National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
-   540                                        
?                                            
A   21                                        
C   3                                        
D   27     1                                  
E   54                 1                      
F   15                                        
G   66   1       1                   1        
H   21                             1         1
I   9                                 1 1    
K   27                                        
L   63         1         2                    
M   9                                        
N   18                       1                
P   24                                        
Q   21                                        
R   30   1                                    
S   30                               1        
T   21                                        
V   63                                   2    
W   3                                        
Y   15                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Colombia 266 A 210 210
1 Colombia 267 T 210 210
2 Colombia 268 G 210 210
3 Colombia 269 G 210 210
4 Colombia 270 A 210 210
5 Colombia 271 G 210 210
6 Colombia 272 A 210 210
7 Colombia 273 G 210 210
8 Colombia 274 C T 210 209 Ser3Ser
9 Colombia 275 C 210 210
10 Colombia 276 T 210 210
11 Colombia 277 T 210 210
12 Colombia 278 G 210 210
13 Colombia 279 T 210 210
14 Colombia 280 C 210 210
15 Colombia 281 C 210 210
16 Colombia 282 C 210 210
17 Colombia 283 T 210 210
18 Colombia 284 G 210 210
19 Colombia 285 G 210 210
20 Colombia 286 T 210 210
21 Colombia 287 T 210 210
22 Colombia 288 T 210 210
23 Colombia 289 C 210 210
24 Colombia 290 A 210 210
25 Colombia 291 A 210 210
26 Colombia 292 C 210 210
27 Colombia 293 G A 210 209 Glu10Lys
28 Colombia 294 A 210 210
29 Colombia 295 G 210 210
30 Colombia 296 A 210 210
31 Colombia 297 A 210 210
32 Colombia 298 A 210 210
33 Colombia 299 A 210 210
34 Colombia 300 C 210 210
35 Colombia 301 A 210 210
36 Colombia 302 C 210 210
37 Colombia 303 A 210 210
38 Colombia 304 C 210 210
39 Colombia 305 G 210 210
40 Colombia 306 T 210 210
41 Colombia 307 C 210 210
42 Colombia 308 C 210 210
43 Colombia 309 A 210 210
44 Colombia 310 A 210 210
45 Colombia 311 C 210 210
46 Colombia 312 T 210 210
47 Colombia 313 C T 210 209 Leu16Leu
48 Colombia 314 A 210 210
49 Colombia 315 G 210 210
50 Colombia 316 T 210 210
51 Colombia 317 T 210 210
52 Colombia 318 T 210 210
53 Colombia 319 G 210 210
54 Colombia 320 C 211 211
55 Colombia 321 C 211 211
56 Colombia 322 T 211 211
57 Colombia 323 G 211 211
58 Colombia 324 T 211 211
59 Colombia 325 T 211 211
60 Colombia 326 T 211 211
61 Colombia 327 T 211 211
62 Colombia 328 A 211 211
63 Colombia 329 C 211 211
64 Colombia 330 A 211 211
65 Colombia 331 G 211 211
66 Colombia 332 G 211 211
67 Colombia 333 T 211 211
68 Colombia 334 T 211 211
69 Colombia 335 C T 211 210 Arg24Cys
70 Colombia 336 G 211 211
71 Colombia 337 C 211 211
72 Colombia 338 G 211 211
73 Colombia 339 A 211 211
74 Colombia 340 C 211 211
75 Colombia 341 G 211 211
76 Colombia 342 T 211 211
77 Colombia 343 G 276 276
78 Colombia 344 C 278 278
79 Colombia 345 T 278 278
80 Colombia 346 C T 278 277 Leu27Leu
81 Colombia 347 G 278 278
82 Colombia 348 T 278 278
83 Colombia 349 A 278 278
84 Colombia 350 C 278 278
85 Colombia 351 G 278 278
86 Colombia 352 T 278 278
87 Colombia 353 G 278 278
88 Colombia 354 G 278 278
89 Colombia 355 C 278 278
90 Colombia 356 T 278 278
91 Colombia 357 T 278 278
92 Colombia 358 T 278 278
93 Colombia 359 G 278 278
94 Colombia 360 G 278 278
95 Colombia 361 A 278 278
96 Colombia 362 G 278 278
97 Colombia 363 A 278 278
