National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
*     102                                        
-     1,803                                        
?                                              
A     57                                        
C     57                                        
D     30                                        
E     36                                        
F     63                                        
G     21                                        
H     123                   1                    
I     117                                        
K     89                                        
L     345                   2                    
M     105                                        
N     63                                        
P     27                                        
Q     96             1                          
R     55                   1                    
S     99                                        
T     93                                        
V     162 1                                 1    
W     15   1               1                    
Y     48                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Sri_Lanka 16237 G 59 59
1 Sri_Lanka 16238 C 59 59
2 Sri_Lanka 16239 T 59 59
3 Sri_Lanka 16240 G 59 59
4 Sri_Lanka 16241 T 59 59
5 Sri_Lanka 16242 T 59 59
6 Sri_Lanka 16243 G 59 59
7 Sri_Lanka 16244 G 59 59
8 Sri_Lanka 16245 G 59 59
9 Sri_Lanka 16246 G 59 59
10 Sri_Lanka 16247 C 59 59
11 Sri_Lanka 16248 T 59 59
12 Sri_Lanka 16249 T 59 59
13 Sri_Lanka 16250 G 59 59
14 Sri_Lanka 16251 T 59 59
15 Sri_Lanka 16252 G 59 59
16 Sri_Lanka 16253 T 59 59
17 Sri_Lanka 16254 T 59 59
18 Sri_Lanka 16255 C 59 59
19 Sri_Lanka 16256 T 59 59
20 Sri_Lanka 16257 T 59 59
21 Sri_Lanka 16258 T 59 59
22 Sri_Lanka 16259 G 59 59
23 Sri_Lanka 16260 C 59 59
24 Sri_Lanka 16261 A 59 59
25 Sri_Lanka 16262 A 59 59
26 Sri_Lanka 16263 T 59 59
27 Sri_Lanka 16264 T 59 59
28 Sri_Lanka 16265 C 59 59
29 Sri_Lanka 16266 A 59 59
30 Sri_Lanka 16267 C 59 59
31 Sri_Lanka 16268 A 59 59
32 Sri_Lanka 16269 G 59 59
33 Sri_Lanka 16270 A 59 59
34 Sri_Lanka 16271 C 59 59
35 Sri_Lanka 16272 T 59 59
36 Sri_Lanka 16273 T 59 59
37 Sri_Lanka 16274 C 59 59
38 Sri_Lanka 16275 A 59 59
39 Sri_Lanka 16276 T 59 59
40 Sri_Lanka 16277 T 59 59
41 Sri_Lanka 16278 A 59 59
42 Sri_Lanka 16279 A 59 59
43 Sri_Lanka 16280 G 59 59
44 Sri_Lanka 16281 A 59 57
45 Sri_Lanka 16282 T 59 57
46 Sri_Lanka 16283 G 59 57
47 Sri_Lanka 16284 T 59 57
