National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
-   540                                        
?                                            
A   21                                        
C   3                                        
D   27                                        
E   54                                        
F   15                                        
G   66   1                                    
H   21                                        
I   9                                        
K   27                                        
L   63                   1                    
M   9                                        
N   18                                        
P   24                                        
Q   21                                        
R   30                                        
S   30                                        
T   21                                        
V   63                                        
W   3                                        
Y   15                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Croatia 266 A 50 50
1 Croatia 267 T 50 50
2 Croatia 268 G 50 50
3 Croatia 269 G 50 50
4 Croatia 270 A 50 50
5 Croatia 271 G 50 50
6 Croatia 272 A 50 50
7 Croatia 273 G 50 50
8 Croatia 274 C 50 50
9 Croatia 275 C 50 50
10 Croatia 276 T 50 50
11 Croatia 277 T 50 50
12 Croatia 278 G 50 50
13 Croatia 279 T 50 50
14 Croatia 280 C 50 50
15 Croatia 281 C 50 50
16 Croatia 282 C 50 50
17 Croatia 283 T 50 50
18 Croatia 284 G 50 50
19 Croatia 285 G 50 50
20 Croatia 286 T 50 50
21 Croatia 287 T 50 50
22 Croatia 288 T 50 50
23 Croatia 289 C 50 50
24 Croatia 290 A 50 50
25 Croatia 291 A 50 50
26 Croatia 292 C 50 50
27 Croatia 293 G 50 50
28 Croatia 294 A 50 50
29 Croatia 295 G 50 50
30 Croatia 296 A 50 50
31 Croatia 297 A 50 50
32 Croatia 298 A 50 50
33 Croatia 299 A 50 50
34 Croatia 300 C 50 50
35 Croatia 301 A 50 50
36 Croatia 302 C 50 50
37 Croatia 303 A 50 50
38 Croatia 304 C 50 50
39 Croatia 305 G 50 50
40 Croatia 306 T 50 50
41 Croatia 307 C 50 50
42 Croatia 308 C 50 50
43 Croatia 309 A 50 50
44 Croatia 310 A 50 50
45 Croatia 311 C 50 50
46 Croatia 312 T 50 50
47 Croatia 313 C T 50 47 Leu16Leu
48 Croatia 314 A 50 50
49 Croatia 315 G 50 50
50 Croatia 316 T 50 50
51 Croatia 317 T 50 50
52 Croatia 318 T 50 50
53 Croatia 319 G 50 50
54 Croatia 320 C 50 50
55 Croatia 321 C 50 50
56 Croatia 322 T 50 50
57 Croatia 323 G 50 50
58 Croatia 324 T 50 50
59 Croatia 325 T 50 50
60 Croatia 326 T 50 50
61 Croatia 327 T 50 50
62 Croatia 328 A 50 50
63 Croatia 329 C 50 50
64 Croatia 330 A 50 50
65 Croatia 331 G 50 50
66 Croatia 332 G 50 50
67 Croatia 333 T 50 50
68 Croatia 334 T 50 50
69 Croatia 335 C 50 50
