National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
-   540                                        
?                                            
A   21                                        
C   3                                        
D   27                                        
E   54                                        
F   15                                        
G   66                                        
H   21                                        
I   9                                        
K   27                                        
L   63                                        
M   9                                        
N   18                                        
P   24                                        
Q   21                                        
R   30                                        
S   30                                        
T   21                                        
V   63                                        
W   3                                        
Y   15                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Estonia 266 A 20 20
1 Estonia 267 T 20 20
2 Estonia 268 G 20 20
3 Estonia 269 G 20 20
4 Estonia 270 A 20 20
5 Estonia 271 G 20 20
6 Estonia 272 A 20 20
7 Estonia 273 G 20 20
8 Estonia 274 C 20 20
9 Estonia 275 C 20 20
10 Estonia 276 T 20 20
11 Estonia 277 T 20 20
12 Estonia 278 G 20 20
13 Estonia 279 T 20 20
14 Estonia 280 C 20 20
15 Estonia 281 C 20 20
16 Estonia 282 C 20 20
17 Estonia 283 T 20 20
18 Estonia 284 G 20 20
19 Estonia 285 G 20 20
20 Estonia 286 T 20 20
21 Estonia 287 T 20 20
22 Estonia 288 T 20 20
23 Estonia 289 C 20 20
24 Estonia 290 A 20 20
25 Estonia 291 A 20 20
26 Estonia 292 C 20 20
27 Estonia 293 G 20 20
28 Estonia 294 A 20 20
29 Estonia 295 G 20 20
30 Estonia 296 A 20 20
31 Estonia 297 A 20 20
32 Estonia 298 A 20 20
33 Estonia 299 A 20 20
34 Estonia 300 C 20 20
35 Estonia 301 A 20 20
36 Estonia 302 C 20 20
37 Estonia 303 A 20 20
38 Estonia 304 C 20 20
39 Estonia 305 G 20 20
40 Estonia 306 T 20 20
41 Estonia 307 C 20 20
42 Estonia 308 C 20 20
43 Estonia 309 A 20 20
44 Estonia 310 A 20 20
45 Estonia 311 C 20 20
46 Estonia 312 T 20 20
47 Estonia 313 C 20 20
48 Estonia 314 A 20 20
49 Estonia 315 G 20 20
50 Estonia 316 T 20 20
51 Estonia 317 T 20 20
52 Estonia 318 T 20 20
53 Estonia 319 G 20 20
54 Estonia 320 C 20 20
55 Estonia 321 C 20 20
56 Estonia 322 T 20 20
57 Estonia 323 G 20 20
58 Estonia 324 T 20 20
59 Estonia 325 T 20 20
60 Estonia 326 T 20 20
61 Estonia 327 T 20 20
62 Estonia 328 A 20 20
63 Estonia 329 C 20 20
64 Estonia 330 A 20 20
65 Estonia 331 G 20 20
66 Estonia 332 G 20 20
67 Estonia 333 T 20 20
68 Estonia 334 T 20 20
69 Estonia 335 C 20 20
70 Estonia 336 G 20 20
71 Estonia 337 C 20 20
72 Estonia 338 G 20 20
