299 Glu91Ala
272 Indonesia 538 A 300 300
273 Indonesia 539 C 300 300
274 Indonesia 540 T 300 300
275 Indonesia 541 C 300 300
276 Indonesia 542 G 300 300
277 Indonesia 543 A 300 300
278 Indonesia 544 A C 300 299 Glu93Asp
279 Indonesia 545 G 299 299
280 Indonesia 546 G 299 299
281 Indonesia 547 C 299 299
282 Indonesia 548 A 299 297
283 Indonesia 549 T 299 297
284 Indonesia 550 T G 299 296 Ile95Met
285 Indonesia 551 C 299 297
286 Indonesia 552 A 299 297
287 Indonesia 553 G 299 297
288 Indonesia 554 T 299 298
289 Indonesia 555 A 299 298
290 Indonesia 556 C 299 298
291 Indonesia 557 G 299 298
292 Indonesia 558 G 299 298
293 Indonesia 559 T 299 298
294 Indonesia 560 C 299 299
295 Indonesia 561 G 299 299
296 Indonesia 562 T 299 299
297 Indonesia 563 A 299 299
298 Indonesia 564 G 299 299
299 Indonesia 565 T 299 299
300 Indonesia 566 G 299 299
301 Indonesia 567 G 299 299
302 Indonesia 568 T 299 299
303 Indonesia 569 G 299 299
304 Indonesia 570 A 299 299
305 Indonesia 571 G 299 299
306 Indonesia 572 A 299 299
307 Indonesia 573 C 299 299
308 Indonesia 574 A 299 299
309 Indonesia 575 C 299 299
310 Indonesia 576 T 299 299
311 Indonesia 577 T 299 299
312 Indonesia 578 G 299 299
313 Indonesia 579 G 299 299
314 Indonesia 580 T 299 299
315 Indonesia 581 G 299 299
316 Indonesia 582 T 299 299
317 Indonesia 583 C 299 299
318 Indonesia 584 C 299 299
319 Indonesia 585 T 299 299
320 Indonesia 586 T 299 299
321 Indonesia 587 G 299 299
322 Indonesia 588 T 299 299
323 Indonesia 589 C 299 299
324 Indonesia 590 C 299 299
325 Indonesia 591 C 299 299
326 Indonesia 592 T 299 299
327 Indonesia 593 C T 299 298 His110Tyr
328 Indonesia 594 A 299 299
329 Indonesia 595 T 299 299
330 Indonesia 596 G 299 299
331 Indonesia 597 T 299 299
332 Indonesia 598 G 299 299
333 Indonesia 599 G 299 299
334 Indonesia 600 G 299 299
335 Indonesia 601 C 299 299
336 Indonesia 602 G 299 299
337 Indonesia 603 A 299 299
338 Indonesia 604 A 299 299
339 Indonesia 605 A 299 299
340 Indonesia 606 T 299 299
341 Indonesia 607 A 300 300
342 Indonesia 608 C 300 300
343 Indonesia 609 C 300 300
344 Indonesia 610 A 300 300
345 Indonesia 611 G 300 300
346 Indonesia 612 T 300 300
347 Indonesia 613 G 300 300
348 Indonesia 614 G 300 300
349 Indonesia 615 C T 300 299 Ala117Val
350 Indonesia 616 T 300 300
351 Indonesia 617 T 300 300
352 Indonesia 618 A 300 300
353 Indonesia 619 C 300 300
354 Indonesia 620 C 300 300
355 Indonesia 621 G 300 300
356 Indonesia 622 C 300 300
357 Indonesia 623 A 300 300
358 Indonesia 624 A 300 300
359 Indonesia 625 G 300 300
360 Indonesia 626 G 300 300
361 Indonesia 627 T 300 298
362 Indonesia 628 T 300 298
363 Indonesia 629 C 300 298
364 Indonesia 630 T 300 297
365 Indonesia 631 T 300 298
366 Indonesia 632 C 300 298
367 Indonesia 633 T 300 298
368 Indonesia 634 T 300 298
369 Indonesia 635 C 300 298
370 Indonesia 636 G 300 298
371 Indonesia 637 T 300 298
372 Indonesia 638 A 300 298
373 Indonesia 639 A 300 298
374 Indonesia 640 G 300 298
375 Indonesia 641 A 300 298
376 Indonesia 642 A 300 298
377 Indonesia 643 C 300 298
378 Indonesia 644 G 300 298
379 Indonesia 645 G 300 299
380 Indonesia 646 T 300 299
381 Indonesia 647 A 300 299
382 Indonesia 648 A 300 299
383 Indonesia 649 T 300 299
384 Indonesia 650 A T 300 298 Lys129*
385 Indonesia 651 A 300 300
386 Indonesia 652 A 300 300
387 Indonesia 653 G 300 300
388 Indonesia 654 G 300 300
389 Indonesia 655 A 300 300
390 Indonesia 656 G 300 300
391 Indonesia 657 C 300 299
392 Indonesia 658 T 300 299
393 Indonesia 659 G 300 299
394 Indonesia 660 G 300 299
395 Indonesia 661 T 300 299
396 Indonesia 662 G 300 299
397 Indonesia 663 G 300 298
398 Indonesia 664 C 300 299
399 Indonesia 665 C 300 299
400 Indonesia 666 A 300 299
401 Indonesia 667 T 299 298
402 Indonesia 668 A 299 298
403 Indonesia 669 G 299 298
404 Indonesia 670 T 299 298
405 Indonesia 671 T 299 298
