National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.

Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
-   540                                        
?                                            
A   21                                        
C   3                                        
D   27                                        
E   54                                        
F   15                                        
G   66                                        
H   21                                        
I   9                                        
K   27                                        
L   63                                        
M   9                                        
N   18                                        
P   24                                        
Q   21                                        
R   30                                        
S   30                                        
T   21                                        
V   63                                        
W   3                                        
Y   15                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide

Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Armenia 266 A 3 3
1 Armenia 267 T 3 3
2 Armenia 268 G 3 3
3 Armenia 269 G 3 3
4 Armenia 270 A 3 3
5 Armenia 271 G 3 3
6 Armenia 272 A 3 3
7 Armenia 273 G 3 3
8 Armenia 274 C 3 3
9 Armenia 275 C 3 3
10 Armenia 276 T 3 3
11 Armenia 277 T 3 3
12 Armenia 278 G 3 3
13 Armenia 279 T 3 3
14 Armenia 280 C 3 3
15 Armenia 281 C 3 3
16 Armenia 282 C 3 3
17 Armenia 283 T 3 3
18 Armenia 284 G 3 3
19 Armenia 285 G 3 3
20 Armenia 286 T 3 3
21 Armenia 287 T 3 3
22 Armenia 288 T 3 3
23 Armenia 289 C 3 3
24 Armenia 290 A 3 3
25 Armenia 291 A 3 3
26 Armenia 292 C 3 3
27 Armenia 293 G 3 3
28 Armenia 294 A 3 3
29 Armenia 295 G 3 3
30 Armenia 296 A 3 3
31 Armenia 297 A 3 3
32 Armenia 298 A 3 3
33 Armenia 299 A 3 3
34 Armenia 300 C 3 3
35 Armenia 301 A 3 3
36 Armenia 302 C 3 3
37 Armenia 303 A 3 3
38 Armenia 304 C 3 3
39 Armenia 305 G 3 3
40 Armenia 306 T 3 3
41 Armenia 307 C 3 3
42 Armenia 308 C 3 3
43 Armenia 309 A 3 3
44 Armenia 310 A 3 3
45 Armenia 311 C 3 3
46 Armenia 312 T 3 3
47 Armenia 313 C 3 3
48 Armenia 314 A 3 3
49 Armenia 315 G 3 3
50 Armenia 316 T 3 3
51 Armenia 317 T 3 3
52 Armenia 318 T 3 3
53 Armenia 319 G 3 3
54 Armenia 320 C 3 3
55 Armenia 321 C 3 3
56 Armenia 322 T 3 3
57 Armenia 323 G 3 3
58 Armenia 324 T 3 3
59 Armenia 325 T 3 3
60 Armenia 326 T 3 3
61 Armenia 327 T 3 3
62 Armenia 328 A 3 3
63 Armenia 329 C 3 3
64 Armenia 330 A 3 3
65 Armenia 331 G 3 3
66 Armenia 332 G 3 3
67 Armenia 333 T 3 3
68 Armenia 334 T 3 3
69 Armenia 335 C 3 3
70 Armenia 336 G 3 3
71 Armenia 337 C 3 3
72 Armenia 338 G 3 3
73 Armenia 339 A 3 3
74 Armenia 340 C 3 3
75 Armenia 341 G 3 3
76 Armenia 342 T 3 3
