National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
-   540                                        
?                                            
A   21                               1        
C   3                                        
D   27     1 1                                
E   54                                        
F   15                                        
G   66           1                            
H   21             1                          
I   9                                        
K   27                                        
L   63         1         1                    
M   9                                        
N   18                       1                
P   24                   1           1        
Q   21                                        
R   30                                        
S   30                                        
T   21                                        
V   63                                        
W   3                                        
Y   15                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Ecuador 266 A 200 200
1 Ecuador 267 T 200 200
2 Ecuador 268 G 200 200
3 Ecuador 269 G 200 200
4 Ecuador 270 A 200 200
5 Ecuador 271 G 200 200
6 Ecuador 272 A 200 200
7 Ecuador 273 G 200 200
8 Ecuador 274 C 200 200
9 Ecuador 275 C T 200 199 Leu4Phe
10 Ecuador 276 T 200 200
11 Ecuador 277 T 200 200
12 Ecuador 278 G 200 200
13 Ecuador 279 T 200 200
14 Ecuador 280 C 200 200
15 Ecuador 281 C 200 200
16 Ecuador 282 C 200 200
17 Ecuador 283 T 200 200
18 Ecuador 284 G 200 200
19 Ecuador 285 G 200 200
20 Ecuador 286 T C 200 199 Gly7Gly
21 Ecuador 287 T 200 200
22 Ecuador 288 T 200 200
23 Ecuador 289 C 200 200
24 Ecuador 290 A 200 200
25 Ecuador 291 A 200 200
26 Ecuador 292 C T 200 197 Asn9Asn
27 Ecuador 293 G 200 200
28 Ecuador 294 A 200 200
29 Ecuador 295 G 200 200
30 Ecuador 296 A 200 200
31 Ecuador 297 A 200 200
32 Ecuador 298 A 200 200
33 Ecuador 299 A 200 200
34 Ecuador 300 C 200 200
35 Ecuador 301 A 200 200
36 Ecuador 302 C 200 200
37 Ecuador 303 A 200 200
38 Ecuador 304 C 200 200
39 Ecuador 305 G 200 200
40 Ecuador 306 T 200 200
41 Ecuador 307 C 200 200
42 Ecuador 308 C 200 200
43 Ecuador 309 A 200 200
44 Ecuador 310 A 200 200
45 Ecuador 311 C 200 200
46 Ecuador 312 T 200 200
47 Ecuador 313 C 200 200
48 Ecuador 314 A 200 200
49 Ecuador 315 G 200 200
50 Ecuador 316 T 200 200
51 Ecuador 317 T 200 200
52 Ecuador 318 T 200 200
53 Ecuador 319 G 200 200
54 Ecuador 320 C 200 200
55 Ecuador 321 C 200 200
56 Ecuador 322 T 200 200
57 Ecuador 323 G 200 200
58 Ecuador 324 T 200 200
59 Ecuador 325 T 200 200
60 Ecuador 326 T 200 200
61 Ecuador 327 T 200 200
62 Ecuador 328 A 200 200
63 Ecuador 329 C 200 200
64 Ecuador 330 A 200 200
65 Ecuador 331 G 200 200
66 Ecuador 332 G 200 200
67 Ecuador 333 T 200 200
68 Ecuador 334 T 200 200
69 Ecuador 335 C 200 200
70 Ecuador 336 G 200 200
71 Ecuador 337 C 200 200
72 Ecuador 338 G 200 200
73 Ecuador 339 A 200 200
74 Ecuador 340 C 200 200
75 Ecuador 341 G 202 202