406 Indonesia 672 A 299 298
407 Indonesia 673 C T 299 297 Tyr136Tyr
408 Indonesia 674 G 299 298
409 Indonesia 675 G 299 298
410 Indonesia 676 C 299 298
411 Indonesia 677 G 299 298
412 Indonesia 678 C 299 298
413 Indonesia 679 C 299 298
414 Indonesia 680 G 299 298
415 Indonesia 681 A 299 298
416 Indonesia 682 T 299 298
417 Indonesia 683 C T 299 295 Leu140Leu
418 Indonesia 684 T 299 298
419 Indonesia 685 A 299 298
420 Indonesia 686 A 298 297
421 Indonesia 687 A 298 297
422 Indonesia 688 G 298 297
423 Indonesia 689 T 298 297
424 Indonesia 690 C 298 297
425 Indonesia 691 A 298 297
426 Indonesia 692 T 298 297
427 Indonesia 693 T 298 297
428 Indonesia 694 T 298 297
429 Indonesia 695 G A 298 296 Asp144Asn
430 Indonesia 696 A 298 297
431 Indonesia 697 C 298 297
432 Indonesia 698 T 298 297
433 Indonesia 699 T 298 297
434 Indonesia 700 A 298 297
435 Indonesia 701 G 298 297
436 Indonesia 702 G 298 297
437 Indonesia 703 C 298 297
438 Indonesia 704 G 298 297
439 Indonesia 705 A 298 297
440 Indonesia 706 C 298 296
441 Indonesia 707 G 298 296
442 Indonesia 708 A 298 294
443 Indonesia 709 G 298 296
444 Indonesia 710 C 298 295
445 Indonesia 711 T G 298 294 Leu149Arg
446 Indonesia 712 T 298 295
447 Indonesia 713 G 298 295
448 Indonesia 714 G 298 295
449 Indonesia 715 C 298 295
450 Indonesia 716 A 298 295
451 Indonesia 717 C 298 295
452 Indonesia 718 T 298 295
453 Indonesia 719 G 298 297
454 Indonesia 720 A 298 297
455 Indonesia 721 T 298 297
456 Indonesia 722 C 298 297
457 Indonesia 723 C 298 297
458 Indonesia 724 T 298 297
459 Indonesia 725 T 298 297
460 Indonesia 726 A 298 297
461 Indonesia 727 T 298 297
462 Indonesia 728 G 298 298
463 Indonesia 729 A 298 297
464 Indonesia 730 A 298 298
465 Indonesia 731 G 298 298
466 Indonesia 732 A 298 298
467 Indonesia 733 T 298 298
468 Indonesia 734 T 298 298
469 Indonesia 735 T 298 298
470 Indonesia 736 T 298 298
471 Indonesia 737 C 298 298
472 Indonesia 738 A 298 298
473 Indonesia 739 A 298 298
474 Indonesia 740 G 298 298
475 Indonesia 741 A 298 297
476 Indonesia 742 A 298 297
477 Indonesia 743 A 298 298
478 Indonesia 744 A G 298 297 Asn160Ser
479 Indonesia 745 C T 298 297 Asn160Asn
480 Indonesia 746 T 299 299
481 Indonesia 747 G 299 299
482 Indonesia 748 G 299 299
483 Indonesia 749 A 299 299
484 Indonesia 750 A 299 299
485 Indonesia 751 C 299 299
486 Indonesia 752 A 299 299
487 Indonesia 753 C 299 299
488 Indonesia 754 T 299 299
489 Indonesia 755 A 299 299
490 Indonesia 756 A 299 299
491 Indonesia 757 A 299 299
492 Indonesia 758 C 299 299
493 Indonesia 759 A 299 299
494 Indonesia 760 T 299 299
495 Indonesia 761 A G 299 298 Ser166Gly
496 Indonesia 762 G 299 299
497 Indonesia 763 C 299 299
498 Indonesia 764 A 299 299
499 Indonesia 765 G 299 299
500 Indonesia 766 T 299 299
501 Indonesia 767 G 299 299
502 Indonesia 768 G 299 299
503 Indonesia 769 T 299 299
504 Indonesia 770 G 299 299
505 Indonesia 771 T 299 299
506 Indonesia 772 T 299 299
507 Indonesia 773 A 299 299
508 Indonesia 774 C 299 299
509 Indonesia 775 C T 299 298 Thr170Thr
510 Indonesia 776 C 299 299
511 Indonesia 777 G 299 299
512 Indonesia 778 T 299 299
513 Indonesia 779 G 299 299
514 Indonesia 780 A 299 299
515 Indonesia 781 A 299 299
516 Indonesia 782 C 299 299
517 Indonesia 783 T 299 299
518 Indonesia 784 C 299 299
519 Indonesia 785 A 299 299
520 Indonesia 786 T 299 299
521 Indonesia 787 G 299 299
522 Indonesia 788 C 299 299
523 Indonesia 789 G 299 299
524 Indonesia 790 T 299 299
525 Indonesia 791 G 299 299
526 Indonesia 792 A 299 299
527 Indonesia 793 G 299 299
528 Indonesia 794 C 299 299
529 Indonesia 795 T 299 299
530 Indonesia 796 T 299 299
531 Indonesia 797 A 298 298
532 Indonesia 798 A 298 298
533 Indonesia 799 C 298 298
534 Indonesia 800 G 298 298
535 Indonesia 801 G 298 298
536 Indonesia 802 A 298 298
537 Indonesia 803 G 298 298
538 Indonesia 804 G 298 298
539 Indonesia 805 G 298 298