48 Sri_Lanka 16285 G 59 57
49 Sri_Lanka 16286 G 59 57
50 Sri_Lanka 16287 T 59 57
51 Sri_Lanka 16288 G 59 57
52 Sri_Lanka 16289 C 59 57
53 Sri_Lanka 16290 T 59 57
54 Sri_Lanka 16291 T 59 57
55 Sri_Lanka 16292 G 59 57
56 Sri_Lanka 16293 C 59 57
57 Sri_Lanka 16294 A 59 57
58 Sri_Lanka 16295 T 59 57
59 Sri_Lanka 16296 A 59 57
60 Sri_Lanka 16297 C 59 57
61 Sri_Lanka 16298 G 59 58
62 Sri_Lanka 16299 T 59 58
63 Sri_Lanka 16300 A 59 59
64 Sri_Lanka 16301 G 59 59
65 Sri_Lanka 16302 A 59 59
66 Sri_Lanka 16303 C 59 59
67 Sri_Lanka 16304 C 59 59
68 Sri_Lanka 16305 A 59 59
69 Sri_Lanka 16306 T 59 59
70 Sri_Lanka 16307 T 59 59
71 Sri_Lanka 16308 C 59 59
72 Sri_Lanka 16309 T 59 59
73 Sri_Lanka 16310 T 59 59
74 Sri_Lanka 16311 A 59 59
75 Sri_Lanka 16312 T 59 59
76 Sri_Lanka 16313 G 59 59
77 Sri_Lanka 16314 T 59 59
78 Sri_Lanka 16315 T 59 58
79 Sri_Lanka 16316 G 59 58
80 Sri_Lanka 16317 T 59 58
81 Sri_Lanka 16318 A 59 58
82 Sri_Lanka 16319 A 59 58
83 Sri_Lanka 16320 A 59 59
84 Sri_Lanka 16321 T 59 59
85 Sri_Lanka 16322 G 59 59
86 Sri_Lanka 16323 C 59 59
87 Sri_Lanka 16324 T 59 59
88 Sri_Lanka 16325 G 59 59
89 Sri_Lanka 16326 T 59 59
90 Sri_Lanka 16327 T 59 59
91 Sri_Lanka 16328 A 59 59
92 Sri_Lanka 16329 C 59 59
93 Sri_Lanka 16330 G 59 59
94 Sri_Lanka 16331 A 59 59
95 Sri_Lanka 16332 C 59 59
96 Sri_Lanka 16333 C 59 59
97 Sri_Lanka 16334 A 59 59
98 Sri_Lanka 16335 T 59 59
99 Sri_Lanka 16336 G 59 59
100 Sri_Lanka 16337 T 59 59
101 Sri_Lanka 16338 C 59 59
102 Sri_Lanka 16339 A 59 59
103 Sri_Lanka 16340 T 59 59
104 Sri_Lanka 16341 A 59 59
105 Sri_Lanka 16342 T 59 59
106 Sri_Lanka 16343 C 59 59
107 Sri_Lanka 16344 A 59 59
108 Sri_Lanka 16345 A 59 59
109 Sri_Lanka 16346 C 59 59
110 Sri_Lanka 16347 A 59 59
111 Sri_Lanka 16348 T 59 59
112 Sri_Lanka 16349 C 59 59
113 Sri_Lanka 16350 A 59 59
114 Sri_Lanka 16351 C 59 59
115 Sri_Lanka 16352 A 59 59
116 Sri_Lanka 16353 T 59 59
117 Sri_Lanka 16354 A 59 59
118 Sri_Lanka 16355 A 59 59
119 Sri_Lanka 16356 A 59 59
120 Sri_Lanka 16357 T 59 59
121 Sri_Lanka 16358 T 59 59
122 Sri_Lanka 16359 A 59 59
123 Sri_Lanka 16360 G 59 59
124 Sri_Lanka 16361 T 59 59
125 Sri_Lanka 16362 C 59 59
126 Sri_Lanka 16363 T 59 59
127 Sri_Lanka 16364 T 59 59
128 Sri_Lanka 16365 G 59 59
129 Sri_Lanka 16366 T 59 59
130 Sri_Lanka 16367 C 59 59
131 Sri_Lanka 16368 T 59 59
132 Sri_Lanka 16369 G 59 59
133 Sri_Lanka 16370 T 59 59
134 Sri_Lanka 16371 T 59 59
135 Sri_Lanka 16372 A 59 59
136 Sri_Lanka 16373 A 59 59
137 Sri_Lanka 16374 T 59 59
138 Sri_Lanka 16375 C 59 59
