National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
-   540                                        
?                                            
A   21                                 1      
C   3                                        
D   27                                        
E   54                                        
F   15                                        
G   66           1                            
H   21                                        
I   9                                        
K   27                                        
L   63         1         1                    
M   9                                        
N   18                                        
P   24                                        
Q   21                                        
R   30   1                                    
S   30                                        
T   21                                        
V   63                                        
W   3                                        
Y   15                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Gambia 266 A 404 404
1 Gambia 267 T 404 404
2 Gambia 268 G 404 404
3 Gambia 269 G 404 404
4 Gambia 270 A 404 404
5 Gambia 271 G 404 404
6 Gambia 272 A 404 404
7 Gambia 273 G 404 404
8 Gambia 274 C 404 404
9 Gambia 275 C 404 404
10 Gambia 276 T 404 404
11 Gambia 277 T 404 404
12 Gambia 278 G 404 404
13 Gambia 279 T 404 404
14 Gambia 280 C 404 404
15 Gambia 281 C 404 404
16 Gambia 282 C 404 404
17 Gambia 283 T 404 404
18 Gambia 284 G 404 404
19 Gambia 285 G 404 404
20 Gambia 286 T 404 404
21 Gambia 287 T 404 404
22 Gambia 288 T 404 404
23 Gambia 289 C 404 404
24 Gambia 290 A 404 404
25 Gambia 291 A 404 404
26 Gambia 292 C 404 404
27 Gambia 293 G 404 404
28 Gambia 294 A 404 404
29 Gambia 295 G 404 404
30 Gambia 296 A 404 404
31 Gambia 297 A 404 404
32 Gambia 298 A 404 404
33 Gambia 299 A 404 404
34 Gambia 300 C 404 404
35 Gambia 301 A 404 404
36 Gambia 302 C 404 404
37 Gambia 303 A 404 404
38 Gambia 304 C 404 404
39 Gambia 305 G 404 404
40 Gambia 306 T 404 404
41 Gambia 307 C 404 404
42 Gambia 308 C 404 404
43 Gambia 309 A 404 404
44 Gambia 310 A 404 404
45 Gambia 311 C 404 404
46 Gambia 312 T 404 404
47 Gambia 313 C T 404 402 Leu16Leu
48 Gambia 314 A 404 404
49 Gambia 315 G 404 404
50 Gambia 316 T 404 404
51 Gambia 317 T 404 404
52 Gambia 318 T 404 404
53 Gambia 319 G 404 404
54 Gambia 320 C 404 404
55 Gambia 321 C 404 404
56 Gambia 322 T 404 404
57 Gambia 323 G 404 404
58 Gambia 324 T 404 404
59 Gambia 325 T 404 404
60 Gambia 326 T 404 404
61 Gambia 327 T 404 404
62 Gambia 328 A 404 404
63 Gambia 329 C 404 404
64 Gambia 330 A 404 404
65 Gambia 331 G 404 404
66 Gambia 332 G 404 404
67 Gambia 333 T 404 404
68 Gambia 334 T 404 404
69 Gambia 335 C T 404 402 Arg24Cys
70 Gambia 336 G 404 404
71 Gambia 337 C 404 404
72 Gambia 338 G 404 404
73 Gambia 339 A 404 404
