National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
-   540                                        
?                                            
A   21                                        
C   3                                        
D   27                                        
E   54                                        
F   15                                        
G   66                                        
H   21                                        
I   9                                        
K   27                                        
L   63                                        
M   9                                        
N   18                                        
P   24                                        
Q   21                                        
R   30                                        
S   30                                        
T   21                                        
V   63                                        
W   3                                        
Y   15                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Cuba 266 A 2 2
1 Cuba 267 T 2 2
2 Cuba 268 G 2 2
3 Cuba 269 G 2 2
4 Cuba 270 A 2 2
5 Cuba 271 G 2 2
6 Cuba 272 A 2 2
7 Cuba 273 G 2 2
8 Cuba 274 C 2 2
9 Cuba 275 C 2 2
10 Cuba 276 T 2 2
11 Cuba 277 T 2 2
12 Cuba 278 G 2 2
13 Cuba 279 T 2 2
14 Cuba 280 C 2 2
15 Cuba 281 C 2 2
16 Cuba 282 C 2 2
17 Cuba 283 T 2 2
18 Cuba 284 G 2 2
19 Cuba 285 G 2 2
20 Cuba 286 T 2 2
21 Cuba 287 T 2 2
22 Cuba 288 T 2 2
23 Cuba 289 C 2 2
24 Cuba 290 A 2 2
25 Cuba 291 A 2 2
26 Cuba 292 C 2 2
27 Cuba 293 G 2 2
28 Cuba 294 A 2 2
29 Cuba 295 G 2 2
30 Cuba 296 A 2 2
31 Cuba 297 A 2 2
32 Cuba 298 A 2 2
33 Cuba 299 A 2 2
34 Cuba 300 C 2 2
35 Cuba 301 A 2 2
36 Cuba 302 C 2 2
37 Cuba 303 A 2 2
38 Cuba 304 C 2 2
39 Cuba 305 G 2 2
40 Cuba 306 T 2 2
41 Cuba 307 C 2 2
42 Cuba 308 C 2 2
43 Cuba 309 A 2 2
44 Cuba 310 A 2 2
45 Cuba 311 C 2 2
46 Cuba 312 T 2 2
47 Cuba 313 C 2 2
48 Cuba 314 A 2 2
49 Cuba 315 G 2 2
50 Cuba 316 T 2 2
51 Cuba 317 T 2 2
52 Cuba 318 T 2 2
53 Cuba 319 G 2 2
54 Cuba 320 C 2 2
55 Cuba 321 C 2 2
56 Cuba 322 T 2 2
57 Cuba 323 G 2 2
58 Cuba 324 T 2 2
59 Cuba 325 T 2 2
60 Cuba 326 T 2 2
61 Cuba 327 T 2 2
62 Cuba 328 A 2 2
63 Cuba 329 C 2 2
64 Cuba 330 A 2 2
65 Cuba 331 G 2 2
66 Cuba 332 G 2 2
67 Cuba 333 T 2 2
68 Cuba 334 T 2 2
69 Cuba 335 C 2 2
70 Cuba 336 G 2 2
71 Cuba 337 C 2 2
72 Cuba 338 G 2 2
73 Cuba 339 A 2 2
74 Cuba 340 C 2 2
75 Cuba 341 G 2 2
76 Cuba 342 T 2 2
77 Cuba 343 G 2 2
78 Cuba 344 C 2 2
79 Cuba 345 T 2 2
80 Cuba 346 C 2 2
81 Cuba 347 G 2 2
82 Cuba 348 T 2 2
83 Cuba 349 A 2 2
84 Cuba 350 C 2 2
