National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
* 1   102                   1                    
-     1,803                                        
?                                              
A     57                                   5    
C     57   1     1                              
D     30     1     1                            
E     36           1                            
F     63         1                     1        
G     21                                   1    
H     123             3             1           4
I     117               1                 3 1    
K     89                 1     2                
L     345         6         5     2              
M     105               2                   1    
N     63     2                 1                
P     27                                        
Q 3   96             2               2          
R     55               2 1           1          
S     99         4 1   2   3         1          
T     93               2                 1      
V     162 1                 3               3    
W     15   1               2                    
Y     48                                       1

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 New_Zealand 16237 G 1109 1109
1 New_Zealand 16238 C 1109 1109
2 New_Zealand 16239 T 1109 1109
3 New_Zealand 16240 G 1109 1109
4 New_Zealand 16241 T 1109 1109
5 New_Zealand 16242 T 1109 1109
6 New_Zealand 16243 G 1109 1109
7 New_Zealand 16244 G 1109 1109
8 New_Zealand 16245 G T 1109 1107 Gly5327Val
9 New_Zealand 16246 G 1109 1109
10 New_Zealand 16247 C T 1109 1108 Leu5328Phe
11 New_Zealand 16248 T 1109 1109
12 New_Zealand 16249 T 1109 1109
13 New_Zealand 16250 G 1109 1109
14 New_Zealand 16251 T 1109 1109
15 New_Zealand 16252 G 1109 1109
16 New_Zealand 16253 T 1109 1109
17 New_Zealand 16254 T 1109 1109
18 New_Zealand 16255 C 1109 1109
19 New_Zealand 16256 T 1109 1109
20 New_Zealand 16257 T 1109 1109
21 New_Zealand 16258 T 1109 1109
22 New_Zealand 16259 G 1109 1109
23 New_Zealand 16260 C T 1109 1009 Ala5332Val
24 New_Zealand 16261 A 1109 1109
25 New_Zealand 16262 A 1109 1109
26 New_Zealand 16263 T 1109 1109
27 New_Zealand 16264 T 1109 1109
28 New_Zealand 16265 C 1109 1109
29 New_Zealand 16266 A 1109 1109
30 New_Zealand 16267 C 1109 1109
31 New_Zealand 16268 A 1109 1109
32 New_Zealand 16269 G 1109 1109
33 New_Zealand 16270 A 1109 1109
34 New_Zealand 16271 C 1109 1109
35 New_Zealand 16272 T 1109 1109
36 New_Zealand 16273 T 1109 1109
37 New_Zealand 16274 C T 1109 1108 His5337Tyr
38 New_Zealand 16275 A 1109 1109
39 New_Zealand 16276 T 1109 1109
40 New_Zealand 16277 T 1109 1109
41 New_Zealand 16278 A 1109 1109
42 New_Zealand 16279 A 1109 1109
43 New_Zealand 16280 G 1109 1109
44 New_Zealand 16281 A 1109 1109
45 New_Zealand 16282 T 1109 1109
46 New_Zealand 16283 G 1109 1109
47 New_Zealand 16284 T 1109 1109
48 New_Zealand 16285 G 1109 1109
49 New_Zealand 16286 G 1109 1109
50 New_Zealand 16287 T 1109 1109
51 New_Zealand 16288 G 1109 1109
52 New_Zealand 16289 C T 1109 1107 Leu5342Phe
53 New_Zealand 16290 T 1109 1109
54 New_Zealand 16291 T C 1109 1108 Leu5342Leu
55 New_Zealand 16292 G 1109 1109