74 Gambia 340 C 404 404
75 Gambia 341 G 404 404
76 Gambia 342 T 404 404
77 Gambia 343 G 404 404
78 Gambia 344 C 404 404
79 Gambia 345 T 404 404
80 Gambia 346 C 404 404
81 Gambia 347 G 404 404
82 Gambia 348 T 404 404
83 Gambia 349 A 404 404
84 Gambia 350 C 404 404
85 Gambia 351 G 404 404
86 Gambia 352 T 404 404
87 Gambia 353 G 404 404
88 Gambia 354 G 404 404
89 Gambia 355 C 404 404
90 Gambia 356 T 404 404
91 Gambia 357 T 404 404
92 Gambia 358 T 404 404
93 Gambia 359 G 404 404
94 Gambia 360 G 404 404
95 Gambia 361 A 404 404
96 Gambia 362 G 404 404
97 Gambia 363 A 404 404
98 Gambia 364 C 404 404
99 Gambia 365 T 404 404
100 Gambia 366 C 404 404
101 Gambia 367 C 404 404
102 Gambia 368 G 404 404
103 Gambia 369 T 404 404
104 Gambia 370 G 404 404
105 Gambia 371 G 404 404
106 Gambia 372 A 404 404
107 Gambia 373 G 404 404
108 Gambia 374 G 404 404
109 Gambia 375 A 404 404
110 Gambia 376 G 404 404
111 Gambia 377 G 404 404
112 Gambia 378 T 404 404
113 Gambia 379 C 404 404
114 Gambia 380 T 404 404
115 Gambia 381 T 404 404
116 Gambia 382 A 404 404
117 Gambia 383 T 404 403
118 Gambia 384 C 404 404
119 Gambia 385 A 404 404
120 Gambia 386 G 404 404
121 Gambia 387 A 404 404
122 Gambia 388 G 404 404
123 Gambia 389 G 404 404
124 Gambia 390 C 404 404
125 Gambia 391 A 404 404
126 Gambia 392 C 404 404
127 Gambia 393 G 404 404
128 Gambia 394 T 404 404
129 Gambia 395 C 404 404
130 Gambia 396 A 404 404
131 Gambia 397 A 404 404
132 Gambia 398 C 404 404
133 Gambia 399 A 404 404
134 Gambia 400 T 404 404
135 Gambia 401 C 404 404
136 Gambia 402 T 404 404
137 Gambia 403 T 404 404
138 Gambia 404 A 404 404
139 Gambia 405 A 404 404
140 Gambia 406 A 404 404
141 Gambia 407 G 404 404
142 Gambia 408 A 404 404
143 Gambia 409 T 404 404
144 Gambia 410 G 404 404
145 Gambia 411 G 404 404
146 Gambia 412 C 404 404
147 Gambia 413 A 404 404
148 Gambia 414 C 404 404
149 Gambia 415 T 404 404
150 Gambia 416 T 404 404
151 Gambia 417 G 404 404
152 Gambia 418 T 404 404
153 Gambia 419 G 404 404
154 Gambia 420 G 404 404
155 Gambia 421 C 404 404
156 Gambia 422 T 404 404
157 Gambia 423 T 404 404
158 Gambia 424 A T 404 403 Leu53Phe
159 Gambia 425 G 404 404
160 Gambia 426 T 404 404
161 Gambia 427 A 404 404
162 Gambia 428 G 404 404
163 Gambia 429 A 404 404
164 Gambia 430 A 404 404
165 Gambia 431 G 404 404
166 Gambia 432 T 404 404
167 Gambia 433 T 404 404
168 Gambia 434 G 404 404
169 Gambia 435 A 404 404
170 Gambia 436 A 404 404
171 Gambia 437 A 404 404
172 Gambia 438 A 404 404
173 Gambia 439 A 404 404
174 Gambia 440 G 404 404
175 Gambia 441 G 404 404
176 Gambia 442 C 404 404
177 Gambia 443 G 404 404
178 Gambia 444 T 404 404
179 Gambia 445 T 404 404
180 Gambia 446 T 404 404
181 Gambia 447 T 404 404
182 Gambia 448 G 404 404
183 Gambia 449 C 404 404
184 Gambia 450 C 404 404
185 Gambia 451 T 404 404
186 Gambia 452 C 404 404
187 Gambia 453 A 404 404
188 Gambia 454 A 404 404
189 Gambia 455 C 404 404
190 Gambia 456 T 404 404