85 Cuba 351 G 2 2
86 Cuba 352 T 2 2
87 Cuba 353 G 2 2
88 Cuba 354 G 2 2
89 Cuba 355 C 2 2
90 Cuba 356 T 2 2
91 Cuba 357 T 2 2
92 Cuba 358 T 2 2
93 Cuba 359 G 2 2
94 Cuba 360 G 2 2
95 Cuba 361 A 2 2
96 Cuba 362 G 2 2
97 Cuba 363 A 2 2
98 Cuba 364 C 2 2
99 Cuba 365 T 2 2
100 Cuba 366 C 2 2
101 Cuba 367 C 2 2
102 Cuba 368 G 2 2
103 Cuba 369 T 2 2
104 Cuba 370 G 2 2
105 Cuba 371 G 2 2
106 Cuba 372 A 2 2
107 Cuba 373 G 2 2
108 Cuba 374 G 2 2
109 Cuba 375 A 2 2
110 Cuba 376 G 2 2
111 Cuba 377 G 2 2
112 Cuba 378 T 2 2
113 Cuba 379 C 2 2
114 Cuba 380 T 2 2
115 Cuba 381 T 2 2
116 Cuba 382 A 2 2
117 Cuba 383 T 2 2
118 Cuba 384 C 2 2
119 Cuba 385 A 2 2
120 Cuba 386 G 2 2
121 Cuba 387 A 2 2
122 Cuba 388 G 2 2
123 Cuba 389 G 2 2
124 Cuba 390 C 2 2
125 Cuba 391 A 2 2
126 Cuba 392 C 2 2
127 Cuba 393 G 2 2
128 Cuba 394 T 2 2
129 Cuba 395 C 2 2
130 Cuba 396 A 2 2
131 Cuba 397 A 2 2
132 Cuba 398 C 2 2
133 Cuba 399 A 2 2
134 Cuba 400 T 2 2
135 Cuba 401 C 2 2
136 Cuba 402 T 2 2
137 Cuba 403 T 2 2
138 Cuba 404 A 2 2
139 Cuba 405 A 2 2
140 Cuba 406 A 2 2
141 Cuba 407 G 2 2
142 Cuba 408 A 2 2
143 Cuba 409 T 2 2
144 Cuba 410 G 2 2
145 Cuba 411 G 2 2
146 Cuba 412 C 2 2
147 Cuba 413 A 2 2
148 Cuba 414 C 2 2
149 Cuba 415 T 2 2
150 Cuba 416 T 2 2
151 Cuba 417 G 2 2
152 Cuba 418 T 2 2
153 Cuba 419 G 2 2
154 Cuba 420 G 2 2
155 Cuba 421 C 2 2
156 Cuba 422 T 2 2
157 Cuba 423 T 2 2
158 Cuba 424 A 2 2
159 Cuba 425 G 2 2
160 Cuba 426 T 2 2
161 Cuba 427 A 2 2
162 Cuba 428 G 2 2
163 Cuba 429 A 2 2
164 Cuba 430 A 2 2
165 Cuba 431 G 2 2
166 Cuba 432 T 2 2
167 Cuba 433 T 2 2
168 Cuba 434 G 2 2
169 Cuba 435 A 2 2
170 Cuba 436 A 2 2
171 Cuba 437 A 2 2
172 Cuba 438 A 2 2
173 Cuba 439 A 2 2
174 Cuba 440 G 2 2
175 Cuba 441 G 2 2
176 Cuba 442 C 2 2
177 Cuba 443 G 2 2
178 Cuba 444 T 2 2
179 Cuba 445 T 2 2
180 Cuba 446 T 2 2
181 Cuba 447 T 2 2
182 Cuba 448 G 2 2
183 Cuba 449 C 2 2
184 Cuba 450 C 2 2
185 Cuba 451 T 2 2
186 Cuba 452 C 2 2
187 Cuba 453 A 2 2
188 Cuba 454 A 2 2
189 Cuba 455 C 2 2
190 Cuba 456 T 2 2
191 Cuba 457 T 2 2
192 Cuba 458 G 2 2
193 Cuba 459 A 2 2
194 Cuba 460 A 2 2
195 Cuba 461 C 2 2
196 Cuba 462 A 2 2
197 Cuba 463 G 2 2
198 Cuba 464 C 2 2
199 Cuba 465 C 2 2
200 Cuba 466 C 2 2
201 Cuba 467 T 2 2
202 Cuba 468 A 2 2
203 Cuba 469 T 2 2
204 Cuba 470 G 2 2
205 Cuba 471 T 2 2
206 Cuba 472 G 2 2
207 Cuba 473 T 2 2
208 Cuba 474 T 2 2
209 Cuba 475 C 2 2
210 Cuba 476 A 2 2
211 Cuba 477 T 2 2
212 Cuba 478 C 2 2
213 Cuba 479 A 2 2
214 Cuba 480 A 2 2
215 Cuba 481 A 2 2
216 Cuba 482 C 2 2
217 Cuba 483 G 2 2
218 Cuba 484 T 2 2
219 Cuba 485 T 2 2
220 Cuba 486 C 2 2
221 Cuba 487 G 2 2
222 Cuba 488 G 2 2
223 Cuba 489 A 2 2