76 Ecuador 342 T 202 202
77 Ecuador 343 G 203 203
78 Ecuador 344 C 203 203
79 Ecuador 345 T 203 203
80 Ecuador 346 C T 203 201 Leu27Leu
81 Ecuador 347 G 203 203
82 Ecuador 348 T 203 203
83 Ecuador 349 A 203 203
84 Ecuador 350 C 203 203
85 Ecuador 351 G 203 203
86 Ecuador 352 T 206 206
87 Ecuador 353 G 206 206
88 Ecuador 354 G 206 206
89 Ecuador 355 C 206 206
90 Ecuador 356 T 206 206
91 Ecuador 357 T 206 206
92 Ecuador 358 T 206 206
93 Ecuador 359 G 206 206
94 Ecuador 360 G 206 206
95 Ecuador 361 A 206 206
96 Ecuador 362 G 206 206
97 Ecuador 363 A 206 206
98 Ecuador 364 C 206 206
99 Ecuador 365 T 206 206
100 Ecuador 366 C 206 206
101 Ecuador 367 C 206 206
102 Ecuador 368 G 206 206
103 Ecuador 369 T 206 206
104 Ecuador 370 G 206 206
105 Ecuador 371 G 206 206
106 Ecuador 372 A 206 206
107 Ecuador 373 G 206 206
108 Ecuador 374 G 206 206
109 Ecuador 375 A 206 206
110 Ecuador 376 G 206 206
111 Ecuador 377 G 206 206
112 Ecuador 378 T 206 206
113 Ecuador 379 C 206 206
114 Ecuador 380 T 206 206
115 Ecuador 381 T 206 206
116 Ecuador 382 A 206 206
117 Ecuador 383 T 206 206
118 Ecuador 384 C 206 206
119 Ecuador 385 A 206 206
120 Ecuador 386 G 206 206
121 Ecuador 387 A 206 206
122 Ecuador 388 G 206 206
123 Ecuador 389 G 206 206
124 Ecuador 390 C 206 206
125 Ecuador 391 A 206 206
126 Ecuador 392 C 206 206
127 Ecuador 393 G 206 206
128 Ecuador 394 T 206 206
129 Ecuador 395 C 206 206
130 Ecuador 396 A 206 206
131 Ecuador 397 A 206 206
132 Ecuador 398 C 206 206
133 Ecuador 399 A 206 206
134 Ecuador 400 T 206 206
135 Ecuador 401 C 206 206
136 Ecuador 402 T 206 206
137 Ecuador 403 T 206 206
138 Ecuador 404 A 206 206
139 Ecuador 405 A 206 206
140 Ecuador 406 A 206 206
141 Ecuador 407 G 206 206
142 Ecuador 408 A 206 206
143 Ecuador 409 T 206 206
144 Ecuador 410 G 206 206
145 Ecuador 411 G 206 206
146 Ecuador 412 C 206 206
147 Ecuador 413 A 206 206
148 Ecuador 414 C 206 206
149 Ecuador 415 T 206 206
150 Ecuador 416 T 206 206
151 Ecuador 417 G 206 206
152 Ecuador 418 T 206 206
153 Ecuador 419 G 206 206
154 Ecuador 420 G 206 206
155 Ecuador 421 C 206 206
156 Ecuador 422 T 206 206
157 Ecuador 423 T 206 206
158 Ecuador 424 A 206 206
159 Ecuador 425 G 206 206
160 Ecuador 426 T 206 206
161 Ecuador 427 A 206 206
162 Ecuador 428 G 206 206
163 Ecuador 429 A 206 206
164 Ecuador 430 A 206 206
165 Ecuador 431 G 206 206
166 Ecuador 432 T 206 206
167 Ecuador 433 T 206 206
168 Ecuador 434 G 206 206
169 Ecuador 435 A 206 204
170 Ecuador 436 A 206 206
171 Ecuador 437 A 206 206
172 Ecuador 438 A 206 206
173 Ecuador 439 A 206 206
174 Ecuador 440 G 206 206
175 Ecuador 441 G 206 206
176 Ecuador 442 C 206 206
177 Ecuador 443 G 206 206
178 Ecuador 444 T 206 206
179 Ecuador 445 T 206 206
180 Ecuador 446 T 206 206
181 Ecuador 447 T 206 204
182 Ecuador 448 G 206 204
183 Ecuador 449 C 206 206
184 Ecuador 450 C T 206 205 Pro62Leu
185 Ecuador 451 T 206 206
186 Ecuador 452 C 206 206
187 Ecuador 453 A 206 206
188 Ecuador 454 A 206 206
189 Ecuador 455 C 206 206
190 Ecuador 456 T 206 206
191 Ecuador 457 T 206 206
