National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
-   540                                        
?                                            
A   21                                        
C   3                                        
D   27                                        
E   54                 1                      
F   15                   1                    
G   66   1       1                   1        
H   21             1                          
I   9                                        
K   27                             1          
L   63         1         3                    
M   9                                   1    
N   18                       1                
P   24                                        
Q   21                                        
R   30   3                                    
S   30                         1     2        
T   21                                        
V   63         1     1                   3    
W   3                                        
Y   15                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Finland 266 A 995 995
1 Finland 267 T 995 995
2 Finland 268 G 995 995
3 Finland 269 G A 995 994 Glu2Lys
4 Finland 270 A 995 995
5 Finland 271 G 995 995
6 Finland 272 A 995 995
7 Finland 273 G 995 995
8 Finland 274 C 995 995
9 Finland 275 C 995 995
10 Finland 276 T 995 995
11 Finland 277 T 995 995
12 Finland 278 G A 995 994 Val5Ile
13 Finland 279 T 995 995
14 Finland 280 C 995 995
15 Finland 281 C 995 995
16 Finland 282 C 995 995
17 Finland 283 T 995 995
18 Finland 284 G 995 995
19 Finland 285 G 995 995
20 Finland 286 T 995 995
21 Finland 287 T C 995 994 Phe8Leu
22 Finland 288 T 995 995
23 Finland 289 C 995 995
24 Finland 290 A 995 995
25 Finland 291 A 995 995
26 Finland 292 C 995 995
27 Finland 293 G 995 995
28 Finland 294 A 995 995
29 Finland 295 G 995 995
30 Finland 296 A 995 995
31 Finland 297 A 995 995
32 Finland 298 A 995 995
33 Finland 299 A 995 995
34 Finland 300 C 995 995
35 Finland 301 A 995 995
36 Finland 302 C 995 995
37 Finland 303 A 995 995
38 Finland 304 C 995 995
39 Finland 305 G 995 995
40 Finland 306 T 995 995
41 Finland 307 C 995 995
42 Finland 308 C 995 995
43 Finland 309 A 995 995
44 Finland 310 A 995 995
45 Finland 311 C 995 995
46 Finland 312 T 995 995
47 Finland 313 C T 995 975 Leu16Leu
48 Finland 314 A 995 995
49 Finland 315 G 995 995
50 Finland 316 T 995 995
51 Finland 317 T 995 995
52 Finland 318 T 995 995
53 Finland 319 G 995 995
54 Finland 320 C 995 995
55 Finland 321 C 995 995
56 Finland 322 T 995 995
57 Finland 323 G 995 995
58 Finland 324 T 995 995
59 Finland 325 T 995 995
60 Finland 326 T 995 995
61 Finland 327 T 995 995
62 Finland 328 A 995 995
63 Finland 329 C 995 995
64 Finland 330 A 995 995
65 Finland 331 G 995 995
66 Finland 332 G 995 995
67 Finland 333 T 995 995
68 Finland 334 T 995 995
69 Finland 335 C T 995 993 Arg24Cys
70 Finland 336 G 995 995
71 Finland 337 C 995 995
72 Finland 338 G 995 995
73 Finland 339 A 995 995
74 Finland 340 C 995 995
75 Finland 341 G 995 995
76 Finland 342 T 995 995
77 Finland 343 G 995 995
78 Finland 344 C T 995 994 Leu27Phe
79 Finland 345 T 995 995
80 Finland 346 C T 995 992 Leu27Leu
81 Finland 347 G 995 995
82 Finland 348 T 995 995
83 Finland 349 A 995 995
84 Finland 350 C 995 995
85 Finland 351 G 995 995
86 Finland 352 T 995 995
87 Finland 353 G 995 995
88 Finland 354 G 995 995
89 Finland 355 C 995 995
90 Finland 356 T 995 995
91 Finland 357 T 995 995
92 Finland 358 T 995 995
93 Finland 359 G 995 995
94 Finland 360 G 995 995
95 Finland 361 A 995 995