224 Cuba 490 T 2 2
225 Cuba 491 G 2 2
226 Cuba 492 C 2 2
227 Cuba 493 T 2 2
228 Cuba 494 C 2 2
229 Cuba 495 G 2 2
230 Cuba 496 A 2 2
231 Cuba 497 A 2 2
232 Cuba 498 C 2 2
233 Cuba 499 T 2 2
234 Cuba 500 G 2 2
235 Cuba 501 C 2 2
236 Cuba 502 A 2 2
237 Cuba 503 C 2 2
238 Cuba 504 C 2 2
239 Cuba 505 T 2 2
240 Cuba 506 C 2 2
241 Cuba 507 A 2 2
242 Cuba 508 T 2 2
243 Cuba 509 G 2 2
244 Cuba 510 G 2 2
245 Cuba 511 T 2 2
246 Cuba 512 C 2 2
247 Cuba 513 A 2 2
248 Cuba 514 T 2 2
249 Cuba 515 G 2 2
250 Cuba 516 T 2 2
251 Cuba 517 T 2 2
252 Cuba 518 A 2 2
253 Cuba 519 T 2 2
254 Cuba 520 G 2 2
255 Cuba 521 G 2 2
256 Cuba 522 T 2 2
257 Cuba 523 T 2 2
258 Cuba 524 G 2 2
259 Cuba 525 A 2 2
260 Cuba 526 G 2 2
261 Cuba 527 C 2 2
262 Cuba 528 T 2 2
263 Cuba 529 G 2 2
264 Cuba 530 G 2 2
265 Cuba 531 T 2 2
266 Cuba 532 A 2 2
267 Cuba 533 G 2 2
268 Cuba 534 C 2 2
269 Cuba 535 A 2 2
270 Cuba 536 G 2 2
271 Cuba 537 A 2 2
272 Cuba 538 A 2 2
273 Cuba 539 C 2 2
274 Cuba 540 T 2 2
275 Cuba 541 C 2 2
276 Cuba 542 G 2 2
277 Cuba 543 A 2 2
278 Cuba 544 A 2 2
279 Cuba 545 G 2 2
280 Cuba 546 G 2 2
281 Cuba 547 C 2 2
282 Cuba 548 A 2 2
283 Cuba 549 T 2 2
284 Cuba 550 T 2 2
285 Cuba 551 C 2 2
286 Cuba 552 A 2 2
287 Cuba 553 G 2 2
288 Cuba 554 T 2 2
289 Cuba 555 A 2 2
290 Cuba 556 C 2 2
291 Cuba 557 G 2 2
292 Cuba 558 G 2 2
293 Cuba 559 T 2 2
294 Cuba 560 C 2 2
295 Cuba 561 G 2 2
296 Cuba 562 T 2 2
297 Cuba 563 A 2 2
298 Cuba 564 G 2 2
299 Cuba 565 T 2 2
300 Cuba 566 G 2 2
301 Cuba 567 G 2 2
302 Cuba 568 T 2 2
303 Cuba 569 G 2 2
304 Cuba 570 A 2 2
305 Cuba 571 G 2 2
306 Cuba 572 A 2 2
307 Cuba 573 C 2 2
308 Cuba 574 A 2 2
309 Cuba 575 C 2 2
310 Cuba 576 T 2 2
311 Cuba 577 T 2 2
312 Cuba 578 G 2 2
313 Cuba 579 G 2 2
314 Cuba 580 T 2 2
315 Cuba 581 G 2 2
316 Cuba 582 T 2 2
317 Cuba 583 C 2 2
318 Cuba 584 C 2 2
319 Cuba 585 T 2 2
320 Cuba 586 T 2 2
321 Cuba 587 G 2 2
322 Cuba 588 T 2 2
323 Cuba 589 C 2 2
324 Cuba 590 C 2 2
325 Cuba 591 C 2 2
326 Cuba 592 T 2 2
327 Cuba 593 C 2 2
328 Cuba 594 A 2 2
329 Cuba 595 T 2 2
330 Cuba 596 G 2 2
331 Cuba 597 T 2 2
332 Cuba 598 G 2 2
333 Cuba 599 G 2 2
334 Cuba 600 G 2 2
335 Cuba 601 C 2 2
336 Cuba 602 G 2 2
337 Cuba 603 A 2 2
338 Cuba 604 A 2 2
339 Cuba 605 A 2 2
340 Cuba 606 T 2 2
341 Cuba 607 A 2 2
342 Cuba 608 C 2 2
343 Cuba 609 C 2 2
344 Cuba 610 A 2 2
345 Cuba 611 G 2 2
346 Cuba 612 T 2 2
347 Cuba 613 G 2 2
348 Cuba 614 G 2 2
349 Cuba 615 C 2 2
350 Cuba 616 T 2 2
351 Cuba 617 T 2 2
352 Cuba 618 A 2 2
353 Cuba 619 C 2 2
354 Cuba 620 C 2 2
355 Cuba 621 G 2 2
356 Cuba 622 C 2 2
357 Cuba 623 A 2 2
358 Cuba 624 A 2 2
359 Cuba 625 G 2 2
360 Cuba 626 G 2 2
361 Cuba 627 T 2 2
362 Cuba 628 T 2 2