77 Armenia 343 G 3 3
78 Armenia 344 C 3 3
79 Armenia 345 T 3 3
80 Armenia 346 C 3 3
81 Armenia 347 G 3 3
82 Armenia 348 T 3 3
83 Armenia 349 A 3 3
84 Armenia 350 C 3 3
85 Armenia 351 G 3 3
86 Armenia 352 T 3 3
87 Armenia 353 G 3 3
88 Armenia 354 G 3 3
89 Armenia 355 C 3 3
90 Armenia 356 T 3 3
91 Armenia 357 T 3 3
92 Armenia 358 T 3 3
93 Armenia 359 G 3 3
94 Armenia 360 G 3 3
95 Armenia 361 A 3 3
96 Armenia 362 G 3 3
97 Armenia 363 A 3 3
98 Armenia 364 C 3 3
99 Armenia 365 T 3 3
100 Armenia 366 C 3 3
101 Armenia 367 C 3 3
102 Armenia 368 G 3 3
103 Armenia 369 T 3 3
104 Armenia 370 G 3 3
105 Armenia 371 G 3 3
106 Armenia 372 A 3 3
107 Armenia 373 G 3 3
108 Armenia 374 G 3 3
109 Armenia 375 A 3 3
110 Armenia 376 G 3 3
111 Armenia 377 G 3 3
112 Armenia 378 T 3 3
113 Armenia 379 C 3 3
114 Armenia 380 T 3 3
115 Armenia 381 T 3 3
116 Armenia 382 A 3 3
117 Armenia 383 T 3 3
118 Armenia 384 C 3 3
119 Armenia 385 A 3 3
120 Armenia 386 G 3 3
121 Armenia 387 A 3 3
122 Armenia 388 G 3 3
123 Armenia 389 G 3 3
124 Armenia 390 C 3 3
125 Armenia 391 A 3 3
126 Armenia 392 C 3 3
127 Armenia 393 G 3 3
128 Armenia 394 T 3 3
129 Armenia 395 C 3 3
130 Armenia 396 A 3 3
131 Armenia 397 A 3 3
132 Armenia 398 C 3 3
133 Armenia 399 A 3 3
134 Armenia 400 T 3 3
135 Armenia 401 C 3 3
136 Armenia 402 T 3 3
137 Armenia 403 T 3 3
138 Armenia 404 A 3 3
139 Armenia 405 A 3 3
140 Armenia 406 A 3 3
141 Armenia 407 G 3 3
142 Armenia 408 A 3 3
143 Armenia 409 T 3 3
144 Armenia 410 G 3 3
145 Armenia 411 G 3 3
146 Armenia 412 C 3 3
147 Armenia 413 A 3 3
148 Armenia 414 C 3 3
149 Armenia 415 T 3 3
150 Armenia 416 T 3 3
151 Armenia 417 G 3 3
152 Armenia 418 T 3 3
153 Armenia 419 G 3 3
154 Armenia 420 G 3 3
155 Armenia 421 C 3 3
156 Armenia 422 T 3 3
157 Armenia 423 T 3 3
158 Armenia 424 A 3 3
159 Armenia 425 G 3 3
160 Armenia 426 T 3 3
161 Armenia 427 A 3 3
162 Armenia 428 G 3 3
163 Armenia 429 A 3 3
164 Armenia 430 A 3 3
165 Armenia 431 G 3 3
166 Armenia 432 T 3 3
167 Armenia 433 T 3 3
168 Armenia 434 G 3 3
169 Armenia 435 A 3 3
170 Armenia 436 A 3 3
171 Armenia 437 A 3 3
172 Armenia 438 A 3 3
173 Armenia 439 A 3 3
174 Armenia 440 G 3 3
175 Armenia 441 G 3 3
176 Armenia 442 C 3 3
177 Armenia 443 G 3 3
178 Armenia 444 T 3 3
179 Armenia 445 T 3 3
180 Armenia 446 T 3 3
181 Armenia 447 T 3 3
182 Armenia 448 G 3 3
183 Armenia 449 C 3 3
184 Armenia 450 C 3 3
185 Armenia 451 T 3 3
186 Armenia 452 C 3 3
187 Armenia 453 A 3 3
188 Armenia 454 A 3 3
189 Armenia 455 C 3 3
190 Armenia 456 T 3 3
191 Armenia 457 T 3 3
192 Armenia 458 G 3 3
193 Armenia 459 A 3 3
194 Armenia 460 A 3 3
195 Armenia 461 C 3 3
196 Armenia 462 A 3 3
197 Armenia 463 G 3 3
198 Armenia 464 C 3 3
199 Armenia 465 C 3 3
200 Armenia 466 C 3 3
201 Armenia 467 T 3 3
202 Armenia 468 A 3 3
203 Armenia 469 T 3 3
204 Armenia 470 G 3 3
205 Armenia 471 T 3 3