56 New_Zealand 16293 C T 1109 1107 Ala5343Val
57 New_Zealand 16294 A 1109 1109
58 New_Zealand 16295 T 1109 1109
59 New_Zealand 16296 A 1109 1109
60 New_Zealand 16297 C 1109 1109
61 New_Zealand 16298 G 1109 1109
62 New_Zealand 16299 T 1109 1109
63 New_Zealand 16300 A 1109 1109
64 New_Zealand 16301 G 1109 1109
65 New_Zealand 16302 A 1109 1109
66 New_Zealand 16303 C 1109 1109
67 New_Zealand 16304 C 1109 1109
68 New_Zealand 16305 A 1109 1109
69 New_Zealand 16306 T 1109 1109
70 New_Zealand 16307 T 1109 1109
71 New_Zealand 16308 C 1109 1109
72 New_Zealand 16309 T 1109 1109
73 New_Zealand 16310 T 1109 1109
74 New_Zealand 16311 A 1109 1109
75 New_Zealand 16312 T 1109 1109
76 New_Zealand 16313 G 1109 1109
77 New_Zealand 16314 T 1109 1109
78 New_Zealand 16315 T 1109 1109
79 New_Zealand 16316 G 1109 1109
80 New_Zealand 16317 T 1109 1109
81 New_Zealand 16318 A 1109 1109
82 New_Zealand 16319 A 1109 1109
83 New_Zealand 16320 A 1109 1109
84 New_Zealand 16321 T 1109 1109
85 New_Zealand 16322 G 1109 1109
86 New_Zealand 16323 C T 1109 1108 Ala5353Val
87 New_Zealand 16324 T 1109 1109
88 New_Zealand 16325 G 1109 1109
89 New_Zealand 16326 T 1109 1109
90 New_Zealand 16327 T 1109 1109
91 New_Zealand 16328 A 1109 1109
92 New_Zealand 16329 C 1109 1109
93 New_Zealand 16330 G 1109 1109
94 New_Zealand 16331 A 1109 1109
95 New_Zealand 16332 C 1109 1109
96 New_Zealand 16333 C 1109 1109
97 New_Zealand 16334 A 1109 1109
98 New_Zealand 16335 T 1109 1109
99 New_Zealand 16336 G 1109 1109
100 New_Zealand 16337 T 1109 1109
101 New_Zealand 16338 C 1109 1109
102 New_Zealand 16339 A 1109 1109
103 New_Zealand 16340 T 1109 1109
104 New_Zealand 16341 A 1109 1109
105 New_Zealand 16342 T 1109 1109
106 New_Zealand 16343 C 1109 1109
107 New_Zealand 16344 A G 1109 1108 Gln5360Arg
108 New_Zealand 16345 A 1109 1109
109 New_Zealand 16346 C 1109 1109
110 New_Zealand 16347 A 1109 1109
111 New_Zealand 16348 T 1109 1109
112 New_Zealand 16349 C 1109 1109
113 New_Zealand 16350 A 1109 1109
114 New_Zealand 16351 C 1109 1109
115 New_Zealand 16352 A 1109 1109
116 New_Zealand 16353 T 1109 1109
117 New_Zealand 16354 A 1109 1109
118 New_Zealand 16355 A 1109 1109
119 New_Zealand 16356 A 1109 1109
120 New_Zealand 16357 T 1109 1109
121 New_Zealand 16358 T 1109 1109
122 New_Zealand 16359 A 1109 1109
123 New_Zealand 16360 G 1109 1109
124 New_Zealand 16361 T 1109 1109
125 New_Zealand 16362 C T 1109 1108 Ser5366Phe
126 New_Zealand 16363 T 1109 1109
127 New_Zealand 16364 T 1109 1109
128 New_Zealand 16365 G 1109 1109
129 New_Zealand 16366 T 1109 1109
130 New_Zealand 16367 C 1109 1109
131 New_Zealand 16368 T 1109 1109
132 New_Zealand 16369 G 1109 1109
133 New_Zealand 16370 T 1109 1109
134 New_Zealand 16371 T 1109 1109
135 New_Zealand 16372 A 1109 1109
136 New_Zealand 16373 A 1109 1109
137 New_Zealand 16374 T 1109 1109
138 New_Zealand 16375 C A 1109 1107 Ile5370Ile
139 New_Zealand 16376 C 1109 1109
140 New_Zealand 16377 G 1109 1109
141 New_Zealand 16378 T 1109 1109
142 New_Zealand 16379 A 1109 1109
143 New_Zealand 16380 T 1109 1109
144 New_Zealand 16381 G 1109 1109
145 New_Zealand 16382 T 1109 1109
146 New_Zealand 16383 T 1109 1109
147 New_Zealand 16384 T 1109 1109