73 Estonia 339 A 20 20
74 Estonia 340 C 20 20
75 Estonia 341 G 20 20
76 Estonia 342 T 20 20
77 Estonia 343 G 20 20
78 Estonia 344 C 20 20
79 Estonia 345 T 20 20
80 Estonia 346 C 20 20
81 Estonia 347 G 20 20
82 Estonia 348 T 20 20
83 Estonia 349 A 20 20
84 Estonia 350 C 20 20
85 Estonia 351 G 20 20
86 Estonia 352 T 20 20
87 Estonia 353 G 20 20
88 Estonia 354 G 20 20
89 Estonia 355 C 20 20
90 Estonia 356 T 20 20
91 Estonia 357 T 20 20
92 Estonia 358 T 20 20
93 Estonia 359 G 20 20
94 Estonia 360 G 20 20
95 Estonia 361 A 20 20
96 Estonia 362 G 20 20
97 Estonia 363 A 20 20
98 Estonia 364 C 20 20
99 Estonia 365 T 20 20
100 Estonia 366 C 20 20
101 Estonia 367 C 20 20
102 Estonia 368 G 20 20
103 Estonia 369 T 20 20
104 Estonia 370 G 20 20
105 Estonia 371 G 20 20
106 Estonia 372 A 20 20
107 Estonia 373 G 20 20
108 Estonia 374 G 20 20
109 Estonia 375 A 20 20
110 Estonia 376 G 20 20
111 Estonia 377 G 20 20
112 Estonia 378 T 20 20
113 Estonia 379 C 20 20
114 Estonia 380 T 20 20
115 Estonia 381 T 20 20
116 Estonia 382 A 20 20
117 Estonia 383 T 20 20
118 Estonia 384 C 20 20
119 Estonia 385 A 20 20
120 Estonia 386 G 20 20
121 Estonia 387 A 20 20
122 Estonia 388 G 20 20
123 Estonia 389 G 20 20
124 Estonia 390 C 20 20
125 Estonia 391 A 20 20
126 Estonia 392 C 20 20
127 Estonia 393 G 20 20
128 Estonia 394 T 20 20
129 Estonia 395 C 20 20
130 Estonia 396 A 20 20
131 Estonia 397 A 20 20
132 Estonia 398 C 20 20
133 Estonia 399 A 20 20
134 Estonia 400 T 20 20
135 Estonia 401 C 20 20
136 Estonia 402 T 20 20
137 Estonia 403 T 20 20
138 Estonia 404 A 20 20
139 Estonia 405 A 20 20
140 Estonia 406 A 20 20
141 Estonia 407 G 20 20
142 Estonia 408 A 20 20
143 Estonia 409 T 20 20
144 Estonia 410 G 20 20
145 Estonia 411 G 20 20
146 Estonia 412 C 20 20
147 Estonia 413 A 20 20
148 Estonia 414 C 20 20
149 Estonia 415 T 20 20
150 Estonia 416 T 20 20
151 Estonia 417 G 20 20
152 Estonia 418 T 20 20
153 Estonia 419 G 20 20
154 Estonia 420 G 20 20
155 Estonia 421 C 20 20
156 Estonia 422 T 20 20
157 Estonia 423 T 20 20
158 Estonia 424 A 20 20
159 Estonia 425 G 20 20
160 Estonia 426 T 20 20
161 Estonia 427 A 20 20
162 Estonia 428 G 20 20
163 Estonia 429 A 20 20
164 Estonia 430 A 20 20
165 Estonia 431 G 20 20
166 Estonia 432 T 20 20
167 Estonia 433 T 20 20
168 Estonia 434 G 20 20
169 Estonia 435 A 20 20
170 Estonia 436 A 20 20
171 Estonia 437 A 20 20
172 Estonia 438 A 20 20
173 Estonia 439 A 20 20
174 Estonia 440 G 20 20
175 Estonia 441 G 20 20
176 Estonia 442 C 20 20
177 Estonia 443 G 20 20
178 Estonia 444 T 20 20
179 Estonia 445 T 20 20
180 Estonia 446 T 20 20
181 Estonia 447 T 20 20
182 Estonia 448 G 20 20
183 Estonia 449 C 20 20
184 Estonia 450 C 20 20
185 Estonia 451 T 20 20
186 Estonia 452 C 20 20
187 Estonia 453 A 20 20
188 Estonia 454 A 20 20
189 Estonia 455 C 20 20
190 Estonia 456 T 20 20