70 Croatia 336 G 50 50
71 Croatia 337 C 50 50
72 Croatia 338 G 50 50
73 Croatia 339 A 50 50
74 Croatia 340 C 50 50
75 Croatia 341 G 50 50
76 Croatia 342 T 50 50
77 Croatia 343 G 50 50
78 Croatia 344 C 50 50
79 Croatia 345 T 50 50
80 Croatia 346 C 50 50
81 Croatia 347 G 50 50
82 Croatia 348 T 50 50
83 Croatia 349 A 50 50
84 Croatia 350 C 50 50
85 Croatia 351 G 50 50
86 Croatia 352 T 50 50
87 Croatia 353 G 50 50
88 Croatia 354 G 50 50
89 Croatia 355 C 50 50
90 Croatia 356 T 50 50
91 Croatia 357 T 50 50
92 Croatia 358 T 50 50
93 Croatia 359 G 50 50
94 Croatia 360 G 50 50
95 Croatia 361 A 50 50
96 Croatia 362 G 50 50
97 Croatia 363 A 50 50
98 Croatia 364 C 50 50
99 Croatia 365 T 50 50
100 Croatia 366 C 50 50
101 Croatia 367 C 50 50
102 Croatia 368 G 50 50
103 Croatia 369 T 50 50
104 Croatia 370 G 50 50
105 Croatia 371 G 50 50
106 Croatia 372 A 50 50
107 Croatia 373 G 50 50
108 Croatia 374 G 50 50
109 Croatia 375 A 50 50
110 Croatia 376 G 50 50
111 Croatia 377 G 50 50
112 Croatia 378 T 50 50
113 Croatia 379 C 50 50
114 Croatia 380 T 50 50
115 Croatia 381 T 50 50
116 Croatia 382 A 50 50
117 Croatia 383 T 50 50
118 Croatia 384 C 50 50
119 Croatia 385 A 50 50
120 Croatia 386 G 50 50
121 Croatia 387 A 50 50
122 Croatia 388 G 50 50
123 Croatia 389 G 50 50
124 Croatia 390 C 50 50
125 Croatia 391 A 50 50
126 Croatia 392 C 50 50
127 Croatia 393 G 50 50
128 Croatia 394 T 50 50
129 Croatia 395 C 50 50
130 Croatia 396 A 50 50
131 Croatia 397 A 50 50
132 Croatia 398 C 50 50
133 Croatia 399 A 50 50
134 Croatia 400 T 50 50
135 Croatia 401 C 50 50
136 Croatia 402 T 50 50
137 Croatia 403 T 50 50
138 Croatia 404 A 50 50
139 Croatia 405 A 50 50
140 Croatia 406 A 50 50
141 Croatia 407 G 50 50
142 Croatia 408 A 50 50
143 Croatia 409 T 50 50
144 Croatia 410 G 50 50
145 Croatia 411 G 50 50
146 Croatia 412 C 50 50
147 Croatia 413 A 50 50
148 Croatia 414 C 50 50
149 Croatia 415 T 50 50
150 Croatia 416 T 50 50
151 Croatia 417 G 50 50
152 Croatia 418 T 50 50
153 Croatia 419 G 50 50
154 Croatia 420 G 50 50
155 Croatia 421 C 50 50
156 Croatia 422 T 50 50
157 Croatia 423 T 50 50
158 Croatia 424 A 50 50
159 Croatia 425 G 50 50
160 Croatia 426 T 50 50
161 Croatia 427 A 50 50
162 Croatia 428 G 50 50
163 Croatia 429 A 50 50
164 Croatia 430 A 50 50
165 Croatia 431 G 50 50
166 Croatia 432 T 50 50
167 Croatia 433 T 50 50
168 Croatia 434 G 50 50
169 Croatia 435 A 50 50
170 Croatia 436 A 50 50
171 Croatia 437 A 50 50
172 Croatia 438 A 50 50
173 Croatia 439 A 50 50
174 Croatia 440 G 50 50
175 Croatia 441 G 50 50
176 Croatia 442 C 50 50
177 Croatia 443 G 50 50
178 Croatia 444 T 50 50
179 Croatia 445 T 50 50
180 Croatia 446 T 50 50
181 Croatia 447 T 50 50
182 Croatia 448 G 50 50
183 Croatia 449 C 50 50
184 Croatia 450 C 50 50
