National Institute Of Genetic Engineering and Biotechnology

P.I:Mohammad-Ali Malboobi
Here we provide last mutation observed in Nucleocapsid gene of COVID-19 prevalent in Iran.
We kindly wait your comment or coopration in tracking crona virus project.
Amino acid changes

How to read this table:
- Rows are reference amino acids and columns are changed amino acids. E.g. Row 'A' column 'E' indicates how many 'A' amino acids have been replaced by 'E' amino acids.
- Red background colors indicate that more changes happened (heat-map).
- Diagonals are indicated using grey background color
- WARNING: This table may include different translation codon tables (e.g. mamalian DNA and mitochondrial DNA).

  * - ? A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W Y
*     99                                        
-     1,581                                        
?                                              
A     42                                        
C     33                                        
D     36                                        
E     24                                        
F     39                                        
G     39                                        
H     63                                        
I     123               1                        
K     70               1                        
L     312                   1     1              
M     93                                        
N     57                                        
P     30                                        
Q     42                                        
R     35                                        
S     120                                        
T     105                                        
V     147                                        
W     6                                        
Y     66                                        

Nucleotide and amino acid mutations

Here we provide list of mutation observed in Nucleocapsid at gene and protein of COVID-19.
-The position column is nucleotide position in reference genome as NC_045512.2
-The Reference column indicate reference nucleotide in NC_045512.2
-The NS column indicate number of samples that this position have been observed
-The NSR column indicate number of samples with reference nucleotide. Therefore diffrenciate related to Ns indicate number of sample with mutated nucleotide
Contoury Position Reference Alt. NSR NS AAchange
0 Rwanda 18040 G 33 33
1 Rwanda 18041 C 33 33
2 Rwanda 18042 T C 33 31 Leu5926Pro
3 Rwanda 18043 G 33 33
4 Rwanda 18044 A 33 33
5 Rwanda 18045 A 33 33
6 Rwanda 18046 A 33 33
7 Rwanda 18047 A 33 33
8 Rwanda 18048 T 33 33
9 Rwanda 18049 G 33 33
10 Rwanda 18050 T 33 33
11 Rwanda 18051 A 33 33
12 Rwanda 18052 A 33 33
13 Rwanda 18053 C 33 33
14 Rwanda 18054 A 33 33
15 Rwanda 18055 G 33 33
16 Rwanda 18056 G 33 33