139 Sri_Lanka 16376 C 59 59
140 Sri_Lanka 16377 G 59 59
141 Sri_Lanka 16378 T 59 59
142 Sri_Lanka 16379 A 59 59
143 Sri_Lanka 16380 T 59 59
144 Sri_Lanka 16381 G 59 59
145 Sri_Lanka 16382 T 59 59
146 Sri_Lanka 16383 T 59 59
147 Sri_Lanka 16384 T 59 59
148 Sri_Lanka 16385 G 59 59
149 Sri_Lanka 16386 C 59 59
150 Sri_Lanka 16387 A 59 59
151 Sri_Lanka 16388 A 59 59
152 Sri_Lanka 16389 T 59 59
153 Sri_Lanka 16390 G 59 59
154 Sri_Lanka 16391 C 59 59
155 Sri_Lanka 16392 T 59 59
156 Sri_Lanka 16393 C 59 59
157 Sri_Lanka 16394 C 59 59
158 Sri_Lanka 16395 A 59 59
159 Sri_Lanka 16396 G 59 59
160 Sri_Lanka 16397 G 59 59
161 Sri_Lanka 16398 T 59 59
162 Sri_Lanka 16399 T 59 59
163 Sri_Lanka 16400 G 59 59
164 Sri_Lanka 16401 T 59 59
165 Sri_Lanka 16402 G 59 59
166 Sri_Lanka 16403 A 59 59
167 Sri_Lanka 16404 T 59 59
168 Sri_Lanka 16405 G 59 59
169 Sri_Lanka 16406 T 59 59
170 Sri_Lanka 16407 C 59 59
171 Sri_Lanka 16408 A 59 59
172 Sri_Lanka 16409 C 59 59
173 Sri_Lanka 16410 A 59 59
174 Sri_Lanka 16411 G 59 59
175 Sri_Lanka 16412 A 59 59
176 Sri_Lanka 16413 T 59 59
177 Sri_Lanka 16414 G 59 59
178 Sri_Lanka 16415 T 59 59
179 Sri_Lanka 16416 G 59 59
180 Sri_Lanka 16417 A 59 59
181 Sri_Lanka 16418 C 59 59
182 Sri_Lanka 16419 T 59 59
183 Sri_Lanka 16420 C 59 59
184 Sri_Lanka 16421 A 59 59
185 Sri_Lanka 16422 A 59 59
186 Sri_Lanka 16423 C 59 59
187 Sri_Lanka 16424 T 59 59
188 Sri_Lanka 16425 T 59 59
189 Sri_Lanka 16426 T 59 59
190 Sri_Lanka 16427 A 59 59
191 Sri_Lanka 16428 C 59 59
192 Sri_Lanka 16429 T 59 59
193 Sri_Lanka 16430 T 59 59
194 Sri_Lanka 16431 A 59 59
195 Sri_Lanka 16432 G 59 59
196 Sri_Lanka 16433 G 59 59
197 Sri_Lanka 16434 A 59 59
198 Sri_Lanka 16435 G 59 59
199 Sri_Lanka 16436 G 59 59
200 Sri_Lanka 16437 T 59 59
201 Sri_Lanka 16438 A 59 59
202 Sri_Lanka 16439 T 59 59
203 Sri_Lanka 16440 G 59 59
204 Sri_Lanka 16441 A 59 59
205 Sri_Lanka 16442 G 59 59
206 Sri_Lanka 16443 C 59 59
207 Sri_Lanka 16444 T 59 59
208 Sri_Lanka 16445 A 59 59
209 Sri_Lanka 16446 T 59 59
210 Sri_Lanka 16447 T 59 59
211 Sri_Lanka 16448 A 59 59
212 Sri_Lanka 16449 T 59 59
213 Sri_Lanka 16450 T 59 59
214 Sri_Lanka 16451 G 59 59
215 Sri_Lanka 16452 T 59 59
216 Sri_Lanka 16453 A 59 59
217 Sri_Lanka 16454 A 59 59
218 Sri_Lanka 16455 A 59 59
219 Sri_Lanka 16456 T 59 59
220 Sri_Lanka 16457 C 59 59
221 Sri_Lanka 16458 A 59 59
222 Sri_Lanka 16459 C 59 59
223 Sri_Lanka 16460 A 59 59
224 Sri_Lanka 16461 T 59 59
225 Sri_Lanka 16462 A 59 59
226 Sri_Lanka 16463 A 59 59
227 Sri_Lanka 16464 A 59 59