191 Gambia 457 T 404 404
192 Gambia 458 G 404 404
193 Gambia 459 A 404 404
194 Gambia 460 A 404 404
195 Gambia 461 C 404 404
196 Gambia 462 A 404 404
197 Gambia 463 G 404 404
198 Gambia 464 C 404 404
199 Gambia 465 C 404 404
200 Gambia 466 C 404 404
201 Gambia 467 T 404 404
202 Gambia 468 A 404 404
203 Gambia 469 T 404 404
204 Gambia 470 G 404 404
205 Gambia 471 T 404 404
206 Gambia 472 G 404 404
207 Gambia 473 T 404 404
208 Gambia 474 T 404 404
209 Gambia 475 C 404 404
210 Gambia 476 A 404 404
211 Gambia 477 T 404 404
212 Gambia 478 C 404 403
213 Gambia 479 A 404 404
214 Gambia 480 A 404 404
215 Gambia 481 A 404 404
216 Gambia 482 C 404 404
217 Gambia 483 G 404 404
218 Gambia 484 T 404 404
219 Gambia 485 T 404 404
220 Gambia 486 C 404 404
221 Gambia 487 G 404 404
222 Gambia 488 G 404 404
223 Gambia 489 A 404 404
224 Gambia 490 T 404 404
225 Gambia 491 G 404 404
226 Gambia 492 C 404 404
227 Gambia 493 T 404 403
228 Gambia 494 C 404 403
229 Gambia 495 G 404 403
230 Gambia 496 A 404 404
231 Gambia 497 A 404 404
232 Gambia 498 C 404 404
233 Gambia 499 T 404 404
234 Gambia 500 G 404 404
235 Gambia 501 C 404 404
236 Gambia 502 A 404 404
237 Gambia 503 C 404 404
238 Gambia 504 C 404 404
239 Gambia 505 T 394 394
240 Gambia 506 C 394 394
241 Gambia 507 A 394 394
242 Gambia 508 T 394 394
243 Gambia 509 G 394 394
244 Gambia 510 G 394 394
245 Gambia 511 T 394 394
246 Gambia 512 C 394 393
247 Gambia 513 A 394 393
248 Gambia 514 T 394 393
249 Gambia 515 G 394 394
250 Gambia 516 T 394 394
251 Gambia 517 T 394 394
252 Gambia 518 A 394 393
253 Gambia 519 T 394 393
254 Gambia 520 G 394 393
255 Gambia 521 G 394 393
256 Gambia 522 T 394 393
257 Gambia 523 T 394 393
258 Gambia 524 G 394 394
259 Gambia 525 A 394 394
260 Gambia 526 G 394 394
261 Gambia 527 C 394 394
262 Gambia 528 T 394 394
263 Gambia 529 G 394 394
264 Gambia 530 G 394 394
265 Gambia 531 T 394 394
266 Gambia 532 A 394 394
267 Gambia 533 G 394 394
268 Gambia 534 C 394 394
269 Gambia 535 A 394 394
270 Gambia 536 G 394 394
271 Gambia 537 A 394 394
272 Gambia 538 A 394 394
273 Gambia 539 C 394 394
274 Gambia 540 T 394 394
275 Gambia 541 C 394 394
276 Gambia 542 G 394 394
277 Gambia 543 A 394 394
278 Gambia 544 A 394 394
279 Gambia 545 G 394 394
280 Gambia 546 G 394 394
281 Gambia 547 C 394 394
282 Gambia 548 A 394 394
283 Gambia 549 T 394 394
284 Gambia 550 T 394 394
285 Gambia 551 C 394 394
286 Gambia 552 A 394 394
287 Gambia 553 G 394 394
288 Gambia 554 T 394 394
289 Gambia 555 A 394 394
290 Gambia 556 C 394 394
291 Gambia 557 G 394 394
292 Gambia 558 G 394 394
293 Gambia 559 T 394 394
294 Gambia 560 C 394 394
295 Gambia 561 G 394 394
296 Gambia 562 T 394 394
297 Gambia 563 A 394 394
298 Gambia 564 G 394 394
299 Gambia 565 T 404 404
300 Gambia 566 G 404 404
301 Gambia 567 G 404 404
302 Gambia 568 T 404 404
303 Gambia 569 G 404 404
304 Gambia 570 A 404 404
305 Gambia 571 G 404 404
306 Gambia 572 A 404 404
307 Gambia 573 C 404 404