191 Estonia 457 T 20 20
192 Estonia 458 G 20 20
193 Estonia 459 A 20 20
194 Estonia 460 A 20 20
195 Estonia 461 C 20 20
196 Estonia 462 A 20 20
197 Estonia 463 G 20 20
198 Estonia 464 C 20 20
199 Estonia 465 C 20 20
200 Estonia 466 C 20 20
201 Estonia 467 T 20 20
202 Estonia 468 A 20 20
203 Estonia 469 T 20 20
204 Estonia 470 G 20 20
205 Estonia 471 T 20 20
206 Estonia 472 G 20 20
207 Estonia 473 T 20 20
208 Estonia 474 T 20 20
209 Estonia 475 C 20 20
210 Estonia 476 A 20 20
211 Estonia 477 T 20 20
212 Estonia 478 C 20 20
213 Estonia 479 A 20 20
214 Estonia 480 A 20 20
215 Estonia 481 A 20 20
216 Estonia 482 C 20 20
217 Estonia 483 G 20 20
218 Estonia 484 T 20 20
219 Estonia 485 T 20 20
220 Estonia 486 C 20 20
221 Estonia 487 G 20 20
222 Estonia 488 G 20 20
223 Estonia 489 A 20 20
224 Estonia 490 T 20 20
225 Estonia 491 G 20 20
226 Estonia 492 C 20 20
227 Estonia 493 T 20 20
228 Estonia 494 C 20 20
229 Estonia 495 G 20 20
230 Estonia 496 A 20 20
231 Estonia 497 A 20 20
232 Estonia 498 C 20 20
233 Estonia 499 T 20 20
234 Estonia 500 G 20 20
235 Estonia 501 C 20 20
236 Estonia 502 A 20 20
237 Estonia 503 C 20 20
238 Estonia 504 C 20 20
239 Estonia 505 T 19 19
240 Estonia 506 C 19 19
241 Estonia 507 A 19 19
242 Estonia 508 T 19 19
243 Estonia 509 G 19 19
244 Estonia 510 G 19 19
245 Estonia 511 T 19 19
246 Estonia 512 C 19 19
247 Estonia 513 A 19 19
248 Estonia 514 T 19 19
249 Estonia 515 G 19 19
250 Estonia 516 T 19 19
251 Estonia 517 T 19 19
252 Estonia 518 A 19 19
253 Estonia 519 T 19 19
254 Estonia 520 G 19 19
255 Estonia 521 G 19 19
256 Estonia 522 T 19 19
257 Estonia 523 T 19 19
258 Estonia 524 G 19 19
259 Estonia 525 A 19 19
260 Estonia 526 G 19 19
261 Estonia 527 C 19 19
262 Estonia 528 T 19 19
263 Estonia 529 G 19 19
264 Estonia 530 G 19 19
265 Estonia 531 T 19 19
266 Estonia 532 A 19 19
267 Estonia 533 G 19 19
268 Estonia 534 C 19 19
269 Estonia 535 A 19 19
270 Estonia 536 G 19 19
271 Estonia 537 A 19 19
272 Estonia 538 A 19 19
273 Estonia 539 C 19 19
274 Estonia 540 T 19 19
275 Estonia 541 C 19 19
276 Estonia 542 G 19 19
277 Estonia 543 A 19 19
278 Estonia 544 A 19 19
279 Estonia 545 G 19 19
280 Estonia 546 G 19 19
281 Estonia 547 C 19 19
282 Estonia 548 A 19 19
283 Estonia 549 T 19 19
284 Estonia 550 T 19 19
285 Estonia 551 C 19 19
286 Estonia 552 A 19 19
287 Estonia 553 G 19 19
288 Estonia 554 T 19 19
289 Estonia 555 A 19 19
290 Estonia 556 C 19 19
291 Estonia 557 G 19 19
292 Estonia 558 G 19 19
293 Estonia 559 T 19 19
294 Estonia 560 C 19 19
295 Estonia 561 G 19 19
296 Estonia 562 T 19 19
297 Estonia 563 A 19 19
298 Estonia 564 G 19 19
299 Estonia 565 T 20 20
300 Estonia 566 G 20 20
301 Estonia 567 G 20 20
302 Estonia 568 T 20 20
303 Estonia 569 G 20 20
304 Estonia 570 A 20 20
305 Estonia 571 G 20 20
306 Estonia 572 A 20 20