96 Finland 362 G 995 995
97 Finland 363 A 995 995
98 Finland 364 C 995 995
99 Finland 365 T 995 995
100 Finland 366 C 995 995
101 Finland 367 C 995 995
102 Finland 368 G 995 995
103 Finland 369 T 995 995
104 Finland 370 G 995 995
105 Finland 371 G 995 995
106 Finland 372 A 995 995
107 Finland 373 G 995 995
108 Finland 374 G 995 995
109 Finland 375 A 995 995
110 Finland 376 G 995 995
111 Finland 377 G 995 995
112 Finland 378 T 995 995
113 Finland 379 C 995 995
114 Finland 380 T 995 995
115 Finland 381 T 995 995
116 Finland 382 A 995 995
117 Finland 383 T C 995 994 Ser40Pro
118 Finland 384 C 995 995
119 Finland 385 A 995 995
120 Finland 386 G 995 995
121 Finland 387 A 995 995
122 Finland 388 G 995 995
123 Finland 389 G 995 995
124 Finland 390 C 995 995
125 Finland 391 A 995 995
126 Finland 392 C 995 995
127 Finland 393 G 995 995
128 Finland 394 T 995 995
129 Finland 395 C 995 995
130 Finland 396 A 995 995
131 Finland 397 A 995 995
132 Finland 398 C 995 995
133 Finland 399 A 995 995
134 Finland 400 T 995 995
135 Finland 401 C 995 995
136 Finland 402 T 995 995
137 Finland 403 T 995 995
138 Finland 404 A 995 995
139 Finland 405 A 995 995
140 Finland 406 A 995 995
141 Finland 407 G 995 995
142 Finland 408 A 995 995
143 Finland 409 T 995 995
144 Finland 410 G 995 995
145 Finland 411 G 995 995
146 Finland 412 C 995 995
147 Finland 413 A 995 995
148 Finland 414 C 995 995
149 Finland 415 T 995 995
150 Finland 416 T 995 995
151 Finland 417 G 995 995
152 Finland 418 T 995 995
153 Finland 419 G 995 995
154 Finland 420 G 995 995
155 Finland 421 C 995 995
156 Finland 422 T 995 995
157 Finland 423 T 995 995
158 Finland 424 A 995 995
159 Finland 425 G 995 995
160 Finland 426 T 995 995
161 Finland 427 A 995 995
162 Finland 428 G 995 995
163 Finland 429 A 995 995
164 Finland 430 A 995 995
165 Finland 431 G 995 995
166 Finland 432 T 995 995
167 Finland 433 T 995 995
168 Finland 434 G 995 995
169 Finland 435 A 995 995
170 Finland 436 A 995 995
171 Finland 437 A 995 995
172 Finland 438 A G 995 994 Lys58Arg
173 Finland 439 A 995 995
174 Finland 440 G T,A 995 993 Gly59Cys-p.Gly59Ser
175 Finland 441 G 995 995
176 Finland 442 C 995 995
177 Finland 443 G 995 995
178 Finland 444 T 995 995
179 Finland 445 T C 995 986 Val60Val
180 Finland 446 T 995 995
181 Finland 447 T 995 995
182 Finland 448 G 995 995
183 Finland 449 C 995 995
184 Finland 450 C 995 995
185 Finland 451 T 995 995
186 Finland 452 C 995 995
187 Finland 453 A 995 995
188 Finland 454 A 995 995
189 Finland 455 C 995 995
190 Finland 456 T 995 995
191 Finland 457 T 995 995
192 Finland 458 G 995 995
193 Finland 459 A 995 995
194 Finland 460 A 995 995
195 Finland 461 C 995 995
196 Finland 462 A 995 995
197 Finland 463 G 995 995
198 Finland 464 C 995 995
199 Finland 465 C 995 995
200 Finland 466 C 995 995
201 Finland 467 T 995 995
202 Finland 468 A 995 995
203 Finland 469 T 995 995
204 Finland 470 G 995 995
205 Finland 471 T 995 995
206 Finland 472 G 995 995
207 Finland 473 T 995 995
208 Finland 474 T 995 995
209 Finland 475 C 995 995
210 Finland 476 A 995 995
211 Finland 477 T 995 995
212 Finland 478 C 995 995
213 Finland 479 A 995 995
214 Finland 480 A 995 995
215 Finland 481 A 995 995
216 Finland 482 C 995 995
217 Finland 483 G 995 995
218 Finland 484 T 995 995
219 Finland 485 T 995 995
220 Finland 486 C 995 995
221 Finland 487 G T 995 994 Ser74Ser
222 Finland 488 G 995 995
223 Finland 489 A 995 995
224 Finland 490 T 995 995
225 Finland 491 G 995 995
226 Finland 492 C 995 995
227 Finland 493 T 995 995
228 Finland 494 C 995 995
229 Finland 495 G 995 995