308 Gambia 574 A 404 404
309 Gambia 575 C 404 404
310 Gambia 576 T 404 404
311 Gambia 577 T 404 404
312 Gambia 578 G 404 404
313 Gambia 579 G 404 404
314 Gambia 580 T 404 404
315 Gambia 581 G 404 404
316 Gambia 582 T 404 404
317 Gambia 583 C 404 404
318 Gambia 584 C 404 404
319 Gambia 585 T 404 404
320 Gambia 586 T 404 404
321 Gambia 587 G 404 404
322 Gambia 588 T 404 404
323 Gambia 589 C 404 404
324 Gambia 590 C 404 404
325 Gambia 591 C 404 404
326 Gambia 592 T 404 404
327 Gambia 593 C 404 404
328 Gambia 594 A 404 404
329 Gambia 595 T 404 404
330 Gambia 596 G 404 404
331 Gambia 597 T 404 404
332 Gambia 598 G 404 404
333 Gambia 599 G 404 404
334 Gambia 600 G 404 404
335 Gambia 601 C T 404 403 Gly112Gly
336 Gambia 602 G 404 404
337 Gambia 603 A 404 404
338 Gambia 604 A 404 404
339 Gambia 605 A 404 404
340 Gambia 606 T 404 404
341 Gambia 607 A 404 404
342 Gambia 608 C 404 404
343 Gambia 609 C 404 404
344 Gambia 610 A 404 404
345 Gambia 611 G 404 404
346 Gambia 612 T 404 404
347 Gambia 613 G 404 404
348 Gambia 614 G 404 404
349 Gambia 615 C 404 404
350 Gambia 616 T 404 404
351 Gambia 617 T 404 404
352 Gambia 618 A 404 404
353 Gambia 619 C 404 404
354 Gambia 620 C 404 404
355 Gambia 621 G 404 404
356 Gambia 622 C 404 404
357 Gambia 623 A 404 404
358 Gambia 624 A 404 404
359 Gambia 625 G 404 404
360 Gambia 626 G 404 404
361 Gambia 627 T 404 404
362 Gambia 628 T 404 404
363 Gambia 629 C 404 404
364 Gambia 630 T 404 404
365 Gambia 631 T 404 404
366 Gambia 632 C 404 404
367 Gambia 633 T 404 404
368 Gambia 634 T 404 404
369 Gambia 635 C 404 404
370 Gambia 636 G 404 404
371 Gambia 637 T 404 404
372 Gambia 638 A 404 404
373 Gambia 639 A 404 404
374 Gambia 640 G 404 404
375 Gambia 641 A 404 404
376 Gambia 642 A 404 404
377 Gambia 643 C 404 404
378 Gambia 644 G 404 404
379 Gambia 645 G 404 404
380 Gambia 646 T 404 404
381 Gambia 647 A 404 404
382 Gambia 648 A 404 404
383 Gambia 649 T 404 404
384 Gambia 650 A 404 404
385 Gambia 651 A 404 404
386 Gambia 652 A 404 404
387 Gambia 653 G 404 404
388 Gambia 654 G 404 404
389 Gambia 655 A 404 404
390 Gambia 656 G A 404 402 Ala131Thr
391 Gambia 657 C 404 404
392 Gambia 658 T 404 404
393 Gambia 659 G 404 404
394 Gambia 660 G 404 404
395 Gambia 661 T 404 404
396 Gambia 662 G 404 404
397 Gambia 663 G 404 404
398 Gambia 664 C 404 404
399 Gambia 665 C 427 427
400 Gambia 666 A 427 427
401 Gambia 667 T 427 427
402 Gambia 668 A 427 427
403 Gambia 669 G 427 427
404 Gambia 670 T 427 427
405 Gambia 671 T 427 427
406 Gambia 672 A 427 427
407 Gambia 673 C 427 427
408 Gambia 674 G 427 427
409 Gambia 675 G 427 427
410 Gambia 676 C 427 427
411 Gambia 677 G 427 427
412 Gambia 678 C 427 427
413 Gambia 679 C 427 427
414 Gambia 680 G 427 427
415 Gambia 681 A 427 427
416 Gambia 682 T 427 427
417 Gambia 683 C 427 427
418 Gambia 684 T 427 427
419 Gambia 685 A 427 427
420 Gambia 686 A 427 427
421 Gambia 687 A 427 427
422 Gambia 688 G 427 427
