National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
-   540                                        
?                                            
A   21 1                                      
C   3                                        
D   27                                        
E   54                                        
F   15                                        
G   66           1                            
H   21                                        
I   9                                        
K   27                                        
L   63                                        
M   9                                        
N   18                                        
P   24                                        
Q   21                                        
R   30                                        
S   30                                        
T   21                                        
V   63                                        
W   3                                        
Y   15                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Benin 266 A 12 12
1 Benin 267 T 12 12
2 Benin 268 G 12 12
3 Benin 269 G 12 12
4 Benin 270 A 12 12
5 Benin 271 G 12 12
6 Benin 272 A 12 12
7 Benin 273 G 12 12
8 Benin 274 C 12 12
9 Benin 275 C 12 12
10 Benin 276 T 12 12
11 Benin 277 T 12 12
12 Benin 278 G 12 12
13 Benin 279 T 12 12
14 Benin 280 C 12 12
15 Benin 281 C 12 12
16 Benin 282 C 12 12
17 Benin 283 T 12 12
18 Benin 284 G 12 12
19 Benin 285 G 12 12
20 Benin 286 T 12 12
21 Benin 287 T 12 12
22 Benin 288 T 12 12
23 Benin 289 C 12 12
24 Benin 290 A 12 12
25 Benin 291 A 12 12
26 Benin 292 C 12 12
27 Benin 293 G 12 12
28 Benin 294 A 12 12
29 Benin 295 G 12 12
30 Benin 296 A 12 12
31 Benin 297 A 12 12
32 Benin 298 A 12 12
33 Benin 299 A 12 12
34 Benin 300 C 12 12
35 Benin 301 A 12 12
36 Benin 302 C 12 12
37 Benin 303 A 12 12
38 Benin 304 C 12 12
39 Benin 305 G 12 12
40 Benin 306 T 12 12
41 Benin 307 C 12 12
42 Benin 308 C 12 12
43 Benin 309 A 12 12
44 Benin 310 A 12 12
45 Benin 311 C 12 12
46 Benin 312 T 12 12
47 Benin 313 C 12 12
48 Benin 314 A 12 12
49 Benin 315 G 12 12
50 Benin 316 T 12 12
51 Benin 317 T 12 12
52 Benin 318 T 12 12
53 Benin 319 G 12 12
54 Benin 320 C 12 12
55 Benin 321 C 12 12
56 Benin 322 T 12 12
57 Benin 323 G 12 12
58 Benin 324 T 12 12
59 Benin 325 T 12 12
60 Benin 326 T 12 12
61 Benin 327 T 12 12
62 Benin 328 A 12 12
63 Benin 329 C 12 12
64 Benin 330 A 12 12
65 Benin 331 G 12 12
66 Benin 332 G 12 12
67 Benin 333 T 12 12
68 Benin 334 T 12 12
69 Benin 335 C 12 12
70 Benin 336 G 12 12
71 Benin 337 C 12 12
72 Benin 338 G 12 12
73 Benin 339 A 12 12
74 Benin 340 C 12 12
75 Benin 341 G 12 12
76 Benin 342 T 12 12
77 Benin 343 G 12 12
78 Benin 344 C 12 12
79 Benin 345 T 12 12
80 Benin 346 C 12 12
81 Benin 347 G 12 12
82 Benin 348 T 12 12
83 Benin 349 A 12 12
84 Benin 350 C 12 12
85 Benin 351 G 12 12
86 Benin 352 T 12 12
87 Benin 353 G 12 12
88 Benin 354 G 12 12
89 Benin 355 C 12 12
90 Benin 356 T 12 12
91 Benin 357 T 12 12
92 Benin 358 T 12 12
93 Benin 359 G 12 12
94 Benin 360 G 12 12
95 Benin 361 A G 12 10 Gly32Gly
96 Benin 362 G 12 12
97 Benin 363 A 12 12
98 Benin 364 C 12 12
99 Benin 365 T 12 12
100 Benin 366 C 12 12
101 Benin 367 C 12 12
102 Benin 368 G 12 12
103 Benin 369 T 12 12
104 Benin 370 G 12 12
105 Benin 371 G 12 12
106 Benin 372 A 12 12
107 Benin 373 G 12 12
108 Benin 374 G 12 12
109 Benin 375 A 12 12
110 Benin 376 G 12 12
111 Benin 377 G 12 12