17 Rwanda 18057 A 33 33
18 Rwanda 18058 C 33 33
19 Rwanda 18059 T 33 33
20 Rwanda 18060 C 33 33
21 Rwanda 18061 T 33 33
22 Rwanda 18062 T 33 33
23 Rwanda 18063 T 33 33
24 Rwanda 18064 A 33 33
25 Rwanda 18065 A 33 33
26 Rwanda 18066 A 33 33
27 Rwanda 18067 G 33 33
28 Rwanda 18068 A 33 33
29 Rwanda 18069 T 33 33
30 Rwanda 18070 T 33 33
31 Rwanda 18071 G 33 33
32 Rwanda 18072 T 33 33
33 Rwanda 18073 A 33 33
34 Rwanda 18074 G 33 33
35 Rwanda 18075 T 33 33
36 Rwanda 18076 A 33 33
37 Rwanda 18077 A 33 33
38 Rwanda 18078 G 33 33
39 Rwanda 18079 G 33 33
40 Rwanda 18080 T 33 33
41 Rwanda 18081 A 33 33
42 Rwanda 18082 A 33 33
43 Rwanda 18083 T 33 33
44 Rwanda 18084 C 33 33
45 Rwanda 18085 A 33 33
46 Rwanda 18086 C 33 33
47 Rwanda 18087 T 33 33
48 Rwanda 18088 G 33 33
49 Rwanda 18089 G 33 33
50 Rwanda 18090 G 33 33
51 Rwanda 18091 T 33 33
52 Rwanda 18092 T 33 33
53 Rwanda 18093 A 33 33
54 Rwanda 18094 C 33 33
55 Rwanda 18095 A 33 33
56 Rwanda 18096 T 33 33
57 Rwanda 18097 C 33 33
58 Rwanda 18098 C 33 33
59 Rwanda 18099 T 33 33
60 Rwanda 18100 A 33 33
61 Rwanda 18101 C 33 33
62 Rwanda 18102 A 33 33
63 Rwanda 18103 C 33 33
64 Rwanda 18104 A 33 33
65 Rwanda 18105 G 33 33
66 Rwanda 18106 G 33 33
67 Rwanda 18107 C 33 33
68 Rwanda 18108 A 33 33
69 Rwanda 18109 C 33 33
70 Rwanda 18110 C 33 33
71 Rwanda 18111 T 33 33
72 Rwanda 18112 A 33 33
73 Rwanda 18113 C 33 33
74 Rwanda 18114 A 33 33
75 Rwanda 18115 C 33 33
76 Rwanda 18116 A 33 33
77 Rwanda 18117 C 33 33
78 Rwanda 18118 C 33 33
79 Rwanda 18119 T 33 33
80 Rwanda 18120 C 33 33
81 Rwanda 18121 A 33 33
82 Rwanda 18122 G 33 33
83 Rwanda 18123 T 33 33
84 Rwanda 18124 G 33 33
85 Rwanda 18125 T 33 33
86 Rwanda 18126 T 33 33
87 Rwanda 18127 G 33 33
88 Rwanda 18128 A 33 33
89 Rwanda 18129 C 33 33
90 Rwanda 18130 A 33 33
91 Rwanda 18131 C 33 33
92 Rwanda 18132 T 33 33
93 Rwanda 18133 A 33 33
94 Rwanda 18134 A 33 33
95 Rwanda 18135 A 33 33
96 Rwanda 18136 T 33 33
97 Rwanda 18137 T 33 33
98 Rwanda 18138 C 33 33
99 Rwanda 18139 A 33 33
100 Rwanda 18140 A 33 33
101 Rwanda 18141 A 33 33
102 Rwanda 18142 A 33 33
103 Rwanda 18143 C 33 33
104 Rwanda 18144 T 33 33
105 Rwanda 18145 G 33 33
106 Rwanda 18146 A 33 33
107 Rwanda 18147 A 33 33
108 Rwanda 18148 G 33 33
109 Rwanda 18149 G 33 33
110 Rwanda 18150 T 33 33
111 Rwanda 18151 T 33 33
112 Rwanda 18152 T 33 33
113 Rwanda 18153 A 33 33
114 Rwanda 18154 T 33 33
115 Rwanda 18155 G 33 33
116 Rwanda 18156 T 33 33
117 Rwanda 18157 G 33 33
118 Rwanda 18158 T 33 33
119 Rwanda 18159 T 33 33
120 Rwanda 18160 G 33 33
121 Rwanda 18161 A 33 33
122 Rwanda 18162 C 33 33
123 Rwanda 18163 A 33 33
124 Rwanda 18164 T 33 33
125 Rwanda 18165 A 33 33
126 Rwanda 18166 C 33 33
127 Rwanda 18167 C 33 33
128 Rwanda 18168 T 33 33
129 Rwanda 18169 G 33 33
130 Rwanda 18170 G 33 33
131 Rwanda 18171 C 33 33
132 Rwanda 18172 A 33 33
133 Rwanda 18173 T 33 33
134 Rwanda 18174 A 33 33
