National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
*     102                                        
-     1,803                                        
?                                              
A     57                                        
C     57         2                              
D     30                                        
E     36                                        
F     63                                        
G     21                                   1    
H     123                                       1
I     117                                        
K     89                                        
L     345                         1              
M     105                                        
N     63                                        
P     27                                        
Q     96                                        
R     55                                        
S     99                                        
T     93                                        
V     162 1                                      
W     15                                        
Y     48                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Palestine 16237 G 78 78
1 Palestine 16238 C 78 78
2 Palestine 16239 T 78 78
3 Palestine 16240 G 78 78
4 Palestine 16241 T 78 78
5 Palestine 16242 T 78 78
6 Palestine 16243 G 78 78
7 Palestine 16244 G 78 78
8 Palestine 16245 G 78 78
9 Palestine 16246 G 78 78
10 Palestine 16247 C 78 78
11 Palestine 16248 T 78 78
12 Palestine 16249 T 78 78
13 Palestine 16250 G 78 78
14 Palestine 16251 T 78 78
15 Palestine 16252 G 78 78
16 Palestine 16253 T 78 78
17 Palestine 16254 T 78 78
18 Palestine 16255 C 78 78
19 Palestine 16256 T 78 78
20 Palestine 16257 T 78 78
21 Palestine 16258 T 78 78
22 Palestine 16259 G 78 78
23 Palestine 16260 C 78 78
24 Palestine 16261 A 78 78
25 Palestine 16262 A 78 78
26 Palestine 16263 T 78 78
27 Palestine 16264 T 78 78
28 Palestine 16265 C 78 78
29 Palestine 16266 A 78 78
30 Palestine 16267 C 78 78
31 Palestine 16268 A 78 78
32 Palestine 16269 G 78 78
33 Palestine 16270 A 78 78
34 Palestine 16271 C 78 78
35 Palestine 16272 T 78 78
36 Palestine 16273 T 78 78
37 Palestine 16274 C 78 78
38 Palestine 16275 A 78 78
39 Palestine 16276 T 78 78
40 Palestine 16277 T 78 78
41 Palestine 16278 A 78 78
42 Palestine 16279 A 78 78
43 Palestine 16280 G 78 78
44 Palestine 16281 A 78 78
45 Palestine 16282 T 78 78
46 Palestine 16283 G 78 78
47 Palestine 16284 T 78 78
48 Palestine 16285 G 78 78
49 Palestine 16286 G 78 78
50 Palestine 16287 T 78 78
51 Palestine 16288 G 78 78
52 Palestine 16289 C 78 78
53 Palestine 16290 T 78 78
54 Palestine 16291 T 78 78
55 Palestine 16292 G 78 78
56 Palestine 16293 C 78 78
57 Palestine 16294 A 78 78
58 Palestine 16295 T 78 78
59 Palestine 16296 A 78 78
60 Palestine 16297 C 78 78
61 Palestine 16298 G 78 78
62 Palestine 16299 T 78 78
63 Palestine 16300 A 78 78
64 Palestine 16301 G 78 78
65 Palestine 16302 A 78 78
66 Palestine 16303 C 78 78
67 Palestine 16304 C 78 78
68 Palestine 16305 A 78 78
69 Palestine 16306 T 78 78
70 Palestine 16307 T 78 78
71 Palestine 16308 C 78 78
72 Palestine 16309 T 78 78
73 Palestine 16310 T 78 78
74 Palestine 16311 A 78 78
75 Palestine 16312 T 78 78
76 Palestine 16313 G 78 78
77 Palestine 16314 T 78 78
78 Palestine 16315 T 78 78
79 Palestine 16316 G 78 78
80 Palestine 16317 T 78 78
81 Palestine 16318 A 78 78
82 Palestine 16319 A 78 78
83 Palestine 16320 A 78 78
84 Palestine 16321 T 78 78
85 Palestine 16322 G 78 78
86 Palestine 16323 C 78 78
87 Palestine 16324 T 78 78
88 Palestine 16325 G 78 78
89 Palestine 16326 T 78 78
90 Palestine 16327 T 78 78
91 Palestine 16328 A 78 78
92 Palestine 16329 C 78 78
93 Palestine 16330 G 78 78
94 Palestine 16331 A 78 78
95 Palestine 16332 C 78 78