148 New_Zealand 16385 G 1109 1109
149 New_Zealand 16386 C T 1109 1107 Ala5374Val
150 New_Zealand 16387 A 1109 1109
151 New_Zealand 16388 A 1109 1109
152 New_Zealand 16389 T 1109 1109
153 New_Zealand 16390 G 1109 1109
154 New_Zealand 16391 C 1109 1109
155 New_Zealand 16392 T 1109 1109
156 New_Zealand 16393 C 1109 1109
157 New_Zealand 16394 C T 1109 1107 Gln5377*
158 New_Zealand 16395 A 1109 1109
159 New_Zealand 16396 G 1109 1109
160 New_Zealand 16397 G 1109 1109
161 New_Zealand 16398 T 1109 1109
162 New_Zealand 16399 T 1109 1109
163 New_Zealand 16400 G 1109 1109
164 New_Zealand 16401 T 1109 1109
165 New_Zealand 16402 G 1109 1109
166 New_Zealand 16403 A 1109 1109
167 New_Zealand 16404 T 1109 1109
168 New_Zealand 16405 G 1109 1109
169 New_Zealand 16406 T 1109 1109
170 New_Zealand 16407 C 1109 1109
171 New_Zealand 16408 A 1109 1109
172 New_Zealand 16409 C 1109 1109
173 New_Zealand 16410 A 1109 1109
174 New_Zealand 16411 G 1109 1109
175 New_Zealand 16412 A 1109 1109
176 New_Zealand 16413 T 1109 1109
177 New_Zealand 16414 G 1109 1109
178 New_Zealand 16415 T 1109 1109
179 New_Zealand 16416 G 1109 1109
180 New_Zealand 16417 A 1109 1109
181 New_Zealand 16418 C 1109 1109
182 New_Zealand 16419 T 1109 1109
183 New_Zealand 16420 C 1109 1109
184 New_Zealand 16421 A 1109 1109
185 New_Zealand 16422 A 1109 1109
186 New_Zealand 16423 C 1109 1109
187 New_Zealand 16424 T 1109 1109
188 New_Zealand 16425 T 1109 1109
189 New_Zealand 16426 T 1109 1109
190 New_Zealand 16427 A 1109 1109
191 New_Zealand 16428 C 1109 1109
192 New_Zealand 16429 T 1109 1109
193 New_Zealand 16430 T 1109 1109
194 New_Zealand 16431 A 1109 1109
195 New_Zealand 16432 G 1109 1109
196 New_Zealand 16433 G 1109 1109
197 New_Zealand 16434 A 1109 1109
198 New_Zealand 16435 G 1109 1109
199 New_Zealand 16436 G 1109 1109
200 New_Zealand 16437 T 1109 1109
201 New_Zealand 16438 A 1109 1109
202 New_Zealand 16439 T 1109 1109
203 New_Zealand 16440 G 1109 1109
204 New_Zealand 16441 A 1109 1109
205 New_Zealand 16442 G 1109 1109
206 New_Zealand 16443 C 1109 1109
207 New_Zealand 16444 T 1109 1109
208 New_Zealand 16445 A 1109 1109
209 New_Zealand 16446 T 1109 1109
210 New_Zealand 16447 T 1109 1109
211 New_Zealand 16448 A 1109 1109
212 New_Zealand 16449 T 1109 1109
213 New_Zealand 16450 T 1109 1109
214 New_Zealand 16451 G 1109 1109
215 New_Zealand 16452 T 1109 1109
216 New_Zealand 16453 A 1109 1109
217 New_Zealand 16454 A 1109 1109
218 New_Zealand 16455 A 1109 1109
219 New_Zealand 16456 T 1109 1109
220 New_Zealand 16457 C 1109 1109
221 New_Zealand 16458 A 1109 1109
222 New_Zealand 16459 C 1109 1109
223 New_Zealand 16460 A 1109 1109
224 New_Zealand 16461 T 1109 1109
225 New_Zealand 16462 A 1109 1109
226 New_Zealand 16463 A 1109 1109
227 New_Zealand 16464 A 1109 1109
228 New_Zealand 16465 C 1109 1109
229 New_Zealand 16466 C T 1109 1108 His5401Tyr
230 New_Zealand 16467 A 1109 1109
231 New_Zealand 16468 C T 1109 1105 His5401His
232 New_Zealand 16469 C 1109 1109
233 New_Zealand 16470 C 1109 1109
234 New_Zealand 16471 A 1109 1109
235 New_Zealand 16472 T 1109 1109
236 New_Zealand 16473 T 1109 1109
237 New_Zealand 16474 A G 1109 1107 Leu5403Leu
238 New_Zealand 16475 G 1109 1108