230 Finland 496 A 995 995
231 Finland 497 A 995 995
232 Finland 498 C 995 995
233 Finland 499 T 995 995
234 Finland 500 G 995 995
235 Finland 501 C 995 995
236 Finland 502 A 995 995
237 Finland 503 C 995 995
238 Finland 504 C 995 995
239 Finland 505 T 993 993
240 Finland 506 C 993 993
241 Finland 507 A 993 993
242 Finland 508 T 993 993
243 Finland 509 G 993 992
244 Finland 510 G 993 992
245 Finland 511 T 993 992
246 Finland 512 C 993 992
247 Finland 513 A 993 992
248 Finland 514 T C 993 991 His83His
249 Finland 515 G 993 991
250 Finland 516 T 993 991
251 Finland 517 T 993 991
252 Finland 518 A G 993 991 Met85Val
253 Finland 519 T 993 992
254 Finland 520 G 993 992
255 Finland 521 G T 993 992 Val86Phe
256 Finland 522 T 993 993
257 Finland 523 T 993 993
258 Finland 524 G 993 993
259 Finland 525 A 993 993
260 Finland 526 G 993 993
261 Finland 527 C 993 993
262 Finland 528 T 993 993
263 Finland 529 G 993 993
264 Finland 530 G 993 993
265 Finland 531 T 993 993
266 Finland 532 A 993 993
267 Finland 533 G 993 993
268 Finland 534 C 993 993
269 Finland 535 A 993 993
270 Finland 536 G 993 993
271 Finland 537 A 993 993
272 Finland 538 A 993 993
273 Finland 539 C 993 993
274 Finland 540 T 993 993
275 Finland 541 C 993 993
276 Finland 542 G 993 993
277 Finland 543 A 993 993
278 Finland 544 A 993 993
279 Finland 545 G 993 993
280 Finland 546 G 993 993
281 Finland 547 C 993 993
282 Finland 548 A 993 993
283 Finland 549 T 993 993
284 Finland 550 T 993 993
285 Finland 551 C 993 993
286 Finland 552 A 993 993
287 Finland 553 G 993 993
288 Finland 554 T 993 993
289 Finland 555 A 993 993
290 Finland 556 C 993 993
291 Finland 557 G 993 993
292 Finland 558 G 993 993
293 Finland 559 T 993 993
294 Finland 560 C 993 993
295 Finland 561 G 993 993
296 Finland 562 T 993 993
297 Finland 563 A 993 993
298 Finland 564 G 993 993
299 Finland 565 T 995 995
300 Finland 566 G 995 995
301 Finland 567 G 995 995
302 Finland 568 T 995 995
303 Finland 569 G 995 995
304 Finland 570 A 995 995
305 Finland 571 G 995 995
306 Finland 572 A 995 995
307 Finland 573 C 995 995
308 Finland 574 A 995 995
309 Finland 575 C 995 995
310 Finland 576 T 995 995
311 Finland 577 T 995 995
312 Finland 578 G 995 995
313 Finland 579 G 995 995
314 Finland 580 T 995 995
315 Finland 581 G 995 995
316 Finland 582 T 995 995
317 Finland 583 C 995 995
318 Finland 584 C 995 995
319 Finland 585 T 995 995
320 Finland 586 T 995 995
321 Finland 587 G 995 995
322 Finland 588 T 995 995
323 Finland 589 C T 995 983 Val108Val
324 Finland 590 C 995 995
325 Finland 591 C 995 995
326 Finland 592 T 995 995
327 Finland 593 C 995 995
328 Finland 594 A 995 995
329 Finland 595 T 995 995
330 Finland 596 G 995 995
331 Finland 597 T 995 995
332 Finland 598 G 995 995
333 Finland 599 G 995 995
334 Finland 600 G 995 995
335 Finland 601 C T 995 994 Gly112Gly
336 Finland 602 G 995 995
337 Finland 603 A 995 995
338 Finland 604 A 995 995
339 Finland 605 A 995 995
340 Finland 606 T 995 995
341 Finland 607 A 995 995
342 Finland 608 C 995 995
343 Finland 609 C 995 995
344 Finland 610 A 995 995
345 Finland 611 G 995 995
346 Finland 612 T 995 995
347 Finland 613 G 995 995
348 Finland 614 G 995 995
349 Finland 615 C 995 995
350 Finland 616 T 995 995
351 Finland 617 T 995 995
352 Finland 618 A 995 995
353 Finland 619 C 995 995
354 Finland 620 C T 995 993 Arg119Cys
355 Finland 621 G 995 995
356 Finland 622 C 995 995
357 Finland 623 A 995 995
358 Finland 624 A 995 995
359 Finland 625 G 995 995
360 Finland 626 G 995 995
361 Finland 627 T 995 995
362 Finland 628 T 995 995
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