423 Gambia 689 T 427 427
424 Gambia 690 C 427 427
425 Gambia 691 A 427 427
426 Gambia 692 T 427 427
427 Gambia 693 T 427 427
428 Gambia 694 T 427 427
429 Gambia 695 G 427 427
430 Gambia 696 A 427 427
431 Gambia 697 C 427 427
432 Gambia 698 T 427 427
433 Gambia 699 T 427 427
434 Gambia 700 A 427 427
435 Gambia 701 G 427 427
436 Gambia 702 G 427 427
437 Gambia 703 C 427 427
438 Gambia 704 G 427 427
439 Gambia 705 A 427 427
440 Gambia 706 C 427 427
441 Gambia 707 G 427 427
442 Gambia 708 A 427 427
443 Gambia 709 G 427 427
444 Gambia 710 C 427 427
445 Gambia 711 T 427 427
446 Gambia 712 T 427 427
447 Gambia 713 G 427 427
448 Gambia 714 G 427 427
449 Gambia 715 C 427 427
450 Gambia 716 A 427 427
451 Gambia 717 C 427 427
452 Gambia 718 T 427 427
453 Gambia 719 G 427 427
454 Gambia 720 A 427 427
455 Gambia 721 T 427 427
456 Gambia 722 C 427 427
457 Gambia 723 C 427 427
458 Gambia 724 T 427 427
459 Gambia 725 T 427 427
460 Gambia 726 A 427 427
461 Gambia 727 T 427 427
462 Gambia 728 G 427 427
463 Gambia 729 A 427 427
464 Gambia 730 A 427 427
465 Gambia 731 G 427 427
466 Gambia 732 A 427 427
467 Gambia 733 T 427 427
468 Gambia 734 T 427 427
469 Gambia 735 T 427 427
470 Gambia 736 T 427 427
471 Gambia 737 C 427 427
472 Gambia 738 A 427 427
473 Gambia 739 A 427 427
474 Gambia 740 G 427 427
475 Gambia 741 A 427 427
476 Gambia 742 A 427 427
477 Gambia 743 A 427 427
478 Gambia 744 A 427 427
479 Gambia 745 C 427 427
480 Gambia 746 T 427 427
481 Gambia 747 G 427 427
482 Gambia 748 G 427 427
483 Gambia 749 A 427 427
484 Gambia 750 A 427 427
485 Gambia 751 C 427 427
486 Gambia 752 A 427 427
487 Gambia 753 C 427 427
488 Gambia 754 T 427 427
489 Gambia 755 A 427 427
490 Gambia 756 A 427 427
491 Gambia 757 A 427 427
492 Gambia 758 C 427 427
493 Gambia 759 A 427 427
494 Gambia 760 T 427 427
495 Gambia 761 A 427 427
496 Gambia 762 G 427 427
497 Gambia 763 C 427 427
498 Gambia 764 A 427 427
499 Gambia 765 G 427 427
500 Gambia 766 T 427 427
501 Gambia 767 G 427 427
502 Gambia 768 G 427 427
503 Gambia 769 T 427 427
504 Gambia 770 G 427 427
505 Gambia 771 T 427 427
506 Gambia 772 T 427 427
507 Gambia 773 A 427 427
508 Gambia 774 C 427 427
509 Gambia 775 C 427 427
510 Gambia 776 C 427 427
511 Gambia 777 G 427 427
512 Gambia 778 T 427 427
513 Gambia 779 G 427 427
514 Gambia 780 A 427 427
515 Gambia 781 A 427 427
516 Gambia 782 C 427 427
517 Gambia 783 T 427 427
518 Gambia 784 C 427 427
519 Gambia 785 A 427 427
520 Gambia 786 T 427 427
521 Gambia 787 G 427 427
522 Gambia 788 C 427 427
523 Gambia 789 G 427 427
524 Gambia 790 T 427 427
525 Gambia 791 G 427 427
526 Gambia 792 A 427 427
527 Gambia 793 G 427 427
528 Gambia 794 C 427 427
529 Gambia 795 T 427 427
530 Gambia 796 T 427 427
531 Gambia 797 A 427 427
532 Gambia 798 A 427 427
533 Gambia 799 C 427 427
534 Gambia 800 G 427 427
535 Gambia 801 G 427 427
536 Gambia 802 A 427 427
537 Gambia 803 G 427 427
538 Gambia 804 G 427 427
539 Gambia 805 G 427 427