192 Ecuador 458 G 206 206
193 Ecuador 459 A 206 206
194 Ecuador 460 A 206 206
195 Ecuador 461 C 206 206
196 Ecuador 462 A 206 206
197 Ecuador 463 G 206 206
198 Ecuador 464 C 206 206
199 Ecuador 465 C 206 206
200 Ecuador 466 C 206 206
201 Ecuador 467 T 206 206
202 Ecuador 468 A 206 206
203 Ecuador 469 T 206 206
204 Ecuador 470 G 206 206
205 Ecuador 471 T 206 206
206 Ecuador 472 G 206 206
207 Ecuador 473 T 206 206
208 Ecuador 474 T 206 206
209 Ecuador 475 C 206 206
210 Ecuador 476 A 206 206
211 Ecuador 477 T 206 206
212 Ecuador 478 C 206 206
213 Ecuador 479 A 206 206
214 Ecuador 480 A 206 206
215 Ecuador 481 A 206 206
216 Ecuador 482 C 206 206
217 Ecuador 483 G 206 206
218 Ecuador 484 T 206 206
219 Ecuador 485 T 206 206
220 Ecuador 486 C 206 206
221 Ecuador 487 G 206 206
222 Ecuador 488 G 206 206
223 Ecuador 489 A 206 206
224 Ecuador 490 T A 206 205 Asp75Glu
225 Ecuador 491 G T 206 205 Ala76Ser
226 Ecuador 492 C 206 206
227 Ecuador 493 T 206 206
228 Ecuador 494 C 206 206
229 Ecuador 495 G 206 206
230 Ecuador 496 A 206 206
231 Ecuador 497 A 206 206
232 Ecuador 498 C 206 206
233 Ecuador 499 T 206 206
234 Ecuador 500 G 206 206
235 Ecuador 501 C 206 206
236 Ecuador 502 A 206 206
237 Ecuador 503 C T 206 205 Pro80Ser
238 Ecuador 504 C 206 206
239 Ecuador 505 T 206 206
240 Ecuador 506 C 206 206
241 Ecuador 507 A 206 206
242 Ecuador 508 T 206 206
243 Ecuador 509 G 206 206
244 Ecuador 510 G 206 206
245 Ecuador 511 T 206 206
246 Ecuador 512 C 206 206
247 Ecuador 513 A 206 206
248 Ecuador 514 T C 206 205 His83His
249 Ecuador 515 G 206 206
250 Ecuador 516 T 206 206
251 Ecuador 517 T 206 206
252 Ecuador 518 A 206 206
253 Ecuador 519 T 206 206
254 Ecuador 520 G 206 206
255 Ecuador 521 G 206 206
256 Ecuador 522 T 206 206
257 Ecuador 523 T 206 206
258 Ecuador 524 G 206 206
259 Ecuador 525 A 206 206
260 Ecuador 526 G 207 207
261 Ecuador 527 C 207 207
262 Ecuador 528 T 207 207
263 Ecuador 529 G 207 207
264 Ecuador 530 G 207 207
265 Ecuador 531 T 207 207
266 Ecuador 532 A 207 207
267 Ecuador 533 G 207 207
268 Ecuador 534 C 207 207
269 Ecuador 535 A 207 207
270 Ecuador 536 G 207 207
271 Ecuador 537 A 207 207
272 Ecuador 538 A 207 207
273 Ecuador 539 C 207 207
274 Ecuador 540 T 207 207
275 Ecuador 541 C 207 207
276 Ecuador 542 G 207 207
277 Ecuador 543 A 207 207
278 Ecuador 544 A 207 207
279 Ecuador 545 G 207 207
280 Ecuador 546 G 207 207
281 Ecuador 547 C 207 207
282 Ecuador 548 A 207 207
283 Ecuador 549 T 207 207
284 Ecuador 550 T 207 207
285 Ecuador 551 C 207 207
286 Ecuador 552 A 207 207
287 Ecuador 553 G 207 207
288 Ecuador 554 T 207 207
289 Ecuador 555 A 207 207
290 Ecuador 556 C 207 207
291 Ecuador 557 G 207 207
292 Ecuador 558 G 207 207
293 Ecuador 559 T 207 207
294 Ecuador 560 C 207 207
295 Ecuador 561 G 207 207
296 Ecuador 562 T 207 207
297 Ecuador 563 A 207 207
298 Ecuador 564 G 207 207
299 Ecuador 565 T 207 207
300 Ecuador 566 G 207 207
301 Ecuador 567 G 207 207
302 Ecuador 568 T 207 207
303 Ecuador 569 G 207 207
304 Ecuador 570 A 207 207
305 Ecuador 571 G 207 207
306 Ecuador 572 A 207 207