307 Estonia 573 C 20 20
308 Estonia 574 A 20 20
309 Estonia 575 C 20 20
310 Estonia 576 T 20 20
311 Estonia 577 T 20 20
312 Estonia 578 G 20 20
313 Estonia 579 G 20 20
314 Estonia 580 T 20 20
315 Estonia 581 G 20 20
316 Estonia 582 T 20 20
317 Estonia 583 C 20 20
318 Estonia 584 C 20 20
319 Estonia 585 T 20 20
320 Estonia 586 T 20 20
321 Estonia 587 G 20 20
322 Estonia 588 T 20 20
323 Estonia 589 C 20 20
324 Estonia 590 C 20 20
325 Estonia 591 C 20 20
326 Estonia 592 T 20 20
327 Estonia 593 C 20 20
328 Estonia 594 A 20 20
329 Estonia 595 T 20 20
330 Estonia 596 G 20 20
331 Estonia 597 T 20 20
332 Estonia 598 G 20 20
333 Estonia 599 G 20 20
334 Estonia 600 G 20 20
335 Estonia 601 C 20 20
336 Estonia 602 G 20 20
337 Estonia 603 A 20 20
338 Estonia 604 A 20 20
339 Estonia 605 A 20 20
340 Estonia 606 T 20 20
341 Estonia 607 A 20 20
342 Estonia 608 C 20 20
343 Estonia 609 C 20 20
344 Estonia 610 A 20 20
345 Estonia 611 G 20 20
346 Estonia 612 T 20 20
347 Estonia 613 G 20 20
348 Estonia 614 G 20 20
349 Estonia 615 C 20 20
350 Estonia 616 T 20 20
351 Estonia 617 T 20 20
352 Estonia 618 A 20 20
353 Estonia 619 C 20 20
354 Estonia 620 C 20 20
355 Estonia 621 G 20 20
356 Estonia 622 C 20 20
357 Estonia 623 A 20 20
358 Estonia 624 A 20 20
359 Estonia 625 G 20 20
360 Estonia 626 G 20 20
361 Estonia 627 T 20 20
362 Estonia 628 T 20 20
363 Estonia 629 C 20 20
364 Estonia 630 T 20 20
365 Estonia 631 T 20 20
366 Estonia 632 C 20 20
367 Estonia 633 T 20 20
368 Estonia 634 T 20 20
369 Estonia 635 C 20 20
370 Estonia 636 G 20 20
371 Estonia 637 T 20 20
372 Estonia 638 A 20 20
373 Estonia 639 A 20 20
374 Estonia 640 G 20 20
375 Estonia 641 A 20 20
376 Estonia 642 A 20 20
377 Estonia 643 C 20 20
378 Estonia 644 G 20 20
379 Estonia 645 G 20 20
380 Estonia 646 T 20 20
381 Estonia 647 A 20 20
382 Estonia 648 A 20 20
383 Estonia 649 T 20 20
384 Estonia 650 A 20 20
385 Estonia 651 A 20 20
386 Estonia 652 A 20 20
387 Estonia 653 G 20 20
388 Estonia 654 G 20 20
389 Estonia 655 A 20 20
390 Estonia 656 G 20 20
391 Estonia 657 C 20 20
392 Estonia 658 T 20 20
393 Estonia 659 G 20 20
394 Estonia 660 G 20 20
395 Estonia 661 T 20 20
396 Estonia 662 G 20 20
397 Estonia 663 G 20 20
398 Estonia 664 C 20 20
399 Estonia 665 C 20 20
400 Estonia 666 A 20 20
401 Estonia 667 T 20 20
402 Estonia 668 A 20 20
403 Estonia 669 G 20 20
404 Estonia 670 T 20 20
405 Estonia 671 T 20 20
406 Estonia 672 A 20 20
407 Estonia 673 C 20 20
408 Estonia 674 G 20 20
409 Estonia 675 G 20 20
410 Estonia 676 C 20 20
411 Estonia 677 G 20 20
412 Estonia 678 C 20 20
413 Estonia 679 C 20 20
414 Estonia 680 G 20 20
415 Estonia 681 A 20 20
416 Estonia 682 T 20 20
417 Estonia 683 C 20 20
418 Estonia 684 T 20 20
419 Estonia 685 A 20 20
420 Estonia 686 A 20 20
421 Estonia 687 A 20 20
422 Estonia 688 G 20 20
423 Estonia 689 T 20 20