98 Colombia 364 C T 278 277 Asp33Asp
99 Colombia 365 T 278 278
100 Colombia 366 C 278 278
101 Colombia 367 C 278 278
102 Colombia 368 G 278 278
103 Colombia 369 T 278 278
104 Colombia 370 G 278 278
105 Colombia 371 G 278 278
106 Colombia 372 A 278 278
107 Colombia 373 G 278 278
108 Colombia 374 G 278 278
109 Colombia 375 A 278 278
110 Colombia 376 G 278 278
111 Colombia 377 G 278 278
112 Colombia 378 T 278 278
113 Colombia 379 C 278 278
114 Colombia 380 T 278 278
115 Colombia 381 T 278 278
116 Colombia 382 A 278 278
117 Colombia 383 T 278 278
118 Colombia 384 C 278 278
119 Colombia 385 A 278 278
120 Colombia 386 G 278 278
121 Colombia 387 A 278 278
122 Colombia 388 G 278 278
123 Colombia 389 G 278 278
124 Colombia 390 C 278 278
125 Colombia 391 A 278 278
126 Colombia 392 C 278 278
127 Colombia 393 G 278 278
128 Colombia 394 T 278 278
129 Colombia 395 C 278 278
130 Colombia 396 A 278 278
131 Colombia 397 A 278 278
132 Colombia 398 C 278 278
133 Colombia 399 A 278 278
134 Colombia 400 T 278 278
135 Colombia 401 C 278 278
136 Colombia 402 T 278 278
137 Colombia 403 T 278 278
138 Colombia 404 A 278 278
139 Colombia 405 A 278 278
140 Colombia 406 A 278 278
141 Colombia 407 G 278 278
142 Colombia 408 A 278 278
143 Colombia 409 T 278 278
144 Colombia 410 G 278 278
145 Colombia 411 G 278 278
146 Colombia 412 C 278 278
147 Colombia 413 A 278 278
148 Colombia 414 C 278 278
149 Colombia 415 T 278 278
150 Colombia 416 T 278 278
151 Colombia 417 G 278 278
152 Colombia 418 T 278 278
153 Colombia 419 G 278 278
154 Colombia 420 G 278 278
155 Colombia 421 C 278 278
156 Colombia 422 T 278 278
157 Colombia 423 T 278 278
158 Colombia 424 A 278 278
159 Colombia 425 G 278 278
160 Colombia 426 T 278 278
161 Colombia 427 A 278 278
162 Colombia 428 G 278 278
163 Colombia 429 A 278 278
164 Colombia 430 A 278 278
165 Colombia 431 G 278 278
166 Colombia 432 T 278 278
167 Colombia 433 T 278 278
168 Colombia 434 G 278 278
169 Colombia 435 A 278 278
170 Colombia 436 A 278 278
171 Colombia 437 A 278 278
172 Colombia 438 A 278 278
173 Colombia 439 A 278 278
174 Colombia 440 G 278 278
175 Colombia 441 G 278 278
176 Colombia 442 C 278 278
177 Colombia 443 G 278 278
178 Colombia 444 T 278 278
179 Colombia 445 T 278 278
180 Colombia 446 T 278 278
181 Colombia 447 T 278 278
182 Colombia 448 G 278 278
183 Colombia 449 C 278 278
184 Colombia 450 C 278 278
185 Colombia 451 T 278 278
186 Colombia 452 C 278 278
187 Colombia 453 A 278 278
188 Colombia 454 A 278 278
189 Colombia 455 C 278 278
190 Colombia 456 T 278 278
191 Colombia 457 T 278 278
192 Colombia 458 G 278 278
193 Colombia 459 A 278 278
194 Colombia 460 A 278 278
195 Colombia 461 C 278 278
196 Colombia 462 A 278 278
197 Colombia 463 G 278 278
198 Colombia 464 C 278 278
199 Colombia 465 C 278 278
200 Colombia 466 C 278 278
201 Colombia 467 T 278 278
202 Colombia 468 A 278 278
203 Colombia 469 T 278 278
204 Colombia 470 G 278 278
205 Colombia 471 T 278 278
206 Colombia 472 G 278 278
207 Colombia 473 T 278 278
208 Colombia 474 T 278 278
209 Colombia 475 C 278 278
210 Colombia 476 A G 278 275 Ile71Val
211 Colombia 477 T 278 278
212 Colombia 478 C 278 278
213 Colombia 479 A 278 278
214 Colombia 480 A 278 278
215 Colombia 481 A 278 278
216 Colombia 482 C 278 278
217 Colombia 483 G 278 278
218 Colombia 484 T 278 278
219 Colombia 485 T 278 278
220 Colombia 486 C 278 278
221 Colombia 487 G 278 278
222 Colombia 488 G 278 278
223 Colombia 489 A 278 278
224 Colombia 490 T 278 278
225 Colombia 491 G 278 278
226 Colombia 492 C 278 278
227 Colombia 493 T 278 278
228 Colombia 494 C 278 278
229 Colombia 495 G 278 278
230 Colombia 496 A 278 278
231 Colombia 497 A 278 278
232 Colombia 498 C 278 278
233 Colombia 499 T 278 278