185 Croatia 451 T 50 50
186 Croatia 452 C 50 50
187 Croatia 453 A 50 50
188 Croatia 454 A 50 50
189 Croatia 455 C 50 50
190 Croatia 456 T 50 50
191 Croatia 457 T 50 50
192 Croatia 458 G 50 50
193 Croatia 459 A 50 50
194 Croatia 460 A 50 50
195 Croatia 461 C 50 50
196 Croatia 462 A 50 50
197 Croatia 463 G 50 50
198 Croatia 464 C 50 50
199 Croatia 465 C 50 50
200 Croatia 466 C 50 50
201 Croatia 467 T 50 50
202 Croatia 468 A 50 50
203 Croatia 469 T 50 50
204 Croatia 470 G 50 50
205 Croatia 471 T 50 50
206 Croatia 472 G 50 50
207 Croatia 473 T 50 50
208 Croatia 474 T 50 50
209 Croatia 475 C 50 50
210 Croatia 476 A 50 50
211 Croatia 477 T 50 50
212 Croatia 478 C 50 50
213 Croatia 479 A 50 50
214 Croatia 480 A 50 50
215 Croatia 481 A 50 50
216 Croatia 482 C 50 50
217 Croatia 483 G 50 50
218 Croatia 484 T 50 50
219 Croatia 485 T 50 50
220 Croatia 486 C 50 50
221 Croatia 487 G 50 50
222 Croatia 488 G 50 50
223 Croatia 489 A 50 50
224 Croatia 490 T 50 50
225 Croatia 491 G 50 50
226 Croatia 492 C 50 50
227 Croatia 493 T 50 50
228 Croatia 494 C 50 50
229 Croatia 495 G 50 50
230 Croatia 496 A 50 50
231 Croatia 497 A 50 50
232 Croatia 498 C 50 50
233 Croatia 499 T 50 50
234 Croatia 500 G 50 50
235 Croatia 501 C 50 50
236 Croatia 502 A 50 50
237 Croatia 503 C 50 50
238 Croatia 504 C 50 50
239 Croatia 505 T 50 50
240 Croatia 506 C 50 50
241 Croatia 507 A 50 50
242 Croatia 508 T 50 50
243 Croatia 509 G 50 50
244 Croatia 510 G 50 50
245 Croatia 511 T 50 50
246 Croatia 512 C 50 50
247 Croatia 513 A 50 50
248 Croatia 514 T 50 50
249 Croatia 515 G 50 50
250 Croatia 516 T 50 50
251 Croatia 517 T 50 50
252 Croatia 518 A 50 50
253 Croatia 519 T 50 50
254 Croatia 520 G 50 50
255 Croatia 521 G 50 50
256 Croatia 522 T 50 50
257 Croatia 523 T 50 50
258 Croatia 524 G 50 50
259 Croatia 525 A 50 50
260 Croatia 526 G 50 50
261 Croatia 527 C 50 50
262 Croatia 528 T 50 50
263 Croatia 529 G 50 50
264 Croatia 530 G 50 50
265 Croatia 531 T 50 50
266 Croatia 532 A 50 50
267 Croatia 533 G 50 50
268 Croatia 534 C 50 50
269 Croatia 535 A 50 50
270 Croatia 536 G 50 50
271 Croatia 537 A 50 50
272 Croatia 538 A 50 50
273 Croatia 539 C 50 50
274 Croatia 540 T 50 50
275 Croatia 541 C 50 50
276 Croatia 542 G 50 50
277 Croatia 543 A 50 50
278 Croatia 544 A 50 50
279 Croatia 545 G T 50 48 Gly94Cys
280 Croatia 546 G 50 50
281 Croatia 547 C 50 50
282 Croatia 548 A 50 50
283 Croatia 549 T 50 50
284 Croatia 550 T 50 50
285 Croatia 551 C 50 50
286 Croatia 552 A 50 50
287 Croatia 553 G 50 50
288 Croatia 554 T 50 50
289 Croatia 555 A 50 50
290 Croatia 556 C 50 50
291 Croatia 557 G 50 50
292 Croatia 558 G 50 50
293 Croatia 559 T 50 50
294 Croatia 560 C 50 50
295 Croatia 561 G 50 50
296 Croatia 562 T 50 50
297 Croatia 563 A 50 50
298 Croatia 564 G 50 50
