National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
*     2                                        
-     669                                        
?                                              
A     57                                   1    
C     12                                        
D     18                                        
E     21                                        
F     33                                        
G     42                                        
H     15                                        
I     60                                        
K     21               1     1                  
L     106             1     2                    
M     12                                        
N     33                                        
P     15                                        
Q     12                                        
R     42                             1          
S     45                                        
T     39                                        
V     36                                        
W     21                                        
Y     27                                       1

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Sri_Lanka 26523 A 57 57
1 Sri_Lanka 26524 T 57 57
2 Sri_Lanka 26525 G 57 57
3 Sri_Lanka 26526 G 57 57
4 Sri_Lanka 26527 C T 57 56 Ala2Val
5 Sri_Lanka 26528 A 57 57
6 Sri_Lanka 26529 G 57 57
7 Sri_Lanka 26530 A 57 57
8 Sri_Lanka 26531 T 57 57
9 Sri_Lanka 26532 T 57 57
10 Sri_Lanka 26533 C 57 57
11 Sri_Lanka 26534 C 57 57
12 Sri_Lanka 26535 A 57 57
13 Sri_Lanka 26536 A 57 57
14 Sri_Lanka 26537 C 57 57
15 Sri_Lanka 26538 G 57 57
16 Sri_Lanka 26539 G 57 57
17 Sri_Lanka 26540 T 57 57
18 Sri_Lanka 26541 A 57 57
19 Sri_Lanka 26542 C 57 57
20 Sri_Lanka 26543 T 57 57
21 Sri_Lanka 26544 A 57 57
22 Sri_Lanka 26545 T 57 57
23 Sri_Lanka 26546 T 57 57
24 Sri_Lanka 26547 A 57 57
25 Sri_Lanka 26548 C 57 57
26 Sri_Lanka 26549 C 57 57
27 Sri_Lanka 26550 G 57 57
28 Sri_Lanka 26551 T 57 57
29 Sri_Lanka 26552 T 57 57
30 Sri_Lanka 26553 G 57 57
31 Sri_Lanka 26554 A 57 57
32 Sri_Lanka 26555 A 57 57
33 Sri_Lanka 26556 G 57 57
34 Sri_Lanka 26557 A 57 57
35 Sri_Lanka 26558 G 57 57
36 Sri_Lanka 26559 C 57 57
37 Sri_Lanka 26560 T 57 57
38 Sri_Lanka 26561 T A 57 56 Leu13Leu
39 Sri_Lanka 26562 A 57 57
40 Sri_Lanka 26563 A T 57 56 Lys14Ile
41 Sri_Lanka 26564 A 57 57
42 Sri_Lanka 26565 A 57 57
43 Sri_Lanka 26566 A T 57 56 Lys15Met
44 Sri_Lanka 26567 G 57 57
45 Sri_Lanka 26568 C 57 57