307 Ecuador 573 C 207 207
308 Ecuador 574 A 207 207
309 Ecuador 575 C 207 207
310 Ecuador 576 T 207 207
311 Ecuador 577 T 207 207
312 Ecuador 578 G 207 207
313 Ecuador 579 G 207 207
314 Ecuador 580 T 207 207
315 Ecuador 581 G 207 207
316 Ecuador 582 T 207 207
317 Ecuador 583 C 207 207
318 Ecuador 584 C 207 207
319 Ecuador 585 T 207 207
320 Ecuador 586 T 207 207
321 Ecuador 587 G 207 207
322 Ecuador 588 T 207 207
323 Ecuador 589 C 207 207
324 Ecuador 590 C 207 207
325 Ecuador 591 C 207 207
326 Ecuador 592 T 207 207
327 Ecuador 593 C 207 207
328 Ecuador 594 A 207 207
329 Ecuador 595 T 207 207
330 Ecuador 596 G 207 207
331 Ecuador 597 T 207 207
332 Ecuador 598 G 207 207
333 Ecuador 599 G 207 207
334 Ecuador 600 G 207 207
335 Ecuador 601 C 207 207
336 Ecuador 602 G 207 207
337 Ecuador 603 A 207 207
338 Ecuador 604 A 207 207
339 Ecuador 605 A 207 207
340 Ecuador 606 T 207 207
341 Ecuador 607 A 207 207
342 Ecuador 608 C 207 207
343 Ecuador 609 C 207 207
344 Ecuador 610 A 207 207
345 Ecuador 611 G 208 208
346 Ecuador 612 T 208 208
347 Ecuador 613 G 208 208
348 Ecuador 614 G 208 208
349 Ecuador 615 C 208 208
350 Ecuador 616 T 208 208
351 Ecuador 617 T 208 208
352 Ecuador 618 A 208 208
353 Ecuador 619 C 208 208
354 Ecuador 620 C 208 208
355 Ecuador 621 G 208 206
356 Ecuador 622 C 208 208
357 Ecuador 623 A 208 208
358 Ecuador 624 A 208 208
359 Ecuador 625 G 208 208
360 Ecuador 626 G 208 208
361 Ecuador 627 T 208 208
362 Ecuador 628 T 208 208
363 Ecuador 629 C 208 208
364 Ecuador 630 T 208 208
365 Ecuador 631 T 208 208
366 Ecuador 632 C 208 208
367 Ecuador 633 T 208 208
368 Ecuador 634 T 208 208
369 Ecuador 635 C 208 208
370 Ecuador 636 G 208 208
371 Ecuador 637 T 208 208
372 Ecuador 638 A 208 206
373 Ecuador 639 A 208 208
374 Ecuador 640 G 208 208
375 Ecuador 641 A 208 208
376 Ecuador 642 A 208 208
377 Ecuador 643 C 208 208
378 Ecuador 644 G 208 208
379 Ecuador 645 G 208 208
380 Ecuador 646 T 208 208
381 Ecuador 647 A 208 206
382 Ecuador 648 A 208 206
383 Ecuador 649 T 208 206
384 Ecuador 650 A 208 206
385 Ecuador 651 A 208 206
386 Ecuador 652 A 208 206
387 Ecuador 653 G 208 206
388 Ecuador 654 G 208 206
389 Ecuador 655 A 208 206
390 Ecuador 656 G 208 206
391 Ecuador 657 C 208 206
392 Ecuador 658 T 208 206
393 Ecuador 659 G 208 206
394 Ecuador 660 G 208 206
395 Ecuador 661 T 208 206
396 Ecuador 662 G 208 206
397 Ecuador 663 G 208 206
398 Ecuador 664 C 208 206
399 Ecuador 665 C 208 208
400 Ecuador 666 A 208 208
401 Ecuador 667 T 208 208
402 Ecuador 668 A 208 208
403 Ecuador 669 G 208 208
404 Ecuador 670 T 208 208
405 Ecuador 671 T 208 208
406 Ecuador 672 A 208 208
407 Ecuador 673 C 208 208
408 Ecuador 674 G 208 208
409 Ecuador 675 G 208 208
410 Ecuador 676 C 208 208
411 Ecuador 677 G 208 208
412 Ecuador 678 C 208 208
413 Ecuador 679 C 208 208
414 Ecuador 680 G 208 208
415 Ecuador 681 A 208 208
416 Ecuador 682 T 208 208
417 Ecuador 683 C 208 208
418 Ecuador 684 T 208 208
419 Ecuador 685 A 208 208
420 Ecuador 686 A 208 208
421 Ecuador 687 A 208 208
422 Ecuador 688 G 208 208
423 Ecuador 689 T 208 208