299 Croatia 565 T 50 50
300 Croatia 566 G 50 50
301 Croatia 567 G 50 50
302 Croatia 568 T 50 50
303 Croatia 569 G 50 50
304 Croatia 570 A 50 50
305 Croatia 571 G 50 50
306 Croatia 572 A 50 50
307 Croatia 573 C 50 50
308 Croatia 574 A 50 50
309 Croatia 575 C 50 50
310 Croatia 576 T 50 50
311 Croatia 577 T 50 50
312 Croatia 578 G 50 50
313 Croatia 579 G 50 50
314 Croatia 580 T 50 50
315 Croatia 581 G 50 50
316 Croatia 582 T 50 50
317 Croatia 583 C 50 50
318 Croatia 584 C 50 50
319 Croatia 585 T 50 50
320 Croatia 586 T 50 50
321 Croatia 587 G 50 50
322 Croatia 588 T 50 50
323 Croatia 589 C 50 50
324 Croatia 590 C 50 50
325 Croatia 591 C 50 50
326 Croatia 592 T 50 50
327 Croatia 593 C 50 50
328 Croatia 594 A 50 50
329 Croatia 595 T 50 50
330 Croatia 596 G 50 50
331 Croatia 597 T 50 50
332 Croatia 598 G 50 50
333 Croatia 599 G 50 50
334 Croatia 600 G 50 50
335 Croatia 601 C 50 50
336 Croatia 602 G 50 50
337 Croatia 603 A 50 50
338 Croatia 604 A 50 50
339 Croatia 605 A 50 50
340 Croatia 606 T 50 50
341 Croatia 607 A 50 50
342 Croatia 608 C 50 50
343 Croatia 609 C 50 50
344 Croatia 610 A 50 50
345 Croatia 611 G 50 50
346 Croatia 612 T 50 50
347 Croatia 613 G 50 50
348 Croatia 614 G 50 50
349 Croatia 615 C 50 50
350 Croatia 616 T 50 50
351 Croatia 617 T 50 50
352 Croatia 618 A 50 50
353 Croatia 619 C 50 50
354 Croatia 620 C 50 50
355 Croatia 621 G 50 50
356 Croatia 622 C 50 50
357 Croatia 623 A 50 50
358 Croatia 624 A 50 50
359 Croatia 625 G 50 50
360 Croatia 626 G 50 50
361 Croatia 627 T 50 50
362 Croatia 628 T 50 50
363 Croatia 629 C 50 50
364 Croatia 630 T 50 50
365 Croatia 631 T 50 50
366 Croatia 632 C 50 50
367 Croatia 633 T 50 50
368 Croatia 634 T 50 50
369 Croatia 635 C 50 50
370 Croatia 636 G 50 50
371 Croatia 637 T 50 50
372 Croatia 638 A 50 50
373 Croatia 639 A 50 50
374 Croatia 640 G 50 50
375 Croatia 641 A 50 50
376 Croatia 642 A 50 50
377 Croatia 643 C 50 50
378 Croatia 644 G 50 50
379 Croatia 645 G 50 50
380 Croatia 646 T 50 50
381 Croatia 647 A 50 50
382 Croatia 648 A 50 50
383 Croatia 649 T 50 50
384 Croatia 650 A 50 50
385 Croatia 651 A 50 50
386 Croatia 652 A 50 50
387 Croatia 653 G 50 50
388 Croatia 654 G 50 50
389 Croatia 655 A 50 50
390 Croatia 656 G 50 50
391 Croatia 657 C 50 50
392 Croatia 658 T 50 50
393 Croatia 659 G 50 50
394 Croatia 660 G 50 50
395 Croatia 661 T 50 50
396 Croatia 662 G 50 50
397 Croatia 663 G 50 50
398 Croatia 664 C 50 50
399 Croatia 665 C 50 50
400 Croatia 666 A 50 50
401 Croatia 667 T 50 50
402 Croatia 668 A 50 50
403 Croatia 669 G 50 50
404 Croatia 670 T 50 50
405 Croatia 671 T 50 50
406 Croatia 672 A 50 50
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408 Croatia 674 G 50 50
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