112 Benin 378 T 12 12
113 Benin 379 C 12 12
114 Benin 380 T 12 12
115 Benin 381 T 12 12
116 Benin 382 A 12 12
117 Benin 383 T 12 12
118 Benin 384 C 12 12
119 Benin 385 A 12 12
120 Benin 386 G 12 12
121 Benin 387 A 12 12
122 Benin 388 G 12 12
123 Benin 389 G 12 12
124 Benin 390 C 12 12
125 Benin 391 A 12 12
126 Benin 392 C 12 12
127 Benin 393 G 12 12
128 Benin 394 T 12 12
129 Benin 395 C 12 12
130 Benin 396 A 12 12
131 Benin 397 A 12 12
132 Benin 398 C 12 12
133 Benin 399 A 12 12
134 Benin 400 T 12 12
135 Benin 401 C 12 12
136 Benin 402 T 12 12
137 Benin 403 T 12 12
138 Benin 404 A 12 12
139 Benin 405 A 12 12
140 Benin 406 A 12 12
141 Benin 407 G 12 12
142 Benin 408 A 12 12
143 Benin 409 T 12 12
144 Benin 410 G 12 12
145 Benin 411 G 12 12
146 Benin 412 C 12 12
147 Benin 413 A 12 12
148 Benin 414 C 12 12
149 Benin 415 T 12 12
150 Benin 416 T 12 12
151 Benin 417 G 12 12
152 Benin 418 T 12 12
153 Benin 419 G 12 12
154 Benin 420 G 12 12
155 Benin 421 C 12 12
156 Benin 422 T 12 12
157 Benin 423 T 12 12
158 Benin 424 A 12 12
159 Benin 425 G 12 12
160 Benin 426 T 12 12
161 Benin 427 A 12 12
162 Benin 428 G 12 12
163 Benin 429 A 12 12
164 Benin 430 A 12 12
165 Benin 431 G 12 12
166 Benin 432 T 12 12
167 Benin 433 T 12 12
168 Benin 434 G 12 12
169 Benin 435 A 12 12
170 Benin 436 A 12 12
171 Benin 437 A 12 12
172 Benin 438 A 12 12
173 Benin 439 A 12 12
174 Benin 440 G 12 12
175 Benin 441 G 12 12
176 Benin 442 C 12 12
177 Benin 443 G 12 12
178 Benin 444 T 12 12
179 Benin 445 T 12 12
180 Benin 446 T 12 12
181 Benin 447 T 12 12
182 Benin 448 G 12 12
183 Benin 449 C 12 12
184 Benin 450 C 12 12
185 Benin 451 T 12 12
186 Benin 452 C 12 12
187 Benin 453 A 12 12
188 Benin 454 A 12 12
189 Benin 455 C 12 12
190 Benin 456 T 12 12
191 Benin 457 T 12 12
192 Benin 458 G 12 12
193 Benin 459 A 12 12
194 Benin 460 A 12 12
195 Benin 461 C 12 12
196 Benin 462 A 12 12
197 Benin 463 G 12 12
198 Benin 464 C 12 12
199 Benin 465 C 12 12
200 Benin 466 C 12 12
201 Benin 467 T 12 12
202 Benin 468 A 12 12
203 Benin 469 T 12 12
204 Benin 470 G 12 12
205 Benin 471 T 12 12
206 Benin 472 G 12 12
207 Benin 473 T 12 12
208 Benin 474 T 12 12
209 Benin 475 C 12 12
210 Benin 476 A 12 12
211 Benin 477 T 12 12
212 Benin 478 C 12 12
213 Benin 479 A 12 12
214 Benin 480 A 12 12
215 Benin 481 A 12 12
216 Benin 482 C 12 12
217 Benin 483 G 12 12
218 Benin 484 T 12 12
219 Benin 485 T 12 12
220 Benin 486 C 12 12
221 Benin 487 G 12 12
222 Benin 488 G 12 12
223 Benin 489 A 12 12
224 Benin 490 T 12 12
225 Benin 491 G 12 12
226 Benin 492 C 12 12
227 Benin 493 T 12 12
228 Benin 494 C 12 12
229 Benin 495 G 12 12
230 Benin 496 A 12 12
231 Benin 497 A 12 12
232 Benin 498 C 12 12
233 Benin 499 T 12 12
234 Benin 500 G 12 12
235 Benin 501 C 12 12
236 Benin 502 A 12 12
237 Benin 503 C 12 12
238 Benin 504 C 12 12
239 Benin 505 T 12 12
240 Benin 506 C 12 12
241 Benin 507 A 12 12
242 Benin 508 T 12 12
243 Benin 509 G 12 12
244 Benin 510 G 12 12
245 Benin 511 T 12 12
246 Benin 512 C 12 12
247 Benin 513 A 12 12
248 Benin 514 T 12 12
249 Benin 515 G 12 12
250 Benin 516 T 12 12
251 Benin 517 T 12 12
252 Benin 518 A 12 12
253 Benin 519 T 12 12
254 Benin 520 G 12 12
255 Benin 521 G 12 12
256 Benin 522 T 12 12
257 Benin 523 T 12 12
258 Benin 524 G 12 12
259 Benin 525 A 12 12
260 Benin 526 G 12 12
261 Benin 527 C 12 12
262 Benin 528 T 12 12
263 Benin 529 G 12 12
264 Benin 530 G 12 12
265 Benin 531 T 12 12
266 Benin 532 A 12 12
267 Benin 533 G 12 12
268 Benin 534 C 12 12
269 Benin 535 A 12 12