135 Rwanda 18175 C 33 33
136 Rwanda 18176 C 33 33
137 Rwanda 18177 T 33 33
138 Rwanda 18178 A 33 33
139 Rwanda 18179 A 33 33
140 Rwanda 18180 G 33 33
141 Rwanda 18181 G 33 33
142 Rwanda 18182 A 33 33
143 Rwanda 18183 C 33 33
144 Rwanda 18184 A 33 33
145 Rwanda 18185 T 33 33
146 Rwanda 18186 G 33 33
147 Rwanda 18187 A 33 33
148 Rwanda 18188 C 33 33
149 Rwanda 18189 C 33 33
150 Rwanda 18190 T 33 33
151 Rwanda 18191 A 33 33
152 Rwanda 18192 T 33 33
153 Rwanda 18193 A 33 33
154 Rwanda 18194 G 33 33
155 Rwanda 18195 A 33 33
156 Rwanda 18196 A 33 33
157 Rwanda 18197 G 33 33
158 Rwanda 18198 A 33 33
159 Rwanda 18199 C 33 33
160 Rwanda 18200 T 33 33
161 Rwanda 18201 C 33 33
162 Rwanda 18202 A 33 33
163 Rwanda 18203 T 33 33
164 Rwanda 18204 C 33 33
165 Rwanda 18205 T 33 33
166 Rwanda 18206 C 33 33
167 Rwanda 18207 T 33 33
168 Rwanda 18208 A 33 33
169 Rwanda 18209 T 33 33
170 Rwanda 18210 G 33 33
171 Rwanda 18211 A 33 33
172 Rwanda 18212 T 33 33
173 Rwanda 18213 G 33 33
174 Rwanda 18214 G 33 33
175 Rwanda 18215 G 33 33
176 Rwanda 18216 T 33 33
177 Rwanda 18217 T 33 33
178 Rwanda 18218 T 33 33
179 Rwanda 18219 T 33 33
180 Rwanda 18220 A 33 33
181 Rwanda 18221 A 33 33
182 Rwanda 18222 A 33 33
183 Rwanda 18223 A 33 33
184 Rwanda 18224 T 33 33
185 Rwanda 18225 G 33 33
186 Rwanda 18226 A 33 33
187 Rwanda 18227 A 33 33
188 Rwanda 18228 T 33 33
189 Rwanda 18229 T 33 33
190 Rwanda 18230 A 33 33
191 Rwanda 18231 T 33 33
192 Rwanda 18232 C 33 33
193 Rwanda 18233 A 33 33
194 Rwanda 18234 A 33 33
195 Rwanda 18235 G 33 33
196 Rwanda 18236 T 33 33
197 Rwanda 18237 T 33 33
198 Rwanda 18238 A 33 33
199 Rwanda 18239 A 33 33
200 Rwanda 18240 T 33 33
201 Rwanda 18241 G 33 33
202 Rwanda 18242 G 33 33
203 Rwanda 18243 T 33 33
204 Rwanda 18244 T 33 33
205 Rwanda 18245 A 33 33
206 Rwanda 18246 C 33 33
207 Rwanda 18247 C 33 33
208 Rwanda 18248 C 33 33
209 Rwanda 18249 T 33 33
210 Rwanda 18250 A 33 33
211 Rwanda 18251 A 33 33
212 Rwanda 18252 C 33 33
213 Rwanda 18253 A 33 33
214 Rwanda 18254 T 33 33
215 Rwanda 18255 G 33 33
216 Rwanda 18256 T 33 33
217 Rwanda 18257 T 33 33
218 Rwanda 18258 T 33 33
219 Rwanda 18259 A 33 33
220 Rwanda 18260 T 33 33
221 Rwanda 18261 C 33 33
222 Rwanda 18262 A 33 33
223 Rwanda 18263 C 33 33
224 Rwanda 18264 C 33 33
225 Rwanda 18265 C 33 33
226 Rwanda 18266 G 33 33
227 Rwanda 18267 C 33 33
228 Rwanda 18268 G 33 33
229 Rwanda 18269 A 33 33
230 Rwanda 18270 A 33 33
231 Rwanda 18271 G 33 33
232 Rwanda 18272 A 33 33
233 Rwanda 18273 A 33 33
234 Rwanda 18274 G 33 33
235 Rwanda 18275 C 33 33
236 Rwanda 18276 T 33 33
237 Rwanda 18277 A 33 33
238 Rwanda 18278 T 33 33
239 Rwanda 18279 A 33 33
240 Rwanda 18280 A 33 33
241 Rwanda 18281 G 33 33
242 Rwanda 18282 A 33 33
243 Rwanda 18283 C 33 33
244 Rwanda 18284 A 33 33
245 Rwanda 18285 T 33 33
246 Rwanda 18286 G 33 33
247 Rwanda 18287 T 33 33
248 Rwanda 18288 A 33 33
249 Rwanda 18289 C 33 33
250 Rwanda 18290 G 33 33