363 Cuba 629 C 2 2
364 Cuba 630 T 2 2
365 Cuba 631 T 2 2
366 Cuba 632 C 2 2
367 Cuba 633 T 2 2
368 Cuba 634 T 2 2
369 Cuba 635 C 2 2
370 Cuba 636 G 2 2
371 Cuba 637 T 2 2
372 Cuba 638 A 2 2
373 Cuba 639 A 2 2
374 Cuba 640 G 2 2
375 Cuba 641 A 2 2
376 Cuba 642 A 2 2
377 Cuba 643 C 2 2
378 Cuba 644 G 2 2
379 Cuba 645 G 2 2
380 Cuba 646 T 2 2
381 Cuba 647 A 2 2
382 Cuba 648 A 2 2
383 Cuba 649 T 2 2
384 Cuba 650 A 2 2
385 Cuba 651 A 2 2
386 Cuba 652 A 2 2
387 Cuba 653 G 2 2
388 Cuba 654 G 2 2
389 Cuba 655 A 2 2
390 Cuba 656 G 2 2
391 Cuba 657 C 2 2
392 Cuba 658 T 2 2
393 Cuba 659 G 2 2
394 Cuba 660 G 2 2
395 Cuba 661 T 2 2
396 Cuba 662 G 2 2
397 Cuba 663 G 2 2
398 Cuba 664 C 2 2
399 Cuba 665 C 2 2
400 Cuba 666 A 2 2
401 Cuba 667 T 2 2
402 Cuba 668 A 2 2
403 Cuba 669 G 2 2
404 Cuba 670 T 2 2
405 Cuba 671 T 2 2
406 Cuba 672 A 2 2
407 Cuba 673 C 2 2
408 Cuba 674 G 2 2
409 Cuba 675 G 2 2
410 Cuba 676 C 2 2
411 Cuba 677 G 2 2
412 Cuba 678 C 2 2
413 Cuba 679 C 2 2
414 Cuba 680 G 2 2
415 Cuba 681 A 2 2
416 Cuba 682 T 2 2
417 Cuba 683 C 2 2
418 Cuba 684 T 2 2
419 Cuba 685 A 2 2
420 Cuba 686 A 2 2
421 Cuba 687 A 2 2
422 Cuba 688 G 2 2
423 Cuba 689 T 2 2
424 Cuba 690 C 2 2
425 Cuba 691 A 2 2
426 Cuba 692 T 2 2
427 Cuba 693 T 2 2
428 Cuba 694 T 2 2
429 Cuba 695 G 2 2
430 Cuba 696 A 2 2
431 Cuba 697 C 2 2
432 Cuba 698 T 2 2
433 Cuba 699 T 2 2
434 Cuba 700 A 2 2
435 Cuba 701 G 2 2
436 Cuba 702 G 2 2
437 Cuba 703 C 2 2
438 Cuba 704 G 2 2
439 Cuba 705 A 2 2
440 Cuba 706 C 2 2
441 Cuba 707 G 2 2
442 Cuba 708 A 2 2
443 Cuba 709 G 2 2
444 Cuba 710 C 2 2
445 Cuba 711 T 2 2
446 Cuba 712 T 2 2
447 Cuba 713 G 2 2
448 Cuba 714 G 2 2
449 Cuba 715 C 2 2
450 Cuba 716 A 2 2
451 Cuba 717 C 2 2
452 Cuba 718 T 2 2
453 Cuba 719 G 2 2
454 Cuba 720 A 2 2
455 Cuba 721 T 2 2
456 Cuba 722 C 2 2
457 Cuba 723 C 2 2
458 Cuba 724 T 2 2
459 Cuba 725 T 2 2
460 Cuba 726 A 2 2
461 Cuba 727 T 2 2
462 Cuba 728 G 2 2
463 Cuba 729 A 2 2
464 Cuba 730 A 2 2
465 Cuba 731 G 2 2
466 Cuba 732 A 2 2
467 Cuba 733 T 2 2
468 Cuba 734 T 2 2
469 Cuba 735 T 2 2
470 Cuba 736 T 2 2
471 Cuba 737 C 2 2
472 Cuba 738 A 2 2
473 Cuba 739 A 2 2
474 Cuba 740 G 2 2
475 Cuba 741 A 2 2
476 Cuba 742 A 2 2
477 Cuba 743 A 2 2
478 Cuba 744 A 2 2
479 Cuba 745 C 2 2
480 Cuba 746 T 2 2
481 Cuba 747 G 2 2
482 Cuba 748 G 2 2
483 Cuba 749 A 2 2
484 Cuba 750 A 2 2
485 Cuba 751 C 2 2
486 Cuba 752 A 2 2
487 Cuba 753 C 2 2
488 Cuba 754 T 2 2
489 Cuba 755 A 2 2
490 Cuba 756 A 2 2
491 Cuba 757 A 2 2
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500 Cuba 766 T 2 2
501 Cuba 767 G 2 2
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538 Cuba 804 G 2 2
539 Cuba 805 G 2 2