206 Armenia 472 G 3 3
207 Armenia 473 T 3 3
208 Armenia 474 T 3 3
209 Armenia 475 C 3 3
210 Armenia 476 A 3 3
211 Armenia 477 T 3 3
212 Armenia 478 C 3 3
213 Armenia 479 A 3 3
214 Armenia 480 A 3 3
215 Armenia 481 A 3 3
216 Armenia 482 C 3 3
217 Armenia 483 G 3 3
218 Armenia 484 T 3 3
219 Armenia 485 T 3 3
220 Armenia 486 C 3 3
221 Armenia 487 G 3 3
222 Armenia 488 G 3 3
223 Armenia 489 A 3 3
224 Armenia 490 T 3 3
225 Armenia 491 G 3 3
226 Armenia 492 C 3 3
227 Armenia 493 T 3 3
228 Armenia 494 C 3 3
229 Armenia 495 G 3 3
230 Armenia 496 A 3 3
231 Armenia 497 A 3 3
232 Armenia 498 C 3 3
233 Armenia 499 T 3 3
234 Armenia 500 G 3 3
235 Armenia 501 C 3 3
236 Armenia 502 A 3 3
237 Armenia 503 C 3 3
238 Armenia 504 C 3 3
239 Armenia 505 T 3 3
240 Armenia 506 C 3 3
241 Armenia 507 A 3 3
242 Armenia 508 T 3 3
243 Armenia 509 G 3 3
244 Armenia 510 G 3 3
245 Armenia 511 T 3 3
246 Armenia 512 C 3 3
247 Armenia 513 A 3 3
248 Armenia 514 T 3 3
249 Armenia 515 G 3 3
250 Armenia 516 T 3 3
251 Armenia 517 T 3 3
252 Armenia 518 A 3 3
253 Armenia 519 T 3 3
254 Armenia 520 G 3 3
255 Armenia 521 G 3 3
256 Armenia 522 T 3 3
257 Armenia 523 T 3 3
258 Armenia 524 G 3 3
259 Armenia 525 A 3 3
260 Armenia 526 G 3 3
261 Armenia 527 C 3 3
262 Armenia 528 T 3 3
263 Armenia 529 G 3 3
264 Armenia 530 G 3 3
265 Armenia 531 T 3 3
266 Armenia 532 A 3 3
267 Armenia 533 G 3 3
268 Armenia 534 C 3 3
269 Armenia 535 A 3 3
270 Armenia 536 G 3 3
271 Armenia 537 A 3 3
272 Armenia 538 A 3 3
273 Armenia 539 C 3 3
274 Armenia 540 T 3 3
275 Armenia 541 C 3 3
276 Armenia 542 G 3 3
277 Armenia 543 A 3 3
278 Armenia 544 A 3 3
279 Armenia 545 G 3 3
280 Armenia 546 G 3 3
281 Armenia 547 C 3 3
282 Armenia 548 A 3 3
283 Armenia 549 T 3 3
284 Armenia 550 T 3 3
285 Armenia 551 C 3 3
286 Armenia 552 A 3 3
287 Armenia 553 G 3 3
288 Armenia 554 T 3 3
289 Armenia 555 A 3 3
290 Armenia 556 C 3 3
291 Armenia 557 G 3 3
292 Armenia 558 G 3 3
293 Armenia 559 T 3 3
294 Armenia 560 C 3 3
295 Armenia 561 G 3 3
296 Armenia 562 T 3 3
297 Armenia 563 A 3 3
298 Armenia 564 G 3 3
299 Armenia 565 T 3 3
300 Armenia 566 G 3 3
301 Armenia 567 G 3 3
302 Armenia 568 T 3 3
303 Armenia 569 G 3 3
304 Armenia 570 A 3 3
305 Armenia 571 G 3 3
306 Armenia 572 A 3 3
307 Armenia 573 C 3 3
308 Armenia 574 A 3 3
309 Armenia 575 C 3 3
310 Armenia 576 T 3 3
311 Armenia 577 T 3 3
312 Armenia 578 G 3 3
313 Armenia 579 G 3 3
314 Armenia 580 T 3 3
315 Armenia 581 G 3 3
316 Armenia 582 T 3 3
317 Armenia 583 C 3 3
318 Armenia 584 C 3 3
319 Armenia 585 T 3 3
320 Armenia 586 T 3 3
321 Armenia 587 G 3 3
322 Armenia 588 T 3 3
323 Armenia 589 C 3 3
324 Armenia 590 C 3 3
325 Armenia 591 C 3 3
326 Armenia 592 T 3 3
327 Armenia 593 C 3 3
328 Armenia 594 A 3 3
329 Armenia 595 T 3 3
330 Armenia 596 G 3 3
331 Armenia 597 T 3 3
332 Armenia 598 G 3 3
333 Armenia 599 G 3 3
334 Armenia 600 G 3 3