46 Sri_Lanka 26569 T A 57 56 Leu16His
47 Sri_Lanka 26570 C G 57 56 Leu16Leu
48 Sri_Lanka 26571 C 57 57
49 Sri_Lanka 26572 T 57 57
50 Sri_Lanka 26573 T 57 57
51 Sri_Lanka 26574 G 57 57
52 Sri_Lanka 26575 A 57 57
53 Sri_Lanka 26576 A 57 57
54 Sri_Lanka 26577 C 57 57
55 Sri_Lanka 26578 A 57 57
56 Sri_Lanka 26579 A 57 57
57 Sri_Lanka 26580 T 57 57
58 Sri_Lanka 26581 G 57 57
59 Sri_Lanka 26582 G 57 57
60 Sri_Lanka 26583 A 57 57
61 Sri_Lanka 26584 A 57 57
62 Sri_Lanka 26585 C 57 57
63 Sri_Lanka 26586 C 57 57
64 Sri_Lanka 26587 T 57 57
65 Sri_Lanka 26588 A 57 57
66 Sri_Lanka 26589 G 57 57
67 Sri_Lanka 26590 T 57 57
68 Sri_Lanka 26591 A 57 57
69 Sri_Lanka 26592 A 57 57
70 Sri_Lanka 26593 T 57 57
71 Sri_Lanka 26594 A 57 57
72 Sri_Lanka 26595 G 57 57
73 Sri_Lanka 26596 G 57 57
74 Sri_Lanka 26597 T 57 57
75 Sri_Lanka 26598 T 57 57
76 Sri_Lanka 26599 T 57 57
77 Sri_Lanka 26600 C 57 57
78 Sri_Lanka 26601 C 57 57
79 Sri_Lanka 26602 T 57 57
80 Sri_Lanka 26603 A 57 57
81 Sri_Lanka 26604 T 57 57
82 Sri_Lanka 26605 T 57 57
83 Sri_Lanka 26606 C 57 57
84 Sri_Lanka 26607 C 57 57
85 Sri_Lanka 26608 T 57 57
86 Sri_Lanka 26609 T 57 57
87 Sri_Lanka 26610 A 57 54
88 Sri_Lanka 26611 C 57 53
89 Sri_Lanka 26612 A 57 51
90 Sri_Lanka 26613 T 57 51
91 Sri_Lanka 26614 G 57 52
92 Sri_Lanka 26615 G 57 53
93 Sri_Lanka 26616 A 57 53
94 Sri_Lanka 26617 T 57 53
95 Sri_Lanka 26618 T 57 53
96 Sri_Lanka 26619 T 57 53
97 Sri_Lanka 26620 G 57 53
98 Sri_Lanka 26621 T 57 53
99 Sri_Lanka 26622 C 57 53
100 Sri_Lanka 26623 T 57 53
101 Sri_Lanka 26624 T 57 51
102 Sri_Lanka 26625 C 57 50
103 Sri_Lanka 26626 T 57 50
104 Sri_Lanka 26627 A 57 40
105 Sri_Lanka 26628 C 57 39
106 Sri_Lanka 26629 A 57 39
107 Sri_Lanka 26630 A 57 39
108 Sri_Lanka 26631 T 57 39
109 Sri_Lanka 26632 T 57 39
110 Sri_Lanka 26633 T 57 39
111 Sri_Lanka 26634 G 57 39
112 Sri_Lanka 26635 C 57 39
113 Sri_Lanka 26636 C 57 39
114 Sri_Lanka 26637 T 57 39
115 Sri_Lanka 26638 A 57 40
116 Sri_Lanka 26639 T 57 43
117 Sri_Lanka 26640 G 58 58
118 Sri_Lanka 26641 C 58 58
119 Sri_Lanka 26642 C 58 58
120 Sri_Lanka 26643 A 58 58
121 Sri_Lanka 26644 A 58 58
122 Sri_Lanka 26645 C 58 58
123 Sri_Lanka 26646 A 58 58
124 Sri_Lanka 26647 G 58 58
125 Sri_Lanka 26648 G 58 58
126 Sri_Lanka 26649 A 58 58
127 Sri_Lanka 26650 A 58 58
128 Sri_Lanka 26651 T 58 58
129 Sri_Lanka 26652 A 58 58
130 Sri_Lanka 26653 G 58 58
131 Sri_Lanka 26654 G 58 58
132 Sri_Lanka 26655 T 58 58
133 Sri_Lanka 26656 T 58 58
134 Sri_Lanka 26657 T 58 58
135 Sri_Lanka 26658 T 58 58
136 Sri_Lanka 26659 T 58 58