270 Benin 536 G 12 12
271 Benin 537 A 12 12
272 Benin 538 A 12 12
273 Benin 539 C 12 12
274 Benin 540 T 12 12
275 Benin 541 C 12 12
276 Benin 542 G 12 12
277 Benin 543 A 12 12
278 Benin 544 A 12 12
279 Benin 545 G 12 12
280 Benin 546 G 12 12
281 Benin 547 C 12 12
282 Benin 548 A 12 12
283 Benin 549 T 12 12
284 Benin 550 T 12 12
285 Benin 551 C 12 12
286 Benin 552 A 12 12
287 Benin 553 G 12 12
288 Benin 554 T 12 12
289 Benin 555 A 12 12
290 Benin 556 C 12 12
291 Benin 557 G 12 12
292 Benin 558 G 12 12
293 Benin 559 T 12 12
294 Benin 560 C 12 12
295 Benin 561 G 12 12
296 Benin 562 T 12 12
297 Benin 563 A 12 12
298 Benin 564 G 12 12
299 Benin 565 T 12 12
300 Benin 566 G 12 12
301 Benin 567 G 12 12
302 Benin 568 T 12 12
303 Benin 569 G 12 12
304 Benin 570 A 12 12
305 Benin 571 G 12 12
306 Benin 572 A 12 12
307 Benin 573 C 12 12
308 Benin 574 A 12 12
309 Benin 575 C 12 12
310 Benin 576 T 12 12
311 Benin 577 T 12 12
312 Benin 578 G 12 12
313 Benin 579 G 12 12
314 Benin 580 T 12 12
315 Benin 581 G 12 12
316 Benin 582 T 12 12
317 Benin 583 C 12 12
318 Benin 584 C 12 12
319 Benin 585 T 12 12
320 Benin 586 T 12 12
321 Benin 587 G 12 12
322 Benin 588 T 12 12
323 Benin 589 C 12 12
324 Benin 590 C 12 12
325 Benin 591 C 12 12
326 Benin 592 T 12 12
327 Benin 593 C 12 12
328 Benin 594 A 12 12
329 Benin 595 T 12 12
330 Benin 596 G 12 12
331 Benin 597 T 12 12
332 Benin 598 G 12 12
333 Benin 599 G 12 12
334 Benin 600 G 12 12
335 Benin 601 C 12 12
336 Benin 602 G 12 12
337 Benin 603 A 12 12
338 Benin 604 A 12 12
339 Benin 605 A 12 12
340 Benin 606 T 12 12
341 Benin 607 A 12 12
342 Benin 608 C 12 12
343 Benin 609 C 12 12
344 Benin 610 A 12 12
345 Benin 611 G 12 12
346 Benin 612 T 12 12
347 Benin 613 G 12 12
348 Benin 614 G 12 12
349 Benin 615 C 12 12
350 Benin 616 T 12 12
351 Benin 617 T 12 12
352 Benin 618 A 12 12
353 Benin 619 C 12 12
354 Benin 620 C 12 12
355 Benin 621 G 12 12
356 Benin 622 C 12 12
357 Benin 623 A 12 12
358 Benin 624 A 12 12
359 Benin 625 G 12 12
360 Benin 626 G 12 12
361 Benin 627 T 12 12
362 Benin 628 T 12 12
363 Benin 629 C 12 12
364 Benin 630 T 12 12
365 Benin 631 T 12 12
366 Benin 632 C 12 12
367 Benin 633 T 12 12
368 Benin 634 T 12 12
369 Benin 635 C 12 12
370 Benin 636 G 12 12
371 Benin 637 T 12 12
372 Benin 638 A 12 12
373 Benin 639 A 12 12
374 Benin 640 G 12 12
375 Benin 641 A 12 12
376 Benin 642 A 12 12
377 Benin 643 C 12 12
378 Benin 644 G 12 12
379 Benin 645 G 12 12
380 Benin 646 T 12 12
381 Benin 647 A 12 12
382 Benin 648 A 12 12
383 Benin 649 T 12 12
384 Benin 650 A 12 12
385 Benin 651 A 12 12
386 Benin 652 A 12 12
387 Benin 653 G 12 12
388 Benin 654 G 12 12
389 Benin 655 A 12 12
390 Benin 656 G 12 12
391 Benin 657 C 12 12
392 Benin 658 T 12 12
393 Benin 659 G 12 12
394 Benin 660 G 12 12
395 Benin 661 T 12 12
396 Benin 662 G 12 12
397 Benin 663 G 12 12
398 Benin 664 C 12 12
399 Benin 665 C 12 12
400 Benin 666 A 12 12
401 Benin 667 T 12 12
402 Benin 668 A 12 12
403 Benin 669 G 12 12
404 Benin 670 T 12 12
405 Benin 671 T 12 12
406 Benin 672 A 12 12
407 Benin 673 C 12 12
408 Benin 674 G 12 12
409 Benin 675 G 12 12
410 Benin 676 C 12 12
411 Benin 677 G 12 12
412 Benin 678 C 12 12
413 Benin 679 C T 12 11 Ala138Ala
414 Benin 680 G 12 12
415 Benin 681 A 12 12
416 Benin 682 T 12 12
417 Benin 683 C 12 12
418 Benin 684 T 12 12
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420 Benin 686 A 12 12
421 Benin 687 A 12 12
422 Benin 688 G 12 12
423 Benin 689 T 12 12
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