239 New_Zealand 16476 T 1109 1109
240 New_Zealand 16477 T 1109 1109
241 New_Zealand 16478 T 1109 1109
242 New_Zealand 16479 T 1109 1109
243 New_Zealand 16480 C T 1109 1107 Phe5405Phe
244 New_Zealand 16481 C 1109 1109
245 New_Zealand 16482 A 1109 1109
246 New_Zealand 16483 T 1109 1109
247 New_Zealand 16484 T 1109 1109
248 New_Zealand 16485 G 1109 1109
249 New_Zealand 16486 T 1109 1109
250 New_Zealand 16487 G 1109 1109
251 New_Zealand 16488 T 1109 1109
252 New_Zealand 16489 G 1109 1109
253 New_Zealand 16490 C 1109 1109
254 New_Zealand 16491 T 1109 1109
255 New_Zealand 16492 A 1109 1109
256 New_Zealand 16493 A 1109 1109
257 New_Zealand 16494 T 1109 1109
258 New_Zealand 16495 G 1109 1109
259 New_Zealand 16496 G 1109 1109
260 New_Zealand 16497 A 1109 1109
261 New_Zealand 16498 C 1109 1109
262 New_Zealand 16499 A 1109 1109
263 New_Zealand 16500 A 1109 1109
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858 New_Zealand 17095 G 1111 1111
859 New_Zealand 17096 G 1111 1111
860 New_Zealand 17097 T 1111 1111
861 New_Zealand 17098 A 1111 1111
862 New_Zealand 17099 A 1111 1111
863 New_Zealand 17100 G 1111 1111
864 New_Zealand 17101 A 1111 1111
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866 New_Zealand 17103 T 1111 1111
867 New_Zealand 17104 C T 1111 1110 Val5613Val
868 New_Zealand 17105 A 1111 1111
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1094 New_Zealand 17331 G T 1111 1110 Arg5689Ile
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1102 New_Zealand 17339 C T 1111 1110 Gln5692*
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1107 New_Zealand 17344 A 1111 1111
1108 New_Zealand 17345 T 1111 1111
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1724 New_Zealand 17961 A 1090 1090
1725 New_Zealand 17962 A 1090 1090
1726 New_Zealand 17963 T 1090 1090
1727 New_Zealand 17964 G 1090 1090
1728 New_Zealand 17965 T 1090 1090
1729 New_Zealand 17966 C 1090 1090
1730 New_Zealand 17967 T 1090 1090
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1732 New_Zealand 17969 A 1090 1090
1733 New_Zealand 17970 T 1090 1090
1734 New_Zealand 17971 A 1090 1090
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1774 New_Zealand 18011 T 1090 1090
1775 New_Zealand 18012 T C 1090 1089 Phe5916Ser
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1780 New_Zealand 18017 G 1090 1090
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1782 New_Zealand 18019 A 1090 1090
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1784 New_Zealand 18021 G 1090 1090
1785 New_Zealand 18022 A 1090 1090
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1788 New_Zealand 18025 G 1090 1090
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1790 New_Zealand 18027 G T 1090 1087 Trp5921Leu
1791 New_Zealand 18028 G T 1090 1089 Trp5921Cys
1792 New_Zealand 18029 C 1090 1090
1793 New_Zealand 18030 A 1090 1090
1794 New_Zealand 18031 A 1090 1090
1795 New_Zealand 18032 C T 1090 1088 Leu5923Phe
1796 New_Zealand 18033 T 1090 1090
1797 New_Zealand 18034 T 1090 1090
1798 New_Zealand 18035 T 1090 1090
1799 New_Zealand 18036 A 1090 1090
1800 New_Zealand 18037 C 1087 1087
1801 New_Zealand 18038 A 1087 1087
1802 New_Zealand 18039 A 1087 1087