228 Sri_Lanka 16465 C 59 59
229 Sri_Lanka 16466 C 59 59
230 Sri_Lanka 16467 A 59 59
231 Sri_Lanka 16468 C 59 59
232 Sri_Lanka 16469 C 59 59
233 Sri_Lanka 16470 C 59 59
234 Sri_Lanka 16471 A 59 57
235 Sri_Lanka 16472 T 59 55
236 Sri_Lanka 16473 T 59 55
237 Sri_Lanka 16474 A G 59 54 Leu5403Leu
238 Sri_Lanka 16475 G 59 55
239 Sri_Lanka 16476 T 59 55
240 Sri_Lanka 16477 T 59 55
241 Sri_Lanka 16478 T 59 55
242 Sri_Lanka 16479 T 59 55
243 Sri_Lanka 16480 C 59 55
244 Sri_Lanka 16481 C 59 55
245 Sri_Lanka 16482 A 59 51
246 Sri_Lanka 16483 T 59 52
247 Sri_Lanka 16484 T 59 52
248 Sri_Lanka 16485 G 59 52
249 Sri_Lanka 16486 T 59 52
250 Sri_Lanka 16487 G 59 51
251 Sri_Lanka 16488 T 59 51
252 Sri_Lanka 16489 G 59 51
253 Sri_Lanka 16490 C 59 48
254 Sri_Lanka 16491 T 59 48
255 Sri_Lanka 16492 A 59 48
256 Sri_Lanka 16493 A 59 48
257 Sri_Lanka 16494 T 59 48
258 Sri_Lanka 16495 G 59 53
259 Sri_Lanka 16496 G 59 53
260 Sri_Lanka 16497 A 59 53
261 Sri_Lanka 16498 C 59 54
262 Sri_Lanka 16499 A 59 54
263 Sri_Lanka 16500 A 59 54
264 Sri_Lanka 16501 G 59 54
265 Sri_Lanka 16502 T 59 54
266 Sri_Lanka 16503 T 59 54
267 Sri_Lanka 16504 T 59 54
268 Sri_Lanka 16505 T 59 54
269 Sri_Lanka 16506 T 59 55
270 Sri_Lanka 16507 G 59 59
271 Sri_Lanka 16508 G 59 59
272 Sri_Lanka 16509 T 59 59
273 Sri_Lanka 16510 T 59 59
274 Sri_Lanka 16511 T 59 59
275 Sri_Lanka 16512 A 59 59
276 Sri_Lanka 16513 T 59 59
277 Sri_Lanka 16514 A 59 59
278 Sri_Lanka 16515 T 59 59
279 Sri_Lanka 16516 A 59 59
280 Sri_Lanka 16517 A 59 59
281 Sri_Lanka 16518 A 59 59
282 Sri_Lanka 16519 A 59 59
283 Sri_Lanka 16520 A 59 59
284 Sri_Lanka 16521 T 59 59
285 Sri_Lanka 16522 A 59 59
286 Sri_Lanka 16523 C 59 59
287 Sri_Lanka 16524 A 59 59
288 Sri_Lanka 16525 T 59 59
289 Sri_Lanka 16526 G 59 59
290 Sri_Lanka 16527 T 59 59
291 Sri_Lanka 16528 G 59 59
292 Sri_Lanka 16529 T 59 59
293 Sri_Lanka 16530 T 59 59
294 Sri_Lanka 16531 G 59 59
295 Sri_Lanka 16532 G 59 59
296 Sri_Lanka 16533 T 59 59
297 Sri_Lanka 16534 A 59 59
298 Sri_Lanka 16535 G 59 59
299 Sri_Lanka 16536 C 59 59
300 Sri_Lanka 16537 G 59 59
301 Sri_Lanka 16538 A 59 59
302 Sri_Lanka 16539 T 59 59
303 Sri_Lanka 16540 A 59 59
304 Sri_Lanka 16541 A 59 59
305 Sri_Lanka 16542 T 59 59
306 Sri_Lanka 16543 G 59 59
307 Sri_Lanka 16544 T 59 59
308 Sri_Lanka 16545 T 59 59
309 Sri_Lanka 16546 A 59 59
310 Sri_Lanka 16547 C 59 59
311 Sri_Lanka 16548 T 59 59
312 Sri_Lanka 16549 G 59 59
313 Sri_Lanka 16550 A 59 59
314 Sri_Lanka 16551 C 59 59
315 Sri_Lanka 16552 T 59 59
316 Sri_Lanka 16553 T 59 59