251 Rwanda 18291 T 33 33
252 Rwanda 18292 G 33 33
253 Rwanda 18293 C 33 33
254 Rwanda 18294 A 33 33
255 Rwanda 18295 T 33 33
256 Rwanda 18296 G 33 33
257 Rwanda 18297 G 33 33
258 Rwanda 18298 A 33 33
259 Rwanda 18299 T 33 33
260 Rwanda 18300 T 33 33
261 Rwanda 18301 G 33 33
262 Rwanda 18302 G 33 33
263 Rwanda 18303 C 33 33
264 Rwanda 18304 T 33 33
265 Rwanda 18305 T 33 33
266 Rwanda 18306 C 33 33
267 Rwanda 18307 G 33 33
268 Rwanda 18308 A 33 33
269 Rwanda 18309 T 33 33
270 Rwanda 18310 G 33 33
271 Rwanda 18311 T 33 33
272 Rwanda 18312 C 33 33
273 Rwanda 18313 G 33 33
274 Rwanda 18314 A 33 33
275 Rwanda 18315 G 33 33
276 Rwanda 18316 G 33 33
277 Rwanda 18317 G 33 33
278 Rwanda 18318 G 33 33
279 Rwanda 18319 T 33 33
280 Rwanda 18320 G 33 33
281 Rwanda 18321 T 33 33
282 Rwanda 18322 C 33 33
283 Rwanda 18323 A 33 33
284 Rwanda 18324 T 33 33
285 Rwanda 18325 G 33 33
286 Rwanda 18326 C 33 33
287 Rwanda 18327 T 33 33
288 Rwanda 18328 A 33 33
289 Rwanda 18329 C 33 33
290 Rwanda 18330 T 33 33
291 Rwanda 18331 A 33 33
292 Rwanda 18332 G 33 33
293 Rwanda 18333 A 33 33
294 Rwanda 18334 G 33 33
295 Rwanda 18335 A 33 33
296 Rwanda 18336 A 33 33
297 Rwanda 18337 G 33 33
298 Rwanda 18338 C 33 33
299 Rwanda 18339 T 33 33
300 Rwanda 18340 G 33 33
301 Rwanda 18341 T 33 33
302 Rwanda 18342 T 33 33
303 Rwanda 18343 G 33 33
304 Rwanda 18344 G 33 33
305 Rwanda 18345 T 33 33
306 Rwanda 18346 A 33 33
307 Rwanda 18347 C 33 33
308 Rwanda 18348 C 33 33
309 Rwanda 18349 A 33 33
310 Rwanda 18350 A 33 33
311 Rwanda 18351 T 33 33
312 Rwanda 18352 T 33 33
313 Rwanda 18353 T 33 33
314 Rwanda 18354 A 33 33
315 Rwanda 18355 C 33 33
316 Rwanda 18356 C 33 33
317 Rwanda 18357 T 33 33
318 Rwanda 18358 T 33 33
319 Rwanda 18359 T 33 33
320 Rwanda 18360 A 33 33
321 Rwanda 18361 C 33 33
322 Rwanda 18362 A 33 33
323 Rwanda 18363 G 33 33
324 Rwanda 18364 C 33 33
325 Rwanda 18365 T 33 33
326 Rwanda 18366 A 33 33
327 Rwanda 18367 G 33 33
328 Rwanda 18368 G 33 33
329 Rwanda 18369 T 33 33
330 Rwanda 18370 T 33 33
331 Rwanda 18371 T 33 33
332 Rwanda 18372 T 33 33
333 Rwanda 18373 T 33 33
334 Rwanda 18374 C 33 33
335 Rwanda 18375 T 33 33
336 Rwanda 18376 A 33 33
337 Rwanda 18377 C 33 33
338 Rwanda 18378 A 33 33
339 Rwanda 18379 G 33 33
340 Rwanda 18380 G 33 33
341 Rwanda 18381 T 33 33
342 Rwanda 18382 G 33 33
343 Rwanda 18383 T 33 33
344 Rwanda 18384 T 33 33
345 Rwanda 18385 A 33 33
346 Rwanda 18386 A 33 33
347 Rwanda 18387 C 33 33
348 Rwanda 18388 C 33 33
349 Rwanda 18389 T 33 33
350 Rwanda 18390 A 33 33
351 Rwanda 18391 G 33 33
352 Rwanda 18392 T 33 33
353 Rwanda 18393 T 33 33
354 Rwanda 18394 G 33 33
355 Rwanda 18395 C T 33 32 Leu6044Leu
356 Rwanda 18396 T 33 33
357 Rwanda 18397 G 33 33
358 Rwanda 18398 T 33 33
359 Rwanda 18399 A 33 33
360 Rwanda 18400 C 33 33
361 Rwanda 18401 C 33 33
362 Rwanda 18402 T 33 33
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