424 Estonia 690 C 20 20
425 Estonia 691 A 20 20
426 Estonia 692 T 20 20
427 Estonia 693 T 20 20
428 Estonia 694 T 20 20
429 Estonia 695 G 20 20
430 Estonia 696 A 20 20
431 Estonia 697 C 20 20
432 Estonia 698 T 20 20
433 Estonia 699 T 20 20
434 Estonia 700 A 20 20
435 Estonia 701 G 20 20
436 Estonia 702 G 20 20
437 Estonia 703 C 20 20
438 Estonia 704 G 20 20
439 Estonia 705 A 20 20
440 Estonia 706 C 20 20
441 Estonia 707 G 20 20
442 Estonia 708 A 20 20
443 Estonia 709 G 20 20
444 Estonia 710 C 20 20
445 Estonia 711 T 20 20
446 Estonia 712 T 20 20
447 Estonia 713 G 20 20
448 Estonia 714 G 20 20
449 Estonia 715 C 20 20
450 Estonia 716 A 20 20
451 Estonia 717 C 20 20
452 Estonia 718 T 20 20
453 Estonia 719 G 20 20
454 Estonia 720 A 20 20
455 Estonia 721 T 20 20
456 Estonia 722 C 20 20
457 Estonia 723 C 20 20
458 Estonia 724 T 20 20
459 Estonia 725 T 20 20
460 Estonia 726 A 20 20
461 Estonia 727 T 20 20
462 Estonia 728 G 20 20
463 Estonia 729 A 20 20
464 Estonia 730 A 20 20
465 Estonia 731 G 20 20
466 Estonia 732 A 20 20
467 Estonia 733 T 20 20
468 Estonia 734 T 20 20
469 Estonia 735 T 20 20
470 Estonia 736 T 20 20
471 Estonia 737 C 20 20
472 Estonia 738 A 20 20
473 Estonia 739 A 20 20
474 Estonia 740 G 20 20
475 Estonia 741 A 20 20
476 Estonia 742 A 20 20
477 Estonia 743 A 20 20
478 Estonia 744 A 20 20
479 Estonia 745 C 20 20
480 Estonia 746 T 20 20
481 Estonia 747 G 20 20
482 Estonia 748 G 20 20
483 Estonia 749 A 20 20
484 Estonia 750 A 20 20
485 Estonia 751 C 20 20
486 Estonia 752 A 20 20
487 Estonia 753 C 20 20
488 Estonia 754 T 20 20
489 Estonia 755 A 20 20
490 Estonia 756 A 20 20
491 Estonia 757 A 20 20
492 Estonia 758 C 20 20
493 Estonia 759 A 20 20
494 Estonia 760 T 20 20
495 Estonia 761 A 20 20
496 Estonia 762 G 20 20
497 Estonia 763 C 20 20
498 Estonia 764 A 20 20
499 Estonia 765 G 20 20
500 Estonia 766 T 20 20
501 Estonia 767 G 20 20
502 Estonia 768 G 20 20
503 Estonia 769 T 20 20
504 Estonia 770 G 20 20
505 Estonia 771 T 20 20
506 Estonia 772 T 20 20
507 Estonia 773 A 20 20
508 Estonia 774 C 20 20
509 Estonia 775 C 20 20
510 Estonia 776 C 20 20
511 Estonia 777 G 20 20
512 Estonia 778 T 20 20
513 Estonia 779 G 20 20
514 Estonia 780 A 20 20
515 Estonia 781 A 20 20
516 Estonia 782 C 20 20
517 Estonia 783 T 20 20
518 Estonia 784 C 20 20
519 Estonia 785 A 20 20
520 Estonia 786 T 20 20
521 Estonia 787 G 20 20
522 Estonia 788 C 20 20
523 Estonia 789 G 20 20
524 Estonia 790 T 20 20
525 Estonia 791 G 20 20
526 Estonia 792 A 20 20
527 Estonia 793 G 20 20
528 Estonia 794 C 20 20
529 Estonia 795 T 20 20
530 Estonia 796 T 20 20
531 Estonia 797 A 20 20
532 Estonia 798 A 20 20
533 Estonia 799 C 20 20
534 Estonia 800 G 20 20
535 Estonia 801 G 20 20
536 Estonia 802 A 20 20
537 Estonia 803 G 20 20
538 Estonia 804 G 20 20
539 Estonia 805 G 20 20