137 Sri_Lanka 26660 G 58 58
138 Sri_Lanka 26661 T 58 58
139 Sri_Lanka 26662 A 58 58
140 Sri_Lanka 26663 T 58 58
141 Sri_Lanka 26664 A 58 58
142 Sri_Lanka 26665 T 58 58
143 Sri_Lanka 26666 A 58 58
144 Sri_Lanka 26667 A 58 58
145 Sri_Lanka 26668 T 58 58
146 Sri_Lanka 26669 T 58 58
147 Sri_Lanka 26670 A 58 58
148 Sri_Lanka 26671 A 58 58
149 Sri_Lanka 26672 G 58 58
150 Sri_Lanka 26673 T 58 58
151 Sri_Lanka 26674 T 58 58
152 Sri_Lanka 26675 A 58 58
153 Sri_Lanka 26676 A 58 58
154 Sri_Lanka 26677 T 58 58
155 Sri_Lanka 26678 T 58 58
156 Sri_Lanka 26679 T 58 58
157 Sri_Lanka 26680 T 58 58
158 Sri_Lanka 26681 C 58 58
159 Sri_Lanka 26682 C 58 58
160 Sri_Lanka 26683 T 58 58
161 Sri_Lanka 26684 C 58 58
162 Sri_Lanka 26685 T 58 58
163 Sri_Lanka 26686 G 58 58
164 Sri_Lanka 26687 G 58 58
165 Sri_Lanka 26688 C 58 58
166 Sri_Lanka 26689 T 58 58
167 Sri_Lanka 26690 G 58 58
168 Sri_Lanka 26691 T 58 58
169 Sri_Lanka 26692 T 58 58
170 Sri_Lanka 26693 A 58 58
171 Sri_Lanka 26694 T 58 58
172 Sri_Lanka 26695 G 58 58
173 Sri_Lanka 26696 G 58 58
174 Sri_Lanka 26697 C 58 58
175 Sri_Lanka 26698 C 58 58
176 Sri_Lanka 26699 A 58 58
177 Sri_Lanka 26700 G 58 58
178 Sri_Lanka 26701 T 58 58
179 Sri_Lanka 26702 A 58 58
180 Sri_Lanka 26703 A 58 58
181 Sri_Lanka 26704 C 59 59
182 Sri_Lanka 26705 T 59 59
183 Sri_Lanka 26706 T 59 59
184 Sri_Lanka 26707 T 59 59
185 Sri_Lanka 26708 A 59 59
186 Sri_Lanka 26709 G 59 59
187 Sri_Lanka 26710 C 59 59
188 Sri_Lanka 26711 T 59 59
189 Sri_Lanka 26712 T 59 59
190 Sri_Lanka 26713 G 59 59
191 Sri_Lanka 26714 T 59 59
192 Sri_Lanka 26715 T 59 59
193 Sri_Lanka 26716 T 59 59
194 Sri_Lanka 26717 T 59 59
195 Sri_Lanka 26718 G 59 59
196 Sri_Lanka 26719 T 59 59
197 Sri_Lanka 26720 G 59 59
198 Sri_Lanka 26721 C 59 59
199 Sri_Lanka 26722 T 59 59
200 Sri_Lanka 26723 T 59 59
201 Sri_Lanka 26724 G 59 59
202 Sri_Lanka 26725 C 59 59
203 Sri_Lanka 26726 T 59 59
204 Sri_Lanka 26727 G 59 59
205 Sri_Lanka 26728 C 59 59
206 Sri_Lanka 26729 T 59 59
207 Sri_Lanka 26730 G 59 59
208 Sri_Lanka 26731 T 59 59
209 Sri_Lanka 26732 T 59 59
210 Sri_Lanka 26733 T 59 59
211 Sri_Lanka 26734 A 59 59
212 Sri_Lanka 26735 C T 59 58 Tyr71Tyr
213 Sri_Lanka 26736 A 59 59
214 Sri_Lanka 26737 G 59 59
215 Sri_Lanka 26738 A 59 59
216 Sri_Lanka 26739 A 59 59
217 Sri_Lanka 26740 T 59 59
218 Sri_Lanka 26741 A 59 59
219 Sri_Lanka 26742 A 59 59
220 Sri_Lanka 26743 A 59 59
221 Sri_Lanka 26744 T 59 59
222 Sri_Lanka 26745 T 59 59
223 Sri_Lanka 26746 G 59 59
224 Sri_Lanka 26747 G 59 59
225 Sri_Lanka 26748 A 59 59