96 Palestine 16333 C 78 78
97 Palestine 16334 A 78 78
98 Palestine 16335 T 78 78
99 Palestine 16336 G 78 78
100 Palestine 16337 T 78 78
101 Palestine 16338 C 78 78
102 Palestine 16339 A 78 78
103 Palestine 16340 T 78 78
104 Palestine 16341 A 78 78
105 Palestine 16342 T 78 78
106 Palestine 16343 C 78 78
107 Palestine 16344 A 78 78
108 Palestine 16345 A 78 78
109 Palestine 16346 C 78 78
110 Palestine 16347 A 78 78
111 Palestine 16348 T 78 78
112 Palestine 16349 C 78 78
113 Palestine 16350 A 78 78
114 Palestine 16351 C 78 78
115 Palestine 16352 A 78 78
116 Palestine 16353 T 78 78
117 Palestine 16354 A 78 78
118 Palestine 16355 A 78 78
119 Palestine 16356 A 78 78
120 Palestine 16357 T 78 78
121 Palestine 16358 T 78 78
122 Palestine 16359 A 78 78
123 Palestine 16360 G 78 78
124 Palestine 16361 T 78 78
125 Palestine 16362 C 78 78
126 Palestine 16363 T 78 78
127 Palestine 16364 T 78 78
128 Palestine 16365 G 78 78
129 Palestine 16366 T 78 78
130 Palestine 16367 C 78 78
131 Palestine 16368 T 78 78
132 Palestine 16369 G 78 78
133 Palestine 16370 T 78 78
134 Palestine 16371 T 78 78
135 Palestine 16372 A 78 78
136 Palestine 16373 A 78 78
137 Palestine 16374 T 78 78
138 Palestine 16375 C 78 78
139 Palestine 16376 C 78 78
140 Palestine 16377 G 78 78
141 Palestine 16378 T 78 78
142 Palestine 16379 A 78 78
143 Palestine 16380 T 78 78
144 Palestine 16381 G 78 78
145 Palestine 16382 T 78 78
146 Palestine 16383 T 78 78
147 Palestine 16384 T 78 78
148 Palestine 16385 G 78 78
149 Palestine 16386 C 78 78
150 Palestine 16387 A 78 78
151 Palestine 16388 A 78 78
152 Palestine 16389 T 78 78
153 Palestine 16390 G 78 78
154 Palestine 16391 C 78 78
155 Palestine 16392 T 78 78
156 Palestine 16393 C 78 78
157 Palestine 16394 C 78 78
158 Palestine 16395 A 78 78
159 Palestine 16396 G 78 78
160 Palestine 16397 G 78 78
161 Palestine 16398 T 78 78
162 Palestine 16399 T 78 78
163 Palestine 16400 G 78 78
164 Palestine 16401 T 78 78
165 Palestine 16402 G 78 78
166 Palestine 16403 A 78 78
167 Palestine 16404 T 78 78
168 Palestine 16405 G 78 78
169 Palestine 16406 T 78 78
170 Palestine 16407 C 78 78
171 Palestine 16408 A 78 78
172 Palestine 16409 C 78 78
173 Palestine 16410 A 78 78
174 Palestine 16411 G 78 78
175 Palestine 16412 A 78 78
176 Palestine 16413 T 78 78
177 Palestine 16414 G 78 78
178 Palestine 16415 T 78 78
179 Palestine 16416 G 78 78
180 Palestine 16417 A 78 78
181 Palestine 16418 C 78 78
182 Palestine 16419 T 78 78
183 Palestine 16420 C 78 78
184 Palestine 16421 A 78 78
185 Palestine 16422 A 78 78
186 Palestine 16423 C 78 78
187 Palestine 16424 T 78 78
188 Palestine 16425 T 78 78
189 Palestine 16426 T 78 78
190 Palestine 16427 A 78 78
191 Palestine 16428 C 78 78
192 Palestine 16429 T 78 78
193 Palestine 16430 T 78 78
194 Palestine 16431 A 78 78
195 Palestine 16432 G 78 78
196 Palestine 16433 G 78 78
197 Palestine 16434 A 78 78
198 Palestine 16435 G 78 78
199 Palestine 16436 G 78 78
200 Palestine 16437 T 78 78
201 Palestine 16438 A 78 78
202 Palestine 16439 T 78 78
203 Palestine 16440 G 78 78
204 Palestine 16441 A 78 78
205 Palestine 16442 G 78 78
206 Palestine 16443 C 78 78
207 Palestine 16444 T 78 77
208 Palestine 16445 A 78 77
209 Palestine 16446 T 78 77
210 Palestine 16447 T 78 77
211 Palestine 16448 A 78 77
212 Palestine 16449 T 78 77
213 Palestine 16450 T 78 78
214 Palestine 16451 G 78 78
215 Palestine 16452 T 78 78
216 Palestine 16453 A 78 78
217 Palestine 16454 A 78 78
218 Palestine 16455 A 78 78
219 Palestine 16456 T 78 78
220 Palestine 16457 C 78 78
221 Palestine 16458 A 78 78
222 Palestine 16459 C 78 78
223 Palestine 16460 A 78 78
224 Palestine 16461 T 78 78
225 Palestine 16462 A 78 78
226 Palestine 16463 A 78 78
227 Palestine 16464 A 78 77
228 Palestine 16465 C 78 77
229 Palestine 16466 C 78 77
230 Palestine 16467 A 78 77