234 Colombia 500 G 278 278
235 Colombia 501 C 278 278
236 Colombia 502 A 278 278
237 Colombia 503 C 278 278
238 Colombia 504 C 278 278
239 Colombia 505 T 276 276
240 Colombia 506 C 276 276
241 Colombia 507 A 276 276
242 Colombia 508 T 276 276
243 Colombia 509 G 276 276
244 Colombia 510 G 276 276
245 Colombia 511 T 276 276
246 Colombia 512 C 276 276
247 Colombia 513 A G 276 274 His83Arg
248 Colombia 514 T 276 276
249 Colombia 515 G 276 276
250 Colombia 516 T 276 276
251 Colombia 517 T 276 276
252 Colombia 518 A 276 275
253 Colombia 519 T 276 275
254 Colombia 520 G 276 275
255 Colombia 521 G 276 275
256 Colombia 522 T 276 275
257 Colombia 523 T 276 275
258 Colombia 524 G 276 276
259 Colombia 525 A 276 276
260 Colombia 526 G 276 276
261 Colombia 527 C 276 276
262 Colombia 528 T 276 276
263 Colombia 529 G 276 276
264 Colombia 530 G 276 276
265 Colombia 531 T 276 276
266 Colombia 532 A 276 276
267 Colombia 533 G 276 276
268 Colombia 534 C 276 276
269 Colombia 535 A 276 276
270 Colombia 536 G 276 276
271 Colombia 537 A 276 276
272 Colombia 538 A 276 276
273 Colombia 539 C 276 276
274 Colombia 540 T 276 276
275 Colombia 541 C 276 276
276 Colombia 542 G 276 276
277 Colombia 543 A 276 276
278 Colombia 544 A 276 276
279 Colombia 545 G 276 276
280 Colombia 546 G 276 276
281 Colombia 547 C 276 276
282 Colombia 548 A 276 276
283 Colombia 549 T 276 276
284 Colombia 550 T 276 276
285 Colombia 551 C 276 276
286 Colombia 552 A 276 276
287 Colombia 553 G 276 276
288 Colombia 554 T 276 276
289 Colombia 555 A 276 276
290 Colombia 556 C 276 276
291 Colombia 557 G 276 276
292 Colombia 558 G 276 276
293 Colombia 559 T 276 276
294 Colombia 560 C 276 276
295 Colombia 561 G 276 276
296 Colombia 562 T 276 276
297 Colombia 563 A 276 276
298 Colombia 564 G 276 276
299 Colombia 565 T 278 278
300 Colombia 566 G 278 278
301 Colombia 567 G 278 278
302 Colombia 568 T 278 278
303 Colombia 569 G 278 278
304 Colombia 570 A 278 278
305 Colombia 571 G 278 278
306 Colombia 572 A 278 278
307 Colombia 573 C 278 278
308 Colombia 574 A 278 278
309 Colombia 575 C 278 278
310 Colombia 576 T 278 278
311 Colombia 577 T 278 278
312 Colombia 578 G A 278 274 Gly105Ser
313 Colombia 579 G 278 278
314 Colombia 580 T 278 278
315 Colombia 581 G 278 278
316 Colombia 582 T 278 278
317 Colombia 583 C 278 278
318 Colombia 584 C T 278 277 Leu107Phe
319 Colombia 585 T 278 278
320 Colombia 586 T 278 278
321 Colombia 587 G 278 278
322 Colombia 588 T 278 278
323 Colombia 589 C 278 278
324 Colombia 590 C 278 278
325 Colombia 591 C 278 278
326 Colombia 592 T 278 278
327 Colombia 593 C T 278 277 His110Tyr
328 Colombia 594 A 278 278
329 Colombia 595 T 278 278
330 Colombia 596 G 278 278
331 Colombia 597 T 278 278
332 Colombia 598 G 278 278
333 Colombia 599 G 278 278
334 Colombia 600 G 278 278
335 Colombia 601 C 278 278
336 Colombia 602 G 278 278
337 Colombia 603 A 278 278
338 Colombia 604 A 278 278
339 Colombia 605 A 278 278
340 Colombia 606 T C 278 259 Ile114Thr
341 Colombia 607 A 278 278
342 Colombia 608 C 278 278
343 Colombia 609 C 278 278
344 Colombia 610 A 278 278
345 Colombia 611 G 278 278
346 Colombia 612 T 278 278
347 Colombia 613 G T 278 277 Val116Val
348 Colombia 614 G 278 278
349 Colombia 615 C 278 278
350 Colombia 616 T 278 278
351 Colombia 617 T 278 278
352 Colombia 618 A 278 278
353 Colombia 619 C 278 278
354 Colombia 620 C 278 278
355 Colombia 621 G 278 278
356 Colombia 622 C 278 278
357 Colombia 623 A 278 278
358 Colombia 624 A 278 278
359 Colombia 625 G 278 278
360 Colombia 626 G 278 278
361 Colombia 627 T 278 278
362 Colombia 628 T 278 278
363 Colombia 629 C 278 278
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365 Colombia 631 T 278 278
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