226 Sri_Lanka 26749 T 59 59
227 Sri_Lanka 26750 C 59 59
228 Sri_Lanka 26751 A 59 59
229 Sri_Lanka 26752 C 59 59
230 Sri_Lanka 26753 C 59 59
231 Sri_Lanka 26754 G 59 59
232 Sri_Lanka 26755 G 59 59
233 Sri_Lanka 26756 T 59 59
234 Sri_Lanka 26757 G 59 59
235 Sri_Lanka 26758 G 59 59
236 Sri_Lanka 26759 A 59 59
237 Sri_Lanka 26760 A 59 59
238 Sri_Lanka 26761 T 59 59
239 Sri_Lanka 26762 T 59 59
240 Sri_Lanka 26763 G 59 59
241 Sri_Lanka 26764 C 59 59
242 Sri_Lanka 26765 T 59 59
243 Sri_Lanka 26766 A 59 59
244 Sri_Lanka 26767 T 59 59
245 Sri_Lanka 26768 C 59 59
246 Sri_Lanka 26769 G 59 59
247 Sri_Lanka 26770 C 59 59
248 Sri_Lanka 26771 A 59 59
249 Sri_Lanka 26772 A 59 59
250 Sri_Lanka 26773 T 59 59
251 Sri_Lanka 26774 G 59 59
252 Sri_Lanka 26775 G 59 59
253 Sri_Lanka 26776 C 59 59
254 Sri_Lanka 26777 T 59 59
255 Sri_Lanka 26778 T 59 59
256 Sri_Lanka 26779 G 59 59
257 Sri_Lanka 26780 T 59 59
258 Sri_Lanka 26781 C 59 59
259 Sri_Lanka 26782 T 59 59
260 Sri_Lanka 26783 T 59 59
261 Sri_Lanka 26784 G 59 59
262 Sri_Lanka 26785 T 59 59
263 Sri_Lanka 26786 A 59 59
264 Sri_Lanka 26787 G 59 59
265 Sri_Lanka 26788 G 59 59
266 Sri_Lanka 26789 C 59 59
267 Sri_Lanka 26790 T 59 59
268 Sri_Lanka 26791 T 59 59
269 Sri_Lanka 26792 G 59 59
270 Sri_Lanka 26793 A 59 59
271 Sri_Lanka 26794 T 59 59
272 Sri_Lanka 26795 G 59 59
273 Sri_Lanka 26796 T 59 59
274 Sri_Lanka 26797 G 59 59
275 Sri_Lanka 26798 G 59 59
276 Sri_Lanka 26799 C 59 59
277 Sri_Lanka 26800 T 59 59
278 Sri_Lanka 26801 C 59 59
279 Sri_Lanka 26802 A 59 59
280 Sri_Lanka 26803 G 59 59
281 Sri_Lanka 26804 C 59 59
282 Sri_Lanka 26805 T 59 59
283 Sri_Lanka 26806 A 59 59
284 Sri_Lanka 26807 C 59 59
285 Sri_Lanka 26808 T 59 59
286 Sri_Lanka 26809 T 59 59
287 Sri_Lanka 26810 C 59 59
288 Sri_Lanka 26811 A 59 58
289 Sri_Lanka 26812 T 59 58
290 Sri_Lanka 26813 T 59 58
291 Sri_Lanka 26814 G 59 58
292 Sri_Lanka 26815 C 59 58
293 Sri_Lanka 26816 T 59 58
294 Sri_Lanka 26817 T 59 58
295 Sri_Lanka 26818 C 59 58
296 Sri_Lanka 26819 T 59 58
297 Sri_Lanka 26820 T 59 58
298 Sri_Lanka 26821 T 59 58
299 Sri_Lanka 26822 C 59 58
300 Sri_Lanka 26823 A 59 58
301 Sri_Lanka 26824 G 59 58
302 Sri_Lanka 26825 A 59 58
303 Sri_Lanka 26826 C 59 59
304 Sri_Lanka 26827 T 59 59
305 Sri_Lanka 26828 G 59 59
306 Sri_Lanka 26829 T 59 59
307 Sri_Lanka 26830 T 59 59
308 Sri_Lanka 26831 T 59 59
309 Sri_Lanka 26832 G 59 59
310 Sri_Lanka 26833 C 59 59
311 Sri_Lanka 26834 G 59 59
312 Sri_Lanka 26835 C 59 59
313 Sri_Lanka 26836 G 59 59
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