231 Palestine 16468 C 78 78
232 Palestine 16469 C 78 78
233 Palestine 16470 C 78 78
234 Palestine 16471 A 78 78
235 Palestine 16472 T 78 78
236 Palestine 16473 T 78 78
237 Palestine 16474 A 78 78
238 Palestine 16475 G 78 78
239 Palestine 16476 T 78 78
240 Palestine 16477 T 78 78
241 Palestine 16478 T 78 78
242 Palestine 16479 T 78 78
243 Palestine 16480 C 78 78
244 Palestine 16481 C 78 78
245 Palestine 16482 A 78 78
246 Palestine 16483 T 78 78
247 Palestine 16484 T 78 78
248 Palestine 16485 G 78 78
249 Palestine 16486 T 78 78
250 Palestine 16487 G 78 78
251 Palestine 16488 T 78 78
252 Palestine 16489 G 78 78
253 Palestine 16490 C 78 78
254 Palestine 16491 T 78 78
255 Palestine 16492 A 78 78
256 Palestine 16493 A 78 78
257 Palestine 16494 T 78 78
258 Palestine 16495 G 78 78
259 Palestine 16496 G 78 78
260 Palestine 16497 A 78 78
261 Palestine 16498 C 78 78
262 Palestine 16499 A 78 78
263 Palestine 16500 A 78 78
264 Palestine 16501 G 78 78
265 Palestine 16502 T 78 78
266 Palestine 16503 T 78 78
267 Palestine 16504 T 78 78
268 Palestine 16505 T 78 78
269 Palestine 16506 T 78 78
270 Palestine 16507 G 78 78
271 Palestine 16508 G 78 78
272 Palestine 16509 T 78 78
273 Palestine 16510 T 78 78
274 Palestine 16511 T 78 78
275 Palestine 16512 A 78 78
276 Palestine 16513 T 78 78
277 Palestine 16514 A 78 78
278 Palestine 16515 T 78 78
279 Palestine 16516 A 78 78
280 Palestine 16517 A 78 78
281 Palestine 16518 A 78 78
282 Palestine 16519 A 78 78
283 Palestine 16520 A 78 78
284 Palestine 16521 T 78 78
285 Palestine 16522 A 78 78
286 Palestine 16523 C 78 78
287 Palestine 16524 A 78 78
288 Palestine 16525 T 78 78
289 Palestine 16526 G 78 78
290 Palestine 16527 T 78 78
291 Palestine 16528 G 78 78
292 Palestine 16529 T 78 78
293 Palestine 16530 T 78 78
294 Palestine 16531 G 78 78
295 Palestine 16532 G 78 78
296 Palestine 16533 T 78 78
297 Palestine 16534 A 78 78
298 Palestine 16535 G 78 78
299 Palestine 16536 C 78 78
300 Palestine 16537 G 78 78
301 Palestine 16538 A 78 78
302 Palestine 16539 T 78 78
303 Palestine 16540 A 78 78
304 Palestine 16541 A 78 78
305 Palestine 16542 T 78 78
306 Palestine 16543 G 78 78
307 Palestine 16544 T 78 78
308 Palestine 16545 T 78 78
309 Palestine 16546 A 78 78
310 Palestine 16547 C 78 78
311 Palestine 16548 T 78 78
312 Palestine 16549 G 78 78
313 Palestine 16550 A 78 78
314 Palestine 16551 C 78 78
315 Palestine 16552 T 78 78
316 Palestine 16553 T 78 78
317 Palestine 16554 T 78 78
318 Palestine 16555 A 78 78
319 Palestine 16556 A 78 78
320 Palestine 16557 T 78 78
321 Palestine 16558 G 78 78
322 Palestine 16559 C 78 78
323 Palestine 16560 A 78 78
324 Palestine 16561 A 78 78
325 Palestine 16562 T 78 78
326 Palestine 16563 T 78 78
327 Palestine 16564 G 78 78
328 Palestine 16565 C 78 78
329 Palestine 16566 A 78 78
330 Palestine 16567 A 78 78
331 Palestine 16568 C 78 78
332 Palestine 16569 A 78 78
333 Palestine 16570 T 78 78
334 Palestine 16571 G 78 78
335 Palestine 16572 T 78 78
336 Palestine 16573 G 78 78
337 Palestine 16574 A 78 78
338 Palestine 16575 C 78 78
339 Palestine 16576 T 78 78
340 Palestine 16577 G 78 78
341 Palestine 16578 G 78 78
342 Palestine 16579 A 78 78
343 Palestine 16580 C 78 78
344 Palestine 16581 A 78 78
345 Palestine 16582 A 78 78
346 Palestine 16583 A 78 78
347 Palestine 16584 T 78 78
348 Palestine 16585 G 78 78
349 Palestine 16586 C 78 78
350 Palestine 16587 T 78 78
351 Palestine 16588 G 78 78
352 Palestine 16589 G 78 78
353 Palestine 16590 T 78 78
354 Palestine 16591 G 78 78
355 Palestine 16592 A 78 78
356 Palestine 16593 T 78 78
357 Palestine 16594 T 78 78
358 Palestine 16595 A 78 78
359 Palestine 16596 C 78 78
360 Palestine 16597 A 78 78
361 Palestine 16598 T 78 78
362 Palestine 16599 T 78 78
363 Palestine 16600 T 78 78
364 Palestine 16601 T 78 78
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