335 Armenia 601 C 3 3
336 Armenia 602 G 3 3
337 Armenia 603 A 3 3
338 Armenia 604 A 3 3
339 Armenia 605 A 3 3
340 Armenia 606 T 3 3
341 Armenia 607 A 3 3
342 Armenia 608 C 3 3
343 Armenia 609 C 3 3
344 Armenia 610 A 3 3
345 Armenia 611 G 3 3
346 Armenia 612 T 3 3
347 Armenia 613 G 3 3
348 Armenia 614 G 3 3
349 Armenia 615 C 3 3
350 Armenia 616 T 3 3
351 Armenia 617 T 3 3
352 Armenia 618 A 3 3
353 Armenia 619 C 3 3
354 Armenia 620 C 3 3
355 Armenia 621 G 3 3
356 Armenia 622 C 3 3
357 Armenia 623 A 3 3
358 Armenia 624 A 3 3
359 Armenia 625 G 3 3
360 Armenia 626 G 3 3
361 Armenia 627 T 3 3
362 Armenia 628 T 3 3
363 Armenia 629 C 3 3
364 Armenia 630 T 3 3
365 Armenia 631 T 3 3
366 Armenia 632 C 3 3
367 Armenia 633 T 3 3
368 Armenia 634 T 3 3
369 Armenia 635 C 3 3
370 Armenia 636 G 3 3
371 Armenia 637 T 3 3
372 Armenia 638 A 3 3
373 Armenia 639 A 3 3
374 Armenia 640 G 3 3
375 Armenia 641 A 3 3
376 Armenia 642 A 3 3
377 Armenia 643 C 3 3
378 Armenia 644 G 3 3
379 Armenia 645 G 3 3
380 Armenia 646 T 3 3
381 Armenia 647 A 3 3
382 Armenia 648 A 3 3
383 Armenia 649 T 3 3
384 Armenia 650 A 3 3
385 Armenia 651 A 3 3
386 Armenia 652 A 3 3
387 Armenia 653 G 3 3
388 Armenia 654 G 3 3
389 Armenia 655 A 3 3
390 Armenia 656 G 3 3
391 Armenia 657 C 3 3
392 Armenia 658 T 3 3
393 Armenia 659 G 3 3
394 Armenia 660 G 3 3
395 Armenia 661 T 3 3
396 Armenia 662 G 3 3
397 Armenia 663 G 3 3
398 Armenia 664 C 3 3
399 Armenia 665 C 3 3
400 Armenia 666 A 3 3
401 Armenia 667 T 3 3
402 Armenia 668 A 3 3
403 Armenia 669 G 3 3
404 Armenia 670 T 3 3
405 Armenia 671 T 3 3
406 Armenia 672 A 3 3
407 Armenia 673 C 3 3
408 Armenia 674 G 3 3
409 Armenia 675 G 3 3
410 Armenia 676 C 3 3
411 Armenia 677 G 3 3
412 Armenia 678 C 3 3
413 Armenia 679 C 3 3
414 Armenia 680 G 3 3
415 Armenia 681 A 3 3
416 Armenia 682 T 3 3
417 Armenia 683 C 3 3
418 Armenia 684 T 3 3
419 Armenia 685 A 3 3
420 Armenia 686 A 3 3
421 Armenia 687 A 3 3
422 Armenia 688 G 3 3
423 Armenia 689 T 3 3
424 Armenia 690 C 3 3
425 Armenia 691 A 3 3
426 Armenia 692 T 3 3
427 Armenia 693 T 3 3
428 Armenia 694 T 3 3
429 Armenia 695 G 3 3
430 Armenia 696 A 3 3
431 Armenia 697 C 3 3
432 Armenia 698 T 3 3
433 Armenia 699 T 3 3
434 Armenia 700 A 3 3
435 Armenia 701 G 3 3
436 Armenia 702 G 3 3
437 Armenia 703 C 3 3
438 Armenia 704 G 3 3
439 Armenia 705 A 3 3
440 Armenia 706 C 3 3
441 Armenia 707 G 3 3
442 Armenia 708 A 3 3
443 Armenia 709 G 3 3
444 Armenia 710 C 3 3
445 Armenia 711 T 3 3
446 Armenia 712 T 3 3
447 Armenia 713 G 3 3
448 Armenia 714 G 3 3
449 Armenia 715 C 3 3
450 Armenia 716 A 3 3
451 Armenia 717 C 3 3
452 Armenia 718 T 3 3
453 Armenia 719 G 3 3
454 Armenia 720 A 3 3
455 Armenia 721 T 3 3
456 Armenia 722 C 3 3
457 Armenia 723 C 3 3
458 Armenia 724 T 3 3
459 Armenia 725 T 3 3
460 Armenia 726 A 3 3
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