424 Ecuador 690 C 208 208
425 Ecuador 691 A 208 208
426 Ecuador 692 T 208 208
427 Ecuador 693 T 208 208
428 Ecuador 694 T 208 208
429 Ecuador 695 G 208 208
430 Ecuador 696 A 208 208
431 Ecuador 697 C 208 208
432 Ecuador 698 T 208 208
433 Ecuador 699 T 208 208
434 Ecuador 700 A 208 208
435 Ecuador 701 G 208 208
436 Ecuador 702 G 208 208
437 Ecuador 703 C 208 208
438 Ecuador 704 G 208 208
439 Ecuador 705 A 208 208
440 Ecuador 706 C T 208 207 Asp147Asp
441 Ecuador 707 G 208 208
442 Ecuador 708 A 208 208
443 Ecuador 709 G 208 208
444 Ecuador 710 C 208 208
445 Ecuador 711 T 208 208
446 Ecuador 712 T 208 208
447 Ecuador 713 G 208 208
448 Ecuador 714 G 208 208
449 Ecuador 715 C 208 208
450 Ecuador 716 A 208 208
451 Ecuador 717 C 208 208
452 Ecuador 718 T 208 208
453 Ecuador 719 G 208 208
454 Ecuador 720 A 208 208
455 Ecuador 721 T 208 208
456 Ecuador 722 C 208 208
457 Ecuador 723 C 208 208
458 Ecuador 724 T 208 208
459 Ecuador 725 T 208 208
460 Ecuador 726 A 208 208
461 Ecuador 727 T 208 208
462 Ecuador 728 G 208 208
463 Ecuador 729 A 208 208
464 Ecuador 730 A 208 208
465 Ecuador 731 G 208 208
466 Ecuador 732 A 208 208
467 Ecuador 733 T 208 208
468 Ecuador 734 T 208 208
469 Ecuador 735 T 208 208
470 Ecuador 736 T 208 208
471 Ecuador 737 C 208 208
472 Ecuador 738 A 208 208
473 Ecuador 739 A 208 208
474 Ecuador 740 G 208 208
475 Ecuador 741 A 208 208
476 Ecuador 742 A 208 208
477 Ecuador 743 A 208 208
478 Ecuador 744 A 208 208
479 Ecuador 745 C 208 208
480 Ecuador 746 T 208 208
481 Ecuador 747 G 208 208
482 Ecuador 748 G 208 208
483 Ecuador 749 A 208 208
484 Ecuador 750 A 208 208
485 Ecuador 751 C 208 208
486 Ecuador 752 A 208 208
487 Ecuador 753 C 208 208
488 Ecuador 754 T 208 208
489 Ecuador 755 A 208 208
490 Ecuador 756 A 208 208
491 Ecuador 757 A 208 208
492 Ecuador 758 C 208 208
493 Ecuador 759 A 208 208
494 Ecuador 760 T 208 208
495 Ecuador 761 A 208 208
496 Ecuador 762 G 208 208
497 Ecuador 763 C 208 208
498 Ecuador 764 A 208 208
499 Ecuador 765 G 208 208
500 Ecuador 766 T 208 208
501 Ecuador 767 G 208 208
502 Ecuador 768 G 208 208
503 Ecuador 769 T 208 208
504 Ecuador 770 G 208 208
505 Ecuador 771 T 208 208
506 Ecuador 772 T 208 208
507 Ecuador 773 A 208 208
508 Ecuador 774 C 208 208
509 Ecuador 775 C 208 208
510 Ecuador 776 C 208 208
511 Ecuador 777 G 208 208
512 Ecuador 778 T 208 208
513 Ecuador 779 G 208 208
514 Ecuador 780 A 208 208
515 Ecuador 781 A 208 208
516 Ecuador 782 C 208 208
517 Ecuador 783 T 208 208
518 Ecuador 784 C 208 208
519 Ecuador 785 A 208 208
520 Ecuador 786 T 208 208
521 Ecuador 787 G 208 208
522 Ecuador 788 C 208 208
523 Ecuador 789 G 208 208
524 Ecuador 790 T 208 208
525 Ecuador 791 G 208 208
526 Ecuador 792 A 208 208
527 Ecuador 793 G 208 208
528 Ecuador 794 C 208 208
529 Ecuador 795 T 208 208
530 Ecuador 796 T 208 208
531 Ecuador 797 A 208 208
532 Ecuador 798 A 208 208
533 Ecuador 799 C 208 208
534 Ecuador 800 G 208 208
535 Ecuador 801 G 208 208
536 Ecuador 802 A 208 208
537 Ecuador 803 G 208 208
538 Ecuador 804 G 208 208
539 Ecuador 805 G 208 208