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615 Sri_Lanka 16852 G 59 53
616 Sri_Lanka 16853 G 59 53
617 Sri_Lanka 16854 T 59 53
618 Sri_Lanka 16855 G 59 53
619 Sri_Lanka 16856 A 59 53
620 Sri_Lanka 16857 T 59 53
621 Sri_Lanka 16858 G 59 53
622 Sri_Lanka 16859 C 59 53
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630 Sri_Lanka 16867 T 59 53
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634 Sri_Lanka 16871 G 59 53
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638 Sri_Lanka 16875 T 59 53
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1359 Sri_Lanka 17596 G 42 20
1360 Sri_Lanka 17597 C 42 20
1361 Sri_Lanka 17598 T 42 20
1362 Sri_Lanka 17599 T 42 20
1363 Sri_Lanka 17600 T 42 20
1364 Sri_Lanka 17601 G 42 20
1365 Sri_Lanka 17602 G 42 20
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1697 Sri_Lanka 17934 C 42 42
1698 Sri_Lanka 17935 A 42 42
1699 Sri_Lanka 17936 G 42 42
1700 Sri_Lanka 17937 A 42 42
1701 Sri_Lanka 17938 G 42 42
1702 Sri_Lanka 17939 C 42 42
1703 Sri_Lanka 17940 A 42 42
1704 Sri_Lanka 17941 A 42 42
1705 Sri_Lanka 17942 A 42 42
1706 Sri_Lanka 17943 A 42 42
1707 Sri_Lanka 17944 G 42 42
1708 Sri_Lanka 17945 T 42 42
1709 Sri_Lanka 17946 A 42 42
1710 Sri_Lanka 17947 G 42 42
1711 Sri_Lanka 17948 G 42 42
1712 Sri_Lanka 17949 C 42 42
1713 Sri_Lanka 17950 A 42 42
1714 Sri_Lanka 17951 T 42 42
1715 Sri_Lanka 17952 A 42 42
1716 Sri_Lanka 17953 C 42 42
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1734 Sri_Lanka 17971 A 42 42
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1751 Sri_Lanka 17988 G 41 41
1752 Sri_Lanka 17989 T 41 41
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1757 Sri_Lanka 17994 A 41 39
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1759 Sri_Lanka 17996 T 41 39
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1764 Sri_Lanka 18001 A 41 38
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1766 Sri_Lanka 18003 T 41 38
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1784 Sri_Lanka 18021 G 41 41
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1788 Sri_Lanka 18025 G 41 41
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1791 Sri_Lanka 18028 G T 41 39 Trp5921Cys
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1794 Sri_Lanka 18031 A 41 41
1795 Sri_Lanka 18032 C 41 41
1796 Sri_Lanka 18033 T 41 41
1797 Sri_Lanka 18034 T 41 41
1798 Sri_Lanka 18035 T 41 41
1799 Sri_Lanka 18036 A 41 41
1800 Sri_Lanka 18037 C 41 41
1801 Sri_Lanka 18038 A 41 41
1802 Sri_Lanka 18039 A 41 41